1A5XA

Asv integrase core domain with hiv-1 integrase inhibitor y3
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase with a bound HIV-1 integrase-targeted inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 51
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1a5xA00
1SKSA 4E7HA 2Y1IA 4M3ZA 4YFUA 3ZT3A 2YNHA 4FW1A 3G10A 4KB1A 1O1WA 4DF8A 3H08A 4G1QA 1TK8A 2EHGA 4E89A 3CM6A 4CEEA 1IKWA 2P5GA 2B5JA 4FZXC 4KV8A 1NJWA 4DQRA 1CZBA 2OPSA 4OVLA 2DFEA 3OYMA 3HPGA 3ZSOA 2HNYA 4QCLA 2XY6A 1EKEA 1K6YA 4PY5A 3HVTA 1UA1A 3MEGA 3AO1A 4FCYA 1CZ9A 5J2MA 2X78A 3AA2A 3OYBA 1RTHA 4N41A 1RDCA 3SQ2A 1REVA 3E01A 4N76A 2FBTA 4GVMA 1S9EA 4OPKA 3ASMA 4JRQA 3SUPA 4RW8A 4CF0A 1A5WA 3VN5A 3PV8A 3SZ2A 4FLTA 4ID1A 2VWKA 1ITGA 3B6OA 1YT3A 3MXMA 1HYSA 3NF7A 3NHGA 5T7BA 4CJTA 4J2DA 2O4IA 4I9QA 1JXEA 2RKIA 4RW7A 4NYFA 1QSYA 1JL2A 1KFDA 4CEFA 5CZ2A 1VSHA 1T05A 5KGWA 2YKMA 3F9KA 3HPHA 3IS9A 3OYLA 2HHQA 4FJMA 4EP4A 1EP4A 3LPTA 4E3SA 1B92A 2IC3A 3RMAA 4HTUA 3S3MA 3T1AA 3F73A 3TR8A 3SPZA 4CCHA 4DSJA 1VSFA 4FVMA 3K5NA 1XI1A 4BDYA 2OZSA 3EZ5A 2OYQA 1N5YA 4JLHA 5HRSA 1MU2A 1EXQA 3SUOA 1FK9A 3OYEA 4DU1A 4IDKA 1LWEA 2XO7A 3V9XA 5DMRA 4B8AB 3TAEA 3I8DA 1RBRA 2OPQA 2KW4A 3SJJA 1Q8IA 1IKXA 4ICLA 3FFIA 4W5QA 3DYAA 2KTQA 1QQCA 3OS1A 4M3RA 1CLQA 3VQEA 1JLEA 4CHYA 4BE2A 3V6DA 4CHQA 2OPRA 3OYIA 3THVA 1X9WA 3NGZA 1SL0A 4J2BA 2D5RA 3QIOA 1TAQA 4GW6A 4F8RA 3AVMA 3VA0A 4OKKA 2P51A 1VK0A 1WSHA 2VG6A 3KKRA 4CF2A 4DTXA 4DTOA 4F3OA 2ZD1A 5KRTA 4DSEA 3SI6A 2BGGA 1T8EA 1QE1A 3AO5A 4O5BA 4E7LA 3QIPA 4Z4GA 3L2RA 3HL8A 1ASUA 1RDAA 3SQ1A 2HHWA 3VQBA 3AVIA 1BI4A 2ITGA 1VSDA 3K58A 1A5XA 2ZE2A 4FM2A 3JYTA 3V9SA 1D8YA 4CEBA 2A1SA 2ATQA 2X6SA 