1BISA

Hiv-1 integrase core domain
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
154
structure length
146
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACEWAGIKQEFGIPIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna integration
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
publication title Three new structures of the core domain of HIV-1 integrase: an active site that binds magnesium.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 44
structure length 146
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bisA00
1VSHA 2ZD1A 3LWLA 4XIUA 4OKEA 4J2DA 4DFPA 4ID5A 2JGUA 4FW2A 3H08A 4NYNA 1L3SA 1RT5A 3PX6A 3NH2A 4J2EA 3AVAA 4FK4A 4CJ4A 3OS0A 3V4IA 4FJHA 3KLEA 2OA8A 4M3RA 1RTJA 3SUQA 3C6UA 1VSMA 1RBRA 2GV9A 3RR7A 3L2QA 4KHYA 4E7LA 4PA1A 4CGFA 4FZZA 4KRFA 4IBNA 5HP1A 1SUQA 3HK2A 2ATQA 4CEQA 2HB5A 2RPIA 3AVGA 3QIOA 5CYMA 1QSSA 2IOCA 1UAXA 2XY6A 4FJ5A 1S5JA 1NK4A 3MXIA 3RRGA 2QK9A 3O3HA 4FJ7A 2DY4A 3OJUA 1NJXA 2QXFA 3NAEA 1RTHA 1BQMA 4F2SA 3V1RA 4CCHA 3QETA 1IO2A 1Z26A 4CEBA 4UQGA 1NJYA 2HNZA 4AH9A 5KRSA 1VRTA 4CIFA 4HUEA 4OLBA 4CHPA 3IAYA 4YNQA 1C1AA 2QKKA 3LAMA 5HRSA 4NYFA 3AVMA 1YTAA 1I39A 1FKPA 3ISNC 2B6AA 4FLXA 2A1RA 1GOBA 3U6FA 1KTQA 3TWHA 4CEEA 3SQ1A 1RDBA 3AA5X 3LALA 4PY5A 5C24A 4CFDA 1C0UA 3CFOA 1NK6A 4KV8A 1XHZA 4CEZA 4E19A 3L2UA 1KVCA 3DRPA 4CESA 4CIEA 3SJJA 4FZXC 2DTUA 3DI6A 3LPUA 3VQQA 3QEXA 3NHGA 4BWJA 4J2BA 1IKXA 3U3YA 4CHNA 3NGZA 3P5JA 1CZBA 4ELUA 4CK3A 2XY5A 1HMVA 1JKHA 3LAKA 3B6OA 3KLGA 3M8RA 4DFMA 1KFSA 4KREA 2FBTA 2OPSA 3TAPA 3L2RA 1JLQA 3HM9A 4W5RA 3KJVA 4DTRA 3AVHA 1TL1A 1EXQA 3D0PA 5CYQA 3MECA 5FDLA 4BE2A 2XRIA 4FYDA 1B9DA 3O4QA 4CECA 5JS1A 3ZSWA 3MEGA 4OGEA 3LP0A 4E7IA 1S9EA 4G1QA 1VRUA 