1C1AA

Crystal structure of rsv two-domain integrase
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
221
structure length
221
Chain Sequence
PRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAVQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDRIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHKERGENTKTPIQKHWRPTVLTEGPPVKIRIETGEWEKGWNVLVWGRGYAAVKNRDTDKVIWVPSRKVKPDITQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords RSV INTEGRASE
publication title Crystal structure of an active two-domain derivative of Rous sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus
total genus 59
structure length 221
sequence length 221
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00552 IN_DBD_C Integrase DNA binding domain
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.10 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral 1c1aA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1c1aA01
3BGRA 1A5XA 1W9HA 4B3OA 3KLGA 2ZD1A 3LP3A 3NGZA 2XY6A 3S3NA 4DLGA 1RT5A 4B8CA 4B9MA 1J53A 1HPZA 1JXBA 3QLHA 3OS2A 1D9FA 2XO7A 3L2VA 3SV3A 2X6NA 2YKMA 4M45A 4F2RA 4CJSA 4ELVA 1VSDA 4DFKA 1L3SA 4YNQA 1BHLA 4I2QA 4WE1A 4AHTA 5D3GA 3SUOA 1KVAA 3VQAA 2KW4A 3ZSWA 1NKBA 2JLEA 4PUOA 3JSMA 3K5LA 4OGEA 3O3GA 1I3AA 2F8TA 4DSFA 4DTXA 1SUQA 4RW6A 4FJ8A 2DFHA 3TAFA 3KLIA 3T3FA 2PYJA 3JYTA 1S9GA 4DTOA 1IG9A 1U04A 3QEXA 3NF7A 3QNNA 3O4QA 1C1CA 4F8RA 4B8AB 1YTAA 5CZ1A 4HVJA 3QEVA 4E0DA 4AHUA 3MXMA 2D0BA 4E89A 4CJVA 4FZZA 1R0AA 3L3UA 4J2AA 4MQ3A 2ITGA 5CY4A 3VQCA 3SQ1A 2F8SA 4N47A 3ITHA 4DLEA 4RW9A 4DTJA 5E41A 3QEWA 3AVHA 4DTPA 3CYMA 2Q3SA 4LSNA 4DFJA 2ETJA 4CGIA 2YHAA 5KRSA 4CEFA 1HJRA 4QCLA 2VWJA 5CYMA 3OYMA 4E7KA 2IC3A 3LP1A 4K8XA 2PYLA 1NK9A 1SKWA 1L3TA 4FZXC 2DFFA 4TSXA 4CCHA 4F3TA 2VWKA 2HNYA 2ZQBA 4N5SA 3S3MA 1HMVA 