2F8SA 1VSJA 4M3TA 4B9TA 4H8KA 1TK0A 3LZJA 1NKBA 3RRHA 1TGOA 2DFHA 3TI0A 1LW0A 3LANA 2HB5A 1B9DA 3KIOA 3OYJA 4OGEA 3MXIA 3RR8A 1J9AA 2VG5A 3LPUA 4IG0A 1WLJA 3QERA 2PY5A 3U3GA 2IOCA 5HP1A 4CFBA 3LAKA 5C42A 3C6UA 4FJ7A 4W5TA 4CEQA 4FLYA 1BCOA 1CXQA 1I3AA 4RW9A 3KJVA 4ELVA 3NF6A 4CERA 3M8QA 3T19A 1FKPA 2W42A 4FLWA 2F96A 3OJUA 4KREA 2O4GA 3WNHA 3L2WA 4C8OA 1WSFA 4KAZA 3AO3A 1CXUA 4DU3A 1C0UA 4EZ9A 1BL3A 4B08A 2OPPA 3O4QA 3VQ9A 1VRUA 4DTUA 3DLRA 3NAEA 1HYVA 3DRPA 2P5OA 4BE1A 2PYJA 3V9ZA 3WNGA 3KLEA 1RT4A 5HRNA 3RWUA 3MXJA 4I9LA 3LAMA 3ZSRA 1NOYA 3C6TA 1IKYA 1RCHA 2I5JA 4H4MA 3PO5A 3V1QA 3VQPA 3TABA 4KHSA 4CHZA 1LAVA 3AO4A 1JLAA 1RT3A 1ZBLA 4CFCA 4E19A 4J2AA 3NDKA 1NK8A 4DSLA 3LP0A 3NH1A 3ISNC 1BIUA 4AHVA 4FJXA 4NCGA 4KTQA 3K5LA 4CEDA 4W5RA 4OGCA 4DFPA 3L3VA 1NK6A 3PUFA 1U47A 2PYLA 2FC0A 2DY4A 2Z1JA 3SQ4A 4BE0A 1JXBA 1ZBUA 3OYKA 2Y1JA 4CIFA 3HP9A 4DF4A 2GBZA 1TK5A 1IO2A 5CYQA 4KPYA 4DMNA 3P83D 3OYHA 1J54A 4FLUA 1Q9XA 1KVBA 4B9LA 1Y97A 3MAQA 4LSLA 2ZQBA 5J2QA 4KRFA 2HVHA 3VA3A 2HHSA 5J2NA 3TAGA 1BISA 1HPZA 3T3FA 2QKKA 1TV6A 1JLQA 4QOZB 2HNZA 4OKJA 2D0CA 3ZT0A 2Z1IA 3VQ7A 3NGIA 3QESA 1XHZA 4C8LA 4GMJB 1WSEA 4RW4A 1QHTA 4HVJA 2Z1GA 1RT5A 5JS1A 1JL1A 4HUFA 3TAPA 4Z0UA 3SQ0A 2FBYA 4Y1CA 3ZSQA 3NH2A 2YKNA 1Q9YA 1T7PA 3ZSYA 5KTQA 3OS0A 3KD1E 4PQUA 2AJQA 4F2SA 1TVRA 4IBNA 1U48A 2D0AA 3KLGA 1BQMA 1JLFA 3DM2A 3SV4A 3V1RA 3KLFA 4DFKA 1L3SA 4WE1A 2BE2A 2NUBA 3AVLA 4TSXA 4LY7A 4BDZA 1T03A 4C8MA 4DFJA 1TKXA 4CJ3A 4HCCA 4FJHA 3ZT1A 1EX4A 3QLHA 3EY1A 4B9MA 2HHUA 4FLXA 3OVNA 3D0PA 4OJRA 4PA1A 3SNNA 1DTTA 3I0RA 4Y1DA 4AHTA 4DTJA 4K8XA 1HQUA 4AHCA 3RTVA 2WOMA 2YNGA 3KLHA 3QEXA 5I3UA 4M45A 3RMCA 3L2UA 5CY4A 