1A5WA

Asv integrase core domain with hiv-1 integrase inhibitor y3
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase with a bound HIV-1 integrase-targeted inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 50
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1a5wA00
1UAXA 4FW2A 2GBZA 3ZSRA 3D45A 1RT2A 3NCIA 2R7YA 3TI0A 1ZYQA 1JLAA 1FXXA 3VA3A 4FJLA 1HNIA 2WONA 2HHXA 4AHRA 2YNGA 3C6UA 3AVGA 4CFBA 3WNHA 4E19A 2IGIA 4DU1A 3AA5X 3ZT4A 3LZJA 1NK9A 3VQEA 4RG8A 1RT3A 3A2FA 4FZXC 4HTUA 1HQEA 1W9HA 2G8VA 4EP5A 4DTRA 4CJLA 4Z4HA 4NCBA 4H8KA 1HRHA 3AVHA 3T19A 1RBUA 4CJ4A 3JYTA 1J9AA 2LSNA 2HHQA 3QO9A 4OVLA 1IKVA 4N76A 1JLCA 1U48A 4Z0UA 4CJUA 2JGUA 1T8EA 4FJJA 1SV5A 1GOBA 2XY8A 3DMJA 2ITGA 4CGFA 1LV5A 4LY7A 2E6LA 4EZ9A 2RN2A 3PY8A 2FBXA 5KI6A 3OYGA 3SQ0A 1FKPA 4N47A 4CF1A 1ASVA 3V1OA 4HUGA 2HW3A 4CFDA 2G8IA 4B9UA 2XHBA 1C0TA 3K5NA 3SCXA 3M8QA 4ELVA 2X6SA 3NDKA 4N56A 1WSHA 3AO3A 3HPHA 3V9ZA 4DSEA 4FJMA 3AVCA 4O0IA 1YVUA 3RMAA 4Z4CA 1IH7A 3OYIA 1SKWA 1ASWA 4DSKA 1FK9A 3V1RA 3PO4A 4C8NA 1EX4A 2DFFA 3IS9A 4E1NA 4CIEA 3V9XA 5HLFA 3QEXA 1NK7A 1VSJA 2F8TA 4PA1A 4FJHA 1JKHA 3DLRA 4FLYA 4I2PA 4Q0BA 4KRFA 1BGXT 3I0RA 3DRSA 1UWBA 1T7PA 1LAVA 1ZBLA 1S6QA 1WN7A 4DSLA 3DI6A 3LP2A 1NJZA 4RW8A 1LW2A 1RT7A 3OJSA 1IO2A 2IAJA 1LWEA 3H08A 3MAQA 2Y1IA 1NK5A 4FLXA 3V1QA 1VRUA 4IKFA 4F8RA 4NCAA 1TKDA 4ZHRA 3KK1A 3U6FA 2OZSA 3L2WA 4RW4A 1YTAA 1TK8A 1KTQA 1QS4A 1KCFA 3NF9A 1C1BA 3SV4A 1WLJA 4LSNA 2FBTA 3DYAA 4I9QA 2HHUA 4CF0A 3OS1A 3EZ5A 1NOYA 1ZBHA 3HSTB 3K5MA 4E7KA 3AVLA 1KFSA 3TANA 4KV8A 1B9FA 2AJQA 2YNFA 1JLGA 3QIPA 4H4OA 4FLTA 1X1PA 1K6YA 1VSKA 1BQNA 3OJUA 3SNNA 2KFZA 3V9UA 4M3ZA 3LPTA 4OLAA 2Z1GA 3PX6A 