1D0KA

The escherichia coli lytic transglycosylase slt35 in complex with two murodipeptides (glcnac-murnac-l-ala-d-glu)
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
322
structure length
314
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQAPGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords 35KD SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
publication title Crystallographic studies of the interactions of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 with peptidoglycan.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 108
structure length 314
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-09-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1d0kA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d0kA02
1GAYA 1HMLA 1NDMC 4YF2A 1TDYA 1LZ4A 1XEJA 153LA 1E8LA 3G3BB 1LMQA 2LZTA 5B1FA 1KXWA 1HF4A 1KXYA 1LMAA 4DDBA 1LHLA 2F30A 1TCYA 4ZFPA 4G4HA 1IP5A 6LYTA 1UUZC 1IC4Y 1YILA 4H9BA 4XADA 3A3RX 2FBDA 5ILFA 2F4GA 3LYMA 1LSCA 4GCFA 4WG7A 1JIYA 3QE8A 1DPXA 3RZ4A 1JKAA 1D6QA 3M3UA 1XSFA 3CSRA 5LXWA 1H87A 3LYTA 4WM5A 4EMNA 2HTXA 1GB3A 2D91A 5AMYA 1EQ5A 1GE0A 3KAMA 4G49A 4HJZA 4KT3A 3WU8A 2G4NA 2D6BA 1INUA 1V7TA 4LT3A 1UIHA 5IHGA 1DI5A 3RW8A 5LA5A 4A7DA 2FYCA 1H6MA 3T36A 4ET8A 1NDGC 3QY4A 1WQPA 1IP4A 4TWSA 4G4BA 4NGYA 4DD2A 1GBXA 4L41A 1LKSA 4CHXA 1JTTL 2HUBA 2MEDA 5DL9A 1LHHA 3T6UA 1GWDA 2CWIA 4M4OA 2Z38A 1IWUA 1OQMA 2PC2A 3EMSA 5I4YA 1WVVA 4NIJA 4NHTA 1DZBX 5KXWA 4H8YA 1RI8B 1XEKA 3A90A 1GE4A 3CB7A 1NBYC 1LSYA 5LAFA 1C43A 4B4IA 1JWRA 1HSWA 5LYTA 193LA 2F2NA 1LZBA 3GXKA 4LT1A 3W6FA 1GXV2 3A6BY 4PRUA 1GFRA 1YQVY 1OUJA 1T3PA 1IR9A 1LZ6A 4LYOA 1LYZA 1B7RA 1IC7Y 1VEDA 1KXXA 4J1BA 5C6IA 5A3EA 3WU9A 3WPKA 5LVJA 1D9UA 3CSQA 5K7OA 2VB1A 1HEQA 1HHLA 3G3AB 5HMJA 1QIOA 1I20A 5I5QA 4H1PA 5LA8A 1A4VA 2MECA 1AZFA 3WULA 4N0JA 5JENB 4WM4A 5L9JA 1LHIA 1AKIA 1WQQA 5APDA 2XTHA 4OWCA 3FE0A 4CFPA 5A3ZA 4QY9A 3AJNA 5IDDA 4IASA 1UC0A 1LHJA 1LMCA 2I25L 2ZIJA 1GFHA 1LSNA 1OUBA 1IORA 1CKDA 1UICA 4N8ZA 1BVXA 1C10A 4P2EA 4PPOA 1B2KA 4MSTA 4RW2A 2BQDA 1HELA 1LZ8A 3TXEA 1GFKA 1UIFA 207LA 4H9EA 4WG1A 