1LAWA 4E19A 2KQ2A 4DTMA 1X9WA 3ULDA 2I5JA 1LWEA 1SV5A 4CGHA 1RBVA 1JL1A 5HRPA 2HHUA 5CZ2A 4Z4GA 3L2UA 4CJFA 5J2MA 1ZYQA 4FLWA 4Z4HA 1QTMA 1REVA 3SUPA 4KAZA 1Q8IA 4PA1A 1S5JA 3M8RA 3DRRA 3MAQA 3ZSRA 4KHWA 3SPYA 5HLFA 2PY5A 1WAJA 3LZJA 4FVMA 4DSKA 4N41A 4DQQA 1TK0A 3SUQA 3V1QA 1IH7A 4KI6A 4CJTA 3OYIA 2HHXA 2E4LA 3K57A 1TAUA 1GOCA 3C94A 2DY4A 4C8OA 1RT1A 4OKEA 5K14A 1WAFA 2IGIA 3AO1A 3AVMA 3B6OA 1NK8A 4AHSA 3HP6A 3C95A 4JRQA 1W0HA 4E7IA 4DSEA 3AVGA 1LW2A 2FBTA 4OPKA 4DS4A 4EZ9A 3AA4A 2HVHA 3M8QA 3VA3A 1HYSA 3L8BA 2OZMA 3KIOA 3U6FA 3VQQA 3KK2A 3QNOA 2IDOA 5DMRA 4FXDA 2D0AA 1LV5A 2F96A 4LD0A 4CE9A 3F73A 3V4IA 1ASWA 3HPHA 3V1OA 4HUGA 3DI6A 1L5UA 1KLNA 3PO5A 4FJGA 1UAXA 3NGYA 1JLBA 4BDYA 3TAMA 1ITGA 3TI0A 2OZSA 3NFAA 3O3HA 3NE6A 2P5GA 4FK2A 1RDAA 3I0RA 4CJ3A 1VRTA 4FLVA 4DU4A 4DSIA 3HK2A 3QIOA 2Z1GA 1QS4A 3AVAA 1TKXA 3IG1A 4FM1A 4I9LA 4CHOA 3MEEA 4H4MA 5J2NA 4W5NA 1T05A 4LY7A 3A2FA 2IAJA 3CFPA 3TR8A 3VQ5A 5HROA 2PZSA 1TL1A 4W5TA 4ELUA 4KHNA 4BDZA 1B92A 1RBTA 1S1WA 1O1WA 1QQCA 2WONA 3LANA 3ZSXA 4FJMA 4FJKA 4F4KA 4BWJA 4KO0A 3VQBA 4BE0A 3QEIA 4OVLA 3SQ2A 3AVBA 1TKZA 4AHRA 3HXMA 3OYLA 4DTNA 1UWBA 1D8YA 3BDPA 3DM2A 4DFPA 3AVFA 1RCHA 2RF2A 1HYVA 1TKTA 4RW4A 4BACA 4E7HA 5KRTA 3SI6A 4W5RA 5J1EA 2E6MA 3CQ8A 1RNHA 4GW6A 5KI6A 4CECA 4DS5A 1U4BA 5I3UA 3PV8A 4I7FA 1RTJA 1S1XA 4PY5A 3VQ7A 3K5MA 4AHCA 4CGFA 4O0IA 4UQGA 2G8VA 4KHSA 1T8EA 4Y1CA 4O0JA 2HHVA 4G1QA 3ZSQA 1NKEA 1NK0A 1C1BA 2QK9A 1I39A 4CEEA 4E3SA 1C0UA 3V81A 3V1RA 4Y1DA 1QHTA 3NAEA 3U3GA 4BE1A 3OVNA 4CESA 1CZBA 2DFEA 1VSMA 3EY1A 4DTUA 3VQ9A 4DTRA 4NCGA 1CXQA 4M41A 3SQ4A 2HHSA 1KFDA 4IFVA 1WSEA 4Z4EA 4QAGA 4IG0A 3LP2A 4HUEA 3QEPA 1TGOA 2VG5A 2QKBA 3I0SA 4FZYA 1RT6A 5CYQA 3H08A 4E1NA 3PUFA 3HVTA 4CGJA 3KK1A 3I8DA 2D0CA 1SKRA 4KREA 4CFDA 3LP0A 4IDKA 4KTWA 4B9LA 3T1AA 1IO2A 4NCBA 