1BI4A

Catalytic domain of hiv-1 integrase
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
152
structure length
142
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna integration
molecule keywords INTEGRASE
publication title Crystal structures of the catalytic domain of HIV-1 integrase free and complexed with its metal cofactor: high level of similarity of the active site with other viral integrases.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 42
structure length 142
sequence length 152
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bi4A00
3JYTA 1NK5A 3LZJA 1ASWA 4XIUA 4FM2A 3AVJA 4N47A 2FBVA 4BDZA 2YHAA 1ZBIA 4I9QA 3VQ5A 4DF4A 1G15A 1HPZA 3SUNA 3ZSZA 4E1NA 3S3MA 1NK4A 1GOBA 3RTVA 1Q9YA 4ICLA 4C8KA 4FZZA 3OYFA 3LP0A 1N5YA 3NGIA 2HB5A 2JGUA 4AHUA 4IDKA 4FJKA 4QAGA 3VQBA 4CF0A 2XO7A 3L8BA 1C0MA 3K5LA 1J53A 3QINA 4CJSA 4RG8A 1ASUA 4TSXA 4AHVA 3K59A 2KZZA 3K2PA 4FCYA 1TAQA 1NK8A 2G8IA 3VQ9A 1XHZA 3MXMA 3PY8A 1KVBA 1S9EA 3SI6A 3OYJA 1ZBHA 1WN7A 4CJVA 4CF9A 3L2VA 1WSGA 3TARA 4KO0A 3WNFA 4KHNA 3LPTA 4DTSA 4B9NA 3NH2A 4OVLA 4HUEA 1UA1A 2G8HA 2PYLA 4AHRA 2P5OA 2A1SA 2X6SA 4DSJA 2Z1IA 4EP5A 2G8FA 4KTQA 2HHWA 2Y1JA 4MQ3A 4CJQA 4W5OA 2Z1GA 1S1TA 3AVHA 1RBSA 3E01A 3NF9A 3VQAA 4CEBA 3C6TA 5SWMA 1TKXA 1VSHA 3QIOA 4B8CA 4KHWA 1D8YA 1HNIA 2RPIA 4IFYA 4W5QA 2IS3A 4KB0A 3MEDA 1BGXT 1FKPA 3M8QA 4M41A 3TAQA 3DLBA 1MU2A 4E1MA 4FW1A 4N76A 3LWLA 4E7LA 4HCBA 2IAJA 3G0ZA 3QEPA 4J2EA 3OYAA 2HMIA 2DFHA 2YNFA 2ZD1A 1YTUA 1K6YA 3M8PA 1SUQA 3KJVA 3HYFA 4ZTFA 2HHQA 3L2WA 1ZYQA 3OYKA 2E6MA 1RILA 3SQ2A 4B3OA 1KSPA 1XHXA 1BI4B 2D0BA 3T3FA 2OZSA 1F21A 3RRHA 1O1WA 2XY8A 4JRQA 3AA4A 3QEIA 1ZBLA 4CF1A 1BL3A 1KVCA 3B6OA 3MXJA 3G10A 4M3RA 1RDDA 2VWJA 3D0PA 