1BIUA

Hiv-1 integrase core domain complexed with mg++
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
154
structure length
147
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACEWGGIKQEFGQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna integration
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
publication title Three new structures of the core domain of HIV-1 integrase: an active site that binds magnesium.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 48
structure length 147
sequence length 154
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1biuA00
1TK8A 2HVIA 4CERA 3DOKA 3OS1A 3SPZA 5HBMA 3HXMA 4KPYA 3QO9A 2VWJA 3OYCA 3KTQA 4KV8A 5JS1A 2RF2A 2VWKA 3OYHA 3V6DA 4FK0A 4M45A 2NUBA 1BQNA 3S9HA 3M8QA 3EZ5A 1UA0A 4CHPA 4BE2A 4ID1A 1SKRA 1S9GA 4Z4FA 3AVJA 1NK0A 1TKZA 1LW2A 2Z1HA 5J2QA 1WNSA 3QERA 1XC9A 1RDCA 5HP1A 3AA4A 1RCHA 4DQQA 3HPHA 4QOZB 3LP1A 2KTQA 2FC0A 1EKEA 4O0JA 4C8NA 4CF9A 4ZHRA 3L2RA 4B3OA 3QIOA 4RG8A 3NDKA 3RRHA 2ITGA 4CJ4A 4ELVA 3P5JA 4M3WA 3ZT1A 3LANA 4K8ZA 5C24A 4AHSA 4E7LA 1EXQA 5CZ1A 5K14A 2EHGA 4GW6A 1LW0A 4E89A 2XY6A 3JYTA 4KI6A 1RT6A 3RMAA 3ZT3A 2W42A 3T1AA 1YVUA 2HB5A 1JLAA 4H4OA 3HP6A 4LH4A 1HNVA 2YKNA 3O4QA 3SQ2A 2VG7A 3VQQA 2OPSA 1VRTA 4KREA 1IKVA 4BDYA 4EP4A 3TAGA 1I3AA 1C0TA 4N56A 2FBXA 4Y1CA 4JS4A 3VA3A 1IKXA 1ASUA 3T3FA 3C94A 3PX6A 4FJMA 4E7IA 4B9LA 2KFZA 1GOAA 4OGEA 1JLEA 4IDKA 3OYLA 4O5BA 4DMNA 3KK2A 1S1UA 4DTOA 4CEEA 1ZBUA 3NGZA 3EY1A 1NK5A 2QKBA 1FK9A 1HYSA 1SUQA 4TSXA 4HTUA 1RTHA 3ZSXA 3ZCMA 3SZ2A 4DTUA 1C1AA 1EETA 3AVFA 3L3VA 4IG3A 5DK5A 1CZ9A 3CFOA 2ZE2A 4CJEA 4CJTA 3KKSA 4JLHA 4FLZA 1NK7A 1KSPA 1Q9YA 4CGJA 2HVHA 1J53A 2D0AA 4IBNA 3AO2A 3DI6A 4NCGA 4AH9A 1T05A 2B6AA 2IC3A 3LWLA 