1BI4B

Catalytic domain of hiv-1 integrase
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
153
structure length
143
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFLIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna integration
molecule keywords INTEGRASE
publication title Crystal structures of the catalytic domain of HIV-1 integrase free and complexed with its metal cofactor: high level of similarity of the active site with other viral integrases.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 45
structure length 143
sequence length 153
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bi4B00
1Q9YA 1TVRA 4ZTJA 4FM2A 5HRSA 3MEEA 3OYCA 4DU4A 1RDAA 4M3YA 2HNYA 2FBYA 3M8QA 3TAPA 2EX3A 1TK5A 1JLEA 1I3AA 2OPSA 4EP4A 3OYLA 1HNIA 1ZBHA 2OPRA 3TWHA 4IBNA 2GV9A 4OKJA 1WN7A 4CJPA 5HROA 3TR8A 3AO3A 3B6PA 1QSLA 3F9KA 5JS2A 4B08A 1KSPA 1WSEA 4CHOA 4KRFA 4FJHA 3VQEA 4Z4FA 1HNVA 2A1RA 3KLHA 3LP1A 4OVLA 1WSFA 3DRSA 1RTJA 1Y97A 1YT3A 3G0ZA 3KK1A 3SPZA 1JLGA 4GVMA 4C8OA 2YKMA 1JKHA 4W5NA 5CZ1A 3L2VA 5C24A 4I2QA 1NK9A 3ISNC 4CJ3A 3V4IA 3CYMA 1N6QA 2ATQA 1TL3A 3S3OA 1VSIA 1WLJA 1IG9A 3PY8A 4CJQA 4I2PA 4CK2A 3PO5A 1BHLA 1U48A 1IO2A 4M3WA 4CGDA 4CEBA 3QEIA 4KTZA 1C0TA 1CXQA 4O4GA 3DRPA 2G8KA 3K5NA 2DFEA 4F2RA 1C0UA 4M3TA 4ZHRA 3HP9A 1QE1A 2Y1IA 1NJZA 1X9SA 2BDPA 4EZ6A 4KHNA 3K5OA 4HCCA 2HHQA 3KKRA 3AVJA 2RKIA 1BIZA 4CF0A 4CGGA 1QHTA 2F96A 2AJQA 3LAMA 4M3XA 4QCLA 1VRTA 4CGHA 3T3FA 3LPUA 1C1BA 4NYNA 4DSIA 2KZMA 3MXJA 2JLEA 2QKBA 3OYKA 3ZSYA 3CFPA 4CHZA 2G8IA 2XRIA 1ASUA 3LWLA 1XHZA 3AVIA 3SUOA 4BE2A 3I0RA 4RW8A 1JLBA 3NGIA 3CFRA 3RMBA 2KFNA 2QK9A 5KGXA 4CEFA 2XY6A 3QERA 1S1XA 4J2AA 2KQ2A 3CQ8A 4EP5A 4WE1A 3OJUA 1ZYQA 1RBTA 2P5GA 4F4KA 4CEZA 4KI6A 