1DBTA

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from bacillus subtilis complexed with ump
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
237
structure length
237
Chain Sequence
MKNNLPIIALDFASAEETLAFLAPFQQEPLFVKVGMELFYQEGPSIVKQLKERNCELFLDLKLHDIPTTVNKAMKRLASLGVDLVNVHAAGGKKMMQAALEGLEEGTPAGKKRPSLIAVTQLTSTSEQIMKDELLIEKSLIDTVVHYSKQAEESGLDGVVCSVHEAKAIYQAVSPSFLTVTPGIRMSEDAANDQVRVATPAIAREKGSSAIVVGRSITKAEDPVKAYKAVRLEWEGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
publication title The crystal structure and mechanism of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus subtilis
total genus 82
structure length 237
sequence length 237
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 1999-11-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1dbtA00
3TW7A 1LBFA 3DH7A 4MYAA 1XUZA 1QFEA 1I4NA 2Z0IA 4S2CA 5MHBA 3ZR4A 3LRLA 4WOZA 1FQ0A 2QAPA 4EOUA 1SZEA 1O5KA 2YZRA 1IXNA 1FDJA 3NPXA 2WV8A 6TIMA 1EEPA 2WNZA 1SR9A 1SO5A 5F4SA 1LORA 1W3TA 1W3IA 3IIPA 2Y7EA 1TPDA 4R34A 3CWOX 5F2LA 5BRBA 4ZQOA 1OX4B 4FNPA 5LNWA 4O19A 3N34A 3W07A 1HUVA 3DAQA 1L9WA 1PHWA 5J5RA 2J88A 4O1DA 1XBYA 1FXQA 2WSYA 3PSWA 1X8FA 2HTMA 3L5AA 1G7VA 3DKLA 4QITA 3TMLA 1W54A 3CEUA 4GUIA 1ZY9A 1EP2A 3DGRA 1ICSA 2ABBA 4JEQA 1CW2A 4K8HA 1OF8A 3EX3A 3GIYA 3PBYA 1EIXA 3TFXA 1MEWA 3TC7A 4LRSA 2TPSA 3NXFA 1M7PA 5TBOA 4TX9A 1TPFA 2V9DA 1XXXA 1ME7A 3UWQA 4LUIA 4E2DA 4QSHA 3C0JA 1YTDA 4IPJA 4J9JA 2W0UA 4GNJA 4UNLA 1I45A 1Z42A 3UYCA 1WDWA 3VNDA 2HS8A 4WXYA 2WSQA 3TV8A 2E5DA 3UZJA 4LV4A 3M47A 1VLIA 3SECA 4ZQPA 4DEFA 4JIQA 5FESA 3GDMA 3G3MA 3MI2A 4UTLA 5C6MA 4JTIA 4K8EA 3STEA 4GUFA 3W7KA 2GQ9A 5FEXA 1IXQA 4O10A 1AMKA 1TTPA 3FJ6A 5DCBA 3NZRA 2H8ZA 1JCNA 1R47A 5D2YA 2NWSA 1KV8A 3JR2A 5AHLA 3HGSA 3W73A 5U7SA 2D73A 2CLMA 1GZGA 5D2VA 1MXSA 2B0MA 2G97A 4K38A 4Z1BA 3W7LA 3TIMA 1G4SA 3LTPA 1X7FA 1W5OA 2NUWA 4FNRA 3L0GA 4LOCA 3V75A 3I6RA 3ABSA 3W2MA 3RK8A 3LXBA 3M9YA 4K7YA 4UIOA 1OJXA 3L21A 4TIMA 2Q8LA 1F74A 4RXGA 4JTLA 3E96A 1NF0A 2YFNA 3M16A 3CWNA 5LHFA 1TPUA 3M5YA 3LBMA 