3RR7A 1NOYA 1TKDA 4KKOA 2KW4A 3TANA 4MQ3A 3PUFA 4RW7A 4OVLA 3WNHA 3HVRA 3CFPA 2A1RA 3AVCA 2JGUA 4FLUA 4DQIA 4CJRA 4FJ9A 3OYIA 1QE1A 3HO1A 2QXFA 2G8FA 3TAQA 3NE6A 3O4NA 4FZYA 3TI0A 5KI6A 1HMVA 1B9FA 3I0SA 4B9NA 3KD5E 3VQ6A 1WSIA 3ZT4A 1Q8IA 3SQ1A 4RW6A 1D9DA 5FROA 5HRNA 3AO4A 1DTQA 3KLFA 1BL3A 1RDDA 2G8WA 4CHNA 1RDBA 2B4JA 3NAEA 4O4GA 2QKKA 4C8KA 2HHTA 3KLGA 1ITGA 1ZBIA 1KFDA 1QSSA 3MXJA 1RDAA 1CXUA 4I2QA 5DMRA 1CXQA 3NH2A 1BIZA 4H8KA 3VQ4A 1X9MA 2OZSA 4C8MA 4GVMA 4B9MA 4E7JA 4FJHA 4DQRA 3NFAA 1TGOA 5CY4A 4FLTA 4CJ5A 4EZ9A 4N41A 3M8RA 4PWDA 4FJGA 4KFBA 2Z1GA 4FK4A 4CFBA 3HM9A 2XY8A 1XI1A 4N47A 4CESA 4CEBA 3NH0A 3AVBA 4LD0A 4CGHA 4Y1DA 4DFKA 3TARA 1A5WA 3QINA 4OGCA 1R0AA 2HHUA 4KHNA 4FVMA 1LAVA 4O55A 2YNGA 3AVMA 1O1WA 2D0BA 4L8RB 3CM6A 4W5OA 3JSMA 1L3SA 3IRXA 4AHTA 3ULDA 3G0ZA 4BWMA 3P1GA 4OPJA 4DQSA 2HHSA 2DTUA 4O44A 3MECA 3ZT0A 3OYDA 3ITHA 4Q5VA 3BGRA 2RPIA 4KTZA 4CFDA 1JLBA 4M41A 3TAPA 1MU2A 4CJKA 1IH7A 4JRQA 1VSDA 2OZMA 1JL2A 2YV0X 1KLNA 3S3OA 4CEQA 3SUNA 3SYZA 4KB1A 4AHUA 2BDPA 3KLIA 4DTNA 4CEZA 1KRPA 1HRHA 1S6PA 3G10A 4DSKA 4E0DA 3SV4A 2GV9A 4CGDA 2KZZA 3VQEA 3KKRA 2VG6A 3AVIA 1RT7A 3FFIA 4R5PA 4DFMA 3SUQA 4FM0A 1RT1A 3M8PA 4I2PA 4M3XA 4B08A 4YFUA 4XIUA 1KTQA 3HT3A 3AVAA 1WN7A 2HW3A 3LDSA 1SL1A 2X6NA 4FYDA 1C0MA 1VK0A 4FW2A 3K59A 5J2NA 1NJWA 3K5LA 2YNFA 4RW8A 3SPYA 4HCBA 4Q0BA 2IAJA 3KLEA 3P83D 5KRSA 5J2PA 4PQUA 1IKYA 1ZYQA 4KHYA 1ZBHA 3ZSWA 1TVRA 3OS0A 1SV5A 1WAFA 5HRSA 3KJVA 2AJQA 3SQ0A 1N6QA 3AO1A 5JS2A 3ZSRA 2A1SA 3VQAA 1NOZA 3CFRA 3ZSOA 3VQCA 3RTVA 2G8UA 4IG0A 1TAUA 1S1XA 3RMDA 4M3TA 3CYMA 1D5AA 1TAQA 4CJSA 1TK0A 5E41A 2EX3A 1JKHA 4HUFA 3A2FA 4M3RA 5J2MA 3VQBA 4ZTJA 4CHQA 1JXEA 3L2QA 4NYFA 3CM5A 3QETA 1U45A 4KHQA 2IS3A 2P5OA 4F8RA 3K58A 