The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
70
|
structure length |
70
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Chain Sequence |
MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKQVVDQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGSTLGLNIEAATHVGKQIVEKILK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein
|
| molecule keywords |
NONSTRUCTURAL PROTEIN NS1
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| publication title |
Crystal structure of the unique RNA-binding domain of the influenza virus NS1 protein.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
29
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| structure length |
70
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| sequence length |
70
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1997-04-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ZM6 O; 4AQY O; 4DUY O; 3O65 A; 3RT3 C; 3J81 N; 2UUA O; 2UXB O; 2DOS A; 4X64 O; 4DR4 O; 1IBL O; 4DV7 O; 4JV5 O; 4DV3 O; 4LF6 O; 1FYJ A; 5IWA O; 5A2Q N; 4B3S O; 5LL6 Y; 1R6T A; 4GKK O; 2JRI A; 4LF5 O; 4B3R O; 1IBK O; 1D2D A; 2ZKO A; 5BY1 A; 4LF4 O; 3J7A U; 4JI2 O; 4JI3 O; 2HHH O; 3T1H O; 2UUB O; 1A32 A; 3T1Y O; 4DV2 O; 4NXM O; 2UXD O; 4JI5 O; 3SDL A; 2UUC O; 4JI7 O; 4K0K O; 1AIL A; 1IBM O; 3R66 A; 1N32 O; 2AGA A; 4LFA O; 4LF9 O; 4JI4 O; 4JI0 O; 1R1B A; 1DK1 A; 2LW7 A; 4A5U B; 2DJV A; 1N36 O; 4DV1 O; 4LFB O; 4JI8 O; 5IT9 N; 4DV0 O; 1N34 O; 1XEQ A; 4DUZ O; 1XNR O; 4KHP O; 1XMO O; 4X65 O; 4DR3 O; 3F5T A; 1XMQ O; 4LF8 O; 4DV5 O; 4YHH O; 4NXN O; 4YY3 O; 1N33 O; 4LF7 O; 4DR6 O; 4LFC O; 5BXZ A; 1X59 A; 5BR8 O; 3J80 N; 1G1X B; 4OPH A; 1NS1 A; 1HR0 O; 4OPA A; 5LMU O; 3OTO O; 1YZB A; 3JAM N; 4GKJ O; 1AB3 A; 4DR7 O; 5H5N A; 2E5L O; 4DV4 O; 4X62 O; 2VQE O; 5FLX N; 4JYA O; 2F4V O; 2Z0A A; 3M8A A; 1HNX O; 4OX9 O; 4B3M O; 1I94 O; 4JI6 O; 4X66 O; 1HNZ O; 4DR1 O; 4DV6 O; 1F7Y A; 1FJG O; 2UU9 O; 2UXC O; 2VQF O; 4B3T O; 2N74 A; 4JI1 O; 1XNQ O; 1HNW O; 5LMN O; 4DR5 O; 1FKA O; 2FKX A; 4DR2 O; 1J5E O; 1KUQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4B7E A; 4LF4 B; 1JJ2 U; 5CA1 A; 2UUB B; 5LHI A; 2CTR A; 3T4Z A; 5KUM A; 1VQ5 V; 1N8R W; 1OCZ B; 4TUY A; 4WBN B; 1YF2 A; 2HKO A; 3RYF A; 3STZ C; 5EBM C; 5IYC O; 2QM7 A; 3F7Y C; 4WFG A; 2FTK A; 4UV9 A; 3LSU A; 3RYH A; 1KP2 A; 3A0H Z; 4JI2 O; 4ZKI A; 2YS8 A; 2YIA A; 3ZRS A; 2UXD O; 5JJN B; 3MDS A; 1Y74 B; 4L8J A; 1QLE B; 3L74 H; 5KA6 A; 5LP6 B; 1PL4 A; 1VQ8 V; 3OR6 C; 1UJW B; 1JFF B; 4E4E A; 4JAU A; 1OHH G; 4Z1M G; 1US6 A; 1S77 D; 1XNR O; 3OW2 U; 1PNK A; 5LXT B; 1VP7 A; 1ZLZ A; 2JK5 C; 1AJN A; 4UCU A; 1O9G A; 4JI6 B; 5BXZ A; 4UCS A; 1G1X B; 3TJT A; 2JGD A; 1VQ9 V; 3BPZ A; 3SYO A; 1Q7Y W; 1EM1 A; 3FB7 C; 3VBB A; 3AK1 A; 1K4C C; 4GKJ O; 1ORQ C; 5B1A C; 2ZT9 B; 4FMT A; 2DQ3 A; 3TET A; 3B09 A; 1J5E B; 1YJW V; 3OGI B; 4EFB A; 3ZHV A; 4O2B B; 2UUA B; 2EIM C; 1Q82 W; 2RN9 A; 1F7Y A; 4UCR A; 1FPO A; 1WP7 A; 3LDE A; 4GKK B; 1IX9 A; 1M56 B; 3QTC A; 1DTO A; 1P4R A; 2Y48 A; 4PI2 A; 3L70 H; 2K1E A; 2VS0 A; 3K0G A; 3RYI B; 1CEZ A; 3ABT A; 2LFR A; 3OR7 C; 2A7W A; 1KYO F; 3OGC C; 4UVA A; 5IYZ B; 3FAV A; 1ZL8 B; 3OFN G; 1TUB B; 2IJJ A; 4LFB B; 2OYQ A; 2HHH O; 4TV8 A; 2EIL B; 1Q8I A; 3JSL A; 4TT3 G; 4DUZ B; 1EZJ A; 1K4D C; 3DC5 A; 1YI2 V; 5JVD B; 2E75 B; 4X1Y B; 2DN9 A; 4JI7 O; 1W0K G; 3AG1 B; 2WLL B; 3CX5 F; 1EBO A; 2CGO A; 1WB8 A; 1PM9 A; 4LF9 O; 1R1B A; 3B4S A; 4A5U B; 4BAY A; 4FLZ A; 5L3E A; 3B2E E; 1NTM H; 4FLU A; 4RAI A; 1NZ6 A; 1R3K C; 1VAR A; 4JZG A; 5GTI Z; 4LFC O; 3HKC A; 3W7X A; 4DV6 B; 2RMK B; 2A0L A; 2PF4 E; 1MNG A; 2F1M A; 2UXC B; 2AHZ A; 1FXK C; 2DE0 X; 4RUF A; 1Y76 A; 4UB6 Z; 1FXK A; 2Q0A A; 3SPG A; 3HKB A; 2ZNI A; 1YVW A; 4TQF A; 1AR1 B; 2HJD A; 2L35 A; 2Z3Y A; 4D7S A; 2CH7 B; 3SYA A; 1YXB A; 2N74 A; 2AZ0 A; 2Q69 A; 1GMG A; 4B3R B; 4R8C A; 1RSO A; 2BSK A; 2ZD9 A; 5E79 Z; 4XDL A; 1KQS U; 3P3N A; 1R73 A; 1GAX A; 1AI4 A; 5LHG A; 4LF6 O; 3B8M A; 2BTO A; 1QR9 A; 4TWK A; 1R6T A; 4CH4 A; 4X1K A; 4CS3 A; 4NB5 A; 4LF5 O; 3E8F A; 4P30 A; 1VF5 B; 5B1B C; 4N21 A; 3D36 C; 5GON A; 4O4I A; 3T4D A; 3D36 A; 4PHZ A; 1EN5 A; 