1CZBA

Atomic resolution asv integrase core domain from hepes
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
147
structure length
141
Chain Sequence
GRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
publication title Atomic resolution structures of the core domain of avian sarcoma virus integrase and its D64N mutant.
pubmed doi rcsb
source organism Avian sarcoma virus
total genus 55
structure length 141
sequence length 147
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1czbA00
1A5VA 4CHQA 1SKSA 4IDKA 2X78A 4CHNA 4LSNA 3ZSWA 2YNHA 4J2AA 2WONA 1C0TA 3ZT4A 1JLEA 3LZIA 3NH0A 3P83D 3AVAA 1KLMA 1I39A 3DLRA 3L2RA 1MU2A 4Q5VA 4FZZA 2OPSA 4RW4A 3DYAA 3RR7A 2YV0X 1RT5A 5KGWA 2OZSA 4DFPA 3HO1A 2D0AA 4OGEA 3TWHA 3AVFA 3CM5A 3DM2A 3HXMA 3RTVA 4H4OA 4DF4A 4PQUA 4BDZA 2Q3SA 4M3ZA 2HVHA 3IAYA 3O3FA 2R7YA 1U04A 1G15A 2Y1JA 1NJXA 1JLQA 4OKEA 4JLHA 4KKOA 2DTUA 3MECA 4FJ5A 3KKSA 4C8OA 1QHTA 1NK0A 2RKIA 1CZBA 1C1BA 1TL1A 4IFYA 5KI6A 1WSGA 1BGXT 4ZTFA 3PUFA 1T7PA 3AVLA 2HB5A 2ITGA 2NUBA 4CF9A 3KK2A 3VQBA 3V9XA 3QO9A 5HLFA 4CJEA 3CFOA 1JXBA 1ITGA 3AA2A 5CZ2A 5CYMA 1IKXA 1JLCA 4OPKA 1ZBHA 3SI6A 4FW2A 2OPQA 2X6NA 1BHLA 4CEAA 2O4IA 1DTQA 5C24A 4E89A 1XC9A 1YTUA 1C1CA 1ASUA 1REVA 2I5JA 3QEWA 3JSMA 4I9LA 4N76A 4KFBA 4GVMA 3LWLA 4E7JA 4CJ3A 3RMCA 3EYZA 4B3OA 4OLAA 1SKWA 1CZ9A 1NJWA 1TK8A 1WSHA 1IG9A 1BQMA 4FZYA 4CF0A 5FROA 3V6DA 4B9NA 3OVNA 1QSLA 3U3GA 4Z4CA 2Z1IA 4OPJA 1JL2A 1F21A 3MEGA 4E3SA 2XY5A 3F73A 5KGXA 4N56A 2JLEA 4IKFA 4W5QA 3KTQA 2D5RA 5K14A 4NYFA 3V9ZA 4LD0A 3HM9A 3DRRA 4DTJA 3OS1A 3OYAA 3L3UA 1UOCA 3L2UA 4FK4A 3LPUA 2HMIA 3LAMA 2KZZA 4NCBA 3WNHA 5HBMA 3C94A 3KJVA 3OS0A 1D9DA 4JRQA 4CCHA 3QIOA 3OYNA 5HROA 4DQPA 1S1UA 1VSIA 