1RNHA 5HROA 4IFYA 2O4GA 4DS5A 4CF2A 2XY5A 1F21A 1SKSA 1WSFA 2IOCA 3K2PA 3V1RA 4CHZA 3UIQA 3DLKA 1L3TA 1ASVA 3V4IA 3SUOA 2FBTA 1S1TA 4CIEA 4PA1A 1L3UA 4J2AA 1VSFA 2G8KA 1HNIA 4OLAA 3OYMA 4FJNA 3LPUA 3ALYA 1VSJA 5FRMA 3PO4A 2DY4A 4E1NA 1JLQA 4NYNA 2XO7A 1BGXT 3PO5A 3QIPA 4HVJA 4O0IA 1HYZA 1SKWA 1LWCA 4DF8A 2GUIA 2E4LA 5HRRA 4PUOA 4CECA 2PY5A 2HNYA 2ZD1A 2LSNA 4AILC 1RBTA 1YTUA 3OYKA 2D0CA 1LV5A 3EYZA 4FJ8A 3OJUA 4M3YA 2ATQA 3NBPA 2BANA 3IS9A 1U47A 1UAXA 4Z4GA 3QEXA 5I3UA 1RT5A 3AO3A 3HJFA 3NGIA 1YTAA 4W5TA 1X9SA 1NKCA 1KVAA 1RT2A 1JLGA 1QHTA 4DFPA 2PYLA 3TWHA 3VN5A 4FJ5A 4CGIA 4DU1A 3QEVA 2F8SA 3C6TA 4DTPA 3RRGA 3DRRA 4EP5A 4FZZA 4AHRA 3HPOA 3TAMA 1WLJA 1VSMA 1W0HA 1G15A 3C95A 1C1BA 1WAJA 4AHCA 4FM2A 5HLFA 2Z1IA 2XHBA 1HJRA 3DLEA 3VQ5A 3L2VA 1S5JA 2YNIA 4DTRA 3DLBA 3PX4A 3ZT2A 1TL3A 4FJKA 2DFEA 1W9HA 3LWMA 4E7KA 1KLMA 3ASMA 1BISA 4ZTFA 1D8YA 2G8HA 4FZXC 4RW9A 4M3UA 4OKEA 4E1MA 4F3OA 4CF1A 3AA2A 1S9EA 4DSJA 3KK1A 1NJYA 2YKMA 1Z26A 5KRTA 3LP3A 4M42A 3TABA 2FBYA 3LPTA 3ISNC 4B9UA 3KK3A 3MAQA 2I5JA 5KGWA 3U6FA 4ELTA 2BGGA 1DLOA 1UWBA 3DMJA 4I7FA 5CYQA 1K6YA 3OYFA 1ZBLA 3H08A 1JXBA 1S6QA 3ZSVA 4FW1A 3NCIA 3F9KA 5I42A 4BE0A 4KHUA 1RTIA 4DFJA 2FBVA 3NF8A 3WNGA 4DSLA 1RBRA 3QEWA 5FRNA 1KVCA 2OPQA 3NGYA 1IO2A 4I9LA 4PY5A 2HMIA 4DQPA 3U3YA 1S1VA 1NJZA 2D5RA 1T03A 3DLGA 3K57A 1NKEA 3QEIA 1L3VA 4CEAA 4M3ZA 1Y97A 2P5GA 3V9XA 3OYJA 3OYNA 4FJ7A 4DF4A 4KI4A 4DS4A 3SQ4A 4OLBA 1UOCA 1DTTA 1VSLA 3NF6A 4CK3A 1T8EA 4I9QA 3SCXA 3VQ7A 4DLEA 1BI4B 4LSNA 3O3GA 3AO5A 1U04A 3SI6A 1TKXA 4CFAA 3DOLA 1Z25A 1N5YA 1VSKA 3LAMA 4CF8A 4CK2A 3O3HA 1VSHA 3OYEA 2VG5A 1S1WA 4E7HA 4CEDA 4OJRA 1BI4A 2B5JA 4CHYA 4B9TA 4H4MA 4KB0A 2YHAA 3O3FA 1KFSA 3CQ8A 4DWIA 4CJVA 1FXXA 3NF9A 3V9WA 1QSYA 