3W1XA 2EPHA 3G8RA 3SJ3A 5D37A 1YDOA 2OMAA 3MJYA 2ISVA 3I7SA 1AW1A 3DHDA 2ZZ7A 2OT1A 4CQ8A 1DV7A 1OX4A 3SIZA 2OX1A 5G2IA 1WOBA 3F03K 1DQXA 3U8GA 3HPZA 3KVJA 1VRDA 3Q58A 4DBDA 3DKJA 1H1ZA 2ZDRA 4FEZA 4JR5A 4LRTA 2GVGA 1VQTA 3TQKA 5KSWA 3IVSA 1LBLA 4O12A 1FWRA 5FF3A 4L4LA 2DJLA 4DO5A 5K9CA 3P5ZA 3BG3A 1TMHA 4XBSA 2YW4A 3LTYA 1EA0A 2QR6A 2VFDA 3ATYA 3I68A 4M6QA 4O15A 1I8JA 3UWZA 4FF7A 4JDBA 1GPWA 1TJPA 3E02A 3EWWA 4A22A 1SZNA 3NL6A 2W6RA 2ABAA 4NJHA 3EB2A 1W3NA 5EBUA 1YADA 3T40A 5HWNA 2DZUA 2AQWA 3N19B 1ZENA 1I2RA 2F84A 3GDTA 4LVAA 2FPTA 1QMLA 4WY0B 3A22A 4UCGA 3IIXA 3UPBA 1TPEA 3KAOA 3NZ1A 2I9EA 2TYSA 3NL5A 2Z6IA 1VZWA 3QH2A 3HG2A 3VFLA 3LDVA 5AYYA 3GYEA 5EPDA 4JTKA 1JCYA 1VCFA 3W2KA 3BVJA 1QDSA 4MJZA 3HB9A 2ZRXA 1IXOA 1Z44A 4ADUA 3ABQA 3BV4A 2CLHA 4AXKA 4IOTA 1G4EA 1HFBA 1XI3A 1AL7A 5CZJA 1D3HA 3FA5A 3C8FA 1KLZA 3LTSA 2A85A 1A5AA 5A8GA 1A5SA 3B05A 4HSOA 3TU9A 1XKYA 1XDMA 4YCOA 4MLRA 2NXIA 3GAYA 5AHEA 3P7YA 1NVMA 3KFTA 3PBUA 1ZFJA 2VEIA 3C2EA 2RKXA 5D02A 4PTNA 3EWZA 2E68A 2HMCA 1C29A 3KVKA 4LT9A 5F1VA 1FBAA 4XTIA 4LVBA 1EWDA 2C6QA 5AC8A 1HL2A 1OYAA 4NX5A 5KINA 3WJWA 1T0OA 1H7NA 1KFBA 3PB0A 1KFCA 1LROA 3GNDA 1VC4A 1OFOA 4O1AA 3N9RA 4X22A 2OZ0A 4QJ1A 4LVFA 3AJXA 1BEUA 1N55A 1RD5A 1OFEA 2QDHA 5U4NA 1B9BA 3QC3A 4OU1A 2ZYFA 1DL3A 1K8ZA 1QCWA 4IX2A 3W7QA 3BPWA 4JTUA 1EP3A 4K37A 4LS1A 4BF9A 5HNRA 3ATZA 4NUWA 4S1FA 3PB2A 3QZEA 4GUGA 3G1HA 3W7NA 5CPMA 4O4WA 2UV8G 5TQLA 2F7FA 3SI9A 4AF0B 1ZAJA 2Y63A 1H7RA 3P62A 3QMTA 4ZQRA 4O17A 1Q6QA 5TIMA 4IXXA 5AC7A 3EWXA 1ONRA 3RLUA 2QCEA 3MW7A 5K9DA 2TRSA 2XN1A 2QCDB 1B3OA 1A53A 1LRNA 1W5NA 3BO9A 4ML9A 3B0VC 2QCLA 2OJPA 1VR6A 5HUPA 3HGJA 4OQVA 1ZNNA 4BR1A 3OBKA 4MLJA 1XL9A 4K36A 5K9XA 1PL9A 4NNCA 4BWLC 3HG5A 1HO1A 1QWGA 3N73A 4JX5A 5DBUA 4JTTA 3GDRA 3QM3A 3T7VA 3UZ5A 1G7UA 4JX6A 2P10A 8TIMA 1XCFA 5G4EA 1YTKA 1KM3A 3PBWA 4I9AA 2BTMA 3PG8A 1W5QA 2HSAA 3TW6A 1G69A 1HTIA 1L6YA 1SZFA 3LM7A 3EWYA 3NNTA 2BZNA 4NJGA 3P82A 2DZPA 3DZ1A 3M6YA 1SO3A 3B0PA 4KFNA 3THAA 1F2JA 3P61A 3P74A 3L5MA 1LDCA 5F4XA 3TNOA 5DY2A 