1BCMA

Bacteriophage mu transposase core domain with 2 monomers per asymmetric unit
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
304
structure length
304
Chain Sequence
VEHLDAMQWINGDGYLHNVFVRWFNGDVIRPKTWFWQDVKTRKILGWRCDVSENIDSIRLSFMDVVTRYGIPEDFHITIDNTRGAANKWLTGGAPNRYRFKVKEDDPKGLFLLMGAKMHWTSVVAGKGWGQAKPVERAFGVGGLEEYVDKHPALAGAYTGPNPQAKPDNYGDRAVDAELFLKTLAEGVAMFNARTGRETEMCGGKLSFDDVFEREYARTIVRKPTEEQKRMLLLPAEAVNVSRKGEFTLKVGGSLKGAKNVYYNMALMNAGVKKVVVRFDPQQLHSTVYCYTLDGRFICEAECL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transposase
molecule keywords BACTERIOPHAGE MU TRANSPOSASE
publication title Structure of the bacteriophage Mu transposase core: a common structural motif for DNA transposition and retroviral integration.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage mu
total genus 77
structure length 304
sequence length 304
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-05-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02914 DDE_2 Bacteriophage Mu transposase
A PF09299 Mu-transpos_C Mu transposase, C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.130 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Transposase, Mu, C-terminal 1bcmA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bcmA01
1KFDA 1JXEA 1WN7A 4CJLA 4E1MA 3V6DA 1J54A 1EXQA 1LAVA 3KK3A 3LWMA 2P5OA 1W0HA 4AILC 3V9XA 1RBRA 4W5TA 4B3OA 3K59A 3RTVA 4DU3A 4G1QA 5SZTA 5HRSA 1HYVA 4QOZB 2Z1JA 3AO3A 4F2SA 1N6QA 3ZT1A 4IG3A 1XWLA 3DMJA 1KVCA 1QE1A 1VSFA 1ZBHA 3AVAA 3V9SA 3I0SA 4DFKA 1U04A 1W9HA 4FLXA 4KFBA 4KTWA 3M8RA 2D0CA 4FZZA 1RT4A 2O4IA 3AVMA 3O3GA 4FJ8A 4DF4A 4E89A 1BGXT 1HMVA 4CIEA 5CZ2A 2B6AA 2X74A 3AO4A 3VQ8A 4OLAA 3K2PA 4YNQA 3SQ4A 2WOMA 4CJRA 4CE9A 3RR8A 3U6FA 5FRNA 3AVCA 3F9KA 4CGJA 3VQ5A 3VA3A 4C8LA 4KTZA 4BDZA 1JL2A 5DK5A 3TAQA 4RW8A 3U3YA 1TAUA 2XY5A 1SUQA 2F96A 5FROA 3E01A 2DFHA 3SZ2A 4LH5A 1XI1A 3KD1E 1S5JA 3ISNC 2HNZA 4FW2A 1XHXA 3HPGA 3HP9A 3SI6A 5HP1A 4FLUA 4Z0UA 4DQSA 2KZMA 1A5VA 1LW0A 1NJZA 3L2VA 2GBZA 1RT1A 2QKKA 1U49A 3DLGA 3C94A 4I7FA 