1QQCA 4CERA 4JS5A 1Z25A 4HUFA 4Z4FA 2KQ2A 1C1AA 1NJYA 3VQ5A 1NK8A 4HUEA 1RCHA 4B8AB 3RWUA 3KKRA 3ZSXA 3QEIA 1RBRA 3P5JA 3ASMA 1HJRA 2VG7A 4M41A 4CEOA 2Z1HA 4FLVA 3VQAA 3TABA 4ELUA 2G8WA 1RDAA 3L2RA 2VWJA 1L3SA 4FM0A 4KI4A 1HMVA 3EY1A 4LD0A 4PUOA 3RRHA 5JS2A 3NF8A 4KTWA 3DOKA 5CY4A 3TARA 1Q9XA 4HHTA 5FRMA 1QSYA 3CYMA 5C42A 3RRGA 1SL2A 3ITHA 3SPYA 1TL3A 4CE9A 3HVTA 4OGCA 1BL3A 2NUBA 3LP3A 4EP4A 4JS4A 3ZT2A 1L3TA 3OYNA 4L8RB 2YKNA 3WNFA 1NOZA 3SI6A 2XY6A 1RTIA 3HPGA 3SQ4A 4CFAA 3KD1E 5HRRA 1QHTA 3G10A 4C8OA 4CEZA 1S5JA 1ZBUA 3THVA 4DLGA 2QXFA 3RR8A 4DG1A 2D5RA 4J2EA 4DS4A 5C25A 1TKZA 4N5SA 1TAQA 3MECA 2E6MA 4E1MA 4DLEA 1L3VA 3CM5A 1RT5A 5D3GA 4W5NA 3K57A 1RBTA 2GV9A 5CZ1A 4CEEA 1TKXA 4NYNA 4QAGA 4JRPA 3SZ2A 2GUIA 2YHAA 3TR8A 3MXJA 2A1SA 4NYFA 4CGGA 1NKCA 1RBVA 1SUQA 2YKMA 3QLHA 4CF2A 4OPJA 1EETA 4OGEA 3TAPA 1VK0A 3K2PA 3PX4A 4K8XA 4KHQA 2WOMA 4GW6A 1F21A 1ZBIA 3AVBA 2O4GA 3OYEA 3AO2A 4CJQA 3VQ6A 3ZSWA 4BDPA 4KI6A 2W42A 3NF7A 2XO7A 3F73A 4F4KA 3ISNC 1VSDA 4W5RA 1C1CA 3LP0A 4FJ5A 3SPZA 3BGRA 2EX3A 2XRIA 4IFVA 2FC0A 4E0DA 1J54A 4ICLA 3VQPA 3HJFA 2YNHA 1NKEA 1VSHA 4DQQA 4DSFA 1X9MA 4N41A 5C24A 4F3TA 1VSLA 4KHWA 1NJXA 3PO5A 4J2AA 5SZTA 1TVRA 4YFUA 3JSMA 3SUNA 3ZCMA 5CZ2A 3OYMA 4E7JA 4CHOA 3MXIA 3SUPA 2VG6A 4KTZA 4DFPA 4FJNA 2HHSA 3B6PA 1DLOA 2HMIA 3V6DA 3CG7A 3OYFA 1T03A 3NE6A 4BDZA 4MQ3A 4DFKA 1HQUA 3AVIA 4M3UA 1GOCA 2IS3A 4ID1A 4CJWA 3LWLA 1RT1A 3RMCA 1NKBA 1KRPA 3NHGA 4E89A 1A5XA 4CEFA 3CFPA 4CFCA 2G8FA 5KGXA 3DM2A 4AILC 5K14A 1XC9A 2XY5A 3DLGA 2P5OA 2B4JA 1RBSA 3RR7A 2KTQA 4RW9A 4DTMA 1I3AA 3KLEA 1BCMA 3AA2A 4H4MA 3HXMA 3C6TA 4OKEA 3HL8A 2PYJA 4HCCA 1VSEA 1N5YA 1QSSA 3K5LA 1RNHA 1JXEA 