1B4KA

High resolution crystal structure of a mg2-dependent 5-aminolevulinic acid dehydratase
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
326
structure length
326
Chain Sequence
YPYTRLRRNRRDDFSRRLVRENVLTVDDLILPVFVLDGVNQRESIPSMPGVERLSIDQLLIEAEEWVALGIPALALFPVTPVEKKSLDAAEAYNPEGIAQRATRALRERFPELGIITDVALDPFTTHGQDGILDDDGYVLNDVSIDVLVRQALSHAEAGAQVVAPSDMMDGRIGAIREALESAGHTNVRIMAYSAKYASAYYGPFRDAVGSASNLGKGNKATYQMDPANSDEALHEVAADLAEGADMVMVKPGMPYLDIVRRVKDEFRAPTFVYQVSGEYAMHMGAIQNGWLAESVILESLTAFKRAGADGILTYFAKQAAEQLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords PROTEIN (5-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE)
publication title High resolution crystal structure of a Mg2+-dependent porphobilinogen synthase.
pubmed doi rcsb
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 125
structure length 326
sequence length 326
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 1998-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00490 ALAD Delta-aminolevulinic acid dehydratase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1b4kA00
5CZJA 1R2TA 2DZVA 2H90A 4W9TA 1P0NA 2ABAA 2WO5A 4Q32A 2CLIA 3TH6A 1W5QA 1FXPA 1NEYA 1LBMA 4QQ3A 3HPZA 4FX6M 5EKYA 2C14A 3T55A 1K7FA 3S1UA 4BWLC 4BI6A 3N19B 3EWZA 3JS3A 4N6EA 4EIVA 3ANYA 3PB0A 2VFFA 5FF3A 2DU2A 3SGZA 5HULA 4Y90A 4PTNA 4H4IA 2ISVA 1YPFA 2ZCGA 1KM3A 3GKFA 3W2NA 4ZL1A 5HINA 1DOSA 2A5HA 1WDWA 1WX0A 1GZGA 3G1AA 1TB3A 3FEMA 1JULA 1K03A 4CNNA 3G3MA 4LC8A 5EYWA 2OX1A 4LTSA 2ZBTA 1T0OA 1QMLA 2ISWA 1R30A 1SO3A 2YFNA 2ABBA 3GDRA 5FF7A 1YXYA 3UWQA 4L4LA 3GDTA 4WXYA 3TXVA 1KFBA 3L0GA 3NNTA 1JUEA 5BOOA 4I7WA 3W1PA 4O13A 1AG1O 2A6NA 2Z0IA 3DHDA 4LUJA 4UFMA 1L6YA 4J9JA 5DN1A 1TPVA 2TRSA 2QCDA 5FI8A 4GUFA 2JGQA 3L9CA 2J9ZA 3QZEA 3SECA 2NXGA 4O52A 4XKYA 3N3MA 3UWYA 1W5OA 3W72A 1MSSA 3BARA 4K8HA 1THFD 3LLFA 4LVFA 4MZYA 2EAWA 3TAOA 4LY8A 3GKAA 3Q2DA 3E96A 1C9DA 