1JSEA 1J1OY 1GF5A 1OP9B 3P68A 1TEWA 4IJ4A 5ILCA 3B0IA 5LIOA 1B7NA 2D4JA 3RT5X 3D3DA 5C6JA 5I54A 4HPEA 3WW6A 5I4XA 1LSEA 2CGIA 2IHLA 3WW5A 1SQ2L 2Z12A 1LSFA 2ZNXY 5KY1A 4TSBA 1NWGA 2FBBA 1DI4A 3AZ5A 1QUSA 2DQAA 1LYOA 4DD1A 1WTNA 1QSWA 1JKDA 1UIBA 1LPIA 4OWEA 1MELL 3WL2A 4DD7A 4WO9A 2CJLA 1XFPL 1LZCA 2YBIA 3A67Y 3WMKA 3WPJA 1J1XY 4BADA 1CKHA 5F81A 1LKRA 1GFVA 3AGGG 5LYZA 4DWXA 2CDSA 1ALCA 4ETEA 5FSTA 4YEMA 134LA 2HEEA 1D0KA 1GDXA 1LOZA 4U3XB 1LZGA 3WU7A 1B0DA 4YOPA 2C8OA 4X3BA 2ZIKA 5B59A 1W6ZA 1VDPA 3K3TA 1VAUA 4CFOA 4Z41A 1WVUA 2BQJA 4NG8A 4NWHA 2LZ2A 4H92A 4CGEA 1GPQC 3WVYA 1GF8A 3AYQA 3A94A 1LJ3A 1AT6A 2EPEA 5I53A 1IWYA 1CKCA 3HBDA 1D0MA 5LVGA 1IR8A 1LMPA 3F6ZA 1FBIX 4H8ZA 1WQNA 3AGHA 4LYMA 5KXXA 1LSGA 1Z55A 3E3DA 2FYDA 4PJ2C 4UWNA 4E3UA 1QDRA 1B7LA 1F10A 4KPMA 1CNSA 1GFJA 2ZYCA 4NGJA 5D5FA 1NBZC 1OUCA 1IOQA 1IEEA 1VDSA 3TXKA 1XGTC 2BQMA 4HJYA 2YBNA 132LA 1ZVHL 2BAAA 3RU5A 1REMA 4OOOA 1QTEA 3TXFA 3IJVA 4DD0A 1NQIA 5KXTA 1CJ6A 1B5ZA 1LZDA 2ZNWY 194LA 2ZQ4A 2BQKA 4GLAA 2YBJA 5B06A 5DLAA 1IP1A 4HTQA 4FDYA 5F9XA 1JSFA 2BQCA 1VDQA 4R6CA 3WUNA 5D5CA 2DQGY 1DKKA 1LHKA 1BQLY 1GBYA 3EXDA 4J1AA 4NEBA 5HQ1A 1GFTA 1WTMA 3W6EA 1G7JC 1CKFA 3W6BA 4H91A 5FHWA 1LZTA 2LYMA 4KXIA 1UACY 4LYBA 3MGWA 1DI3A 2BPUA 1GDWA 1XEIA 2W1XA 2DKVA 3B6LA 4ANRA 1YKYX 3EO5A 1G7IC 4HPIA 3WXTA 5II3A 4UWVA 4XN6A 1SLYA 1BGIA 1LJIA 1IWXA 1GAZA 4KL7A 4PGJB 3IWRA 3WUAA 4B1AA 4NGOA 2Z2EA 3P64A 4WO6A 2RSCA 4YM8A 2BQBA 1C7PA 4RDSA 1OUFA 4NG1A 3A3QA 1GB2A 3A92A 4WL7A 2BQAA 3CQLA 4PRQA 3LZ2A 1GB5A 1HEPA 5LYMA 1IVMA 3CT5A 1EL1A 1GEZA 3ATNA 4DD9A 5C6LA 5HNCA 4NFVA 3TMVA 3D9AC 4HP0A 3A96A 154LA 2EKSC 4C3WA 1IP7A 1PZYA 3TMWA 1OUEA 4GN3A 1GE1A 1HFXA 3W6CA 1LSDA 1NKHA 3LHMA 4H9AA 4ZIXA 1RCMA 4NHPA 4WM6A 4AXTA 2BQIA 2EIZC 3A34A 1TBYA 1IP6A 3P65A 4DC4A 5KXLA 5APCA 5KXPA 3AW7A 2MEHA 1YAPA 4Z3MA 1I56A 5L3HA 3RNXA 4W96A 1BWHA 1HNLA 4ET9A 2N5ZA 1OUHA 2XBSA 1LZSA 1OUAA 1C08C 1GEVA 2ZQ3A 3B0OA 5KXNA 1REZA 1IWZA 2HEFA 3AW6A 3ZEKA 1HERA 1UCOA 4HSFA 5F9UA 1LYYA 2HEAA 4RLMA 1IOSA 4LFPA 1LJJA 3WYHA 1UIEA 1FLWA 1B7SA 1NF5A 3QNGA 5KXKA 2DQFC 4OOTA 1HSXA 1MLCE 4N1CC 3A91A 3LYOA 