4ELTA 4FM2A 1WSJA 1Q8IA 5HRPA 3EYZA 1C6VA 3QEVA 4FJXA 3PUFA 1NK0A 4BWMA 1RTHA 4DSJA 2IDOA 3L2UA 4Y1DA 4QOZB 1VSIA 2YNIA 3I0SA 3LAMA 1RDCA 1CZBA 4KTQA 4CJ3A 2BDPA 5DK5A 3RMBA 3HT3A 4DFMA 3O4QA 3S3OA 1D8YA 4M3XA 1BI4A 4FXDA 4FLZA 3CQ8A 3PV8A 1S1UA 3DRPA 3IG1A 4CESA 4CIGA 3C94A 1D9FA 1VSMA 1CZ9A 3QNNA 3HO1A 4OKJA 3E01A 1S6PA 1KVAA 2FBVA 3MXMA 2E4LA 1EKEA 1TAUA 5KRTA 3HP9A 2QK9A 4C8KA 1TK5A 4B9VA 4BACA 1FKOA 1HYVA 4FLUA 4DQSA 2D0BA 4JRQA 3LWMA 1RTJA 1KSPA 1ZBFA 1DTTA 2VG5A 3SQ1A 4FZZA 1X9SA 1RTDA 1KVCA 1RT6A 5CYMA 2OZMA 1W0HA 2O4IA 4LH5A 3SQ2A 3L8BA 2P51A 1GOAA 4KHYA 1REVA 3HYFA 2KZMA 1JLFA 1S1VA 5HROA 3NF6A 4FVMA 3M8RA 4O4GA 1J5OA 1TV6A 4C8MA 1MU2A 3KTQA 4PQUA 1S1TA 3OYDA 1JLEA 3K5OA 4MFBA 3KJVA 3SYZA 1IG9A 4R5PA 1WSFA 3VN5A 1CXUA 1J53A 4DMNA 1EXQA 3SJJA 4HCBA 3VQDA 4OLBA 1U47A 4KFBA 2I5JA 4YNQA 1A5VA 2D0CA 3ZSQA 4CJKA 4RW6A 2HVIA 4CJRA 3DOLA 4AHVA 1KLMA 4CJTA 3KLHA 3FFIA 2IC3A 3RTVA 2PYLA 4KHSA 4IG3A 4FJIA 2DTUA 4DTOA 3O3FA 5HBMA 4I2QA 1BIUA 3NH1A 3NGYA 3KLFA 1IKXA 1HYZA 1BQMA 2ZE2A 2YV0X 3VQ4A 3D0PA 2ATQA 1R0AA 1RDBA 3NH0A 3IAYA 1XWLA 2G8UA 3HK2A 3OVNA 3RMDA 1ITGA 4CK3A 4KO0A 4AHTA 1T05A 4GVMA 2OPPA 3KIOA 1SKSA 5FRNA 2EHGA 3OYLA 4Q5VA 1HYSA 3VA0A 4B9LA 3LDSA 5J2NA 4M3YA 4W5OA 5I42A 4CK1A 3T1AA 1L3UA 4FCYA 2HNDA 1YTUA 2HVHA 4DTNA 4CJFA 4TSXA 3HM9A 1C0UA 1WAJA 3ZT1A 2HNZA 1C0MA 4AHUA 4CJVA 3QNOA 4CEDA 4DFJA 4FZYA 1EP4A 3KKSA 4J2DA 1Y97A 4Z4EA 1ASUA 2Z1IA 4OPKA 2PZSA 2OPRA 2HHVA 3DLKA 4KREA 3ALYA 1WSEA 3CFOA 1D5AA 4DTSA 1JL2A 4DQRA 3QETA 1S9GA 3L2VA 3T3FA 4B08A 1BIZA 5FDLA 4B8CA 4FJ7A 1U49A 3ZSVA 2HHWA 4IBNA 5CYQA 5KTQA 1JL1A 4W5QA 1KVBA 3KK2A 2VWKA 3QESA 3NH2A 4DQPA 4M3TA 4Z4GA 3SUQA 2G8KA 