The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
61
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structure length |
61
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Chain Sequence |
DETGKELVLVLYDYQEKSPREVTIKKGDILTLLNSTNKDWWKIEVNDRQGFVPAAYLKKLD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Sh3-domain
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| molecule keywords |
SPECTRIN ALPHA CHAIN
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| publication title |
Conformational Strain in the Hydrophobic Core and its Implications for Protein Folding and Design
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Gallus gallus
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| total genus |
13
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| structure length |
61
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| sequence length |
61
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-08-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YDL A; 2RNA A; 2OJ2 A; 1ABO A; 2M0Y A; 2CUD A; 2D8J A; 2EPD A; 2SEM A; 1QCF A; 3PVL A; 1AWX A; 4R0K A; 4DEY A; 1T3L A; 1YWO A; 4HVU A; 2EQI A; 3M0S A; 2JS0 A; 1NLP C; 1SPK A; 1XOV A; 2AKK A; 2VVK A; 1HJD A; 2MOX A; 2ENM A; 4JJC A; 1NEG A; 4LUE A; 1MUZ A; 1AZG B; 1JXO A; 4Z8A A; 4AG1 C; 2RPN A; 4ESR A; 1E6G A; 2BZ8 A; 3O5Z A; 2DL8 A; 3VS1 A; 3TSZ A; 2LP5 A; 1T0H A; 3VRY A; 1OPL A; 4LUD A; 3VS0 A; 1JXM A; 2EYX A; 4HVW A; 1IO6 A; 2V1Q A; 2ED1 A; 2DM1 A; 3QWX X; 1WXT A; 2ABL A; 2X3W D; 5IHK A; 2C0I A; 1WXU A; 2J6O A; 3THK A; 1M3B A; 1UHF A; 2F2W A; 1VYT A; 2P4R A; 3RBB B; 2CT4 A; 2ESW A; 2NUZ A; 5IHI A; 4F14 A; 2FRW A; 1B07 A; 2O88 A; 2DIL A; 1AVZ C; 2RF0 A; 1LCK A; 1OV3 A; 1SHG A; 3IQL A; 2IIM A; 4LNP A; 2KRN A; 3SHW A; 2ROT A; 3UAT A; 4RTX A; 1NYG A; 2EYZ A; 1Y0M A; 2E5K A; 2YUO A; 3NPF A; 2LJ3 A; 1YNZ A; 2YUQ A; 2MCN A; 