5CKSA 5I3IA 4RCXA 1H50A 5LGXA 4DO6A 4QQ3A 2YGYA 3MMTA 2FTPA 3LCIA 2CLKA 3G1DA 4A29A 5D05A 3NDOA 5H2ZA 1LRTA 4JIPA 3HPXA 2FJKA 4XQ6A 4LTSA 2Y61A 3PBVA 4IQLA 2PE4A 3S5ZA 5I3JA 1OYBA 1OK4A 3FKKA 1C8VA 4ZL1A 2OT0A 4CCCA 2VFEA 4BFAA 4LW7A 1Q3NA 4BI7A 3UWUA 3KRSA 4XKYB 1SO4A 5AYXA 1H7WA 3NR0A 5E93A 4YLWA 2I14A 4A21A 4ADTA 1TV7A 3M41A 4WQ6A 1VH7A 3MP3A 4N6FA 1HG3A 1I2QA 2ATMA 3BGGA 4AH7A 1X1OA 5CGQA 4UR7A 2JGQA 1NSJA 1CX9A 1KA9F 2QCNA 4Z1CA 4PA8A 2FB2A 3W7OA 3TROA 2O7QA 5D2TA 3NL2A 1UASA 1D3GA 4NVTA 1FWNA 2NWRA 3E9AA 2QEZA 1M5WA 1KM5A 1M7OA 3W9ZA 1UB3A 3GXPA 3NA8A 3KOFA 5CPLA 3NQGA 4XTDA 4MPQA 3HMJG 1F05A 2JBMA 4O0KA 4MFDA 1SZGA 3EX2A 4NZFA 1F73A 4Z1DA 1LLZA 5KZEA 1NFBA 1YTEA 2VEKA 1EX5A 1TV5A 3G8EA 4WUIA 4ZMGA 3N14A 4GC4A 1RZMA 3WJYA 3BW2A 2GOUA 1WBJA 3G24A 1FCVA 3QPZA 3QMSA 4CQAA 3OG3A 4R33A 2NV1A 3IGXA 2WPBA 1OFPA 2FB3A 4ZVJA 1RR2A 1WBHA 4O57A 3W6YA 3I65A 3C52A 3GX9A 4MFEA 4CLMA 4UFMA 5H91A 4IGHA 3L66A 3S42A 5CPOA 1GOXA 1Q45A 4X2RA 4HKPA 1OYCA 3EXTA 2YYTA 4PL1A 4DXVA 1PVNA 1FX6A 5E0KA 4NJJA 1SUXA 4HT3A 2YCEA 3RU6A 1MEIA 5G5IA 1J4EA 1GVRA 3FEMA 2VFGA 3FYPA 4G1KA 1PHQA 3BARA 3FOKA 3G1XA 4GE8A 2ZBTA 3A23A 4UUIA 5EMUA 4KWWA 3EKLA 4P2VA 5HWMA 3CIXA 3NQAA 4TO8A 1C9DA 4PC8A 1R46A 4O52A 3DFPA 4MUZA 1HO4A 4O1BA 3M0ZA 2YSWA 3PUEA 4UTIA 3W7CA 3C2FA 3TMQA 1NAL1 3LLDA 4JYEA 1JR1A 3WK0A 1QO5A 4FIRA 2E5CA 2JKEA 2PRMA 3NQCA 4RK8A 5AHNA 3DHFA 5HJLA 4AWTA 1K8XA 2XN2A 3LLFA 2QCCA 3GB6A 3SFKA 4IMCA 2CW6A 1S3HA 2Y70A 1R30A 1S5TA 4OWGA 5FEZA 2P1FA 3GVGA 4FX7A 3NM1A 4H3DA 4O14A 3IV3A 1QNVA 4ORMA 7TIMA 3HF3A 5F4WA 3TH6A 4CNPA 3P81A 1A5CA 1K7EA 5KZDA 3LHTA 5D2XA 3SW6A 3LRKA 4DPQA 5K7JA 2ZRVA 1JCJA 1F6KA 1TPVA 1UJPA 1VJIA 2QF7A 1QO2A 5C2XA 3H53A 3L5LA 1VLWA 1KTCA 3TFCA 2ZFAA 3ABRA 4PODA 2C1HA 4N6EA 2PRHA 4NT0A 1I2PA 3MUXA 4NZJA 4JDYA 3MHFA 4JNMA 3T44A 1KV5A 4RZ4A 1Q6LA 3NGJA 3SR7A 1WQ5A 3QYQA 2Z2UA 3DFQA 3IGUA 3ABOA 1RV8A 4O8RA 1TO3A 3GDLA 3TC6A 1U5JA 5HWJA 1RPXA 5FF0A 4PCFA 4JYDA 1M6JA 3W1TA 3ZFHA 4A2RA 4MY9A 2XFWA 1DBTA 5BMXA 2GQAA 3KVLA 1K02A 3TKFA 3RLVA 3QQ1A 