1CZ9A

Atomic resolution asv integrase core domain (d64n) from citrate
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
139
structure length
139
Chain Sequence
QIWQTNFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
publication title Atomic resolution structures of the core domain of avian sarcoma virus integrase and its D64N mutant.
pubmed doi rcsb
source organism Avian sarcoma virus
total genus 51
structure length 139
sequence length 139
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1cz9A00
4GVMA 4O5BA 4Z4CA 4HUEA 1NJXA 4FW2A 2QK9A 1CZBA 5KTQA 5KGWA 3D45A 4MQ3A 5KRSA 5JS1A 4M3TA 3DLBA 2GUIA 1NJWA 4F2SA 2F8TA 3DLKA 4FZXC 2YV0X 1L3UA 3OYMA 4M3WA 4E1MA 2YNGA 3HP9A 3NGZA 3ULDA 1ZBHA 4QOZB 3HL8A 4DSKA 4FM0A 4M3XA 3NBPA 3DOLA 4OPKA 4J2BA 2KFNA 3U3YA 4JS4A 1D9FA 4B8CA 3DRSA 3EY1A 1C1AA 1ZBUA 2A1RA 2YKNA 1WSFA 1O1WA 1VSFA 4I7FA 3KK2A 5HROA 4HCBA 5C24A 4F4KA 3L2VA 3DRPA 4CERA 4CJFA 2RN2A 4ELUA 3TAQA 5KGXA 1U49A 1EETA 4M3RA 4CIFA 4DTPA 1RBRA 3RRHA 5CZ1A 2G8KA 1HQEA 3CM5A 2VWKA 2FBXA 1IH7A 3NFAA 4ID1A 3T19A 3DLEA 4CJKA 4R5PA 3CFPA 1S9EA 5CY4A 4DF4A 3LZJA 4W5NA 1NK7A 3I8DA 4N56A 4W5RA 3O3GA 1GOCA 3P83D 4LY7A 4B08A 1KSPA 3OYCA 1VSDA 4BDPA 4Y1DA 1CXQA 4CGFA 3TAPA 3NCIA 4DTMA 1REVA 4E19A 4HCCA 1NJYA 2WOMA 4Z4FA 4FCYA 2DFFA 3OYEA 3VA0A 3T1AA 1FK9A 4Z4GA 3AV9A 1JKHA 3PX4A 4B9UA 4PQUA 4J2AA 2G8IA 1SL2A 2O4GA 3L8BA 1RDDA 4RW9A 1KVAA 5KRTA 3V1OA 1EKEA 4YNQA 3ZT2A 4DQIA 4W5TA 1HJRA 1JLFA 2E6MA 3L2QA 3AO3A 3VQ6A 4DTOA 3TI0A 4TSXA 3WNHA 1ZBIA 5K14A 1BIZA 3AVJA 4C8NA 3C6TA 3HSTB 4DFMA 4M45A 2YNFA 5T7BA 1Q9XA 3DM2A 3NH2A 4CEDA 4ZTJA 4CEOA 1BCOA 1RT2A 2A1SA 3RMAA 4QCLA 2IAJA 1VSMA 3CFRA 1TL1A 4FJ5A 4Z4EA 2E4LA 3SCXA 1RTIA 4DQPA 3PX6A 4E1NA 4OLAA 2G8WA 2RF2A 3AA3A 5CYQA 1JLEA 3LP0A 3DLGA 4PY5A 3O3FA 1SL0A 1CZ9A 5C25A 2W42A 4FLWA 1Q9YA 4CECA 3OYNA 2PYJA 4GW6A 1JL1A 1RILA 4CEAA 1IKYA 1QHTA 2RKIA 4OKKA 5J2NA 1U48A 2FBTA 