5J1EA 1VSFA 3SV3A 5CYQA 4KHYA 1S9GA 3NFAA 3LWMA 3ZT1A 3M8QA 4MQ3A 4CEOA 4CEZA 1ASWA 3I8DA 4C8LA 3LP3A 4F2SA 4DF8A 3AA4A 3NF9A 3HP9A 3MEDA 3OJSA 1BL3A 3V1RA 2RF2A 5SWMA 2G8KA 3ZSXA 1BISA 3WNGA 5J2PA 1U48A 3OYLA 4OKKA 3DRSA 4C8KA 4CEFA 1BQNA 2AJQA 1HMVA 1BCMA 4DS5A 1X9WA 3TAGA 1NKCA 2PYJA 3LP2A 4H4MA 5HRSA 3SV4A 1S1VA 1NKBA 4M3YA 1A5WA 1RT1A 4PA1A 3RWUA 3VN5A 2HNYA 3SYZA 4FYDA 4DMNA 4IG0A 3MAQA 1KRPA 2KFZA 2FC0A 5E41A 4F3OA 4QCLA 1KVBA 1N6QA 1ZBIA 4M42A 4AHCA 3OY9A 2ATQA 4F2RA 2FBTA 1LAWA 3QEIA 4BE2A 4DQSA 1VSDA 4BE0A 4KV8A 2XRIA 4Z4EA 3QERA 4O0IA 2Z1JA 4Z4GA 5JS1A 5C42A 2IOCA 4BWMA 2YHBA 3P1GA 4CHZA 4NCAA 1JLBA 1SUQA 4I9QA 4B9VA 2XY8A 1T05A 1TK5A 3V4IA 4CJFA 4JS5A 1RDBA 4CJKA 3DOLA 2FBYA 4FLYA 4DTPA 1QSSA 2OA8A 4LSLA 1D9FA 1YVUA 1RBVA 2E6MA 4Z0UA 3L2QA 1XWLA 4E7LA 3RMBA 4CJRA 3S9HA 4B9TA 4K8XA 1UWBA 4CHOA 4KO0A 4OJRA 1HYVA 3AVGA 2G8UA 3NGIA 4FLXA 4B8AB 1L3VA 1KSPA 4FJMA 2HHTA 1HQEA 2KFNA 1JLAA 3DMJA 4DSLA 4Z4FA 3DOKA 4DLGA 4DQQA 3DLHA 1IH7A 1TKZA 3T3FA 1U4BA 1ZYQA 2F8SA 3ZSVA 5CZ1A 4KHWA 3KD5E 1C0MA 2X74A 4N47A 4AHTA 3RMAA 1LV5A 4J2DA 1QQCA 3H08A 3WNEA 3HVTA 3L3VA 3PV8A 4FJGA 4CJ4A 1LW2A 1NOYA 3D45A 4FM0A 4ID5A 4DSFA 4KI6A 4CEBA 4HUEA 4Z4HA 2HW3A 1UAXA 3AV9A 1RTDA 4Q0BA 1WLJA 2D0CA 1TK0A 1BIZA 1FKPA 1WSIA 3QINA 4LH4A 4M45A 4EP5A 1S9EA 4KB1A 4PWDA 1R0AA 1JXEA 1FXXA 2GV9A 1QSYA 3L8BA 4FJ9A 3WNFA 1NK4A 1HJRA 2DFFA 4CJPA 4DQIA 4FJ8A 3K5NA 1BCOA 3SQ0A 3O3GA 4HHTA 3SNNA 3S3OA 2G8FA 4Z4IA 1S6QA 3TAQA 3AVCA 3NAEA 2PY5A 1GOBA 3K57A 4RW7A 3ZSYA 4ZTJA 3V1QA 4CGFA 4MFBA 4DTSA 1NK5A 4RW6A 2E4LA 2HNZA 3OYIA 3PX4A 2YNGA 4DTRA 4L8RB 1BI4B 1HQUA 1HYZA 4CJVA 4JS4A 3ZT0A 2F8TA 4OKJA 1ZBFA 3K59A 4CJLA 1VRUA 3F9KA 1Q9XA 2FBXA 1EX4A 2IGIA 3FFIA 4HTUA 