1BHZA 4H93A 1LJHA 1GXXA 1LSAA 2ZYPA 3TXDA 4ETBA 1IC5Y 3WUMA 4H9IA 1LZ1A 1LMNA 5DM9A 2D4KA 3M18B 1LJNA 1AT5A 5FDJA 1LYSA 1I1ZA 1YL1X 4B49A 2WARA 4J7VA 1GB6A 5E9RA 133LA 4H90A 1NMMA 4GCBA 2I6ZA 1LSBA 4NSIA 1GBZA 3ULRA 5LINA 8LYZA 4I8SA 1YKXX 1QTKA 3WXUA 3FI7A 2EQLA 4NGZA 4TX7A 1IOTA 5KKIA 1REXA 1B5YA 1BB3A 2ZWBA 2A7FA 5KXSA 6LYZA 1IX0A 1EQ4A 4Z98A 5M1YA 1CJ8A 4XJFA 5F14A 5KJ9A 1KIRC 1HEWA 4ETCA 1JUGA 1O23A 5FCPA 5I4WA 3W3EA 3LYZA 2DQHY 1IIZA 3CT1A 1D0LA 1XGUC 3ZVQA 2H5ZA 1BB6A 1GHLA 4M6DA 3W6DA 1HEOA 3BKVA 1REYA 1JTOL 4WLDA 4HV1A 1GB0A 4H94A 2DQCY 5DN5A 2D4IA 1LAAA 3A93A 4D9ZA 3HFMY 1OUGA 4DDCA 1IOCA 3OJPA 1G7HC 208LA 1FLUA 4GCDA 2LHMA 4XYYA 1HC0A 2H9KA 3TMXA 1JKBA 3N9EA 4WL6A 4TTDA 2HEDA 1GB9A 1LZAA 1XGPC 1YL0X 1T6VL 1HFZA 1ZMYL 1D6PA 1JJ0A 2DQEY 3EBAB 4O34A 1W08A 5HNLA 3TMUA 3WVXA 4B4JA 4XJDA 1LJEA 1B9OA 1UBZA 5KXRA 3AGIA 1JKCA 1PS5A 2BQLA 5B1GA 2MEGA 1B5UA 3A95A 1GFUA 3J4GA 4NGWA 4OWBA 2F4AA 2BQFA 1FKQA 1LZYA 5LVKA 4B4EA 1LZ9A 2Z19A 4OWAA 2YBLA 1LMTA 5EBHA 1JJ1A 4XENA 3TXGA 4NGKA 3J6KA 4DDAA 1HMKA 1GBWA 4ETAA 4ETDA 1JTPL 2DQDY 1CKGA 5B07A 3AZ6A 1BB5A 1IY4A 2Z18A 4TSCA 4UWUA 1KIPC 4GCEA 1RE2A 2Q0MX 1WQMA 4B0DA 1IP2A 1IWWA 1QSAA 4MCKA 4NGLA 4N1EI 1DKJA 1GF9A 5KKJA 1JITA 1TAYA 3AZ7A 1YKZX 3ZVQB 2YVBA 3AZ4A 4NGVA 1FN5A 4N9RA 4NSJA 1FKVA 1XGQC 1N4FA 3TXIA 1OUDA 1LJKA 1QQYA 2YBMA 1GBSA 1KIQC 4WOAA 1G7MC 7LYZA 4BAFA 4QDNA 4QEQA 4HV2A 1IP3A 4J0LA 2XBRA 4LT2A 4LZTA 4FJRA 5B05A 4IATA 1LMOA 1LHMA 3B72A 1HFYA 1B7OA 1YIKA 1C46A 3HBHA 1GE2A 4H9HA 1EQEA 1LZRA 4ZEEA 4HJVA 4WLXA 4WMGA 4OW1A 4WM2A 5KXYA 1J1PY 1BB7A 1LZ5A 2IFFY 4H9CA 4WM1A 3CSZA 4LGKA 1GB7A 1FLYA 4NY5A 2I26L 2HEBA 4NHIA 5KXZA 1LSMA 2BQHA 2LYOA 4GCCA 1WQOA 4N5RA 2Z2FA 2MEIA 3AB6A 4W94A 4DT3A 1JISA 1RJCB 3CT0A 4Z46A 1UIGA 3ATOA 4QGZA 5HLLA 1C45A 1GB8A 3P4ZA 1LZNA 4XJIA 4YEOA 4LYZA 1V7SA 2Y8PA 1LSZA 4RW1A 2W1MA 4ML7A 3TXHA 1VFBC 4G4CA 1HEMA 4OWHA 4TUNA 1F0WA 2YSSC 1UA6Y 1A2YC 3SP3A 5LAGA 4WLTA 1LJFA 5FELA 1UIDA 2GV0A 4LFXA 1ZV5L 1GE3A 1B7MA 1WQRA 4RLNA 2MEEA 1RFPA 1VDTA 4GLVA 4HTNA 1QUTA 135LA 3OK0A 1GF0A 1GFGA 4MR1A 4DD3A 4DYGA 1LCNA 4G9SA 4LYCA 2A7DA 4BAPA 2NWDX 