4DTUA 3IS9A 1FKOA 5J2PA 3DLEA 1RDBA 1RT2A 2QXFA 4DLGA 1DTQA 3V9ZA 3HVRA 2DTUA 3VQQA 4KFBA 2P1JA 2VG7A 1TV6A 4M45A 3I0RA 4UQGA 4CIGA 3OJSA 1TKZA 4DTRA 4I7FA 3IRXA 4B9SA 3CG7A 4CFCA 4M3WA 2HHVA 4CEQA 3VQ6A 3WNHA 1IKWA 4AILC 3ALYA 3O4QA 1U49A 1CZBA 4O5BA 3OYLA 5J2NA 1B9FA 5C24A 3DMJA 1CXUA 1UWBA 1NKCA 1ZBUA 3SPYA 3P83D 2VG5A 4M3TA 3V1OA 2D0CA 3LANA 3LP1A 1SL2A 4KV8A 4CJRA 1X9WA 2D0AA 2QKBA 4O44A 4PY5A 3I8DA 3TAMA 4CGIA 5J1EA 4DQRA 1BIZA 4HUGA 4KTZA 3KLFA 4FJ8A 4RW9A 3I0SA 4Y1CA 3U3YA 3THVA 1LAWA 3V1QA 1KFSA 4EZ9A 3ZSXA 4E7KA 4W5TA 1A5XA 1R0AA 1WSHA 4N56A 1S5JA 1Z25A 3L3UA 5FRMA 3NCIA 4FM1A 1VRTA 2F8SA 3CFPA 1KFDA 3M8RA 3DLGA 4AHSA 4H4MA 4DS5A 4FJMA 4CHPA 2PYJA 1S6PA 4FJHA 4W5RA 4H4OA 3DLHA 1U47A 1I39A 1QSSA 3SCXA 3HPHA 3ZT3A 3QNOA 3RRGA 2GBZA 3QEXA 1RTIA 1GOCA 1NOZA 3ZSOA 1XWLA 3KLGA 1NK6A 3PV8A 3WNEA 4F4KA 4OLAA 5D3GA 1C0TA 1JL1A 1VSLA 1WSIA 2ATQA 3TAGA 4NCAA 1I3AA 3LPUA 4DTJA 3SJJA 3VN5A 4I2QA 3TAPA 4LD0A 3U6FA 4AHCA 3CQ8A 1TK0A 1ITGA 1TAUA 1S6QA 3DLKA 4DSKA 3SUOA 3F9KA 5CYMA 4M3XA 2YHBA 3K5MA 3MAQA 4OKJA 4FVMA 1UA0A 1VK0A 2FBTA 3PO4A 4RW7A 2O4IA 2D5RA 3AV9A 4HHTA 2QKKA 4DFJA 1LW0A 3PX0A 1EETA 4DU3A 4CJ5A 3AVMA 4MFBA 3OS2A 1EX4A 4KB1A 4FLWA 1HJRA 4FJXA 2YNIA 5KGWA 2E6LA 4F3TA 3MEGA 1RBVA 4HVJA 3HPOA 4KHSA 1BI4A 3IG1A 3QLHA 1ASVA 3LZIA 2VWKA 1IG9A 1WAJA 4H8KA 3RWUA 1JL2A 4WE1A 4EZ6A 4C8MA 1T7PA 4PA1A 4KHQA 3ZT1A 3QIPA 3A2FA 4AH9A 3NHGA 1BIUA 4BE2A 3EZ5A 4DLEA 4CEAA 3SZ2A 1SKWA 1L3TA 1JLBA 2BDPA 3NH0A 4HTUA 3AVAA 5KRTA 1JKHA 1QQCA 1VSIA 4DSFA 1NKBA 3QNNA 4Z4EA 1TVRA 1U04A 3M8SA 3HK2A 3ZT0A 3NGZA 2KFNA 1TGOA 5HRNA 4DU1A 3FFIA 2XRIA 1HNVA 4CJUA 3VQ7A 4CIFA 1B92A 2IDOA 2XY5A 1YVUA 2RN2A 4DQQA 4FJJA 3PO5A 3OVNA 1RT7A 3AVIA 3AVBA 4E7HA 3TABA 3OYCA 