1B9FA

Mobility of an hiv-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
155
structure length
151
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFAIPYNPQSQAVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
publication title The mobility of an HIV-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (clone 12)
total genus 55
structure length 151
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1b9fA00
1DLOA 3OYGA 1FXXA 2I5JA 1JXEA 3VQ7A 3OYNA 4ICLA 2P5OA 4F3OA 3QEWA 4GW6A 4I2PA 2OPQA 3KLEA 4DQRA 1KVAA 3AVCA 1I39A 4M41A 4FJGA 1X9WA 3MEEA 4FK2A 1L5UA 1KFDA 1BI4B 1KVCA 3AO4A 3DLGA 5FDLA 1NK4A 4EP4A 1S1XA 4RG8A 1QTMA 3SQ1A 3D45A 4J2BA 4W5TA 3H08A 3NBPA 3LP1A 5HP1A 1HRHA 3DOLA 4HUGA 5I42A 4FZYA 1BIUA 4B9TA 1KCFA 1S5JA 2IC3A 3CM6A 3DLHA 3DLKA 4BACA 4F8RA 3O3GA 1RDCA 3PUFA 2ATQA 3QINA 5KGXA 1LAVA 3NGZA 3TWHA 4KHWA 2IOCA 3P1GA 4KHQA 3WNHA 1ZBFA 1DTTA 2D0BA 3NE6A 2HVHA 4LD0A 4Y1DA 2Y1JA 4H4MA 1JXBA 4ZTJA 2HMIA 4MQ3A 4CF2A 1N6QA 1X9SA 3KLHA 3EY1A 4F2RA 4BDZA 1T05A 3AVHA 3TARA 1A5VA 3CM5A 4DFMA 2PYLA 2F8TA 2X6NA 3AO1A 1JL1A 4JS4A 3QEVA 4CGFA 1UA0A 5HROA 3NFAA 4M42A 2ETJA 4W5RA 3LWMA 1NK7A 4DSJA 3NF6A 3T19A 4CGDA 1NOZA 1NKBA 1R0AA 4LY7A 5HBMA 1U49A 1JLCA 1QSLA 4CFAA 3CG7A 4O0JA 3CQ8A 2OZMA 3K57A 4AHTA 5FRNA 3KD5E 4E0DA 4CEDA 3KTQA 4C8NA 3DLEA 2JGUA 1SKSA 3MAQA 1BI4A 4CIFA 1JL2A 1C1AA 2FC0A 3L3VA 4CGIA 2R7YA 5K14A 4DTJA 3VQ8A 1W0HA 3HT3A 5I3UA 4FJHA 4DFPA 1NOYA 3AVGA 3LANA 3DRSA 2DFEA 5HLFA 3F9KA 4AH9A 4CGHA 1WN7A 3OYMA 4FLVA 3SUPA 3V1QA 4FJ5A 4J2EA 3O4NA 2ZE2A 2Z1JA 5HRNA 4FJMA 1NK8A 1RT3A 1L3UA 1VSDA 4I9QA 2WONA 2VWKA 4W5OA 3M8QA 4KB1A 3QO9A 3V1RA 3OY9A 3SI6A 4AILC 3DLBA 1WSGA 1TV6A 3SQ2A 4RW4A 2DFHA 