The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
114
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structure length |
114
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Chain Sequence |
SVLSGKKADELEKIRLRPGGKKKYMLKHVVWAANELDRFGLAESLLENKEGCQKILSVLAPLVPTGSENLKSLYNTVCVIWCIHAEEKVKHTEEAKQIVQRHLVVETGTAETMP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
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| molecule keywords |
GAG POLYPROTEIN
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| publication title |
Crystal structure of SIV matrix antigen and implications for virus assembly.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Simian immunodeficiency virus
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| total genus |
38
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| structure length |
114
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| sequence length |
114
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2000-01-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2H3Z A; 2GOL A; 2K4H A; 2JMG A; 2LYB A; 2K4I A; 2LYA A; 2H3F A; 1A6S A; 2H3V A; 2HMX A; 1TAM A; 4ICA A; 4JMU A; 2H3I A; 1HEK A; 2NV3 A; 4IC9 A; 1L6N A; 1ED1 A; 2H3Q A; 1UPH A; 1HIW A; 2K4E A; 1ECW A; 2N1R A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2AGQ A; 3A0B U; 5BPC A; 4PGQ A; 2BQR A; 4OJL A; 3M1Y A; 5J0Y A; 4UW9 A; 5IIM A; 3PST A; 2XGP A; 2WTF A; 3MR2 A; 2AQ0 A; 2W54 A; 2RQ5 A; 2W3S A; 3HRD D; 1L7N A; 4CNQ A; 3GU3 A; 4NV0 A; 3SI8 A; 5ALT A; 4DO9 A; 5F3X B; 2FPL A; 9ICI A; 4IQV A; 2Z7J A; 9ICL A; 5KFA A; 3LK9 A; 5CP2 A; 1NK5 A; 1X40 A; 4JUZ A; 1PVR A; 2KJ9 A; 2YN4 A; 8ICV A; 5E79 U; 2E1E A; 1KRP A; 2P6R A; 2PI4 A; 3GIL A; 5HR6 A; 4U7C A; 4NLG A; 4AYB C; 5DG9 A; 4J9Q A; 5K4L A; 3C21 A; 3QUC A; 4F72 A; 3T5J A; 2IBK A; 4IS7 A; 1D9F A; 1X9W A; 4UB5 A; 3GDX A; 3Q8M A; 1LB2 B; 7ICF A; 1L7O A; 1JXL A; 2H3V A; 1A77 A; 3MR3 A; 5KG1 A; 1L6N A; 4YMO A; 2KHV A; 4I2J A; 5J0P A; 1ZQG A; 4KMU A; 9ICK A; 1BPX A; 2V4Q A; 4BX9 C; 1ZQF A; 5AM4 A; 3PX4 A; 5KTQ A; 5ALK A; 