1H50A 3N34A 1VGAA 1TJPA 3F4WA 3B06A 3LHVA 3I7QA 4WY0F 1SU5A 1UBSA 2ZRVA 5FF2A 3WJSA 1M6JA 1R47A 1TV5A 2BLEA 2VFGA 1OX4B 1ZAIA 4UNLA 4WZHA 2VFDA 1FCBA 2H6RA 3A21A 3TSMA 3WK3A 3UZJA 1DVJA 3G22A 4UTHA 4YCOA 2NWSA 3NVTA 5CPOA 4UXDA 2RDTA 1FCQA 3CIXA 3M5YA 4OT7A 4NNAA 5HWMA 4BI7A 1TCDA 3I7RA 3R12A 1O5KA 3LLDA 2QUUA 4O0ZA 1G67A 3M5ZA 1VRDA 2YZRA 1EX5A 1FWRA 4FF7A 3EEGA 3VCRA 3S5NA 4FX8A 3T7VA 3DBPA 1K8XA 4FIRA 3L65A 1SW7A 2EF9A 5AHMA 3S42A 3K30A 3KFTA 5TQLA 3IGXA 5I3HA 3GXTA 1JJKA 4HT3A 3NR0A 1FDZA 3TJXA 4AMAA 3NQDA 4ONVA 1OYBA 5BW6A 3EX2A 1W5PA 5C55A 1X7FA 4Q4KA 3N14A 3FKKA 2OCZA 3QEZA 1OG0A 3NEVA 5G2IA 4XBKA 3LGEA 4QITA 5H2ZA 1A50A 4Z1DA 4AHQA 5AYZA 1TTJA 2FJKA 3W2UA 4X3ZA 1PVNA 4R7JA 2WKJA 2V5BA 3M6YA 4LVAA 4UTJA 1F76A 3M5XA 1OFDA 3FKRA 4N9DA 5DELA 4AHOA 3MJYA 1GTHA 1QCWA 5C2XA 1RVGA 1ZFJA 3W1RA 4WUIA 3CPRA 4JIPA 1Q6LA 3OG3A 2X16A 1A5AA 1VLIA 3JR2A 1OFRA 2GOUA 3HGRA 3KX6A 1EA0A 4LWWA 1RV8A 2B0MA 3FLUA 4OBTA 2A2IA 2Z6IA 3LX9A 4GXMA 2Q8ZA 3LTSA 1U5JA 5J5DA 3SFKA 4O10A 4Z1BA 1KW1A 1H7NA 5U4NA 2V2DA 2HS6A 3G1VA 2TPSA 5HQEA 2ZRZA 4NJGA 4DO6A 1SZGA 4JIQA 2NXIA 5IBXC 3S5OA 4OGZA 2Y7EA 2RDWA 3P84A 3S6DA 1KFLA 4LVBA 2GJLA 3TSDA 2A1YA 1YYAA 5I3IA 1MXSA 1U83A 1R2RA 2CLKA 2ZA2A 4R53A 5D03A 4ORIA 1JUKA 1T96A 1C29A 3IVSA 1B57A 1SFLA 4S1FA 4DF1A 3OHIA 1WV2A 3W2KA 2ZZ3A 3F4NA 2X30A 1B9BA 1TSIA 1PCKA 4QISA 1PS9A 1XUZA 3W7MA 5CZ0A 3O6CA 1Z48A 3B05A 3OVPA 4M6VA 4NT0A 1EWDA 1OFEA 1PV8A 1VCFA 1YTKA 3NDOA 2ISSA 2VELA 1GVSA 1MEWA 1LP6A 4JTUA 2C18A 1IGSA 3OBKA 4PL2A 3FYPA 1VPXA 4O1BA 5CPMA 3HG2A 3ATZA 2PRLA 2CU0A 1F2JA 1GYLA 3BGGA 2VEKA 2ZDRA 3UYCA 3Q94A 3RLVA 4NQ1A 3W71A 3M9YA 2YFOA 1QOPA 5HUPA 2H3DA 3IVTA 1TPUA 4DEFA 3HBLA 3BW3A 4M19A 4A21A 4FNQA 1RR2A 5EA9A 3G1DA 4RCXA 4DBDA 2DJLA 3MHFA 3O6DA 3TNOA 1DV7A 3B04A 1TPH1 1Z42A 4BK9A 4IMGA 5K3VA 3QW4B 4NJHA 3IRDA 1H62A 4IMDA 4UTWC 5HWNA 1IIHA 3P5YA 1HG3A 5F4XA 1V7YA 2QEZA 2J9XA 2R94A 1MEHA 