1DKGD

Crystal structure of the nucleotide exchange factor grpe bound to the atpase domain of the molecular chaperone dnak
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
381
structure length
376
Chain Sequence
KIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGETLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKTGNRTIAVYDLGGGTFDISIIEIDEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIELLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Complex (hsp24/hsp70)
molecule keywords NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR GRPE
publication title Crystal structure of the nucleotide exchange factor GrpE bound to the ATPase domain of the molecular chaperone DnaK.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 96
structure length 376
sequence length 381
ec nomenclature
pdb deposition date 1997-02-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 1dkgD02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1dkgD01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1dkgD03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1dkgD04
1K8KB 2H3GX 1LCUA 2I7PA 1NBWA 4M7XA 3QFUA 2Q0RA 2E1ZA 3M3ZA 5AQUA 1T44A 4H0PA 5AZIA 2NZTA 2DPNA 3R6MA 4BG9A 1JCGA 1DEJA 3QFPA 3VF6A 3R8EA 3LDLA 1U2VA 3DXMA 4H0OA 4BRIA 1X3NA 1BWFO 4QS8A 1C0FA 4XH1A 3MN7A 4PKGA 3GBTA 4FWPA 4HWIA 5BR9A 5AQKA 1NGHA 2YCHA 5AZJA 3BF3A 2EWSA 1Z05A 2VYPA 1IJJA 2ASMA 4YDUA 3DXKA 3VEZA 1QQOA 3RSEB 4FOEA 1GLLO 2A42A 1XUPO 4H5RA 2GUPA 2A6AA 3MN9A 4A61A 4FWLA 3VGMA 5BREA 1U2VB 3O1BA 1HJOA 3DXMB 4M7YA 4H5VA 3CQYA 4K41A 3UKUA 3FZMA 4WQ4C 2E2NA 4BR0A 4K25A 4BRCA 3ATVA 4QS7A 1ATSA 5EVZA 1E4GT 3MCPA 4BVOA 5LY3A 5TKYA 1GLBG 4QS9A 2YHWA 2AA4A 5KQ8A 3DXKB 1X3MA 2YJEA 3ATUA 4EHTA 4PKHA 3QMLA 3UE5A 1NWKA 3L0QA 1BA0A 1G99A 4BC4A 4K43A 2CH6A 4AM7A 5E26A 1D4XA 3H6EA 3FZHA 1NLVA 4FPAA 4KBOA 1HPMA 2P9NB 2WUSA 3AAQA 3H3NO 2QWPA 3L4IA 4WQ4A 3WXIA 2BUPA 1TYQA 4BG8A 