1PRM C; 2PNI A; 1UHC A; 1OOT A; 3NMZ C; 2V1R A; 3VS2 A; 2O9S A; 3A98 A; 3M0P A; 4CC3 A; 1WFW A; 1WXB A; 1NG2 A; 2A36 A; 4HXJ A; 2YT6 A; 3NHN A; 5I22 A; 2JT4 A; 1UTI A; 2LX7 A; 1ABQ A; 1SSH A; 4JJD A; 4J9H A; 2J7I A; 1WDX A; 2HEQ A; 3VS7 A; 2KR3 A; 2K6D A; 4J9C A; 1BBZ A; 5GJV B; 2DVJ A; 2LCS A; 1RI9 A; 4AFZ C; 1AOJ A; 1GBR A; 1AWJ A; 3TVT A; 4JJB A; 5FW9 A; 4RUG A; 2ROL A; 2L2P A; 4F16 A; 2FO0 A; 3EHQ A; 2L0A A; 3EGU A; 3EG3 A; 1U5S A; 1UDL A; 2O2O A; 3EG1 A; 2K3B A; 2DRM A; 4KRT A; 4QT7 A; 2LMJ A; 4J9B A; 2DL7 A; 1AWW A; 2X3X D; 1UGV A; 4WCI A; 2YUP A; 4OMP A; 1X27 A; 2VKN A; 2DJQ A; 2DA9 A; 3C0C A; 2KXC A; 1X69 A; 5GJW B; 4OMM A; 2AK5 A; 2H8H A; 1K9A A; 2D8H A; 1V1C A; 1QKX A; 4CC7 A; 1UJY A; 2L3S A; 3R6N A; 4Z89 A; 2MIO A; 2DL4 A; 2FPF A; 2C0T A; 2DBK A; 5EC7 A; 3UA6 A; 2LQN A; 1RLP C; 1SEM A; 2FG0 A; 1CKA A; 4E6R A; 1X2Q A; 2EBP A; 2O9V A; 5IH2 A; 2W0Z A; 2GBQ A; 2RQV A; 2EKH A; 4AFQ C; 1ZUY A; 1X6G A; 2KBT A; 1PRL C; 4J9D A; 1G2B A; 1I07 A; 4AFU C; 2CT3 A; 2DF6 A; 1WIE A; 4ZNX A; 4HVV A; 1QLY A; 2GQI A; 2RQW A; 2KT1 A; 1TG0 A; 1GBQ A; 2K2M A; 1U3O A; 1Y57 A; 1QKW A; 2M51 A; 4GBQ A; 3EHR A; 1WI7 A; 4J9G A; 1M8M A; 3H0F A; 1PKT A; 2DRK A; 1AZE A; 2LJ0 A; 4J9E A; 4LE9 A; 1GFD A; 1GFC A; 1FYN A; 2D1X A; 4JZ3 A; 1Z9Z A; 1HSQ A; 1A0N B; 1X43 A; 1K0X A; 1ZUU A; 1VA7 A; 2NWM A; 4IIM A; 2JMC A; 1T0J A; 1NLO C; 1AD5 A; 2BZX A; 4OMN A; 3REB B; 1FMK A; 1OPK A; 1WX6 A; 1WLP B; 4J9F A; 5FWC A; 5IXF A; 1JO8 A; 1NEB A; 2QDL A; 2DYB A; 2OAW A; 4RTT A; 1CSK A; 2LZ6 B; 1W70 A; 4CC2 A; 1KIK A; 2KNB B; 1JEG A; 1Z9Q A; 2W10 A; 4FSS A; 1UUE A; 4IIO A; 1M3C A; 2JMA A; 3VS6 A; 2GNC A; 1S1N A; 2VWF A; 3QWY A; 2KRO A; 1KJW A; 3I35 A; 2FRY A; 2LNH B; 1CKB A; 1GL5 A; 3H0I A; 1H3H A; 2KXD A; 3M0Q A; 1I0C A; 1AEY A; 3VS5 A; 2KRS A; 5FWB A; 3CQT A; 3RNJ A; 1WA7 A; 2C0O A; 2KRM A; 1UE9 A; 3LH5 A; 4RTW A; 2K79 A; 1UJ0 A; 4A63 B; 2LQW