1ASUA

Avian sarcoma virus integrase catalytic core domain crystallized from 2% peg 400, 2m ammonium sulfate, hepes ph 7.5
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
PLREPRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHFERGENTKTNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna integration
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
publication title High-resolution structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Avian sarcoma virus
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1asuA00
3AA2A 3QERA 4CGHA 4HHTA 3V9WA 4PWDA 4DTNA 2ZQBA 3B6OA 3QEWA 4FLYA 4E1NA 4CGDA 3TAFA 4HCBA 4AHRA 1NK7A 2FBTA 3OYEA 3QEIA 1BGXT 4M3UA 3IS9A 4DSIA 1IKWA 4KB0A 4DTUA 1LWFA 2BE2A 3SQ0A 1T05A 2KFNA 3NF7A 3F9KA 3ZSXA 4CESA 3DM2A 3VQAA 4E7JA 2F8TA 2B4JA 3LAMA 4CJPA 2QXFA 1NK9A 3ZSVA 1J54A 4ZHRA 1XC9A 3VQ4A 3HM9A 3S3NA 1C0MA 4DLEA 1IKYA 2YKMA 3ZSOA 4AHSA 2D5RA 2G8KA 3EYZA 3IG1A 4DSFA 5T7BA 1I3AA 2E4LA 1DLOA 2X6SA 4DQSA 4DTXA 3MXIA 3HXMA 2QK9A 4OGCA 1EKEA 4TSXA 4O0IA 3LAKA 1WNSA 4B08A 4CIEA 5HRPA 3TI0A 3SCXA 4M3RA 4KTWA 4JLHA 3JSMA 4K8ZA 4N56A 1NK6A 1JLFA 3P1GA 4M45A 4FLTA 1JLBA 4QCLA 1TKZA 3AVKA 2XHBA 3CM6A 1NKCA 3MEGA 3SJJA 4B3OA 1JXEA 4FJ7A 3SPYA 2X6NA 3QEPA 4EZ9A 4E19A 4NYNA 5J2MA 3L3UA 4KHWA 4O55A 3V81A 1MU2A 3OYGA 3DOKA 3NGYA 3OYLA 3OYKA 4DTOA 1JL1A 4H4OA 3VQPA 4FZYA 3NFAA 3ZT4A 1HYVA 3I8DA 4M3XA 2F96A 3PO4A 1KRPA 1RT3A 1TKTA 5I3UA 4LD0A 4CEZA 3VQQA 4B9TA 1Z25A 2BANA 3TAQA 1B9FA 2DFHA 1RTJA 4RW9A 5C24A 5J2NA 4B8CA 4Q0BA 4ID5A 4C8MA 3V9XA 4W5NA 4N76A 4KHQA 1ZBLA 2PYLA 3NBPA 4CHNA 4M41A 1WSIA 4N47A 4B9MA 4J2DA 1BCMA 4Z0UA 4UQGA 3NHGA 2GV9A 1TGOA 1L3SA 2KZZA 3K57A 1VSEA 3SZ2A 3AVFA 4CF2A 3P83D 3CFPA 3RWUA 4RG8A 