3W7PA 3W1AA 1JCLA 1GTEA 2ZRWA 4B5NA 1K03A 4H4IA 3EX6A 3IVTA 3INPA 3NQ7A 1SSGA 3UD6A 4FO4A 2H8XA 3M5VA 1SU5A 2B7OA 1F7BA 4HPJA 2A1YA 1OFQA 3Q94A 1VHCA 3GKAA 3L2IA 2E77A 3O6DA 3QEZA 3G3DA 1QOQA 1W37A 4CCEA 3GAKA 2E5BA 2Q3RA 2QJIA 5HUOA 3FKRA 2ZZ2A 3S5YA 1XBZA 3PM6A 1GEQA 1MO0A 2ZTJA 4IMFA 4BI5A 4DELA 2NXHA 1XFBA 4UTWC 3S1XA 5HULA 5BW6A 3NQVA 3LOTA 2PURA 3QW4B 5DELA 2NX3A 3PUOA 3BLIA 4QISA 3QRHA 1GWJA 4IX0A 3AO0A 4E38A 3LCXA 3RF9A 3LGEA 3G1VA 1Z41A 1TJRA 4RZ5A 4QAIA 2ATSA 3T78A 3R12A 4HIBA 4JTHA 4MZ1A 2V81A 3TR2A 4YXGA 5AN7A 1OHLA 3Q37A 2DZVA 3C2VA 3NO5A 1VPXA 3DENA 1EUNA 3LHYA 3F1QA 1BKSA 3TCEA 3O16A 3LI1A 3BW3A 2Y88A 4EF8A 5AFDA 4Z0SA 3WJSA 1SQ7A 3LCWA 2NV2A 2JGYA 3MBDA 1P5BA 3CB8A 3W7IA 3KXQA 2LLEA 2X1RA 3FIGA 3W76A 2YR1A 4NNBA 3VKJA 1H7PA 5FF4A 3W1MA 1XBXA 3G0SA 1R2RA 3D0CA 1J5TA 3B0UX 2X1TA 1SW3A 4GFSA 3W1RA 1SFJA 3U6WA 4O13A 1AG1O 2VFFA 3RFAA 1YPFA 3HQ1A 4K39A 1EWEA 1X6UA 3TX9A 2V82A 1N7KA 1FY6A 3L68A 4M6VA 3CHVA 1G6CA 1LLWA 3PUDA 3C56A 4JGDA 5IBXC 1TQXA 1TPH1 4Y6GA 4UC5A 4WD0A 1KFKA 3UWWA 3TDFA 5F2IA 5SWUA 5T26A 1KTNA 3HJZA 2VC6A 5EYWA 5AHIA 3YPIA 4WOQA 2Z1BA 1PCKA 3OA3A 2ZCGA 1XUUA 3CIWA 4IMDA 2QCHA 4M7SA 1P4CA 2WJZA 4NU7A 4AVFA 2Y7FA 4ONVA 3W2LA 4N2YA 4FNSA 2YDAA 2CLIA 3RNDA 3C4UA 4AWUA 4N02A 4Y9AA 3A9IA 4I7VA 4LV9A 3P67A 3MWAA 5AHFA 5HMSA 1QPNA 3M7WA 2CLFA 1LM1A 3CLMA 1PV8A 2PC4A 1QPQA 3UWYA 1W1ZA 1CI1A 4NQ1A 3MBFA 5I3KA 3EWUA 3LHUA 3FS2A 2DORA 5CG7A 5HQEA 5CPNA 1KLYA 3A5FA 1H60A 1B4KA 3TXVA 4UTMA 3SZ8A 4DQWA 4ALDA 2QCFA 3SY5A 4Y8FA 5D30A 3LV6A 3WK2A 3I7RA 2RDTA 1SW7A 1KM1A 2VFHA 2V2CA 3TJXA 1TTJA 3QSRA 2CLOA 3L65A 4JS3A 2RDWA 1H63A 3CEPA 3R13A 3BG9A 5K4XA 1IIHA 4DF0A 1KM2A 1JRCA 5HR7A 2A21A 5BNKA 2JKAA 2NX1A 3NOEA 1W31A 4N9CA 1KFJA 3T55A 5C5YA 1B57A 2EHHA 5KMYA 4UFJA 4MYXA 4HN4A 3G22A 3GNNA 1PS9A 3W88A 1WA3A 1KFEA 2CFFA 2WO5A 3TJLA 1TCDA 2JKPA 3U2OA 5K4ZA 2KZHA 1RQEA 3GXTA 3W72A 3N3MA 1KM6A 4UNKA 3W86A 1E51A 2VXNA 5D33A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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