1A50A

Crystal structure of wild-type tryptophan synthase complexed with 5-fluoroindole propanol phosphate
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
266
structure length
260
Chain Sequence
ERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSRSGVTGAENHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords TRYPTOPHAN SYNTHASE (ALPHA CHAIN)
publication title Loop closure and intersubunit communication in tryptophan synthase.
pubmed doi rcsb
total genus 104
structure length 260
sequence length 266
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 1998-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1a50A00
3HGSA 4Q32A 3BARA 5F2MA 3LBCA 2NV2A 1LZOA 3N9SA 1RV8A 1E51A 5F1UA 1FUYA 1F74A 4R33A 5C55A 1PV8A 2DORA 4IMDA 4X3ZA 3IVSA 4FB7A 1TPUA 1LRQA 3DFSA 2C19A 1G7UA 2JKEA 4ALDA 1YADA 3QYQA 1PIIA 1RQHA 3Q94A 1WYIA 4JTJA 1LYXA 4BF9A 4FX7A 3GB6A 4E0CA 3NL2A 4UC5A 1KM5A 1JR1A 5C2XA 4HNUA 3G3MA 1KM3A 3SGUA 4HHPA 5FF2A 2YCEA 2Y63A 3C2EA 4UFLA 2H6RA 2WSYA 1UUMA 4K7YA 1LOLA 3W7RA 1ME7A 1KV5A 3LERA 1OG0A 3USBA 2RKXA 2B4GA 5HWNA 4O4WA 3V75A 1G4PA 3ELFA 2NX9A 2Z0IA 2VEPA 3IIOA 1L6SA 2X1UA 5K4ZA 3B05A 2ZCGA 3NQGA 2EGZA 4RKAA 5K2ZA 1ME8A 3NQAA 3HG4A 2C18A 1KLYA 7TIMA 1DQXA 5CSSA 2CWNA 4Y90A 5D37A 3FJ6A 3PY2A 1VCVA 1SFJA 3CQ0A 4HSOA 1KFJA 4OU1A 1K8ZA 4FNPA 4Z1DA 4DELA 1W1ZA 3C4UA 2ZDRA 4PEKA 3KRUA 1EUAA 4UXDA 2V2CA 3W7PA 4QNEA 2VXNA 3H55A 3N2XA 4QJ1A 3BO9A 2G5WA 1M7OA 1OFRA 1S3HA 2PCQA 3ZFHA 3TXVA 3FLUA 2EAWA 4FIRA 2X1RA 4K8EA 3QMSA 4EF8A 3UXDA 1WBHA 4I7VA 3S1XA 2O7SA 3HG5A 3P7YA 4Z08A 2QJIA 2QDGA 1T96A 3KVKA 5FI8A 3VNDA 3B0UX 3M41A 5DBUA 3ZWSA 3NZRA 1H63A 1WOBA 1TJPA 2QR6A 2ZTJA 3BLFA 4NJKA 3TW6A 5AHEA 4XWUA 2NV1A 2AGKA 1ONRA 1R30A 3P80A 1FWRA 5DN1A 4JYDA 1HTIA 3I6RA 2F84A 4MY1A 3CWNA 4XBKA 4DF0A 1VLWA 4JD4A 1JUKA 2FIQA 