A; 1KFZ A; 1KSW A; 2JS2 A; 3I5S A; 3KFV A; 2JM8 A; 4EIK A; 1ZLM A; 2L3Q A; 1ARK A; 4LN2 A; 5IHN A; 1GRI A; 2JM9 A; 1PHT A; 5L23 A; 2CH4 W; 2EGA A; 1I1J A; 2J6F A; 3ZL7 C; 2CSI A; 4AFS C; 1YP5 A; 1RLQ C; 2GGR A; 1E7O A; 1H8K A; 2J05 A; 2RQU A; 3VS3 A; 1W1F A; 1YN8 A; 2HSP A; 3REA B; 1GCQ C; 1X6B A; 2JW4 A; 2XMF A; 2ED0 A; 2AKL A; 2OI3 A; 3FJ5 A; 1ZSG A; 2RN8 A; 1X2K A; 2EYY A; 2HBW A; 2KEA A; 2HDA A; 2I0N A; 3PVQ A; 1WYX A; 1UG1 A; 3TSW A; 3ULR B; 1JU5 C; 1U06 A; 2F2X A; 2PTK A; 2DNU A; 3M0T A; 3SEM A; 2JTE A; 1YCS B; 1PWT A; 1W6X A; 1BK2 A; 3I5R A; 4RTV A; 2FPD A; 1G83 A; 1OEB A; 1SRM A; 2B86 A; 2L3P A; 3M0R A; 2CDT A; 4JPB W; 1M27 C; 2EGC A; 3VS4 A; 2CSQ A; 5I11 A; 3JV3 A; 1EFN A; 2KGT A; 2CH4 A; 2HCK A; 3UF4 A; 1PNJ A; 2O31 A; 4CC4 B; 3NGP A; 1HD3 A; 4RTY A; 1UFF A; 1N5Z A; 4GLM A; 2A08 A; 4ORZ A; 2BZY A; 4D8K A; 1BB9 A; 1RUW A; 1NM7 A; 1K4U S; 3I9Q A; 1J3T A; 4F17 A; 4M4Z A; 3EG0 A; 1E6H A; 2BTT A; 2K7A A; 1YWP A; 2RQT A; 2D0N A; 2KE9 A; 2RMO A; 2EW3 A; 4RTZ A; 1PKS A; 1GCP A; 1NYF A; 2LJ1 A; 2AZV A; 5ECA A; 1K0S A; 2DLP A; 1SRL A; 2PZ1 A; 2GTO A; 1MV0 B; 1QWF A; 1M30 A; 4OMO A; 2DBM A; 5HCK A; 2SRC A; 2A28 A; 4Y92 A; 1JQQ A; 2G6F X; 1T3S A; 4RTU A; 2ECZ A; 3M0U A; 2FEI A; 2DL3 A; 1K1Z A; 1UEC A; 1M3A A; 2EVR A; 2A37 A; 2RQR A; 2YUN A; 1QWE A; 4AG2 C; 2KYB A; 1VYV A; 4K11 A; 4DEX A; 4JZ4 A; 4Z88 A; 3VRZ A; 1SHF A; 1K76 A; 2KYM A; 4D8D A; 3UA7 A; 1ZX6 A; 2DMO A; 1B3Q A; 2J6K A; 1BU1 A; 4OMQ A; 1ZUK A; 2CUB A; 3H41 A; 1GCQ A; 2GTJ A; 2DE0 X; 3U23 A; 1TUC A; 2F2V A; 4X1V A; 1AWO A; 1TUD A; 3GBQ A; 2FPE A; 2EGE A; 2EYW A; 4HCK A; 1H92 A; 2AZS A; 2CRE A; 2K9G A; 3H0H A; 5IXB A; 2KT8 A; 4OML A; 2J06 A; 1VYU A; 3PE0 A; 2JXB A; 1ZBJ A; 2YSQ A; 2DL5 A; 3EG2 A; 2DX1 A; 1MV3 A; 4J9I A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2COW A; 1ACM B; 4IUQ A; 4FW1 A; 1ABO A; 3GNG A; 1W4S A; 4M7D D; 4DEY A; 