1DWAM

Study on radiation damage on a cryocooled crystal. part 1: structure prior to irradiation
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EITCQENLPFTCGNTDALNSSSFSSDFIFGVASSAYQIEGTIGRGLNIWDGFTHRYPNKSGPDHGNGDTTCDSFSYWQKDIDVLDELNATGYRFSIAWSRIIPRGKRSRGVNEKGIDYYHGLISGLIKKGITPFVTLFHWDLPQTLQDEYEGFLDPQIIDDFKDYADLCFEEFGDSVKYWLTINQLYSVPTRGYGSALDAPGRCSPTVDPSCYAGNSSTEPYIVAHHQLLAHAKVVDLYRKNYTHQGGKIGPTMITRWFLPYNDTDRHSIAATERMKEFFLGWFMGPLTNGTYPQIMIDTVGERLPSFSPEESNLVKGSYDFLGLNYYFTQYAQPSPNPVNSTNHTAMMDAGAKLTYINASGHYIGPLFEKDKADSTDNIYYYPKGIYSVMDYFKNKYYNPLIYVTENGISTPGDENRNQSMLDYTRIDYLCSHLCFLNKVIKEKDVNVKGYLAWALGDNYEFNKGFTVRFGLSYIDWNNVTDRDLKKSGQWYQTFISP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords MYROSINASE MA1
publication title Structural Changes in a Cryo-Cooled Protein Crystal due to Radiation Damage
pubmed doi rcsb
total genus 197
structure length 499
sequence length 499
ec nomenclature ec 3.2.1.147: Thioglucosidase.
pdb deposition date 1999-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1dwaM00
4C7FA 4AZCB 1FH8A 1QW9A 2DSWA 3CZ8A 1NWRA 4CU6A 3ARYA 2WBGA 2WCAA 3GXMA 3PZIA 1ZBCA 2BHYA 3UCQA 1UR8A 2FHCA 2VZUA 3SCVA 2WZEA 4D6HA 1VJZA 1GJUA 2OWWA 3RIKA 4MPKA 3L4XA 3WL1A 3WNKA 1J0ZA 3WDHA 1FH9A 3VIPA 1V03A 2XIIA 1CTNA 2J7GA 4FLOA 2WBKA 2XSBA 2E8YA 4GI9A 3ZR6A 1XC6A 4NZCA 4GQRA 2IXVA 4JHZA 1B30A 2XHYA 1JNDA 5I23A 1UA7A 1F4AA 3M07A 2W66A 2OWCA 3MKKA 3OLGA 2E3ZA 3UERA 2JIWA 2W4XA 5D9PA 4D71A 5CPTA 2XJ7A 3MSDA 1WP6A 3LPOA 1KGXA 2OWXA 3GDBA 1X6LA 4MJ4A 3UEQA 1R8LA 1BYBA 1K9TA 3TTOA 1QHOA 3WUBA 1LWJA 1CGUA 1TCMA 4J3XA 3RJYA 2WMIB 4ZXLA 4TTGA 3WBEA 3IJ7A 2ZE0A 3APGA 2VL4A 4QAWA 3RPMA 3L2LA 3L2MA 1NH6A 1LG2A 3VIGA 4W86A 2V3GA 2VTFA 4YPJA 4IUGA 1B3XA 3OA5A 4JKMA 4HA1A 