1C6VA

Siv integrase (catalytic domain + dna biding domain comprising residues 50-293) mutant with phe 185 replaced by his (f185h)
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
159
structure length
148
Chain Sequence
NSDLGTWQMDCTHLEGKIVIVAVHVASGFIEAEVIPQETGRQTALFLLKLAGRWPITHLHTDNGANFASQEVKMVAWWAGIEHTFGEAMNHHLKNQIDRIREQANSVETIVLMAVHCMNHKRRGGIGDMTPAERLINMITTEQEIQFQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna binding protein
molecule keywords PROTEIN (SIV INTEGRASE)
publication title X-ray structure of simian immunodeficiency virus integrase containing the core and C-terminal domain (residues 50-293)--an initial glance of the viral DNA binding platform.
pubmed doi rcsb
source organism Simian immunodeficiency virus
total genus 42
structure length 148
sequence length 159
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1c6vA00
1TKDA 1BISA 1RT1A 1D5AA 3OYEA 2G8KA 3RTVA 4B9UA 4DSFA 1ZBHA 1N6QA 4AHUA 1C1CA 4OPJA 1SKSA 3NF9A 1ZBFA 4DFKA 4M3XA 1R0AA 2O4IA 3L2WA 5C24A 3KLGA 1TK5A 1ZBUA 4H4MA 4FJXA 2P5GA 1FKPA 2G8UA 4DU3A 1IKWA 1KVAA 3U3GA 4DQSA 1ITGA 1EX4A 1U49A 2LSNA 1NKEA 3V1QA 4BDPA 4M42A 1LWFA 1U04A 1RDAA 3D0PA 4C8MA 4LD0A 4FM0A 2HHTA 1JLBA 3VA3A 1KSPA 1JLQA 3KTQA 1LW0A 3TANA 2WONA 4CF0A 4FJ7A 4KHSA 4GMJB 3AVIA 3TAFA 1RTIA 2DFEA 3V6DA 3QIPA 4DTSA 3G10A 4UQGA 4Q5VA 4PQUA 4ZTFA 1HQUA 4W5OA 3EYZA 4C8OA 2KFZA 4FJ8A 1QHTA 3C94A 3SI6A 3QESA 1L3TA 1C6VA 4DS4A 2QK9A 3MEGA 3VQ6A 4E19A 4EP4A 1BI4A 3VQ9A 3OYIA 2Y1IA 3EY1A 2G8FA 4FJIA 4JRPA 4PUOA 2FBXA 4QCLA 4EZ6A 3O4NA 1TKXA 4OLAA 3SV3A 4Y1CA 3OYNA 4M3UA 3FFIA 1BHLA 4DTNA 3WNGA 2DFHA 5I3UA 2X74A 3ZSZA 2PZSA 3ASMA 2DFFA 1JL1A 3M8QA 1TVRA 5HRNA 3AVJA 5J2NA 1RTDA 2G8VA 4CHZA 5T7BA 1HYZA 4M3YA 5J1EA 2IAJA 4CK1A 3OYCA 1VSIA 3CFRA 4JRQA 1CZBA 4HTUA 