2DXB A; 1WHL A; 1T3L A; 3NTK A; 2F5T X; 2RI5 A; 3JAM E; 2EQI A; 3M0S A; 2JNG A; 2K4Y A; 4A4K A; 1NLP C; 3V7C A; 1XNI A; 1XOV A; 2AKK A; 1Q86 U; 3X20 B; 2ZPG B; 2MOX A; 5KYX B; 3CBM A; 2ENM A; 1NEG A; 5I21 A; 3VUB A; 2P0K A; 1QVG A; 1KD1 U; 2RI2 A; 4Z8A A; 2PVD B; 5D6W A; 5GAO q; 3RER A; 1VQ4 A; 2DL8 A; 2LP5 A; 4LUD A; 2KDS A; 1KQS P; 2KI7 A; 3OSV A; 2EYX A; 1OU9 A; 5IT9 E; 1YI2 T; 3CCJ Q; 1IO6 A; 1YIJ T; 5GAM j; 3CCS T; 1VQ6 T; 1GXI E; 1AT1 B; 2EFI A; 3GOX A; 5LJ5 g; 2J6O A; 3THK A; 3UPU A; 4EMK B; 1KG1 A; 2E65 A; 5FRO A; 1UHF A; 3UWN A; 1EIF A; 3GNF B; 1K8A R; 3RBB B; 4C92 C; 2E10 A; 1Q82 R; 4PJL A; 2DTH A; 3CCL A; 4F14 A; 2FRW A; 1B07 A; 1VUB A; 2O88 A; 1B34 A; 1AVZ C; 4M75 D; 4A54 A; 3IQL A; 1HXD A; 2KRN A; 3SHW A; 3QYH B; 2RHI A; 4RTX A; 3VKI A; 1VQL A; 1PC0 A; 4LDY A; 3D7S B; 3PIO A; 2YUQ A; 2LQK A; 4OB2 B; 2CP5 A; 1OOT A; 3NMZ C; 4LDV A; 1VQN T; 5GMK j; 3L2W A; 4HXJ A; 2YT6 A; 1LOJ A; 2KVQ G; 2JT4 A; 1YJW A; 1UTI A; 3X26 B; 4HA8 A; 4JJD A; 2NUT A; 2MF2 A; 1OI1 A; 2KR3 A; 2K2V A; 4DOV A; 2RJF A; 2Z0W A; 3TVT A; 4CRI A; 1KQS S; 2Y4Y A; 4JJB A; 2JTF A; 1JJ2 A; 4E7J A; 3JCM J; 1QQJ A; 5FU7 B; 5GMK m; 3EG3 A; 4DA4 A; 4L59 A; 2M02 A; 4NL3 A; 2DRM A; 3DLM A; 2AHJ B; 4Y28 E; 4M77 E; 2DL7 A; 3J7A F; 1VQ8 T; 5LJ3 f; 3G4S T; 4Y91 A; 2YUP A; 2LC4 A; 3G7Z A; 3M58 A; 3SWN B; 2MWO A; 2DA9 A; 3VJP A; 3QJY A; 3SFM A; 2MAM A; 5GJW B; 2DD5 A; 4J83 A; 1BI1 A; 1K9A A; 4NOY A; 6AT1 B; 2D8H A; 5CKD A; 3CCE A; 2V8J A; 2YRC A; 1QKX A; 1UJY A; 1YFN A; 4ZN1 A; 2L3S A; 5LJ5 d; 5GAN f; 4Z89 A; 2MIO A; 2DL4 A; 4QVZ A; 2D6F A; 2K5I A; 3UA6 A; 4KUI A; 1CKA A; 4E6R A; 3DLL A; 5GAN 4; 2DD4 A; 2BUD A; 3PIP A; 1TU0 B; 1TWB A; 3OS2 A; 2KBT A; 3I56 T; 3EAE A; 1WNL A; 2CT3 A; 1PD0 A; 2DF6 A; 5CIU A; 3OYB A; 4E7H A; 3M56 A; 2K57 A; 1M2O A; 2RQW A; 1EX4 A; 1GBQ A; 1G3T A; 3CCU Q; 5KYX A; 1S72 A; 1VQL T; 5I2M A; 3NFC A; 4M75 F; 1WI7 A; 