2XVKA 2BHUA 1M01A 4PUDA 2XWEA 4W88A 3NYDA 2V3DA 4W84A 5BXPA 3KWXA 3VU2A 2CBIA 3QOMA 4XUYA 1VF8A 3BGAA 3W81A 2CKRA 4B9YA 2YA2A 4AW7A 4JL2A 3T0BA 1KWGA 5A2CA 3VD7A 4U3CA 1G9HA 1CXEA 3SCRA 1BVNP 1XYZA 3ARUA 4MB1A 4ZE5A 3VOCA 4AYSA 1Q6DA 4Z2JA 4Z2GA 1Q6FA 4DWSD 4B3KA 1XH2A 3UG4A 4WKFA 1MVYA 1JIBA 2BY0A 1PZ3A 4AD4A 1I1XA 2DDXA 3ZJ7A 5E6ZA 1TA3B 2G3JA 2E9LA 2VVNA 1D7FA 2JFEX 4MB5A 4RE3A 5EMYA 1E6QM 1BQCA 1QW8A 2Z1KA 4AD2A 2OYKA 3UR8A 3ARWA 1GQKA 3IJ9A 2W67A 2VVSA 3WSUA 1B9ZA 2XVGA 1GOQA 4J3SA 5DT5A 4AIEA 1HX0A 3WDRA 1F4HA 2W5FA 4TXEA 1CECA 1VFMA 4GZEA 3ZMRA 4HU8A 4J7RA 1KXQA 3MS8A 5EFFA 7TAAA 3VIMA 2DT2A 1CXFA 1CXKA 1MXDA 4PYSA 3VMPA 3WKZA 1W1PA 1V3HA 2VX5A 3VIOA 3PZ9A 5CQ1A 4NI3A 4B16A 1JFXA 2WMKA 4IM4A 1MFUA 2YA0A 5GPRA 1RP8A 4NRSA 3FW6A 4PTVA 3PBGA 4UZSA 5JBDA 1KWKA 4W7WA 4DM1A 4HMCA 5DT7A 4FMVA 3AIUA 1UWTA 2GK1A 2Q8XA 1OT1A 3K8MA 4BQ2A 4F66A 2J7HA 1M03A 5A2AA 4YHGA 3SURA 4PSPA 1Q4NX 1UZ4A 1CLVA 3WH9A 3QHMA 4H8VA 1W3KA 4P7RA 3WNPA 4V2XA 4ML4A 2V5DA 2VX7A 3CHEA 4X0VA 1V6XA 1K6AA 1C90A 1OM0A 4Z2LA 4XZBA 4EANA 3RM4A 3WEMA 3WQ5A 3MV11 4OOUA 4PCSA 1E3XA 2X2YA 4JL1A 3K1DA 3WEZA 1KGWA 1HKMA 1QHPA 2WMFA 1GOMA 3U5UA 4TUFA 4GI8A 4GIAA 3SUWA 3WD0A 1JXJA 2VC9A 1J12A 4DUXA 2WANA 4CUCA 1PIGA 1OINA 2V3FA 3AYRA 1FA2A 4HZ8A 1PZ2A 5C70A 3VGDA 4JFSA 1GONA 4GO8A 5CJ5A 2GJXB 1SYTA 3QHNA 1JGIA 3AQUA 1C7TA 2A3BA 1C7SA 4RE2A 2VUYA 1CGYA 2XFYA 2VT0A 1MQRA 2XM1A 3CHDA 2DSVA 1JF5A 4MAVA 3BLKA 3ALGA 5BCAA 1OGSA 1UKQA 1WZAA 5FKYA 1BG4A 2VNCA 1BG9A 4HOWA 3RM9A 1ISYA 1P6WA 4HPHA 2NT1A 2X0YA 3EDJA 5CSUA 3PZGA 3VMNA 3SCUA 2VCCA 1G01A 1UKSA 3FAWA 2O9PA 4WIWA 4XB3A 3NSNA 4D6EA 4JIEA 3WUEA 1LG1A 1NOUA 2GDVA 2EPOA 1E6NA 1H5VA 1Q6EA 3RMEA 1ECEA 3ZO9A 5I3DA 1J0IA 1J0KA 3ARPA 3D5HA 2XYLA 3CUJA 2EPMX 5IXEA 