3NE6A 4H8KA 4CFBA 1XWLA 1BI4B 5FROA 2G8HA 1ZBUA 1HQEA 1FKOA 4HCCA 1C6VA 2HHVA 4CERA 5D3GA 1NKBA 4OPKA 1NOYA 4DSIA 3RWUA 2X74A 4Z4EA 2YNIA 1WLJA 1UOCA 2D0CA 4CF9A 2DFHA 1L3UA 1RDAA 1X9MA 4FM1A 4B9UA 4KHUA 1X9WA 1ZBHA 3AVFA 3QLHA 4CGDA 3KKSA 1EKEA 4Y1DA 4CIGA 1EETA 1WAJA 2KQ2A 4CHOA 1QTMA 2PY5A 3MXMA 4C8OA 1WN7A 3PV8A 3DM2A 3ITHA 5SZTA 3CQ8A 1Q8IA 4CJRA 4TSXA 1S6QA 3AVJA 5CY4A 5K14A 4M41A 3OYGA 4HUGA 4W5TA 3PX4A 4DSKA 3HO1A 4M3ZA 2HHXA 3G10A 4DSEA 4B9SA 1TAUA 1VSFA 1RT1A 3SQ4A 1WSGA 1RBSA 4LD0A 4F3OA 4I2QA 3M8SA 1VK0A 1C1BA 4DS5A 1NKCA 3AVNA 2G8KA 4FM0A 3JSMA 3RMCA 1HYZA 3AVBA 4CJ5A 4FJIA 1ASWA 4IG3A 4KTQA 3VQ8A 2BANA 4OJRA 3IS9A 3DMJA 3QO9A 3VQAA 3M8PA 3NCIA 1LV5A 4BDPA 3SI6A 3SPZA 2YNGA 4CK1A 4Y1CA 2G8FA 4CHQA 4JS5A 1JL1A 4HTUA 4Q0BA 3HVRA 3TAEA 1KVBA 4O44A 1BQNA 2HMIA 4KPYA 2HHUA 2F96A 4C8NA 3OJSA 4K8ZA 3P83D 1WSEA 1SL2A 2KW4A 2G8VA 3S3MA 4AHCA 4QAGA 2RF2A 1KLNA 4FLYA 3AO1A 4B9TA 3SV3A 4ELVA 3KD5E 5E41A 4AHVA 4FK2A 4Z4GA 4B3OA 4DTJA 4KB0A 3F9KA 4RW7A 3V9ZA 4HVJA 4FJNA 3LWMA 5C42A 3ZSXA 1SKSA 4O4GA 1VSKA 1CXUA 4CJVA 4FJGA 4M45A 3OYNA 3O3FA 2BE2A 3SPYA 5J1EA 4Z0UA 5C25A 5J2QA 4O55A 1KLMA 4CK2A 1JLEA 1CXQA 2IGIA 4OVLA 3ZT2A 4DFKA 4BDYA 4IFYA 3SCXA 4CGGA 3HT3A 4DWIA 4FLWA 4M3TA 4ZTFA 3HXMA 1NJWA 2GBZA 4AHUA 2B4JA 2JLEA 4M42A 4Z4IA 3HJFA 1WSIA 4RW9A 4W5NA 4DF8A 3LZIA 2P5OA 3V9UA 4GVMA 4DU1A 1VSLA 1RCHA 3OYLA 3SUOA 3AVKA 3ZT0A 4B9NA 1JLCA 3D45A 3HSTB 3LP1A 4LY7A 3NGIA 4FM2A 1BIUA 4E7JA 4GMJB 3QNOA 3SUNA 4FJMA 2QKBA 4PQUA 2WOMA 1EP4A 3SYZA 2X78A 3RTVA 2OYQA 1TV6A 2YHBA 4CEOA 4DTOA 1LAWA 1GOCA 1RILA 1HYVA 3KLHA 1T8EA 3CM6A 1NKEA 1K6YA 5DMRA 1IKVA 4B9MA 1DTTA 4WE1A 2IDOA 3DLHA 3LPTA 4N5SA 4FK0A 3HPGA 3VQ6A 3SZ2A 3C94A 4DTUA 4CJKA 2GUIA 4KHSA 1HYSA 