1M8M A; 3H0F A; 3OBY A; 3HKS A; 4LE9 A; 5KYY B; 1VQO T; 3JCM f; 3DKM A; 3MKD A; 4BE1 A; 1Z9Z A; 1A0N B; 1K73 R; 4O5V A; 3CC7 Q; 1ZUU A; 2EAY A; 2NWM A; 3P8H A; 1YJW T; 1R77 A; 1K9M R; 1NLO C; 2VB6 A; 4OVA A; 3JCM P; 5FWC A; 4M7A D; 2EYQ A; 4RTT A; 1VQ5 Q; 4N4G A; 1WPY A; 1RI0 A; 3MHX A; 1Q7Y R; 2HAX A; 1M90 R; 2LRQ A; 4EMK A; 2KNB B; 2CZ6 B; 2OAU A; 4C8Q E; 2OTL A; 1VQM Q; 1JEG A; 3MEW A; 1XJW B; 2RK1 A; 3MEA A; 4IIO A; 1N8R U; 5IAY A; 1UGQ B; 2HQE A; 1U8R A; 1W2B A; 2RHU A; 1OUL A; 1S1N A; 2VWF A; 2RHY A; 3I35 A; 2LNH B; 1MNE A; 3H0I A; 1QP2 A; 5GMK l; 2RD1 A; 3M0Q A; 1BI0 A; 5FWB A; 3M53 A; 2VUB A; 1YJ9 A; 1D1A A; 2C0O A; 2XU8 A; 2LQW A; 4E2F B; 1KFZ A; 2DVE A; 2MI6 A; 2B8A A; 2JM8 A; 2XI9 A; 1ARK A; 2CZ7 B; 4M7D B; 4XU2 A; 4M7A G; 1OZ3 A; 4J8O A; 4B6M A; 1BCO A; 1PHT A; 4C0Z A; 5L23 A; 3KXT A; 4GLK A; 1I81 A; 5HKC A; 2EGA A; 4DBF A; 1VQ7 A; 2E4H A; 2HKN A; 2J05 A; 2RQU A; 2OTJ A; 2E3I A; 2BE9 B; 1Q86 R; 2JW4 A; 3A1P A; 1PSF A; 2XMF A; 2YXY A; 3FJ5 A; 3JB9 H; 1ZSG A; 3MJX A; 1X2K A; 3T9N A; 2HBW A; 4M78 D; 3SWN A; 2I0N A; 1S72 T; 3CCM A; 2DFU A; 3RKW A; 2F2X A; 2DK3 A; 2LX9 A; 3GLX A; 2PTK A; 3M0T A; 2QAZ A; 1D3B A; 4C0D B; 3I5R A; 3AHU A; 4OP0 A; 1V29 B; 3JRZ A; 4DOW A; 2EQK A; 3EFS A; 1VQK Q; 2CZ1 B; 2EGC A; 4ZGJ B; 2CSQ A; 1NJI R; 2L89 A; 2KGT A; 3V8L A; 2EQU A; 2JJ9 A; 3G71 Q; 2ZPF B; 3UF4 A; 2LT1 A; 1FMV A; 3C12 A; 1HD3 A; 3EH1 A; 4M75 B; 4ANJ A; 4M7A F; 1UFF A; 3L42 A; 4GLM A; 2OTL T; 2BZY A; 4D8K A; 1RUW A; 1J3T A; 3X25 B; 4M4Z A; 3EG0 A; 1E6H A; 3BFM A; 2BKD N; 3RDV A; 2QGF B; 1M1K R; 2RQT A; 2KE9 A; 4M78 G; 5LJ3 j; 1Y07 A; 2RHZ A; 2A3L A; 2E6N A; 3GP8 A; 5ECA A; 3PT9 A; 1SG5 A; 1MV0 B; 2LTO A; 3N5B B; 1YIJ Q; 1VQ6 Q; 4QVC A; 2XG8 D; 2L5Q A; 4Y92 A; 1X6O A; 5FU6 C; 1T3S A; 4JRQ A; 4RTU A; 3M0U A; 2DER A; 3UDC A; 5GAN j; 1VOM A; 2HBP A; 5KH6 A; 1C0M A; 4M75 C; 1QWE A; 4DEX A; 3CCR A; 1SHF A; 3A8H