1FFQA 3AOFA 1ZJAA 3AIWA 4UQCA 5GQBA 3CZEA 1B3ZA 4MB4A 2JEPA 4W5UA 1V6WA 3BAXA 1ISWA 1IT0A 1BFNA 3SCNA 2W61A 3S6TA 3RCNA 3DHPA 3NDZA 5AC4A 3UESA 5JIPA 1NP2A 5BXTA 1OD8A 4W7UA 3U5YA 3MUZ1 5ABHA 4IPNB 5A6KA 4KH2A 3NUKA 1KR1A 2DPEA 2XTKA 2DQXA 1QI2A 1G0CA 4L4OA 2BY1A 1LJYA 1E4LA 4OIFA 3WNOA 2WB5A 1ITXA 1GQJA 1KFWA 1TZ7A 2CPUA 2XUCA 3F5KA 3VIHA 2FH8A 2ZXQA 1QHZA 1JG9A 3SCTA 3WMBA 1QNOA 4TVDA 5CG0A 1XH0A 2XVPA 1UKOA 3VO0A 5A94A 1KQYA 2OYLA 2ZICA 2WVUA 4BZYA 2WHMA 4UFJA 1XCWA 1KXTA 1HKIA 5FD0A 4F8XA 2DT1A 1UD5A 6A3HA 1HJUA 2E40A 5I2UA 3VM5A 2TAAA 4LGXA 1UR9A 2A3CA 1WZKA 3GYCA 3NIYA 4J3VA 4ZENA 2EPLX 4JCLA 3SCWA 2ZUMA 1XHGA 1AQ0A 1S46A 1W9VA 3ECQA 2J25A 4AZBA 3ZT7A 1QNPA 1QOXA 5ABGA 3PTQA 3AICA 1GNXA 4CGTA 4P8XA 3N11A 1HL9A 3TTSA 2J62A 3IANA 5AYIA 1H4PA 3PZUA 3UG5A 1NWUA 3ARSA 2FGLA 1FHDA 1DP0A 3VUPA 4UCFA 4UQEA 4OUEA 1C93A 4HA3A 2ZUVA 2WMGA 4PBGA 1JZ3A 3SUUA 1VBRA 2XPKA 2ZXDA 1UWUA 5CGTA 5LYRA 3EBVA 1D3CA 1CNVA 3PTKA 3THCA 1B1YA 2Y8VA 5HOSA 3MSGA 1UZ1A 3GXDA 1OSEA 4H8UA 5EBAA 1V3IA 1V08A 4MAZA 1W2VA 3CMJA 3T09A 3W4RA 2WHLA 5D8ZA 3N18A 4S3JA 3MANA 2ZUWA 4FLSA 2VOTA 3HN3A 3WDIA 4W7VA 1BAGA 4JFTA 4GXPA 4CN4A 4UR9A 2EXOA 1EIBA 5CXPA 5A1AA 4W8AA 3W29A 1LL4A 3CLWA 1E0VA 2DT3A 2CESA 1OCQA 2XSAA 4XZWA 5LA2A 3L4YA 3MV01 1ISVA 3VDBA 1DTUA 3BAIA 3TTYA 2CXGA 5I77A 3AMKA 1CGVA 1W91A 1GZJA 1J18A 3SEPA 1VAHA 1ZBVA 2VJXA 3ZJ8A 2XFFA 5LA0A 2GK1B 2WKLA 1CXIA 1E72M 4LYQA 3SCOA 2VX6A 3GXIA 1GQIA 1WB0A 2PWGA 2ESCA 3MMWA 3VPLA 1EHAA 5CGMA 1WDQA 3POHA 2V3EA 1MW0A 1VEOA 3SIMA 5BYWA 4W8LA 1UHVA 1KQZA 2WMJA 1R7OA 3AHTA 4DM2A 1ZJBA 3MU7A 3PZOA 3BXWA 1BLIA 5C71A 1JDAA 2VR4A 1J0JA 1G1YA 1UUQA 1E9LA 1OBAA 4R5EA 2ZUUA 3D3AA 3RJXA 1V3LA 3ZR5A 2ZX7A 5DF0A 1HXJA 1VB9A 5DMYA 3S2CA 2UWFA 4N0RA 6CGTA 3WD2A 1PIFA 