2F96A 1WSGA 2O4IA 3V81A 4NCBA 1T03A 1TL3A 1X9SA 2ZQBA 1SV5A 3L3UA 5JS2A 4JRPA 3QNNA 1XHZA 2PZSA 2OPSA 1WN7A 4CIEA 3C6UA 5CYMA 5SZTA 3NHGA 4O55A 4CF1A 3P1GA 3HPHA 4FLYA 3SPZA 1KCFA 1RTHA 3O4NA 1TGOA 3BGRA 4CJ5A 1VRUA 1LW0A 4G1QA 1I3AA 4E7KA 3VQEA 2HHWA 4GMJB 4CEQA 5HRPA 3B6PA 5I3UA 2G8UA 3LDSA 1YT3A 1N5YA 3M8RA 4PWDA 1ASVA 3DMJA 3SQ4A 1RTJA 1HYZA 3KIOA 4I9LA 1NK9A 1HQUA 2VG5A 1N6QA 1YVUA 4Y1CA 3TAMA 3SZ2A 4AILC 4KKOA 3RMCA 1LV5A 4OVLA 4M41A 4CIGA 4DF8A 4FK4A 1BGXT 1FKPA 1FXXA 1CXUA 2HNZA 4FZYA 4FW1A 3A2FA 2ATQA 4CEFA 3ZSXA 2JLEA 4CCHA 2I5JA 3LPTA 3QLHA 3ZT1A 3L2UA 5DK5A 2FC0A 3C94A 3HVRA 3S3NA 4O0IA 4Q5VA 4I9QA 1J9AA 3PX0A 3AVKA 2B6AA 4IBNA 3G10A 3MEEA 3DRRA 1HNVA 4CJ4A 4BDYA 3F9KA 3OJUA 5HLFA 3V6DA 3KD5E 3PUFA 4EZ6A 4KHWA 1VSHA 3SUPA 3OYIA 3SNNA 3MXIA 1HYSA 2X78A 5J2PA 4LD0A 1NK4A 3MECA 4CK2A 1ASWA 3AVBA 2OPRA 4DQQA 3CFOA 3TAFA 2YHAA 1K6YA 2KZZA 3V9UA 5DMRA 4DWIA 1RTDA 3VQ7A 4DSEA 1T05A 1U04A 3QIOA 3K5OA 4H4OA 1B9FA 3ZSWA 3ZT0A 1T7PA 1JLQA 3KK3A 1LAWA 4CE9A 3HPOA 2KQ2A 4HTUA 1RT4A 4CGJA 2XY7A 4FJGA 4KHQA 4IFVA 4O44A 4N47A 4HHTA 4CF9A 4FJMA 3ZSYA 2FBVA 3QINA 3OYGA 3KLFA 3L2WA 4FM1A 1QQCA 4B9TA 3AVFA 4AHVA 1C1CA 1RT3A 2IS3A 2JGUA 4CEZA 3SUQA 4CFAA 2VG7A 4OPJA 3DI6A 4B9SA 1GOAA 1KVCA 3NGIA 1UA0A 4EP4A 4FJHA 3AO4A 1TKTA 1C1BA 3AO1A 4NCAA 2Z1JA 3VQ5A 1C0TA 1SUQA 2X6SA 3AVIA 1U45A 4DS5A 4CJEA 1B9DA 4CJPA 3MAQA 1XI1A 2VG6A 1VRTA 2X6NA 1ZYQA 1TKDA 3OYLA 3HP6A 1NKCA 2G8VA 4N5SA 3L3VA 2HB5A 3HK2A 2EX3A 1RCHA 5J1EA 4E89A 4DSFA 1BL3A 1GOBA 3I0RA 3NAEA 1UA1A 1RDAA 2KTQA 1JXEA 3SI6A 1QSSA 1EX4A 1HPZA 5CZ2A 3OS2A 3JYTA 3LP3A 4I2QA 2HHTA 1JLCA 1X1PA 3NDKA 1S6QA 1BHLA 3THVA 4FJKA 4ELVA 4FLVA 4DQSA 4KPYA 4B8AB 3V9ZA 1LAVA 2E6LA 4K8XA 1WAJA 3AVCA 3O3HA 3SPYA 4CJQA 4CF8A 4FJ9A 3SJJA 1SL1A 2OZSA 3LAMA 3NH0A 3VQCA 1JLBA 3ZSVA 2BANA 4CGDA 1C0MA 4C8MA 3V1QA 4CJVA 3I0SA 3QEVA 3E01A 1EP4A 4F3OA 2FBYA 4F3TA 1VSEA 2D0BA 5J2QA 3AA2A 3K5NA 