1C9D | Genus

Total Genus 95

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	266
structure length	264
Chain Sequence	ERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSRSGVTGAENRGPLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	TRYPTOPHAN SYNTHASE (ALPHA CHAIN)
publication title	Crystallographic studies of phosphonate-based alpha-reaction transition-state analogues complexed to tryptophan synthase. pubmed doi rcsb
source organism	Salmonella typhimurium
total genus	95
structure length	264
sequence length	266
ec nomenclature	ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date	1999-08-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00290	Trp_syntA	Tryptophan synthase alpha chain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1c9dA00

3N19B 4NX0A 4WQ6A 3M0ZA 4U4MA 3CPRA 1W1ZA 1YPIA 3EWYA 2YSWA 2CWNA 2ABAA 3ZR4A 5LNRA 1IXNA 1NF0A 2GVJA 1VHCA 3LTPA 3M5VA 3MUXA 2ZDRA 2BZNA 3NYZA 4O1BA 4IX2A 5KZEA 3W71A 4HSNA 1YDOA 3NQ7A 2WJZA 5G4WA 4K39A 3LRLA 3SZ8A 2FQIA 2ATMA 2C3ZA 4QAIA 5IM51 1WYIA 4MZ8A 1GG0A 5J5DA 3PUDA 4JTSA 1GTHA 4AB4A 1F2JA 4CNPA 5FF4A 4GJ1A 4UFIA 1ZAJA 2C19A 4FNUA 3RK8A 3EX3A 4KFOA 3A5FA 4N2YA 3G8RA 1ALDA 1ZHAA 4NNAA 2V9DA 5H2ZA 3S1VA 1TTIA 3LI1A 5C2XA 4CCDA 5F4XA 5LSMA 3IIVA 3WK2A 4IXXA 1UBSA 4X3ZA 1QO2A 4YCOA 3HQ1A 1W3TA 4UFHA 1OYBA 1TQJA 3RU6A 2FJKA 1OX4A 2ZRZA 5HUPA 4M6QA 3P84A 3LCHA 2Y6ZA 2FPVA 4CCEA 4O8RA 3B04A 3FJ6A 3NQDA 1W5OA 3NO5A 2G95A 3TNOA 2EGZA 1JUEA 1TPVA 3NA8A 1DBTA 1TPUA 1HG3A 4NZFA 3IIPA 2A7PA 2WV8A 4JIQA 1XUUA 1JR1A 2Y7GA 2NXIA 4MLJA 3WJWA 4YXGA 4XQ6A 5HNRA 1GTEA 4HPJA 5TIMA 1WOBA 2X2GA 1OF8A 3N9RA 4AHQA 3O06A 2G97A 3EWWA 2WPBA 3I7SA 3GIYA 1UUMA 5DBUA 1Q6QA 3NOEA 5KITA 3QPYA 1W8SA 4MVAA 1W5NA 3VNDA 4GC4A 2X30A 1P5BA 4JY8A 3KRSA 4H3DA 2ZZ2A 3NQ6A 1AK5A 3TSBA 4QITA 4HNTA 1G67A 4XKYA 2QKFA 2X1SA 2J88A 4LUJA 4EF9A 1H7PA 3N2MA 1P0KA 3O07A 3CEUA 1QPQA 4X2RA 3R5EA 1VH7A 2QCFA 1GVQA 5F2IA 1RQEA 3LBMA 3GNNA 4WXYA 5HINA 1F6KA 4JICA 4YMZA 1B4KA 1DKWA 4UMCA 4GUIA 2NXGA 3VE7A 1MZHA 4KWWA 