The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
114
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structure length |
114
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Chain Sequence |
SVLSGKKADELEKIRLRPGGKKKYMLKHVVWAANELDRFGLAESLLENKEGCQKILSVLAPLVPTGSENLKSLYNTVCVIWCIHAEEKVKHTEEAKQIVQRHLVVETGTAETMP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
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| molecule keywords |
GAG POLYPROTEIN
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| publication title |
Crystal structure of SIV matrix antigen and implications for virus assembly.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Simian immunodeficiency virus - mac
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| total genus |
37
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| structure length |
114
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| sequence length |
114
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2000-01-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2H3I A; 2H3V A; 2H3F A; 2LYB A; 4IC9 A; 4JMU A; 1A6S A; 1L6N A; 1ECW A; 1HIW A; 2H3Q A; 2JMG A; 4ICA A; 2NV3 A; 2H3Z A; 1UPH A; 2HMX A; 2K4H A; 2K4E A; 2K4I A; 1TAM A; 1HEK A; 1ED1 A; 2GOL A; 2LYA A; 2N1R A; #chains in the Genus database with same CATH topology 8ICT A; 1TK0 A; 1NKB A; 1ECW A; 5KG5 A; 4DOA A; 2IA6 A; 3HWT A; 4US9 A; 2FJ6 A; 3C23 A; 3QU5 A; 2C28 A; 5EE9 A; 4UAZ A; 4DSK A; 3QEB Z; 3N4M B; 4I2G A; 2KP7 A; 2W9B B; 8ICR A; 1BPZ A; 3BDP A; 5KFX A; 2MUT A; 4RPZ A; 1KFD A; 2ZIV A; 3BS5 A; 1NNL A; 3T5L A; 4EEL A; 1RPL A; 4O3Q A; 4RQN A; 1HIW A; 3C1Z A; 2EQY A; 2W11 A; 2HI0 A; 4C4R A; 2NRT A; 3RJI A; 4ZOH C; 5AM5 A; 4FBT A; 2W9C A; 3PV8 A; 2KMD A; 4MFA A; 3JPO A; 3GV5 B; 4NL9 A; 1EXN A; 1N60 A; 9ICI A; 2BPC A; 2I1Q A; 4RQ7 A; 1OUQ A; 3MGI A; 3HRD D; 4C8K A; 1N63 A; 2B21 A; 4R64 A; 5J0W A; 1NK7 A; 3TAQ A; 1FEZ A; 4TUQ A; 5E79 U; 4ECR A; 5JTI A; 5KFL A; 4O9M A; 1SV0 C; 4O5E A; 7ICR A; 9ICG A; 3H8S A; 5J0Y A; 2RLT A; 3JPQ A; 4PGY A; 4Z6F A; 1SGG A; 3L4P A; 