4Z0UA 3K5NA 2G8IA 4CJPA 1Q9XA 4J2DA 1A5XA 2HHXA 4DG1A 1RT3A 1VSEA 3HSTB 2Y1JA 4K8XA 4B8AB 3RMBA 4CGFA 4HCCA 4CJLA 1VRUA 5T7BA 3DLRA 4ICLA 1RBVA 3VQ9A 4DTSA 4DTMA 3THVA 4CJQA 4Z4HA 3RR8A 3AVGA 1QS4A 3HVTA 2JLEA 4RW4A 3OYAA 4HHTA 2HNZA 2X6SA 4FM1A 1QSLA 4Z4IA 3MXIA 2PZSA 4ID5A 3V9ZA 1SL2A 1BQMA 3DRSA 3S3NA 2PYJA 4CEFA 3MEEA 1BCMA 4MFBA 1NK6A 4CGGA 3SJJA 1U4BA 4OKKA 2ETJA 3AA3A 1D9FA 3S3MA 3K5OA 3E01A 1XHXA 3VA0A 4EZ6A 4F2RA 1CLQA 4J2EA 1RILA 4KO0A 1A5VA 3SV3A 4F2SA 3OYGA 4CFCA 1JLCA 4W5NA 5CZ2A 1EX4A 1WSHA 4DU3A 3V81A 3T19A 1C0UA 1T7PA 1CZBA 4ELUA 3V9UA 1KCFA 2RN2A 1FKPA 1LAWA 3LAKA 3D45A 3DLHA 3TR8A 4BDPA 4C8OA 4KHWA 2QK9A 2BE2A 3QLHA 1RT4A 1YT3A 2Y1IA 3SUPA 2KZMA 3LP0A 5SWMA 4CE9A 3MXMA 1RTJA 3RWUA 3DYAA 1J9AA 3D0PA 4CJWA 3LZJA 5HRPA 3I8DA 4KRFA 1NK9A 1XWLA 1RBSA 2HHWA 1TKTA 3OS2A 1WSGA 4CF0A 1LWEA 2Q3SA 3OVNA 4CEOA 2F8TA 3L3UA 4N76A 2WONA 2DFFA 1VSIA 2R7YA 1C1CA 3TAEA 4KAZA 3AVNA 3LZIA 3B6OA 3PY8A 4CIGA 3V9SA 3QNOA 1UA1A 4DSEA 1J5OA 4Z4CA 2P1JA 1TK5A 3IAYA 1TV6A 4KTQA 4F4KA 4YNQA 3QEPA 3HPGA 3C6UA 5C25A 4WE1A 4B9VA 2E6MA 3AA5X 2WOMA 1HQEA 3HL8A 4FJJA 3NHGA 1BIUA 2HHQA 3K5MA 2XRIA 4G1QA 2Z1JA 2G8VA 2OPRA 1C6VA 1RBUA 3L2WA 4B9SA 5C42A 4JRPA 4DSFA 3LALA 4KTWA 2OA8A 1JL1A 4CJFA 1GOCA 3WNFA 3OY9A 2XY7A 4FLVA 1NK4A 2O4IA 3AVKA 3ZSZA 2IGIA 1L5UA 2X74A 4CCHA 1X1PA 5KTQA 4BDZA 2E6LA 3DM2A 1X9WA 3HP9A 3IG1A 5SZTA 3SNNA 4NCAA 4W5RA 4E3SA 2OYQA 4QCLA 1B9DA 3VQ8A 4QAGA 3AVLA 1LWFA 1QQCA 3KLHA 2P51A 1HPZA 4F3TA 2ZQBA 1HQUA 4BACA 4B8CA 5FDLA 4LSLA 3BDPA 1ZBFA 3RMCA 2YNHA 3U3GA 4NCBA 4FLWA 1U49A 1I39A 3L8BA 4FXDA 4AHVA 4UQGA 1WSJA 4FLYA 1J54A 4E19A 3OJSA 4DU4A 1ASWA 1BHLA 3QESA 1GOBA 2KQ2A 5J1EA 3M8SA 2OPPA 3CG7A 2GBZA 4Z4EA 2DFHA 1U48A 4KHSA 4CJ3A 4LH5A 4CIFA 