2G8FA 4EP4A 4BE1A 2FBVA 4OVLA 5KGWA 4CFAA 4FK0A 1BL3A 1TKZA 1VSHA 2IGIA 4DU1A 4BACA 1Y97A 3O3FA 3VQPA 4B9VA 1UOCA 1J9AA 4KHYA 3HJFA 4BE2A 1Q8IA 3LANA 3JSMA 1B92A 3VQCA 4FJIA 3U3GA 4YFUA 4I2QA 4FM2A 4AHVA 2Y1JA 5KRTA 1A5WA 4QCLA 3ZT0A 1IKYA 2YV0X 4OPJA 3PUFA 4FJGA 2LSNA 4CF2A 3TAGA 1CXUA 4CJUA 4FJ7A 3OYMA 1RBUA 4FJMA 2F8SA 2YNFA 4DTXA 1FKPA 1RILA 3AVGA 1RTDA 2DTUA 2KFZA 1SL0A 4DTRA 1QTMA 4CF9A 4KB1A 3ZSOA 4CHNA 4KKOA 4Z4HA 3CFOA 3NH2A 2KTQA 2KFNA 4O55A 4AHRA 4N47A 1SKWA 1NOZA 1QSYA 3DRRA 3OYDA 1ITGA 4FLYA 3PX0A 3O3HA 1Q9YA 3DLHA 2G8KA 4DLEA 3OJUA 1U47A 1BQNA 4CFDA 1NJWA 2XY6A 4BE0A 3LDSA 4H8KA 4FLWA 4CEBA 4DQQA 1A5XA 2P51A 4CF8A 4FJ5A 4B9UA 3KK2A 5JS2A 3LPTA 4Y1DA 3O4QA 4CERA 3TAEA 4CHYA 1T7PA 4DQRA 3SPZA 3SUNA 2D5RA 3QEWA 3RMDA 3L8BA 4HCCA 1RDAA 4B9MA 4CGDA 3HK2A 1HNIA 4FXDA 1L3VA 4JLHA 3ZSYA 4F3OA 1SL2A 1QSSA 1VSDA 3AV9A 3AVJA 3WNEA 3TR8A 3NHGA 4CIGA 3QO9A 1J5OA 3SNNA 4FJHA 3RRGA 1ZBIA 4M45A 1LW2A 1YTAA 2FBXA 3M8PA 4WE1A 3DRSA 3IG1A 3AVNA 3ZSRA 1KVAA 3BGRA 4CJ4A 1N5YA 2OPSA 3TAMA 3RRHA 4OKKA 1VSJA 5SWMA 4OGCA 3CFRA 1SKSA 3D45A 4FJJA 3SQ2A 4B9TA 1I3AA 3O4NA 4HTUA 4LH4A 1QS4A 2G8VA 4I9QA 5D3GA 1S9GA 2Z1GA 4CK1A 3OYIA 4KB0A 1KTQA 3QIPA 1VSEA 4ELUA 4Q5VA 1X9MA 1RBTA 4C8KA 3RWUA 1WLJA 4AHCA 4EZ9A 1WAFA 1IKVA 1HJRA 2HB5A 3P83D 4M3RA 1JLAA 4BWJA 3OS1A 3NGIA 1U45A 2EX3A 3WNGA 3AVIA 2QXFA 4H4MA 2F8TA 4HCBA 2ITGA 1L3SA 1K6YA 2IDOA 4KREA 2VG5A 2HHWA 1D5AA 4KI6A 2P5GA 1L5UA 2X6NA 3UIQA 2ATQA 1GOCA 4KPYA 4NCAA 1CZBA 4DS5A 1NK8A 4N5SA 4GW6A 3ZSQA 3PX6A 4K8ZA 2HVIA 2QK9A 4JRPA 1LWEA 3OYEA 3DYAA 3QIOA 1S1WA 3QINA 4Y1CA 3H08A 1NK0A 4C8MA 4LY7A 3AO5A 3T1AA 4CECA 3S3NA 4O5BA 1TVRA 2ZD1A 5DMRA 4M41A 3VQQA 4DMNA 3TAPA 4KHNA 1VSKA 2HVHA 3VQDA 3L2RA 1D8YA 1S1UA 1WSIA 1KLNA 2G8HA 3T19A 2VG7A 4E3SA 4RW4A 3OYJA 1BISA 4FW1A 2RPIA 1RDBA 4CEDA 3ITHA 2OZMA 4DG1A 5HLFA 1TK5A 4O44A 3T3FA 1UAXA 3HVTA 1WNSA 4KHUA 1JLBA 4H4OA 1DTQA 1NJYA 4DQPA 3AA5X 4W5RA 5HRRA 2ETJA 1IO2A 3ZSZA 4CESA 3LZIA 3DI6A 1UA0A 4M3UA 5CY4A 4B8AB 1XC9A 4KRFA 1JLEA 3JYTA 1L3TA 2YKNA 3V9WA 4CJ3A 3AVLA 1KVBA 3TWHA 