1DWIM

Study on radiation damage on a cryocooled crystal. part 5: structure after irradiation with 54.0*10e15 photons/mm2
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EITCQENLPFTCGNTDALNSSSFSSDFIFGVASSAYQIEGTIGRGLNIWDGFTHRYPNKSGPDHGNGDTTCDSFSYWQKDIDVLDELNATGYRFSIAWSRIIPRGKRSRGVNEKGIDYYHGLISGLIKKGITPFVTLFHWDLPQTLQDEYEGFLDPQIIDDFKDYADLCFEEFGDSVKYWLTINQLYSVPTRGYGSALDAPGRCSPTVDPSCYAGNSSTEPYIVAHHQLLAHAKVVDLYRKNYTHQGGKIGPTMITRWFLPYNDTDRHSIAATERMKEFFLGWFMGPLTNGTYPQIMIDTVGERLPSFSPEESNLVKGSYDFLGLNYYFTQYAQPSPNPVNSTNHTAMMDAGAKLTYINASGHYIGPLFEKDKADSTDNIYYYPKGIYSVMDYFKNKYYNPLIYVTENGISTPGDENRNQSMLDYTRIDYLCSHLCFLNKVIKEKDVNVKGYLAWALGDNYEFNKGFTVRFGLSYIDWNNVTDRDLKKSGQWYQTFISP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords MYROSINASE MA1
publication title Structural Changes in a Cryo-Cooled Protein Crystal due to Radiation Damage
pubmed doi rcsb
total genus 197
structure length 499
sequence length 499
ec nomenclature ec 3.2.1.147: Thioglucosidase.
pdb deposition date 1999-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1dwiM00
3SUTA 2VL4A 1BSIA 3L4TA 6TAAA 1MW1A 2GJPA 3K8MA 5GNYA 5F7UA 2QLYA 1E70M 5E6ZA 4D6IA 4KMQA 4JZ5A 4UNIA 1WE5A 3FHQA 5CSUA 3W26A 3CHEA 3N11A 4AD2A 4W7UA 4CUCA 4UFLA 3ALGA 1C93A 1H09A 3SUSA 2QF8A 3B9DA 2E4TA 1HJVA 3VMPA 1KWKA 1EQPA 2GVYA 4AC1X 2ZX5A 1AVAA 2EJ1A 3MUZ1 5CPSA 3O6AA 1W3HA 4UZSA 2VX7A 3T2OA 1GOKA 4M1RA 4LPCA 2ZOXA 1EA9C 3SCOA 2J7DA 3VD4A 1A3HA 3SURA 2EPOA 1KBKA 5IFTA 3AIWA 3SCQA 2HVMA 4BQ2A 2EBNA 3EMZA 3ZOAA 2D0GA 1J0YA 1WP6A 3ZT5A 4TXEA 1PAMA 3CH9A 2WBKA 5CGTA 5LA1A 2C0HA 2YDSA 3D5HA 1QI4A 1TR1A 2YL8A 3M07A 3ARVA 4L4PA 2WMKA 2JE8A 2A3CA 4YN5A 3VIJA 3WBAA 3N15A 4AZ7A 1I75A 1QHOA 2G3MA 4UFJA 2XVGA 1E6NA 1Q6GA 3T2QA 4PMDA 5E0FA 2EQDA 1QNPA 1V3KA 4FLSA 2XWDA 3MSGA 3RILA 4H41A 3W82A 2J78A 3EMCA 1VJZA 5BYWA 5D4YA 2NT0A 3HU7A 2RGMA 3FN9A 2J7GA 3MUAA 2X1IA 2WW5A 3T09A 4PUDA 