2YHBA 3PV8A 3VQPA 4N5SA 4CK1A 3LP2A 4LY7A 3KD1E 4HUEA 3B6PA 4HUGA 3AVHA 3TAFA 1QTMA 4DTJA 1KVBA 4FJIA 3I0RA 3QNNA 4W5QA 1RTDA 4IFVA 3HYFA 3MEGA 4GMJB 1FKOA 2RKIA 3V1OA 5CYMA 4FJLA 1NJXA 3V1QA 1REVA 3F73A 4C8LA 4CJUA 5EU7A 4CHOA 4JS5A 1BCOA 3PX0A 4J2BA 3HK2A 2HNDA 3ZSYA 4OKJA 4FK2A 4DSIA 1EP4A 1TL1A 1NKBA 3OYBA 3NF7A 4BE1A 1XHZA 1JLFA 3NH1A 2HHVA 3ZSQA 4FLXA 3AV9A 1SL0A 4FCYA 3KIOA 5D3GA 2F96A 1NK8A 2IDOA 4OPKA 1HYVA 3VQDA 4FJXA 3L2UA 5KGXA 4DLGA 1IKWA 3MEDA 2KFNA 1IG9A 4BWJA 4IKFA 1WSEA 3DRPA 1B92A 2X78A 4DTXA 3WNEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KPRA 3SPZA 3MN5A 4KPYA 4PL8A 2RF2A 3OYHA 4FK0A 2NUBA 1BQNA 2BH1A 3T1YK 3DWLA 1SKRA 1S9GA 4Z4FA 1TKZA 1LW2A 4BR7A 5M1PA 4RTFD 3QERA 1XC9A 1RDCA 5HP1A 3HBTA 3HPHA 2KTQA 3SK3A 3AAPA 4CF9A 3QIOA 4RG8A 3RRHA 3TTFA 2ITGA 2GTDA 4ELVA 3P5JA 5DM6L 2JWLA 4EAHD 4K8ZA 1EXQA 3CCEN 5CZ1A 4BROA 3VTHA 3JYTA 4ILHA 3RMAA 1TUUA 4X62K 2HB5A 2AA4A 2UUCK 3CD6N 5EY4A 4B3RK 1IKVA 4BQLA 1C0TA 4KBOA 1ASUA 3C94A 4E7IA 1GOAA 1JLEA 4O5BA 1ZBUA 1NK5A 1Q82O 1FK9A 3H1VX 1SUQA 3SZ2A 4DTUA 4AQYK 3L3VA 4CJTA 4CJEA 5I3UA 1NK7A 1E4FT 1KSPA 3H3OB 3KKSA 3QB0A 4NXMK 4KHPK 1K9MO 3LM9A 1J53A 2D0AA 3DI6A 2IC3A 3C6HA 3LWLA 3RR7A 1TKDA 3HVRA 2JGUA 5GIPA 4FLUA 3M1FA 2HF4A 3P39A 4M7XA 2Q1NA 3CI5A 3O4NA 3TAQA 1VQMN 3TI0A 1HMVA 3I0SA 5C12A 3KD5E 5AQUA 3ZT4A 1Q8IA 4UY8O 3LDNA 5HRNA 3MWPA 1DTQA 3WEEB 1BL3A 4H5TA 2ZF5O 3UB5A 3KLGA 1QSSA 1RDAA 1CXUA 1X9MA 1Z6RA 2J4RA 4B9MA 5FPDA 3Q7BA 3NFAA 4DQRA 5JMVA 1S22A 4YOTA 4JI2K 4CFBA 3HM9A 4CEBA 4LD0A 4CGHA 2ZWHA 1M90O 3L4QA 4G9ZA 4LF5K 1LAVA 4O55A 2YNGA 3HZ6A 3FZKA 1X3NA 4IOCL 4ILGB 5GAGP 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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