1BRLA

Three-dimensional structure of bacterial luciferase from vibrio harveyi at 2.4 angstroms resolution
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
355
structure length
340
Chain Sequence
MKFGNFLLTYQPPELSQTEVMKRLVNLGKASEGCGFDTVWLLEHHFTEFGLLGNPYVAAAHLLGATETLNVGTAAIVLPTAHPVRQAEDVNLLDQMSKGRFRFGICRGLYDKDFRVFGTDMDNSRALMDCWYDLMKEGFNEGYIAADNEHIKFPKIQLNPSAYTQGGAPVYVVAESASTTEWAAERGLPMILSWIINTHEKKAQLDLYNEVATEHGYDVTKIDHCLSYITSVDHDSNRAKDICRNFLGHWYDSYVNATKIFDDSDQTKGYDDTNRRIDYSYEINPVGTPEECIAIIQQDIDATGIDNICCGFEANGSEEEIIASMKLFQSDVMPYLKEKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Luminescence
molecule keywords BACTERIAL LUCIFERASE
publication title Three-dimensional structure of bacterial luciferase from Vibrio harveyi at 2.4 A resolution.
pubmed doi rcsb
total genus 102
structure length 340
sequence length 355
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 1.14.14.3: Bacterial luciferase.
pdb deposition date 1995-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00296 Bac_luciferase Luciferase-like monooxygenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.30 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Luciferase-like domain 1brlA00
5DQPA 1LUCB 1YW1A 1Z69A 4US5A 2I7GA 1LUCA 1XKJA 3B4YA 1EZWA 1BSLA 1RHCA 3B9OA 3B9NA 4J2PA 4US5D 3C8NA 3SDOA 1FVPA 1M41A 1F07A 5AECA 1NFPA 1TVLA 4UWMA 3RAOA 3FGCB 2B81A 1BRLB 1NQKA 3FGCA 1BRLA 5LXEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3N4FA 1QTWA 2NUWA 2J74A 1WKYA 4FOUA 3ES8A 5A2BA 3CAKA 1CI1A 2XN1A 2YL5A 2CLMA 1GT8A 1H41A 1ZAHA 1DJHA 3H2EA 5FL1A 1OCNA 1DQUA 3W2LA 2AOSA 2W62A 3NGFA 1KM2A 2P8CA 1AZ2A 1AMKA 1TA3B 3OG2A 2ASHA 3ZOAA 5XIMA 2VZUA 5HPOA 3M0LA 5BRPA 1KCXA 2ZVIA 3W00A 1OGGA 1HGWA 2OEJA 4LAUA 3MSYA 2OPJA 1UKTA 5C8BB 4IMAA 4N42A 3UP8A 3W3OA 1LLZA 3FNDA 4HA0A 3AFBA 4PUDA 5LNVA 3KRSA 3E6EA 3VGEA 5M3WA 3F2BA 4UTWC 4AX7A 3NPVA 1QATA 2O9PA 2YXOA 3LHWA 1Q7MA 4IIEA 4UFMA 1XLCA 5FCZA 3QJAA 3DYPA 3KBWA 4IPJA 3APTA 4LB3A 1KW1A 1B3XA 4IWWA 5TNVA 3E2VA 1E4NA 1CT5A 3AYSA 4NJJA 1ENUA 1FCVA 4UR8A 3KVJA 4IP4A 3LNMA 1J5SA 1I6NA 4GUGA 4QG8A 1E71M 3M47A 3NSMA 3A6OA 3CGTA 1KWKA 1TPEA 2YCLB 3AUJA 1AQFA 2PTWA 4XUYA 2C3ZA 