1D0MA

The escherichia coli lytic transglycosylase slt35 in complex with bulgecin a and (glcnac)2
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
322
structure length
312
Chain Sequence
MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords 35KD SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
publication title Crystallographic studies of the interactions of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 with peptidoglycan.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 110
structure length 312
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-09-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1d0mA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d0mA02
4DD7A 5A3ZA 5I4XA 1GB3A 4DWXA 4H94A 5KJ9A 3TXKA 1QDRA 1UACY 4QY9A 1LZBA 2Z2FA 2HEBA 1GBZA 1XGPC 1GFEA 1LJJA 5KXNA 3AJNA 3BKHA 3N9AA 1C08C 4WG7A 2A7FA 3D3DA 4OWEA 1LSFA 1LZTA 1SLYA 1JPOA 5DN4A 5KXMA 3RZ4A 1HFZA 3LYOA 1GF6A 1GFTA 4DDAA 1GF3A 4DYGA 2ZQ3A 5KY1A 4YENA 5LVHA 134LA 1IWXA 3W6BA 1IC7Y 2H9KA 2W1LA 2YBMA 4WLDA 4XJDA 1IOQA 2DQHY 2GV0A 1LSMA 2XJWA 1YQVY 5KXZA 3WU9A 1QDTA 1GB8A 5I53A 3GXKA 1IY4A 1LZCA 1UIEA 1GBWA 5L3IA 194LA 1GF4A 1LMQA 1XGUC 2BPUA 1B5ZA 1WTNA 2ZILA 3OJPA 1HEWA 3A3QA 1LJEA 3LYZA 1NBYC 1GFJA 4GCDA 4XJFA 4LYBA 1IY3A 5B1FA 3A92A 2BQBA 3TXBA 1VAUA 1IC4Y 1IP1A 4B0DA 4RLNA 2VB1A 5KXKA 4I0CA 2F30A 154LA 1JEFA 4RW1A 1QSWA 3OK0A 2ZNWY 3A3RX 2Q0MX 4DDBA 4M6DA 2HEAA 2Z37A 1GDWA 4BAPA 2CGIA 1GFHA 3W6CA 1LZ4A 4LFXA 2MEDA 3TMUA 4WOAA 1HSXA 2BQKA 2BQHA 1C45A 3AZ4A 5APEA 1LOZA 4OOOA 1DI3A 3CSQA 4H90A 4NGLA 3LYTA 3D9AC 1B7LA 1DPXA 1YAMA 1J1XY 3CT5A 207LA 1J1PY 3WH1A 1NMMA 3WXTA 4J1BA 5T3FA 1YAPA 1GFUA 1D0LA 1LJFA 1FLUA 1BB5A 4GN5C 2BQMA 4CFOA 4CHXA 1LHIA 3WL2A 135LA 1GXXA 4HPIA 1T3PA 1LZDA 4BAFA 1GE1A 5LINA 4N9RA 5L3HA 4XJGA 1OUIA 1LMOA 4XJBA 