2AHO B; 1NNL A; 2LM4 A; 2P6U A; 5AM3 A; 1MQ3 A; 1XO0 A; 8ICS A; 5DDY A; 3I1Y A; 1IM4 A; 3M8S A; 2RRD A; 2ZUB A; 5F9N A; 4DLE A; 4EEN A; 4UAY A; 4YN4 A; 1BPB A; 2KIC A; 1KW4 A; 4U6P A; 3PW5 A; 1MQ2 A; 1LV5 A; 7ICV A; 2DF4 B; 4UAR A; 2VKQ A; 1JMS A; 4ECQ A; 3GII A; 5ALL A; 4RQM A; 3WKD A; 3C29 A; 1UT5 A; 2B0C A; 2A19 A; 3SZ2 A; 5AKE A; 4QZ9 A; 3NS1 A; 5AIB A; 3QZ7 A; 2K60 A; 4JV0 A; 3H0M B; 5KT5 A; 4QZ8 A; 3V7L A; 2J6S A; 1X2I A; 4OO1 J; 4UB1 A; 4UAW A; 5KFX A; 2RDJ A; 2RP5 A; 1Z00 B; 2Y9T A; 3OHA A; 4I2G A; 2W9A A; 4OJ6 A; 1ZQK A; 4MHV A; 2K8A A; 3F5A A; 4I2I A; 4J9P A; 3C1Z A; 1N56 A; 2BCR A; 2O6K A; 4US8 A; 5KG7 A; 4YXJ A; 3H0R B; 5JUM A; 2ODG A; 4ACO A; 1F0M A; 4M9H A; 2K4H A; 5CHG A; 1S5L U; 5KFO A; 3SAF A; 5KFW A; 2C22 A; 3C28 A; 4USA A; 2JEI A; 2V4R A; 9ICX A; 1TAM A; 3DDH A; 5CJ7 A; 3GQC A; 2ATL A; 4NM2 A; 3RAX A; 4G9B A; 5L1J A; 2K8C B; 2W9C B; 3QZ8 A; 1ZQR A; 4KLH A; 1T94 A; 8ICM A; 3M8R A; 4P4M A; 3AMZ A; 9ICG A; 4RQ6 A; 4RQ3 A; 1XO1 A; 4F71 A; 3D6J A; 5T14 A; 4PZN A; 8ICY A; 4ED1 A; 1SKW A; 2WF6 A; 3H8M A; 5EE1 A; 1SKR A; 4QZG A; 5KG2 A; 1B4F A; 3LVV A; 5AKG A; 3HKZ F; 1XC9 A; 3JPQ A; 1VJ5 A; 1NK4 A; 4RT3 A; 2BHN A; 2WAQ F; 4UAS A; 2D6F C; 1IXR A; 1SL1 A; 5KFY A; 1X9M A; 1UA0 A; 2XID A; 3TAD A; 3PR4 A; 8ICH A; 4RQ0 A; 2L5Y A; 2Y1I A; 1UA1 A; 4I2H A; 1Y88 A; 1SWV A; 8ICX A; 2VA2 A; 2A1J B; 7ICE A; 3QU4 A; 1KLN A; 4KLO A; 3FYH A; 1BPD A; 1MA7 A; 1KSP A; 1ZET A; 1NK0 A; 5BOL A; 5DB6 A; 4J9M A; 5ALQ A; 1PZN A; 2ZUC A; 3TKA A; 3HT3 A; 1KEJ A; 4PL2 A; 1U9L A; 1RDF A; 5KG3 A; 1B22 A; 1OXJ A; 2K4I A; 3TAC B; 1ZQ1 C; 1PVP A; 3JPN A; 3PSP A; 2R8K A; 3G6X A; 5KG6 A; 2AGP A; 1S0V A; 1QSY A; 3GFK B; 4GIB A; 3EPG A; 3IRU A; 3BJY A; 1ZQI A; 2E8P A; 1C7Y A; 3BDP A; 2KV2 A; 3OSN A; 4CF3 A; 1ZQT A; 3H8W A; 4F50 A; 2KVS A; 4IRD A; 3C5G A; 5AI4 A; 3DEE A; 2R8J A; 1WWV A; 2KKP A; 2LM1 A; 3HJE A; 1RYS A; 3SAH A; 1T7P A; 1NOM A; 3UXP A; 1WYG A; 1NK8 A; 5DGA A; 1N5W A; 3N28 A; 3E2E A; 4DFJ A; 3V72 A; 2DQN B; 2V9W A; 2HBM A; 1ZQY A; 3C23 A; 3UM9 A; 2DPJ A; 3LWL A; 2ZIX A; 4ECR A; 3SAG A; 8ICL A; 