2O9OA 3U5UA 1BHGA 1UH2A 3EBVA 1G94A 1UA7A 4PMQA 5A6SA 1H41A 3T2PA 3DECA 5GPRA 1VJSA 4DWSD 4HMEA 4H2CA 2GJXA 1JXKA 2QMJA 2VC9A 3OZPA 3EDFA 1NOUA 3DYOA 3VGBA 3S6TA 3FAXA 1GORA 2CBIA 1R85A 1CGYA 1UHVA 2Y24A 4LYPA 3L4UA 4Z2IA 1GPFA 4TVCA 2BHZA 4AIOA 1G0CA 4KRTA 1CENA 1E4MM 3ARUA 1W2PA 1M7XA 5DT7A 2ZE0A 4FLOA 3CZEA 3WF2A 1JZ4A 1VEPA 3SCVA 5A6MA 1E3ZA 5CGMA 4V28A 4PMUA 3RM8A 9CGTA 4MB3A 3WH8A 4GZIA 2PI6A 3VMNA 3BC9A 1H5VA 1CGTA 1LQ0A 1QNRA 4WSJA 2JIEA 1K9DA 4IM4A 4P8UA 1FH8A 4H8HA 1CECA 4U5KA 5CQ1A 4N0RA 5AYIA 3KZSA 4OIFA 3WELA 3GH5A 1ZJBA 1W9VA 4CU7A 1E6SM 4D72A 1UKPA 1PIGA 3WNMA 4HA4A 4PMRA 1UOKA 2IUZA 3S2CA 3ECQA 1QBAA 4GINA 1B0IA 5EFDA 2FH6A 4V27A 1JYVA 3POCA 4EANA 5A6BA 4D1JA 3OG2A 4BCEA 1G01A 4IPLA 1GNXA 2CETA 2WWCA 1K9EA 2J7EA 5A95A 2WVSA 5A3HA 1W3KA 1TA3B 3EYPA 1UR9A 3UR7A 1MWOA 2YL9A 4HOWA 3PN8A 3WUGA 4W93A 5CPQA 3GXIA 3VM7A 2J77A 3UCQA 3F5LA 3VGDA 3CZ8A 1E0VA 4JKLA 2V5CA 3BLKA 3RPMA 3UR8A 1Q6FA 3LPPA 4XZBA 5IFPA 3LPOA 3DYPA 1N82A 1XSKA 2VURA 3ARPA 1U2YA 1E6ZA 3DC0A 4GZJA 1UD3A 1H0IA 4HU8A 1GQKA 3ZT6A 5I6SA 4M24A 3CUFA 3WMBA 4MJ4A 2BV9A 2ZX6A 2DH2A 2JEPA 3NSMA 1CGVA 1HKIA 1V02A 1FFQA 2XVLA 2EPKX 3K46A 4AWEA 5A94A 2W62A 3EDEA 1CYGA 2ZUMA 1OIFA 1C3FA 3OLIA 3NIYA 3WFZA 2PF0A 4WJXA 5GNXA 1WZMA 3OGSA 1E55A 3CZJA 1HVXA 1HKJA 4AIEA 3A4AA 1CXLA 1ODUA 2ZUVA 4BQ5A 3AIVA 4IUGA 3UERA 1B30A 1J0HA 1Y7VA 3VUPA 3VDCA 5A6BD 3A4XA 3KWXA 4JCLA 3QHMA 3POHA 1TUXA 4AY1A 1J01A 2AMGA 3THCA 1GQJA 3AYRA 1QW9A 3VMOA 1VFFA 5HNNA 1QNOA 2WHMA 2GDVA 1C8XA 3RMEA 2WMJA 1CLVA 1U30A 1JZ7A 3MSDA 3AIEA 2OYLA 3WMSA 1X1NA 3BLPX 2G3IA 3AYSA 1HX0A 1JYNA 2J7BA 3CBWA 1KGUA 2YOCA 1MW2A 1XSJA 3GBEA 3WY1A 1PPIA 3VIMA 4CCDA 1E6PA 2WSPA 3GNOA 1BF2A 1HJSA 3U7VA 5ECUA 1XCXA 1E43A 3VO0A 1V3IA 4PTWA 2JF7A 2VQUA 2XIBA 1B3XA 2CKRA 4AZIA 2GJXB 2VI0A 4HPGA 2VX4A 1X6LA 1C7SA 4Z2JA 1E0WA 3W38A 4GQRA 1TG7A 1SFSA 3BAYA 4TVUA 3A6OA 1FHLA 1OSEA 1VBUA 3WFLA 5GQBA 