1XI1A 3K58A 1WSGA 3WNFA 3SZ2A 2HHTA 1SL0A 1RDBA 5C24A 3PX4A 4C8MA 1VSHA 1TV6A 1S6QA 4OGCA 1GOAA 3FFIA 4CJEA 5HP1A 5KGXA 1BL3A 1Q9XA 4DG1A 1TL3A 2QXFA 4K8ZA 1Z26A 2NUBA 1U47A 4KHQA 1RBUA 2Y1JA 4GVMA 3AV9A 1IHVA 1JLAA 4CF0A 1L3VA 4AILC 3DLBA 4GMJB 3OYKA 1NK5A 3MXIA 4CHPA 3NH2A 1HNIA 4CJ5A 2D5RA 4CJPA 3LWMA 2A1RA 4CK3A 4ZTFA 1XHZA 4O5BA 1NJWA 1D9DA 3VQPA 2P51A 1QSYA 4ZHRA 3TABA 3DLGA 4CGDA 1HQEA 3KLFA 3L2WA 3RMBA 3AA2A 3C6UA 3HM9A 3ASMA 4C8LA 3ZT4A 4KKOA 2X74A 1J9AA 3LALA 1C6VA 1ZBLA 4F3OA 3AVNA 1TVRA 4LSLA 3ALYA 2W42A 4J2BA 4F2SA 3PY8A 1EP4A 3MECA 2G8IA 4KFBA 4KPYA 4KHYA 3K5OA 1XC9A 2OYQA 2O4IA 5FRMA 4DQIA 4J2EA 4DMNA 1HRHA 2RKIA 3OJUA 1BGXT 1KSPA 4FJHA 4CIFA 1RTHA 1BCMA 1RT7A 2B6AA 2P1JA 3VQ6A 4JS5A 4DQSA 3HPGA 4FLUA 1TK5A 4Z4IA 1EX4A 1FK9A 3ZT1A 1HYZA 4NYFA 3M8SA 3KD1E 1WLJA 4M3WA 3ISNC 2KFNA 1U49A 2HNDA 3IS9A 4Z0UA 3AO4A 2OPPA 4XIUA 4IG3A 1BQNA 4JLHA 3CM6A 3HYFA 2YKNA 3TAPA 1RTDA 1B9FA 2R7YA 3THVA 3MEGA 4ZTJA 1EXQA 1QE1A 2ZE2A 3F9KA 4AHVA 5SZTA 1FKPA 3NH0A 4H8KA 2RPIA 4OKKA 1X9MA 3HSTB 3K2PA 2Y1IA 3B6PA 1K6YA 4E7LA 4ELTA 3OYBA 1Y97A 4CEOA 3EZ5A 3NBPA 3V9WA 1TKDA 1WSHA 2JGUA 1VSJA 2FC0A 2A1SA 3P83D 3KLEA 1IHWA 2XRIA 4H4OA 3SYZA 1B9DA 3QIPA 5J2QA 3PX0A 3UIQA 1NK4A 1NJYA 3SJJA 3OYEA 3RMCA 3HVRA 4B9NA 3NH1A 1U45A 4DTSA 1RBRA 3TARA 4FJ9A 3RR7A 1RDDA 1BIZA 1ASVA 2OA8A 2X6SA 1VSEA 3OYFA 1YTUA 4LH4A 4FJ5A 3PO4A 3QO9A 4Z4FA 4KRFA 3KTQA 4M3XA 3DOLA 1UA0A 4RG8A 4KB0A 1EKEA 4FJXA 5HRNA 1A5VA 2ATQA 3NF6A 4RW8A 3VA0A 1Q9YA 4FJNA 4CF1A 4PQUA 3NCIA 3VQDA 2G8FA 3TAEA 3U3YA 4O55A 1JLEA 3LPTA 3L2QA 3AO3A 4CJQA 5KGWA 3ZT2A 3E01A 1T03A 1N6QA 4NCAA 4M42A 1ZBIA 1CZ9A 3P5JA 5HRRA 1BISA 3VN5A 3DLHA 1KRPA 4BWMA 4CJ4A 3AVJA 4JRPA 3V6DA 1KCFA 3K5NA 4O4GA 1BI4B 2Z1JA 4OLAA 4ICLA 4EP4A 4DF8A 4KI4A 4CIGA 1ASUA 4CFBA 3NHGA 4M3ZA 3AVLA 4CJLA 4CEDA 5FROA 