1NKB A; 1XNS A; 1SXE A; 3NAS A; 2JH7 A; 1HUZ A; 1DK2 A; 4UAU A; 3RF9 A; 2DL0 A; 4BDP A; 3TFR A; 4PHA A; 1L3T A; 4Q45 A; 5KFB A; 4E0D A; 9ICO A; 2HVH A; 4RZR A; 4YMM A; 3RBD A; 1Q3V A; 3MBY A; 3RB0 A; 2W11 A; 1TK8 A; 8ICO A; 4C8O A; 1NKE A; 2DGZ A; 2XY7 A; 2XCP A; 4FZM A; 3NGD A; 1NZB A; 2W9M A; 3MGV A; 2KP7 A; 3L3F X; 4QWB A; 1X6J A; 1D8B A; 5B66 U; 9ICR A; 1Q8K A; 2KD1 A; 3KFU F; 4R8U A; 2UVV A; 2FMQ A; 2FE9 A; 4NLC A; 3N4M B; 1A6S A; 1RPL A; 8ICA A; 3ZDB A; 2PFQ A; 2G07 A; 5IIK A; 5L1K A; 1ED1 A; 3WK5 A; 2M9N A; 4K4H A; 4C8M A; 9ICU A; 2C28 A; 9ICJ A; 5HHH A; 4DFD A; 1EXN A; 3EWA A; 3F5E A; 5KFZ A; 2JEF A; 4KLU A; 5EOZ A; 1QQ7 A; 4B9S A; 5D4B A; 3BQ2 A; 1WWU A; 2W04 A; 4ECZ A; 3KKA C; 1URJ A; 5J0Q A; 2DKX A; 5AI5 A; 4RQ4 A; 3AU6 A; 2NRV A; 4M04 A; 3WU2 U; 8ICP A; 2E3T A; 2XVT A; 3NRW A; 5JTI A; 2I5H A; 2W8L A; 2IHN A; 1L5U A; 1TAQ A; 4ELT A; 3TAN A; 2G5H B; 2J6T A; 1GO3 F; 2BDU A; 4I2B A; 4UB4 A; 3QU2 A; 3PW4 A; 1BPE A; 5ALM A; 3GZF A; 4F5Q A; 5KT6 A; 3KOO A; 4Y2S A; 4Y2X A; 3PV8 A; 3Q8Q B; 2Q4T A; 3LYS A; 2P35 A; 4I2F A; 1Z19 A; 1SZH A; 5KG5 A; 2BCQ A; 2NYV A; 1FFU A; 3IDW A; 4NWI A; 3ZDC A; 5ALN A; 2C2E A; 2A1A A; 2N1R A; 3PX0 A; 1Z00 A; 4Y2J A; 3DV9 A; 2KJ8 A; 4EEY A; 4DL4 A; 1U48 A; 4ECV A; 2Y1J A; 1F44 A; 3ALR A; 3V6J A; 1QSL A; 5DBB A; 4DQR A; 3NVY A; 1S0M A; 3NVV A; 3IHQ B; 5BOM A; 2H3I A; 3WKE A; 2JZB A; 2VA3 A; 4C8N A; 4XRH A; 4ECX A; 2FMS A; 4NL9 A; 3N7S C; 4OJ5 A; 3HKZ C; 7ICU A; 3BQ7 A; 5J2F A; 4KN4 A; 3SD7 A; 1ZRN A; 5AM5 A; 4KLQ A; 8ICF A; 3OPX A; 5J2K A; 5CWR A; 2BQU A; 5J0U A; 4QIW F; 5KFL A; 4P2H A; 2W9C A; 4DSI A; 4DEZ A; 3SEI A; 1ZD2 P; 2OHF A; 4RQ2 A; 3MR5 A; 2K4E A; 3HX0 A; 3QE9 Y; 2HBJ A; 3M6Z A; 1NJX A; 4FO6 A; 5CRX A; 1SV4 A; 3RB3 A; 3FDS A; 3ISC A; 2ESE A; 1S10 A; 1IIP A; 3ISD A; 4IR9 A; 4BXO B; 8ICI A; 4Y2Y A; 1SL0 A; 2FDR A; 3UQ0 A; 4Q8E A; 2Q0Z X; 4C0Z A; 1DOQ A; 5B5E U; 3NVZ A; 4MFC A; 1L7P A; 4IQW A; 1XSL A; 3C1Y A; 2JRZ A; 3AQF A; 5KFH A; 4UB6 U; 3SV4 A; 3OHB A; 3JPT A; 2F3N A; 3Q8P B; 4O3Q A; 3RR8 A; 2AU0 A; 3QYP A; 1MN8 A; 8ICZ A; 4DL5 A; 2PI5 A; 4F92 