1VSLA 2OZMA 3ULDA 3BGRA 4I7FA 2Z1GA 4OPKA 4UQGA 4CJRA 4BE0A 3DM2A 1U45A 1TKZA 4NCGA 3MAQA 3AV9A 3A2FA 3I0SA 4FK2A 1UA1A 2F8SA 3OYHA 4DF4A 3NH0A 4HCBA 4K8ZA 4I9LA 3KD1E 5FRNA 4FYDA 2FBVA 1EETA 1KTQA 3PX6A 2VWKA 3TABA 1KVCA 4AHSA 2YNGA 1HPZA 1BQMA 4IFYA 3L2RA 4DTOA 1R0AA 4B9LA 2YNHA 4E7IA 1S9GA 3F73A 4FJLA 2HW3A 1QTMA 5CYQA 4CHQA 4LD0A 2IDOA 3V9ZA 5C25A 4B9TA 4CIGA 3SUPA 4FJXA 2B4JA 4AHRA 4KKOA 4FLZA 1U04A 3OYBA 2G8FA 4RW6A 4F2SA 4FZZA 1NK8A 4OGEA 4DSEA 4CIEA 4DTJA 2HHSA 5FDLA 1RT3A 1BCMA 4KO0A 4CEQA 3LP3A 4KTQA 4E3SA 1YVUA 3M8RA 1LWFA 3AVKA 2G8UA 3U3YA 2X6SA 2YV0X 4CJLA 3ZSXA 3NH2A 3L8BA 3QEXA 4N56A 3OJSA 3VQ8A 4HTUA 5HLFA 3AVGA 4H4MA 1QSYA 3D45A 4B9VA 3KD5E 3UIQA 3AVFA 4RW9A 4AH9A 2NUBA 4CGFA 3AO1A 4BE1A 3DRRA 3NFAA 3AO5A 3V6DA 3HYFA 3QEPA 1B9FA 2KTQA 3DI6A 1JLFA 2B6AA 4M41A 1C1AA 5D3GA 3VA3A 4ID5A 4LY7A 4BACA 4ZTFA 3QIOA 1CZBA 3NF8A 4DF8A 4DWIA 4IDKA 1ASWA 4FM0A 1GOAA 2WOMA 3OYEA 1T8EA 3VQ5A 3U3GA 2G8WA 4YFUA 3CG7A 3LALA 2PYLA 4DFPA 2VWJA 1C6VA 4J2EA 2IAJA 3QLHA 2DY4A 4N76A 2IGIA 1RT1A 4IG0A 2D5RA 4NYFA 2X74A 3V9SA 3SQ1A 3ZT0A 3K57A 2QKKA 1FKPA 3V1OA 3ZT1A 4IFVA 5HRRA 1RNHA 2IC3A 4B8CA 5HP1A 4XIUA 3O3FA 2IOCA 3OYDA 4CJSA 4FJ5A 4N5SA 2OPQA 4MQ3A 2FBXA 4Q5VA 5J2NA 3HK2A 3LDSA 3V1QA 3QESA 3SYZA 1MU2A 1B92A 3RR7A 4FZXC 3RMCA 1F21A 1SV5A 3QEVA 1LWCA 1L3VA 1A5VA 3VQ4A 4PA1A 4B8AB 4KHYA 3NE6A 2PZSA 3BDPA 3O3HA 1NKBA 4H4OA 4CFBA 3SCXA 1U47A 4W5TA 4KB0A 4FM1A 4DQSA 1U4BA 3KJVA 4E7LA 2XY7A 4AHUA 2YNIA 4B9NA 3DOKA 5I3UA 2PY5A 3QINA 2HVHA 3LZJA 1DTTA 2Y1JA 4CHPA 3SV4A 1SL1A 3TANA 3SPYA 1VK0A 1J9AA 1XWLA 2QXFA 1S5JA 5I42A 2VG5A 1GOBA 5DK5A 1NK7A 1JL2A 1CLQA 1DLOA 4K8XA 3HJFA 3OYFA 3S3MA 2BE2A 4E7KA 2HVIA 3AVCA 2HHUA 3LWMA 4Z0UA 4RW7A 4N47A 1ITGA 1KFDA 4CEOA 3K5MA 