3W3OA 2RKXA 2QCMA 3BGGA 1AW1A 1KLZA 4UTLA 2VEKA 1S3HA 3VFLA 2QEZA 2NZLA 1RVGA 2QCNA 5D2WA 4M6PA 3UWZA 3NQCA 4DELA 2O7SA 4Z1CA 4N4PA 1TPWA 4IWWA 4GRSA 1DQWA 1ICQA 3OVRA 1KM4A 4D2JA 1HL2A 3HG2A 1KFBA 4I7UA 2DJXA 4O4VA 5EKYA 1TO3A 3NPUA 1DJQA 1CX9A 3GDMA 2FB3A 4PA8A 5I3HA 1YXCA 4Y9AA 3AO0A 4IMGA 2YXGA 2R8WA 1I2OA 1W37A 2PRHA 4PH6A 2R91A 1SU5A 2VFHA 4U28A 3W73A 3O1NA 4LVFA 3W1RA 3I7QA 4B5NA 2OT0A 2BSLA 3SFKA 2A5HA 1K8YA 1DV7A 4J9JA 3TAKA 2ATSA 5D05A 2Y7EA 4NNBA 4UTTC 5KTLA 3DI1A 1JUKA 1D3GA 4IPIA 2WNZA 4ICNA 5HJLA 4POCA 2KZHA 2Y89A 5HQEA 2VFDA 3EWBX 4ADSA 2B4GA 3CHVA 1BWKA 3STGA 4HPXA 5C54A 3A5VA 3GAKA 3NL2A 4O17A 4S2CA 2C14A 1GG1A 4UTMA 1GT8A 1OVDA 3UZ5A 1FY6A 1VC4A 2TRSA 4AMAA 3A24A 2XFWA 3TR2A 5KSWA 5BNKA 4Z08A 1ME7A 4ZQRA 3L65A 3MJYA 4CLMA 3W7CA 4UFLA 2VKZG 1QCWA 4C1LA 4R53A 1JJKA 4UUIA 4E2BA 2OT1A 5K7JA 4JTGA 3T78A 2B7QA 3S42A 2YFOA 1TSIA 3MI2A 4X9SA 3HOJA 3TX9A 2HSAA 1G4SA 3DFPA 4OU1A 4Z0SA 4DQWA 3O6CA 4MIMA 2QCCA 2A7NA 4MFEA 1KV5A 5FF3A 5KZMA 3NG3A 3W22A 3FJLA 5LKYA 2Y7DA 1W3IA 5AC7A 3LV6A 3QF0A 1FX6A 4UTUA 3QYQA 1SO5A 1TIMA 3HMJG 3IIXA 2TMDA 3UYCA 5D33A 3W7NA 3B4UA 4OT7A 3VCRA 3C0JA 1G6CA 2WSYA 4RCXA 3FYOA 1DHPA 3RLUA 3S1WA 1ZAIA 1O94A 4HHPA 3QW4B 1SSGA 1NAL1 2ISVA 1NSJA 1SQ7A 2P0OA 5DY3A 5HULA 4A2RA 1PL9A 4I7WA 3S5OA 2ZQ0A 2ZZ4A 1H60A 3G1XA 1KFKA 1LBMA 3NNTA 1CI1A 1AMKA 1VYRA 4XUGA 2I1OA 4LV4A 1BWLA 3H55A 3YPIA 1H51A 4FO4A 2CZ5A 3QFEA 3GDKA 4IOTA 2VELA 1SFJA 2ZCGA 1M7PA 3GXNA 2A0NA 5DXXA 3FKKA 3QMTA 2B7PA 1S5WA 3LERA 1VGAA 1GQNA 1LZOA 1QPRA 2VEMA 3S8HA 5K4ZA 1C9DA 3GKFA 1LOSA 1JCLA 3C2RA 1FQ0A 3UWWA 3HBLA 4XBKA 3W76A 2NUYA 3EX6A 2CLEA 2Z1BA 4P61A 3W2NA 4MZYA 4BI5A 4JYFA 3P60A 1O5KA 2DP3A 3LX9A 3SW6A 3WJXA 1GOXA 1H62A 1VCGA 1NFBA 1H7NA 3OA3A 4IMFA 1KTNA 1F05A 1W3NA 2GUUA 2Z2UA 4WUIA 3TC7A 4JYEA 1FBAA 2CLOA 1UCWA 1VYPX 2ABBA 3TK7A 3W9ZA 1M6JA 4P2VA 5AYYA 2V81A 1QO5A 3N2XA 1AL7A 2Y70A 2GQ8A 4FEZA 4KWVA 3W1TA 4RXGA 3PR2A 1TTJA 3K30A 5H91A 1TPDA 2AQWA 3GDLA 5DBTA 1KA9F 2JKEA 3FEMA 4NVTA 1RQBA 1LROA 3EWXA 4CQ9A 3KRUA 3O6YX 3QEZA 3LRMA 