1T7PA 1NK7A 4DQSA 2I5JA 2OPPA 2Z1GA 3AO5A 4KTWA 3OYHA 1U04A 5I3UA 4J2AA 1RT6A 4OKKA 1LWEA 2Z1JA 3I0SA 2YNHA 2ETJA 4GW6A 1QE1A 4NCGA 1NK5A 1S1VA 1JLAA 5HROA 4CJ3A 3LDSA 1DLOA 4BE0A 3DOLA 4E89A 2E6LA 3TARA 3O4NA 3ZSYA 3QEPA 2RKIA 4M3UA 5KI6A 1WSJA 1SL0A 3PO4A 3CM5A 3EY1A 2R7YA 4B8CA 2BGGA 1BIZA 1QQCA 2DFFA 4CJQA 4OKJA 4CJLA 1S1WA 3KD1E 1TL3A 1RT7A 3KKRA 2D5RA 3RR8A 1L3TA 1QSLA 2HHWA 3KIOA 4FJ8A 3OYCA 1TKZA 1SL1A 4DTMA 4HUFA 2HHQA 1Z25A 3M8QA 3T3FA 4M3WA 2YHAA 3VQ5A 4RW4A 4ELTA 1JL2A 2Z1IA 3HPHA 3UIQA 2FBVA 2F8SA 4B08A 4EZ9A 1FK9A 3S3NA 4FJJA 1A5VA 3V9WA 3CG7A 3QEWA 3RMBA 1ASUA 4I2PA 4CGIA 2HHSA 1RTIA 4M3YA 1G15A 3OYIA 5HRPA 4N41A 3ZSZA 3HP9A 3KLFA 5HRNA 5HLFA 4F4KA 5KGXA 1VSJA 3VQPA 5J2PA 1UA0A 1NJZA 5JS2A 1JXEA 1KCFA 1VSDA 3SNNA 4ZHRA 4E7HA 1RTDA 3NBPA 2VWJA 3PO5A 3THVA 3AO2A 4W5OA 1F21A 2E6MA 3SQ0A 1T05A 4RW6A 4DSFA 3AA3A 1I3AA 3WNEA 4KHQA 5HRRA 5SWMA 3DLGA 2ITGA 4I9LA 1HRHA 1RDDA 1TKXA 3V1OA 1MU2A 2EX3A 3AVIA 1ZBIA 2VG6A 2O4GA 4FVMA 4PUOA 3OYEA 4DQQA 3VQ7A 4CEAA 4E1NA 1D9FA 3LP3A 3KK3A 5J2MA 3NF8A 2Y1JA 2G8IA 1S9GA 4CJWA 4DLGA 4CJFA 4DFJA 3S9HA 1NK0A 4EZ6A 2ZQBA 4DU4A 3L2WA 3G0ZA 1LWFA 4O0IA 3L3UA 1HPZA 1ZBLA 2VG7A 4KTZA 2P51A 1U49A 3WNGA 4FZYA 3TABA 1RT4A 3SUPA 4DQPA 3AO4A 4IKFA 1TKDA 1C0MA 1A5WA 2XY8A 4CEFA 3ZT4A 1ZYQA 4ID1A 1NOZA 1Y97A 4FW1A 2P1JA 3ZCMA 2FBXA 4N56A 3OVNA 4BE1A 3AVLA 4DLEA 3C6TA 4O0JA 1Q9XA 3VA0A 3QINA 4MFBA 3V81A 3E01A 4AHRA 3VQBA 3OYKA 1RT3A 4I9QA 3K5MA 3DYAA 3JYTA 2IC3A 4FJLA 1BCOA 3VQDA 4CJUA 2XY7A 1U45A 5FRNA 3K2PA 3HPOA 4IFVA 4HHTA 1FXXA 3NF9A 3ZSRA 1RNHA 1RBTA 2YKMA 4FLVA 1TAQA 2X6SA 4IDKA 4RW8A 2HHTA 4H4OA 3QEVA 1W0HA 5DK5A 3TAGA 4N76A 1CLQA 1BL3A 2G8WA 1JLGA 1KFDA 3DLRA 1QSYA 4R5PA 1B9FA 1WNSA 1QHTA 1WAFA 2P5GA 