1A5VA

Asv integrase core domain with hiv-1 integrase inhibitor y3 and mn cation
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase with a bound HIV-1 integrase-targeted inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 51
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1a5vA00
1CXQA 4CIEA 4KHQA 3KK1A 3QEIA 3PV8A 3TI0A 4DSKA 5JS2A 4DTNA 4FLTA 3RR8A 3I0RA 1KFSA 5HLFA 1HMVA 2DFHA 5CYQA 1KVBA 5HROA 4CIGA 3S9HA 3HJFA 1HNVA 3V6DA 1ASVA 5CZ1A 4CGFA 1RT5A 4W5RA 4ELUA 4PA1A 2B5JA 3L3VA 3NGIA 4KHUA 4F3TA 1LWEA 3SPYA 4DTOA 1FK9A 3OJSA 4FJHA 1U47A 3ASMA 2Z1JA 2YKMA 2EHGA 1EXQA 3HPHA 3L2UA 4DTJA 4DSIA 4KHWA 2HHXA 2HHUA 4RW4A 1K6YA 3SI6A 1JLQA 1SKRA 4B9UA 4AHTA 4DS5A 4I2PA 3RMCA 3CQ8A 1S9GA 4CHQA 2G8FA 1WSHA 3NDKA 4B9LA 4PWDA 3QESA 1TL3A 3AO4A 4K8ZA 3E01A 1R0AA 4FJMA 4DMNA 3AVLA 3P5JA 4CHPA 3M8QA 3OYFA 1TGOA 1QSYA 4IDKA 4CJFA 2X6NA 4RW9A 1VSDA 2HHTA 1C6VA 3LPTA 4HVJA 4E19A 1BI4B 4YNQA 1NK4A 3NGZA 3LALA 5HRSA 4RW6A 3DYAA 4CFAA 1WSFA 4F4KA 4N5SA 2RN2A 3MEDA 3V1RA 4O4GA 4CEBA 4EP4A 1BGXT 2Y1JA 1VK0A 4LSLA 4NCGA 3TAGA 4FZXC 1Z26A 2YHBA 5T7BA 1O1WA 4KI6A 3VN5A 1Q8IA 2GV9A 3V9UA 1DTTA 4CGJA 1IG9A 2IGIA 3QEPA 4DQQA 3UIQA 1NJYA 1VSKA 2FBXA 3VA3A 2IS3A 4CK2A 4IFVA 3AVMA 4HCBA 3LP1A 3HSTB 3AO5A 4FLUA 3AVAA 3BGRA 3C95A 3LP2A 3ZCMA 2XY7A 1RILA 1TV6A 1S9EA 4NYNA 3VA0A 2AJQA 1TAQA 2P51A 3THVA 4HHTA 3PO5A 3VQ7A 1CZ9A 2YNGA 3T1AA 4F8RA 4AH9A 3F73A 3OYJA 3V1QA 1Q9XA 4CJ3A 1ITGA 1A5VA 3AV9A 4O55A 1NKCA 2HVHA 3AVJA 3SUOA 4B9SA 3OS2A 4GW6A 2WOMA 4CJEA 1LAWA 2HVIA 1VSEA 4CJTA 4Z0UA 4CFBA 2BE2A 4BWJA 4M3XA 3OY9A 4DU1A 4UQGA 2ITGA 3VQQA 2XY6A 2Z1HA 3VQ8A 3KTQA 3L2WA 3C6UA 1QTMA 2KW4A 2RF2A 4E1NA 1RBSA 1LW2A 