1ZYQA 2PZSA 1RT6A 1S1TA 4LD0A 4CJPA 3C94A 5HBMA 1W0HA 3CM5A 4C8NA 4NCBA 2F8TA 3ZCMA 3HO1A 4DS5A 4CHPA 1TKZA 4CJLA 4AH9A 2QXFA 3HP6A 4LH4A 4Z4IA 3NFAA 3LP3A 1ASWA 3ZSZA 3LZIA 1NK5A 3NF9A 4CJVA 1L3UA 4Z4FA 2KFNA 2R7YA 3QEWA 3SPYA 1JLCA 2BDPA 4CECA 1XHXA 4KHNA 1SV5A 3P1GA 2HNDA 3O3FA 4DTRA 4IKFA 1IKVA 4K8ZA 4LSNA 2D0BA 2E6LA 2ETJA 2Q3SA 4CJUA 5KGXA 1QTMA 2QKBA 1UOCA 2FBXA 3EYZA 3CFPA 1QSLA 3JSMA 1WSJA 2G8KA 3IAYA 4M3WA 3CG7A 4F2RA 1NJZA 4CJRA 3MECA 1QS4A 2YV0X 3SYZA 3NCIA 3L2VA 3DLGA 3IG1A 3VQ6A 1WAFA 3VQ8A 4E1MA 4DTSA 1DLOA 3M8SA 2XY5A 1X1PA 5HROA 2FBVA 4I2PA 5C25A 3HPOA 4M41A 4BWJA 2YNFA 3DRRA 4YNQA 1S1XA 4AHUA 2G8UA 1KVAA 4CJWA 1LAWA 4FJJA 1VSIA 4W5NA 1UA0A 1RBUA 3DLHA 1TL1A 4JS5A 3MEDA 5KI6A 3OYFA 1J5OA 4CJKA 5FRMA 4CGDA 1YTAA 3TWHA 5FRNA 3AVFA 1S1WA 1GOAA 4J2EA 3HJFA 1VRTA 4BACA 3TARA 3C95A 1X9MA 4FJGA 1X9SA 4CFAA 3DOKA 2G8HA 1D9FA 4HCBA 3NE6A 1FXXA 2HHXA 3VQCA 3CFRA 5I42A 3V1OA 4DQIA 4F4KA 4FZZA 2GV9A 1RT7A 4CK2A 3HT3A 2RF2A 4I2QA 1U4BA 4E0DA 1SUQA 3M8PA 3UIQA 2HHTA 4FJNA 5CYMA 3P5JA 1L5UA 5HRPA 1XC9A 3B6PA 3U3YA 3QEPA 1HRHA 3LWLA 1KTQA 1Z26A 5C24A 2KQ2A 4N5SA 4E1NA 3IRXA 1VSMA 2G8FA 4O55A 1RT1A 1ASVA 1VSEA 4KFBA 1RT2A 3AA3A 1U49A 2IAJA 1S1UA 3TAMA 2VG7A 4CF1A 5SZTA 1KFSA 3HVRA 3CQ8A 4CJEA 1F21A 4RG8A 4MQ3A 1C6VA 4N47A 3KK3A 4M3UA 2X74A 4DLGA 3ZT2A 3OYCA 2Z1HA 4O4GA 1RDDA 3WNEA 1WSGA 1HYZA 2X6NA 1C1AA 3KKSA 3VQ5A 4FJ9A 4FK2A 1YTUA 1JKHA 3L2QA 1B9FA 4I7FA 3DLBA 3OJSA 1U45A 3AV9A 3O3GA 1BHLA 3DLEA 4CIEA 2RN2A 2LSNA 2G8WA 4O0JA 1LW2A 4O0IA 1KRPA 4KHWA 3NF8A 4LH5A 5D3GA 4R5PA 3OY9A 3ULDA 1RTDA 3AVJA 4FJKA 3O3HA 4JS4A 3ALYA 5EU7A 1RTIA 1DTQA 5FROA 4PWDA 4OLAA 3BDPA 1LWCA 1S6PA 4B9SA 3SV3A 