4DV5 B; 1CPY A; 2YIC A; 1N33 B; 3SJC C; 1N32 O; 1BHA A; 5LGN A; 3N2K A; 3SJA C; 3RBZ A; 1N36 O; 5ITZ B; 1GKF A; 3BFR A; 2JGD B; 2A06 H; 3C3S A; 3HKE B; 4X9Q A; 3SYQ A; 4DK1 A; 3N27 A; 3TXQ A; 1EZV H; 2RNB A; 1VF6 C; 5B1A B; 4O2A B; 1VF6 A; 2FYU H; 1PNM A; 3SPC A; 2EZP A; 2PI5 A; 2OCC B; 5B3S C; 2EIM B; 1XNQ B; 1W59 A; 4YJ3 A; 1SRY A; 2Q8V A; 5FNV B; 2PYJ A; 1K33 A; 4G28 B; 5LGU A; 3KCY A; 1IBL B; 2B5U A; 2UU9 O; 4DV3 B; 2W0F C; 1F4M A; 2RQ6 A; 3ZRW A; 2BOC C; 4JI1 O; 4H0L B; 1O9H A; 1M57 B; 2ZDI C; 2QTS A; 1K9M W; 4H13 B; 2FKX A; 4WFH A; 3P32 A; 1P84 F; 4XDJ A; 5LA6 A; 1XI1 A; 2YUA A; 3K0D A; 4DUY O; 3ZMZ A; 1KKD A; 5B1O A; 4X65 B; 3ASN B; 1Q81 W; 4K0K B; 2YC0 A; 3RWR D; 2OWO A; 2IJI A; 5IWA O; 4B3S O; 1VQL V; 2MW2 B; 1LR1 A; 1ENV A; 3MAQ A; 2DWE C; 2ZIO A; 5J2U A; 1WB7 A; 4PDV A; 4EEQ A; 1KD1 W; 2JEX A; 1V54 B; 4BWA A; 5IY5 C; 1N34 B; 2YI8 A; 3TK1 A; 3T1Y O; 2G38 A; 1YTF D; 2UXX A; 2D3O W; 3ML0 A; 1WPX A; 1Z2G A; 3WB1 A; 2HJF C; 2V4D A; 2RJZ A; 2XAQ A; 2LFS A; 4I4T B; 2CDY A; 4Q20 A; 4D6T H; 4PA7 A; 1J95 A; 3DC6 A; 4UFZ A; 5JJE B; 3HKC B; 2ARH A; 2WLI A; 2AZ2 A; 3DSQ A; 5KHG A; 3ABL B; 2W6J G; 3M7M X; 4X62 B; 2OIE A; 1K34 A; 3A8T A; 2ADQ B; 4JYA B; 4JYY A; 1NI8 A; 4DR6 O; 4FFB B; 4OXS A; 1GN4 A; 3J80 N; 3CE2 A; 1V9P A; 1FXK B; 2BCC H; 1SKV A; 3OE7 G; 4P2Z A; 5EBL C; 2Q0O C; 3AK3 A; 2R9I A; 2QGN A; 4B08 A; 4BR6 A; 4IL6 Z; 1AB3 A; 4MSW C; 4MVR A; 4F6R A; 4AHC A; 1QHT A; 4JI2 B; 1B6Q A; 5FLX N; 4OX9 O; 4PV1 B; 5IE9 A; 2BSK B; 2UXB B; 3BAB A; 3E22 A; 2F23 A; 4X64 B; 5J2T B; 2LP7 A; 1YJ9 V; 4JGS A; 5EYP A; 2N04 A; 3OMI B; 3R65 A; 4UCT A; 2GTA A; 2LW1 A; 2DWD C; 1X4T A; 2EUL A; 2PTM A; 2JEU A; 2A79 B; 4NTY A; 3JAL A; 2VRZ A; 3NR7 A; 3OD4 A; 3H1H H; 2Y69 C; 2LJ2 A; 3GWK C; 1CP9 A; 5CBH A; 4K8Z A; 1SET A; 1E79 G; 2WA3 A; 2Q6A A; 2WWW A; 4F6E A; 3H1I H; 1QVF U; 2ZE7 A; 3JSN A; 2PZS A; 2P4V A; 4TV9 B; 1FYJ A; 5A2Q N; 4I55 B; 1SA0 A; 5LHH A; 4JI0 B; 5KHI A; 1AP6 A; 2ETN A; 2WLJ A; 4ZBM A; 3ZS8 C; 3E86 A; 4EB6 A; 1HW7 A; 2YEV B; 2UXN A; 3CWB H; 2NN4 A; 3OEH G; 4FIP