1UIBA 1B7NA 1HEQA 1REMA 3WVXA 5F14A 5DN5A 1NWGA 4H9CA 4H9HA 4HP0A 3J4GA 2C8OA 4LGKA 3WPJA 1D0MA 1B7OA 3M18B 6LYTA 1GB9A 1GB6A 2DQCY 5KXPA 4GLAA 2H9JA 3B0IA 5HQ1A 1IVMA 4DD2A 5F9UA 4KT3A 3HBEX 1CKCA 1XFPL 1XEJA 2LYZA 1HSWA 1LPIA 1LSAA 3AW7A 4H8XA 1DKKA 3K3TA 1B7QA 4HJYA 5JENB 2I6ZA 3B0KA 1IP4A 5KXRA 1HEOA 3SP3A 1GBOA 3HBDA 5I4WA 1LMCA 5ILFA 1MLCE 1BB6A 1UC0A 1LZNA 1A2YC 1EQEA 1UIGA 2D91A 3B6LA 4ANRA 4NGOA 1LKRA 1CKHA 4NIJA 4DDCA 2DQJY 5L9JA 5KKIA 4NSHA 1ZVYB 3EMSA 4O34A 1GHLA 4UWNA 4PGJB 1B9OA 4NGZA 1AT6A 4RDSA 1HMKA 1LZ8A 4TSCA 2G4QA 3TMXA 5DLAA 3ZEKA 1IOTA 1GFVA 4CFPA 1JJ3A 4GCEA 5APFA 4AXTA 5HLLA 8LYZA 4PPOA 1F0WA 1LHJA 3M3UA 1TBYA 4PHIA 1UUZC 4NWEA 3AW6A 2BQEA 4FJRA 1IP3A 1NBZC 7LYZA 4KPMA 4RLMA 1EQ4A 2AUBA 5IDDA 5KXYA 1EL1A 1LSGA 1JTOL 1RCMA 1W6ZA 3FI7A 2X0AA 4XENA 5LVKA 4C5FA 4ET9A 5APCA 1OQMA 1WQOA 4H9IA 4J1AA 4QDNA 3RW8A 4H9BA 1WQQA 2C8PA 5A3EA 4PRUA 3A93A 4LYCA 3P66A 1CKDA 4NGJA 1KIQC 1F6SA 3TXGA 3CT1A 4XN6A 1B7SA 1BVXA 1GBYA 2D4IA 4N8ZA 4DT3A 1GE2A 1GEVA 1WQNA 1WVUA 2BQFA 193LA 2ZIKA 2ZWBA 3A8ZA 1LYSA 4LZTA 2YBJA 1IP6A 1LZAA 1OUEA 4B49A 1MELL 1Z55A 4G49A 3W6AA 1HMLA 5J7CA 1GEZA 1QQYA 1YL1X 1JKDA 3B0OA 4LT0A 2W1MA 4NG1A 5EBHA 3TXDA 1PZYA 4NEBA 1DKJA 3LYMA 1LJHA 3P68A 4NGYA 3AZ6A 1LZEA 1BB3A 3EBAB 4H93A 1ZV5L 1SQ2L 5D5CA 1LAAA 2HTXA 2RSCA 4NGVA 1V7SA 3EXDA 3N9CA 3A6CY 2YDGA 1GE4A 3MGWA 1KXWA 1HF4A 5LAGA 1GF5A 3AZ7A 3BKVA 3W6DA 4ZIXA 2LHMA 4RW2A 1HC0A 1YKYX 3TXHA 4B4JA 1LHMA 1GPQC 1HEMA 4LYOA 4H8ZA 1LYZA 3A94A 4HJVA 4Z3MA 4MSTA 3CT0A 1REZA 3A96A 1LJKA 4LFPA 4NSJA 2MEGA 4N0JA 4ZEEA 3N9EA 1FLYA 3AB6A 4WM4A 2LZ2A 1G7HC 1VDTA 2PC2A 3P64A 1LMNA 2NWDX 3T6UA 4Z41A 1LZ1A 4ETAA 1LSYA 4TSBA 3TMVA 4XYYA 1F6RA 5LA5A 4GCBA 4HJZA 5B07A 1CKFA 1LJNA 4H9FA 2BLYA 1B2KA 2MEBA 3IJVA 1BHZA 2CJLA 3AGGG 2ZNXY 3WW6A 1VEDA 1HNLA 3TXFA 1YAOA 3TXJA 5KXLA 3LZTA 