1B9DA 3OYAA 1S9EA 1VSDA 3P1GA 1LV5A 1J5OA 4JS4A 1SKWA 2HHXA 4DU1A 3OVNA 1FXXA 4FW2A 4OPJA 4W5RA 4DQRA 2HMIA 4ELTA 1O1WA 4O44A 2YNFA 4E7JA 1WSGA 3VN5A 2W42A 3KTQA 3IG1A 4EZ9A 1NOZA 1VSHA 5T7BA 3PO4A 2HNDA 4KHWA 3T1AA 4B9SA 4E19A 3K59A 1WSHA 3OYMA 4FJNA 3ZSVA 4CJEA 3NDKA 4HVJA 2XY8A 3HXMA 3C6TA 3OYIA 1J53A 3THVA 3OS0A 1HQUA 4E7HA 3C95A 4KFBA 4KI4A 1EXQA 1W9HA 3M8SA 4HHTA 2HB5A 4I9QA 4C8MA 4TSXA 1RTDA 5HBMA 1UOCA 2E4LA 4DTUA 2VG7A 4DSFA 3C94A 1SKSA 3DLBA 1T03A 1RDBA 4M45A 3SNNA 3NF7A 2O4IA 4OGCA 3ITHA 3NF9A 2ZE2A 1C0MA 4CF8A 3EYZA 3IS9A 4R5PA 1JLAA 1VSJA 4KAZA 3WNGA 3TARA 4DLGA 3D0PA 3AA2A 1UA0A 5JS1A 3ZSOA 4RG8A 3KLFA 3VQ7A 3DLRA 3PV8A 1G15A 3V9UA 3SQ2A 3V81A 1Z25A 3QIPA 5KRTA 1SL2A 1RDDA 4FLUA 4PQUA 2DFFA 3TAQA 1HJRA 1RILA 1T05A 2XHBA 2O4GA 4LH4A 3ZSWA 1TV6A 4CFAA 1RTIA 3SZ2A 3ZSQA 4W5QA 4DMNA 3QNOA 5J2MA 1NJWA 3DLHA 1BQNA 1EP4A 1I39A 3KK2A 3LZIA 4FJGA 2YKNA 5FRMA 4Z4EA 3T19A 3JSMA 1BI4B 1LAWA 5CY4A 4PY5A 3V9XA 4OLAA 3WNFA 4E0DA 3MEDA 3VQPA 4FLXA 5K14A 4CJKA 3HVRA 2G8VA 1RBUA 3S9HA 4L8RB 2X78A 3S3NA 1QSSA 1L3UA 4CEDA 3VQQA 3O3GA 1XC9A 3SQ4A 4G1QA 5KRSA 3PX4A 2XO7A 3RMAA 2OZSA 1LWEA 4CJWA 2KW4A 5KGWA 3AVNA 3ZSZA 3AVBA 4H8KA 4M3UA 1HQEA 2P5OA 3B6OA 3ZT2A 1JXBA 5SWMA 2HHTA 3AO4A 5EU7A 3ZT4A 5E41A 2YHAA 4FLTA 4OKKA 3TAGA 1UAXA 1UWBA 4E89A 4CF1A 4CJFA 1A5WA 1FKOA 2GUIA 4CJVA 3L3UA 3NCIA 3AVAA 3TI0A 2VG6A 2KZZA 1EX4A 3E01A 1KCFA 2X6NA 4AHCA 2E6MA 4E1NA 3LANA 1BI4A 3QEWA 4DQIA 2DFHA 1KLMA 1JL1A 4ID1A 3RRHA 4DQPA 2Z1IA 4FZYA 1IH7A 1U49A 3AVLA 1RBVA 3NGYA 4LSLA 1BISA 1HYVA 3ZCMA 3SI6A 1A5XA 1S6PA 1WNSA 4AHTA 3H08A 3LP0A 1XI1A 4CF9A 3LP2A 3PX0A 1X9WA 2RN2A 4HUGA 4FJ7A 3LAKA 3EY1A 3CFOA 1CXUA 2I5JA 1RCHA 1NKEA 1S1WA 1SUQA 1TGOA 4CHYA 3OYJA 1KRPA 4J2BA 3IRXA 4C8NA 3NGZA 