2B5JA 1XI1A 3C95A 3AVLA 2Z1JA 4AHVA 4I2PA 3SNNA 1S1VA 2D0AA 3LWLA 1TVRA 2YNGA 4CF9A 3NF9A 1RILA 2KQ2A 3OY9A 5HLFA 4CF0A 1KLMA 1REVA 1RT1A 4IKFA 3DLHA 4FJNA 3SI6A 4E7KA 1RTIA 3G10A 2W42A 4JS5A 3C6UA 1HQEA 4OLAA 3BDPA 2FBVA 4B9SA 1ZBUA 1VSDA 1RT6A 4F3OA 3DLKA 2DFFA 3DRRA 5J1EA 3AO1A 4KI6A 1FXXA 4M3WA 4F3TA 1ZYQA 4BWMA 4FLXA 2HMIA 1W0HA 4M3YA 3ALYA 3K5OA 4FCYA 4CEOA 4OGEA 3T19A 1C0UA 4FJLA 1JXBA 3HPGA 3VQ8A 4MFBA 4OKKA 4NCGA 5HBMA 4CJTA 2VWKA 2G8IA 2XY6A 3MEDA 1WSFA 1EP4A 3LPUA 4H4MA 2G8UA 3AO2A 4CGIA 1FKOA 4CHPA 4RW7A 4HUFA 5D3GA 3CFOA 1K6YA 4FZXC 4FJGA 4KHNA 3OJUA 3S3MA 1F21A 4CIGA 4HTUA 4PUOA 1LWEA 2YHBA 4FJKA 1LV5A 2EX3A 2XRIA 2OA8A 1ZBFA 4ICLA 3O3GA 4IG3A 4CJEA 4WE1A 2RKIA 3V9UA 4NCBA 2KZMA 1QSSA 2X74A 1HYZA 4I2QA 5HROA 3ZT3A 4FM2A 1RT4A 3U3YA 3DLEA 1NOZA 3RMCA 2X78A 3VQ5A 4DTRA 3THVA 1RBVA 5CYMA 2G8FA 3T3FA 4CEDA 3OS2A 1RDAA 1KCFA 2DFEA 3DOLA 4LY7A 4CJQA 1U49A 3K58A 3TANA 2WONA 3VQDA 4CJ5A 4DG1A 2O4GA 4IBNA 1HNVA 3D45A 4O5BA 4CJ4A 3ZSQA 1JLAA 3HPOA 1KLNA 4Z4EA 3M8QA 5FROA 3LP1A 3WNGA 3L2QA 3VA3A 1TK8A 3M8PA 1IKVA 4IFVA 1VRUA 4FLZA 3KLIA 4W5QA 3K5MA 2P5GA 1RCHA 3K2PA 1VSKA 3AA5X 4O4GA 3QINA 2P5OA 3KKSA 3PX4A 3KLHA 3O4QA 4B9VA 4BE0A 1B9DA 3SUPA 5CZ1A 1L3TA 2HNYA 3HP9A 3AO3A 1FK9A 3V6DA 3NCIA 2XY8A 5KGXA 2RPIA 4DSJA 4HCCA 4OJRA 1CLQA 1VSHA 3I0RA 4G1QA 4XIUA 2IAJA 3SQ1A 1QTMA 4KV8A 1EX4A 4OKEA 3ZSZA 3ZCMA 3ZT0A 4CIFA 4DSEA 1NK0A 2OYQA 1ASUA 4ELUA 3HP6A 4QOZB 4FLUA 1WSJA 2DTUA 4FM1A 4CHYA 3PUFA 4CJ3A 3RR8A 4J2EA 4CJUA 3OYNA 2IDOA 1U47A 4DTMA 4F2SA 1KSPA 1BL3A 3AVNA 4YNQA 3LANA 3S3OA 4OLBA 3V4IA 4FW2A 4IFYA 3CM5A 4OKJA 3VA0A 2D0BA 1J5OA 4FLVA 4PY5A 4DQQA 5HRRA 3UIQA 4Z4IA 3S9HA 3ASMA 4FJMA 3WNEA 4MQ3A 1LAVA 3ZT1A 4IG0A 3SV3A 4CHOA 3LP2A 