2WW5A 3M7SA 3TTQA 1RD6A 4HMDA 4PMNA 1BPLB 1E70M 5A8MA 2VRJA 5D9MA 2GVYA 2QMKA 2XGBA 4CVUA 3GZAA 4NSBA 2A3EA 3L4WA 1LQ0A 5D9OA 1CGWA 3GNOA 1UR4A 1JZ7A 1CDGA 1E1EA 3AI0A 5E6YA 2J7EA 3VGBA 3MO4A 4JFWA 3W6LA 2UY3A 1DWAM 3VM7A 3QR3A 3BMVA 1CGXA 3RM8A 1J10A 5HDRA 3T0DA 4PMUA 2VMFA 4WF7A 3RO8A 5FOOA 4M29A 3VGGA 1VEMA 4JAWA 1J11A 3FY1A 2WC3A 3WDJA 4LPCA 1E4NA 1W9UA 1E43A 1BF2A 4HU0A 2D22A 1EA9C 1UWIA 1OWQA 1XSJA 4AZGA 4MNKA 4OBSA 3WY1A 1GHRA 2EBNA 4JFVA 4FF5A 3ZJ6A 1PX4A 4FK9A 4PMQA 4ZXOA 2W91A 2PWDA 4AD0A 3CIVA 3GNPA 4CD8A 4M80A 1VENA 1OGBA 4TVCA 1D2KA 1XV8A 3TA9A 4P7OA 1VFFA 2B31A 3WH6A 1FFRA 3O9NA 4KGLA 4AD1A 1EOMA 4PSRA 3CPUA 4UQAA 4AISA 1JDCA 1J01A 1DWFM 4J3UA 3OIHA 3VGHA 3WL0A 2Y24A 4QCEA 3NJ3A 1AMYA 1GQLA 1CYGA 1UWSA 4Z2HA 1U2YA 3WUGA 3N12A 3WH8A 1JYXA 2WCSA 2BVDA 4CD5A 3J7HA 1UQYA 4RE4A 2WNWA 1B3YA 1O6IA 1VEPA 4BCEA 4XV0A 4UQ9A 2F61A 1XRVA 1K9EA 3OGVA 4FLQA 2EQDA 3BH4A 2PC8A 2QPSA 3I3DA 4XX6A 1UR2A 1C3FA 1NOWA 1TVPA 4MNJA 3IK2A 3PZNA 2WCGA 3A4WA 3OG2A 3VIIA 5D8WA 4MNMA 3WN6A 2DT0A 2CKSA 4QFUA 3IAPA 1A3HA 1TG7A 4TVUA 2WVTA 3GH4A 4IISA 1VJSA 4PMVA 1RH9A 2J74A 1V6VA 2C7FA 1PX3A 4P8UA 2YDSA 1C8YA 4B15A 1KGUA 3THDA 1H09A 2CITA 2EO7A 2BS9A 4QLKA 3VTRA 4X9YA 3CMGA 4PMOA 3LPPA 2E0PA 3AMGA 4QLJA 4R27A 3L4UA 2D3NA 1X1NA 1W9XA 4AIOA 4AWEA 4PUEA 2BFGA 4F79A 1UH3A 4TOQA 2J78A 4ACZA 3ARXA 2J8FA 3VD5A 1QPKA 4UQDA 2D0FA 1W3JA 1RP9A 3T2PA 3UETA 4CCCA 1VIWA 1B3WA 1OD0A 4H8HA 2EEXA 4Z2KA 1MQPA 4PMZA 1R87A 1XSKA 5A8OA 3AMLA 1E71M 5GNZA 1J9YA 3CUHA 1L8NA 4KRTA 3HJEA 2DSKA 5A6BA 2GSJA 1IZJA 1VFUA 2EPKX 3GTNA 1H0GA 2CETA 2QPUA 5DO8A 1ZB5A 4LYPA 1XH1A 1HKJA 1JZ5A 4P7NA 4FLRA 1EO7A 4PTMA 4CU7A 4X0NA 1V02A 4WKAA 5E0CA 4UOJA 2GFTA 4BQ4A 3SUSA 4AZ6A 3TONA 4BS0A 5BRQA 1W32A 4DUWA 2AOSA 2J4GA 