B; 3BDU A; 4ELY C; 3PMI A; 3UA7 A; 1ZX6 A; 1B3Q A; 2QQ9 A; 2VC8 A; 4IUV A; 3H41 A; 1FXX A; 2GTJ A; 2DE0 X; 4AT1 B; 4FSX A; 2QEX A; 1AWO A; 3QXE B; 2QQS A; 4LD9 K; 3CCM T; 5KYN A; 2CRE A; 2CS7 A; 3LW5 E; 4KH0 B; 4OML A; 1Y96 A; 4M78 F; 4C92 E; 2QQB A; 3PE0 A; 3OS1 A; 1DJ7 B; 1P92 A; 4JLI A; 2YSQ A; 3SDZ A; 3EG2 A; 4F16 A; 5GAM d; 3HFO A; 4RCC A; 4FL6 A; 1G8X A; 3ZBD A; 4AMC A; 2CUD A; 2EPD A; 3DB3 A; 3CCV Q; 3CCU T; 3JB9 G; 2JUF A; 3EFO B; 4MMK A; 4R0K A; 3OYA A; 2XK0 A; 5LJ5 e; 3CPW P; 1IZ6 A; 1WQW A; 4HCZ A; 2VVK A; 2DJZ A; 5KYU A; 3OB9 A; 4XTY A; 1MUZ A; 3AT1 B; 5CKH A; 1JXO A; 3V7R A; 1VQ4 Q; 4OGC A; 2RPN A; 2BZ8 A; 3O5Z A; 2QA4 A; 1LPL A; 1KQS A; 4C0F A; 2CP0 A; 4FYY B; 1T0H A; 3VRY A; 1OPL A; 1VQ5 T; 3OS5 A; 1LJO A; 5FRM A; 1EZZ B; 4HVW A; 1MGQ A; 3BW1 A; 2QAS A; 5HK0 A; 3QWX X; 3O8V A; 2BIV A; 3QHS A; 2X3W D; 2C0I A; 2PQW A; 3E9F A; 2PUO B; 1WXU A; 4RMO A; 5CQX A; 2P4T A; 1M3B A; 2NUP B; 5GAO m; 3OYD A; 3OS0 A; 3CCL Q; 4JUV A; 1Q81 C; 4HCB A; 1M8V A; 2P4R A; 3TQ7 P; 2CT4 A; 2NUZ A; 3GIB A; 4IUR A; 3HFN A; 3HRU A; 3CCR T; 4M75 A; 2RF0 A; 1LCK A; 1SHG A; 4LNP A; 2IIM A; 2P0Q A; 3JB9 F; 1KC8 C; 1VQL Q; 1VQP Q; 1NYG A; 3FRN A; 1C1A A; 1XQH A; 2EYZ A; 2JVV A; 4J7I A; 3CPW S; 1MHN A; 1BIB A; 1UHC A; 1TUG B; 1PM3 A; 2O9S A; 2VAS A; 3M0P A; 3LH0 A; 2A36 A; 2QEX T; 4FM4 B; 4C0G A; 5D7U A; 4IUP A; 2E70 A; 3L2U A; 1N8R C; 4J9C A; 4F7U E; 4J5Y A; 4M7A C; 1BBZ A; 4PJO B; 4E7I A; 4PJJ A; 2QK0 A; 4AFZ C; 1RI9 A; 1QCN A; 2ROL A; 3EHQ A; 3EGU A; 3RKX A; 4JDS A; 1G3S A; 2D0Q B; 3EG1 A; 1MND A; 2X3X D; 4R56 A; 1NPP A; 1D0Z A; 2O01 E; 2WAC A; 1RAF B; 3C0C A; 1ZBX A; 2O4X B; 2KXC A; 4C5G A; 1X69 A; 2HQX A; 4OMM A; 4FW2 A; 1OX8 A; 3L2R A; 3CCE Q; 2H8H A; 2F5K A; 1VQK T; 3CCV A; 1V1C A; 2IG0 A; 2YLB A; 1H3Z A; 3R6N A; 2JZ2 A; 3G71 T; 2DBK A; 2XID A; 1U1S A; 3OYJ A; 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