1C0TA 4KI4A 4CJKA 1O1WA 4B9SA 2YHAA 2XO7A 3QNOA 3AA4A 1RT2A 2HHUA 3TAFA 1RTHA 4N76A 4FK2A 3MAQA 3D0PA 4FVMA 4ELVA 4QAGA 1EX4A 2BANA 4CJEA 3VQBA 3V9UA 3OYCA 4E7HA 1LV5A 1T8EA 4M42A 3RMAA 4FJ9A 2E6LA 3NGYA 3DOKA 3DOLA 4DSJA 3ZT2A 3OVNA 2RF2A 3F73A 4C8OA 4UQGA 1S1XA 2QKBA 2GUIA 3HM9A 3MEGA 1R0AA 4FM1A 2VG6A 2JGUA 4K8XA 1TKDA 1LWFA 3OYKA 4E19A 1TGOA 4ICLA 4M3ZA 1MU2A 3KJVA 3CYMA 3SUQA 4JRQA 3S9HA 1ASWA 1Z26A 2DFEA 1B9DA 1HNVA 3MEEA 3K5OA 4CJQA 4E7LA 3AVKA 1CXQA 2XY7A 4J2AA 4DSFA 3DLKA 3MEDA 2PYLA 4B08A 1KSPA 3RR7A 2NUBA 1VRUA 3KLIA 3NF8A 4J2EA 1FXXA 3AA3A 3IAYA 1D9FA 4CEFA 3SQ1A 3A2FA 3IRXA 2YNGA 1NJXA 4CFCA 3QEIA 3MECA 3AVHA 4EP5A 1XHZA 3FFIA 3KIOA 1RDDA 3K57A 3HT3A 4DSEA 4RW9A 5KI6A 1RT7A 2OZSA 4CGGA 4EZ6A 1UA1A 2PYJA 3EYZA 4FJNA 4CEOA 3V1RA 2DFFA 2FC0A 1DTTA 3AVFA 2AJQA 2IS3A 3P5JA 2EHGA 3QEVA 2KW4A 4IG0A 2Z1IA 4BWMA 1ZBUA 1ASVA 1NK6A 1ZBLA 4ZTJA 4JS4A 5I42A 1VSMA 3KKRA 3OYGA 4O0IA 4HUGA 5J2PA 1U4BA 2GV9A 3LPUA 1BIZA 4DQIA 4CFBA 4CJFA 1BI4B 3HP6A 2VWJA 4DSIA 2HHTA 4BDPA 4AH9A 4HVJA 3HPHA 1WSJA 3OYBA 3HL8A 1TL3A 4KHSA 1YTUA 1NK7A 1UWBA 3L2WA 1C0MA 1JXBA 2G8IA 4ZHRA 2RKIA 2WONA 1QSLA 3OYFA 4XIUA 4L8RB 5EU7A 1NK4A 1QHTA 3NF9A 5CYMA 3QERA 1KRPA 3TARA 3VQ6A 2KZZA 1RT6A 3LP2A 5J2MA 4Z4FA 4LSNA 1JLQA 3G0ZA 1S6PA 3P1GA 4PWDA 4OLBA 4W5NA 1YT3A 3K58A 2X6SA 4CHPA 4CCHA 1CZ9A 5C25A 1D9DA 4M3TA 4IDKA 3OYAA 3I8DA 2XHBA 1BIUA 4DWIA 1TKTA 1CLQA 1JL1A 4RW7A 3SUOA 2OPPA 4HUFA 4DTPA 4DSLA 3ZSXA 3LAKA 3MXJA 5KTQA 3LP1A 3CQ8A 4M3WA 1RBVA 2YKMA 4O0JA 3SPYA 2A1SA 3RMBA 1KCFA 4IBNA 4ID5A 4CJTA 1FK9A 4ID1A 2HHQA 3QLHA 4DTOA 3I0RA 4Z4EA 5K14A 3L3VA 4CJWA 4CJVA 4JS5A 4N56A 4BDYA 3ALYA 3SV4A 1X9SA 1S1TA 3CM6A 3CFPA 2X78A 3NCIA 1B9FA 5T7BA 1GOAA 4FJXA 2D0AA 1ASUA 1F21A 4FLVA 3VQEA 5HRPA 5HROA 4Q0BA 3M8QA 2ZQBA 3MXIA 4E1NA 4CEZA 4KV8A 5KGXA 4Z4GA 3PO4A 3VQAA 1IKXA 5HBMA 4KAZA 3SUPA 4KTQA 3HYFA 3IS9A 5FDLA 3QESA 2FBYA 4J2BA 4AHTA 3HPOA 2G8UA 2IC3A 1WSFA 3SCXA 4CIFA 2E6MA 4IKFA 1Z25A 3M8SA 4CGHA 4AHSA 3RMCA 1TK0A 1KFSA 4F3TA 2RN2A 1X9WA 3L2QA 1L3UA 1RCHA 4KHWA 3AO1A 3AVBA 3NGZA 2ZE2A 1RBSA 