5EYWA 2GJLA 3DI1A 5F2GA 3TJLA 1XBZA 2YGYA 3UWVA 1NEYA 4UFMA 3RMJA 1TTQA 1G69A 3KAOA 3IV3A 3JRKA 3W1XA 1AW1A 3FEMA 5AHIA 4LU0A 3OG3A 2H8XA 3A5VA 5MHBA 1G67A 4ADTA 3INPA 4CQ8A 1VGAA 1ZALA 2KZHA 4NJIA 3OIXA 3CTLA 5FESA 2FLIA 4BI6A 3LTPA 1L6YA 2ZRYA 1ICSA 4JTFA 3F4NA 5I3IA 1OYCA 1X1OA 1YXCA 1SO3A 1TTPA 2TRSA 1OYAA 2WSQA 3W2LA 4TR9A 2CZFA 3S5OA 2ZRXA 2A4AA 4LRSA 4LC8A 1PCWA 1D3HA 4Z1AA 4JGDA 4L4LA 4O1DA 1FWTA 1SFLA 1Q6LA 3BK0A 1TYGA 3NO5A 3IGSA 5F4WA 3BLEA 5D2WA 3TSDA 4Y8FA 3NPUA 4H3DA 2TPSA 3TQ0A 2XN0A 4DO4A 3TROA 5TQLA 3S9YA 5D2XA 3NL3A 4TMBA 2VENA 3HJZA 1SUXA 3NZ1A 5A8GA 5HWJA 3SECA 3W1QA 4M6VA 4PTNA 4UTWA 1EX5A 4GUIA 2JKPA 4XUGA 4O12A 2V2DA 4NZFA 1BKSA 4QAIA 4UR8A 1QO2A 2GQ9A 1QR7A 3N3MA 1PCKA 1MXSA 1WA3A 3NNTA 2ZZ1A 1DJQA 3NDOA 5EY5A 4O53A 1G7VA 3W72A 1IXQA 3G1XA 3TK7A 2FFCA 4DO5A 1W31A 4LS1A 4TU1A 3WJSA 1VCGA 4DBDA 5CG7A 2CU0A 2FPVA 5IBXA 1OX4A 4FEZA 1ME9A 3UY7A 3PBWA 3W84A 1SO5A 2WO5A 2Z6IA 1VCFA 4GUGA 4WOZA 5CPMA 3R8RA 1Z41A 2ZA1A 3NL6A 2R94A 5AOUA 3VCRA 1TIMA 3CU2A 4KFPA 2A0NA 1MSSA 3ATZA 4KWVA 1XFBA 4KWWA 2PRMA 2HSAA 3LBMA 4O54A 4C1LA 4FHAA 3M5XA 4GUJA 3TJXA 3OEXA 4DF1A 5CPNA 1OABA 3PM6A 5I3HA 3LV6A 5C5YA 2ZRUA 4UIOA 3IGXA 5D2TA 1A5AA 1F5ZA 1B4KA 4MFEA 1W5NA 5LHFA 5TIMA 1JCNA 4NU7A 2XN2A 4CCCA 3W1LA 4GC4A 1L2UA 2FJKA 1WV2A 2NUYA 4UTIA 4X2RA 1B57A 3W23A 2X30A 3W70A 2ZRZA 6TIMA 4JS3A 4UTUA 1RPXA 1F2JA 2OZ0A 4HN4A 4OV4A 1SZGA 1EEPA 1H7XA 5K9CA 5D2VA 1DORA 5CZTA 4FNUA 4AAJA 3PBVA 2WOQA 3N73A 4N9DA 4IXHA 1LTDA 4AHPA 5EPDA 3GYEA 1P5BA 4LS0A 2CZ5A 5HJLA 1FX6A 4N4PA 1P1XA 4XKYB 1MEIA 3R12A 1TQJA 4MOZA 4MYXA 1JCYA 1QPNA 1ZHAA 1GEQA 3W9ZA 4JY9A 2QCNA 1FCQA 4CCEA 3DKLA 2BSLA 4Z0SA 1HFBA 5L9FA 2F7FA 4IQLA 4RV8A 1RQEA 1YPIA 2E5DA 5U4NA 2VELA 2W6RA 2YDAA 4E2BA 3TDFA 3B0VC 2V8ZA 4UTWC 3B4UA 2DJXA 1XUZA 2ALDA 2PC4A 4MJMA 4M19A 4MVAA 