5FOOA 3SUVA 2W66A 3WNKA 4UFIA 1V0KA 3WUEA 1UD8A 4NF7A 2ZX9A 5ABEA 1UA3A 5DT5A 1BYAA 1V3JA 3EDJA 3SCNA 1V6VA 1G5AA 2FGLA 1CDGA 2A3AA 2W91A 5IXEA 1CXKA 3ZJKA 4JFTA 1WAWA 4HMCA 3FXYA 3AXXA 2XVPA 4UFKA 4J3XA 5AC5A 3PZVA 3WDRA 4URIA 4AYSA 3W0KA 1ZU8A 4PMVA 4ZXOA 2E3ZA 2OYKA 4UQDA 4U3AA 1GUVA 2J25A 4AD3A 4UQCA 2GJRA 3ARRA 4JFWA 1ISYA 1E40A 3VGGA 3WQ5A 1C91A 4CD6A 4D6DA 3FY1A 1CPUA 4JL1A 2AOSA 1B1YA 1ZBCA 2J79A 2WMIB 3CUHA 2VO5A 1D3CA 3ALFA 2W63A 2PWDA 1SR0A 4AZHA 4CKQA 5IHSA 3CHDA 3W81A 1KCLA 1QHZA 3ZO9A 4HZ7A 1XRVA 1VEMA 3MV01 5LYRA 4EK7A 1DP0A 2WMFA 3NYDA 3W24A 4HU0A 3WNPA 2D2OA 1DWHM 1CNVA 2PWFA 4CGTA 2ZXAA 4B9YA 2D23A 3RJYA 1H49A 4X0VA 5A2AA 1LLOA 3EDKA 2WLYA 4XZWA 5EFFA 1E73M 2CESA 2DH3A 4UOQA 1B3ZA 2IXVA 4W7WA 4H8UA 1NARA 2XYLA 3AS3A 4XUYA 1JDAA 2G41A 3K4AA 4ATWA 2YBUA 1GOMA 4U2YA 4MNKA 2XPKA 1Z32X 1GW1A 3N17A 1B3VA 3AXIA 5A1AA 1JDDA 3AXHA 2XIIA 2V38A 3VIPA 1WZKA 5ABHA 1KXTA 2EPNA 3W6LA 3AIUA 2OSWA 4HMDA 3ZM8A 5BXRA 1CIUA 1KB3A 3AI0A 3NCOA 3CHFA 4P7NA 1SMAA 4P7LA 1VIWA 7TAAA 4AIUA 1GZJA 1CGWA 1M03A 3DHUA 4YHEA 2A3EA 5I2UA 1LF1A 1US2A 1FA2A 1LG1A 3KEHA 4M82A 3RCNA 3M46A 2X09A 4W86A 3N13A 5FL0A 1QI0A 1KQZA 4ZENA 4U2ZA 3FW6A 2VZUA 1HVQA 2OYMA 3WD4A 1J10A 2O9RA 1DTUA 4MAZA 1HIZA 2DEPA 3GH7A 4F66A 3CHCA 3GBDA 2UY4A 5BXPA 1EQCA 1Q4NX 1W91A 3UG4A 3WDIA 3M6DA 3VIHA 4UR9A 3W29A 3W37A 3MS8A 4M8UA 3CZGA 4D6GA 2BHUA 3MV11 2XJ7A 1LL7A 3VDAA 3BAIA 1IT0A 3UG5A 3WL0A 1W3LA 3MMDA 1CXEA 1B3WA 2JALA 3WUBA 3QGVA 4MPKA 3VX1A 4RE3A 3WL1A 5JBEA 2PWGA 1JZ5A 4AZGA 3AS2A 4PRWA 4AD1A 4Z2KA 3N18A 4WKFA 4BA0A 1US3A 2VVSA 4AD0A 1R8LA 2WC3A 1E9LA 1KXQA 3PBGA 3AIBA 1XYFA 1WO2A 4U33A 4HP5A 3OA5A 3SCTA 3K8KA 1F4AA 3OLDA 2E40A 3VIOA 5AC4A 2OSYA 4A4AA 2EEXA 5KZ6A 2XVNA 4JFVA 3AZSA 3L4ZA 5JIWA 2OWWA 4Z2GA 1H2JA 2E8YA 1E0XA 3WD2A 1JG9A 1ESWA 4UFHA 3BH4A 4R27A 3ZJ8A 4FLQA 4PTXA 1HP4A 5DO8A 4QLKA 4RE2A 1J0KA 3PZTA 3WKZA 4E4PA 4JFUA 2VZVA 1IV8A 