B; 4B9T A; 4CF4 A; 4ZOH C; 4P0Q B; 4RNM A; 4MEX A; 4C4T A; 2MUT B; 2GWS A; 2Y9U A; 5AI0 A; 2HSZ A; 4CE6 A; 4EYH B; 2WB1 F; 9ICC A; 1L3V A; 5KFQ A; 1SV0 C; 4NJ8 A; 4O0I A; 1QTM A; 4PJ0 U; 3EZ5 A; 3KD3 A; 3QUT A; 5L9X A; 5GTI U; 5AIA A; 4KX3 A; 1X9S A; 3RB4 A; 4IC9 A; 4FZL A; 7ICM A; 4MF2 A; 2HHU A; 1WUD A; 3KZX A; 2AQ4 A; 4MF8 A; 2PMZ F; 4M6W B; 3RBE A; 3F2D A; 1BGX T; 2R8H A; 3B9J A; 1J2N A; 4LVS A; 4RQ1 A; 3Q8L A; 5HNK A; 2LYH A; 2ZIW A; 4KIT B; 7ICK A; 1X66 A; 2F44 A; 5AI9 A; 4NY8 A; 3WK4 A; 4ECS A; 5KNI A; 1N63 A; 3UMB A; 1QCK A; 5ALR A; 2QB0 B; 1PUZ A; 3RR7 A; 3B0Y A; 3QUB A; 1UPH A; 1SV0 A; 3KBB A; 7ICL A; 2K8B B; 2MAX A; 2KSO B; 7ICS A; 5J0X A; 1LKY B; 5KG4 A; 3C5F A; 1ZQD A; 1L8L A; 2FMP A; 4QZE A; 2JHD A; 2ZTC A; 3TI0 A; 5KFU A; 3QU7 A; 2ZTD A; 4Z6F A; 3E58 A; 2CPR A; 4Y2Q A; 2IA6 A; 3PO4 A; 5G5H A; 1XSN A; 3BQ0 A; 5HP4 A; 5EE9 A; 4NXZ A; 1XS9 D; 7ICR A; 2DKZ A; 4GFJ A; 2HVI A; 1L8O A; 2A3V A; 2EZZ A; 4TQS A; 5TZV A; 2KG5 A; 1ZQJ A; 4KLJ A; 4DF4 A; 3GIM A; 2ZG6 A; 4KTQ A; 1J97 A; 1U4B A; 5HR7 A; 3RRG A; 2C2D A; 4KX5 A; 3Q8R B; 4B6J A; 2PFN A; 5HML A; 1TKD A; 4ECW A; 2ISP A; 2JR5 A; 4UBC A; 4QW9 A; 2OH2 A; 5DB8 A; 2KFZ A; 4FE3 A; 2HOQ A; 4JB3 A; 2UVU A; 1PVQ A; 3FC4 A; 2PXI A; 3THV A; 5KFJ A; 4C4S A; 2I9G A; 8ICG A; 2BGW A; 2FLN A; 5J2C A; 4X5V A; 1V9P A; 3PZP A; 1JUD A; 2BQ3 A; 3QUQ A; 5JU5 A; 4DOC A; 3SQI A; 3UPQ A; 4QWC A; 1T4G A; 3M6K A; 1IG6 A; 3RJI A; 1C20 A; 1J2M A; 4MFF A; 8ICJ A; 4Y2R A; 1SIJ A; 2ZJ5 A; 2XGQ A; 2D8C A; 4FFD A; 2PFP A; 7ICQ A; 5KFE A; 3K75 D; 5KAF U; 4QZF A; 3BS5 B; 4RPZ A; 5KT3 A; 1S76 D; 3BQT A; 3L4P A; 4YG2 A; 5ALH A; 3N7R C; 3U26 A; 3H0L B; 5J2H A; 5A0L A; 5AI6 A; 2ZXI A; 4RQN A; 1NK7 A; 1TE2 A; 3GIK A; 1Z1V A; 3BZK A; 1ZQE A; 2DPI A; 1S8O A; 4ELV A; 1SL2 A; 1UT8 A; 4ED0 A; 3MAB A; 4PGX A; 4DL3 A; 1RXW A; 1BNP A; 1SZP A; 3BZC A; 3D2Q A; 8ICK A; 1WCL A; 4Z6E A; 1RZT A; 1M6Y A; 1JX4 A; 3KHL A; 4M47 A; 1NJZ A; 3IG5 A; 5KAI U; 7ICI A; 1CEZ A; 1ZQV A; 3VCB A; 4P0P A; 8ICE A; 2ES6 A; 1PK1 B; 3ED5 A; 5ALD A; 5EWG A; 2HBL A; 5ALY A; 4QIW C; 1KDH A; 2NV3 A; 