5EXWA 5AQSA 5CE3A 3DJCA 2NRHA 2D4WA 2HF3A 3I33A 3VOVA 5I9EB 2P9UA 3EKUA 3ULEB 4MLHA 2BTFA 2QXLA 1GLJO 2PAVA 4PKIA 3ZETB 2J4RA 4A2AA 4B1ZA 3GG4A 1WOQA 1BG3A 2P9KA 2KHOA 4IJAA 3CJ7A 2P9PA 2IVPA 2QM1A 2V7ZA 3W0LA 2D0OA 4F9OA 2FLOA 1NGGA 3QBWA 4FWKA 4O5FA 1P8ZA 5E84A 3TU5A 3W3DA 3WQTA 2ITMA 3O8MA 4K42A 3SK3A 1ZXOA 4NO7A 1GLEG 1ATNA 4XH4A 1NGEA 4BQLA 3C7NA 3ZEUA 2A40A 3D2EA 2VWBA 4B1YB 1NGAA 4WQ5A 4FOIA 5AQZA 2UYTA 3MN6A 1NGJA 5AQWA 4GNIA 3L6QA 3LDQA 5AQNA 3HI0A 4DCHA 3CJCA 1V4TA 2CH5A 3CJBA 3HZ6A 3VF4A 3IFRA 3QB0A 3AAPA 3HBTA 3VERA 1SZ2A 2FF3B 2GEMA 1BA1A 3IMXA 3EN9A 2FSJA 2P9SB 2HMPA 3D7EO 4DHYA 5ADXH 3VEVA 3H46O 1CZAN 3LDOA 2GWJA 2ASPA 3QDKA 4EIAA 5BPMA 4MO4A 4FWRA 4CZJA 1HUXA 4BR7A 3CJAA 1SQKA 5JLHA 5BN8A 3QICA 1Y64A 1ZC6A 5EY4A 4H5NA 2IVOA 5AQXA 2QWOA 2Q97A 1ATRA 3WEEA 4IWVA 4RWTA 1QZ6A 5BPLA 2F9TA 2YI1A 4H03B 1QQMA 3CJ9A 4CZHA 1EQYA 4CZKA 2W41A 2Q36A 4M63C 5JLFA 5BPNA 5AQRA 2V51B 1V4SA 3G25A 3VGKA 2E88A 2ASOA 1KAZA 4MLEA 5FPEA 3IDHA 5AZIB 1XQSC 2D1KA 3LL3A 1Q18A 5AQGA 3GL1A 3H3OB 4HTLA 3CIPA 2QW9A 3A5MC 3BP8A 5FPMA 4E1JA 3ZX2A 5AZJB 3FFKB 3WUHA 4BRPA 3D2FA 4CZIA 2E20A 5EOYA 2HOEA 4FWMA 3EZWA 2HF4A 1XC3A 3VESA 1KAXA 1E4FT 3A5NC 5AQYA 2D0PA 3O5BA 4PL8A 3U4LA 3WQUA 4Z94A 5BN9A 2IIRA 1DKGD 3ENHA 2P9IA 1YXQA 5KPZA 1JCEA 1Z6RA 3CHWA 5AQHA 4B1VA 5LJWA 4JHDA 1JCFA 5AR0A 1ESVA 2Q2RA 4B1UB 1MA9B 3UKUB 1QQNA 4A62A 1HX1A 2CGLA 2V52B 1HKCA 1NMDA 1H1VA 4FSVA 3FE1A 4CZGA 3EKSA 3HSCA 3LDPA 2ZF5O 1TUUA 3VEOA 3KZBA 4NB4A 1S22A 1C0GA 2GTDA 5AQOA 2E2PA 3VEWA 1IG8A 2P9IB 4B1WB 1X9JA 1QHAA 3FZLA 3TPQA 3MN5A 3O1WA 4CBXA 2A5XA 3EL2A 3O80A 4BRKA 3WXLA 4BRNA 4BRLA 1RGIA 3CERA 3SJHA 2OANA 3CETA 4FWSA 2QWRA 3SMSA 5AQMA 4CBWA 2ZGYA 4DB3A 1R59O 4BR5A 4BRFA 4B1XB 3I8BA 1TYQB 3CQXA 3JXUA 1J6ZA 3M6GA 4FWOA 1NGFA 4ISFA 3FZFA 4CZMA 3QBXA 4IZ9A 5AFUH 4BQZA 1SAZA 2NLXA 3VENA 1K8KA 2P9UB 4BC5A 3U9DA 5FPNA 4H5TA 1YAGA 5AFUA 3H1QA 2FXUA 4BRHA 3F9MA 1KXPA 5JICA 1DGKN 1T6CA 