1DKW | Genus

Total Genus 85

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	238
structure length	238
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKSGSPDSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNEDSLPSLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title	Modeling, mutagenesis, and structural studies on the fully conserved phosphate-binding loop (loop 8) of triosephosphate isomerase: toward a new substrate specificity. pubmed doi rcsb
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	85
structure length	238
sequence length	238
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1999-12-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1dkwA00

5HNRA 1L2UA 4ICNA 3SGUA 3WJSA 3UPBA 3GXPA 4RZ5A 1JRBA 3O1NA 2QCEA 5FESA 3STEA 4ORMA 1QO5A 3S5NA 4TMCA 3BW3A 2FDSA 3G0XA 2Z1BA 1FDZA 2W0UA 1ZCOA 1HFBA 3W2NA 2H8ZA 3FA5A 4N02A 2J9YA 4ONVA 2YX0A 2CLKA 4CNNA 3BLFA 3GXTA 1YTEA 4C1KA 4S1FA 4ADTA 3PC0A 2XN2A 4O18A 3F1QA 2AAMA 3MP3A 1MZHA 3PG9A 3FKRA 3G0SA 2C0AA 3G1VA 1SZEA 3CWOX 5HUPA 4IMCA 1FDJA 5G5IA 1SZFA 3G8EA 3GDKA 5A5WA 5FF0A 3NQCA 1S5WA 1P0KA 4FXSA 3W2LA 4YMZA 2PE4A 2E6YA 4IPIA 4MJMA 2WPBA 5C54A 4ADUA 4NX5A 4UFKA 3P81A 4LV9A 2GPTA 3W83A 2NUWA 4UCGA 2FPTA 5BNKA 1AW1A 1W1ZA 1TREA 1Z48A 5BRBA 1LOLA 1QPQA 1RPXA 1FWNA 3P80A 3N9RA 1NFBA 2C16A 3LTYA 3PBYA 4MIMA 4OHQA 4FIQA 5IM51 3TA6A 2NV1A 5KTLA 2CW6A 2QJHA 4OV4A 4X22A 3B06A 5D2YA 1QO2A 4NZJA 1B4EA 1OG0A 2VC6A 2TPSA 5AHMA 2ATSA 5FF7A 1IGSA 3L5AA 4RV8A 3H53A 3HIJA 1KBJA 3W2UA 3E49A 4EVZA 2GUUA 3CHVA 3DHDA 3RMJA 1H62A 1SW0A 1QDSA 4UIOA 1PVNA 5D05A 4M6QA 4PTNA 4RJEA 3GR7A 1Z41A 2QKFA 1XBYA 3BLIA 2WOQA 4DO5A 1JVNA 3L65A 2ZRWA 2YXGA 3B0VC 1JCMP 3U8GA 1FCQA 3LBCA 1OFEA 3SGZA 4XZ9A 2Y70A 4FO4A 2V30A 2VEKA 3JRKA 1N7KA 1VR6A 5I3FA 2NWSA 1KM5A 4Q32A 3E12A 3QM3A 1OFRA 1RQEA 3C2FA 5FEWA 5MHBA 1EB3A 4A22A 3TNOA 3Q58A 1LYXA 4PC8A 4ZZ9A 3B8DA 1PCWA 3RK8A 1DJNA 4UTJA 3MHGA 3K30A 1LROA 3KVLA 3WK0A 1RQBA 5DCDA 5HULA 2QUVA 1KM3A 3P5ZA 2CZEA 3IGSA 1XXXA 