1B4E | Genus

Total Genus 120

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	120
sequence length	323
structure length	323
Chain Sequence	TDLSQRPRRLRKSPALRAMFEETTLSLNDLVLPIFVEEEIDDYKAVEAMPGVMRIPEKHLAREIERIANAGIRSVMTFGISHHTDETGSDAWREDGLVARMSRICKQTVPEMIVMSDTCFCEYTSHGHCGVLKEHGVDNDATLENLGKQAVVAAAAGADFIAPSAAMDGQVQAIRQALDAAGFKDTAIMSYSTKFASSFYGPFREAAGSALKGDRKSYQMNPMNRREAIRESLLDEAQGADCLMVKPAGAYLDIVRELRERTELPIGAYQVSGEYAMIKFAALAGAIDEEKVVLESLGSIKRAGADLIFSYFALDLAEKKILR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	PROTEIN (5-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE)
publication title	X-ray structure of 5-aminolevulinic acid dehydratase from Escherichia coli complexed with the inhibitor levulinic acid at 2.0 A resolution. pubmed doi rcsb
source organism	Escherichia coli
total genus	120
structure length	323
sequence length	323
ec nomenclature	ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date	1998-12-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00490	ALAD	Delta-aminolevulinic acid dehydratase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1b4eA00

2EKCA 3HG4A 1H61A 1KBJA 5HUPA 5D09A 2QR6A 4O18A 4WD0A 2QCDB 2YGYA 3INPA 4AEOA 2BZNA 1W3NA 5D33A 2FB2A 5BW6A 4IQLA 3EX3A 1W56A 1YXCA 4DO4A 5FESA 4IXHA 3G0XA 2NXHA 4O0KA 3TSDA 1G7VA 4GUIA 3CEPA 2GVJA 3C8FA 2ZYFA 2OZ0A 4U28A 1W31A 4DPPA 4LS0A 1MXSA 4XTIA 3EKZA 5DLCA 3E12A 5KZEA 3QSRA 5CPNA 1ICPA 2H6RA 3ELFA 4TR9A 1BTMA 3MHFA 5AHFA 3N2MA 1JR1A 2QF7A 3OA3A 1GYNA 1S5WA 1N8FA 3GDKA 4IX2A 3G22A 4JTSA 4UMAA 5HWJA 3NPWA 3UWYA 1KA9F 3LHVA 3SJ3A 4GRSA 4RLIA 4A21A 1OX4B 3O63A 2WSYA 3LRMA 4DO5A 2B7OA 3TC7A 5IBXA 1PVNA 1M6JA 1LCOA 3QSTA 1KFJA 4ICNA 3W83A 2V82A 3FFSA 1AG1O 4NJKA 5HR6A 1B4EA 3HG3A 2OT1A 1HO1A 2H3BA 3EX1A 3L67A 1OFPA 5F2IA 3BW3A 3U2OA 3SI9A 4M19A 3O15A 1TCDA 5EA9A 3C2EA 2Q8ZA 3JR2A 3I7RA 1SZGA 2QJHA 4UFIA 3DXIA 3NG3A 1DL3A 2ABAA 2ZQ0A 3IIVA 3PBYA 3P8JA 2Y7GA 3SSJA 2QDGA 3L68A 5LGXA 1TMHA 1NAL1 4GUFA 2WNZA 3M5YA 1GVSA 3W7DA 2YPIA 2R14A 4UNKA 4AHPA 2YSWA 2QDHA 1HG3A 3BARA 1IXQA 1RVGA 2CZDA 4S2CA 1H60A 2R91A 4M5PA 5LHFA 3RFAA 1MEIA 5BMXA 