4DD1A 4R6CA 5FEKA 1YKZX 1UIAA 1CJ7A 5LXWA 2BQIA 4P2EA 1IP2A 1OUFA 1FKVA 4J0LA 1VATA 3G3AB 2CDSA 2W1XA 3RT5X 2MEIA 2N5ZA 1YILA 4WLXA 1LCNA 2XTHA 3FE0A 1QUTA 4YM8A 5KXTA 1B7RA 4H92A 1CJ8A 1IWTA 1LYOA 1CNSA 1ZMYL 3LZ2A 3VWOA 1PS5A 3WPKA 2DQAA 3E3DA 4X3BA 2EKSC 2HU1A 1GD6A 2D4JA 1DI5A 4H91A 4G4HA 2HU3A 3TXIA 1AKIA 4GCCA 5APDA 5DM9A 1O23A 1P2CC 3W6FA 4ETEA 1B5WA 5M1YA 1YANA 1LJ4A 2G4PA 4DD3A 1RFPA 1I56A 1QTEA 1BWHA 1JSEA 4UWVA 4ETBA 1B5UA 1FLQA 1GB2A 1OUHA 3AZ5A 3HBHA 4ZFPA 1B0DA 1CJ9A 1GFAA 2A7DA 2EPEA 1IR7A 1CKGA 1LYYA 1LSEA 4HTKA 5HMVA 3QNGA 1G7JC 1DI4A 1LHHA 4OWAA 4C3WA 2W1YA 3GXRA 4L41A 4W94A 5LYTA 4M4OA 1E8LA 1FDLY 4N5RA 2FYCA 1IWVA 1C10A 1RJCB 4YEOA 4ML7A 5KKJA 1JTPL 3TXEA 1IWYA 1YL0X 2XBRA 1LSCA 1JWRA 1B7MA 2YBIA 4XJIA 1JITA 2IFFY 2MEFA 5HMJA 4YEMA 1OUAA 2BQCA 1XGTC 1LZ5A 4GN3A 1UCOA 1JKAA 1B5VA 4II8A 4WM1A 1GFRA 1GAYA 3A91A 4ETCA 4LYZA 6LYZA 3A95A 5KXXA 4KXIA 4I8SA 1T6VL 1NDGC 1LJGA 5AMYA 3AYQA 1DPWA 1HFXA 1NDMC 3WW5A 1GF0A 1IEEA 1LSZA 2HUBA 1LZSA 2ZQ4A 1J1OY 3A90A 5HNCA 1OUCA 1XSFA 4LYMA 4R0FA 1AM7A 2MEEA 4TWSA 3F6ZA 3LN2A 3WUAA 5FELA 1KXYA 5LAFA 1A4VA 1C43A 2B5ZA 4LT3A 2HEEA 1V7TA 1GWDA 4WO6A 3WPLA 208LA 2MEHA 1EQ5A 5LVGA 1FKQA 4N1EI 1HFYA 2MECA 3ATOA 4TTDA 2MEAA 4G9SA 5B59A 1JTTL 1UIDA 1XGRC 3P65A 2I25L 4WL6A 3B72A 1FLWA 1VDSA 1YROA 4HTNA 5LYZA 1D6PA 2LZTA 2Z19A 1KIPC 4EOFA 2BQLA 5ILCA 2DQEY 4BADA 2WARA 4Z98A 1BGIA 2DKVA 2Z38A 1D9UA 1GDXA 1NQIA 2FBBA 4GLVA 1JHLA 3TMWA 1C7PA 4QGZA 1JKCA 1F10A 1JISA 1GF8A 1LHKA 1QTKA 1I1ZA 1XEIA 2CWIA 2YBNA 4HV1A 4NHIA 4TUNA 4PJ2C 4B4IA 1IX0A 4B4EA 1JUGA 2ZIJA 1N4FA 4HSFA 2I26L 5F9XA 4BS7A 1JIYA 4U3XB 5B06A 133LA 2ZYCA 1FN5A 1UIFA 1LJ3A 4OW1A 4WLTA 4ETDA 3T36A 4LT2A 2BQGA 4NFVA 4WM3A 1W08A 1WQPA 1XEKA 2Z2EA 1IWZA 3J6KA 1UBZA 4LT1A 3CSZA 1UA6Y 3IJUA 1LZ6A 1GBXA 1GFGA 1IR9A 1TCYA 1QSAA 3P4ZA 4NHSA 