1X7FA 3W1LA 3I7QA 1C8VA 1KV8A 3M5YA 4FNTA 4N9BA 1T0OA 5F1UA 3NQ7A 3O6DA 4POCA 3YPIA 3CU2A 2ZTJA 5HQEA 1X8FA 3LCLA 3PWAA 1JUEA 2GQAA 4MLJA 1A5CA 2YCEA 3KRSA 4KWWA 1DORA 3G3DA 3VCRA 4AHQA 2PCQA 2A7RA 2QDHA 4FNPA 2H3BA 2HSAA 3GDLA 4JDBA 3E0IA 1QWGA 4JDYA 1DKWA 3ABOA 3UPWA 5ABTA 2FQIA 5DXXA 3OIXA 3S1WA 4N4PA 4GUHA 1W54A 1Z42A 4JD4A 4JTEA 3CB8A 3DGRA 4IGHA 3CLMA 3BO9A 2A1YA 1H50A 4IUOA 1SW7A 1OHLA 3HF3A 3N2XA 5K9XA 4GUGA 4O11A 4GFSA 4JTUA 4R34A 2GVJA 4TR9A 2VFHA 2B7NA 2CLOA 5KMYA 1H5YA 4ADSA 1Q6QA 2YYUA 1YDVA 2JGQA 1VC4A 1RZMA 4FX8A 4KFPA 2J27A 2FFCA 3G1HA 1W0MA 4R33A 5DBTA 1HG3A 4DPPA 4Z1CA 4O54A 1EIXA 4X2RA 1ZENA 3RU6A 3BPWA 5LGXA 1OX6A 4GXMA 3QQ0A 4BK9A 3C52A 1QMLA 3A23A 3OG3A 3HO8A 4EWND 5LNVA 4UNKA 1V7YA 4AB4A 2A6NA 4LY8A 3Q37A 4YWIA 1DJQA 2ZZ3A 4RZ6A 1WA3A 4PODA 4CQ9A 1KTBA 1WBJA 3R13A 1ICSA 2QCFA 2R14A 4NJJA 3G1SA 3LERA 4Q4KA 3VKJA 3N14A 3KVKA 4IWWA 3WK3A 3H54A 3MHUA 1K7EA 1U5JA 4LW7A 4XQ6A 2O7SA 3L0NA 1R47A 1P5BA 4CNOA 2CZFA 1OYBA 4LS2A 4JX6A 2Q3OA 3DFTA 3R8RA 1LCOA 5EA9A 3DH7A 3W7QA 2C3ZA 3NQEA 1PS9A 3HB9A 4NJIA 2DORA 5HWNA 5K4ZA 3MYOA 3S9YA 3S1UA 2YFNA 3STGA 3LTSA 2CLFA 2ZYFA 2GQ8A 4JTSA 3W88A 4UXDA 3M5XA 3F4WA 1TQJA 1SZNA 1C29A 4W9TA 1H7XA 3O15A 1E51A 1GVFA 4N9DA 2J6XA 3FFSA 5C6MA 3L67A 2R8WA 2VOMA 1ME9A 4RX0A 2NX9A 2X1SA 5H91A 1UBSA 3TV8A 3EWBX 3EXTA 2GVGA 1ADOA 2RDTA 5TBOA 5GVJA 5IBXC 1BTMA 3RNDA 3NL3A 4RLIA 1HO1A 3O16A 4LU0A 3MUXA 3DAQA 1Q6OA 1UUMA 2VEIA 1AMKA 5CZJA 2Q3RA 3G24A 3LCIA 2JBMA 1M6JA 5D2TA 2ZFAA 1EEPA 4LUJA 3A5VA 4H4IA 3SIZA 3BARA 3R5EA 2Z6JA 2TMDA 5AB3A 1JUKA 3W2JA 2C13A 3MI2A 3BGGA 3TQ0A 1ZAJA 5FF4A 5DY2A 5EKYA 3W7KA 1OFQA 3M16A 3HPZA 1YXCA 3RFAA 4FNRA 3A21A 1H7NA 1OF6A 2ATMA 1DVJA 3W1TA 1G4EA 4EIVA 3UWWA 1YXYA 1VQTA 3GIYA 3EWXA 4JY9A 1ONRA 1VLIA 3FEMA 3G8RA 1FDYA 1G6CA 3PS7A 4Y96A 1ICPA 3S0CA 1FCUA 1SO6A 3QQ1A 1LORA 3HBLA 3TJLA 1TPDA 1SR9A 3WJZA 3KHJA 2EGZA 1TTQA 4AWSA 1WBHA 1VS1A 1OK4A 3W86A 3SFKA 3IVUA 3LCXA 3QW4B 1LZOA 4RXFA 3C2OA 3BG3A 3W7IA 3W7GA 2Y63A 1KM1A 3KVJA 3G1AA 3TXVA 2J88A 