3RF9A 3PVFA 3L0KA 3M41A 3GIYA 4MYAA 4FEZA 2PURA 3S42A 2FPTA 5U4NA 4MZ1A 4P2VA 2ZA1A 2Y89A 3FYPA 1W37A 1SZEA 1R46A 3QRHA 1YDVA 1FUYA 3G1FA 1WOBA 3NQFA 1SPQA 1G4EA 4IPJA 2Q3OA 4FNSA 1SU5A 1JCNA 2NV2A 1VR6A 2JGYA 4I7UA 3V75A 3IVSA 1NFBA 3SFKA 1AK5A 2FLIA 1AL8A 4PH6A 5CPMA 3MWAA 1P4CA 3TFCA 2Z2UA 2QCNA 3QM3A 1ML1A 5K9XA 3GNNA 3C56A 3OHIA 3G1XA 1TPC1 1J4EA 1Y0EA 4RZ6A 4DXVA 1JCYA 4EOUA 1SUXA 4WXZA 1K3UA 2XN1A 3TMQA 1UASA 3LI1A 1RPXA 3LOTA 1JCXA 3L5LA 5AC6A 4IMDA 4LUIA 3DFOA 2NUYA 3PS7A 4UNLA 2C3ZA 2QCMA 1VYPX 5CG7A 1ME7A 2V5LA 3BW2A 5TBOA 1FWNA 3BG3A 1OX5A 2Y7EA 3C4UA 4MY8A 3KVLA 3WJSA 3HF3A 1B3OA 2J88A 1IGSA 4N9DA 2H3DA 3PG9A 3UXAA 2BLEA 3Q94A 4XKYB 3F1QA 2YW4A 1Z42A 4UTLA 5J5RA 3NQAA 5FF7A 4UC5A 1YXDA 3LV6A 5EBUA 1QCWA 3IRDA 3FS2A 4OE7A 2J9ZA 3MHUA 3EEGA 1KM6A 4O54A 3W1XA 2X2GA 4EF8A 5CPOA 5HJLA 1C8VA 1FBAA 2VEMA 2HMCA 2C19A 3CIXA 4IMGA 3B06A 4UR8A 4JS3A 3WJZA 5FEWA 1PS9A 3P82A 3EWZA 1WA3A 2OJPA 5IBXC 3W3OA 5H91A 4AHQA 1H7WA 1W0MA 1OX6A 3QW3A 3ABRA 3VCRA 2H8XA 1VS1A 2GPTA 3F4WA 3TJXA 3RLUA 3H55A 1TYGA 4IX0A 3IEBA 4Y8FA 3CLMA 2BSLA 4LVBA 4A22A 3KVKA 3PUEA 3WK1A 2OMAA 1KLZA 4LTSA 5AHIA 2QCDA 3LI0A 2B0MA 1WYIA 3TJLA 3C2FA 4YMZA 1GEQA 3STEA 4GUGA 2JKPA 3L66A 1B57A 5FF0A 2A1YA 1OYBA 3W2JA 3LDVA 3NQ2A 2VXNA 2DZPA 3QEZA 3IIPA 4DF0A 3LHTA 5K7JA 1JCLA 3IIOA 1LBFA 1H50A 1KFEA 1GWJA 3DH7A 1XDLA 3TFXA 3TDFA 1TRIA 3TQKA 4BWLC 5AYZA 4JTEA 1QFEA 1PIIA 3PULA 3E02A 3D0CA 4LC6A 1OK6A 1VYSX 1H1ZA 4QNWA 4XTDA 1PHQA 3BLFA 1ZHAA 3MP3A 2YR1A 4WX2A 5D2WA 2E68A 1KTNA 2C16A 1KTBA 3UY8A 2FDSA 2EAWA 4OGZA 2A6NA 4ZQMA 4UFMA 2I1OA 2HS8A 5FF4A 3M44A 1XUZA 3PUOA 1OX4A 1VYRA 4OV4A 4BI5A 4O50A 3IGXA 3GZ3A 2NUWA 1GVQA 1X1ZA 1K8XA 4K7YA 3N9SA 3OG3A 4CLMA 3LV5A 1PCKA 1T99A 5G4WA 4UTTA 3W7NA 4PODA 2QUVA 3ZWSA 1FCUA 2B7NA 4FB7A 4GUHA 3CWNA 1LROA 1DVJA 1SO4A 1KW1A 2OCZA 3B04A 2DZVA 3L5MA 3W75A 2VFFA 3G24A 1PE1A 4BFAA 3MHGA 1FWWA 2WKJA 5FF3A 3TQ0A 1H7OA 1TO3A 1KLYA 3DFSA 3W73A 1G7UA 1LBMA 1B9BA 4CCDA 1TQXA 2E5BA 1LOSA 2AQWA 1MSSA 3SZ8A 3W1NA 3HJZA 3GR7A 4FX7A 3PB0A 2Y7FA 5LNVA 4NQ1A 4KKXA 3W7HA 1JULA 5CZ0A 1KV8A 1SFJA 2BWGA 3A5VA 4JTGA 2V5BA 4PL1A 2R8WA 