4F8R A; 2WF5 A; 3PW2 A; 2FI1 A; 1KTQ A; 4O5C A; 3JPO A; 3SV3 A; 1V38 A; 2QAR B; 1Q3U A; 3MC1 A; 4OJO A; 4C80 A; 3V7K A; 3C2L A; 2HBK A; 5G5G A; 2KZZ A; 3MDA A; 2W9B A; 1VLB A; 2E5S A; 3WK7 A; 3RH4 A; 5J2B A; 2F2A B; 4QWE A; 2HHW A; 4KMO B; 2K89 A; 2E8M A; 4ECY A; 5ALO A; 9ICM A; 3TAP A; 3CRX A; 1TAU A; 4IRK A; 2NRT A; 2BR0 A; 3PMN A; 4EX7 A; 1ZQO A; 4LZD A; 4YR2 A; 5ALF A; 3OTQ A; 3H8J A; 1FEZ A; 4IRC A; 4F91 B; 2EH9 A; 2G09 A; 8ICT A; 4YQW A; 1UCV A; 5AKK A; 2UVR A; 4IQT A; 2HHX A; 2ASJ A; 8ICB A; 5AKL A; 2D3D A; 1PK3 A; 2F76 X; 2WB1 C; 4F93 B; 4BXO A; 4DQI A; 2F77 X; 3ZDE A; 4DCC A; 5GTH U; 4O3S A; 5IIJ A; 3RB6 A; 4GXI A; 4JV1 A; 4QNL A; 3QEB Z; 3WKA A; 1IV8 A; 3QU5 A; 1NZP A; 2BCU A; 4CF5 A; 1U45 A; 2WF7 A; 2HDO A; 3E0F A; 3H7I A; 3M7D A; 2PMZ C; 5KL1 B; 3WK9 A; 5KFC A; 3RRH A; 3I76 A; 2EAN A; 4Q43 A; 5DLF A; 2EQY A; 3MDC A; 3ETR A; 5DG8 A; 4F3O A; 4I2A A; 7ICG A; 3IN5 A; 5AIC A; 3PR5 B; 2KK0 A; 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5J2D A; 1SB3 C; 2IOH A; 3B0X A; 2BDP A; 3RJG A; 2XIC A; 5J0S A; 1CUK A; 4R63 A; 4J9O A; 2YY6 A; 3PSF A; 1OUQ A; 4PHE A; 3SMV A; 3H8S A; 4YR3 A; 5J2G A; 5L1I A; 2DUY A; 5J0O A; 2F8L A; 3GV5 B; 1ZQU A; 4BGD A; 2R18 A; 5AKI A; 2FJ6 A; 5ALX A; 5ALW A; 4UQG A; 3OJS A; 2G06 A; 3KTQ A; 4Y2V A; 4EBD A; 5ALJ A; 2WAQ C; 3C2K A; 5AKX A; 4PL1 A; 4KLL A; 2F1H A; 2LYA A; 1X6I A; 3K1Z A; 3AQE A; 5KG0 A; 1SWW A; 3QX7 A; 4O3P A; 2VIX A; 1S77 D; 1UQV A; 3IV6 A; 4TUP A; 1Q46 A; 3AM9 A; 5DQI A; 1WCN A; 5J8Y C; 3FAH A; 2VJ4 A; 1BVS A; 1RQN A; 3EPI A; 3UMG A; 2P66 A; 2GOL A; 1ZQP A; 3OSP A; 4YP3 A; 1L3S A; 3NUQ A; 4NM1 A; 4QZI A; 4DL6 A; 3HPO A; 1VDV A; 4M9N A; 1H38 A; 1L3U A; 1O03 A; 1HEK A; 1QH9 A; 1Z1B A; 1D8Y A; 2LBO A; 4F5P A; 4YCX A; 2QAR A; 2IHM A; 3KHG A; 5KFD A; 5C0Y A; 9ICQ A; 1ZXI A; 5J29 A; 4I27 A; 3PX6 A; 5AK3 A; 4P4O A; 2ASL A; 2H3Z A; 2ZJA A; 1CRX A; 4Y2P A; 4YR0 A; 3RTV A; 2XCA A; 2KEY A; 1HUO A; 5J0T A; 2G5I B; 2A1J A; 2ZIV B; 4Y2U A; 3RJF A; 4I29 A; 3F2C A; 5J8Y A; 3RJK A; 1JRO A; 1KL9 A; 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