2ZZ7A 3GX9A 2Y7EA 3LI0A 3P8IA 5HJLA 1FUYA 4BI7A 3PAJA 1K7FA 2CU0A 4A3UA 4LV4A 2V82A 2PRMA 4JTKA 3KAOA 3TU9A 2Q8ZA 2ZA1A 1LBLA 4UTKA 3LBMA 3B4UA 3GNDA 3BW2A 3BW4A 1RQHA 2Y85A 4H3DA 1VHNA 1YLVA 3PB2A 1WYIA 2ZZ1A 1SO4A 4AWTA 1KFEA 4QNEA 2X30A 1JR1A 2OT1A 4IX0A 1VJIA 3L5MA 4HKPA 4RKAA 1YDNA 3T4CA 2H3DA 3E96A 4IMFA 1VCVA 4GUFA 3DHFA 2HTMA 5CZTA 1O60A 5LZLA 4FX6M 1FX6A 1XL9A 3LRKA 1LBFA 2C18A 2QAFA 3UZJA 1BKSA 1WAUA 2CFFA 3NNTA 1DQWA 4GE8A 1SUXA 3ATYA 4UC5A 2P10A 1HUVA 2V5BA 1VZWA 1ZFJA 3PBUA 4WOQA 4XTDA 4ZQCA 4RCXA 1F05A 4GJ1A 2J9XA 1X1OA 3NXFA 4DBDA 1LLWA 3W22A 2FB2A 1O94A 3W2KA 4NJHA 2V0TA 3NQ6A 3N34A 3UQNA 1LM1A 4JTIA 3S5ZA 2CWNA 4M6PA 3FJLA 2B7PA 3NPXA 4LNYA 4NX0A 4IJBA 1WOBA 4ZQOA 4C1LA 3TK7A 4PH6A 1GYLA 1S5VA 2IQTA 3TMLA 5DXYA 4O4WA 1RVGA 4O52A 4CNPA 3TUUA 2WV8A 4GWEA 1G4PA 1H7OA 3HPXA 4Y9AA 4JTFA 1QFEA 4A21A 1FCVA 2GVLA 3E9AA 4AVFA 1EP1A 3W76A 3QJAA 2YR1A 4O0ZA 1TCDA 3N19B 2EHHA 1W5PA 3QZEA 2PRLA 3QPZA 5EYWA 1TYGA 1GVSA 3THQA 5CPOA 4BR1A 1D3GA 1XBXA 3PF3A 3GR8A 3GZ3A 5AHIA 1B4KA 1TV8A 3N2MA 4N6EA 4LVBA 2E5BA 1K02A 3CWNA 1KM6A 1OF8A 3AJXA 4I7WA 2B7OA 1TPWA 4BI6A 1BEUA 3TJXA 3NQMA 1CW2A 3IGXA 3TFXA 1KBIA 4IQLA 3O06A 3QPYA 4UTIA 5G4WA 4OGZA 4PA8A 3S1XA 2QCCA 2P0OA 2QF7A 1LDCA 5EPDA 1KFLA 2CLMA 2ZZ2A 3WJWA 3FIGA 5AHNA 5G4EA 5D30A 2A7PA 3EEGA 1DOSA 3LDVA 3W7HA 3R12A 5BW6A 1GTHA 1L9WA 2GOUA 1GVOA 3W7DA 1T99A 2D73A 5T26A 4O1CA 3MW7A 1XC4A 2G95A 4K8EA 1XUUA 2Y6ZA 1T96A 2H8XA 1OJXA 1A50A 3G1DA 1R2TA 1QOPA 5EY5A 2FB3A 1P1XA 1TSIA 1TB3A 4N9EA 4MY8A 3A22A 4IXXA 2B0MA 2E6AA 2I14A 1EUAA 4IX2A 1VLWA 2O7QA 3B05A 3CIWA 3PBWA 3PY2A 3W1XA 3GNNA 3UD6A 2YYTA 1NF0A 4IMGA 4UTMA 4JN6A 5LSMA 2BX7A 5DN1A 4MKNA 4L4LA 5CPNA 4PL2A 3IIOA 3W2MA 4PEKA 4WZHA 4LVDA 4BWLA 2OZ0A 3ELFA 3LXBA 3ZR4A 1NF7A 4I7VA 4QISA 4YCPA 1OFAA 1I2OA 3G18A 2H6RA 1XM3A 4WQ6A 5BMXA 2ABAA 4QITA 3BV4A 1KFJA 2ALDA 3W1QA 3P8JA 2V2HA 1XDMA 4XKYA 3E02A 3HGSA 1I2NA 4JTTA 3EX2A 1PIIA 3NQ2A 5AOUA 3TX9A 3W7RA 4I9AA 2DZTA 4DPQA 3W7OA 2ZZ4A 4UFIA 4UTHA 1C9DA 1SO3A 1ML1A 1CX9A 