The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
131
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sequence length |
391
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structure length |
391
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Chain Sequence |
MKTQVAIIGAGPSGLLLGQLLHKAGIDNVILERQTPDYVLGRIRAGVLEQGMVDLLREAGVDRRMARDGLVHEGVEIAFAGQRRRIDLKRLSGGKTVTVYGQTEVTRDLMEAREASGATTVYQAAEVRLHDLQGERPYVTFERDGERLRLDCDYIAGCDGFHGISRQSIPAERLKVFERVYPFGWLGLLADTPPVSHELIYANHPRGFALCSQRSATRSRYYVQVPLTEKVEDWSDERFWTELKARLPAEVAEKLVTGPSLEKSIAPLTSFVVEPMQHGRLFLAGDAAHIVPPTGAKGLNLAASDVSTLYRLLLKAYREGRGELLERYSAICLRRIWKAERFSWWMTSVLHRFPDTDAFSQRIQQTELEYYLGSEAGLATIAENYVGLPYE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| molecule keywords |
P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
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| publication title |
Interdomain binding of NADPH in p-hydroxybenzoate hydroxylase as suggested by kinetic, crystallographic and modeling studies of histidine 162 and arginine 269 variants.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Pseudomonas fluorescens
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| total genus |
131
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| structure length |
391
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| sequence length |
391
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| ec nomenclature |
ec
1.14.13.2: 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase. |
| pdb deposition date | 1998-05-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01494 | FAD_binding_3 | FAD binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 | D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | FAD/NAD(P)-binding domain | FAD/NAD(P)-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4USQ A; 3AD8 B; 2R0C A; 4IVM B; 4B63 A; 1ZP0 A; 2CVJ A; 2JBV A; 1CC4 A; 3GDN A; 1O95 A; 2V3A A; 4BV6 A; 5KXJ A; 1F8R A; 1CHU A; 2VZ2 A; 2GV8 A; 3AE8 A; 2ZZB A; 1MOK A; 2R46 A; 4TM4 A; 3ALM A; 1VE9 A; 2XFN A; 1ZK7 A; 4K2X A; 1D7Y A; 3UTE A; 3NHO X; 5J7X A; 2C72 A; 1H82 A; 2BS2 A; 3ITJ A; 3UKF A; 4YTP A; 3AEF A; 4B68 A; 1DJN A; 2WOI A; 1KIF A; 