4KB0A 1C0TA 5KTQA 2R7YA 4N41A 1SL2A 3AO3A 2PY5A 1A5VA 4AHCA 3OJSA 4J2DA 2O4GA 4FJNA 4IFVA 2FC0A 4GVMA 4I2QA 3F73A 5CYQA 1SUQA 4KI4A 3HJFA 5FRMA 4IG3A 4CIEA 2YKMA 3AV9A 4CFCA 3DMJA 2HHXA 2HNYA 3AO5A 4ZTJA 3TAQA 2RPIA 2I5JA 4CGIA 2NUBA 3I0SA 4F4KA 3DLHA 2FBTA 3QEIA 3VQ7A 4ELTA 2G8HA 1D9FA 2A1RA 3HXMA 3T3FA 1RBUA 3RRHA 3RMBA 1B92A 3V1RA 4CFDA 3MXIA 1X9WA 1J5OA 1ZYQA 4DSLA 1WAJA 2RN2A 3ZSYA 3NH1A 4B8AB 1FKOA 3G0ZA 3KKSA 4KTZA 1FK9A 1TK0A 1QSYA 3SQ2A 3NHGA 2E6MA 4E7KA 3U3YA 1Q8IA 2ATQA 2YV0X 5CY4A 5HRSA 2ETJA 4RW8A 2VWJA 1I39A 4CIGA 3P5JA 4CJFA 4CJRA 3OYLA 3QEWA 1NKCA 3AO4A 1KVCA 2YNGA 2F8TA 2YHBA 5JS2A 1KRPA 3AO2A 4CHYA 2OPRA 4FZXC 1T7PA 5HP1A 4I9QA 1IKYA 1Y97A 2Z1IA 3ZSOA 1J53A 1JXBA 3L3UA 4E7HA 2IDOA 4AHTA 4OPKA 4EP5A 1EETA 3K5OA 3OYAA 3OS2A 4HUGA 4RW7A 1ASVA 2EX3A 2X6NA 4M3ZA 4FLTA 3RRGA 4CJUA 1NJYA 1WSEA 4CGFA 3OYBA 1T8EA 1EKEA 3VQEA 3HK2A 4CE9A 2G8WA 4DSKA 4CEBA 1YTAA 4DQQA 4CEEA 4CFBA 4CIFA 3QEPA 3SNNA 3QO9A 3KLEA 3LZIA 4BE2A 1XI1A 3KLFA 1Q9YA 4M3TA 3ZT3A 4E7JA 1EP4A 5K14A 4E0DA 4FJMA 3S9HA 4CJPA 3KJVA 3V9SA 1SKRA 1TAUA 4AHVA 3IRXA 2HHVA 1RBSA 1NK9A 4FJHA 4NYNA 2B5JA 4I7FA 1JLCA 5HRPA 1KCFA 1YT3A 1YVUA 1VSLA 3A2FA 3OS1A 4E7LA 3V9UA 3SUNA 4M3WA 3ALYA 3K57A 3V1OA 4CF2A 1HYVA 3NGYA 4J2BA 1S1WA 1B9DA 4IBNA 1WSHA 3L3VA 1IKVA 3LANA 3TAMA 3HPOA 5CYMA 3TAEA 3KD5E 2HHUA 3AVLA 1BGXT 1X9SA 3HL8A 3TI0A 3ISNC 3OY9A 3DOKA 4B9VA 1VSMA 2OZSA 4CEZA 4KB1A 3HPGA 4DTMA 1WSGA 1WSJA 4FZYA 3SV4A 3C95A 3ZT0A 3QINA 1NK5A 3UIQA 2A1SA 3LPUA 3M8RA 4FLYA 1HRHA 3B6OA 3T19A 4O5BA 3AVBA 4Q0BA 1RT4A 3VQDA 4FM1A 3TARA 2HB5A 4RG8A 3AA5X 4I2PA 5KRTA 4PWDA 3MECA 1UAXA 4OJRA 3O3GA 1SL1A 1S9EA 4KFBA 4LSNA 4DWIA 1KVBA 4CJ4A 4CGGA 1IKXA 4YNQA 3NAEA 4NCGA 2HMIA 1LAWA 2XY7A 1KTQA 4JS4A 4HUFA 3ZT1A 1Q9XA 2KZMA 3LP3A 5SZTA 3WNFA 1D8YA 3SUPA 