1BVKC 1UIHA 5K7OA 2G4NA 1AT5A 4H1PA 2BQOA 4CJ2A 4OWCA 5LIOA 1TEWA 1IIZA 4GCFA 5I4YA 4IATA 1D0KA 1GB0A 3WUNA 4J7VA 3ZVQB 9LYZA 1BWIA 1OUGA 1GE3A 3RU5A 2EIZC 3A67Y 1BB7A 2Z39A 4NY5A 1DZBX 2EQLA 1LMTA 5FHWA 153LA 2DQIY 4OOTA 1TDYA 5C6IA 5B05A 4WG1A 4WLYA 4W96A 1YIKA 4NGIA 4YOPA 4ET8A 3ATNA 5HNLA 5I5QA 1WQMA 3A34A 2IHLA 1LTMA 3WU8A 2FBDA 1OUJA 2YBHA 3WYHA 5KXSA 1HELA 4EMNA 3RNXA 1LHLA 1TAYA 4NHTA 3WUMA 4CGEA 2DQFC 3W6EA 4NGWA 1AZFA 3A6BY 4FDYA 4HTQA 4DD0A 1HHLA 5F81A 1LZRA 1OUBA 2ZYPA 2XBSA 2F2NA 1H6MA 4XADA 5C6LA 2YSSC 1REXA 1KIRC 1BB4A 4NG8A 5E9RA 1WQRA 2HEDA 1GXV2 1NKHA 5LVIA 1I20A 2F4GA 3LHMA 1RI8B 1JJ1A 2H5ZA 1OUDA 2YBLA 4N1CC 1INUA 4YF2A 2BQDA 1LZYA 1GAZA 3AGIA 1GB5A 4IJ4A 4WO9A 4H9EA 1IR8A 1LSPA 1YAQA 1NF5A 1GF9A 1FBIX 1C46A 4XJHA 5D5FA 5I54A 1REYA 1DQJC 1B5YA 3G3BB 5LYMA 3QY4A 1IO5A 2Y8PA 2HECA 5DL9A 1HERA 2BQAA 4NHPA 4QEQA 4NSIA 3EO5A 1LKSA 1YKXX 4GN4A 1CJ6A 4OWHA 5IELA 1ALCA 4DD9A 1LSNA 1IWWA 1D6QA 1GF7A 2LYMA 1HENA 4WM2A 3WU7A 3WVYA 5F16A 1IORA 1B7PA 1QIOA 3WMKA 1GBSA 1LZ9A 4G4CA 4WMGA 2BQJA 3WXUA 1QUSA 4AGAA 1LSDA 1BWJA 1GB7A 2FYDA 1BQLY 1RE2A 2D4KA 1WTMA 4H9AA 2BAAA 4IASA 1KXXA 4NWHA 4Z46A 2F4AA 2Z12A 2DQDY 1NHEA 1GFKA 3AGHA 5E4PA 1HEPA 4NHQA 4D9ZA 5C6JA 1IC5Y 1IOSA 4NSGA 3KAMA 4WM6A 5LVJA 3ZVQA 4E3UA 3HFMY 2LYOA 1VDPA 5II3A 2YVBA 3CSRA 2DQGY 5KXWA 2BLXA 1IP5A 3QE8A 1VDQA 4UWUA 1B5XA 1ZVHL 3WULA 4KL7A 4NGKA 1IOCA 4LYTA 4WM5A 1DXJA 2BQNA 4WL7A 3IWRA 4PRQA 4HV2A 4B1AA 5KXOA 3CQLA 5FDJA 1LMAA 2DBTA 1IP7A 1WVVA 3ULRA 1IWUA 1UICA 2D6BA 4G4BA 1G7MC 1H87A 4MR1A 1JKBA 1LSBA 5B1GA 1VFBC 3CB7A 4HPEA 1G7IC 1LZGA 5IHGA 4H8YA 132LA 4MCKA 1G7LC 1LJIA 5FSTA 4A7DA 1JJ0A 1GE0A 2Z18A 4TX7A 5FCPA 1OP9B 4DC4A 1LMPA 4OWBA 2HEFA 1JSFA 5LA8A 1XGQC 3W3EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FE8A 5A3ZA 4M0WA 5KJ9A 3TXKA 3GUKA 3SB5A 4GMQA 