1XHXA 3L3VA 4HCBA 2XHBA 3V9SA 1LW0A 2RN2A 3MAQA 3K57A 3BGRA 5HBMA 3WNFA 4JRPA 3S3OA 3VQ4A 4O5BA 1LW2A 1TGOA 2IS3A 3TAQA 1C0TA 1LWCA 3DLEA 3LZJA 4DS4A 4CJTA 2OPRA 4KFBA 3HVTA 3DRRA 4AHSA 3K5LA 3ZSOA 1GOAA 2O4IA 4DTSA 4LSNA 3EYZA 4FXDA 4C8MA 5FRMA 2Z1HA 2KTQA 2G8UA 5KTQA 3AV9A 3IRXA 4KHWA 5CZ2A 3ZSVA 2OZMA 1IKWA 3DLBA 1D5AA 2HNYA 4CJPA 4EP4A 4Z4CA 3FFIA 4CJEA 4CGHA 3PY8A 4E3SA 3AA4A 4I7FA 4F8RA 1NK8A 4CE9A 3QIPA 3NF7A 3I8DA 3K58A 2HNDA 4Z4HA 1WSFA 3V6DA 3LP2A 3ULDA 3KTQA 3QNNA 2D0BA 1IG9A 4C8KA 4LH5A 3B6PA 3ALYA 3I0RA 1W9HA 3MEEA 3NFAA 4CEDA 1JLFA 1S1TA 4DQIA 4LSLA 2OPQA 4DSJA 4CFCA 4H4MA 3OYAA 4B9VA 4BACA 4C8LA 4CGJA 2HW3A 4IG0A 3EZ5A 1TK0A 3NGYA 3NH0A 1R0AA 1J5OA 4FLZA 3CFPA 1S6PA 2YKNA 4EP5A 5T7BA 3K5NA 4NCBA 2AJQA 3NH1A 3CYMA 3P1GA 3LANA 4E7KA 3V9XA 3T1AA 2NUBA 3VQCA 3QEIA 4L8RB 2YV0X 3C95A 4KI4A 4OLAA 2X6NA 1RBVA 5KGWA 1RBUA 3RMDA 4DG1A 3HL8A 4N47A 4KI6A 1HQUA 1ITGA 1VSEA 2E4LA 2B5JA 2ZE2A 3ZT3A 1ZBFA 3QERA 1KSPA 1ASVA 3VQ9A 1RT2A 5J2NA 4PWDA 3OY9A 4CHZA 3KK1A 3HYFA 5KRTA 1WSHA 3SQ2A 1L3VA 4F3TA 3K5OA 1SKWA 3KLIA 4QCLA 3RRHA 3V1QA 4RG8A 3OYBA 2KZMA 1HNIA 2IAJA 1CZ9A 2Q3SA 4MQ3A 4W5QA 5I42A 1U48A 2LSNA 4YFUA 4CF2A 1YVUA 1HJRA 3TI0A 4FJ9A 1TK5A 3A2FA 1XI1A 3OYDA 2BDPA 4BDZA 3U3GA 2HVIA 3TAMA 4KB1A 3OS1A 4DF4A 2KFNA 1S1XA 2W42A 4F2RA 1C1CA 2VG5A 3DLKA 4KHNA 1LAVA 4DMNA 4CF8A 2KZZA 1HNVA 1VSIA 2FBYA 1YTUA 1B92A 1XC9A 3ZT1A 3VA3A 4AILC 1YT3A 3DOKA 4BWMA 1IKYA 4CF0A 4NCAA 2PYJA 1TVRA 3L8BA 3MEDA 4K8XA 3OYFA 4Q5VA 2YNFA 3NDKA 1T03A 3OYMA 2WONA 4FCYA 3ZSQA 3PX0A 1N6QA 3PUFA 1D8YA 3VN5A 3TANA 1KRPA 2KFZA 1DTQA 4FLUA 4DQRA 1BCMA 1UA1A 1U4BA 3K59A 3ASMA 1BISA 4CF1A 4CJSA 4KKOA 4DTXA 3TAFA 2OZSA 1SKRA 1U47A 4LH4A 2PYLA 3BDPA 3SV4A 2XO7A 1RDCA 