4BDYA 3ZSYA 1A5WA 4OJRA 3AA4A 3NBPA 2Z1JA 3MEGA 1BCOA 1O1WA 3F9KA 4UQGA 3HP6A 3V81A 3ZSZA 4Y1CA 4CGIA 1QSLA 4DQIA 5JS1A 1JXBA 2ETJA 3AVJA 3L3UA 3VQ9A 3WNEA 4DTXA 4E3SA 4CJ5A 1Z26A 3MEDA 3NAEA 3OS2A 3VQCA 4CHZA 2Q3SA 4CJPA 1UA0A 1QE1A 3PX0A 1UOCA 3AV9A 4CJEA 4NCGA 3V4IA 4CIFA 1G15A 3TAFA 4ZTFA 1KFDA 4W5TA 4O5BA 5KGWA 3SUOA 2JLEA 4DWIA 4K8ZA 5J2QA 4FJGA 2ZQBA 1VSFA 1RILA 1LW0A 3NGZA 3QEWA 4FK4A 4FJKA 4F2RA 5T7BA 3G0ZA 2DFHA 4LSLA 3TAMA 4BE1A 4BE0A 3QERA 3WNGA 5J2PA 3AVAA 1XHZA 1BI4B 5FROA 1QTMA 4CEBA 3CFRA 4DTJA 2IOCA 4I7FA 4G1QA 1WAFA 4FW1A 4M3RA 1NK6A 4B9TA 1WSIA 4AHSA 3UIQA 3DRRA 4IFYA 3OYKA 3ULDA 4CHQA 1S1WA 3AA3A 4J2BA 2BE2A 3OS0A 3LANA 4DF8A 3OYJA 2B6AA 4DTPA 4M42A 4E7LA 4CHYA 2ZD1A 1I39A 2RKIA 3S3NA 2P5GA 4FM1A 4M3WA 4B9SA 1BISA 4DU3A 1Q9YA 4CHNA 3HVRA 4PY5A 1D9DA 1LWFA 3CM6A 4AHCA 4XIUA 2KZZA 5I3UA 3VQBA 2D0AA 2B5JA 2KFNA 3LPUA 3LAKA 3OYCA 3K59A 3QEPA 4M45A 4DF4A 2F96A 4CGDA 4DU4A 3DLHA 2QKKA 4O55A 1LWCA 2PY5A 4KB1A 3AO1A 1X9WA 1DTQA 2QKBA 1IKYA 3P1GA 3U3GA 2OPSA 4FJ9A 4FK0A 4RW7A 4DTUA 4CEAA 3DLBA 3AO4A 4FYDA 1TGOA 3ZSOA 4KB0A 4KKOA 4F3OA 2DFEA 4C8LA 4FK2A 2P1JA 5DMRA 1TL1A 1UA1A 3NGIA 4CJSA 3BDPA 4F2SA 5KRSA 4E7IA 1U04A 4LH4A 5E41A 1WSGA 3B6OA 1WNSA 1U4BA 3KLGA 1SL0A 3AVNA 5EU7A 3K58A 4KAZA 3S3MA 4CF8A 1JLQA 3O3HA 3ZT3A 3LZIA 4AH9A 1XHXA 5J2MA 4ZTJA 2DY4A 3O4NA 4JLHA 4KHNA 2OPQA 3VQ7A 4QCLA 4GMJB 3TAEA 4BE2A 5HRSA 2X78A 4CGHA 2RF2A 3VQQA 1U45A 4Z4IA 3QINA 3AVMA 3OYAA 4CECA 4CGJA 4B9MA 1B9DA 1HPZA 1JLBA 3ZT0A 4CCHA 3C95A 3KK3A 3AVKA 1NJWA 1SL1A 4CEQA 3NFAA 3P83D 3OY9A 3IRXA 1RT4A 3V9SA 3MEEA 2OA8A 4B3OA 1CLQA 2OYQA 4FJ8A 1TK0A 1B92A 2BGGA 3L2QA 3QIOA 1IKWA 4OKKA 3SV3A 1SKRA 