4DTSA 3S3MA 4DSKA 4F4KA 1JLFA 3C95A 3VN5A 4NCBA 1VSLA 1SL1A 4CEAA 3NE6A 2O4GA 1DLOA 1WSEA 5J2NA 3AO2A 2VWKA 1C0UA 4NCGA 4GVMA 4DTUA 2OPRA 3TI0A 3NF7A 1S9EA 3DLRA 5E41A 2R7YA 4CGIA 4FZXC 4Z4CA 3K5LA 1SKRA 4M3XA 1C1BA 3SYZA 3THVA 3KLGA 1NKCA 3NBPA 2OA8A 2YHBA 2A1RA 4DLGA 3KD5E 4E7KA 3QETA 2HNDA 1NKEA 5J2QA 4RW6A 3QEXA 3LWLA 3EY1A 4PQUA 3ZSWA 2HHVA 1BHLA 2PZSA 3B6OA 1C1AA 4FM0A 2HHXA 5C42A 3SV3A 1JLGA 5FRMA 1BI4A 3TANA 4PA1A 1LWCA 3NFAA 4RG8A 3OYNA 5C24A 1EETA 1RT3A 3B6PA 3ZT4A 3OYHA 4DU4A 3V9ZA 3QNNA 3PO5A 1HQUA 2FBTA 4E7IA 1NOYA 2BDPA 3BDPA 4J2DA 2DY4A 2XRIA 4B9LA 4FJKA 4LD0A 3VQ9A 3SQ0A 1Q9XA 4FJLA 3K5MA 4AHUA 4Z4IA 2P1JA 1C1CA 3NH0A 1RDCA 2YNIA 2B5JA 4CHQA 3SJJA 3NDKA 2E4LA 4DFPA 3VA0A 2JLEA 4I9LA 4CK3A 4M3YA 3HO1A 1WAJA 3ZCMA 1LAWA 3DM2A 1BCMA 2OPQA 4O4GA 3V1OA 4CJPA 1TV6A 4DFJA 4DF8A 2Y1IA 1TK8A 4CHZA 2HW3A 3V4IA 1EKEA 1HRHA 1I39A 4OKJA 4PUOA 4FZYA 2IOCA 4MQ3A 3LALA 3NF6A 3ZT3A 4PY5A 1X1PA 3S3OA 1BQMA 4F8RA 3V81A 1JLCA 1FKOA 1RTIA 2PY5A 1HYSA 1IKWA 2IAJA 1HPZA 4CGFA 3K5NA 3LZJA 1YVUA 2B4JA 5J1EA 3DLBA 1GOBA 3CG7A 3ZSVA 1NK5A 3L3UA 4LSLA 5CZ1A 4ELTA 1TKXA 3KLEA 4CHOA 4DTMA 4DS4A 3PY8A 3HVRA 4F2RA 5JS1A 3OYLA 4DTNA 4OGEA 3VQ7A 2BE2A 4OKEA 4FYDA 3MXMA 1C6VA 1QQCA 1RT5A 4CJSA 4DTJA 2YNHA 3DRPA 4FK4A 4GMJB 1NK9A 1ZYQA 4B9NA 4HUEA 3OJSA 4IFVA 4N41A 2Z1HA 4R5PA 4KHQA 1KLMA 2HMIA 4ZTFA 4CF1A 5I3UA 1VK0A 3LAMA 2G8WA 3NH1A 1RTJA 4MFBA 3PV8A 1WSHA 3OS2A 3KLHA 3OS0A 4FLZA 1HQEA 2HNYA 3HSTB 4B8CA 4I2PA 4TSXA 4CJ5A 2XY8A 1EP4A 1IH7A 3NAEA 4HHTA 3V1QA 4FLTA 3G10A 4OPKA 1HYZA 2BGGA 1S1VA 2KQ2A 1VRTA 4CEQA 4DFMA 1NKBA 1ZBFA 3C6TA 3DLEA 5CYQA 4CEEA 3EZ5A 3ULDA 3KTQA 2Q3SA 3AA2A 5KRSA 3PX4A 3KLFA 4W5OA 1T05A 1JKHA 2D0BA 3VQ4A 3KK1A 4CK2A 4KO0A 5HRNA 1SV5A 3LP0A 1TL1A 1BCOA 1G15A 1U48A 1T03A 4E0DA 1WSGA 3CM5A 3WNFA 1VSIA 4CF0A 3LP3A 2W42A 1S6QA 4NYFA 2OYQA 4FCYA 3C6UA 3ASMA 4C8NA 3OY9A 4E7JA 2HHSA 3TABA 1RNHA 3L2UA 1TAQA 4OJRA 1IG9A 3HXMA 4W5QA 3QEPA 1REVA 4NYNA 1J53A 3KKSA 3WNHA 4IFYA 2I5JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2AZVA 4CJLA 2HD0A 3U8XA 