1XYFA 3K8LA 3FHAA 4E4PA 3K46A 1YQ2A 4M8UA 1Q6GA 3QGVA 3HMCA 5BRPA 2WSPA 3PZVA 4M1RA 3PZMA 2BXZA 3L4TA 3T2OA 3VIJA 2PBGA 4EKJA 2G4FA 4CCEA 3BSGA 1HNYA 3KL0A 2YDRA 1V0NA 1BSIA 4A4AA 2NT0A 3OLEA 4K68A 1MQQA 2ZUTA 1HF6A 3DYMA 3POCA 3WUFA 5CLTA 1V3MA 5BWFA 2G3MA 4WSJA 3SCQA 1I1WA 3ARTA 3CH9A 2PF0A 4D6GA 2CBUA 4EE9A 4NRRA 4UNIA 2WLZA 3DECA 2YL8A 1JDDA 4LQ1A 3F5LA 1NP0A 3OZOA 1NM9A 1VFOA 2BXYA 3AIQA 2QF8A 4ZE4A 1V0KA 1JZ8A 1CEOA 4B9ZA 4PCTA 3CUFA 3RILA 1JI1A 3AS1A 3TP4A 3A4AA 2BVTA 1E5NA 4W8BA 1JAKA 3AS3A 2UY2A 5CPQA 1QI5A 2Y5EA 3AJ7A 2XIBA 1KXHA 4HPGA 3AIBA 2XWDA 3WH7A 5AC5A 2WM0A 1W1TA 1SMDA 4CCDA 3VGFA 3VDAA 4BA0A 1ZU8A 2PWFA 3UG3A 3KZSA 4P8VA 3SCSA 4D1JA 3OGSA 3CZJA 1OB0A 3W53A 3PHAA 2CBVA 5A69A 1DWJM 2VO5A 2YIHA 2W62A 5FL1A 2OYMA 1KCKA 2O92A 1BHGA 1CXLA 3BAWA 4AZ7A 3M6DA 3WENA 1UKTA 3WD3A 5HXMA 2DH2A 3EDFA 3BCDA 4P8WA 2JEQA 2Z1SA 1H49A 3WD4A 4QCFA 3F5JA 1V0MA 1QNRA 4V28A 4UFLA 1W9BM 5E09A 4AEFA 3NDYA 3ZQ9A 4PEEA 3ZT6A 2YBUA 3CUIA 1E6XM 4URIA 3GH5A 4PMRA 3MMUA 1GVIA 5CZKA 1XCXA 1B3VA 2J7CA 2YLAA 2WMHA 2C8NA 1V6YA 3WF3A 1FHLA 1TR1A 2X8RA 2QMJA 3B9EA 4JZ5A 3VD9A 4WSKA 4WJXA 3SUVA 2YLLA 4M81A 1JYNA 4GPNA 2EJ1A 4Y7EA 2D1ZA 5AYBA 3WQ6A 4AMCA 4HOXA 1JF6A 1GPFA 1ZBWA 5DFAA 2NSXA 3WDQA 1UD4A 2BHZA 2ZWYA 5I24A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4C7F A;  4AZC B;  1FH8 A;  1QW9 A;  2DSW A;  3CZ8 A;  1NWR A;  4CU6 A;  3ARY A;  2WBG A;  2WCA A;  3GXM A;  3PZI A;  1ZBC A;  2BHY A;  3UCQ A;  1UR8 A;  2FHC A;  2VZU A;  3SCV A;  2WZE A;  4D6H A;  1VJZ A;  1GJU A;  2OWW A;  3RIK A;  4MPK A;  3L4X A;  3WL1 A;  3WNK A;  1J0Z A;  3WDH A;  1FH9 A;  3VIP A;  1V03 A;  2XII A;  1CTN A;  2J7G A;  4FLO A;  2WBK A;  2XSB A;  2E8Y A;  4GI9 A;  3ZR6 A;  1XC6 A;  4NZC A;  4GQR A;  