2OHF A; 2D3D A; 5GTI U; 4DQP A; 9ICM A; 4B9U A; 1IXR A; 1ZRN A; 3J81 j; 3ZI4 A; 4PGQ A; 4DFM A; 2W03 A; 2KJ8 A; 3FAH A; 1K1Q A; 3NTU A; 3UMB A; 3H40 A; 4M47 A; 2A1J B; 1NK0 A; 4Y2Y A; 4JUZ A; 5DBC A; 3QUQ A; 2NO4 A; 1XS9 D; 2DPJ A; 1DXS A; 3NRZ A; 2OWO A; 4QZB A; 4I2H A; 2A3V A; 1L3V A; 2R18 A; 3SEI A; 3MBY A; 3SV4 A; 2Q4T A; 2K8A A; 4DFK A; 8ICI A; 1U9L A; 3SEN A; 3RRG A; 3M7D A; 5J0T A; 1WWV A; 1ZQE A; 1X42 A; 1N5X A; 4J03 A; 4B9S A; 3AN1 A; 3WKD A; 4DSJ A; 4M9N A; 1KTQ A; 3F5A A; 2WAQ C; 1PUZ A; 3PSF A; 3PO5 A; 1S0O A; 2KJ9 A; 4YR0 A; 4KX3 A; 8ICS A; 1Z1V A; 1S10 A; 4K4I A; 2V4R A; 4WJ3 B; 4C8N A; 4NJ8 A; 3WK5 A; 5CJ7 A; 3BS7 A; 4MFC A; 1ZQA A; 3RB3 A; 5D49 A; 2RRD A; 3MR3 A; 4HYK A; 2V9W A; 2JV3 A; 1JRP A; 4KLJ A; 3WKB A; 3RRH A; 3IG5 A; 2KSO B; 3HJE A; 2EAM A; 3ONN A; 1L5U A; 2EH9 A; 1QTM A; 4ELU A; 4KLT A; 4GFJ A; 4QJF B; 3SI8 A; 3PR4 A; 2AQ0 A; 4XA5 A; 3E2E A; 5F9L A; 1BPY A; 4BGD A; 2PKE A; 3HW8 A; 2YMP A; 7ICJ A; 4DL5 A; 4QZF A; 3GDX A; 4F5Q A; 2DF4 B; 1Z00 B; 4O3N A; 4DQQ A; 4PZN A; 2E5S A; 2WFA A; 2XO7 A; 2E8N A; 2OH2 A; 2IOH A; 1X9M A; 1N61 A; 5KFB A; 9ICA A; 1ZXI A; 5KFH A; 5AK3 A; 2HMX A; 1WG8 A; 5T14 A; 2YQE A; 1HJP A; 1TV9 A; 2B0C A; 8ICM A; 2FLP A; 3B9J A; 4FO6 A; 3G6Y A; 2QAR B; 2E1F A; 2NRZ A; 2M0N A; 3GQC A; 2MA1 A; 4IRK A; 5DB8 A; 3F2D A; 3MR6 A; 3RB6 A; 3LVW A; 3E58 A; 5DG8 A; 4JV2 A; 3PST A; 3A0H U; 2RHF A; 4QNL A; 2HHV A; 7ICH A; 9ICQ A; 5CEH A; 2DQN B; 5ALJ A; 2IHN A; 1KN5 A; 1H38 A; 3OJU A; 3NVV A; 1WUD A; 3C21 A; 2H5X A; 4DWI A; 2BPG A; 5HML A; 2DWQ A; 5L1J A; 3KD3 A; 3TFS A; 7ICQ A; 5AI0 A; 2BKE A; 1NJW A; 4KLL A; 4R8U B; 2BQ3 A; 3EUB 2; 2KVS A; 2DGZ A; 4UW9 A; 4DSF A; 2C2R A; 5KFC A; 4HAI A; 4JV1 A; 3DEE A; 1SL0 A; 2HHQ A; 5DBA A; 3K75 D; 5AM3 A; 1L3S A; 5KG6 A; 3M9N B; 1T94 A; 3AQE A; 4GXK A; 1OW5 A; 3ICX A; 3D2Q A; 3UQ0 A; 3PSP A; 1TFR A; 2KK0 A; 1BPD A; 1B22 A; 4YR2 A; 1QH9 A; 1ZQY A; 3JPS A; 4PHP A; 3KHL A; 3LDA A; 3I1Y A; 1JRO A; 3N7R C; 9ICB A; 5DLG A; 4A8E A; 5AKL A; 8ICZ A; 2XCA A; 1S5L U; 2AJQ A; 4YD2 A; 4P0Q A; 1KDH A; 3ALR A; 5AI9 A; 5F9N A; 4M9G