1IKVA 4BE2A 4FJIA 3DRSA 3SV4A 5I42A 4EZ6A 4CHQA 4B9TA 2GUIA 5C42A 1KFSA 4B9VA 4DFMA 4CEBA 3VQ4A 2Z1HA 3DLEA 1JLCA 3NGIA 3MEDA 3S9HA 2HW3A 4B08A 5KTQA 4QOZB 4CF9A 1IKYA 3WNGA 4M3YA 1DTTA 4CERA 3NF9A 3DMJA 2YV0X 3L2RA 1RT4A 2IOCA 3SPZA 3ZSYA 1VSKA 1DLOA 3D45A 2WOMA 3LWLA 4DSLA 1ZBHA 1RILA 1CXUA 4CJKA 1BI4A 3DRPA 1F21A 4B9SA 1D5AA 3V9ZA 1S1UA 4OPJA 4CK2A 3OYAA 3V9SA 3RRGA 4HUFA 4KB1A 4FYDA 2VG6A 4CEZA 1NK7A 3AA5X 1KVBA 2FBYA 2G8HA 3HPOA 3OJSA 2HB5A 3HT3A 3TANA 1TK8A 3QESA 4FW2A 3EYZA 3DYAA 1NOZA 2FBXA 2GV9A 3AVCA 1UOCA 4CF2A 3OYGA 4LH5A 3RRHA 1FXXA 1BQMA 1XHXA 4FW1A 3OYCA 2KFZA 2G8WA 2HMIA 2HVIA 2BE2A 1KLMA 4I9QA 1JKHA 3HJFA 2LSNA 3P1GA 4CFAA 2EX3A 4DQRA 1CLQA 3AVIA 4HTUA 2BGGA 1T7PA 2KZMA 4RW7A 4CJUA 1LAVA 3RMAA 3MXJA 2G8KA 4FLTA 4BDPA 3OYHA 3RTVA 1TAQA 2XY8A 2Z1IA 3TAGA 4KTZA 4IBNA 4M3RA 3QERA 1S1TA 4O44A 3O4NA 1JLQA 4Q5VA 3OS0A 4I2PA 3ZSOA 5FRNA 1QMCA 1J54A 1S1VA 4CJWA 1RDCA 4C8KA 3OS1A 4NYNA 3T19A 1IKWA 2YNFA 5JS2A 3QETA 1X9SA 1KTQA 5JS1A 1YT3A 3DLRA 1HQUA 1VSLA 1RTIA 4ID1A 4FK0A 4KHUA 3D0PA 4FK4A 1BIUA 1QSSA 1L3UA 3VQEA 4MFBA 2YNGA 4CGGA 4CK1A 1ZBUA 2HNZA 3AO2A 3WNEA 2VG7A 2YNIA 4DQPA 1EETA 1LWFA 3CFOA 4W5OA 5J2PA 2FBVA 4HCCA 1YVUA 4FJLA 4R5PA 2AJQA 1RBSA 3NDKA 1RT3A 3L3VA 3ZSZA 3O3FA 1FKOA 1VSIA 1NKCA 4KTQA 4Z4CA 3LPUA 2BDPA 4J2DA 4M3TA 3HO1A 1NOYA 3G0ZA 1MU2A 4OKJA 2RN2A 4W5QA 2XY7A 5DK5A 1GOBA 3DOKA 4JS4A 5SWMA 4IFYA 4FLXA 1J5OA 4DU1A 1JLFA 3SQ0A 4IKFA 1HNVA 2EHGA 2X78A 1KVCA 4Q0BA 1G15A 1SKSA 1SL2A 3ZSVA 3SUNA 3KK3A 3OYDA 1QSLA 4EP5A 1C0TA 4FJ7A 4N76A 4FJJA 4KV8A 2KTQA 1NJZA 3WNHA 3V9UA 3ZCMA 1JLGA 4FM0A 5HBMA 4HCBA 1IKXA 1WSFA 2IS3A 3LDSA 4DWIA 3PX6A 1WSIA 2OPRA 4FLZA 2GBZA 2OPSA 1DTQA 3KD5E 1JXEA 3C6TA 5HRSA 3NF8A 1U48A 2HHQA 3CG7A 3M8PA 4YFUA 2XHBA 3CM5A 3AA3A 4OLBA 4M3UA 4CJRA 2O4GA 1Z25A 2E6LA 2YNHA 4CHZA 