2D0AA 1N5YA 4B8AB 1JLBA 4DU3A 2VWKA 1D9DA 3MXJA 1REVA 4CFAA 4B9LA 4ZTJA 4QOZB 2FC0A 4Z4FA 3AA2A 2HVHA 3O3GA 4E1MA 5CZ1A 2EHGA 4KAZA 1BI4A 4KO0A 4CHYA 4OPJA 4DTNA 1X9SA 3F73A 4JRQA 4JS4A 4JLHA 3L2VA 1QS4A 4ICLA 3KK2A 4FJKA 3VQEA 1SV5A 1J54A 1J53A 1JXBA 3CFRA 1A5XA 1TKTA 1UWBA 4FLTA 1BGXT 2A1SA 4DTPA 2PZSA 1BHLA 2DFEA 3WNHA 3T19A 3IG1A 1S1UA 1X1PA 3QESA 4E0DA 4AHTA 1KVAA 4OGCA 3DRSA 3RMAA 2Y1IA 1TK8A 1O1WA 3OS2A 3HP6A 4DSLA 1L5UA 4M3XA 1IH7A 1NK9A 1J9AA 3AO3A 1EX4A 3AVCA 1Q9YA 4FJXA 2F8TA 3OYJA 3NF6A 5EU7A 3TR8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3E1YA 1VSHA 4JI2K 4J2DA 5JVHL 4NYNA 2JGUA 3MX5A 3H08A 4FW2A 4YDUC 3AVAA 4CZLA 3OS0A 3A5MC 4FJHA 3T1YK 3C6UA 2GV9A 3CMEN 5HP1A 4NXNK 4BQZA 3LM9A 1Y64A 2E2OA 3HK2A 3H45C 4BVPA 1KD1O 5CYMA 2IOCA 3FZFA 1NGCA 3CC4N 3RRGA 2QK9A 2E88A 3OJUA 3KHYA 4CCHA 1Z26A 1NJYA 1YITN 5KRSA 3HM8A 4BRLA 2VQFK 3HSCA 5AQHA 3C7NA 2NRZA 3ISNC 2Q97A 4I6MA 2B6AA 2A1RA 1NGDA 3U6FA 4BC5A 3SQ1A 4CFDA 4KV8A 5KQ8A 3L2UA 2HHHK 1NMNA 3OTOK 4FZXC 3DRPA 2DTUA 3NHGA 4BWJA 3NGZA 2XY5A 2UUAK 2QM1A 3KK7A 4KREA 2FBTA 2OPSA 1J6ZA 3O1BA 5AZIA 2P9KA 1EXQA 4CBWA 4H0XB 1YJ9N 5FDLA 4FYDA 5BPLA 5LY3A 3LP0A 4E7IA 4B9QA 4G1QA 3D6RA 1VRUA 1BI4B 4FOEA 1HQEA 1FKOA 1BUPA 1VQ4N 4L3QA 1NKBA 4DSIA 1Q81O 4JKBA 1K9MO 3W0LA 2YNIA 1UOCA 4CF9A 2NRTA 4BG9A 1RDAA 4KHUA 4FM1A 4CW7B 1X9WA 3QLHA 3KKSA 4CIGA 4CHOA 3MXMA 1WN7A 3D7EO 4TSXA 1S6QA 3AVJA 5K14A 4HUGA 2HHXA 4W5TA 1N36K 4M3ZA 3CXCM 3FGUA 1RT1A 2ZJPL 2FXUA 3CC7N 4MO5A 3M8SA 1VK0A 3EKSA 3U9ZA 4KBOA 1QQOA 2G8KA 4FM0A 4YOXA 4BC2A 3CCSN 4OJRA 3IS9A 3QO9A 4BDPA 3SK3A 1M1KO 3SPZA 4JS5A 3GDQA 3IDHA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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