2XM1A 4W89A 3G1FA 4DB7A 3FN9A 3BSHA 2FGBA 4EWJA 2Y7DA 3EKZA 2A3EA 2QCLA 3CMFA 4KGJA 2PWFA 3KVMA 3NPWA 1MSSA 1TVNA 2J24A 1SM9A 1YE4A 3B9DA 5CPSA 1XLMA 2V3FA 1NVMA 1S5WA 5BU9A 3V4BA 3S9IA 4P8WA 2DIJA 4GXWA 3RIKA 3BLDA 4MKVA 1J0IA 2V68A 1A5UA 2V5DA 4XO7A 1PYFA 5AC4A 4NAEA 1EC7A 3W1AA 2XIMA 5HMSA 2IPGA 1ZAIA 1FTXA 2A3BA 4GI8A 5C0QA 2B81A 3P5YA 4MLJA 2VEKA 4NX5A 3V1PA 1W5NA 5E09A 4JY8A 1PTGA 1DIDA 2VR4A 1WKFA 6ALDA 3WLHA 3BC9A 5DCBA 3SJ3A 3T44A 1Q4WA 2PTDA 3BLIA 2BGSA 1KFWA 2WWCA 1GWJA 3Q58A 1OFPA 4HP5A 2CCRA 4M56A 4N9CA 5HR7A 1O60A 2CWNA 4HTYA 3BAWA 4M80A 3PFMA 3T4WA 1A3XA 4HPXA 1TX0A 1R3TA 3WFAA 1LL7A 4WSJA 3B4UA 4N9BA 4CQBA 4I90A 2PPGA 1QI4A 1K3UA 3VOFA 3U57A 1D3HA 3EA2A 1ZU8A 4YMZA 4M82A 4OE7A 4LVFA 1SO3A 1IEIA 1A3HA 3A12A 4UZUA 3BLLA 4KWVA 4OKDA 3R0DA 4I9JA 2Q71A 2W61A 2XIBA 2ABBA 2ZYFA 1KRAC 1YRRA 2X41A 5A3HA 4AZ7A 3GC2A 3W38A 3NL2A 1J01A 5FF0A 2QDHA 3II1A 4B5NA 3E5PA 4PMJA 1GG0A 4QR6A 4MZYA 4LTSA 3FXYA 1CLXA 4C6EA 3SZ8A 1QBBA 3VZYA 1XISA 4C6PA 4J3UA 4E8CA 2X40A 1A5CA 4GE8A 4HNOA 3WDQA 3PB0A 1XBZA 3BG9A 3ONCA 4Y96A 2J25A 5ABFB 3SUUA 1RSCA 2VFEA 2ZE0A 5K9XA 1REQB 1CW2A 2YPIA 3NZGA 2PAJA 1BRLB 4PSRA 2INEA 1KKRA 5TBOA 5DO8A 3DFTA 3W4RA 2C71A 1JL8A 1NH6A 3D46A 3EAUA 1N55A 1R9YA 4MPQA 4IZGA 2HTMA 1CTNA 2WNQA 3VNKA 1SVDA 3KDNA 4JBRA 4UFIA 1TV4A 3TOPA 4JX5A 1PWLA 4JR5A 2P88A 3VNZA 4HZMA 3T08A 2NLIA 2R6OA 3TJXA 2NSOA 3LDVA 2XWDA 4TU1A 1QHOA 1J9YA 4X3ZA 4PB5A 2DIEA 1Q7QA 3NOYA 4E5TA 4DUWA 1JDAA 3RPTA 1TX2A 1DJNA 3WMLA 4H83A 1XLBA 1FQ0A 3SRFA 3MWCA 4DZHA 1SYTA 2YDSA 1UR9A 3VKDA 2XSXA 2UV8G 4ZR8A 4KEVA 3EZ4A 4BY3A 3FIGA 4GI4A 1O5KA 1MEHA 1DYSA 1OC5A 1QAPA 3GU1A 4L1WA 4PE8A 1U1UA 3S5SA 3PBVA 5F2GA 3NM1A 2V67A 1GVQA 4ORIA 1TZ7A 3SUSA 5J5DA 4CQAA 3H12A 3B40A 1V3IA 3B3DA 1F8IA 4E0CA 4IOTA 1WDQA 3TN4A 1ZNNA 3OJGA 1FUYA 1KQYA 4LBRA 1R30A 2VELA 1E3ZA 4MWAA 3O2LA 3PJXA 4NZ1A 3K1GA 3KCOA 2BOEX 3DZ1A 1NEYA 1V5XA 1QPQA 1FY6A 4WX2A 2XH2A 3RPDA 2Z27A 4POCA 1VF8A 4M0XA 4LOCA 1H2JA 3WD0A 3URNA 1UYQA 1Z32X 3L5MA 1O66A 2PP0A 1NOUA 2QVHA 3GD6A 4LVDA 4D6HA 1PUDA 2F84A 3HPFA 1WV2A 4Z1YA 2JKAA 1Q65A 5I3DA 3FJNA 3IAPA 1G4SA 3W7PA 4IT1A 2PDKA 1J79A 4UOJA 3CLWA 1Q85A 4OOZA 3W88A 1J2BA 1FWBC 1JGMA 1S2AA 4PRTA 