1TJRA 2QJHA 3W07A 4N2YA 2W0UA 4ZQOA 4GUFA 1KFCA 5LGZA 5I3KA 5HINA 1FY6A 1N8FA 1ZY9A 5BMXA 4A2RA 1S5WA 2V30A 3P8IA 3C61A 1LLWA 4M7TA 2E1DA 3FYPA 1FQ0A 1YLVA 4ADSA 3UXAA 3U6WA 3P82A 3G0XA 3L68A 3R89A 3NQ7A 2V9DA 2YYTA 1TMHA 2JKAA 2V2HA 2YFOA 1YXDA 4TX9A 1W37A 5D09A 2Y89A 3MI6A 3QQ0A 4RXFA 3CB8A 2B7NA 2Y7GA 1HO4A 1VC4A 1X1ZA 3W75A 3VI2A 3QMRA 4IX0A 2R8WA 5DBTA 1H50A 3TMLA 2W79A 5D32A 1KW1A 3PG8A 3UZ5A 1K7EA 4JIPA 2WPBA 2ZRVA 3TCEA 1VS1A 3LDVA 4ICNA 4XBSA 1W3IA 1O94A 2YSWA 3IVTA 3IIZA 4JTHA 4P61A 4O11A 1M7PA 2VOMA 2CLHA 4QSHA 2OX1A 2B7PA 5AYYA 3PB2A 4JN6A 1KFKA 3C3NA 3WK0A 1Z42A 4OQVA 1VHCA 1SZEA 3I65A 3H54A 2I14A 3LX9A 4E38A 1I2NA 4R34A 1TRDA 5I3GA 4UTTA 2E09A 2H3BA 3G22A 4LVFA 3N2MA 3DFTA 3LHTA 4UMCA 3D0CA 3SZ8A 3OBKA 1KM4A 4JNMA 3JR2A 5K9DA 3R2GA 2H3DA 2ZFAA 1AG1O 2WV8A 2GOUA 5DLCA 3W22A 1X7FA 2QCGA 3TKFA 3LRLA 5FEPA 3EWXA 5FF3A 4O16A 4PCFA 4MFDA 2JBMA 1B4EA 3EB2A 3KVJA 2J9XA 1FWSA 3EX4A 3HQ1A 2BXVA 3HMJG 1GOXA 5G4WA 1DJNA 4AWTA 3NQMA 3WK3A 3QH2A 2NXIA 4I7UA 4NT0A 3LHZA 1OF6A 5KINA 4O1AA 5CZSA 2C13A 4O52A 5CPLA 3HGOA 3PB0A 1K7XA 3PVFA 3QC3A 1U83A 2ZZ5A 1MZHA 3NGJA 4ZQNA 2C0AA 3L67A 3MBDA 1XKYA 4UTKA 3STFA 1F76A 3NPVA 3W87A 5AYZA 1DKWA 3NM1A 3JS3A 2Q3RA 4PH6A 1A5BA 5LZLA 3QPYA 3W71A 1OX5A 4Q4KA 4O18A 3KVMA 1L6WA 5DXYA 3WFAA 2I1OA 4JTLA 4AWSA 3TH6A 3M0ZA 1QWGA 1DBTA 3BW3A 3STGA 2TYSA 1EA0A 1YTDA 3IIVA 5DXXA 1PHQA 1QNVA 2CZEA 2QUVA 3CIWA 4OT7A 2JGQA 3TFCA 5G2WA 3GXNA 4UTMA 1KFBA 2PE4A 1F73A 4Z1BA 3S6DA 2ZRWA 3SR7A 2ABAA 3KHJA 4JXCA 3W2UA 3DAQA 2AAMA 3DU0A 3O15A 4FNQA 4HNNA 2ZZ2A 3AJXA 2E5CA 4G1KA 2Q8LA 3IGUA 1HL2A 3NM3A 1SO4A 4FX8A 4O1BA 4DEFA 1PS9A 3SW6A 2DZTA 5HMSA 2H90A 2RDUA 4HPJA 1LCOA 5LNVA 3ZR4A 4A2SA 4LVGA 3KVLA 4L4MA 3W73A 4O0ZA 1J4EA 3PS7A 4EWND 3MO7A 4PA8A 1CX9A 3QPZA 4RX0A 3W7LA 4BWLA 4AH7A 4K39A 4N9BA 4XTIA 3QM3A 2Y70A 