3H53A 2J9YA 1KFKA 4TMCA 1EP1A 4LS1A 1WYIA 1ONRA 3ATYA 3QPYA 1AW2A 2EHHA 3UWVA 4K39A 1Z41A 3YPIA 1ALDA 4WXZA 1M7OA 2JKPA 3GDKA 3NZ1A 2WQPA 3H55A 1T8XA 2E6DA 3NPVA 1IXOA 5T26A 1LZOA 1H7XA 1G7VA 1NSJA 2NX1A 3CT7A 4Q33A 2CLOA 4UTLA 5AN7A 3UZ5A 4HN4A 2XN0A 4RX0A 2H3BA 3PBWA 5C54A 4ZQPA 4A2RA 1GJPA 5KTLA 3FFSA 2QJHA 5F2GA 3TJLA 2OJPA 4PCFA 3HB9A 1PHWA 4QM1A 3QFEA 5J5RA 2QCEA 4MFDA 4YLWA 3P67A 1YXDA 2ZFAA 4MOZA 4Z08A 3W7JA 4ADSA 3DFTA 1UASA 3TMLA 4O57A 5DCDA 2W0UA 2Y89A 4MPQA 5G2HA 4XUGA 4HPXA 2V5LA 1EUNA 3WFAA 4DPQA 3BO9A 3ABOA 3N73A 2D73A 1EEPA 2QCCA 1KTNA 4WY0B 3IIPA 2CFFA 3DFPA 4IX0A 1YDVA 3N9SA 3OVQA 4K7YA 1GEQA 3TR2A 4DBEA 3LHWA 1QAPA 5HMSA 1KBJA 3HF3A 1KBIA 4KKXA 3WJZA 2FFCA 2Y7GA 1I2NA 3NQAA 4JTTA 5G2WA 1D3HA 4AF0B 1BEUA 4A2SA 3CWNA 1OVDA 3MBFA 3W88A 3N2MA 2HSAA 3WJXA 1PL9A 1W31A 3NL2A 1SPQA 2FPYA 3MI6A 4JTIA 4IXXA 4DXVA 2ZZ7A 2BZNA 4FIQA 3SW6A 3PF3A 3DU0A 2AAMA 4AXKA 4ZQOA 2RFGA 1XDMA 5A5WA 4ZQCA 3ABQA 4TX9A 3HIJA 1XC4A 5LNRA 5AHLA 4WOZA 2RHGA 3A23A 1XBVA 2E6AA 1EB3A 1JCLA 2V82A 3DHFA 3DI0A 4QIUA 1XDLA 3O06A 1RQEA 5FF4A 5I3GA 1H7WA 2ZA1A 1ZHAA 3RFAA 1XL9A 5AC8A 4LVDA 1IF2A 1NF7A 1XI3A 1QO2A 1JR1A 1AL7A 4E38A 1H7PA 6ALDA 4IGHA 3W2JA 5K2ZA 1O5XA 4OV4A 3EWBX 3L21A 4B5NA 1ADOA 1ICQA 2VEPA 1ZALA 4U28A 3U2OA 4UFIA 3RF9A 4MZ1A 4PFMA 3QQ0A 3UXDA 1TPFA 4N9EA 4HKPA 1KTCA 4O1DA 4POCA 5CKSA 5KINA 3DI1A 3HG3A 1OYAA 2C19A 2QAFA 3I6RA 2Z2UA 2X1UA 2F7FA 3KAOA 4RZ4A 1P0KA 3EXTA 5K4ZA 4DO5A 2J88A 1BKSA 5G1TA 4XBSA 3MUXA 1MO0A 3C2OA 5KZMA 2VFHA 3PBYA 3W7PA 5LZLA 4UIOA 3TUUA 1W56A 4BWLA 5FEPA 4PL1A 1KA9F 4HSNA 1YTEA 1FXQA 4NZJA 3LCIA 4O14A 4QAIA 4GUJA 4BFAA 4CQ9A 4K6AA 1VR6A 4FXRA 3PSWA 3M16A 1CX9A 2CZDA 4MIMA 4ZQNA 4CCCA 2C13A 3WK2A 3FOKA 2OT0A 4TO8A 3LBCA 5BNKA 1ME9A 2WSRA 4AEOA 2XFWA 3EKZA 2G95A 4E2BA 1OFOA 3W7QA 3LHUA 3DKLA 3S1WA 3HPXA 3P62A 3PG9A 3CB8A 4LRTA 1RZMA 4CNPA 1GTEA 2VFEA 5C6MA 4UMCA 5KITA 3TDFA 3OVRA 5EY5A 5EMUA 