4FM2A 2YNHA 4AHCA 4AHTA 3V9WA 4B9NA 2DTUA 2KFZA 3LPUA 4BDZA 4B9VA 3QEWA 1RT5A 3PO4A 4OKEA 1T8EA 3AVNA 1J53A 2OPPA 3C95A 5EU7A 1Z26A 1W0HA 4BE0A 2HW3A 1RT6A 4DLEA 3HPGA 3MEGA 4M3UA 4H8KA 3VQAA 4E7HA 3H08A 4N41A 4IKFA 4LH4A 4HVJA 3KK1A 4KI4A 1KTQA 4KV8A 4FLXA 3VA3A 3CQ8A 4CJWA 4RW6A 2IC3A 3RTVA 1S5JA 3EZ5A 3QNOA 3OY9A 1SKSA 3HXMA 1JXBA 3OJSA 4OGEA 1MU2A 2B4JA 3RRGA 4KRFA 4Q0BA 4OJRA 3LP1A 3ISNC 4QAGA 5SWMA 4J2EA 1C0UA 4WE1A 4LH5A 1RDBA 1VSKA 2YHBA 4JS5A 1NK6A 4AHSA 4FZZA 4B3OA 3RR7A 2HHXA 1WAFA 3SUNA 4KO0A 1S9GA 2R7YA 2HHQA 1A5XA 3G0ZA 5E41A 2HNDA 4FLUA 3AA4A 4RG8A 5HBMA 3NH1A 4IFYA 3HO1A 3OYAA 4L8RB 3QESA 3LWMA 4N76A 3MXJA 4DSIA 4CJRA 1WSHA 1YTAA 1VSIA 1XWLA 3KKRA 4YFUA 3V9XA 1NJZA 4DQRA 4M3YA 1YTUA 3AO5A 1Q8IA 2YNIA 3TABA 1S1VA 3MEDA 4W5QA 5HRSA 4CFCA 1XC9A 4CHNA 3S9HA 1S1XA 1R0AA 3DOKA 2XY8A 2XO7A 1TAUA 3KJVA 2BDPA 4ZTFA 1WSEA 4CJUA 3KLIA 1RT7A 3M8QA 1QS4A 1KVBA 4CFDA 1L3TA 1TVRA 3PO5A 2XRIA 2P5GA 1RBVA 3DYAA 4CK1A 2WONA 3QEPA 4CHPA 3OYKA 3QEXA 4KB1A 2PY5A 4FJ7A 2Q3SA 4ZHRA 3HJFA 4KTWA 3U6FA 3LWLA 4OKJA 4UQGA 4ELTA 2D5RA 3PV8A 4H4MA 4DSLA 2X74A 2BGGA 4DTXA 4IG3A 2RPIA 4O4GA 4KHNA 1TKXA 4E7JA 3HM9A 4PUOA 2KZMA 4CEBA 4RW4A 1RBSA 4EP5A 1ITGA 1S1TA 2IDOA 4XIUA 3TWHA 4F2RA 2P51A 4KTZA 3SUOA 3AVMA 4EZ9A 4FXDA 2HHSA 3ITHA 1U4BA 1LWCA 5HP1A 3SV4A 4FK2A 4FYDA 3RR8A 3SQ1A 4FVMA 4FJNA 2HVIA 2LSNA 4AHRA 3NF8A 1KLNA 1BISA 3RWUA 3ZSRA 4LSLA 3LANA 3V9SA 1XHXA 3QEIA 3OYDA 4O0JA 3WNGA 3ZT3A 1IKVA 1RBUA 1HNIA 5FDLA 4Z0UA 1IG9A 4KAZA 3OYFA 1NOYA 1FKOA 1DTQA 3DLRA 1W9HA 1RNHA 2GBZA 4DMNA 4CESA 1SKRA 3L2RA 3TAEA 3IS9A 3VQPA 4DS4A 1LWFA 3P5JA 1TAQA 2XY5A 4CJLA 3ALYA 4E7IA 4CEEA 4CHYA 3VQ8A 1NKEA 1KRPA 1J54A 3S3MA 3SQ0A 4FJ8A 3FFIA 1F21A 1D8YA 1G15A 1S6PA 2Z1GA 4F8RA 4KTQA 2F8SA 1SKWA 1IKWA 3KKSA 4DFPA 4M42A 5FRMA 1ZBLA 1IO2A 3HT3A 3S3OA 2ZE2A 1QTMA 1I39A 5I42A 1BIUA 1NK8A 4KREA 4DU4A 2PYLA 4C8KA 3V4IA 2YKMA 4NYFA 3OS1A 3IAYA 1BQNA 