1HMVA 3AVCA 3LZJA 1IG9A 3TABA 1HJRA 3LP1A 5E41A 3SUQA 3LWLA 4O0JA 4FLWA 3DLGA 4NCBA 1RTJA 4MFBA 4B9NA 3KLIA 3MXMA 3ZT4A 2DY4A 1RDBA 3EZ5A 3DLEA 4DTRA 3MXJA 4MQ3A 4OGCA 3SPZA 4JLHA 5KI6A 4CF8A 1NK8A 1C0UA 2ITGA 1NOZA 3NF8A 3KIOA 4B8CA 1UOCA 4CJ3A 1RBTA 4ELVA 3MEDA 4F3TA 1C0MA 2KFNA 3THVA 4QOZB 1F21A 3AO1A 3NH2A 4J2EA 3IG1A 4DQIA 3V9ZA 1NK6A 4CESA 2KZZA 4DTJA 2HHQA 3NGIA 1U47A 1WN7A 2P51A 3PX6A 4CJVA 1KLMA 1NKBA 4FXDA 2WOMA 2XY8A 3MEEA 3PX4A 1G15A 4BWMA 4FJJA 1JLGA 3AVMA 4W5TA 4O4GA 1QQCA 1L3VA 4DFJA 3HP9A 5CZ1A 1KFSA 1TKTA 4OVLA 3PY8A 3H08A 1DTTA 3PO5A 3LALA 4FJ5A 3PV8A 4F2RA 1DTQA 4DG1A 3DLKA 4HHTA 1ASWA 3LWMA 3VQAA 2D5RA 1JKHA 1TL3A 3ULDA 1L3SA 2KQ2A 4CF1A 3AVAA 4FJKA 4CJKA 4Z4IA 4LH5A 2B6AA 2GUIA 3SQ0A 4IKFA 1KFDA 1VSHA 1VSFA 3OYKA 4IFYA 4FCYA 3RMDA 3DRPA 3NH0A 1WSFA 1NJZA 3C6TA 3SQ4A 1U4BA 4DTUA 4HCCA 3VQCA 3HT3A 3OYMA 4CJLA 1TV6A 2XO7A 3L2RA 4G1QA 4ZHRA 4B9MA 2HVHA 3HVRA 2YKNA 3OYJA 4DFMA 1RT3A 4BWJA 4E1NA 1B9FA 2PYLA 4RW4A 4KTQA 3HSTB 4CJTA 4R5PA 1LAVA 4OLBA 3S3NA 5HRRA 4CHOA 2BGGA 1W9HA 3AA3A 2W42A 3CFPA 4LH4A 3HO1A 3HYFA 3LAKA 3ZSQA 3AA2A 4CJSA 4XIUA 3KK3A 4DF4A 1NK0A 3OVNA 3RR8A 1VSDA 2FBYA 3QLHA 4DS5A 2OPSA 1KLNA 3OYFA 4FYDA 4HUEA 3SPYA 3DOLA 4CJQA 5HLFA 1HNVA 3IAYA 2Z1JA 1TK8A 1REVA 3NCIA 1A5XA 1TGOA 2Z1GA 3V9WA 4KI6A 3KKRA 4L8RB 2RF2A 4LY7A 3AVHA 4BDYA 4DF8A 3TAPA 5D3GA 1HYSA 1C1BA 2G8IA 3KK1A 3VA0A 4W5QA 3KLHA 1WSIA 3DM2A 3I8DA 1BQMA 4ICLA 4IG0A 5HBMA 3PX0A 2HNDA 2HNZA 3CYMA 4C8KA 3QNOA 4Z4HA 4FK2A 3C6UA 1BI4B 4KO0A 4W5NA 4CERA 4FLXA 3P1GA 3DRSA 1VSJA 5KGWA 4FK4A 3M8PA 2XHBA 3KK2A 2HHWA 2HVIA 4DFPA 1RT6A 2D0CA 1CZ9A 2OA8A 1BCMA 4RW9A 4CF9A 2D0BA 1NK4A 3KD1E 4BE1A 4M41A 4C8NA 1L5UA 1UWBA 3OS0A 3K5NA 4FW2A 3VQ5A 2EHGA 3ZSVA 2VG5A 2YNFA 2ZD1A 4E7IA 4FJ9A 1RBVA 2IS3A 3SCXA 5KRSA 4OKEA 