4FXDA 1VSLA 4KREA 3IAYA 4EZ6A 1QE1A 1WNSA 5HRRA 4M3TA 2W42A 1NOYA 4Y1DA 2D0BA 3DM2A 4OKJA 1GOAA 5CY4A 3HL8A 4JS5A 1L5UA 4FJ7A 5HRPA 1D9FA 4CEFA 4DTUA 4FLVA 2FC0A 3OYMA 3OYCA 3IRXA 1NK7A 4OVLA 3MAQA 3EYZA 4QAGA 3RMBA 2I5JA 3CFOA 3SUPA 1BISA 4DFJA 3SCXA 1ASUA 4H4MA 1QQCA 4ELVA 1TK8A 2X6SA 2EX3A 1NKEA 2GUIA 3SJJA 2QKKA 1UAXA 2E6MA 4KHSA 1HYZA 4E7HA 4B9MA 2P5GA 4CEEA 5FDLA 3C94A 3KLIA 3AVKA 2YV0X 4IFYA 3T19A 3VQAA 3V9WA 1TL1A 3L2QA 5FRMA 5HBMA 2IC3A 4M3ZA 1SKSA 1ZBUA 3M8RA 5KRSA 1BHLA 3TAFA 1N5YA 3NFAA 1GOBA 1JXBA 1LAVA 1LWFA 4NYFA 1MU2A 1B9DA 3OYAA 1TKTA 4K8XA 1RTDA 1KRPA 4W5TA 3L3UA 3SV4A 5FRNA 1BCMA 3BDPA 4DLGA 2XY5A 3LPUA 4N76A 1UA0A 2DFFA 4H4OA 2HNZA 4B3OA 4DFMA 3AA4A 4ID1A 4JS4A 1VSJA 2OPPA 4HUEA 1QHTA 1RTIA 2GBZA 3OVNA 1U04A 1L3VA 1XHXA 2F96A 3K58A 3G0ZA 4FK0A 4J2AA 4KTWA 1G15A 4H8KA 1TKZA 4CJVA 5I42A 4FM1A 1C1CA 3NE6A 1ZYQA 3ISNC 3AO2A 3QETA 4BDYA 4E0DA 1TKDA 3U3YA 2NUBA 4OGCA 1LWCA 3AO1A 3ZSXA 3LZIA 3SNNA 5EU7A 4B08A 4Q5VA 1KLMA 4E7KA 2VWJA 5CZ2A 3SQ1A 4FVMA 4RG8A 4RW7A 1VRTA 2OYQA 2B4JA 3M8PA 2QKBA 1WN7A 4AILC 4CF2A 1FKPA 3SQ2A 1JL2A 4HTUA 2X74A 3LP0A 3P83D 3NHGA 5FROA 4CGDA 3K59A 1RTHA 3B6OA 3KKRA 2XY8A 4LH5A 2PZSA 3ZSOA 4FJ8A 2BGGA 3K2PA 1WSGA 3LWMA 1REVA 3HM9A 3IG1A 4DQSA 4KPYA 3ALYA 3CFPA 1NKBA 2YNFA 2G8UA 1DTQA 1RCHA 4CJSA 4CJPA 1JLAA 2KQ2A 5C42A 1N6QA 3CM5A 1VSMA 4CJKA 4QCLA 3ZSVA 1KCFA 4CGHA 4ZHRA 3EY1A 1XHZA 1A5XA 3PY8A 1BL3A 1JLCA 4CJ4A 3A2FA 4DQIA 3RWUA 4Z4GA 1NK0A 1HQEA 3OYKA 1ZBFA 4GMJB 4DU3A 4FK4A 1J54A 1JKHA 3K5OA 3QNOA 2IOCA 4CCHA 3MEEA 4OGEA 4DTXA 3HXMA 3B6PA 1HYVA 4KTQA 1T7PA 3I0SA 1NJWA 3QEXA 4B9TA 4JLHA 1IKWA 3HYFA 1KVAA 3OYBA 3TARA 2JGUA 4FJJA 3G10A 1WAFA 5DK5A 