3TI0A 4F8RA 3V4IA 3KIOA 4K8XA 2ZE2A 4KAZA 2HHXA 4ELUA 1VSEA 2B4JA 3AO1A 3LALA 3TAFA 5K14A 4CEFA 1NOYA 4CEDA 4DSIA 4J2AA 1EP4A 3CM5A 2OPSA 4DWIA 4CJEA 1T05A 3S9HA 3K57A 4GMJB 3D45A 2Z1HA 2RKIA 3VQ8A 3AO5A 2WONA 3H08A 4FJLA 1RT4A 4KHYA 3KLHA 4CESA 2E4LA 2HW3A 2OPPA 1Q8IA 4YNQA 4BWMA 4M3ZA 4FZXC 1EKEA 1SV5A 3NH1A 1HRHA 3NBPA 3S3OA 1IKVA 1C0UA 3RMDA 2HNZA 2FBYA 5KI6A 1U45A 1NJWA 4CJFA 2B5JA 1S9GA 3O3GA 1RCHA 3K58A 3P5JA 2X74A 2PY5A 3HPGA 4IFVA 1XC9A 4FW2A 3HM9A 5HBMA 2HVHA 2HHUA 4PUOA 4B08A 2ETJA 3T19A 3ZSQA 3ZSVA 4BE1A 1RTDA 2BE2A 3HP9A 3K5OA 4W5NA 5KGXA 3KK3A 3L2UA 4DQPA 4DSLA 1LV5A 5SZTA 4JS5A 4FLXA 3KD1E 3LP2A 2ZQBA 4FLTA 4CE9A 4Z4HA 3V9WA 1LWCA 4J2DA 4DTPA 4KHUA 4DS4A 3OYBA 4Q5VA 5HRSA 1IKXA 3SV3A 4KPYA 3B6PA 4JS4A 4RW4A 3PX4A 4FJNA 2G8WA 3MEEA 3O3FA 1FK9A 1TKDA 4HCCA 5T7BA 2P5GA 4LY7A 4ZHRA 1D9DA 4C8OA 4Z4FA 3NF7A 5JS1A 4CJ4A 4C8LA 1DTTA 3LDSA 3TAEA 3ITHA 3RMBA 4FLUA 1S1UA 1D9FA 1N6QA 4DSEA 3TWHA 4B9VA 3AVCA 4BDYA 1L3SA 3HO1A 3L3VA 2HHSA 4ID1A 1NJZA 2G8UA 2YV0X 2EX3A 3LP3A 5J2MA 1NK0A 2AJQA 1JLAA 1VSFA 2YNHA 1JLFA 4CEOA 5J2QA 2DFEA 3QERA 3SNNA 4CECA 1KTQA 3AVNA 3NGYA 3V81A 1CZ9A 5FDLA 4FYDA 1B9DA 4PQUA 2NUBA 3P1GA 1S1WA 2LSNA 2P51A 3C94A 4EP4A 2IC3A 4CJPA 1A5VA 1HYVA 4OPKA 3O4NA 2F8TA 2FC0A 4PWDA 4CGHA 3LAKA 1JLGA 1Z26A 4FM0A 2GV9A 2X78A 3HSTB 4CK1A 3MECA 1C1AA 5CY4A 5HRPA 2B6AA 4M42A 3VQPA 3QO9A 2KZMA 4E3SA 4NYNA 5E41A 1JLCA 3L2RA 4IBNA 1XI1A 3S3NA 5CZ2A 2Y1IA 1UAXA 3KD5E 1BQMA 4IKFA 4CEZA 4FK2A 3ZSRA 3V9UA 4L8RB 4DMNA 4N41A 3OYDA 2BGGA 2VG6A 3TANA 2XY6A 2YKNA 3KKRA 1KCFA 3WNGA 1YT3A 5I42A 5HROA 3CFOA 3EYZA 2X6NA 4DQIA 3ZSYA 3LAMA 2OPQA 2GUIA 3OYEA 4E19A 3OS1A 4DF8A 4FJ7A 4E7JA 3SUPA 2F96A 3HVTA 3LWMA 1T8EA 3AO2A 4OLBA 3L2QA 4KKOA 3VQ4A 