4FJ9A 2A1RA 4DMNA 4KKOA 4DU3A 2YV0X 4LSLA 4FK2A 4E7IA 2KW4A 4CECA 1RTHA 1ASWA 2G8HA 1C1BA 2XO7A 4BDZA 2IGIA 2HHTA 1JLQA 3LZJA 4ELVA 2HHWA 4HUGA 3RMAA 3QESA 2E6LA 4OVLA 4Z4GA 4PQUA 1D5AA 4B8AB 4FJJA 4DLGA 2O4IA 1BISA 1A5VA 1LWCA 3A2FA 1CXUA 1ASVA 3U3GA 3MECA 3ZSYA 2Y1JA 3RMBA 2YNIA 1LW0A 4FK4A 4M42A 1VSLA 4I7FA 5DK5A 4KPYA 3HPHA 1Z26A 3LP0A 3CYMA 4CJKA 1RT5A 3KK3A 4CCHA 4KFBA 4L8RB 2HHUA 3CQ8A 3RRHA 1NK4A 2BGGA 3OYCA 4KREA 2OPQA 1JL2A 2XY5A 3KTQA 4ZTJA 4OPJA 2P1JA 4B9LA 1RT2A 3ISNC 1VSIA 4ID1A 5JS2A 3NE6A 3L2WA 4AILC 3IRXA 4DF8A 4KHSA 3KD5E 4F4KA 4E1MA 3SUNA 1BCOA 2YKNA 4KHYA 4IDKA 3OYMA 4W5RA 1BQNA 1S1TA 1YTAA 2YNHA 3OYHA 1SKRA 4F2RA 3C94A 5EU7A 2NUBA 3RTVA 1TK5A 3DLBA 4EZ6A 1UOCA 1BQMA 3HSTB 1Q9YA 4BE2A 2VG6A 1KVCA 4GW6A 3KLFA 2YHAA 3OJSA 4O44A 1D8YA 1ZBIA 2VG7A 4I9LA 4C8KA 1NKBA 1UAXA 3TR8A 5C25A 2G8VA 3QO9A 5FRMA 2HW3A 4DSKA 1JKHA 1QE1A 1YVUA 2FBYA 1S1UA 1U48A 1CZ9A 4DTPA 4FJIA 2YNFA 2OZSA 5JS1A 3AV9A 4CJVA 4BE1A 3H08A 4DFJA 3P5JA 1A5XA 1JLGA 4FJ5A 3PV8A 1YT3A 5HRSA 3SQ4A 2KTQA 4DQPA 4QAGA 1C0TA 1VK0A 4DFPA 4KTQA 4CJRA 4Z4CA 1BHLA 4FW1A 1RBRA 4KO0A 3NH1A 2Y1IA 2HVHA 1WAJA 5KTQA 4J2BA 2ATQA 3HVRA 1EETA 3PO5A 3OYBA 4OPKA 3LP3A 1NK8A 4CJWA 3SUQA 2HHVA 4JS4A 1T03A 5KRTA 3NGIA 3AVBA 4BDPA 3VQ6A 1UA0A 3KK1A 3RRGA 4FJXA 2HHXA 3KJVA 1RTDA 1RDBA 3VQBA 3U6FA 3HT3A 4B9UA 4Y1CA 3LPTA 3QNOA 3RR7A 4M3ZA 3DMJA 1LAWA 4CEFA 3EY1A 3CFRA 1FKPA 4NYFA 2GUIA 1HRHA 3VN5A 1IO2A 4DQRA 3TARA 3HK2A 3SUOA 4GVMA 1CXQA 3V9SA 4Z4HA 3L2UA 3OS1A 3TAPA 3SYZA 4K8XA 1KVAA 1RBTA 3QIOA 5K14A 4AH9A 5KRSA 1CZBA 1HJRA 1G15A 4N41A 1UWBA 4FJHA 1HMVA 4LSNA 1VSFA 4CF1A 1HQUA 3AVHA 5CZ2A 5SWMA 4BDYA 3QEVA 4PA1A 4CERA 1KVBA 3DRSA 4C8NA 3SV4A 3VQEA 1RBSA 4DWIA 3KLEA 3SPZA 4W5OA 