2OPPA 1NK4A 1VSFA 4OKEA 4DU3A 4DTSA 4O5BA 2G8HA 4ELVA 3WNEA 2BANA 1JLCA 1IKWA 2LSNA 1RDCA 1RT4A 1VSKA 1NJYA 4Q0BA 2E6LA 4IG3A 4DTNA 4CGIA 3DMJA 1D9DA 2ZQBA 4CIFA 1L3SA 4FVMA 4M42A 4OLBA 3EZ5A 3K58A 2HHWA 1NK5A 4Z4GA 3WNHA 3RR8A 1ZBFA 1LAVA 4DSJA 1LW2A 3VQAA 1QS4A 1ZBLA 1D8YA 3KK3A 3RWUA 4DFMA 1X9MA 1YTAA 1C1CA 1TL1A 3U6FA 1NKCA 4DFJA 3VQ6A 1LW0A 2D0AA 1ZBIA 5HRNA 4DS4A 3HPHA 4BDZA 1RT5A 3HT3A 3HP6A 4FJKA 4CJ4A 3RTVA 4JRQA 4KB1A 4FJMA 3K5LA 4DQQA 4FW1A 1TAQA 4CFDA 4FJJA 1KFSA 3CM5A 1RTHA 3HSTB 1X1PA 2EHGA 5FROA 2ZD1A 4CERA 1D9FA 4CEEA 3SUNA 3ASMA 2A1SA 4F3OA 4F8RA 3KIOA 1DTQA 1XHXA 5C42A 4ELUA 1JLQA 4FLYA 4DSKA 5CZ2A 3O4NA 3VQ9A 2HNZA 4CCHA 3HO1A 2B5JA 4CESA 1QQCA 3KKSA 4KREA 4RW4A 4DG1A 2D0BA 1Q8IA 2IS3A 1SL0A 2R7YA 3AO2A 1IKXA 4O0JA 4DTXA 1RBSA 3SUQA 3O4QA 1KVAA 3OS2A 4Y1DA 3LPTA 4Y1CA 4FCYA 2ITGA 3OS1A 3SV3A 4OJRA 1REVA 4JLHA 3MXMA 4DLEA 4FK0A 4F3TA 3AA5X 3V9WA 2FC0A 4Z4HA 4M3RA 4KTWA 4CJUA 3M8PA 4QAGA 4KHQA 1VRUA 5HRPA 2FBTA 4MFBA 5SZTA 4BDPA 3HPGA 1K6YA 2Q3SA 1RT2A 3DLEA 4FLVA 1RT7A 1FK9A 4O0IA 2Z1HA 4BWJA 2P51A 5J1EA 1S1UA 3OYGA 2WONA 2D0CA 3K2PA 3NBPA 4DSLA 3G10A 2PYJA 3RMDA 3C6UA 1L5UA 1S1VA 3V1RA 3KLEA 3SQ0A 3NAEA 3AA4A 1IKVA 1TKDA 2BGGA 4JS5A 1VSEA 4GMJB 1TKXA 1WAFA 3AVHA 1TK0A 4J2DA 1RBRA 1WSIA 3OYNA 4O55A 4FLWA 1BL3A 3DLKA 1NJXA 4PUOA 1W0HA 3L2WA 2JGUA 3NH1A 3KLIA 4DTMA 1KVBA 2HHVA 4CFCA 4GW6A 4CK1A 1T7PA 4C8LA 4N41A 1D5AA 3MECA 4DS5A 3QETA 4CHNA 1SKRA 3P5JA 4JRPA 2KFZA 1TK8A 4CJTA 5KI6A 3QNNA 3DYAA 4NCAA 4FJ8A 2YHBA 3L2QA 4B9MA 1HMVA 1S1TA 2RF2A 3PUFA 3ZT3A 4AHVA 4Z4IA 4B9UA 2GBZA 5DMRA 3L3VA 4CK3A 1Q9XA 4FK4A 1BGXT 3VQDA 4HUEA 2F8TA 4B3OA 3DLGA 3MXIA 3TAFA 3NF6A 3TAEA 3HPOA 4YNQA 4M3ZA 4C8KA 1ZBUA 5J2PA 2P1JA 2Z1JA 4E1MA 1Z26A 3SJJA 1KLNA 