1W4SA 2PNIA 1EXQA 3LWMA 4BRGA 2P5OA 3VU3C 1YIJA 1VQ4T 1W0HA 4AILC 1B34B 2OTJT 1RBRA 4W5TA 2ZPBB 3V9XA 1XNRK 1H3ZA 2D0QB 1M9SA 1UGRB 5LJ3f 3R6NA 4EHUA 2GX9A 4CZMA 5HRSA 3J80E 1IJJA 3UB5A 3QHSA 4Z89A 4JKGB 4F2SA 8ATCB 4H0OA 3ZT1A 1ZBHA 1HUXA 1XWLA 2EKOA 3VTHA 2X3XD 3VERA 5CE3A 1W9HA 4B1WB 5FU6C 3UF4A 5C2DA 4FZZA 3M55A 3AVMA 3O3GA 3T69A 1PKSA 4E89A 5IT9O 3M58A 5EC7A 4OX9K 3RR6A 2L3RA 2RNAA 4EPCA 3HM8A 4DV1K 3VQ8A 3JCMJ 3MHXA 4C92B 4CJRA 4FU6A 1FX7A 1F1BB 3HRUA 3AVCA 3O8MA 3F9KA 5LJ5f 3IDHA 3H0HA 4BDZA 2RD1A 4LF6K 3THKA 2DFHA 4LH5A 3ZX2A 4FW2A 3ISNC 1XHXA 4FLUA 3CCRA 4DQSA 4QW2A 3L2VA 1RT1A 2LQNA 4IDHA 3DLGA 4BR7A 1QQJA 3CCLA 3RSEA 3NVKA 2G8FA 4C0FA 1BI2A 5KYXA 3REBB 1ZA1B 3CCUQ 4KULA 2GTJA 1QZ5A 3JB9F 2R5MA 4PJOB 1BL3A 1K8KA 5LJ3h 2QQRA 4LDWA 4BACA 3H6EA 3O3FA 1UOCA 4HXJA 2CZ7B 1HX1A 2EPDA 2CGKA 1NPPA 4OPHA 4FSSA 3LANA 4J9FA 4IO9L 4FJIA 3U3GA 4FM2A 4IURA 5DLOA 1NBEB 1WNLA 3PFSA 4Y0WA 4QCLA 2BZXA 4J9DA 2E64A 1M3BA 5KH6A 2ZGWA 2YV0X 3URGA 5C12A 2LSNA 2C0OA 2CGLA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3NH1 A;  1RTJ A;  4MFB A;  3PV8 A;  1WSH A;  3OS2 A;  3KLH A;  3OS0 A;  4FLZ A;  1HQE A;  2HNY A;  3HST B;  4B8C A;  4I2P A;  4TSX A;  4CJ5 A;  2XY8 A;  1EP4 A;  1IH7 A;  3NAE A;  4HHT A;  3V1Q A;  4FLT A;  3G10 A;  4OPK A;  1HYZ A;  2BGG A;  1S1V A;  2KQ2 A;  1VRT A;  4CEQ A;  4DFM A;  1NKB A;  1ZBF A;  3C6T A;  3DLE A;  5CYQ A;  4CEE A;  3EZ5 A;  3ULD A;  3KTQ A;  2Q3S A;  3AA2 A;  5KRS A;  3PX4 A;  3KLF A;  4W5O A;  1T05 A;  1JKH A;  2D0B A;  3VQ4 A;  3KK1 A;  4CK2 A;  4KO0 A;  5HRN A;  1SV5 A;  3LP0 A;  1TL1 A;  1BCO A;  1G15 A;  1U48 A;  1T03 A;  4E0D A;  1WSG A;  3CM5 A;  3WNF A;  1VSI A;  4CF0 A;  3LP3 A;  2W42 A;  1S6Q A;  4NYF A;  2OYQ A;  4FCY A;  3C6U A;  3ASM A;  4C8N A;  3OY9 A;  4E7J A;  2HHS A;  3TAB A;  1RNH A;  3L2U A;  1TAQ A;  4OJR A;  1IG9 A;  3HXM A;  4W5Q A;  3QEP A;  1REV A;  4NYN A;  1J53 A;  3KKS A;  3WNH A;  4IFY A;  2I5J A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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