3OHRA 5F2RA 2F9WA 2P9KB 1LOTB 2QWQA 1GLDG 3R9PA 5AQVA 4JN4A 3ID8A 3U9ZA 2P9PB 1NM1A 3WXKA 3O08A 4ISGA 3FR0A 4H0YB 4FWNA 4J8FA 2E2QA 4RCHA 1U6ZA 4EAHD 4CZEA 4DQ8A 4YDUC 4ISEA 4BR4A 5ADXA 1MDUB 5AQQA 3FZKA 2Q31A 4GY2B 2IVNA 3B8AX 3C7NB 5AQJA 3ZEUB 4EHUA 3D2EB 4Y0WA 3LDNA 3C0BA 4XH5A 1NGIA 5B8HA 3KVGA 4FO0A 4JD2A 3RSEA 2I7NA 3O4WA 5KQDA 2YHXA 4IJNA 2GWKA 5LJVA 4RTFD 4CZFA 1KAYA 3H1VX 5ELZA 4BGBA 5JMVA 3HM8A 4C23A 5AQPA 5AQTA 3GOIA 4L3QA 5AQFA 4BRMA 2V7YA 4BREA 4CD1A 4BR9A 5KPTA 4H0VB 1BU6O 3KHYA 3A8YA 3WEEB 4JD2B 1TUYA 3EO3A 3MMVA 2FSKA 4BVPA 3MK6A 1MWKA 1GLAG 3VEXA 1QZ5A 2W40A 3U8XA 4BRDA 2YHYA 5BRFA 3JS6A 2CGJA 3VGLA 4BRAA 4FL9A 1S3XA 3A5OC 1BDGA 4EFHA 3FGUA 1HKGA 4H0TB 2P9NA 3CJ1A 1YVNA 3DAWA 4CZLA 1HLUA 5KPRA 1ZBSA 2Q1NA 3UB5A 3D2FB 3S41A 2QWMA 4H5WA 3LM9A 2FF6A 3MDQA 4CJ7A 5AQIA 2P9LA 3SLCA 3ENOA 3ULEA 1YUWA 3IUCA 3VF2A 3ZX3A 4A2BA 3CI5A 2A3ZA 1GLFO 3ZETA 4CBUA 2AP1A 3UKRA 5BRHA 3P4IA 1RFQA 4PL7A 2ZWHA 3VPZA 3ZX0A 4JHDB 3BF1A 4BR2A 3J8AA 5AQLA 3WXJA 1HKBA 3H45C 5BRDA 4XEIA 4I6MA 3O6WA 4JNEA 1WUAA 5EX5A 3M1FA 4IO8A 4WQ5C 4WYBA 2FSNA 3GE1A 4B9QA 4CD3A 1NGBA 3FLCO 5FPDA 1RDWX 1NGCA 2E1YA 2P9LB 4LC9B 2YJFA 3AARA 3AY9A 3VEYA 4BGAA 3SMPA 2QWNA 4FWQA 3BUZB 4O8KA 3LM2A 1T6DA 4BRGA 2ZGZA 3UKRB 4MO5A 1BUPA 3DWLA 2P9SA 3A5LC 2GELA 4IXCA 1BOTO 3WT0A 2CGKA 4H0XB 4BC2A 4I6MB 1OKJA 4BROA 5F1XA 4AM6A 1GLCG 2E8AA 3VETA 3GDQA 5F0XA 2Q0UA 2VCPA 2A41A 1NGDA 1MWMA 2E2OA 3A0IX 4BRQA 2QWLA 4JAXA 4BC3A 4CI6A 3HTVA 1BO5O 4FPBA 2PBDA 3BEXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SV3A 4JLHA 4V1DC 1NU0A 2O8FB 3KK2A 3M3ZA 1C0TA 1EETA 3HSTB 4LFCK 3R6MA 1C1CA 3LDLA 2VWJA 3DXMA 3SQ4A 3HL8A 3DI6A 1N5YA 1S72N 4XH1A 3MN7A 4ID1A 4FWPA 4HWIA 5BR9A 2ATBA 3EEQA 2QTDA 3HO1A 1Z05A 1RBRA 1IJJA 4YDUA 3B6PA 1RT6A 3ZT4A 2XHBA 1XNRK 4J2AA 1Y97A 1VSHA 3O4NA 1IBLK 4KYPA 1VNBA 3OYGA 4C8OA 2EHGA 4A61A 3VGMA 3PLAA 1A5WA 1BK8A 3O1BA 4XJXA 4CJUA 3R1XA 3FZMA 4FJ9A 2G8UA 