1UQYA 3AISA 4RE4A 2Y2WA 5FL1A 1VENA 2NW0A 1HL8A 1ZS2A 5A6JA 2JIWA 5DEZA 1MXDA 3VGHA 3I3DA 3APGA 1J9YA 3VX0A 2PC8A 1ZBVA 1KXVA 1ZJAA 2Q8XA 3PTMA 1UD4A 1QNQA 1E15A 4PCTA 5A6KA 2ZUSA 5BXTA 4RL3A 2J74A 2F2HA 4FF5A 3ZQ9A 1W9XA 3CO4A 2XG9A 1DWAM 3WNLA 1EO7A 5DF0A 1PJ9A 3CGTA 3WNOA 4JCMA 1UKOA 3BCDA 3IK2A 1BVZA 2EPLX 4GIAA 3T0DA 1QNSA 3TTSA 1KCKA 1HT6A 2QPUA 4MNJA 1CTNA 1E4NA 4LXFA 2VZTA 4KGJA 4WSKA 5I79A 3NJ3A 1GHSA 2CKSA 2W5FA 2NSXA 2X0YA 4ZXLA 4WKHA 3BAKA 3D3AA 1UKSA 3AMDA 3NUKA 2J47A 4XV0A 2VCCA 1W1PA 3AHXA 2VR4A 2BY3A 4UZUA 5LA2A 1X6NA 1E71M 1JDCA 1MQPA 1EIBA 3WDHA 2F8QA 2XWEA 2J7HA 3GZAA 3GXMA 2WB5A 1W9UA 2DT2A 2VNCA 3W6MA 1PX4A 3PZMA 4LGXA 1OCQA 1JGIA 2WCAA 1W3JA 1LJYA 3VDHA 2XHYA 1P6WA 3NDYA 4YPJA 2J8GA 4TTUA 1BFNA 3ARXA 3SIMA 1XV8A 1HKKA 1W9DM 3DYMA 2XTKA 3GYCA 1JI1A 2WBGA 2YA1A 2XGBA 2W61A 2WPGA 4E2OA 3VD5A 3VIIA 5C70A 3WNNA 4D6FA 5CPTA 5JUVA 3CUGA 4A3YA 4ML4A 4OZOA 3OBAA 5ABFA 1EDQA 2VCBA 4PMYA 2CXGA 4DM2A 2PBOA 4FK9A 1XD1A 3WQ8A 1JF5A 1XD0A 4P8XA 5C71A 1LWJA 2BHYA 1SMDA 3PZGA 5E9AA 1V3HA 4PMZA 3HJEA 4OBRA 3OGVA 1G1YA 3BXWA 2UY2A 1JYWA 1RH9A 2YLLA 1ISVA 1W9BM 3SCSA 1EO5A 1NP2A 2Y8VA 1OB0A 2ZX7A 4JKKA 3WENA 5FCZA 2GUYA 4X9YA 4WIWA 4OOZA 4LQ1A 2CHNA 1KBBA 1JI2A 1UH4A 3TTYA 1B2YA 1OD0A 1KGXA 2E0PA 4M29A 2DT0A 1C8QA 3AFBA 5A8PA 1MW3A 1UR1A 2DT1A 1NP0A 3F5KA 1JD9A 3EMQA 4P7QA 4TTGA 1W1YA 2DSZA 4GI6A 4DUXA 3U57A 1JNEA 2D3LA 3K1DA 2XM1A 4MDOA 5D9MA 5A2CA 3WH7A 1KFWA 3L2LA 5I5RA 5I77A 3PTQA 1QOXA 3A3HA 1FP8A 3ZT7A 1MVYA 2EPMX 2YA2A 2EXOA 1XSIA 1ISWA 3CIVA 1RPKA 2D0HA 2ZXBA 3U5YA 2ZUWA 1NQ6A 2G3JA 5A69A 1GOOA 2YDQA 4HZ8A 3SCRA 1OBAA 4PN2A 3TTQA 1OT1A 2YIHA 5D8WA 4C7FA 1KWGA 3WF1A 5A2BA 4IPNB 3FHAA 4UOZA 1W9PA 3AJ7A 2DSUA 1JFXA 5JBFA 4TX6A 1WZLA 5CLWA 5M3WA 1CBGA 2ZWYA 1I1WA 3VM5A 2QMKA 3VTRA 1ZB5A 5I3DA 3F4VA 3CMJA 1DEDA 1TMQA 1LL6A 1V0LA 3AZTA 3BAWA 1BYDA 2QV4A 1AQMA 1OGSA 4FMVA 4PCSA 2DT3A 3VD7A 3WUFA 1OT2A 