3MXMA 3VQPA 3OYCA 2IDOA 5JS2A 4KTQA 4CFAA 4WE1A 4CGDA 3V9SA 4AH9A 3ALYA 4OGCA 4B9LA 1DTTA 3U3YA 3HSTB 1S6PA 4CJSA 4FJJA 4DU3A 3I0SA 1TAQA 4CF2A 2XY6A 1IKVA 3SJJA 1SL1A 1KFSA 1B92A 2ETJA 4FM2A 2BDPA 4B9MA 3DI6A 1L3UA 1TAUA 3O4NA 3LP1A 3AVIA 1VRTA 1RDDA 3CM6A 3L2WA 1D5AA 1I3AA 4B9SA 3VQ7A 3VQEA 4CHYA 3SUPA 2XHBA 4F4KA 2P5OA 4CJWA 2IS3A 1CXQA 1U47A 2OPPA 3MEEA 3LAKA 4CJQA 2OYQA 1C1AA 4NCGA 4FJKA 4HCCA 3V9UA 1VSJA 2OZMA 4W5RA 3TANA 3S3MA 4TSXA 3A2FA 1RBTA 3IS9A 4BACA 4FZXC 2Y1IA 1NK9A 4DWIA 1VSLA 1YTAA 4DS4A 2G8WA 4N5SA 4AHUA 4CK3A 4M3XA 1Z25A 4E7IA 4CEEA 3OYBA 1KFDA 3AO4A 3NF6A 1RT3A 3KKRA 2D0BA 3PO4A 3AVJA 1Z26A 4O55A 1WNSA 4YNQA 3SQ4A 4AHVA 1RCHA 4I7FA 2X6SA 1TKTA 3NF8A 5CY4A 1WAJA 2KW4A 3AVKA 2IAJA 3HT3A 3QEVA 4CECA 1UA0A 2Z1GA 1J54A 3HPOA 2ZD1A 4IFVA 1XI1A 2WOMA 1ZBUA 2YNFA 3HYFA 1EXQA 2DFEA 3CYMA 4CJ5A 4CK1A 4Y1CA 3EY1A 3LZJA 3NGYA 5DK5A 4PUOA 1LWFA 3NDKA 3SUQA 2HHWA 2QXFA 3G10A 2VG6A 1RDCA 4E1NA 4CGHA 4DTNA 1NKEA 3OJUA 3SQ2A 3VQ8A 4C8MA 2VWJA 4O44A 1J5OA 3P5JA 2QK9A 3KLEA 3SPYA 3ASMA 1QE1A 1QS4A 1VSMA 3T19A 3KLHA 4CK2A 3MXJA 3K2PA 1SL0A 4CE9A 3ZSZA 2DFHA 4M3UA 4B08A 1RNHA 4OVLA 2KZMA 3BDPA 1B9DA 4YFUA 1S1TA 3CQ8A 4BE1A 4ELVA 3VQQA 1WAFA 3DRPA 1NK7A 1GOAA 3M8SA 3ZSQA 1T8EA 4NYNA 4XIUA 1TKDA 3UIQA 4CFCA 3AO5A 1S5JA 3ZSOA 1K6YA 4EZ6A 3QETA 4FLUA 3VA3A 3CG7A 3KLGA 1C0UA 4CJUA 1L3SA 4KB0A 4B9UA 1W9HA 1WSJA 3VQ9A 2HNDA 5HP1A 1HNIA 3NCIA 1EP4A 5J2MA 1IKWA 3ZSRA 1WSEA 4FJLA 3OYFA 4FW1A 2QKKA 4J2EA 3QLHA 4FJIA 4M41A 1KCFA 2XY7A 4FJHA 2HHUA 3ITHA 3PX0A 5FRMA 1YT3A 4HVJA 2P51A 3C6TA 3B6OA 3E01A 4GW6A 2PYLA 1T03A 1J9AA 2BANA 2ZE2A 3TARA 3RRGA 3C6UA 4AHSA 5I3UA 4H8KA 3AVHA 4HUFA 4FXDA 2HHVA 3VQ6A 5I42A 4KHUA 3OYGA 1RBSA 4DU1A 3OYEA 1B9FA 