4C8LA 4RW8A 1QS4A 3DI6A 2D0CA 4CEAA 3EZ5A 2QKBA 3O4NA 5FDLA 4CJLA 4AHUA 1DTTA 4HUEA 1XHZA 1QSYA 4KB1A 1HYSA 2A1SA 1S6PA 3HJFA 2FBXA 4CE9A 4Z4FA 5HP1A 1L3VA 5FRNA 1I39A 3OYFA 4DTJA 1VSJA 2B6AA 1TK0A 4CEQA 1TV6A 4FYDA 4CGFA 3LWMA 3CG7A 3MAQA 1C1CA 1Y97A 3L8BA 4KI4A 1N5YA 5J2PA 4FXDA 3KK2A 1T8EA 3QNNA 4Q5VA 1IG9A 3LALA 3QETA 4ELTA 3NDKA 2EHGA 2IS3A 1N6QA 2FC0A 3MXJA 3B6PA 2E6MA 2PY5A 1JLCA 2Z1GA 4CJFA 4CJSA 5KI6A 1S6QA 3AVAA 4DFKA 1TL1A 1W9HA 2HNDA 3O3HA 4CFBA 2LSNA 3VQ7A 3VQ9A 3ZSWA 4GMJB 4LH5A 3F73A 3NAEA 2JLEA 5C42A 1S1WA 3HL8A 4KRFA 4CEBA 3D0PA 4CHQA 1QSLA 1LW2A 1GOCA 4DS5A 5J2QA 4AHCA 2ITGA 2P51A 1U45A 4KHUA 1RDCA 4FLWA 3OYDA 1L3UA 4CK3A 4YFUA 3OYAA 4FZZA 2HHQA 1BI4B 3ULDA 1WSGA 3V1RA 3PX0A 1UA1A 1SV5A 1A5WA 1SL1A 1RNHA 4FVMA 2OZMA 2QKKA 4JRPA 4CHZA 3HVTA 3PY8A 1J9AA 4LH4A 3NH0A 4BWJA 3AA3A 3AVJA 3OS0A 4FM0A 5HRNA 1QQCA 1X9SA 1QHTA 1KFDA 3ZT2A 1GOAA 3SQ2A 1TKXA 3DLGA 2IOCA 5E41A 2G8WA 4EP5A 3K5NA 1TKDA 4BACA 3AO4A 1S9GA 1TL3A 1O1WA 1RDDA 4CK1A 3O3FA 1U04A 2HB5A 1HNIA 1R0AA 1NJYA 1L5UA 4FK0A 3KKRA 3MXMA 2ZD1A 3L2VA 3TABA 3M8RA 3TAGA 3AA4A 1NJWA 4KTZA 3L2RA 2F8SA 2ZE2A 3OVNA 2RN2A 1X9WA 1S5JA 5I42A 1KTQA 4E7LA 1IKXA 1T7PA 3HO1A 2HHSA 1WSHA 2VG5A 4DTSA 3G0ZA 4DSLA 3I0SA 3V1OA 3AVCA 2XY7A 3RMDA 5SZTA 4F8RA 3AVGA 4H8KA 4FJ8A 3E01A 3L3VA 3AO5A 4E7HA 4B9NA 4E0DA 2BDPA 3LDSA 3BGRA 1NOYA 4DF4A 1ITGA 1IH7A 4CEEA 3PX6A 3WNFA 2RF2A 2I5JA 3JYTA 4CFCA 3T1AA 1GOBA 4DFMA 5CY4A 1VSMA 2Q3SA 1WAFA 2KFZA 1RBUA 3V9ZA 4E89A 3FFIA 2PYJA 4RW4A 4KAZA 1C6VA 3KLGA 1SL0A 4JRQA 4C8OA 3TWHA 4AHTA 2PZSA 4DQIA 4M3TA 2HVIA 4HVJA 5CYQA 4RW6A 1WLJA 4EP4A 4DU1A 1HPZA 4O0JA 1C1AA 5KGWA 2VWJA 1KFSA 4CFAA 1U4BA 3AVMA 3ZSRA 2HNZA 3DYAA 4CGGA 1XHXA 3TAEA 1B92A 3C6TA 4N5SA 