5KRTA 3DLGA 3MEGA 2HB5A 3LZJA 3PUFA 4J2EA 1KFDA 4CGGA 1ZBLA 4FK2A 3OYLA 4BACA 5K14A 1I39A 2HHWA 2LSNA 2VG5A 1QSSA 1BIZA 4KRFA 1C1BA 2IDOA 4RW8A 1L3UA 3HP9A 4HUFA 4J2BA 2OPSA 1NK6A 3TAPA 5SZTA 3LP3A 4F3OA 1NOZA 1RT7A 3VQ9A 2ZQBA 3S3NA 4G1QA 3FFIA 2D5RA 3QNNA 1D8YA 3DRPA 4CJ5A 5J2QA 3HK2A 3D45A 1IO2A 2HMIA 1B9FA 3JSMA 4B8CA 3CM6A 4CF9A 4DFPA 1J53A 4DFKA 4Z4IA 2KFNA 2YNHA 1C1AA 3DI6A 2DTUA 1WSEA 2D0AA 3AVNA 4OKEA 4W5QA 4CFCA 3TAQA 1EP4A 2XRIA 4N56A 1X9MA 4DLEA 5J1EA 3CFRA 4E7IA 1RBUA 3TAMA 2Z1GA 1J5OA 4KO0A 4AHSA 3DRSA 1SV5A 3I8DA 4FM2A 5C24A 3ITHA 4FJKA 2BANA 2QXFA 4M45A 3O4QA 3VQDA 5KI6A 3AO3A 3KD1E 4R5PA 3V9XA 3DLRA 3ZSQA 4M3YA 1D5AA 2YHAA 1RT2A 2HW3A 3HP6A 1Q9YA 4L8RB 3RRGA 5C25A 4DF8A 3LDSA 1BI4A 3V9SA 4I9LA 4KAZA 1HNIA 4CHOA 2OPRA 5J2PA 1WSJA 3DRRA 4E3SA 4DQRA 4OJRA 3NH2A 5J2MA 1IKXA 4BE1A 3KIOA 3OJUA 2ATQA 4PUOA 4FW1A 4FJGA 1C0MA 3MXMA 4CFDA 3P1GA 3SV3A 1ZBIA 1CLQA 3CYMA 4FLXA 3RR7A 3DLEA 3L2RA 4O0IA 1QSLA 3CG7A 1IKVA 1NK5A 3RMAA 4BE0A 3WNHA 3KK2A 4CGIA 4CHNA 3TAEA 2OA8A 1IH7A 4CEZA 4N41A 2X78A 3C6TA 2PY5A 3LANA 1NJZA 4LSNA 1BQNA 4ID5A 4ICLA 1VSIA 4FZYA 3OYHA 4DTMA 1HRHA 2FBYA 4M3WA 3OYIA 4PY5A 1C0TA 1S1TA 2G8WA 4IKFA 4M42A 2P5OA 1FKOA 3AA5X 4AHRA 3AVHA 1X9SA 1ASWA 3MECA 1JLGA 3MXIA 4QOZB 5JS1A 2R7YA 4AHVA 2YNIA 3DLBA 4FW2A 4DTPA 1RDCA 1Z25A 2KZZA 4XIUA 3KLGA 4KV8A 4EP5A 1RDBA 1RTJA 3DOLA 4CHZA 2PYJA 2OZSA 5DMRA 1W9HA 1RBTA 4DSLA 4FLZA 4Z4FA 2WONA 2HHVA 1TKXA 1YT3A 3NF8A 3VQEA 4E89A 3ZT2A 4DSEA 3QEVA 4I9QA 4CIFA 3ZSYA 3KJVA 1UA1A 5SWMA 4DS4A 4C8LA 1NJXA 1WSIA 3V4IA 2O4GA 4TSXA 1RT4A 3WNEA 1SKWA 4M3UA 3LAKA 3NCIA 2JLEA 5CYMA 3D0PA 3ZT3A 4CEOA 4I2QA 4C8OA 3VQ6A 4F2SA 3AA2A 2QK9A 1S1WA 