5E6ZA 4DNMA 3UJEA 1UC5A 1TRDA 1P0KA 4QDMA 3SGGA 3NQEA 4NIRA 3W2NA 3LPFA 3QMSA 4C6QA 3AIRA 4XTIA 3AWNA 3RG6A 3UZWA 4AEOA 4DXKA 2TSYA 4Z1CA 1TR1A 1LP6A 4HHMA 3C2VA 1OGBA 4MB5A 3GAKA 1EJ7L 2BLEA 3GNXA 3UY7A 4UTIA 1DIOA 3W7LA 2J7HA 1C93A 3EWXA 5FSEC 4RNJA 4IF2A 3KZSA 5C70A 1SGJA 2BOFX 2OSXA 3W7HA 1RD6A 1GQNA 5E9XA 2BTMA 1K77A 3E9AA 1TUFA 3IJLA 3W85A 4AQLA 2WSPA 1A4MA 1GYNA 2I16A 4DWSB 4Z2HA 3VMOA 3NQFA 3O05A 2WMGA 5HA7A 4XD5A 4IL2A 4Q8NA 1UR2A 4E2BA 3H4XA 3R8GA 1F4AA 1V7YA 3AHZA 3W7CA 4HYVA 3E0LA 1DJGA 4YVVA 1WXJA 2XJ7A 1DWJM 3LN3A 2BODX 2PWDA 1BKHA 4MNJA 2F6XA 3BG3A 3R58A 3BTNA 1DXEA 1VFFA 3U6WA 2VGGA 1VFUA 2CZDA 2YXXA 1QMLA 3N15A 1H62A 3ARVA 3TW9A 1V6TA 3G5EA 2AGKA 3IAQA 4NAFA 3W81A 3TTQA 2V5KA 3B8WA 4YWIA 3ABQA 4HK5A 3MV11 4OBRA 4UTMA 3R6IA 1XL9A 5KZMA 3MHGA 1XIBA 4TUFA 5HR6A 1DEDA 4LCSA 4XTDA 3SN4A 3WKZA 1UIPA 3KDOA 3N2TA 4F2TA 2X1TA 4QRNA 2R24A 1JI1A 1LLWA 4UOQA 4UFJA 1SZNA 3EGJA 1JG9A 1ME8A 3RCYA 3MJMA 8XIMA 2CLOA 4PGLA 4KKXA 2A85A 4IPPA 2OO0A 2V8ZA 4UNLA 3TZFA 3WUEA 3SCQA 5JBDA 1OFBA 1GYMA 5AHIA 1MDLA 3GHUA 3SAZA 5F4SA 2WZEA 3LI0A 5IHRA 3R8RA 1PCKA 2RH9A 1J12A 1K7XA 2G4FA 4S38A 4K39A 2F8QA 4JYEA 4X9SA 2VDHA 1YPXA 4CCDA 3DBNA 4UFLA 5MF5A 3C5QA 2EPOA 1F6PA 4OIFA 4YTQA 3T9PA 2ZCGA 1XICA 5BU6A 3DUGA 3M5YA 3P93A 1PV8A 1P0EA 3P0WA 4F0MA 2DY3A 5DBUA 5PTDA 4JN8A 5SWUA 2EGZA 2PSNA 1F8MA 2WMFA 4J2MA 1GKQA 4LRSA 2I7GA 2OELA 3RX4A 3UG5A 1XIHA 1TR9A 5DELA 3N29A 1XUUA 5CBIA 4Q8QA 2XTKA 1XLAA 1Z44A 1AA1B 3MUXA 4HSHA 4GH3A 3ELFA 3WLKX 3AU2A 3DDMA 4F66A 3QY8A 2OG9A 4QAIA 5HWNA 3WQ4A 1GOKA 1EIBA 1UZ4A 3KP1A 1W9UA 2NXHA 2OGYA 2W27A 2E28A 3N19B 1QNSA 2H6RA 4NL1A 5IDIA 1OC7A 4XZBA 3A47A 2O56A 1SJAA 4G7EA 2VL4A 1JGIA 4FXFA 4RL3A 2QS8A 5AB3A 3T0BA 2WBKA 3WNMA 4ZENA 2V3GA 2ZKMX 4DLMA 3WEOA 3SDOA 1IV8A 1ZTVA 1NQ6A 2CKRA 4CN4A 1VHNA 2YLAA 1IEWA 2GVGA 3EOEA 3ZLHA 1IE7C 3K8MA 3VCNA 5C9XA 4QJ5B 3VCRA 2OQHA 3KOFA 4C7DA 4XZHA 1VBUA 1IIHA 3FV9A 7A3HA 3VIJA 4AMCA 1TJRA 5REQB 3I3EA 1F07A 4I5XA 4RZBA 3RPMA 4URIA 3BGAA 2D1ZA 4UTWA 3AMLA 5FESA 1QNRA 1KGXA 1NWUA 3MUAA 1OEPA 1FCBA 4YS1A 4O16A 5E5CA 4K38A 2WPBA 3UZ5A 3W23A 5FEWA 4JFWA 2E25A 3IUDA 4XAZA 3LV5A 2WZHA 3CV2A 3F5KA 1AD4A 1NOWA 3O15A 1AQMA 4LWWA 4C7GA 