3RR8A 2P5OA 4B9UA 3TAQA 4CHNA 1WN7A 5D7UA 1N5YA 1UA1A 3DLKA 4C8NA 4CFCA 3KLHA 4L8RB 1C6VX 1X1PA 1S6PA 3IRXA 1RT2A 3KJVA 3KKSA 2HHWA 1C1AA 4CEQA 3OY9A 4HHTA 3LAKA 3LAMA 2YHBA 4CHYA 4E1MA 1LWCA 4CEAA 3G10A 3OYNA 1NJXA 1LW0A 1WSJA 1XWLA 2B4JA 2OPQA 3SNNA 1ZBFA 3SCXA 3ZT0A 3K59A 3HP9A 5FDLA 4DF4A 3RWUA 4PWDA 4ID5A 4E7JA 5EU7A 4DSJA 3TWHA 3LZIA 1WNSA 3VQ8A 1VSFA 3QINA 4FCYA 4AH9A 2XY5A 1SL1A 4N56A 4DU3A 1VRUA 1VK0A 3HL8A 1A5WA 2B5JA 3V9XA 3IAYA 2G8UA 2DTUA 4OJRA 1JL2A 2KZZA 4FLYA 1C0MA 3ZT3A 4CF8A 1BCOA 3OYJA 3CFRA 3AVKA 3RMDA 4CIEA 5T7BA 2BANA 1NK6A 3KKRA 5C25A 3AO5A 2QKKA 1S9EA 3S3OA 4FM2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3JXUA 5AZJA 1IXDA 4J5YA 2QTDA 3CQYA 5IN1A 3LP3A 3MN5A 4BROA 3NGZA 2KT1A 2XY6A 4AG2C 5IHNA 3MK6A 3FC3A 3QLHA 2QDYB 1HPZA 3C6HA 5HY6A 1VQNQ 2QA4N 4M45A 4CJSA 3VS0A 1VQ4Q 1BHLA 4I2QA 4M78G 4AHTA 5D3GA 2RJCA 1N8RU 1VQ8A 5LL6Z 2KW4A 2JLEA 2OTLN 3JSMA 4OGEA 5D6WA 1GLCG 4DTXA 1AHJB 4C8QA 4BC2A 1MUZA 1VQ7A 1TUDA 1IG9A 1U04A 2FZGB 4J6YA 3QNNA 2JMAA 4F8RA 5CZ1A 4HVJA 2VCPA 4AHUA 4ISEA 2LDMA 1EZZB 4CJVA 3CC4A 3HHTB 4FZZA 2DEUA 2IVPA 4JRIA 1X69A 5E41A 3EG1A 1AZEA 3L6QA 2KT8A 3QEWA 2DD5A 2YHXA 4DTPA 2MIOA 2HQHA 2Q3SA 3UKUA 1WJQA 5HK0A 4LSNA 4DFJA 2RO0A 2ZGWA 3CJAA 3I55Q 4XTWA 2LP5A 3JCMb 4E47A 1TYQA 2Q2RA 2YHAA 4BC5A 3L42A 3EO3A 5C12A 2K3XA 3J7YP 4M77C 5CYMA 3THYB 3LM9A 3A5OC 4K8XA 2D4WA 3I35A 1SKWA 2D1KA 4YTLA 1NGIA 4CCHA 4F3TA 1S72A 3JCMW 1IGUA 4X64K 2NUZA 1MV0B 4PJOF 3G6EA 4E19A 1P92A 4NS5A 1RBVA 1NBEB 1JL1A 2ROTA 3A98A 2P9IB 5CZ2A 1OQKA 3I8BA 4GNIA 2IVOA 1ZYQA 3WVDB 4Z4HA 4LF5K 2BH1A 3EFSA 1KXPA 4DQ8A 1OZ3A 3ENBA 3JCMe 3M6GA 3ZSRA 5HLFA 1G83A 2RHUA 4C8QE 3CMAA 1M3AA 2O8EB 2FRYA 4YOTA 2O4XB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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