4RK8A 1JUBA 1H61A 1DL3A 4TR9A 3S5ZA 1DQWA 1ICSA 3EKLA 3MMTA 1H7OA 1NAL1 4RV8A 1G6CA 5D33A 2CLEA 2YR1A 4N02A 1AW1A 3M47A 1GG0A 3TQKA 4UFHA 4HNTA 2Y7DA 5I3JA 3UWWA 3TW6A 3LCXA 2ZYFA 2J27A 4KWVA 3O07A 1OHLA 3W6YA 1MEIA 3LRLA 1GVFA 3PAJA 4UC5A 3C52A 3ZFHA 2V30A 2C0AA 3TQVA 3KHJA 1SR9A 3A5VA 2QAPA 2GVLA 1YTDA 4DPPA 4EVZA 2ATSA 4HIBA 4UTTC 5F1UA 3NQ8A 3UNDA 3SSJA 3VKJA 4GE8A 3KRUA 4LOCA 3S1VA 2CLHA 3P61A 2PRHA 1XBXA 1OF6A 1FX6A 3P82A 1EPXA 1VS1A 4JN6A 3DENA 3EWUA 3LB0A 4HPJA 4BI5A 2GQAA 2H8XA 4NX5A 1QPRA 1GYNA 4RZ5A 1UUOA 3SJ3A 4K37A 1ZENA 2P1FA 4MY1A 1LRTA 3TSBA 5LHEA 3PBUA 2CLLA 1C8VA 1H5YA 2FDSA 5EPDA 3QSRA 4OU1A 1W0MA 2V8ZA 1N55A 2RKXA 1F6PA 2V2HA 4IMEA 4AWSA 1G7UA 5CG7A 4ML9A 3PUDA 2GUUA 4I9AA 1OFBA 6TIMA 5AHNA 3LDVA 4MLJA 1Q6RA 1OYCA 3W75A 3CC1A 1IXQA 4UNKA 4AAJA 3CEPA 3NQMA 1XFBA 3EB2A 1A5SA 4DF2A 5LSMA 3LOTA 3C61A 3TAKA 1OK6A 1DHPA 4JYEA 3PB2A 3HQ1A 4UFJA 3HGSA 1ZNNA 1WOBA 2YXGA 3G3DA 5TIMA 2X1RA 4PEKA 3MHGA 3QJAA 1KFJA 5LGXA 3W2MA 5DLCA 3TV8A 3GAYA 5G4WA 4IX2A 1QO5A 5E93A 1TRDA 3GX9A 1JCJA 3P74A 3LXAA 4M5PA 5E0KA 1JCYA 2QCFA 1H60A 3M5VA 3W7RA 2QJIA 4IPJA 3T44A 3A22A 1BWKA 2W6RA 2TSYA 3SI9A 2V0TA 2JK2A 1VC4A 1F7BA 3A24A 1BWLA 4AHPA 4NXKA 2E5DA 2HMCA 5DY3A 1VYRA 1LYXA 1KM5A 3TX9A 1DKWA 2GJNA 2XN1A 4NUWA 3TXZA 1GVQA 3MP4A 3H54A 1XUUA 1KLYA 4IMCA 5DY2A 2WSYA 3C2EA 1GWJA 3P7YA 3KVJA 3W7NA 1FY6A 4XTDA 4UTKA 2DZUA 1SZNA 3L5MA 3U8GA 4C1KA 5IBXA 2QR6A 3W9ZA 4UMAA 1TTIA 3M44A 3R89A 1FWTA 2QF7A 3VFLA 1WAUA 3B0UX 1ME7A 1Q45A 3G1SA 2Q8LA 4LVGA 5AB3A 3G1YA 5U7SA 4MUZA 1VCVA 3HG4A 3EX6A 5FEXA 5LNWA 1VHCA 4GUGA 3WJWA 1K3UA 3UD6A 1EIXA 4AB4A 4MJZA 2ZRXA 1SFJA 2QCGA 4Y6GA 3I65A 3M7WA 3MO7A 3DH7A 3BLFA 3G1XA 3CEUA 4JX6A 4M7SA 3V1PA 3B03A 5K7JA 3IGSA 1M7PA 3M0ZA 3M41A 3DFNA 1LRNA 2GPTA 1X1ZA 1GT8A 1PIIA 5LNUA 4FHAA 3L0KA 1K8YA 1L9WA 4OV9A 2PRMA 1P5BA 4JR5A 3CWOX 4UR8A 3EX1A 3CM4A 1WXJA 1N7KA 3W7HA 2G96A 2DP3A 2CZFA 4KFNA 2Y7FA 