3V9UA 3S3NA 3V9ZA 3DYAA 4DF8A 1HYSA 4QAGA 3LP0A 3LPUA 3AA2A 4M3RA 3ZSRA 1S9EA 1S6PA 2YNFA 4DTPA 3SZ2A 4OLAA 1ASWA 3ZSWA 3MECA 3TR8A 1EKEA 3RMAA 3M8PA 2YNGA 4AHCA 3QEIA 1K6YA 4KRFA 3ZT0A 1ZBLA 1VSHA 1FKPA 5CYMA 4Z4FA 4DTUA 4RW7A 1U45A 2QKBA 1Z25A 1JKHA 4E7HA 1CLQA 4AHRA 1NJXA 4H4OA 1KLNA 1C0TA 5JS2A 1TK5A 4OJRA 1UA1A 1IH7A 4CJFA 3HVRA 2PYJA 1BCOA 5C25A 4C8LA 1VRTA 3MEGA 3K5MA 1JLBA 3DMJA 4DSIA 4L8RB 1T03A 4E1NA 4HTUA 1REVA 1Y97A 4OKJA 1YTUA 1BHLA 1ZBHA 4JLHA 4N47A 2XO7A 4FXDA 3K2PA 3M8SA 1ASVA 2YNHA 1WSFA 4KHYA 3LP2A 1BISA 3TAQA 3MXMA 4FJ7A 4DS5A 4CK1A 1WAFA 3QEPA 4ELTA 1ZBUA 4IG0A 2P51A 4EZ9A 4Z4IA 3E01A 4N56A 3OYLA 3RTVA 4M3UA 3LWLA 1GOCA 3VQBA 4CFCA 4B9LA 5CZ1A 4W5QA 4JS5A 2KW4A 1LW2A 3OJSA 2KFZA 2ZQBA 1SL2A 2OPRA 3CFRA 1QSSA 1VSKA 1RTIA 3VA3A 2Y1IA 2PY5A 3MXIA 3ZT2A 2BANA 3TAGA 2X6SA 1VK0A 2RPIA 2GV9A 1HYZA 2WOMA 4JRPA 3MEDA 4CEEA 1HNIA 1VSEA 2RKIA 4FW2A 1S1VA 4CF0A 3TAPA 1TKDA 3LZIA 4B9UA 4B9VA 1FKOA 4HCCA 2G8IA 1XC9A 3CYMA 2YKNA 4IFYA 1WAJA 1UWBA 1VSJA 3ZSOA 4DLGA 2EHGA 4E7LA 3NH0A 4E3SA 1RBRA 3ZT3A 4CERA 1XHXA 3JYTA 4CE9A 3SUOA 1EXQA 2DY4A 2HHSA 2E6LA 4CIGA 2QK9A 4M3TA 1ZBIA 4E7JA 4HUFA 1BGXT 3OYFA 4CJLA 2XHBA 5SZTA 4FCYA 3S3MA 2G8VA 4FZXC 1GOAA 4I2QA 4CHOA 2BDPA 2DFFA 1XWLA 4FVMA 3HPHA 4CFBA 3HO1A 4N5SA 3AO5A 4XIUA 4DSKA 4B8CA 4BE1A 4DTRA 3V6DA 1D8YA 2KTQA 2XRIA 4RW6A 2QKKA 4KI6A 4GVMA 3OYIA 3QIOA 2G8FA 3KIOA 1A5XA 3K58A 2FBVA 1L3VA 3ISNC 1VSIA 4OGEA 2HHQA 3QERA 4F2SA 3DLRA 2HVIA 1RT1A 4FK4A 4IG3A 1NK5A 2HHTA 3G10A 5JS1A 3VQQA 3P5JA 3PX6A 3RWUA 4FK0A 3TI0A 4DSEA 2YV0X 3SQ0A 4I9LA 1KVBA 2KZZA 1YT3A 4CJVA 3V9XA 2F96A 4F3TA 3KJVA 4OGCA 1S9GA 3VA0A 1TKZA 3I0RA 3VQ5A 3SPYA 4PA1A 3TAFA 4ELUA 3SQ4A 2W42A 1JLQA 5KGWA 