2BAB A; 3V3O A; 2BYB A; 1LV0 A; 3AE3 A; 3CIR A; 1M6I A; 1N1P A; 1PN0 A; 2B7R A; 3RNM A; 4QFD A; 3F8R A; 2WU2 A; 4EM4 A; 1EBD A; 3QJ4 A; 1PJ5 A; 3SM8 A; 4PAA A; 1QO8 A; 2PHH A; 2EQ9 A; 3ZNO A; 1ZY8 A; 3EPT A; 4U8O A; 4B65 A; 5M10 A; 3ICR A; 1GES A; 4H4W A; 1DJQ A; 3DME A; 4Z26 A; 2Z5X A; 1H7W A; 2R4E A; 1LVL A; 2I0Z A; 3VQR A; 3SFD A; 1VG0 A; 4X4J A; 3AEA A; 2GF3 A; 3II4 A; 5ER0 A; 1OJT A; 2CDU A; 4IA6 A; 3D8X A; 4AT2 A; 1GRG A; 3CNT A; 2RGO A; 2YVF A; 5M0Z A; 5U63 A; 3NN0 X; 1IUS A; 4YSZ A; 4XWZ A; 1FL2 A; 3QFA A; 3WE0 A; 4RSL A; 3KVE A; 1YKJ A; 1TDF A; 4H7U A; 3BI4 A; 1FCD A; 3ABV A; 3UKQ A; 1L9C A; 3NG7 X; 2YR5 A; 1NEK A; 2OLN A; 2APG A; 2FJA A; 3UOV A; 3CNS A; 4YSY A; 4DSH A; 5CKU A; 2BS4 A; 1H7X A; 3ZYX A; 4EMI A; 4YJF A; 2X99 A; 3IF9 A; 1ZDL A; 2VVL G; 2RGJ A; 2XLR A; 3KA7 A; 4U8I A; 4FX9 A; 5JCK A; 3ICT A; 2E1M A; 2AQJ A; 3PVC A; 2PYX A; 4H2R A; 2AAQ A; 4U8N A; 1DNC A; 1DOC A; 4RG3 A; 1GAL A; 2C64 A; 2CFY A; 3P4S A; 5KVH A; 1B37 A; 4ZCD A; 3BNU A; 4J36 A; 3IHM A; 1EL9 A; 1PJ7 A; 1E6E A; 1GND A; 3CTY A; 3NK0 X; 4AT0 A; 1BKW A; 3NK2 X; 2C7G A; 3GD4 A; 5JCI A; 1IUX A; 1Y56 A; 5FS7 A; 2YR6 A; 1FOH A; 4CY6 A; 3DGH A; 3FIM B; 4A9W A; 4P9S A; 4ICY A; 2BS3 A; 2XVH A; 3AE1 A; 4UDQ A; 5FMH A; 4CNK A; 3AYI A; 3COX A; 3UP4 A; 1PDH A; 3NIX A; 4FK1 A; 4GCM A; 3H4K A; 4H50 A; 1IUU A; 3GMB A; 3LOV A; 4J31 A; 4YKG A; 5FS8 A; 1GEU A; 2BCG G; 5BUL A; 2GAG B; 2R4J A; 2XFQ A; 4H4S A; 4HA6 A; 1GXF A; 1EL5 A; 3P4Q A; 1VG9 A; 4BK2 A; 3GMC A; 2GB0 A; 2GMJ A; 3DK8 A; 4H2N A; 3DJE A; 4AP3 A; 1B5Q A; 4EMW A; 4EIQ A; 3FMW A; 2WPF A; 2E4A A; 2IVE A; 1JNZ A; 2ACZ A; 5BUK A; 2E4G A; 4C3X A; 3AXB A; 3D1C A; 2J3N A; 2QA1 A; 4Y4N A; 4H4T A; 2V6O A; 2VRL A; 1XHC A; 1GOS A; 3IC9 A; 4RG4 A; 2XLU A; 3RHA A; 3RP6 A; 1CC2 A; 3K7M X; 4XXG A; 3ICS A; 3UKK A; 2WOW A; 2WP5 A; 3M0O A; 3L1R A; 4H4R A; 5BRT A; 1DAO A; 3FBS A; 5U25 A; 5U1O A; 1YQ4 A; 3AE5 A; 2GR1 A; 4A6N B; 2W0H A; 2E5V A; 4J56 A; 2GMH A; 1LJ1 A; 4NZH A; 1EL8 A; 1P2E A; 2OA1 A; 3QSS A; 2Q6U A; 3IWA A; 4AOX A; 2DU8 A; 3GYI A; 1LQT A; 3DGZ A; 2BXR A; 1GTH A; 4JNQ A; 2NPX A; 3RP8 A; 2NVK X; 3UKH A; 1AN9 A; 4OCG A; 4Z2R A; 4U2T A; 2WQY A; 2WDQ A; 4YJG A; 2VVL A; 4BJY A; 4MJW A; 3NTA A; 2C67 A; 1CJ2 A; 4K7Z