C; 1XMQ B; 2ZIM A; 4IIJ A; 1AI5 A; 3JAT B; 5CA0 A; 2JS3 A; 5LBQ A; 2EX3 A; 2XND G; 1NVP B; 4JI4 O; 4UV8 A; 2R9A A; 3W7W A; 3OTO B; 5IYB O; 2DJV A; 1KKC A; 1LNQ A; 4DV1 O; 3OUF A; 3X2Q B; 3ZHQ A; 5C8Y A; 3FKS G; 3U11 A; 2WAM A; 4XBF A; 4J9Z B; 4PI0 A; 2GTS A; 3UO3 A; 2L6L A; 4I7Z B; 1I5X A; 3W7U A; 3HKD A; 4DRX A; 3LNM B; 1TVK A; 4B3M B; 4YJ3 B; 5B3S B; 4QIW F; 1M93 A; 4TOI A; 2E74 B; 3F7V C; 3F5W C; 2F93 B; 1EN6 A; 4BIU A; 5LMU O; 5H9C A; 3CJH A; 4ZOL B; 5CB4 A; 4MVO A; 4DR2 B; 1BS3 A; 3ZRW B; 2DYS B; 4DK0 A; 1SZT A; 4JI7 B; 1L0L H; 1FD9 A; 3ABM C; 4X66 O; 4FM1 A; 1GRJ A; 1HNZ O; 2YI9 A; 4DR4 B; 2XTA A; 2AXT Z; 4ABM A; 5CMU A; 5L3B A; 1NH2 D; 4TSF G; 2DW4 A; 3OEE G; 4HYO A; 4RQF A; 5EZY B; 1W0J G; 2YXH A; 1AR5 A; 4PDL A; 4LH7 A; 3E35 A; 1PNL A; 4IYH A; 4MVS A; 1S72 V; 2EIK C; 4FK5 C; 4NXM B; 4N23 A; 1R3L C; 4DV7 O; 4JV5 O; 4ZI7 B; 1RM1 B; 2XHB A; 5IY5 B; 2B1G A; 3UQ8 A; 3L9D A; 1M5I A; 1SS3 A; 5KX5 B; 3AG4 B; 3ZMU A; 3EHB B; 5B1N A; 1SQB H; 1G4Y B; 1UPG A; 4DV0 B; 3B40 A; 1FXV A; 1RPO A; 4KHP B; 1XMO B; 3SPH A; 4DR3 B; 1Q6U A; 2WLI B; 2AHY A; 2X6B A; 3CMA V; 4IYI A; 2FML A; 2M7W A; 2BTQ A; 2A3Q A; 4C7U A; 4CC5 A; 3P3P A; 4LFA O; 1K5Q A; 3VOU A; 2ZXW C; 3ABK C; 3E8B A; 2IM9 A; 1Q90 D; 4K3A A; 3AEI A; 1QU7 A; 2GBO A; 1XHZ A; 4WF9 V; 4DV4 B; 1I08 A; 2WLK A; 3AK2 A; 5C93 A; 3K04 A; 4Z1V A; 4PD4 F; 1HNX B; 3JAS A; 3JD1 A; 3WB0 A; 1FAF A; 1MZE A; 3ZMS A; 1G6U A; 5DED A; 2QM4 A; 1S3J A; 5GTH Z; 4O4J A; 3ZHS A; 2RDC A; 1YZB A; 2VQF B; 5LYJ A; 4BW5 A; 2X7R B; 1BMF G; 2IW5 A; 1NTK H; 2E5L O; 3CCS V; 4DR5 B; 5J9P C; 3GB7 C; 4EKW A; 3FB6 C; 1I94 O; 4DR1 O; 2NLJ C; 5KAI Z; 4PDM A; 5HFM A; 3SR2 C; 4FM2 A; 2QWO B; 2D2C B; 2EBO A; 1FXH A; 2Y69 B; 4J7K A; 4CS4 A; 2ZR2 A; 1RFY A; 1AI7 A; 1AR4 A; 4U3J A; 4IHJ B; 1FKA O; 4G2K A; 2FL4 A; 2Q5Z A; 4MT8 A; 1V55 C; 3CRQ A; 1JCH A; 2CTQ A; 3OMA B; 3CCM V; 2WSS G; 5JCO C; 3T1H B; 3BY6 A; 5KHH A; 4O4L A; 4DW1 A; 5JCO A; 2UUC B; 3ETQ A; 3B8N A; 1IBM B; 4FLV A; 1H2S B; 3ZHU A; 2X6A A; 1SQV H; 4UB8 Z; 3ZN0 A; 1QBZ A; 1IBK O; 3WG7 B; 