4DTNA 3QNOA 1QE1A 1SV5A 4MFBA 1VSFA 2VG6A 4CIEA 2D5RA 1LWCA 5CYQA 3LAKA 3LALA 4CECA 3FFIA 1O1WA 3SJJA 2OYQA 3NHGA 4DQPA 3NF9A 3B6OA 4NCAA 1TGOA 2XY8A 2YHBA 3ZCMA 4WE1A 2KQ2A 5EU7A 1B92A 2DTUA 4FM2A 5J1EA 1TK0A 2VWJA 3RRHA 3SYZA 4FLWA 2FBXA 4CF1A 3AA5X 2P1JA 4CEQA 5DK5A 3ZSVA 5HRPA 4E89A 1J9AA 3PY8A 1NK9A 3ASMA 1RDBA 4KB0A 3KLIA 5FRMA 4CEFA 4KTWA 1U47A 2YKMA 4DQQA 2Q3SA 3C6TA 1NK0A 1KSPA 3UIQA 4KAZA 1RTDA 2HHXA 2PZSA 4NYNA 4O0IA 4FJXA 4DSLA 1TL1A 3AV9A 4G1QA 3IRXA 2QXFA 3VQDA 3NF8A 3ZSYA 2ITGA 4K8XA 4CF9A 1UAXA 3L2RA 2OPSA 2OA8A 2RN2A 4DQSA 1RT4A 5FROA 4Y1CA 1QS4A 2G8KA 3NCIA 1VSLA 2B5JA 4BDYA 4LH5A 1RBUA 2AJQA 3K59A 3DRRA 4E19A 1TKTA 3D0PA 3PX4A 2P5GA 4FLTA 3QESA 4CJPA 4QOZB 3V4IA 4PUOA 4CJTA 3AVIA 1UOCA 3M8RA 3OS1A 2EX3A 1WSJA 3ZSQA 4CEZA 1WSHA 4KPYA 3O4QA 4NYFA 3WNEA 3AVAA 4DTOA 4M45A 4B9NA 4FM0A 4DF4A 3SUQA 3AO2A 3VQCA 4BWJA 3VN5A 1LWFA 4DTSA 3HYFA 5CZ2A 4CJ5A 4CJKA 1ITGA 5D3GA 3PV8A 3HP9A 2O4GA 1SL1A 4DSFA 3SUNA 4CK2A 4CJQA 1CXQA 3NDKA 1BL3A 3C95A 3V1OA 4CJEA 1L3SA 4O44A 3L2QA 2KFNA 5C24A 4Q5VA 3F73A 3NGYA 3VQ9A 4ZHRA 1NKEA 3HJFA 4CJWA 3NH2A 3KKRA 4N76A 3HXMA 3OS0A 5J2MA 5KRTA 2B4JA 3WNFA 1RDDA 1U04A 2IGIA 1C1BA 4TSXA 1DTQA 1BQMA 4KTZA 4YFUA 1ASUA 1B9FA 4CFDA 3K5LA 2O4IA 4E7KA 3ZSXA 4KV8A 5KI6A 3KLFA 4RW9A 3V9SA 1WSEA 5T7BA 4FJKA 3DOKA 3AA3A 1D9FA 4W5NA 2OPPA 1X9MA 1KRPA 2HHWA 3AO3A 4LSNA 1SKWA 5SWMA 1CXUA 1RILA 1RNHA 2Z1IA 1G15A 2IS3A 1RDAA 1X1PA 3TAMA 4CK3A 2X78A 1D5AA 4HVJA 3C6UA 2KZMA 2Z1GA 3C94A 1BCMA 5CY4A 1HQUA 4I7FA 4DS4A 4FLYA 4HUEA 3S3OA 4DLEA 5C42A 2G8WA 4N41A 2BGGA 4HCBA 3V81A 1IKWA 4H8KA 1QQCA 1RTJA 1JLFA 1S6QA 3AVJA 4YNQA 1SL0A 3TABA 4HHTA 3HPOA 1RT7A 2FBTA 1TL3A 3L2UA 3K5NA 3U6FA 1W9HA 3KK1A 