A; 3CGB A; 4B64 A; 1C0P A; 1KDG A; 3C96 A; 2XVE A; 3QVP A; 3GSI A; 4YTN A; 1F6M A; 2YQU A; 1JEH A; 4U2L A; 1GRF A; 2ZZC A; 3CPI G; 2GEW A; 2BCP A; 2GQW A; 2H89 A; 2JK6 A; 3I6D A; 3ZDN A; 4BK1 A; 3QFB A; 5JCN A; 1L9D A; 4GDE A; 4U2S A; 3QSM A; 3AEG A; 1ZMC A; 1KSU A; 2XLT A; 1B8S A; 5HY5 A; 2WU5 A; 2XLS A; 1NHR A; 3NTD A; 4J2W A; 4BJZ A; 4Y4M A; 4H4P A; 3KU9 A; 3SQP A; 4DSG A; 3Q6J A; 1PJ6 A; 1YQZ A; 3W4K A; 2AR8 A; 2FJB A; 3T37 A; 5HYM A; 2YLS A; 3B6D A; 3ISH A; 3UCL A; 3ZNQ A; 1GER A; 1JU2 A; 2EQ6 A; 3NYE A; 2B76 A; 1UKV G; 3H8L A; 4LA1 A; 1IUV A; 1PBD A; 2GAH B; 4JDR A; 1XDI A; 2B9Y A; 1RYI A; 2JB1 A; 3AE4 A; 3BNM A; 4U8M A; 1ZMD A; 4NTD A; 2X50 A; 3VR9 A; 4EQR A; 4USR A; 2WP6 A; 4YJF B; 1GSN A; 1LTX R; 4CCR A; 1HYU A; 1X31 B; 3VRD B; 1VRQ B; 3V3N A; 1Q1W A; 4OPD A; 2GR3 A; 1EVI A; 2YAU A; 3NK1 X; 1IJH A; 3DK4 A; 5FS9 A; 1KF6 A; 4YJH B; 3BI2 A; 4J34 A; 4DGK A; 2IID A; 4OPG A; 4PAB A; 3GRT A; 1FEA A; 1N4W A; 3KPF A; 2A89 A; 4J57 A; 4B67 A; 2GH5 A; 3CNP A; 2JB2 A; 4C74 A; 4LII A; 1TDE A; 1QLB A; 1Y56 B; 4DNA A; 2ZZ0 A; 1TRB A; 3L8K A; 1IUW A; 2FJD A; 2VRM A; 3NH3 X; 1RSG A; 5KWF A; 2XFO A; 3LJP A; 1Y0P A; 1CL0 A; 1GET A; 4I59 A; 3AD7 B; 1BWC A; 4YJH A; 3Q9T A; 4BUR A; 1BZL A; 4A99 A; 1S2Y A; 1L9E A; 3AWI A; 4H4Y A; 2YLR A; 4YSH A; 4C3Y A; 3AEC A; 5GSN A; 1F3P A; 1NHP A; 1QJD A; 2TPR A; 2WBA A; 1H83 A; 1B4V A; 1L0V A; 4YSX A; 4Z2T A; 3ADA B; 2X8C A; 2WOV A; 4APN A; 3PO7 A; 2C65 A; 4GRT A; 3GDP A; 1DOD A; 4JQ9 A; 2VOU A; 2JAE A; 3UOZ A; 2WPC A; 3P4P A; 1OJC A; 4NTC A; 4OPT A; 1CC6 A; 1GRA A; 2C75 A; 1OJ9 A; 3W4J A; 1K0J A; 1PXA A; 4CY8 A; 1D7L A; 1TDO A; 2OLO A; 1K4Q A; 3G5S A; 1K0L A; 2O9Z A; 4H4X A; 5KVI A; 5LV9 A; 2XVF A; 1N4U A; 4QFC A; 3O0H A; 5JCL A; 1KFY A; 1Q9I A; 1Z6L A; 3AED A; 4E0V A; 4AP1 A; 2V3B A; 3CGE A; 2VVM A; 5J60 A; 3DA1 A; 2FBW A; 3IHG A; 2GVC A; 4H4V A; 2XCG A; 3LZX A; 2RAB A; 2V61 A; 1ELI A; 3P9U A; 4AOS A; 3CGC A; 1GRT A; 4KX6 A; 4OPC A; 4NEV A; 2GR2 A; 3C4N A; 2QCU A; 1F8S A; 1GTE A; 1ZKQ A; 3F8D A; 4M52 A; 4EQS A; 4IV9 A; 1W4X A; 4UDR A; 1CBO A; 1CF3 A; 2ARD A; 4IVO B; 2XVJ A; 4YJG B; 2JKC A; 3I3L A; 3W4I A; 1E1L A; 2XLP A; 3K30 A; 4IA5 A; 5EBK A; 2TMD A; 1REO A; 3CNJ A; 2IVD A; 2YVG A; 1BGJ A; 3UP5 A; 