1SW3A 2W79A 2E5CA 1Q6OA 1YPIA 3PC0A 5G1YA 1OFPA 5LNVA 4DO4A 2KZHA 4PH6A 1XM3A 1FWSA 1KV8A 3NQVA 5LHFA 1X1OA 3U6WA 1CI1A 1G4EA 2VENA 2WOQA 3LHYA 5D2WA 3CU2A 1VYPX 5AOUA 2A85A 2CWNA 2YYTA 2FLIA 2X1TA 1WBJA 3G24A 4XQ6A 4MZ8A 3WK1A 2H8ZA 3GZ3A 3LI0A 1GG1A 4ZQMA 1ICPA 4N6FA 1QPNA 3B4UA 1TIMA 2V81A 3KOFA 3P80A 3PUOA 4FB7A 2FPVA 4FNSA 3C6CA 3MP5A 2ZRWA 3L68A 4JY9A 3QPZA 3SIZA 4UTWA 5FF0A 1VLWA 1LORA 1JRBA 4FNPA 1LRQA 1I2QA 4EWND 4JTLA 2EPHA 4NVTA 4R34A 1QNVA 3UWZA 4UMBA 4LV4A 4MLRA 4ADTA 1KM1A 2ZTJA 3DXIA 5D2VA 3PUEA 2Q3OA 3GDMA 5D2YA 5AFDA 3UPWA 3WK0A 3KRZA 3O16A 2FB3A 4GJ1A 4JNMA 4S2CA 3W83A 4GUHA 4O50A 2Q3RA 3QQ1A 5D38A 2VOMA 1OX4A 5HUOA 1XKYA 3LERA 2A4AA 1YXCA 4BF9A 2R14A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HV9 A;  3H2A A;  3E5P A;  3A4A A;  2WO5 A;  2CLI A;  1PUD A;  1W5Q A;  1FXP A;  3RO6 A;  3PZT A;  4FX6 M;  1K7F A;  3S1U A;  4RNH A;  4BWL C;  2VD8 A;  4N6E A;  3ANY A;  3LS9 A;  2VFF A;  1XIH A;  1V6V A;  4H4I A;  4A8L A;  2ISV A;  1KM3 A;  1X8C A;  4ZOD A;  3KL5 A;  1JI1 A;  1P0D A;  1WDW A;  1MW2 A;  1A4M A;  1EJX C;  2HPI A;  3G1A A;  1VFH A;  4QR6 A;  1PTG A;  1TB3 A;  2NT0 A;  3BOL A;  1K03 A;  4CNN A;  4A4A A;  1W3J A;  2OLA A;  1FKW A;  2OX1 A;  4JCM A;  1T5A A;  2ABB A;  5FF7 A;  2ZX6 A;  1YXY A;  3CV2 A;  1FTX A;  3L0G A;  5BOO A;  5JBD A;  2ZX8 A;  1XCX A;  4O13 A;  4LUJ A;  1KQZ A;  1TUX A;  3R8G A;  1RA5 A;  3G1R A;  2P3Z A;  2QCD A;  5FI8 A;  3T2P A;  5C7H A;  2J62 A;  3QZE A;  3IJ6 A;  4O52 A;  4GCA A;  4XKY A;  3U2C A;  4G9P A;  2P8C A;  1P43 A;  2VO5 A;  4QJ4 B;  1PJ9 A;  3E96 A;  1C9D A;  3N34 A;  4JTQ A;  2QLY A;  2GL5 A;  3W00 A;  3I7Q A;  1UML A;  4LNC A;  3U4A A;  4XO7 A;  3Q67 A;  3SN0 A;  1Q7M A;  3WJS A;  1M6J A;  1TV5 A;  1XS2 A;  4O8A A;  4PRT A;  2PTW A;  3UCQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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