2IC3A 3I0RA 3DYAA 3PUFA 2PYJA 4JS5A 3V81A 3DLBA 3O4QA 3M8SA 3BDPA 4O0IA 4KAZA 5FDLA 3RMCA 1FXXA 1VK0A 4DTOA 4ELUA 1S6PA 4Z0UA 4KHYA 4B08A 1NJWA 4NCAA 1RDCA 1BQNA 3RMAA 2Q3SA 1JXEA 3HP6A 4B9LA 1CXUA 3AVKA 1ASUA 4ID5A 3CQ8A 1RBRA 4N47A 3AVGA 4LSLA 3V4IA 4EZ9A 3DI6A 1BCOA 5J2MA 1SKWA 4KHWA 3QETA 4DSIA 3K2PA 1S1XA 4RW6A 2RKIA 4CJ5A 3O3FA 2XY6A 1W0HA 4H8KA 3L8BA 1I3AA 1HQEA 3SJJA 4DQPA 1TAQA 3K59A 1JLAA 3LAMA 2QKBA 4KRFA 4BACA 4FLZA 2P1JA 3E01A 4CEAA 2P5OA 3RR7A 4FK0A 1ZBIA 3PO4A 1RT5A 4I9LA 1XWLA 4FZZA 5FRNA 1SV5A 1D9DA 1S6QA 3L2QA 4KHNA 3VQPA 4KHUA 2HW3A 4IDKA 1U48A 3ZSXA 3ITHA 3LP2A 3OYHA 4KTWA 3L2VA 2GV9A 4CK2A 4B9TA 2KW4A 3OYGA 5SWMA 4DMNA 4HVJA 4CGJA 3JSMA 1HPZA 2JGUA 1ZBLA 4N76A 1A5WA 1VSKA 3LP0A 2ZQBA 4CCHA 4J2AA 3NF6A 3L2UA 3VQ4A 4CHQA 5DK5A 2OZMA 5EU7A 2IGIA 4BDZA 1RT7A 4YFUA 3NGZA 4E3SA 3TAGA 1QTMA 4H4OA 3TR8A 3VQ8A 2OYQA 2X6SA 2QKKA 3DLRA 3LDSA 4AHRA 3S3OA 4PY5A 2VG7A 3QERA 2VG6A 2E6LA 4E89A 3OJUA 5KGXA 3K5MA 4CK3A 3NF7A 4Z4EA 2DTUA 2FBVA 1TL1A 1T05A 3AVNA 3IS9A 3ZCMA 4C8LA 1S1VA 1DLOA 4ID1A 4M45A 4TSXA 1QSSA 1EXQA 4FW1A 4CHNA 1LWEA 4KKOA 4OKJA 4DTPA 4DU1A 3U6FA 4OGEA 2XY5A 5JS1A 2D0AA 1BIZA 4CJEA 3QEXA 3RWUA 1HNIA 1UA1A 4B9SA 4KPYA 3HPHA 1O1WA 4FVMA 4Y1DA 2YNHA 3VQQA 1MU2A 5CZ2A 1RILA 2BE2A 1J9AA 3ZT2A 1L3UA 1N5YA 2F8SA 1LW2A 5C42A 2ZE2A 3K5LA 1C1AA 4N56A 3K58A 4K8XA 3BGRA 1XC9A 4WE1A 3B6PA 4CJWA 1J54A 4DQRA 4Z4CA 2B4JA 1RTHA 1RT2A 1S5JA 1TKZA 1U45A 1RNHA 1S1UA 3HVTA 2OPPA 1VSEA 3O3HA 4E1MA 4F3OA 1K6YA 4AH9A 4KHQA 4B3OA 4GW6A 4CGDA 4FM2A 4Z4GA 4NYFA 1GOAA 3CFOA 4DLGA 4FLVA 1BL3A 1BIUA 2QXFA 2XRIA 2F96A 4FLUA 4QAGA 4CEQA 1YTUA 2BANA 4F8RA 4CEDA 3V9XA 4CHPA 1QE1A 4PA1A 3AVFA 1GOCA 1QSLA 4DTXA 4OKKA 4FJGA 1CXQA 4FJLA 4HCBA 4KREA 5J2QA 3NE6A 1S9GA 1Z25A 3NBPA 4KV8A 1NOYA 5FROA 3SZ2A 1VRUA 4BE0A 