2HB5A 4DSIA 2BANA 2KW4A 4I9LA 1YT3A 1S1XA 2HNYA 3HPOA 3AO5A 3OYBA 1CXQA 3KLIA 2Y1JA 3LP1A 4O0JA 5SWMA 2XY7A 3DLEA 3LALA 4IG0A 4BWJA 4CF9A 3M8SA 4IDKA 4HVJA 5HRNA 1KLNA 1RDDA 4ID5A 3S9HA 3TAQA 1XI1A 5HP1A 4DS5A 4EZ6A 4CK2A 2FBYA 2HHTA 2G8HA 2YHBA 2A1RA 3TAGA 3AVFA 3O3GA 2F8SA 4PWDA 1VRTA 3VQ8A 4O44A 1BHLA 1TKTA 5J1EA 1HNVA 4FLWA 3V9WA 2X74A 1S9EA 4B9NA 3U3YA 1NK4A 4WE1A 3OYHA 3M8PA 4KPYA 3TWHA 1LAWA 2RPIA 4KHUA 1N6QA 3KD5E 4E7HA 3I8DA 2X6NA 4CHPA 1L5UA 3L3VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GBZA 3D45A 2R7YA 1ATRA 1XMQK 3THXB 4JNEA 1ZYQA 3CMEN 5BPMA 4FJLA 2HHXA 2FXUA 3AVGA 3WNHA 2IGIA 4HWIA 4DU1A 3LZJA 3VQEA 1RT3A 1YF5L 5KQDA 2ZJPL 4HTUA 4WQ5A 4DTRA 1NLVA 4JK7A 3VEOA 4NCBA 5I9EB 5BR9A 1U48A 4Z0UA 4BR0A 3R1XA 4FJJA 1SAZA 3ZYYX 2XY8A 1LV5A 5DM6L 3VGKA 3OYGA 4B1YB 3V1OA 2HW3A 4JK9A 4ELVA 4FJMA 3V9ZA 3AO3A 3HPHA 4DSEA 4O0IA 3RMAA 1OVYA 4X62K 3OYIA 4FWMA 1ASWA 3QMLA 3V1RA 1EX4A 4E1NA 4M7YA 1EWQA 3LM9A 1NK7A 3SJHA 1QZ6A 2QA4N 3SAFA 3TTFA 3CCQN 2UUBK 2Q31A 4BRPA 1LAVA 2HF4A 1VQ8N 3LP2A 2WTUA 3KWIA 3H08A 3MAQA 4GNIA 1NK5A 3V1QA 2QWMA 3ZEUB 1VRUA 4BREA 2QWRA 1NGDA 4IO8A 4ZHRA 1TK8A 3SV4A 1KCFA 4NLCA 2P9UB 2QWQA 1N32K 2HHUA 1NOYA 3HSTB 3TANA 1YJNN 2AJQA 2YNFA 1Q7YO 2Q1NA 2UUCK 1BQNA 1KAXA 2HBJA 2HSTA 2Z1GA 4MDAA 1HKCA 4OLAA 1Z25A 4HUFA 1DKGD 3HOSA 1QZ5A 4B8AB 3RWUA 4YDUC 5F0XA 2GX9A 1HJRA 2VG7A 3LDOA 5FPMA 1H1VA 2Z1HA 3D2FB 2OCEA 2O8FB 4ELUA 2G8WA 4EIAA 2VWJA 4KI4A 3PIPL 3EY1A 4BG8A 4A5AA 4O5FA 1GLCG 4PUOA 3RRHA 2NRXA 3DOKA 3TARA 1K8KB 3RSEA 4QS7A 1KC8O 1TL3A 4JS4A 2NUBA 4NXNK 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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