4H8VA 2WHLA 2QPSA 3NDZA 5FKYA 1ECEA 2WC7A 1VAHA 2DIEA 3WF0A 2XM2A 2E9LA 2D24A 2G8ZA 2PWHA 2RGLA 3J7HA 4CN6A 1E6RA 1U33A 1CXFA 4BQ4A 4ZE4A 3GNRA 4UQBA 1V3LA 4B3LA 3LMYA 2W92A 3ARYA 3CTTA 4GXPA 5D9NA 2E9MA 5A8OA 2G4FA 1C90A 1R86A 5I23A 1QHPA 1FH9A 3A47A 4P8WA 4W5UA 3W27A 1D7FA 2FGZA 1WCGA 4ATLA 1UZ1A 3I3EA 4W84A 2GSJA 2CIPA 2IXUA 4W87A 4OKDA 2PWEA 3L2MA 3ZIZA 2WHJA 1JAEA 4KGLA 1UR8A 1H4PA 4D6JA 2WC4A 1HL9A 1TE1A 2CITA 2A3BA 5HXMA 4KRUA 2WLZA 1MXGA 2DDXA 4D71A 1XH1A 1PIFA 1E6XM 4JHOA 3ZSSA 1PEZA 1KR0A 1RP8A 1EH9A 1WDRA 1GONA 4ACZA 4X0NA 1UR4A 3N04A 4F9JA 1MQRA 4UQAA 2WXDM 7CGTA 1JZ3A 1UD2A 1W2VA 3VOCA 1UQZA 3A4WA 5A6AA 2BY1A 3FAWA 2WKLA 5A8QA 3BGAA 3II1A 2VR5A 4V2XA 2C8NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SUT A;  2VL4 A;  1BSI A;  3L4T A;  6TAA A;  1MW1 A;  2GJP A;  3K8M A;  5GNY A;  5F7U A;  2QLY A;  1E70 M;  5E6Z A;  4D6I A;  4KMQ A;  4JZ5 A;  4UNI A;  1WE5 A;  3FHQ A;  5CSU A;  3W26 A;  3CHE A;  3N11 A;  4AD2 A;  4W7U A;  4CUC A;  4UFL A;  3ALG A;  1C93 A;  1H09 A;  3SUS A;  2QF8 A;  3B9D A;  2E4T A;  1HJV A;  3VMP A;  1KWK A;  1EQP A;  2GVY A;  4AC1 X;  2ZX5 A;  1AVA A;  2EJ1 A;  3MUZ 1;  5CPS A;  3O6A A;  1W3H A;  4UZS A;  2VX7 A;  3T2O A;  1GOK A;  4M1R A;  4LPC A;  2ZOX A;  1EA9 C;  3SCO A;  2J7D A;  3VD4 A;  1A3H A;  3SUR A;  2EPO A;  1KBK A;  5IFT A;  3AIW A;  3SCQ A;  2HVM A;  4BQ2 A;  2EBN A;  3EMZ A;  3ZOA A;  2D0G A;  1J0Y A;  1WP6 A;  3ZT5 A;  4TXE A;  1PAM A;  3CH9 A;  2WBK A;  5CGT A;  5LA1 A;  2C0H A;  2YDS A;  3D5H A;  1QI4 A;  1TR1 A;  2YL8 A;  3M07 A;  3ARV A;  4L4P A;  2WMK A;  2JE8 A;  2A3C A;  4YN5 A;  3VIJ A;  3WBA A;  3N15 A;  4AZ7 A;  1I75 A;  1QHO A;  2G3M A;  4UFJ A;  2XVG A;  1E6N A;  1Q6G A;  3T2Q A;  4PMD A;  5E0F A;  2EQD A;  1QNP A;  1V3K A;  4FLS A;  2XWD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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