2JGUA 3QEXA 1D9FA 1TAUA 1BIUA 3DLRA 3NF8A 3WNHA 2Z1IA 1Q9XA 1D9DA 1RT7A 1VRTA 1SL2A 3NF6A 4Y1DA 1JLEA 3IAYA 4CFDA 1S1XA 1ZBHA 3TAMA 3DRPA 1DTQA 4NCAA 3HYFA 3KIOA 1SUQA 3NGZA 3M8SA 3LZIA 4E3SA 1YTUA 5DMRA 4CF8A 1SKSA 4J2AA 4I9QA 3NH2A 3K5LA 3V1QA 1X1PA 3QLHA 1J53A 1S9EA 3ITHA 4DU4A 4CK2A 2WOMA 4ZTFA 1SKWA 2ETJA 3OYIA 1EXQA 2IC3A 1BIZA 2Z1HA 2OPPA 3MEEA 4CGJA 3K59A 1NK5A 1NJXA 1BI4A 1Q8IA 3VQCA 2OPRA 1XWLA 2GBZA 4DS4A 1X9MA 1TAQA 3AVIA 4R5PA 1NJZA 3KD1E 3OYJA 2AJQA 3QIPA 2DY4A 1WN7A 2OPSA 1NKEA 4W5TA 2R7YA 1WSEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQWA 4DKWA 4PWDA 2ZQBA 3QEWA 4FLYA 1VQLN 2FBTA 2A42A 4M7XA 3CHWA 1ATRA 4A5AA 4M3UA 4DSIA 4DTUA 2BE2A 1T05A 3VQAA 2F8TA 4CJPA 4CZJA 1NK9A 5EXWA 1XC9A 3HM9A 2YCHA 1C0MA 1IKYA 3W0LA 2D5RA 2FSNA 3VF2A 4DSFA 1DLOA 4DQSA 1OKJA 2QK9A 4OGCA 4WFNL 4LF9K 4JLHA 4M45A 1JLBA 3AVKA 2FXUA 3MEGA 4A2AA 5M1FA 1P90A 3SJJA 5AQOA 4BREA 5GIPA 4E19A 4NYNA 4CJ7A 1NGIA 4YOVA 1N34K 3DOKA 2P9SB 5AQLA 3VQPA 1DT9A 3PO4A 5GAHP 4BRCA 2BUPA 1SZ2A 2HBLA 5C24A 4UY8O 4W5NA 4LF4K 2PYLA 4M41A 2FF6A 3VEWA 3SZ2A 2B5JA 2E2OA 3SNNA 1TVRA 4CF9A 1RILA 3OY9A 1KLMA 3DLHA 3SI6A 2QWLA 3BDPA 1ZBUA 1BWFO 1RT6A 3ZYYX 4F3OA 3DRRA 3M1FA 3AO1A 4KI6A 4BRDA 1SQKA 2UUBK 1ZYQA 2HMIA 3K5OA 4CEOA 2Q0RA 5BRDA 3JXUA 4BGAA 4NCGA 5HBMA 2XY6A 5GINA 2I7PA 3VF4A 4WQ4A 3ZX2A 4H0TB 2OTJN 5D3GA 3S41A 2V7ZA 1YI2N 4FJGA 3OJUA 4CIGA 4DUZK 3E9LA 2J4RA 3ENBA 3HTVA 1YJNN 2OA8A 3TTFA 4NCBA 2YX6A 2X74A 3PSFA 3U3YA 3UKUB 3CCEN 4GY2B 1NOZA 4IEEA 3VQ5A 4CZEA 1RBVA 2G8FA 4CEDA 1HPMA 3OS2A 3DOLA 2DFEA 4LY7A 1U49A 1YJ9N 3VENA 2WONA 4DG1A 4IBNA 4CJ4A 3D45A 4IOXA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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