4OPJA 5HP1A 3NF7A 5KGWA 3OS0A 1L3SA 4J2DA 3S3OA 4Y1CA 3F9KA 2HNYA 3RTVA 4DSJA 2Z1IA 1KSPA 4C8NA 2E6LA 3QIPA 2Q3SA 1KLNA 4DWIA 1RNHA 4CF8A 2XO7A 2E4LA 3SZ2A 3HPGA 4CJLA 4HCCA 3O3FA 2OZMA 1HPZA 3K5LA 2G8IA 5KGXA 1YVUA 1X9WA 3AVGA 2HHSA 4HUGA 4DTSA 4BDPA 1S6PA 3OS1A 2FBTA 2G8VA 1RBRA 3KLHA 1RDDA 3DLHA 3T3FA 2P1JA 1RT1A 1GOCA 1U49A 4NCAA 4KI4A 4OLAA 2ZD1A 4JRQA 4PQUA 3LWLA 4FJXA 2DFEA 1TAUA 1B92A 1F21A 2A1SA 2VWKA 1NK9A 1LV5A 3VQPA 2F8TA 1XC9A 1HQUA 3WNFA 5KTQA 4CHYA 1TVRA 2KTQA 4OPKA 1RT6A 3MXJA 3RRHA 2VG7A 2OPQA 1KVCA 3NGYA 1S1XA 4O0JA 3SPZA 2G8KA 4FZZA 2F8SA 1VSHA 3KLEA 2HHQA 3TWHA 1LW0A 3OYNA 1ZBHA 1BQMA 2FBVA 4B8AB 4IG3A 4CESA 4DG1A 4EZ9A 1EKEA 1EETA 1XI1A 1T8EA 1UWBA 2RPIA 1T03A 1C0UA 2HNDA 4CEAA 3M8SA 3K5NA 4E7JA 4KKOA 3K5MA 1D9DA 4DSFA 3AA3A 4LY7A 3ZSZA 4CJRA 1S6QA 1NK8A 4DTRA 4KFBA 3O3HA 5J2NA 4CERA 4CF1A 3NF6A 5HRNA 3DLKA 3K57A 3ZSWA 3HT3A 3RMDA 2XHBA 1CZBA 1I3AA 3AVFA 3SUNA 4LD0A 4KHYA 4OLBA 4FLYA 1EX4A 3L2VA 3VQ4A 1WLJA 1TK0A 3VQCA 3PX4A 3KK3A 4FJLA 4Z4CA 2KZMA 3OYGA 4IBNA 4NCBA 4KTZA 3KLFA 1SL2A 3L8BA 4CEDA 4BE2A 4C8KA 1UOCA 4FLWA 3JYTA 3TR8A 1CXUA 1JL1A 1YTAA 3PX0A 3HVRA 3ULDA 4IG0A 3QERA 1WAJA 3O4NA 4O5BA 3VQBA 3ZT1A 4AHCA 3NH0A 4GVMA 1RDAA 1JLBA 4DU4A 3NF9A 1HYSA 1VRUA 3SUQA 3AVIA 3HVTA 4OKKA 3QEWA 1U48A 4KHNA 1JLEA 3SQ4A 4M41A 4ZTFA 3IS9A 3KD5E 2VG6A 3SQ0A 1S5JA 4FM0A 3H08A 3SYZA 4FCYA 1S1VA 2ZE2A 4CEQA 4CK3A 4M3RA 1SUQA 1VSFA 3TABA 2DY4A 4N47A 4FJ5A 3PX6A 1Y97A 4FJIA 4FYDA 4KB0A 2Y1IA 3QIOA 4Z4EA 1RBVA 2KFZA 3AVBA 3ZSRA 4Q0BA 1SL1A 2BDPA 1KTQA 3V1OA 3ZT0A 1IKYA 1FXXA 1XWLA 4WE1A 1TK5A 1T05A 4B9NA 4KB1A 4MFBA 2O4IA 1W0HA 2RKIA 4BWMA 4E1MA 1BIUA 1SL0A 3LAMA 1DLOA 4W5OA 4JRPA 