3N2G A; 3A2F A; 3RYC A; 5EC1 C; 4DV2 O; 3UCS C; 2GHY A; 3ASO B; 1GM9 A; 3CCQ V; 4YY3 B; 3STL C; 1OCO C; 1GN6 A; 1F4N A; 1SES A; 1W2B U; 1QR8 A; 1XRE A; 4ZHQ A; 4W4L A; 1HR0 B; 1AJQ A; 4P9P A; 1NR1 A; 4BIO A; 4JI1 B; 1BZK A; 1LUV A; 3FFQ A; 3G67 A; 5DN6 G; 1CXZ B; 4J41 A; 5IT9 N; 1OCC B; 3FD9 A; 1SQX H; 2ZNJ A; 3FYE B; 1AJP A; 1XOU A; 5CB4 B; 2F4V B; 3OT7 A; 1XHX A; 4NXN O; 3JAW A; 3K08 A; 2Q7E A; 2ATK C; 4GCZ A; 5A9G A; 1KP3 A; 3H9V A; 1KEC A; 4DR7 O; 3ABM B; 2KG7 B; 5LMN B; 3O9O A; 2YSU B; 3JAR B; 2ZM6 B; 4QGP A; 4PA3 A; 1Z5V A; 4AQY B; 2PGG A; 2BE3 A; 2ODM A; 2LQT A; 5BMV B; 2P4K A; 2OTJ V; 1Y4M A; 1MMM A; 3U0Z A; 1MAB G; 1HNW O; 1MA1 A; 1JMK C; 2GV9 A; 2P67 A; 5CBG A; 3JYC A; 2DYR C; 4FJC C; 4UXN A; 1FFX B; 1I5Y A; 5HFL A; 3SJB C; 4P9O A; 2GUZ A; 2CE4 A; 4PA4 A; 4HZ3 A; 1IDS A; 3Q4H A; 4JI5 B; 1JOY A; 2P6J A; 1OJH A; 2WLH A; 5CA1 B; 3L73 H; 3SGI A; 2PUS A; 2ZE6 A; 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4NYK A; 3SDL A; 4YHH B; 1Y66 A; 3VQY A; 1NR7 A; 4TV8 B; 3R66 A; 1H8E G; 4YJ2 A; 1P7B A; 1D5A A; 3AG2 C; 1IVS A; 4LFB O; 1M9N A; 5E1A C; 4JI8 O; 2OIG A; 4DUZ O; 1UFI A; 3HB3 B; 3CD6 V; 5IJ0 A; 3GVM A; 5K1X A; 4LF7 O; 4JV5 B; 4RUE A; 1GTO A; 3K3W A; 4FFK A; 3RN4 A; 1JVM A; 4LWS A; 2Q7H A; 1IUR A; 3JAM N; 2QWQ B; 3U10 A; 4GX2 A; 1AVM A; 2A9H A; 1FFT B; 4WFF A; 3K5M A; 1K8A W; 2EJR A; 2C2A A; 3W7T A; 1EN4 A; 3UM7 A; 3E83 A; 1G8M A; 4BW9 A; 4DV6 O; 5IJ9 A; 3APQ A; 1R6N A; 4X1I A; 3BAA A; 2UXC O; 1Y76 B; 3RVZ A; 4ZIB A; 2QJ1 A; 3EFF K; 3HKB B; 1HP8 A; 4FM0 A; 4YXW G; 3ZMV A; 1OCZ C; 4L87 A; 4I9Q A; 2WPD G; 3OAA G; 4AIL C; 2EIN C; 3O65 A; 2DOS A; 2QE7 G; 2UXD B; 1RSO B; 4MVZ A; 1KU9 A; 3ETG A; 2H94 A; 4DYL A; 1XBL A; 1QLE C; 4J7Z A; 4B3R O; 2X0L A; 1ARO P; 1Y74 A; 4GLX A; 2WA4 A; 1H8H G; 5LP6 C; 1K3E A; 2KKW A; 4X1K B; 5LP6 A; 4RWU A; 1H2G A; 1XNR B; 3SYC A; 3S3X A; 1JFF A; 5LGT A; 1WNS A; 5GON B; 4O4I B; 3KKY A; 5B1B B; 1MSD A; 3CCJ V; 5LXT A; 2W6I G; 3BVO A; 4GKJ B; 2GDS A; 4XDK A; 5JJJ B; 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