3NBPA 1SL1A 1EETA 1NK0A 3ZSVA 4NCAA 4UQGA 4HUGA 1IH7A 5E41A 4E7KA 1ZBHA 3M8RA 3HK2A 2IGIA 1TL3A 2JGUA 2XY8A 1L3VA 3RRGA 1HMVA 3QNOA 3AVCA 1WN7A 4FJ5A 3PX6A 1RNHA 3HYFA 4IG3A 4QAGA 4FK0A 2YNIA 5HRRA 3OYGA 1YVUA 3QEVA 3WNFA 4CEZA 2RPIA 1C1BA 4AHRA 4B9NA 3KTQA 2YHAA 4W5OA 4N56A 3PO4A 3AA4A 3PY8A 2IS3A 1SKWA 1KVCA 4CJSA 1ZBFA 4ZHRA 5KRSA 3AA5X 1ZBIA 4O44A 3HSTB 4ID5A 4DQSA 4CK1A 2DFFA 3AVBA 1S6QA 4KHQA 3VQAA 1G15A 1QSSA 4BDPA 4RW6A 1HQEA 4DSIA 1Z25A 1RILA 4OKEA 4Z4HA 3AVAA 2IDOA 3KK2A 3V81A 4CHOA 3LALA 3SUQA 1LV5A 4FZYA 4FYDA 3O4NA 3SCXA 3RMBA 3K5OA 1NJXA 3AVKA 5CZ1A 4CGIA 3QNNA 1NKEA 1W9HA 2E6MA 4AHSA 1BQNA 2EX3A 4CEAA 4DTMA 3AVGA 3G0ZA 3QINA 1C0TA 4NYNA 4CF9A 1D9DA 4CJFA 3TAQA 4KI4A 4HUEA 4FK4A 4CGJA 4KO0A 4ELTA 1BCMA 3LWMA 4CGGA 3VQDA 4AILC 4B9UA 5FDLA 3S9HA 4FLZA 4DQPA 4DU4A 4CESA 1TKDA 1NK9A 4OLBA 4DTNA 4KB0A 4H4OA 3QO9A 4DQQA 2VWJA 4FW2A 3DI6A 4CGFA 4Z4CA 1HNIA 4KKOA 3ZSXA 1D5AA 3AVNA 3D45A 4CK3A 3OYNA 4DSKA 4FJLA 3QETA 2A1RA 4F3TA 2KZZA 1VSKA 2HHVA 3DLKA 1HNVA 1BGXT 4MFBA 4ZTFA 2HMIA 4B3OA 1C1CA 3HXMA 1NJYA 1NK7A 4CJ5A 2HW3A 3V4IA 1JLGA 1J53A 4E7JA 2KZMA 1WSIA 1RTJA 1JLBA 3L3UA 4B8CA 4DG1A 4OPJA 3V9UA 4C8KA 1RDBA 3K59A 2G8VA 4KHYA 1VSLA 1RBSA 3KD5E 4ZTJA 2WONA 1I39A 1NKCA 3ITHA 4Z4EA 4CEOA 3MEEA 4EP5A 4KI6A 1BI4B 1S5JA 1A5VA 4KTZA 4DFMA 5JS2A 4L8RB 4JRPA 3DOLA 3OS2A 2OA8A 2E4LA 5DK5A 3DMJA 1S9GA 3VQ4A 2YHBA 2XY7A 4KHUA 3AVHA 1L3TA 4B9VA 3HM9A 2KFZA 1KLMA 4CHNA 3K2PA 3ZSWA 4CIGA 4M3XA 4CF8A 4XIUA 1WAJA 3TANA 2XRIA 4DS4A 3S3OA 4FLVA 4CJQA 3ZT4A 5J1EA 3V9WA 4DSFA 4BWMA 3L8BA 5J2PA 3AO2A 3S3NA 4FJIA 2JLEA 3K57A 3RR7A 4EZ6A 4DWIA 3KLIA 1XWLA 3U6FA 3OYDA 3TAFA 2B4JA 3NH0A 4CFDA 5HLFA 