2GVLA 5J5RA 2BTMA 5DELA 4WY0B 3NQ2A 4D2JA 3F03K 6ALDA 3GX9A 2QCMA 2B7QA 3TA6A 3QJAA 2YXGA 1LLZA 3K30A 1YDVA 1QPQA 1TB3A 3HOJA 4LVBA 3S1UA 1FXQA 3QF0A 2A21A 4WX2A 3MP5A 2VFGA 3GXTA 3EWWA 2D73A 3L66A 4LV4A 1N55A 1VR6A 3DHDA 2E68A 3O6DA 4TO8A 5AC6A 3S0CA 1W3NA 2E6AA 3S5ZA 2DZUA 3U8GA 4A22A 3UY8A 3W1PA 3P5ZA 3G1DA 3R5EA 1DL3A 2UV8G 4CQAA 1QCWA 1QOQA 4WY0F 5G5IA 1KFEA 4LWWA 3PBYA 4DO6A 4IMEA 4C1KA 4LVDA 5DCDA 3LCIA 4A29A 3L5LA 1Z48A 4MUZA 4CNPA 4JTSA 3YPIA 2A1YA 2RFGA 4K36A 4UTLA 4HSNA 1DV7A 3TQVA 1JJKA 3W1NA 4M6QA 1DQWA 3PBUA 1UBSA 2E6FA 3PULA 3EXSA 4LNYA 4NZJA 3G1FA 2DZXA 4A3UA 3NR0A 4CNNA 5LNRA 2BX7A 3W2JA 5BNKA 1ADOA 3I68A 1QMLA 3KRSA 1RZMA 1JRCA 3LCHA 2ZQ0A 1UB3A 4ZZ9A 3GR8A 5C54A 1G4EA 1KTBA 3NAVA 4K8HA 2LLEA 3HB9A 1TPFA 4TMCA 1NVMA 5AHFA 4K7VA 4POCA 3G3DA 3W7KA 5D04C 1FDYA 4MLRA 1H1YA 4UCGA 1R2SA 5K4XA 1P0KA 3UWQA 3G8RA 2GVGA 4O1CA 3SY5A 3TW7A 1UCWA 4U28A 3MHGA 5G4EA 1DOSA 1I2QA 2DU2A 4QITA 3A24A 4BI7A 4O14A 1KA9F 1OFQA 2VKZG 3MJYA 3O6CA 3ATYA 4AHOA 4PFMA 3GKFA 3NVTA 4PODA 1OK4A 3W1TA 1FWWA 3W2NA 4N6FA 1I2OA 1IIHA 2O7QA 3EXRA 3GR7A 3RK8A 5D2YA 3O06A 5A5WA 3P60A 3STEA 3NL5A 3BG9A 3THQA 3W1UA 3C8FA 3ABRA 5FF4A 4LUIA 3NXFA 4FIQA 4UFJA 1W54A 2YYUA 1KLZA 2ZZ6A 3NG3A 2OT0A 3E49A 4MZ1A 3SI9A 1OK6A 2A2IA 3CPRA 4BWLC 1OFAA 4RZ6A 4RZ5A 3RFAA 1JRBA 3MBFA 1ZCOA 2ZYFA 3DENA 5C6MA 2GQ8A 4XTDA 2CLOA 5DY3A 4HKPA 4KKXA 2ISVA 2QUUA 1HG3A 2ZZ7A 4IJBA 1AK5A 2TSYA 4ORMA 5KZMA 5I3JA 4XQ6A 5D38A 4LT9A 3KRZA 2V82A 3W7EA 1ZFJA 4LTSA 2OJPA 3CT7A 3EWZA 1XBVA 5EA9A 3GAKA 3LM7A 4O0KA 1MEWA 4PL1A 1O95A 3W7MA 4NVTA 1F05A 1F6KA 3GDTA 3LXBA 1TRIA 4BI5A 3HBLA 3S8HA 2TMDA 3HG3A 3LRMA 1SU5A 2E77A 3MMTA 4OWGA 5SWUA 3S5NA 3G1SA 2ATSA 1OFBA 4N6EA 4LRTA 4RJEA 2J88A 4JTEA 3NQVA 1GVOA 3GK0A 1OFOA 3OVQA 5BMWA 3EXTA 4OGZA 2HMCA 1YDNA 3HPXA 4JEQA 1WQ5A 4ZQRA 1A50A 