2E6AA 1Z48A 1JCJA 2BXVA 1XXXA 1P0KA 2XN0A 1JUEA 3UPWA 4JTJA 1ZENA 3EWWA 3P67A 3UWUA 1MEHA 4BI6A 3HIJA 1KM2A 3FA5A 4QIUA 3NYZA 1ZAIA 4RZ5A 3KVJA 1HFBA 1IXOA 1TPH1 3P7YA 2GQ8A 4IMCA 5FF2A 1TPUA 2FTPA 2VFIA 5F4SA 1NSJA 3P62A 5EY5A 1HO4A 3LHWA 2VFDA 2WO5A 4JTHA 1VCGA 4K8EA 3HG5A 1FDJA 1EPXA 1SSGA 4GXMA 3FEMA 3T55A 2WSQA 4NJHA 3P74A 3W1RA 3EWYA 3ZWTA 4MKNA 1EIXA 3TNOA 2O7QA 2VFHA 3I65A 2PE4A 4X3ZA 1Q6LA 5A8GA 2QCEA 3O6YX 3EWBX 1LLWA 3C2VA 3M9YA 4NJIA 4R33A 4LT9A 5HNRA 1TPB1 4AXKA 2DJXA 1FQ0A 4E2DA 4AH7A 4XKYA 3UXDA 1J5TA 3W7MA 1FY6A 5AC8A 4Z0SA 1W54A 3TMLA 1S3HA 1JQVA 1A50A 1GTEA 3QMSA 4RK8A 2ATSA 5BNKA 1QWGA 3LCWA 4O57A 2X30A 1KV5A 2UV8G 3A23A 1LM1A 1VC4A 1W3IA 3CWOX 3S1VA 3TC6A 1UUOA 3KRZA 4FNTA 1OYAA 4K39A 4WY0B 3DHFA 5CZSA 4LV4A 1F6KA 1H7XA 2ZCGA 3HPXA 1K7XA 3O16A 4CQ8A 2W6RA 3OVRA 3UY7A 4UTTC 4YWIA 1FCQA 4WOZA 3W7JA 1W5PA 3NDOA 4WUIA 2JKAA 1XUUA 5CZTA 3PBWA 3IV3A 1WBJA 3F4NA 3IGUA 3TW6A 2V30A 2YX0A 1ICQA 5BRBA 2H90A 1KFCA 2C14A 3NZRA 3W7EA 5D32A 2ZZ4A 5DBUA 3P60A 4LVAA 1K7EA 3NL6A 2ZZ3A 4L4MA 3BG9A 4N02A 1TB3A 1SZFA 1XC4A 2C6QA 3CQ0A 3QQ0A 4EVZA 3NPXA 2QJGA 5D37A 3GDRA 4OHQA 5F1UA 2VFEA 4Y96A 2ZBTA 2RDTA 3N19B 1L6YA 1OK4A 3NQDA 3JS3A 3M7WA 4GWEA 5AYYA 5J5DA 3MYPA 1RV8A 2QCCA 2E6FA 2ZZ2A 1OABA 4HNVA 2DP3A 3TXVA 1I8JA 4ZMGA 1R47A 1L9WA 1TPDA 4Z1DA 3W7KA 4MZ8A 3LTPA 2E6DA 1Q6OA 4UTUA 5D03A 5LNWA 3G1DA 4OBTA 3WK2A 2Z6IA 3QJAA 3R2GA 5DN1A 2FB3A 1XCFA 3FKRA 1LOLA 4RKAA 5KMYA 2E77A 1GYLA 5CGQA 3IGSA 2WNQA 2HSAA 1SQ7A 1EP2A 1L6SA 1Z44A 1EEPA 4LV9A 3VFLA 3DFPA 5F4XA 3EWUA 3NM3A 3KVMA 1H5YA 4CCEA 4E38A 1VLWA 1WXJA 5CSRA 2TSYA 1GG0A 1XFBA 4QSHA 3HPSA 3CPRA 3GKFA 3VI2A 1N55A 3FJLA 3QH2A 1CX9A 3U8GA 3NL2A 5G4EA 4LOCA 3W1AA 2E09A 4K37A 4NZFA 2J6XA 3F03K 4Y90A 5HULA 1KBIA 1QPNA 4UTKA 5HR7A 1TTQA 2C0AA 3LHZA 5G1YA 2G96A 3IVTA 3S1WA 2QCGA 2YFOA 3W1QA 3KRSA 2QCFA 3IIZA 1BWLA 3NNTA 4Z1CA 3HGRA 1H51A 1WAUA 1G69A 1I2NA 1SW7A 2BTMA 2TPSA 1SR9A 6ALDA 3G3MA 5KSWA 4UMBA 3W7LA 5LHEA 6TIMA 3O1NA 3N73A 3OVQA 5C2XA 1KFKA 3UPBA 3TV8A 3W1MA 4NXSA 1YDNA 5DBTA 2CLLA 4NNAA 5C6MA 3ABQA 4BWLA 3GYEA 1GTHA 2JKEA 4FNRA 3TA6A 3UZ5A 3VE7A 2CW6A 1I2OA 