1JLAA 3SV3A 1FK9A 3MXJA 1TK8A 1RT2A 2IAJA 1BQNA 1CZBA 3ZT4A 4CHNA 3VQ6A 3LAMA 3OYHA 4DU3A 4IFVA 1JLGA 4EP5A 4PY5A 1L3TA 2ZD1A 3P83D 1WSIA 4ZTFA 3KD1E 1ZYQA 1WLJA 2X74A 4M3XA 3HVTA 3LPTA 5HRRA 3OYEA 3KLGA 1C6VA 4NCGA 3EZ5A 2VG7A 1RT6A 1Z26A 4OPKA 3T1AA 2XY6A 4FLXA 1IO2A 4CHZA 4Z4CA 4CJ3A 1I3AA 3HSTB 4FJIA 4J2AA 2HW3A 1N5YA 4C8MA 3TANA 4FJNA 1RCHA 4CF8A 1YTAA 2YHAA 1SKRA 3AVKA 1NKCA 4RW8A 4CJRA 3NF7A 1J53A 4O55A 3OYDA 4Z0UA 1T7PA 4ELVA 3L3UA 3RR8A 1KFSA 4KI4A 5HRSA 2E4LA 2B6AA 3T3FA 4DFKA 3RR7A 1WNSA 3SCXA 4F4KA 4BE0A 3L8BA 1TAQA 3ZT1A 2A1RA 1TKXA 1S1WA 1QSYA 2GUIA 4KFBA 3QEXA 3I8DA 1RBTA 3NAEA 1S1TA 4OPJA 1RBVA 3L2WA 5J2PA 1SUQA 4AHSA 3DRPA 3A2FA 4LH4A 3VQPA 4R5PA 1C0UA 2VG5A 3IS9A 4FJ8A 4LSLA 1HJRA 3LP3A 4OVLA 3OYJA 1YVUA 2A1SA 3DI6A 3VQ4A 4PQUA 3O3HA 1U48A 3DM2A 4ID5A 1HYVA 4KKOA 4DU4A 1Q9YA 4FJLA 4M3WA 2HHVA 5J2NA 3RMDA 2FBYA 5J2QA 4CCHA 3THVA 1KLMA 1T8EA 3ITHA 3OYKA 3I0SA 1J5OA 4Z4GA 1Q9XA 1C1CA 4B9MA 1RT5A 3NH1A 1D9DA 3S9HA 1LAWA 3AA4A 3U3GA 3SV4A 3HP6A 4M3ZA 5DMRA 4CHYA 1CZ9A 3O3FA 3G0ZA 3IAYA 1HPZA 4IBNA 2D0AA 1NJZA 1HNVA 1KTQA 1GOBA 3RMBA 4KHUA 4DTXA 4AHVA 3OYCA 4DFJA 4O4GA 3CFOA 3HPGA 3AVFA 1EX4A 4IDKA 1J54A 4CJUA 3EYZA 4CESA 2HHUA 4OLBA 1XI1A 4IKFA 1HMVA 4E1MA 1Q8IA 4NCBA 1RTHA 3IG1A 2NUBA 4KREA 1HQEA 1NJYA 1TVRA 2HNZA 3KK3A 2HB5A 3TAEA 4BDPA 1IKXA 4BE2A 3AVBA 4E7IA 1U4BA 4M3YA 4Q0BA 3HL8A 4DWIA 4FJJA 2LSNA 5KTQA 2RF2A 4Z4HA 4FLUA 3U3YA 4B9SA 4OKKA 4CEBA 2G8UA 4DQIA 3NGIA 4K8ZA 3RMCA 4BWMA 3K5OA 1MU2A 4CHQA 3QIPA 3OYAA 1NJWA 3L2VA 4DTMA 4CJ4A 2YNIA 4KTQA 3KKSA 4O5BA 5KRSA 4KHNA 4FYDA 3WNGA 2JLEA 2GBZA 4B3OA 4KHSA 3LDSA 4CGJA 4C8OA 2BE2A 3ALYA 3RRGA 4FZZA 1IKYA 1TAUA 4CGGA 3QETA 1LV5A 5E41A 4B08A 3KK2A 