A; 5J2F A; 3C28 A; 3C2K A; 4EEY A; 3GIL A; 5ALL A; 4I2F A; 2DBY A; 2KKV A; 4ED0 A; 4CF3 A; 1N62 A; 4YXM A; 2J6U A; 4KLE A; 4IS7 A; 3MDC A; 4UBC A; 3HX0 A; 1B43 A; 1ZQ1 C; 3EZ5 A; 3AQF A; 1A76 A; 4BXO B; 2P6U A; 3M6Z A; 2GLE A; 2Y0S C; 1LKY B; 2WB1 F; 1K5O A; 3C2M A; 4QIW F; 3HIL A; 3UPQ A; 4OJL A; 4UAS A; 4DSL A; 5AI6 A; 4QZI A; 5AIC A; 4DL6 A; 5ALW A; 3WKE A; 5AK4 A; 5J2C A; 2WHE A; 4P4M A; 4C8O A; 4QWC A; 4OD0 A; 4F93 B; 3PNC A; 5KFR A; 5KFY A; 3R9K A; 4NL9 C; 3S6J A; 3Q8L A; 1ZD3 A; 5KFA A; 4MF8 A; 2HW3 A; 5ALX A; 2JZB A; 5KT5 A; 4I27 A; 3IG8 A; 3RR7 A; 2YX8 A; 2IMW P; 5FP0 A; 4DOB A; 3V6K A; 3V6H A; 2I5H A; 5KTQ A; 2H3Q A; 4YR3 A; 2LKY A; 2RDJ A; 3Q8M A; 5KG0 A; 3NGD A; 3EPG A; 3PW2 A; 3RJJ A; 4ECU A; 2D6F C; 1JIH A; 3NRW A; 4NLC A; 1RM6 C; 1VJ5 A; 5AIB A; 5DB6 A; 2AGQ A; 5B5E U; 5ALH A; 3Q8Q B; 3IN5 A; 3TFR A; 5KFN A; 3PML A; 2AGP A; 1SZH A; 5KFP A; 2WF9 A; 2ZUD A; 3EYZ A; 2AU0 A; 1ZQJ A; 3AMZ A; 4I2A A; 5ALN A; 1WWU A; 4M2Y A; 3LVV A; 4NXZ A; 4I28 A; 1U49 A; 1TAM A; 1FIQ A; 4UB4 A; 3G6V A; 5III A; 5DQI A; 4BWJ A; 2JHD A; 1KBU A; 4YP3 A; 1A6S A; 4DFJ A; 3OPX A; 5BOM A; 4C0Z A; 1ZQW A; 3O0F A; 1PVR A; 5KAF U; 4FZL A; 5AI5 A; 5KFF A; 1BNP A; 3MR5 A; 1YZ6 A; 2KOB A; 2WF8 A; 2FMP A; 4YXJ A; 1ZQI A; 4Q8E A; 1XSP A; 4F8R A; 2C22 A; 1QSY A; 4YFK A; 1TE2 A; 4AYB F; 4B9N A; 4JB3 A; 3IP4 B; 2FPK A; 2G5H B; 8ICO A; 5KFM A; 1KW4 A; 3T79 A; 5KT2 A; 4OCZ A; 5D4B A; 2DKX A; 4J9M A; 5ALF A; 4O3O A; 3DDH A; 2HHX A; 2IOF A; 1BGX T; 1L7O A; 3PO4 A; 4ACO A; 1ZQB A; 4IQT A; 5AKK A; 4NLZ A; 4QZC A; 4YN4 A; 5AM2 A; 8ICJ A; 3T5H A; 4F72 A; 4F71 A; 4PL2 A; 2K60 A; 5ALG A; 4LVS A; 4ED2 A; 2E3T A; 5KFS A; 2PFO A; 3QXG A; 4CF5 A; 1SL2 A; 3RB0 A; 3PMN A; 2RQ5 A; 4KN4 A; 4F5P A; 4RT2 A; 3K4G A; 3GIK A; 4IR9 A; 3EW9 A; 3WK4 A; 2PFQ A; 5G5H A; 5J2B A; 2MU2 A; 5KFT A; 1CEZ A; 1FFV A; 2KJ5 A; 5HP4 A; 4QWE A; 2I6X A; 3N28 A; 4B9V A; 1TKD A; 1L8O A; 2KV2 A; 2FLN A; 2ODG A; 5F3X B; 3WK6 A; 3ZDA A; 1QCK A; 1QQ6 A; 3QE9 Y; 8ICL A; 3OHA A; 1JXL A; 1ZQF A; 2LM4 A; 5HMM A; 3GZF A; 4KLH A; 1URJ A; 4BJQ A; 2QB1 A; 1UHU A; 