4KV8A 2OA8A 4CGJA 3I8DA 1TAUA 4NCBA 1NOYA 2DTUA 3QO9A 3VQBA 1BIUA 4CJ5A 1CZ9A 4DTPA 2XY5A 1HRHA 3DOLA 3HVTA 4BDYA 1NK6A 3RRGA 4KHUA 1JXEA 4AILC 1VSMA 2ETJA 4CE9A 1YTUA 4DTRA 1HYSA 4ICLA 3AVMA 3HL8A 4LH5A 3TAMA 1IKYA 3KLGA 3NHGA 2OYQA 4QOZB 3JYTA 1GOCA 3AA3A 1J54A 1TKTA 3VQCA 4HUFA 1BCOA 4Z4CA 3VA0A 1HYZA 1ASVA 3MEGA 4LSNA 4CEAA 3OY9A 3L2UA 4DFKA 4KPYA 1RT6A 1S6QA 1N5YA 4KHSA 1EKEA 1WSJA 1WAJA 3ZSRA 1NK0A 1L3TA 4BWMA 5KTQA 5J2QA 4FJ9A 3HM9A 3FFIA 4CF2A 4FXDA 3P83D 4FJIA 4W5OA 2RPIA 4IKFA 4CECA 3CM6A 3ALYA 3IAYA 4PWDA 5CYMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O08A 3LM9A 5AQSA 4ZTJA 5HRSA 3D2EA 4BR9A 4M3YA 2HNYA 3M8QA 1XMOK 4PHTX 1ZBHA 4JKFA 4IBNA 4CJPA 5HROA 1EWQA 2P9IB 3B6PA 1QSLA 4B08A 3ENBA 3HZ6A 4B9QA 1Y64A 2W40A 4C23A 1YT3A 2P9NA 4FWKA 5FPEA 1JKHA 1OH7A 3TPQA 1N6QA 1TL3A 3S3OA 1WLJA 3CCEN 3PY8A 4I2PA 4CK2A 3J7AP 4IJNA 5KPTA 4DR7K 4FSVA 1W97L 4BREA 3QEIA 4FPBA 5LY3A 1WBDA 4M3TA 3K5OA 1U2VA 2JWLA 2AJQA 3LAMA 4QCLA 4CGHA 1GLEG 1C1BA 4DSIA 2JLEA 2JWKA 3ZSYA 3CFPA 2XRIA 1ASUA 3AVIA 3SUOA 3PSIA 4RW8A 3NGIA 3RMBA 3PLAA 4ILJA 4CZIA 1S1XA 4DUZK 1VQ4N 4F4KA 3OA9A 3ULDA 3BGRA 1N33K 3U9ZA 4UQGA 3L6QA 4WCEL 3AV9A 3ZEUB 3P38A 3VEZA 3O1WA 5CE3A 4DF4A 4K8ZA 5FRNA 4H5TA 1KTQA 2VWKA 3TABA 1ESVA 3F5TA 4IFYA 4DTOA 2YNHA 4E7IA 1NGFA 1S9GA 1HPMA 3LDLA 4CHQA 3V9ZA 2B4JA 4FWSA 3W0LA 3OYBA 2G8FA 4B1ZA 4OO1J 5AQHA 4CEQA 3LP3A 3H1QA 5JMVA 3CPWM 4E3SA 4JKHA 5AQVA 4X66K 3VQ8A 4H4MA 4B9VA 3FZLA 3CCSN 3THXB 2Q97A 3D2FB 3R3LA 4YHHK 4K42A 2O8DA 2E2QA 3HYFA 2O8CB 1JLFA 1C1AA 4B1UB 4LY7A 2QXLA 2A41A 1ASWA 3OYEA 4QS7A 3U3GA 4YFUA 1BG3A 2BUPA 2IGIA 3KWGA 4DHYA 3TTFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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