1R0AA 1JLCA 4DSJA 1U48A 1SL1A 1C1BA 1XNQK 5LY3A 2YHWA 1TK0A 4LY7A 3DXKB 1U4BA 3ATUA 1RCHA 3MEEA 1NWKA 1BA0A 1O13A 3HP6A 1YI2N 1HPZA 1Q81O 3SUQA 3TAQA 4E7LA 1ZBHA 5HRPA 5FLXO 3H6EA 1ASVA 1VQMN 3I0RA 4JS4A 2LJ7A 5JS1A 1IV0A 3PX0A 5M1QA 4K8XA 4CF8A 4NYFA 4NLCA 3G4SN 1KVAA 4L8RB 4BG8A 5EXWA 5AQSA 1VQ5N 2NRHA 2G8IA 2HF3A 2P5OA 3I33A 1S6QA 4OKKA 5I9EB 2P9UA 3EKUA 4CEQA 2IS3A 3ZT2A 4B9TA 1Q82O 4PKIA 1NRAA 1PE4A 2J4RA 4A2AA 1BG3A 1WT7A 1UAXA 3ULDA 3PIOL 3VA3A 2IVPA 4ZTJA 2V7ZA 4TSXA 2YV0X 3AV9A 5CY4A 3QI7A 2HVHA 1WSHA 1RT1A 4O5FA 3OBYA 3SBTA 3TU5A 4W5RA 3TABA 2ITMA 4HCBA 1GLEG 3NGZA 3SI6A 3QLHA 3U3GA 3VQ5A 4BQLA 4DFKA 2DFHA 3ZEUA 2HHQA 2VWBA 4B1YB 1SN4A 4EZ6A 4HHTA 4DCHA 1BMRA 2HHTA 3CJCA 4YHHK 3HBTA 1BIZA 3KKRA 1SZ2A 3SAGA 3MAQA 4GVMA 1BA1A 2F4VK 4WFNL 2P9SB 4DHYA 3PSFA 4CJPA 3QNNA 4AEIA 3H46O 2GWJA 4EIAA 2OTJN 5BPMA 4CZJA 3J7ZO 3N4PA 3M8QA 2OZSA 5BN8A 3QICA 1Y64A 3OYLA 3E66A 3V9ZA 1EWQA 4DV0K 4H5NA 5AQXA 2Q97A 4FK4A 1VSEA 1EP4A 4IWVA 4IO9L 1KVCA 1QZ6A 5BPLA 2YI1A 2YKMA 3O9TA 3THWA 2IC3A 1EQYA 3KD5E 4IG3A 3PO5A 4M63C 4CJSA 3E9PA 2KPYA 1BRZA 2YNHA 5HOOA 3CC7N 1HRHA 1YVUA 2HVIA 4Z4GA 3ALYA 1VQON 3WNFA 5T7BA 2GX9A 5AZIB 1XQSC 3LL3A 1UA1A 4QCLA 3NVKA 4CK2A 5AQGA 2E6MA 1XMQK 2B3CA 2Z1JA 3O9SA 1TKDA 3H3OB 4IFVA 4CHQA 3CD6N 4E1JA 1VSKA 5EOYA 1YTUA 2KKZA 4FWMA 4CJLA 3EZWA 3ID6A 5SZTA 3T1HK 1L3TA 2D0PA 3J7AP 2IIRA 1DKGD 4X64K 4PA1A 2YILA 3CHWA 4PHTX 3HT3A 1WBDA 1ESVA 1DQ7A 2OTLN 3AVBA 3T7ZA 3OBWA 4CHNA 3AVJA 4A62A 2CGLA 1LQQA 3KOXA 1N36K 1NMDA 1H1VA 4KI4A 2O8CA 2C1IA 3EKSA 4B9SA 3OYAA 5C24A 3KLHA 3VEOA 1W9HA 1Q7YO 4A57A 3KK1A 2SN3A 4K8ZA 1IG8A 1XMOK 2OYQA 2P9IB 1KLNA 1X9JA 3FZLA 3O1WA 1ASWA 4CEDA 4CBXA 2A5XA 3O80A 4BRLA 2HBJA 1IKXA 3SJHA 4LFAK 2RN2A 2QWRA 2MN5A 1LW2A 4W5OA 5AQMA 1WSJA 4CBWA 4DMNA 4BDZA 4FLXA 3O3GA 2Y1IA 4BR5A 1TKZA 3PX4A 3CQXA 1B9DA 4DTXA 4FWOA 4ISFA 2BDPA 5AFUH 1HNWK 4B9VA 3AVGA 4BC5A 5CYQA 1SKSA 4H5TA 4RW9A 5AFUA 1GPTA 1IKYA 3F9MA 