5HR6 A; 4M6W B; 2A19 A; 4E0D A; 4QZD A; 3TAR A; 1ZQS A; 5AKZ A; 9ICJ A; 1UPH A; 4KLM A; 3KTQ A; 1F44 A; 3I76 A; 5JU5 A; 2Q0Z X; 2G5I B; 2HHT A; 4IRC A; 1ZQV A; 2CPR A; 1C20 A; 5CA7 A; 4F4X A; 7ICK A; 2BHN A; 4RUC A; 5DQH A; 5KT7 A; 4BX9 C; 1ZQO A; 2E1E A; 4YQW A; 4UAV A; 2QB0 A; 4Y2X A; 1CUK A; 4B6J A; 2MAX A; 3QU2 A; 4OJP A; 3RH5 A; 4CDG A; 5AIA A; 4EZ9 A; 1A0P A; 1BPE A; 4FBU A; 2G08 A; 5J2H A; 1TAQ A; 3F53 A; 3QU9 A; 2LYB A; 3EWA A; 3PZP A; 3ED5 A; 4DS4 A; 5AM0 A; 2MUT B; 5J0Q A; 4ECT A; 3MFH A; 8ICV A; 1QQ7 A; 3BS5 B; 5KT6 A; 5HR7 A; 4RPY A; 3LWM A; 4QZ9 A; 5DBB A; 2EZY A; 3KKA A; 3A0B U; 2HBM A; 9ICN A; 3NUQ A; 2W7O A; 3C5F A; 5J2K A; 2CRX A; 2IOF K; 2ISO A; 1FFU A; 3HKZ F; 3D6J A; 4UB8 U; 3TAN A; 1MA7 A; 3IV6 A; 1S0N A; 2Y9T A; 1KEJ A; 3KHR A; 2A1J A; 4ECY A; 2K8B B; 3Q8R B; 2JXJ A; 5C5J A; 3MR2 A; 8ICQ A; 3WK9 A; 4C7Y A; 3SAF A; 1SXD A; 1KKX A; 4NM2 A; 3B0X A; 2XCP A; 5TIS U; 1D8Y A; 3RH6 A; 2BDP A; 3HP6 A; 3QUB A; 5DKW A; 5DB7 A; 4J9R A; 1NK5 A; 4I2B A; 4F4K A; 4C7Z A; 4Q8F A; 2HBJ A; 3IDW A; 3MGV A; 2LYH A; 2BZF A; 1ZQR A; 3BQ2 A; 4BDP A; 3AEV A; 1N5W A; 3WKA A; 4XQ8 A; 4ELT A; 4G3I A; 3CW2 C; 5DDY A; 5KL1 B; 4QZG A; 4JWM A; 4RQ0 A; 2F8K A; 2H3Z A; 3CP8 A; 2N1R A; 4DCC A; 5J2D A; 4RQ5 A; 2HBK A; 1NZB A; 3DV9 A; 2ALZ A; 1JAL A; 1L7N A; 1ZQH A; 5ALV A; 2NV3 A; 3AU2 A; 1SB3 C; 3IRU A; 3WK8 A; 3H8J A; 4KMO B; 1ED1 A; 2F44 A; 3OSP A; 1WCL A; 2UVU A; 2H3F A; 2KTQ A; 4O5C A; 8ICE A; 1ZQL A; 3B0Y A; 5KFI A; 1COK A; 2PMZ F; 3T3F A; 3AL0 B; 7ICV A; 1UCV A; 8ICX A; 4I29 A; 1Z3E B; 2P35 A; 3KOO A; 5CRX A; 4UB1 A; 2KN7 A; 5KFU A; 4PPX A; 5B66 U; 4QZH A; 3L3F X; 1XO1 A; 4IR1 A; 9ICS A; 3RTV A; 2PFN A; 4CRX A; 2BPF A; 1TK8 A; 4DL3 A; 4FFD A; 4IRD A; 1TAU A; 4KLS A; 2BR0 A; 2KHV A; 2K89 A; 2BCR A; 5L1M A; 1KQQ A; 2AH5 A; 4EX7 A; 2AGO A; 4F5N A; 3LWL A; 3G6X A; 2C2D A; 1SL1 A; 3CRX A; 3Q8S B; 4MEX A; 3CYM A; 5KFZ A; 3KHH A; 1ZQQ A; 2OYY A; 2VA3 A; 3QX7 A; 4KTQ A; 3ORY A; 3QU7 A; 4Y2V A; 2HHW A; 5EWG A; 5EE3 A; 3H0R B; 5KG3 A; 4GC7 A; 5ALE A; 3FM9 A; 2K8C B; 2QAR A; 2E8M A; 5ALO A; 4F5R A; 8ICA