2IXV A;  4JHZ A;  1B30 A;  2XHY A;  1JND A;  5I23 A;  1UA7 A;  1F4A A;  3M07 A;  2W66 A;  2OWC A;  3MKK A;  3OLG A;  2E3Z A;  3UER A;  2JIW A;  2W4X A;  5D9P A;  4D71 A;  5CPT A;  2XJ7 A;  3MSD A;  1WP6 A;  3LPO A;  1KGX A;  2OWX A;  3GDB A;  1X6L A;  4MJ4 A;  3UEQ A;  1R8L A;  1BYB A;  1K9T A;  3TTO A;  1QHO A;  3WUB A;  1LWJ A;  1CGU A;  1TCM A;  4J3X A;  3RJY A;  2WMI B;  4ZXL A;  4TTG A;  3WBE A;  3IJ7 A;  2ZE0 A;  3APG A;  2VL4 A;  4QAW A;  3RPM A;  3L2L A;  3L2M A;  1NH6 A;  1LG2 A;  3VIG A;  4W86 A;  2V3G A;  2VTF A;  4YPJ A;  4IUG A;  1B3X A;  3OA5 A;  4JKM A;  4HA1 A;  2XVK A;  2BHU A;  1M01 A;  4PUD A;  2XWE A;  4W88 A;  3NYD A;  2V3D A;  4W84 A;  5BXP A;  3KWX A;  3VU2 A;  2CBI A;  3QOM A;  4XUY A;  1VF8 A;  3BGA A;  3W81 A;  2CKR A;  4B9Y A;  2YA2 A;  4AW7 A;  4JL2 A;  3T0B A;  1KWG A;  5A2C A;  3VD7 A;  4U3C A;  1G9H A;  1CXE A;  3SCR A;  1BVN P;  1XYZ A;  3ARU A;  4MB1 A;  4ZE5 A;  3VOC A;  4AYS A;  1Q6D A;  4Z2J A;  4Z2G A;  1Q6F A;  4DWS D;  4B3K A;  1XH2 A;  3UG4 A;  4WKF A;  1MVY A;  1JIB A;  2BY0 A;  1PZ3 A;  4AD4 A;  1I1X A;  2DDX A;  3ZJ7 A;  5E6Z A;  1TA3 B;  2G3J A;  2E9L A;  2VVN A;  1D7F A;  2JFE X;  4MB5 A;  4RE3 A;  5EMY A;  1E6Q M;  1BQC A;  1QW8 A;  2Z1K A;  4AD2 A;  2OYK A;  3UR8 A;  3ARW A;  1GQK A;  3IJ9 A;  2W67 A;  2VVS A;  3WSU A;  1B9Z A;  2XVG A;  1GOQ A;  4J3S A;  5DT5 A;  4AIE A;  1HX0 A;  3WDR A;  1F4H A;  2W5F A;  4TXE A;  1CEC A;  1VFM A;  4GZE A;  3ZMR A;  4HU8 A;  4J7R A;  1KXQ A;  3MS8 A;  5EFF A;  7TAA A;  3VIM A;  2DT2 A;  1CXF A;  1CXK A;  1MXD A;  4PYS A;  3VMP A;  3WKZ A;  1W1P A;  1V3H A;  2VX5 A;  3VIO A;  3PZ9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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