3LV5A 1VLIA 3W1QA 3WJYA 4O11A 1TYGA 3DENA 3R13A 3KX6A 5F1VA 3L9CA 1W0MA 4ZQCA 2E6YA 4S1FA 3EX1A 4GBUA 4H4IA 2XN1A 2ZA2A 3UY8A 1SO3A 4O52A 2R14A 5AYXA 4O54A 3SJ3A 2F7FA 5LGXA 3W7QA 4RZ5A 1VHNA 3TC6A 3UWVA 3MP4A 1KM6A 1SFLA 3QSRA 1D3HA 3BG3A 6ALDA 3GZ3A 1NEYA 4HT3A 3QQ1A 3SY5A 4MPQA 4FNSA 1G4TA 3RF9A 1B57A 3EB2A 2CLKA 3BLFA 3W6YA 3TJLA 2OZ0A 2YDAA 4WZHA 3TSDA 1B3OA 1JCYA 1FWWA 5LGZA 4K6AA 3W7OA 1LBLA 1VCVA 2V82A 4NUWA 2Y85A 2P10A 4JD4A 3GDRA 3BPWA 3INPA 1OF6A 2E6DA 3W74A 1YTEA 5IBXC 1OHLA 5HR7A 4O4WA 1TQXA 2EPHA 3W1LA 5DN1A 3VI2A 3KOFA 1JCXA 4Q32A 1QMLA 2ZRVA 4A3UA 2X16A 3NR0A 3GR8A 3P61A 4HNVA 1XDMA 2CZDA 3MP5A 5SWUA 3SECA 3W2MA 1I8JA 3F1QA 5BRBA 1GVSA 1Z42A 1JCMP 1LLZA 4MJZA 3CQ0A 2CFFA 2ALDA 4MY1A 3KVLA 1XBXA 3HGRA 4AXKA 1XKYA 4LOCA 3LHYA 3C8FA 1X1OA 3IIOA 5MHBA 4O50A 3P5ZA 4UTTA 3HPSA 4DPQA 1M7OA 1SW7A 3DFNA 4TX9A 5LNSA 3UXAA 5FF2A 3UQNA 5EBUA 2QUVA 2H8XA 2TPSA 3ABQA 3GLCA 4DF2A 5FEWA 1UASA 1MEHA 2ZA3A 1FDZA 1GZGA 3OEXA 5CZ0A 3BARA 1S5VA 1Q6RA 3O15A 1DOSA 2QUUA 3LGEA 2NX9A 3PS7A 2V2HA 1H63A 4KFPA 1KM1A 4IX0A 2W6RA 3STEA 1PCWA 3NQVA 4WOQA 3EWUA 3NQAA 3W1MA 5G5IA 3G1VA 4ZQMA 3G3MA 4QNEA 4HIBA 1TMHA 1WBHA 3B06A 4WY0B 2WNNA 4NJGA 1Q3NA 4BI6A 1A5SA 5EPDA 2A2IA 4HKPA 4A22A 1LCOA 3SI9A 3EXRA 3LCIA 4OHQA 4DEFA 5LHFA 3G1DA 2NX3A 2ZRWA 4H6KA 1I2NA 1ZNNA 3DU0A 1O4UA 1A50A 1TB3A 3CIWA 1F73A 4LNYA 2Y88A 1SSDA 4QM1A 3GAYA 1P4CA 2OJPA 1H1YA 2YZRA 2DZWA 4LU0A 1H5YA 5TBOA 2ZFAA 3TQKA 3T40A 4IMDA 2LLEA 5AFDA 4YL2A 3LHZA 1SZEA 2H3BA 3MMTA 3G22A 3MI6A 2PCQA 5CSSA 3GXPA 1R2TA 2C16A 4HNUA 5AC8A 1O5XA 2A6LA 3DHFA 5AB3A 1FWTA 3DXIA 4ADTA 1IGSA 3MWAA 2NWRA 3C2OA 3L5AA 3MBDA 4GE8A 5BMXA 3W87A 1ADOA 2VEIA 3UXDA 4L4MA 3V1PA 3W84A 1LOQA 4K36A 2RDUA 1J4EA 4JIPA 5CPOA 4JDYA 1U83A 2ZZ6A 4QSHA 3PBWA 1TPC1 4QISA 4UTKA 4GUFA 2FFCA 2ZYFA 3DFQA 3W72A 1N8FA 1FWRA 3UWUA 1KTBA 4ML9A 1OFAA 5EA9A 1IXOA 1R47A 3IEBA 3C61A 1B9BA 2YW3A 1YXDA 2VFEA 2NLIA 5L6UA 2Q8LA 2H8ZA 2ZRXA 4O0KA 3W1XA 3PY2A 3TQVA 4K7YA 4E2DA 3LM7A 2NV2A 3IGSA 4N9EA 5G1TA 4ZL1A 4NJKA 1W5MA 3NDOA 4FF7A 