1SL2A 4C8NA 2GUIA 1RILA 3VQAA 3CFRA 3ULDA 4F3TA 1SV5A 3AA3A 4UQGA 4DLEA 4BDPA 3T1AA 1C6VA 3KLFA 4DQRA 5FDLA 4CJTA 3QIPA 4ICLA 4E19A 3QEPA 1Q9YA 2P1JA 4BDYA 1CXUA 3SUOA 4ELUA 4FJ7A 4O4GA 3DLBA 1RDAA 1VSKA 3HJFA 2OPRA 4RW8A 1O1WA 1BI4A 5KTQA 3ZCMA 4CIGA 3TAPA 3HL8A 4ID1A 4QAGA 3M8PA 5C25A 3NH1A 4G1QA 4CGIA 3SUNA 1VSEA 4CERA 4CF1A 3O3HA 1X9MA 1KVCA 3AO2A 3OYHA 5HRNA 1S1WA 1RTHA 1JLGA 3DLGA 5EU7A 5SZTA 2G8HA 4CESA 4ZHRA 4FLWA 2YKMA 1JKHA 1TGOA 2O4GA 3ZT3A 4CGJA 4BWJA 4DSJA 3M8RA 4W5OA 3NH2A 2DY4A 2HVIA 4KREA 3OYJA 1DLOA 4DSEA 4M3WA 3AA5X 3OYDA 1X9SA 1RT7A 2P5GA 1WSFA 1LAVA 3VA0A 4DSIA 3IG1A 2VWKA 2EHGA 3DLEA 1U49A 2QKBA 2KTQA 5DMRA 3THVA 1RBRA 4M3RA 4CF8A 2BGGA 3JYTA 4KHSA 3KIOA 1XHXA 1D8YA 4FJNA 3V81A 3VQ5A 4LH5A 1HRHA 4CEQA 3KD1E 1JL1A 4J2BA 2YKNA 4E7KA 4I2QA 5KRTA 1RT6A 3QEXA 2VG7A 3SQ1A 4F8RA 2A1SA 4DFJA 4IG3A 3QNNA 3RMDA 3ZT2A 1BIUA 4HUGA 1KLNA 1IO2A 1HYSA 1HPZA 1JLFA 3NF7A 3TI0A 3EZ5A 2Z1HA 4K8ZA 1TVRA 1RT2A 1HNVA 3C95A 3I0RA 4RW9A 1GOCA 2EX3A 4FLZA 1LW0A 3MXIA 1L5UA 5D3GA 4CIFA 2HHSA 3V1OA 1Y97A 1NJZA 3HP6A 3TABA 3TAFA 1S1XA 4CHPA 1ZBLA 2IC3A 3AVBA 4AHRA 1IKYA 3L2VA 4KRFA 4GMJB 3B6PA 4PY5A 4DTMA 3SPZA 1RT4A 3CFPA 3PX6A 1KVAA 3NBPA 2A1RA 3V9WA 2JGUA 3TAMA 2HHXA 4OLBA 2G8VA 3HPHA 5T7BA 2ZQBA 4DTUA 2RN2A 3ISNC 3S3NA 4CFDA 4DG1A 4R5PA 3AVMA 4DTOA 4CGGA 1QTMA 1RTIA 1RBUA 4FVMA 4E7HA 3LPTA 1NK8A 1ASVA 2HHQA 5FRNA 3KK3A 2F96A 2E6LA 4DFKA 1LWCA 1A5XA 3RR8A 1RTJA 2B4JA 4EZ9A 1TKXA 3KLIA 4W5NA 3HPGA 1XHZA 3LALA 5HRRA 3OS2A 1L3TA 1U45A 4KI4A 4EP4A 3AO3A 4HCBA 3U6FA 1X1PA 2YHAA 4IBNA 1NJYA 4DTXA 4DSKA 3NHGA 4FLTA 3O4QA 3QESA 4CEDA 4I2PA 3DLKA 3OYKA 4KTWA 4AILC 4B8CA 3NGZA 1EETA 3K5LA 3K58A 4KTZA 4JRPA 4FK2A 1WN7A 3K5OA 4CIEA 4W5TA 1FK9A 