3TARA 4B9MA 2HHUA 3OYJA 3AA5X 1NOZA 4BWMA 3SV3A 4DTRA 4KHSA 2ZD1A 3NF6A 3T3FA 3ZSOA 1L3VA 3QETA 4CHOA 4NCGA 4C8LA 1KLMA 4E3SA 3RMBA 3VQ9A 4CHZA 4CK3A 3O4QA 4IDKA 4BE2A 4ID5A 1C6VA 3U3GA 4AH9A 4CFBA 2P5OA 3NE6A 4OLBA 4DU1A 2IGIA 4BWJA 1HRHA 1QSLA 4M3ZA 3IG1A 4KHYA 4FJLA 5KI6A 3OS0A 2HHVA 1LW2A 1S1UA 2HNYA 1LWEA 1BCMA 4FK0A 3MXMA 2Y1IA 1JL2A 1NK5A 2QKKA 4FJJA 3ZSQA 3QO9A 3LZIA 2OZMA 4Z4IA 1CLQA 2DFEA 3VQQA 2DY4A 3AVGA 1S1WA 4JLHA 2XY6A 4RW7A 2NUBA 4HUFA 4W5OA 4CJSA 4Z4HA 3DLHA 3K5LA 1TK0A 2AJQA 1BI4A 1QE1A 1VK0A 3CG7A 4ICLA 4PA1A 3ZCMA 4CHQA 5HRNA 3ZSZA 3EYZA 3WNFA 4KB0A 4HUGA 2ITGA 3M8PA 1TKZA 4DTJA 2QXFA 4FLTA 1BI4B 1UOCA 1ASUA 4JRQA 1EXQA 3WNEA 1X9WA 4DLGA 2B5JA 4FJIA 2DFHA 1QSYA 3KLGA 3M8SA 4NYNA 1VSLA 4KFBA 4BACA 4E7LA 4CGHA 3JSMA 4KI6A 1U47A 2ETJA 4C8OA 3LAKA 2HMIA 4DTUA 1RDCA 2P1JA 3ZT4A 3KTQA 4CF0A 4KHUA 4K8ZA 3TAGA 4DG1A 3TANA 3AVLA 3CM6A 3LP2A 2Z1IA 1DLOA 2QKBA 3K5MA 5D3GA 3V1RA 1HMVA 4DFJA 2GV9A 4CJ3A 3VQBA 3UIQA 1BQMA 3OYBA 3RMDA 4BE1A 3HYFA 3NF9A 1WLJA 3K59A 3PY8A 3ASMA 1UAXA 5FROA 3BDPA 2XHBA 4CJTA 2OPQA 4OGCA 1WNSA 4FLZA 2IOCA 4IG0A 3KLEA 1A5VA 3D0PA 1RT1A 3F73A 2Z1HA 1L5UA 4DSJA 2D0CA 3K2PA 1L3SA 1ZBFA 4RW8A 4CGIA 4DTNA 4CGGA 3VQDA 3K58A 2HVHA 3NGYA 4LSNA 1DTTA 1NK0A 2OYQA 1D9DA 1WSJA 4B9LA 3CYMA 3TR8A 3QIPA 4AHUA 2G8FA 4I2PA 1RBTA 1KFDA 1NKBA 3QERA 4DU3A 1X9MA 4E0DA 3OVNA 4FJXA 3AVHA 3HVTA 1KFSA 1D5AA 1TK8A 3SYZA 2D0AA 3AO2A 5C42A 2BE2A 3OYHA 1JLGA 4CF2A 4DFKA 1JLAA 3SQ2A 5FRNA 1A5WA 5J2MA 2Y1JA 3KLHA 4J2DA 3NF7A 1B92A 3LALA 1VSJA 3VQ4A 5HRRA 3KD1E 2VWJA 4DTSA 3B6OA 1TK5A 1J5OA 1TV6A 1WSIA 4MFBA 2EHGA 3IRXA 1Z25A 3VN5A 2G8HA 1IKXA 2KW4A 1UWBA 2OA8A 1HYVA 3K57A 1Y97A 3AVAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YCHA 4O5BA 4FOIA 2QK9A 4BRPA 1NGDA 4M3TA 4AM6A 2GELA 2GUIA 2UUAK 4FZXC 1Z05A 4M3WA 2YNGA 1ZBHA 3VGLA 3U8XA 4RWTA 4FM0A 3U3YA 3EY1A 4WQ5A 3QBXA 1WSFA 1VSFA 2QW9A 4K42A 3OBYA 