2ZZ3A 5A5WA 2E77A 4O0ZA 1XI3A 1XUZA 4FXSA 3HG5A 3BGJA 5AHEA 1WXJA 3GXTA 1KM0A 3M16A 1LOLA 6TIMA 1GVFA 2B7OA 4TU1A 1XM3A 1PV8A 4OGZA 3PF3A 3R2GA 3L2IA 2E09A 2YR1A 1OYCA 1EB3A 1G7UA 3PC0A 4JTUA 4LW7A 3DKJA 4UC5A 1K8XA 1TV7A 1WBJA 3IGXA 4K37A 3B03A 1H7OA 1TCDA 4N6FA 1U5JA 1OYAA 5I3KA 3ATZA 4UFKA 2G5WA 5E1QA 4NJIA 3TSMA 3JRKA 1OK6A 3OBKA 1XBVA 3KAOA 4O1AA 4LC8A 1MXSA 3OG3A 3O05A 5LNUA 1SZNA 1M5WA 1TV8A 4OBTA 3GB6A 1TJRA 5F4WA 4M19A 3TDFA 5T26A 1W56A 1QR7A 3A23A 3NPWA 3CEPA 4NXKA 3W2LA 2EAWA 2YGYA 3QJAA 3D0CA 3MHGA 5D04C 3SGUA 2B0MA 3FS2A 2VENA 3TFXA 4OQVA 3KVMA 1Y0EA 3NZ1A 2WSRA 1OX5A 1ZY9A 2J9XA 3PBVA 2TSYA 2DU2A 4E38A 3S0CA 3JS3A 1XL9A 1TREA 2OX1A 5CPMA 3W88A 4TMCA 1LYXA 2QDGA 3LHWA 3W7RA 3B05A 4CNNA 1YDVA 3PSVA 5I3GA 1JQVA 3TFCA 3E12A 4JX5A 1Z41A 2CZEA 3CIXA 2CZFA 3TROA 3MO7A 4FB7A 1F6PA 4L4LA 4Y90A 5HMSA 4MY9A 4RZ4A 5EMUA 1FWNA 3E49A 2A6NA 1KM2A 5IBXA 1LLWA 3PBUA 4HSOA 3W1AA 4JX4A 2DZUA 5FI8A 4ZQOA 2FB2A 3LHVA 1LDCA 4AWSA 3NL5A 3KVKA 1RPXA 3N3MA 1N7KA 5F2GA 1QOPA 4GNJA 3ANYA 3MP3A 5AHNA 1T8XA 3MYPA 3P80A 4DO4A 1QDSA 3G3DA 4K7VA 4UTHA 1IIHA 4LVAA 4M7TA 2E6FA 4WY0A 1SR9A 3NPXA 3T7VA 1JQXA 4JYDA 3FKRA 1EWDA 3TW7A 4PC8A 5FEZA 4EVZA 4N4QA 2ZBTA 1KFEA 3SR7A 2WO5A 1RZMA 2JKPA 1EEPA 3E9AA 2JKAA 1PCKA 1XBYA 4O1CA 1DL3A 2Y61A 4PCFA 2YCEA 2NX1A 1SW0A 1TPH1 3W7GA 4ZVJA 2X1UA 2ZZ5A 5A8GA 3OIXA 2CLMA 2QCDA 1ML1A 3MHFA 3S5ZA 1FCVA 3G0SA 3WJZA 3L21A 2WSQA 4BK9A 4O19A 1ME8A 1H50A 3GYEA 4MKNA 3DFOA 5D2TA 1LORA 3HPXA 3TQ0A 1GVRA 4JTFA 1LRNA 4KFNA 4MLRA 1ZALA 1JVNA 2FDSA 3TH6A 1UB3A 1R30A 3DI0A 4UMAA 4ORIA 1GYLA 4CCCA 4A21A 3OVPA 5ABTA 3P8IA 2FLIA 1YXYA 3HG3A 4GUGA 5D38A 1EUAA 1K7EA 4NJJA 2AGKA 1XFBA 2HTMA 3TU9A 3TKFA 1GPWA 4OV4A 3KRZA 5DY2A 4KKXA 5HUOA 3C2EA 3L67A 1EX5A 4YWIA 3G18A 4OE7A 2BLEA 1HO1A 4ALDA 2YW4A 5F4SA 1PHWA 1THFD 1T0OA 3M7WA 1Z48A 4FXRA 2V5BA 1DJNA 3HGSA 1KTCA 4RV8A 1L6WA 3NAVA 1I4NA 1K8ZA 2QAFA 2ZTJA 1H61A 1CW2A 2D73A 3SIZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1C9DA

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