4E7LA 3VQ5A 4F2RA 4W5NA 3QINA 1QS4A 1RT3A 4LH4A 3U3GA 3EZ5A 4ZTJA 1X1PA 4I7FA 3NBPA 4CF0A 4O44A 1U4BA 3NAEA 3ZT4A 3OYDA 4ELTA 4FJ9A 5D3GA 4CE9A 4BDZA 4CJUA 3DOKA 2G8HA 3QLHA 4CK1A 4CJWA 3TANA 3AVCA 4B9VA 3S3MA 4FJNA 3HO1A 4DQPA 2IAJA 3WNGA 1HJRA 1U45A 1J9AA 1JXEA 1L3TA 2PYLA 1S1UA 2B6AA 1BCOA 4CECA 3V81A 4DF4A 4CJQA 3PO4A 3U6FA 5E41A 3OYEA 4Z4HA 1YTUA 3O3GA 4MQ3A 4C8MA 3V9ZA 2D0CA 2ETJA 3KKSA 1JLFA 3HPOA 2YKNA 4AHUA 5I3UA 1A5WA 3QO9A 2A1RA 3DMJA 4YFUA 3NH1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TSUA 3KK1A 3QEIA 3PV8A 3TI0A 4JAXA 4DSKA 3QBWA 4YOUA 4JEPA 4JHDB 5CYQA 1KVBA 3S9HA 3VEWA 1HNVA 4CGFA 4PA1A 2B5JA 4PKIA 3CCLN 1LWEA 1KD1O 4DTOA 4FJHA 2OCEA 3OJSA 2Z1JA 2YKMA 2EHGA 4DR2K 1K6YA 4B9UA 4PWDA 3NDKA 3MN7A 3EEQA 3M8QA 3OYFA 4IDKA 2UUCK 2X6NA 1C6VA 2I7PA 4C1NK 2W40A 3NGZA 3LALA 1WSFA 4F4KA 4N5SA 2RN2A 4O4GA 4CEBA 1BGXT 4LSLA 2YHBA 2GV9A 4OPAA 3E1YA 4QS7A 5C2DA 4IFVA 2O8FA 3CPWM 1G99A 3LP1A 5F1XA 3BGRA 3C95A 4NYNA 1TV6A 4H03B 4BRAA 2OTJN 4MDAA 3U8XA 1KAZA 1VQPN 1A5VA 1NKCA 3OS2A 4U67L 1LAWA 4B3SK 3F5TA 3BZKA 3CPEA 4M3XA 3CI5A 4UQGA 1JCFA 3TTCA 3VQQA 3WQUA 3L2WA 3SMPA 1P90A 1RBSA 2ZF5O 1N33K 1VSLA 3O6WA 3H3OB 4K42A 1WNSA 4X66K 1NOYA 1WUAA 4Y1DA 2D0BA 4JI0K 4JKCA 2FC0A 3OYMA 3OYCA 4R79A 4OVLA 3QMLA 3MAQA 3EYZA 2I5JA 3CFOA 3VENA 5CHIA 4ELVA 4X65K 5H1SQ 5FDLA 3KLIA 3T19A 5JVHL 3IMXA 1SQKA 5FRMA 1SKSA 1N5YA 3C0BA 3NFAA 1GOBA 2P9KB 1MU2A 3H1VX 1YJ9N 4JI8K 4K8XA 2O8BB 5FRNA 1BCMA 3VESA 3OTOK 3BDPA 4DLGA 3CC4N 4JN4A 4CZMA 1VAZA 4J2AA 3TSPA 5I42A 3QETA 4BDYA 5AFUA 1XC3A 3U3YA 4OGCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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