4JY2 A; 1YQ3 A; 2WDR A; 1GRB A; 3OC4 A; 2C76 A; 4I58 A; 1OJA A; 1LQU A; 2WP9 A; 1TDK A; 3BHF A; 4YKF A; 1CJC A; 4B1B A; 4BK3 A; 1GT8 A; 1DXL A; 3CGD A; 1MXT A; 4C77 A; 1GRE A; 5L46 A; 1KNP A; 1ZOY A; 2YG6 A; 4TLZ A; 4K22 A; 2VQ7 A; 1NG3 A; 1GPE A; 1PBF A; 3CUK A; 1C0I A; 4K5R A; 2WS3 A; 5JCM A; 2FJE A; 2E82 A; 2YG5 A; 3P4R A; 3AE9 A; 3NLC A; 3B3R A; 3OZ2 A; 3UOY A; 5KOW A; 3RP7 A; 2BC1 A; 1E7P A; 2XFP A; 1EL7 A; 3K7Q X; 5HXI A; 2A8X A; 2C73 A; 1O5W A; 2XYO A; 1NPX A; 2WET A; 1ONF A; 4H2Q A; 2YLZ A; 3EAN A; 4K5S A; 3CPH G; 4FK1 C; 4CRT A; 2H88 A; 4WCT A; 2VQB A; 3VRB A; 4CBQ A; 4U8K A; 2XFU A; 2C66 A; 2EQ8 A; 3DJD A; 1NG4 A; 2BC0 A; 3LAD A; 4K8D A; 5HHF A; 4EMJ A; 4B66 A; 1JRY A; 5GRT A; 3NRN A; 2B9W A; 4U8P A; 4LU6 A; 2R45 A; 5EOW A; 3NYC A; 2R0G A; 5IQ1 A; 3GD3 A; 1LPF A; 3FG2 P; 1JNR A; 1S2Q A; 2YG7 A; 3GRS A; 4Z43 A; 4EQX A; 3AD9 B; 5KOX A; 5KRQ A; 4Y4L A; 1S3E A; 2Q0L A; 2E48 A; 4TLX A; 2E49 A; 1PBE A; 3E1T A; 2B9X A; 2C3C A; 2BXS A; 1MO9 A; 1CJ3 A; 1NHQ A; 1NEN A; 2YVJ A; 2YLT A; 1E1N A; 3F8P A; 2YWL A; 4YT0 A; 3GWD A; 4ZN0 A; 3QVR A; 2QAE A; 1FEC A; 3K7T A; 3BI5 A; 4JN9 A; 2YLW A; 3AE2 A; 4O5Q A; 4UDP A; 1XAN A; 4TM1 A; 2BK4 A; 3UOX A; 3SGL A; 3EF6 A; 2F5Z A; 1C0K A; 3DJG X; 2XVI A; 1JOA A; 4H4Q A; 2YM2 A; 1NHS A; 3DH9 A; 2BK3 A; 3NN6 X; 1CJ4 A; 4X9M A; 2WES A; 1D4D A; 2GR0 A; 4NEW A; 3LB8 A; 3VR8 A; 4WX1 A; 1D4E A; 4TM3 A; 4A65 A; 3DJJ A; 2YLX A; 4N9X A; 4EQW A; 4U8J A; 5IQ4 A; 2DKI A; 3AEE A; 1SEZ A; 3KLJ A; 4CCQ A; 3ALL A; 3NNE A; 4KPR A; 3ALJ A; 3R9U A; 3V76 A; 2C70 A; 2BA9 A; 1PXB A; 4JNA A; 5TR3 A; 1COY A; 2WHD A; 1E1K A; 1C0L A; 1H81 A; 3UKA A; 4CNJ A; 1D5T A; 1TYP A; 1TYT A; 3UTH A; 2BK5 A; 3VRA A; 3GYJ A; 1KSS A; 5BVA A; 2ZBW A; 4A5L A; 3WGT A; 1H6V A; 1ZX9 A; 2X3N A; 1XPQ A; 2UZZ A; 1BGN A; 4GDP A; 2YR4 A; 1M64 A; 4Z24 A; 3QSE A; 2R0P A; 4H4U A; 4HB9 A; 3RED A; 3AYJ A; 4Z2U A; 1VQW A; 2Q0K A; 4GF7 A; 2A87 A; 1PHH A; 2WPE A; 4Z44 A; 1NAA A; 2YM1 A; 4H2P A; 2V5Z A; 3S61 A; 4EIP A; 1GV4 A; 4OVI A; 4A79 A; 1JRX A; 4FDC B; 3ZNP A; 1JRZ A; 4TM0 A; 1H86 A; 2B7S A; 2OAL A; 1PS9 A; 3NGC X; 1KNR A; 2OAM A; 5EB5 A; 3UKL A; 1O94 A; 1D4C A; 5EB4 A; 4ADW A; 1NDA A; 3G5Q A; 4D04 A; 1FEB A; 3JSK A; 4OPL A; 1H84 A; 4U8L A; 4JY3 