A; 1VLB A; 2FE9 A; 3UXN A; 3GIM A; 1ZQG A; 5DQG A; 2HOQ A; 5AI4 A; 4ECQ A; 3V6J A; 4ED3 A; 3OHB A; 5HHI A; 4ED1 A; 4Q45 A; 2XY7 A; 1S9F A; 3QUT A; 2HOI A; 2PFP A; 2XGQ A; 4DLE A; 4DFD A; 1BVS A; 1A77 A; 1RQN A; 4FE3 A; 2ZTE A; 2W54 A; 4C4S A; 3PX4 A; 2Y1J A; 5AHX A; 5IIJ A; 5AKE A; 4DL7 A; 4R8U A; 3ISB A; 2JEF A; 4XRH A; 2BQU A; 4ECV A; 2FI1 A; 3FC4 A; 1OXJ A; 1T3Q A; 4UAW A; 4PL1 A; 3OGU A; 3RFA A; 4EYI B; 2E8P A; 1PZN A; 4KN7 A; 4ECZ A; 1NK4 A; 1XU4 A; 2PI4 A; 2NYV A; 3UMG A; 5J2J A; 1LV5 A; 2VAN A; 4MEY A; 3PW7 A; 2IBK A; 2G0A A; 2Y1I A; 4C8L A; 2QKQ A; 3HT3 A; 2KIW A; 1COO A; 4B9M A; 1XNS A; 3T5J A; 1ZQM A; 1DK2 A; 4TQS A; 1Z19 A; 3HPO A; 5KG7 A; 2PI5 A; 1MC8 A; 5BPC A; 1DK3 A; 4ED8 A; 3RJK A; 2OCE A; 3BQ0 A; 2VA2 A; 1X6J A; 2WTF A; 4JWN A; 3FDS A; 2EZX A; 5L1I A; 1VDV A; 1U47 A; 4PZO A; 5HHH A; 5AI8 A; 2FMQ A; 7ICG A; 5ALM A; 3E0F A; 4YMO A; 3OJS A; 5J2G A; 4I2E A; 5D46 A; 7ICP A; 2JGA A; 2UVV A; 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2WB1 C; 4KLU A; 4QIW C; 4Z6E A; 4B9L A; 2W8K A; 3H8M A; 1TVA A; 2W8L A; 5AM4 A; 1T4G A; 2ZXH A; 3FYH A; 5IIO A; 1KSP A; 4PHE A; 4UB6 U; 1Q3U A; 1ZQK A; 2BCU A; 4U6P A; 7ICI A; 3M9M B; 1IG6 A; 9ICH A; 2KVC A; 1B4F A; 1SKR A; 3T5K A; 3SR6 A; 4DS5 A; 3UXO A; 2ZJA A; 2KZM A; 2E8O A; 3JPR A; 3KZI U; 1Q3V A; 2GH1 A; 4IL6 U; 2EAO A; 4GXI A; 2KZ3 A; 4Y2Q A; 4QW8 A; 2EAP A; 2W7P A; 7ICN A; 5EWE A; 3KFU F; 3MC1 A; 4NV0 A; 7ICM A; 2DPI A; 2Y9U A; 2ASL A; 5J0X A; 2G06 A; 3SZ2 A; 5L1K A; 2W43 A; 4F91 B; 1KFS A; 2O6K A; 3AU6 A; 2GOL A; 5CWR A; 3TKA A; 1JUD A; 1SWW A; 4CE6 A; 1KRP A; 5KFD A; 4DL4 A; 2KD1 A; 4OJO A; 1IV8 A; 4F5O A; 2ZIW A; 4LJX A; 3QNM A; 4C80 A; 4RQ2 A; 5EE0 A; 2K4H A; 4KLO A; 5AKJ A; 1NK8 A; 5ALQ A; 1DOQ A; 2AXT U; 5AK5 A; 5A0L A; 1ZJN A; 3GV7 B; 4K4G A; 5DGB A; 4MFF A; 3QZ7 A; 3K1Z A; 4AYB C; 4TUS A; 1D8L A; 2ZXI A; 4JK1 A; 4J9L A; 4DEZ A; 1MN8 A; 4M6W A; 4P4O A; 3RJH A; 2HSZ A; 1ZQP A; 4YG2 A; 1NOM A; 4Y2J A; 1V38 A; 2G09 A; 3SQI A; 2F1I A; 2J6T A; 1M6Y A; 2W9B A; 2W9A A; 9ICX A; 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