1KXPA 1ITGA 4KH6A 5JICA 5JVHL 3OHRA 2F9WA 2QI2A 2RF2A 2P9KB 1LOTB 5AQVA 3ID8A 3CCUN 3FR0A 3TTDA 4O4GA 4FWNA 3OYMA 2E2QA 1U6ZA 4EAHD 4DQ8A 4IKFA 1MDUB 3O4QA 1C0UA 2FBYA 2YC1C 5TKWA 3C7NB 5AQJA 3D2EB 2QXFA 3DRSA 3C0BA 4DLEA 1N8RO 4DV4K 1S5JA 3O4WA 1KTQA 1P90A 2YHXA 4E7IA 4RTFD 4JI3K 2MZ0A 4DTJA 4H8KA 3LZJA 3H1VX 5JMVA 3HM8A 4WE1A 1QQCA 3GOIA 5C12A 3CG7A 3K9KA 3BZKA 4X66K 1NRBA 1I2UA 1QTMA 2G8WA 1S9GA 1GOBA 5M1KA 3NCIA 3PSMA 1RDBA 4DU4A 2V7YA 4BR9A 5KPTA 4YOVA 1BU6O 4JI7K 2NY9X 1REVA 4OKJA 4DUYK 1YTAA 2KSKA 3EO3A 4DTUA 1RDUA 3VTIA 2KBHA 1VSLA 2OZMA 2QKKA 1QZ5A 3U8XA 3JS6A 2ASCA 4FZYA 3VQBA 4CJ3A 3VGLA 4AF1A 3A5OC 4B9LA 4EFHA 3FGUA 3FFIA 2KJAA 4DTPA 2HW3A 1EKEA 2M8BB 3F2KA 4Y1DA 3DAWA 1HYVA 3K0SA 1B92A 3LWLA 2YNFA 3MX2A 4E3SA 1YJNN 4BDYA 4JRPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3SV3 A;  4JLH A;  4V1D C;  1NU0 A;  2O8F B;  3KK2 A;  3M3Z A;  1C0T A;  1EET A;  3HST B;  4LFC K;  3R6M A;  1C1C A;  3LDL A;  2VWJ A;  3DXM A;  3SQ4 A;  3HL8 A;  3DI6 A;  1N5Y A;  1S72 N;  4XH1 A;  3MN7 A;  4ID1 A;  4FWP A;  4HWI A;  5BR9 A;  2ATB A;  3EEQ A;  2QTD A;  3HO1 A;  1Z05 A;  1RBR A;  1IJJ A;  4YDU A;  3B6P A;  1RT6 A;  3ZT4 A;  2XHB A;  1XNR K;  4J2A A;  1Y97 A;  1VSH A;  3O4N A;  1IBL K;  4KYP A;  1VNB A;  3OYG A;  4C8O A;  2EHG A;  4A61 A;  3VGM A;  3PLA A;  1A5W A;  1BK8 A;  3O1B A;  4XJX A;  4CJU A;  3R1X A;  3FZM A;  4FJ9 A;  2G8U A;  1R0A A;  1JLC A;  4DSJ A;  1U48 A;  1SL1 A;  1C1B A;  1XNQ K;  5LY3 A;  2YHW A;  1TK0 A;  4LY7 A;  3DXK B;  1U4B A;  3ATU A;  1RCH A;  3MEE A;  1NWK A;  1BA0 A;  1O13 A;  3HP6 A;  1YI2 N;  1HPZ A;  1Q81 O;  3SUQ A;  3TAQ A;  4E7L A;  1ZBH A;  5HRP A;  5FLX O;  3H6E A;  1ASV A;  1VQM N;  3I0R A;  4JS4 A;  2LJ7 A;  5JS1 A;  1IV0 A;  3PX0 A;  5M1Q A;  4K8X A;  4CF8 A;  4NYF A;  4NLC A;  3G4S N;  1KVA A;  4L8R B;  4BG8 A;  5EXW A;  5AQS A;  1VQ5 N; 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