3WJWA 3G24A 5HNRA 2VC6A 2YX0A 4NUWA 1P0NA 3MHUA 3G0UA 2A7NA 1NF7A 3TX9A 3A22A 3IEBA 4FNRA 4MLJA 4K37A 3FS2A 1BWKA 2XN1A 2ZTKA 1XDMA 5K9XA 1TSIA 4WOQA 3TUUA 3E96A 4GFSA 3A9IA 3BG3A 4UR7A 2QCDA 3L9CA 3S1WA 3IIPA 3KX6A 2NUWA 2Y85A 1I45A 4DXVA 2EHHA 4RR4A 5BW6A 2QDHA 2G96A 2QEZA 1ML1A 2QF7A 1W5MA 3M5YA 3EKLA 2A7PA 2EF9A 3MI2A 2G97A 5E1QA 2FB2A 3VE9A 1LM1A 1ALDA 3UWWA 3ZS4A 1RD5A 4IPJA 3R13A 4FXSA 4JDYA 3M7WA 2YW3A 2B0MA 3ABOA 3DBPA 3M9YA 1MO0A 1NSJA 1LRTA 3BVJA 1W5PA 1D9EA 2CLIA 3WK1A 4ONVA 4H6KA 1PHWA 3LV5A 1B9BA 1QO5A 2X1SA 5EBUA 4JX5A 3DZ1A 3TMQA 5AFDA 3I7QA 1H62A 5FEZA 5BRBA 4R7JA 3UPBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2BAS A;  2Z4G A;  3MVI A;  1E51 A;  5F1U A;  1FUY A;  2ICS A;  4R33 A;  5AZ0 A;  2DOR A;  1A0C A;  3VYL A;  2WZT A;  1ZSX A;  1X6N A;  3QHM A;  1QHZ A;  1TPU A;  3CL6 A;  1D3C A;  3DFS A;  4ALD A;  1YAD A;  3QYQ A;  1PII A;  3S2C A;  3POC A;  4FX7 A;  1PZ2 A;  3NL2 A;  4U3C A;  2E28 A;  4RDW A;  2QLY A;  4D72 A;  1QI2 A;  2DSW A;  2VWT A;  1FWC C;  3GVQ A;  1TR1 A;  5FF2 A;  3UP8 A;  2Y63 A;  3M07 A;  3C2E A;  5E0F A;  1JYN A;  1UUM A;  2CES A;  2WMK A;  4US5 D;  1LOL A;  2XGI A;  1E55 A;  3WNN A;  1KV5 A;  1OG0 A;  2RKX A;  2B4G A;  1E6P A;  1EFZ A;  1G4P A;  1FKW A;  3IIO A;  3H6O A;  5CPT A;  1SJD A;  2PDK A;  2X1U A;  2OWX A;  1OIF A;  2G3J A;  1KWK A;  3D46 A;  5K2Z A;  4CQD A;  2AQV A;  4W7W A;  1U1H A;  2OWC A;  3VIF A;  1A5M C;  1KLY A;  4Y90 A;  2E8Z A;  2QQ6 A;  2B31 A;  3KCL A;  1SFJ A;  2BB0 A;  2VDH A;  4HSO A;  1KFJ A;  1W1Z A;  4JQA A;  4FF5 A;  4KRU A;  1BRL A;  4NZ4 A;  3W7P A;  1QBA A;  4KF1 A;  4MB5 A;  2VXN A;  3WDQ A;  2QIW A;  4HA3 A;  1OC5 A;  1ITC A;  1S3H A;  1TZ9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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