1N6QA 2P1JA 4FXDA 2BANA 4M3YA 1WNSA 2B6AA 1GOCA 1RBTA 1UWBA 4KTWA 3I0SA 4E7IA 3QEIA 1KCFA 1GOBA 3LP1A 3PX4A 1HJRA 1KLNA 2OZMA 3A2FA 3CFOA 4CJ4A 1IG9A 2DTUA 5K14A 1SKRA 2XHBA 1TKTA 1NOZA 1FKOA 4IFYA 3SUNA 1NK4A 1RBVA 1C0MA 3VQQA 4CE9A 3K5MA 3DRSA 1R0AA 1S1VA 2GUIA 4FM1A 4M42A 3RMDA 1KSPA 4PUOA 4FM0A 1U04A 3BGRA 3NGYA 1BIZA 1UAXA 4ELUA 2HVIA 4HHTA 3LP2A 1TAUA 4IFVA 4DTPA 5SWMA 4Q5VA 2G8IA 4Q0BA 3LDSA 4FJ8A 4CGHA 3PX0A 3CYMA 3OYAA 3KK1A 2QK9A 4DLEA 1LWFA 1SL2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E7HA 4FW1A 4BRCA 2EHGA 3VERA 2W6KA 4E89A 2P5GA 1IKWA 4DQRA 3ZSOA 2HNYA 1EKEA 1K6YA 2UUBK 4PY5A 3WXMB 1UA1A 3MEGA 2UUCK 4DR5K 1REVA 5C10A 4N76A 4BRLA 3SUPA 4GKKK 4RW8A 3O9UA 3VN5A 4ID1A 1ITGA 1YT3A 3DLLL 1NGBA 4I9QA 2RKIA 4RW7A 3OYLA 2HHQA 5AQPA 4FJMA 3CC4N 1EP4A 2IC3A 1KQSM 1T3VA 2NRTA 3KZBA 4XH4A 3A5OC 5AJ3K 5TKWA 4DV6K 4NLBA 1OH7A 1S72N 3TPQA 5DMRA 4IDHA 3L6QA 2OPQA 2OTLN 1IKXA 2KTQA 3DYAA 1QQCA 3D2EB 5BR8K 4M3RA 5M1FA 4CZHA 1JLEA 1HNWK 3OYIA 3NGZA 1TAQA 1T6CA 4FWLA 2BGGA 3K9KA 4FWQA 4A2AA 5ADXA 3VQBA 1J6ZA 1VSDA 3JYTA 3EO3A 4CEBA 2A1SA 2X6SA 5AQWA 2UXCK 3U9ZA 3LZJA 3RRHA 4PKIA 5HOOA 1QVFM 3KIOA 3MXIA 2VG5A 4IG0A 4XH1A 3U3GA 2IOCA 4CFBA 3BUZB 3I56N 4FLYA 5IWAK 2VWBA 4ELVA 4CZIA 3NF6A 3O08A 4DHYA 3JXUA 3WNHA 2H3GX 3AO3A 4DU3A 4B08A 3MN9A 3WXKA 2O8FB 3UKUA 3LDLA 3WNGA 3KLEA 1NBWA 3ZSRA 3WXIA 3C6TA 3PO5A 1BUPA 1LAVA 4BG9A 3FGUA 3LP0A 2A42A 4DV1K 3ISNC 4CEDA 1X3MA 2P9LB 4OGCA 4W5RA 3L3VA 3BZCA 3TTFA 2FSKA 2PYLA 3GOIA 5GAGP 3VTIA 1ZBUA 3OYKA 2Y1JA 1N32K 1IO2A 3P83D 3OYHA 2HVHA 1Y97A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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