4F3OA 3KKSA 1KVAA 1X1PA 4BE0A 1IO2A 3VA3A 4E0DA 3DOLA 2KQ2A 4K8ZA 5CZ1A 1WSEA 2OPRA 3QETA 2XY7A 2OA8A 4QOZB 3DI6A 1TKTA 1LWEA 3QESA 3OS0A 3RMAA 1RDAA 3IAYA 3MXIA 1WNSA 3NF8A 4Y1DA 4JRPA 4M3YA 2XHBA 5EU7A 3HT3A 1NJYA 1SL0A 1LAVA 3HL8A 4CJ3A 4I2PA 1WLJA 4BWJA 1ZBFA 3RR7A 4LSNA 3ZT4A 2I5JA 1CLQA 3KK1A 4CK2A 3SUQA 1GOAA 3DLRA 3PUFA 5CYQA 4CJKA 3NE6A 4B9UA 1W9HA 1HMVA 4M3UA 1HQUA 3DRSA 4KTWA 3OY9A 4CFBA 1J9AA 3CFRA 4KI4A 1C6VA 1RT6A 1SL1A 4DU4A 4KRFA 3AA2A 4CIEA 3C95A 3OYMA 2RF2A 3OJUA 2KFZA 1C1BA 3DRRA 1RTJA 4O0JA 4FJ5A 3U3GA 1QTMA 4Z4IA 1HYSA 1VSJA 2ITGA 4O4GA 4CGDA 3AVLA 4CGGA 1RBUA 2JLEA 4AHTA 1BQNA 1Y97A 4RW8A 4CERA 4FLVA 2G8KA 4F2SA 1QE1A 3ULDA 3VQEA 4E7IA 4O55A 1S1XA 5HLFA 4ZTJA 3BDPA 3NF6A 4FZYA 4DTMA 3SQ1A 1NK7A 4GW6A 2A1RA 4Q0BA 5FRNA 5I3UA 1VRUA 4DFPA 4OKKA 4CJWA 4ELVA 4B8AB 1X9MA 3VA0A 1RT3A 1FXXA 1VSDA 3V6DA 1IKYA 4CEEA 5C42A 4FLYA 3KTQA 1C1CA 3DM2A 3T1AA 3PX6A 1DLOA 1TK8A 3OYGA 4DTOA 5HP1A 4CFDA 3AA3A 2IOCA 4FK0A 1UOCA 1JXEA 1U4BA 2O4GA 3AVGA 4NCGA 2R7YA 1HYZA 3DRPA 1RBTA 3CM6A 4LH4A 3ZSWA 3F73A 1X9SA 4BDPA 4J2BA 4NCBA 1L3UA 3VQDA 1L5UA 1RBRA 2DFFA 3AVFA 4CJLA 1RDCA 1QS4A 4G1QA 1A5WA 4DFMA 3SPZA 3RR8A 1J54A 1WSJA 3OYNA 3SV4A 2DY4A 4OGEA 1VSKA 1NKEA 2HVIA 3CYMA 2QK9A 4N5SA 4E89A 3C6UA 4CHNA 1SKSA 4FJ9A 4CF2A 3VQCA 4Z4CA 1KLNA 4KREA 2HHTA 3DYAA 4I9LA 4CCHA 4OPJA 3KLIA 4CK3A 3EY1A 4Z4GA 1BISA 3OYHA 1NJXA 1S1VA 2KTQA 4FJIA 2YKMA 3AA5X 4YFUA 3NDKA 4O0IA 3ZT2A 1RT1A 1SKRA 4QCLA 1WSFA 5FROA 4B9LA 1NK9A 2PZSA 4CF8A 1T03A 1JXBA 3DOKA 4IG0A 5DK5A 3HXMA 3TR8A 3O3HA 1KRPA 4B9TA 4CHQA 4DTNA 4CFAA 3OYIA 2Q3SA 3QEWA 4FJGA 4C8NA 1TL3A 1QSLA 1J5OA 4OJRA 3KLEA 2BANA 1WAFA 5KRSA 4LH5A 4GVMA 2IGIA 1BHLA 5DMRA 4CHYA 3HP6A 3K5NA 4OGCA 5HRRA 3V9SA 5JS2A 1Q9XA 