1JLFA 4DU4A 2BDPA 1QS4A 1WAFA 3SUOA 5DMRA 5J2PA 2IOCA 4CGHA 1T03A 1LV5A 3QIOA 2YNIA 1CLQA 4F2SA 4N5SA 4M3RA 3CM5A 4Z4FA 3JYTA 4W5RA 3QNNA 2JLEA 2AJQA 3D45A 2OPQA 4DSEA 3WNEA 3HM9A 1JLEA 1WLJA 2KTQA 3OYDA 3NFAA 3VQBA 1RDDA 3NDKA 3SYZA 3S3MA 1JL2A 5I42A 2Y1JA 3F9KA 1XHZA 1Z26A 4CEFA 4O55A 1GOBA 5C25A 1XHXA 1S1TA 3CG7A 2E4LA 3LPTA 1NJXA 2VWKA 4O44A 1UA0A 3CM6A 1IH7A 2X78A 3T1AA 3VN5A 4CEOA 1X1PA 3TWHA 4DLEA 3WNHA 3SQ1A 3ZSWA 1X9MA 1IO2A 4CFAA 1NK7A 1RCHA 4K8ZA 4CECA 2YHAA 2Z1HA 3ZSRA 3AA4A 3QEVA 2GBZA 5HROA 3P83D 4AILC 4DSJA 1VRTA 1LWCA 3MAQA 2HHSA 1SL0A 4AHSA 1WNSA 3DRRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C6AA 2JWLA 4AHUA 1C1CA 3IDHA 3T7ZA 1SKSA 4M3XA 3LDPA 1N33K 4WQ5C 4CZMA 4DU3A 2DPNA 4DQSA 1NKEA 3V1QA 1LWFA 1U04A 3VA3A 2VCPA 1JLQA 1VAZA 2QWQA 3O9RA 3THWA 2O8BB 1RTIA 2Q1NA 4FO0A 3V6DA 3QIPA 4NO7A 1I94K 1DEJA 4PQUA 4ZTFA 1HR0K 2KFZA 4C8OA 4M7XA 2HOEA 4DS4A 2Y1IA 4JAXA 4E19A 2G8FA 4FJIA 2ZJQL 4QCLA 4EZ6A 3O4NA 3SV3A 3FFIA 3WNGA 3C0BA 3J7YP 3M8QA 1TVRA 5HOOA 5J2NA 1RTDA 5T7BA 1HYZA 2GUPA 3EE8A 1NGIA 4CZEA 1VSIA 4O8UA 1CZBA 1C0TA 3M1FA 4N41A 3E1YA 1QVFM 2PY5A 1A5VA 5AQUA 4FJNA 1T6DA 4IFVA 2HF3A 1SUQA 4LFBK 3LM9A 2E1ZA 4FVUA 3CCEN 3THXB 2HHXA 2HNYA 3P31A 3AO5A 4CGIA 2GWKA 2NUBA 4F4KA 1NG9A 3QEIA 1NGCA 4ELTA 2A1RA 1ZBSA 3QBXA 3SMPA 1RBUA 3T3FA 2Q31A 3DJCA 3V1RA 4CFDA 1TYQB 5AQLA 4KTZA 2E6MA 1Q8IA 3KVGA 2ATQA 1QZ5A 2YV0X 1LOTB 2VWJA 3UKUA 4CJRA 2YNGA 4H0XB 1KRPA 4CHYA 4FZXC 5HP1A 2P9LA 4I9QA 1JCEA 4FOIA 3L3UA 2NRRA 4AHTA 1GLAG 3OYAA 3F5TA 4H0YB 4RW7A 2X6NA 4FLTA 3RRGA 4CJUA 1WSEA 4CGFA 4EFHA 1T8EA 1EKEA 3T69A 1S22A 3CI5A 4QS7A 4CEBA 3CC7N 3D7EO 3QEPA 3SNNA 1Q9YA 3ZT3A 1EP4A 5K14A 4E0DA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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