A; 2R9Z A; 4GR1 A; 2X8G A; 3PS9 A; 1VDC A; 3DK9 A; 4H4Z A; 3C4A A; 2CUL A; 1DOE A; 3CPJ G; 3LXD A; 4YJD A; 4OPI A; 3S5W A; 1RP0 A; 4NTE A; 5IPY A; 1YY5 A; 1E39 A; 4D03 A; 4ECH A; 1AOG A; 2YG3 A; 5FS6 A; 5CQF A; 1N4V A; 1V59 A; 2YG4 A; 2V60 A; 4REK A; 3CN8 A; 2Y6R A; 5C2T A; 1TDN A; 3UTF A; 1BF3 A; 3KD9 A; 1IUT A; 3NT6 A; 1DOB A; 2Z5Y A; 2WDV A; 4B69 A; 3G3E A; 3LZW A; 3SFE A; 3GWF A; 3AE7 A; 2X8H A; 2XDO A; 3FPZ A; 3UKP A; 4J33 A; 1PBB A; 2DKH A; 3ZNN A; 1OJD A; 1F8W A; 2GQF A; 5DBJ A; 4UP3 A; 3AEB A; 2GRT A; 2Q7V A; 4A7A A; 1Q1R A; 3AB1 A; 2QA2 A; 4GUV A; 3ATQ A; 2BAC A; 3M12 A; 3NKS A; 3M13 A; 2EQ7 A; 4ZCC A; 4YWO A; 1S3B A; 1DDO A; 1PBC A; 3HZL A; 3AE6 A; 2RGH A; 1K0I A; 3G5R A; 4X9N A; 1PXC A; 3URH A; 3CND A; 3H8I A; 4C5O A; 4XWR A; 3P1W A; 4OPU A; 3BHK A; 3ATR A; 4Z25 A; 4YTM A; 3NYF A; 3AYL A; 3KKJ A; 4O5U A; 1ZOV A; 1E1M A; 3EAO A; 2HQM A; 4A6N A; 2C3D A; 1GRH A; 3UTG A; 4EM3 A; 4YXD A; 5C3J A; 1P2H A; 2Y6Q A; 2JB3 A; 2WEU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4USQ A; 2R0C A; 3AD8 B; 4IVM B; 4B63 A; 1ZP0 A; 2CVJ A; 2JBV A; 1CC4 A; 3GDN A; 1O95 A; 2V3A A; 4BV6 A; 5KXJ A; 1F8R A; 1CHU A; 2VZ2 A; 2GV8 A; 3AE8 A; 2ZZB A; 1MOK A; 2R46 A; 4TM4 A; 3ALM A; 1VE9 A; 2XFN A; 1ZK7 A; 4K2X A; 1D7Y A; 3UTE A; 3NHO X; 5J7X A; 2C72 A; 1H82 A; 2BS2 A; 3ITJ A; 3UKF A; 4YTP A; 3AEF A; 4B68 A; 1DJN A; 2WOI A; 1KIF A; 2BAB A; 3V3O A; 2BYB A; 1LV0 A; 3AE3 A; 3CIR A; 1M6I A; 1N1P A; 1PN0 A; 2B7R A; 3RNM A; 4QFD A; 3F8R A; 2WU2 A; 4EM4 A; 4GF7 A; 1EBD A; 1PJ5 A; 3SM8 A; 4PAA A; 1QO8 A; 2PHH A; 2EQ9 A; 3ZNO A; 1ZY8 A; 3EPT A; 4U8O A; 4B65 A; 5M10 A; 3ICR A; 1GES A; 4H4W A; 1DJQ A; 3DME A; 4Z26 A; 2Z5X A; 1H7W A; 2R4E A; 1LVL A; 2I0Z A; 3VQR A; 3SFD A; 1VG0 A; 4X4J A; 3AEA A; 2GF3 A; 3II4 A; 4G9K A; 1OJT A; 2CDU A; 4IA6 A; 3D8X A; 5ER0 A; 4AT2 A; 1GRG A; 3CNT A; 2RGO A; 2YVF A; 5M0Z A; 5U63 A; 3NN0 X; 1IUS A; 4YSZ A; 4XWZ A; 1FL2 A; 3QFA A; 3SXI A; 3WE0 A; 4RSL A; 3KVE A; 1YKJ A; 1TDF A; 4H7U A; 3BI4 A; 1FCD A; 3ABV A; 3UKQ A; 1L9C A; 3NG7 X; 2YR5 A; 1NEK A; 2OLN A; 2APG A; 2FJA A; 3UOV A; 3CNS A; 4YSY A; 4DSH A; 3T0K A; 5CKU A; 2BS4 A; 1H7X A; 3ZYX A; 4EMI A; 4G6G A; 4YJF A; 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