4KI6A 1KLMA 2Z1JA 4JLHA 4NYFA 4B9MA 1EXQA 4IG3A 3ZCMA 1IH7A 1TL1A 4OKEA 4DTXA 2HNYA 1D5AA 1JLQA 4CGFA 3HJFA 2OYQA 4R5PA 2KW4A 3KK2A 3AO4A 4RW6A 3SQ0A 4CHOA 3RMCA 1HQEA 1QHTA 1RTHA 3JSMA 1RNHA 2EHGA 2YNGA 1L3VA 1REVA 3NAEA 1U48A 3V9XA 1BCMA 4ELTA 2W42A 4FLZA 4FXDA 1TK5A 3AO3A 3BGRA 3NFAA 1W0HA 4CJTA 1JLEA 1LWFA 3ISNC 4ID5A 4Z0UA 4DG1A 5C25A 4CHZA 4HUFA 2HNDA 4DFKA 4CGJA 4DQSA 1CXQA 1YTAA 3ASMA 4F2RA 1VSMA 5KTQA 4LSLA 3SYZA 1RT5A 2OZMA 2WOMA 3UIQA 1BCOA 3AVKA 1LW2A 3SQ4A 2G8VA 4BACA 3QEVA 2FBXA 4FK4A 3V1RA 1QSYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CBUA 4FM2A 1VQ4N 4N47A 1YF5L 1ZBIA 3BZKA 3BP8A 2CGKA 3BEXA 3N4QA 3NGIA 1BO5O 4IDKA 4FJKA 1BDGA 1XC3A 3C7NA 3K5LA 3SLCA 2KZZA 4RG8A 3DAWA 3LDNA 3MWTA 4DV7K 4CVNE 1XHZA 1S9EA 3SI6A 3OYJA 4CF9A 4KO0A 5GADP 4B9NA 3NH2A 3ULEB 4EP5A 4JKGA 3D2FA 4CJQA 4W5OA 4H0OA 1S1TA 5LMNK 1RBSA 1TKXA 1VSHA 3TTDA 4MO5A 4BR0A 3MEDA 4A2BA 1FKPA 3TAQA 1RGIA 2HMPA 4HCBA 2CH5A 3G4SN 3G0ZA 4J2EA 3ZETA 2HF3A 1NGEA 1YTUA 4CZKA 3HYFA 3L2WA 3TTCA 1ZYQA 3T69A 3SQ2A 3MX2A 2YHWA 1KSPA 2D0BA 4Z94A 5C10A 4GNIA 5BRFA 2OZSA 1O1WA 3AA4A 1D4XA 2CGJA 1BL3A 4B3RK 1NLVA 4JN4A 3D0PA 4DTUA 1FKOA 4LFCK 1S72N 1DTQA 1BU6O 3HVRA 1QHAA 1YI2N 2VG7A 3M3ZA 1NBWA 1TKZA 3VF4A 4M3WA 2HHVA 2O8BA 3J7YP 3O5BA 4A59A 4YOVA 4DR7K 3OYLA 3OA9A 1OH5A 1DGKN 2ASMA 3Q7CA 2D0CA 3LANA 3LP1A 4CJ7A 1X9WA 1XNQK 4PY5A 4O44A 3J80O 3ZLJA 2QWQA 3L0QA 4KH5A 1BIZA 2FSNA 2ZGZA 3U3YA 2F9WA 1KFSA 2YCHA 1S5JA 3OHRA 4AHSA 2IVPA 3AGKA 3NMUA 3VEXA 1QSSA 3SCXA 3CJ9A 3RRGA 2GBZA 1RTIA 1GOCA 5AQRA 5HL7L 3WNEA 5D3GA 4XH1A 3TAGA 4FVUA 3FZLA 3SJJA 4NCAA 4I2QA 3CCJN 3TAPA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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