4BR1A 4M7TA 4K8HA 5F2GA 2YZRA 3USBA 5SWUA 2CZFA 1OFDA 1VH7A 3OVPA 3GXNA 4D2JA 4I7VA 3BLIA 1OFOA 2DJLA 3T40A 4X9SA 2GOUA 3M1ZA 3STFA 2JK2A 1D3GA 1XBYA 1UBSA 3GNDA 1OYCA 1YXYA 3W9ZA 3EXRA 3NR0A 1H1YA 2V8ZA 5MHBA 5E1QA 2VEIA 3UWVA 1WOAA 2TRSA 2E5CA 3L0NA 3GK0A 4NJGA 1MEWA 3M47A 1ADOA 2HTMA 2QUUA 5G2IA 3RMJA 4A2SA 4LU0A 4NZJA 3T44A 1UB3A 1X7FA 1DHPA 1H7NA 3B0UX 1T8XA 3FIGA 5C54A 3EXTA 1O5KA 4O4WA 4DEFA 1I45A 4LVGA 1H7RA 2ZRUA 2RKXA 4MY9A 1H62A 1W1ZA 5LZLA 1BWKA 3NQEA 4N9CA 1QO5A 4UCGA 1RQEA 4O4VA 3FLUA 3L65A 3PUDA 4H4IA 3W1TA 3GDLA 1C29A 4WY0A 5C55A 1IIHA 5I3IA 1K8ZA 5LNSA 2NX1A 3L5AA 3TW7A 4HKPA 3TAOA 1X6UA 4RX0A 2ISVA 4JTLA 1ZCOA 1EUNA 2XFWA 1QPRA 1F74A 1GQNA 1K8YA 3SECA 3SW6A 3N3MA 1G4TA 2ZFAA 4UXDA 3TQVA 1AMKA 1FCBA 3GXPA 4O8RA 4IPIA 3TR2A 3W23A 1LRTA 2DU2A 1ME8A 4KWWA 3E0IA 1U83A 2YYUA 4MFDA 4M7SA 3SY5A 3W88A 3TE9A 2GQAA 4AVFA 1LDCA 1F7BA 3GVGA 1SO6A 2IQTA 2VFGA 3PY2A 3W2NA 3P5YA 1EUAA 1G6CA 4I9AA 1LP6A 3EX6A 2WV8A 1WDWA 2A5HA 4ORMA 3FKKA 3PM6A 1QPOA 3R12A 4NUWA 4TMCA 5C5YA 3LLFA 4BF9A 4M6VA 1QO2A 4OV9A 3SR7A 2Z0IA 1Q6QA 3W2LA 4JEQA 5I3JA 4PTNA 4X2RA 3G1VA 4LNYA 3I7QA 5E0KA 2R94A 1QAPA 2A4AA 4LWWA 4OU1A 3B05A 4MJZA 1EP3A 4GJ1A 3A5FA 1QNVA 4HPJA 4UFLA 3LLDA 4AB4A 5K9CA 3MP5A 1F6PA 2ZRWA 2EGZA 5AHMA 5DCDA 4AHOA 4AF0B 1XBZA 3ABSA 3CTLA 4NNCA 2ZZ6A 1KM1A 4JTTA 5I3KA 2V2DA 3WJXA 5HUOA 3G0SA 3ZS4A 2F7FA 1KM3A 3C61A 1LOQA 2J27A 1NF7A 2OX1A 3MP4A 1DORA 4C1LA 2H8ZA 4N6FA 3C2OA 2FFCA 1UUMA 3ATZA 3A9IA 1IXPA 3M0ZA 4K7VA 1EB3A 3R13A 1Q45A 3MJYA 3QZEA 4AWTA 2G95A 3UWWA 2A7NA 1OHLA 3LXAA 3DBPA 1YTKA 5A5WA 3HOJA 3W7OA 2ATMA 2B7QA 1SW0A 4HT3A 5D04C 4HNTA 4UR7A 5ABTA 4UFJA 3W2KA 2VOMA 2X1SA 3S5OA 1YTDA 4JYFA 1XBXA 5D2YA 1OJXA 1QR7A 5G5IA 1ZAHA 3NL5A 2CLMA 3W7CA 4ADTA 3EXSA 2CZ5A 1VHCA 3B0VC 1JJKA 2RH9A 4KFNA 2HS6A 3PR2A 5DY3A 3CHVA 3BGGA 1LLZA 3I6RA 3DFNA 3MI2A 1OFEA 3WK3A 1TQJA 4O16A 1WQ5A 1WBHA 4YXGA 3EKLA 4CNNA 3LXBA 1V5XA 4O0ZA 3LBCA 3LCHA 4MFEA 3KHJA 3NEVA 4ML9A 1LRNA 4IUOA 4OT7A 2WNNA 4XQ6A 3GDMA 1RR2A 1UJPA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1B4EA

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