3L2VA 4QS9A 5FLXO 4ILGB 2P9NA 3UKRA 1IG8A 5AQMA 3CQXA 3R3LA 3CM5A 3BUZB 2VWKA 3NFAA 4CJKA 4R5PA 3CFPA 1S9EA 5CY4A 3ULEB 1QHAA 4CZIA 5GADP 3LZJA 3IDHA 5FPNA 1GOCA 3P83D 4B08A 4BDPA 4Y1DA 5DM6L 1S72N 3TAPA 3NCIA 1REVA 1ATSA 4E19A 4HCCA 3VEVA 4Z4FA 3D7EO 4KH5A 2DFFA 3OYEA 4PQUA 5JLFA 2UUBK 2O4GA 3L8BA 4RW9A 1JCGA 1KVAA 5KRTA 1GLEG 3ZT2A 1EWRA 4DQIA 4PL7A 5AZJA 1HJRA 2E6MA 3VQ6A 3TI0A 3MN5A 4I6MB 4LFAK 4EHUA 4GY2B 1CZAN 3HSTB 1HNZK 5AQFA 4JI0K 1Q9XA 3NH2A 5KPZA 3NVMA 3J80O 3THXB 4QCLA 1N36K 1DT9A 4A2BA 1RTIA 4E1NA 2G8WA 3DLGA 3PIOL 1CZ9A 5C25A 4B1ZA 2PYJA 3OYNA 3SMPA 4CZMA 2RKIA 1U48A 4OKKA 2FBTA 3V81A 1MA9B 3GE1A 4YDUA 3L3UA 3DAWA 3C6UA 2HF4A 4O55A 4CF1A 1QQNA 3HPHA 1KCFA 1VQ7N 2E2QA 1I3AA 4B9QA 4ISFA 4HWIA 5AQLA 1HX1A 3W0LA 2P9SA 3HOTA 1K8KB 4I9LA 4I9QA 1YVUA 4Y1CA 4F9OA 1X3NA 4DF8A 3LL3A 4M63C 1BGXT 1HPMA 4FW1A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2DFE A;  4RW7 A;  2NUB A;  1Q82 O;  3PIP L;  3DLH A;  2AJQ A;  2O8E A;  4AIL C;  4DKW A;  3VF6 A;  5LY3 A;  4HUG A;  1TKZ A;  2QXF A;  2Q36 A;  3R6M A;  3ZX2 A;  3THY A;  5M1P A;  4BAC A;  1VSL A;  4C8O A;  3LAK A;  1E4F T;  1RDC A;  2P1J A;  3CER A;  1BA1 A;  3KTQ A;  4CF0 A;  3AVL A;  2QKB A;  4QS8 A;  2Q0R A;  4DFJ A;  3UIQ A;  3OYB A;  1Z6R A;  3BDP A;  2XHB A;  2FSJ A;  4KHP K;  2OPQ A;  5M1F A;  3VMF B;  5AR0 A;  1A5V A;  3F73 A;  2Z1H A;  3P31 A;  2FLO A;  4DV5 K;  4CGG A;  1NGB A;  2OYQ A;  4B9L A;  1D9D A;  1GLL O;  2UXD K;  3CPW M;  4E0D A;  1X9M A;  4JK9 A;  3Q7C A;  4IOC L;  3AVH A;  4FJX A;  3CJA A;  3J7A P;  5ADX A;  2D0A A;  5C42 A;  2E20 A;  4DFK A;  2O8C A;  3KLH A;  3D2F A;  1U2V A;  5AQO A;  4XH4 A;  4DTS A;  3B6O A;  4JI2 K;  1TV6 A;  3GBT A;  4MFB A;  2EHG A;  5ADX H;  5M1K A;  3ENO A;  2UU9 K;  2OA8 A;  1NJI O;  4JHD A;  3AVA A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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