3VE7A 4HPXA 1P4CA 1K7XA 3GKAA 5KITA 1AW5A 1F73A 4NQ1A 2Y62A 1FY6A 2J24A 4O16A 3P62A 1KA9F 3M5ZA 4M7TA 3ATZA 5L6UA 4N6FA 4MZYA 2EF9A 3PB0A 2FPYA 1J5TA 2WQPA 2ZA2A 2E1DA 2TRSA 1WQ5A 1DQXA 4NU7A 4JGDA 3W1PA 5DELA 1VCGA 3EX3A 4MJZA 5K2ZA 1N8FA 3UNDA 4PFMA 3TAOA 3W7LA 2AGKA 5D03A 1H7PA 5FF3A 1VYSX 4O14A 1TPC1 4EF8A 1X6UA 3TROA 4A2RA 1GEQA 4HT3A 5D04C 3CM4A 1K8ZA 3MHFA 1T8XA 4DXVA 3TC6A 2YFOA 4O12A 4WY0A 3NPWA 1FCBA 2P1FA 4NVTA 1OX4B 1TPH1 3FYOA 4DF0A 4PCFA 5F2IA 3NQGA 5KZEA 3L5LA 4UTWA 3MBFA 2E5DA 1MEHA 1ZY9A 5LNSA 1TPVA 5EBUA 4LVAA 5FF2A 4GRSA 3LRMA 1NEYA 2PRHA 3KFTA 4LOCA 1R2RA 4JR5A 4GUIA 7TIMA 3QYQA 3NQVA 2Z0IA 4M6VA 3TQKA 4CLMA 1TJPA 2CLEA 2VFFA 2Y89A 5CPLA 1F7BA 3W1MA 1TPEA 3P67A 3C61A 2DZPA 2YW4A 4O0KA 1PV8A 1LP6A 2RFGA 4Z1BA 1VYPX 2Y7GA 3GDMA 2RDWA 1TRIA 3HG4A 2BXVA 3VE9A 5D2WA 4MZ1A 1NAL1 1EPXA 3EX4A 3F03K 2VEMA 1QAPA 1NSJA 4MFDA 4FNSA 1IIHA 1PL9A 3I7RA 2CLIA 3NL5A 2NXGA 3TFCA 3IIXA 2TYSA 5I3KA 2X1RA 1LRQA 2C1HA 3DKLA 2B7QA 3EWUA 3WK2A 3QSTA 1GPWA 3C6CA 3LX9A 1O5KA 4UTTC 4ZL1A 4DBEA 4YCOA 3G1YA 5HR7A 4DEFA 3GB6A 4O28A 3M47A 3PSWA 3I6RA 4K38A 4WXYA 2DZUA 2AQWA 1TTJA 2VENA 1V5XA 3UXDA 1AK5A 3OA3A 3M5VA 2HS8A 2I1OA 3STCA 3IVTA 2WNNA 5CZ0A 4E2BA 3DBPA 3TSBA 2G97A 5CPMA 5SWUA 1A53A 1QOQA 3FKKA 4MY1A 4LS1A 2NUXA 5LKYA 2WSRA 3MO7A 2EKCA 5AC8A 3IVSA 4IMEA 3HPSA 3BG9A 1R30A 3EX1A 3MMTA 5F4XA 4WUIA 3I68A 3PM6A 3SY5A 3GK0A 2QEZA 3SR7A 2C19A 1OFOA 5AC6A 3W1AA 4TIMA 4EOUA 3W23A 3UY7A 1TTIA 2ISSA 4HNNA 5AHFA 4RR4A 2NZLA 4AHOA 2YZRA 1R46A 2JKAA 1WV2A 2GQ9A 8TIMA 4ZQPA 5U7SA 4TU1A 4K37A 3LRLA 4K8HA 3TR2A 4HPJA 4JXCA 1WX0A 4XKYB 2A4AA 1XI3A 2FLIA 3T78A 4UNLA 1UASA 4QAIA 5DY3A 5DLCA 4FXRA 1W31A 1EP2A 1SW3A 2VXNA 3W75A 1AL8A 1GJPA 3W1RA 3PR2A 1TIMA 4UFJA 2A6LA 2DP3A 4XWUA 3NOEA 3NQ8A 3OHIA 2WO5A 3NG3A 2E77A 4JNMA 4MOZA 1F6PA 3HOJA 3RLVA 3T7VA 2C6QA 3SECA 3PVFA 1XBZA 5I3IA 2VKZG 5DBUA 2BLEA 3HG3A 1TMHA 4LS0A 2ZRUA 4RZ4A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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