1XGPC 2OE4X 4WG7A 2JY8A 1UM8A 118LA 192LA 1LZTA 1GF6A 4DDAA 3B9PA 3VK8A 1QTHA 3A46A 1QAOA 5DNYA 1L41A 2L78A 2H9KA 3UGJA 2DQHY 1L92A 2RBPA 1L52A 1PJTA 4DAJA 2GV0A 1S3SA 1LSMA 2XJWA 1L90A 1YQVY 1JTMA 5KXZA 3MMPA 1QDTA 2RKOA 3KDSE 3PFIA 1GBWA 4ARLA 1LYJA 1LMQA 4DR5M 4OO9A 3C7ZA 1QSQA 1ZQ9A 3J80S 1GFJA 4XJFA 1IY3A 3CGWA 1C6EA 126LA 3HU2A 180LA 3R9XB 2DKLA 3OE0A 3QWLA 1G0JA 2VB1A 2KEBA 3KXEC 1QSWA 2ZNWY 2CUUA 2Q0MX 4M6DA 2R45A 1NJGA 3HJ8A 4LFXA 3TMUA 2QZ4A 2BQHA 4IBKA 1TDHA 3VDPA 3MJ5A 1L75A 5APEA 1L10A 2LVNC 4OOOA 4NGLA 3LYTA 1DPXA 3GPPA 4GKKM 4OU7A 2R18A 2WSEF 3SYKA 1J1PY 1V34A 207LA 4LDLA 3WH1A 223LA 1ZMVA 1DYCA 1BB5A 4GN5C 1GO5A 1LZDA 2LVQD 4N9RA 1XB2B 3C83A 123LA 1OUIA 4LF4M 1B7NA 1UIBA 4W5WA 3WVXA 4H9CA 3JR6A 1L30A 1GB9A 5KXPA 4GLAA 2LC9A 3HBEX 5LMUM 3AW7A 4CHTB 1OVKA 4H8XA 1PJJA 3K3TA 1IN4A 2I6ZA 4GITA 1L38A 2CE7A 1L57A 1GBOA 3BBZA 1A2YC 1EQEA 4NGOA 1LKRA 2RBNA 218LA 5LZMA 2R65A 3DN8A 4RDSA 3A42A 3HTBA 3ZEKA 3NYAA 1L47A 4WP2A 2L4EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1RE2 A;  5E4P A;  3KS4 A;  2XF3 A;  3G3V A;  2R4E A;  4LJ6 A;  3GQ3 A;  1IOS A;  3HWL A;  3VK7 A;  4M9X A;  3KAM A;  2ZAM A;  3J81 S;  3HFM Y;  1VDP A;  5II3 A;  2MGW A;  2A5Y B;  2BLX A;  3SB6 A;  2OU8 A;  1B5X A;  4I7J A;  1AIP C;  2VQF M;  1IOC A;  4LYT A;  1EFU B;  1SSW A;  1DXJ A;  4W58 A;  206L A;  3SAS A;  5FDJ A;  1JR3 E;  3FYD A;  1YUB A;  2ZAO A;  255L A;  4WUR A;  1PJS A;  3ULR A;  5DFL A;  262L A;  1G7M C;  3C58 A;  1H87 A;  1WTH A;  4MR1 A;  1D2Y A;  1LSB A;  1R6B X;  1K3X A;  2KDL A;  1VFB C;  3CB7 A;  4HPE A;  1LZG A;  5IHG A;  2Y0T A;  132L A;  1LJI A;  5FST A;  5EXX A;  3A98 B;  5FCP A;  4DC4 A;  172L A;  1CUP A;  1L02 A;  1XGQ C;  2ZAN A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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