4DU1A 4B8AB 4CEAA 4EZ6A 3OS2A 3HM9A 2XY7A 3SPZA 3VQAA 4ID1A 3PO5A 4CEOA 1S1UA 1LW0A 2IDOA 2Z1HA 4DMNA 2G8HA 4Z4EA 1QHTA 3JSMA 1VRUA 2XY5A 3OVNA 4J2DA 3HK2A 1B9DA 3AVNA 1JLEA 2E6MA 3AVLA 3BGRA 4FW1A 3VQEA 1EP4A 4CHPA 4DG1A 1XHZA 1VSMA 4OKEA 4AHUA 1LWEA 4PWDA 3PO4A 4FJ9A 3PX0A 3AVMA 4CJSA 3V9WA 4FM1A 3CFPA 4GMJB 3B6PA 1IKVA 3SNNA 2D0CA 3BDPA 4C8KA 3OJUA 3ULDA 1EETA 1RBSA 1A5WA 3OYBA 2HNYA 3ZSZA 4FLZA 1NK6A 4JRQA 1IG9A 4QCLA 3QNNA 4KO0A 4UQGA 2HNDA 2OZSA 1F21A 3QLHA 1BIZA 2F8SA 3LZJA 1C0MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EL2A 3OYNA 2P5OA 4I2PA 3LM9A 4FJGA 1I39A 1X9WA 1IBMK 2O8CB 1KFDA 1KVCA 2QWOA 2E88A 3AO4A 4LF9K 2P9LA 3LM2A 4DR7K 2D0OA 2FLOA 4J2BA 1BIUA 2IC3A 1LOTB 3PUFA 5AFUH 3TWHA 3F2KA 4KHQA 4JD2B 3NE6A 4LD0A 4Y1DA 2Y1JA 4H4MA 2HMIA 4MQ3A 1N6QA 1X9SA 3KLHA 1SQKA 3AVHA 4FL9A 5E26A 2A5XA 5JVHL 4DFMA 4RWTA 2O8DB 1UA0A 1Z05A 2P9IB 4LY7A 3DLLL 4LFBK 4YOXA 1JLCA 3CQ8A 4O0JA 2P9SB 2IVNA 4YDUC 5FRNA 3KD5E 1VQ7N 4A2BA 3KTQA 3DLEA 1KXPA 1NGCA 1C1AA 3LL3A 5K14A 5C12A 3VQ8A 3AVGA 3MN5A 4BQZA 4B9QA 5HLFA 3OYMA 4FLVA 3FGUA 3O4NA 5BRDA 2Z1JA 4K0KK 1NGHA 2WONA 4JKHA 5C0YA 3SI6A 1GLFO 1WSGA 1TV6A 2HSTA 3S3NA 3V9UA 3DYAA 2VQEK 5GAGP 3LPUA 3CXCM 1ILYA 3I33A 3MECA 3VEYA 2YNGA 3DXMB 1VSHA 1FKPA 3CJ1A 1BO5O 1Z25A 4EIAA 4X65K 4E7HA 3ZETB 3SK3A 2NRWA 5EX5A 1IH7A 4CJFA 4DV2K 4M7XA 3D2EB 3MEGA 3K5MA 1T03A 4E1NA 4HTUA 4OKJA 4N47A 4BRIA 1X3MA 4KHYA 4AM6A 5IT9O 4XEIA 2O8BB 4CK1A 4GVEA 4DR5K 4GV9A 5JLHA 4HWIA 4W5QA 3OJSA 2ZQBA 2KHOA 1VSKA 3KWGA 3GBTA 2O8EB 3CJ7A 1NGEA 4BC5A 3PSFA 1NK8A 1HYZA 3TAPA 1HNIA 4B9UA 3IMXA 4CF0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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