2Q8XA 3R12A 4HK7A 4LEQA 3URQA 1V8EA 3W1MA 4GZEA 1UR4A 1QK2A 2PZ0A 4AZHA 2V82A 3TK7A 1EA9C 2EG7A 1FKWA 1UROA 3WNOA 2FZBA 2ZX7A 4S3BA 2VZTA 3MUZ1 2DZXA 4HU8A 1V0MA 2DSKA 4MJ4A 3S46A 4GA8A 1P6BA 4HPJA 4GYFA 3AROA 1JNDA 4AXKA 2GSHA 1TELA 5XINA 3TXZA 4ICMA 3GHTA 3W7QA 4JKLA 4UXDA 2X05A 2HNEA 3CEPA 1GOMA 1RK6A 3O6DA 1XH2A 3KCJA 3SEPA 3PN8A 1XWYA 4JXCA 3QVQA 3WLSA 3IJDA 4LUYA 3UGRA 2ZE3A 1XFCA 3PNUA 1A47A 5AYYA 2BY2A 2YKKA 1T99A 1OM0A 1RBLA 1C3FA 4GO9A 1E0UA 3QPEA 4D72A 1LLOA 1VRXA 2PDCA 3N6JA 4XD3A 3LUTA 1YQ2A 3G1XA 1O6IA 4F2UA 4A3QA 3O6CA 4C6MA 4P8XA 3O7UA 4LF1A 2E09A 3SIMA 3UR5A 1H5YA 2ZWYA 3DC0A 3U5YA 3H2OA 1E73M 5AC7A 3QV8A 3L0GA 4WDXA 1KBIA 2Z28A 3S2JA 4MY9A 4ZO6A 5D09A 2CBUA 2FVKA 1SFTA 4P2VA 1L6FA 2NW0A 3C8NA 3ORWA 1UMLA 3TLQA 3G6LA 2HPIA 2FPTA 5IBXC 2ZA3A 1V3MA 3FYOA 1EQPA 1N8WA 1QRQA 2XIQA 1RCOB 4XBSA 4C6FA 3RO6A 3ZJ6A 5AZ1A 4ADSA 3LHZA 3ITXA 4WRHA 3ARZA 2CBJA 4WJ8A 4NZJA 3H4WA 3RM4A 4W87A 1J0HA 3MP4A 3VMNA 1UR3M 3T0DA 1XPYA 4KCVA 1PS9A 4MAVA 4F0HA 2A3HA 4A29A 3H2CA 3DHFA 3VNMA 3QW3A 4E2OA 3F4NA 5CGMA 3SY8A 3ICJA 5FJOA 1VYPX 2QMKA 3HPSA 4IPLA 3OYXA 5H6HA 1EX5A 4ZE4A 4JTHA 1XCWA 3PZ9A 3R4IA 1WKEA 1WYIA 5DXXA 3GDLA 5LIYX 2XZ7A 1WB0A 5FIPA 3VM7A 1TUXA 1TWWA 3OVGA 4XV0A 3E2SA 3IVUA 2DSWA 1XYCA 4TV6A 2I5QA 5I3HA 1I45A 4HNVA 3PWAA 4QJ4B 2C79A 4DJDA 3QKEA 3ENLA 4QE4A 2QIWA 4ZOAA 1W9PA 2DZVA 1ICQA 2WK2A 3AS0A 3B8UA 1UD2A 2V5JA 2WHMA 1JPKA 4OFCA 2DFAA 1DJYA 5K2ZA 4AZBA 3KOWA 1Q45A 4GLEA 2AQOA 1EIXA 4AFYA 2J78A 2HMCA 1XLKA 1X8CA 1U22A 1ECEA 4AWSA 4ERAA 2C7FA 2C18A 3VNYA 3W6LA 1W5MA 2IS7A 3I3DA 1MUWA 4EPBC 1KBLA 3DIPA 4M1RA 3T09A 5CSSA 3RN6A 4CCEA 3LM7A 2P50A 5A8GA 1IF2A 1KQZA 4K7YA 4LUSB 1EO5A 1FDJA 2E3ZA 3UXIA 3NEVA 3RRAA 1IEXA 5G2HA 3W87A 4O10A 4MWAD 3T2PA 3KL0A 3ZR5A 3MQTA 1E1CB 3CJPA 4NJKA 4UTLA 3K5XA 5KEZA 1LTDA 3TU9A 3LLDA 4RE3A 4QGCA 4NVTA 3N14A 1JZ7A 1JDDA 4DJFD 1OSEA 3VD9A 3MBDA 1LUCB 5E93A 3FA5A 4KEUA 1KV5A 4FNPA 4D71A 2C0HA 1CGTA 3PZNA 4GKLA 5C71A 2OGJA 1DXIA 1UBPC 4S3FA 5D8WA 2Z1BA 4DBUA 2INFA 4PCNA 3LRKA 4QDWA 3M07A 4XVEA 3ZJ8A 4CD4A 1DWAM 3MP3A 3K4WA 4H7ZA 1M6JA 5FEXA 1TE6A 2JALA 1EL3A 4K1GA 4R9XA 4BK9A 4MADA 1RP8A 1IXQA 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