3LP0A 3K5MA 5J2QA 3IRXA 2YNIA 3OYMA 1LWEA 3TR8A 1UA1A 4O0JA 3HVRA 1SKRA 2B6AA 3VQ4A 2G8IA 4QOZB 4RG8A 4DU4A 4N41A 5J2NA 4Y1DA 2B5JA 1TV6A 3AVNA 2XO7A 1EKEA 2VG5A 3TAEA 3KK1A 2GBZA 4FLVA 1N5YA 1J53A 1Q8IA 4KHQA 1KTQA 3SZ2A 5HRPA 2RPIA 2PZSA 2KQ2A 3PO5A 4M3TA 4FM1A 4KPYA 1NOZA 1VK0A 1W0HA 2FBVA 3HK2A 2W42A 3D0PA 4CFBA 2BE2A 4ELTA 4E0DA 4E1MA 1VSHA 3LDSA 4KAZA 4KHNA 4LY7A 1NK6A 3G0ZA 5KRSA 3RRHA 1FKOA 3BGRA 3PY8A 1TL3A 3QNOA 3SCXA 4FJXA 3AO1A 2LSNA 4O5BA 1CLQA 3NE6A 4FCYA 4DFMA 3LANA 3VQCA 3VQDA 4FK0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1A5VA 1SKSA 4IDKA 4CHNA 5M1NA 1C0TA 3AARA 3DLRA 1T44A 2OPSA 3MN9A 3DYAA 3P31A 3WT0A 3RTVA 4DF4A 1U04A 1G15A 1JLQA 4OKEA 3MECA 4DV4K 1YJ9N 2A42A 3H3NO 4ZTFA 1WSGA 3GE1A 3U8XA 5GIPA 2PFUA 5C12A 4U7BA 4JKDA 2NUBA 4JI1K 3VQBA 1JXBA 1ITGA 3I8BA 5CZ2A 1VQ8N 2KLAA 1JLCA 3SI6A 4IXCA 2X6NA 1BHLA 3ZLJA 2O4IA 2O8BA 3WXMB 1XC9A 1YTUA 1C1CA 3QEWA 3FZMA 5JVGL 3JSMA 4KFBA 4DV0K 3IFRA 4CJ3A 1SKWA 1NJWA 5AZJA 2HMPA 4CF0A 3RSEA 1QSLA 3AAPA 2Q97A 2EWSA 2Z1IA 3LDOA 3MX5A 1X9JA 4E1JA 1F21A 4DR2K 4BRAA 4K25A 4N56A 4IKFA 3KTQA 5M1QA 3O5BA 2QWQA 3HM9A 3DRRA 3OS1A 1BWFO 3KJVA 1BG3A 4JRQA 3OYNA 4H03B 3SV3A 4CZHA 4DUZK 1S9GA 2Q2RA 4DR5K 2E2NA 2HF4A 3J7AP 3LWMA 2BTFA 1HPMA 3M8QA 3THYA 1ASWA 2E1ZA 3RVCA 4F2SA 3AA4A 3NF9A 2ZWHA 3V1RA 5SWMA 1BISA 5EVZA 1U48A 5AQRA 1BQNA 3CPEA 1HMVA 4FWQA 1GLAG 1GLEG 4CJ7A 4IJAA 1SZ2A 3LP2A 5HRSA 3SV4A 1NKBA 2UYTA 3VN5A 2HNYA 3HRGA 4B3MK 4CBWA 4GV9A 3VF6A 3NVMA 4BRQA 5GAEP 5E41A 4F3OA 4AHCA 1LAWA 3QEIA 4KV8A 3VGKA 4K41A 3M1FA 2YHBA 2P9NA 1YUWA 1JLBA 1X3NA 4CZKA 1YVNA 3BEXA 3THWB 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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