4XJGA 4NHSA 9LYZA 1IWTA 2B5ZA 1DQJC 1F6SA 3TXBA 3LZTA 3WH1A 5LVIA 3GXRA 2YBHA 2BQOA 4YENA 1YAQA 4NWEA 1GBOA 4R0FA 1JPOA 4HTKA 1GF3A 2BLXA 1FDLY 4NGIA 4II8A 2Z39A 5HMVA 1F6RA 1BB4A 1VATA 2MEAA 3TXJA 5APEA 3VWOA 1UIAA 5F16A 1B7QA 1QDTA 1IR7A 2G4QA 5E4PA 1B5VA 2DQIY 3BKHA 1IO5A 2BQGA 1YROA 2X0AA 2HU1A 4LYTA 1B5WA 1CJ7A 2C8PA 2Z37A 1HENA 2H9JA 1JJ3A 2ZILA 4GN4A 1BWJA 3W6AA 2LYZA 2MEBA 2BLYA 2G4PA 4AGAA 1IY3A 2DBTA 3B0KA 4BS7A 2XJWA 2YDGA 1IWVA 1LSPA 5T3FA 4NSHA 2HU3A 5L3IA 3N9AA 4LT0A 3WPLA 4WLYA 3P66A 1GFAA 1CJ9A 3A8ZA 1XGRC 1GD6A 1OUIA 2W1LA 4GN5C 1NHEA 4WM3A 1YAOA 3N9CA 5KXOA 2DQJY 5FEKA 5DN4A 3LN2A 1GFEA 4EOFA 1LZEA 1AM7A 1DPWA 1GF4A 1LJ4A 1BWIA 4NSGA 4C5FA 2BQNA 5APFA 1GF6A 4H8XA 4CJ2A 1FLQA 4NHQA 1GF7A 1YANA 1P2CC 2MEFA 1LTMA 1DXJA 3A6CY 5KXMA 5J7CA 1B7PA 4XJBA 2HECA 1JEFA 1B5XA 3IJUA 1ZVYB 5IELA 1JHLA 1YAMA 2W1YA 4H9FA 1BVKC 2BQEA 4XJHA 1LJGA 1G7LC 4PHIA 3HBEX 5LVHA 2AUBA 4I0CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GQFA 1L84A 1LMQA 5B1FA 1TGUA 1LMAA 4II7A 2LHGA 212LA 4DDBA 2LCBA 180LA 1L74A 6LYTA 189LA 2OEAX 4GMQA 1L61A 5ILFA 2F4GA 5EP4A 3RZ4A 1L69A 3AV0A 147LA 1GB3A 5AMYA 1DO0A 3GLHB 3GP1A 1GE0A 4QHSA 3LQRA 1OKSA 2Y20A 4IBCA 3OTOM 1INUA 5IHGA 1UIHA 5LA5A 2OU0X 196LA 164LA 4TWSA 1V34A 1IP4A 3SB6A 4DD2A 4REZA 1JTTL 1LHHA 1C6CA 1DYCA 3C7ZA 2Z38A 3GRVA 1OWYA 1IN6A 2XH9A 1LI6A 3A90A 4CJ6A 1LSYA 1C43A 4MGKE 5LYTA 1QT7A 2LXEA 229LA 3CF6E 2K0BX 1T3PA 1LZ6A 3F9LA 3KSJA 1LYZA 2A5YB 1L2CA 1IC7Y 4J1BA 3GO8A 3WU9A 247LA 1J7KA 5LVJA 3FYCA 2LHCA 235LA 4PT5A 3I4VA 1QIOA 1TH2A 2QCUA 1G1WA 4H1PA 1E32A 1BVSA 1A4VA 4IAPA 5JENB 4WM4A 1XMQM 1AKIA 1WQQA 1UFZA 5FTKA 3HH6A 110LA 3HHXA 1UC0A 2RKOA 2ZIJA 1GFHA 1S3SA 5ITTA 1LSNA 1OFHA 1P6YA 4N8ZA 2R0IA 1B2KA 4RW2A 3SB9A 4I7SA 4WG1A 1T97A 1JSEA 4DV1M 1R7RA 1OP9B 4IJ4A 1B7NA 3RT5X 5C6JA 2ZTDA 4HPEA 3TWKA 1N32M 1LGWA 4CISA 2ZNXY 2DHYA 1NWGA 1L59A 1L58A 1DI4A 2FBBA 3AZ5A 2DQAA 2Y0QA 3NYAA 1LPIA 1L01A 1MELL 4DD7A 218LA 1XFPL 3WMKA 1XNRM 3WHLA 2DNAA 2B6WA 1GFVA 3AGGG 2X4AA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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