1EKEA

Crystal structure of class ii ribonuclease h (rnase hii) with mes ligand
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
225
structure length
222
Chain Sequence
MIIIGIDEAGRGPVLGPMVVCAFAIEKEREEELKKLGVKELTKNKRAYLKKLLENLGYVEKRILEAEEINQLMNSINLNDIEINAFSKVAKNLIEKLNIRDDEIEIYIDACSTNTKKFEDSFKDKIEDIIKERNLNIKIIAEHKADAKYPVVSAASIIAKAERDEIIDYYKKIYGDIGSGYPSDPKTIKFLEDYFKKHKKLPDIARTHWKTCKRILDKSKQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
publication title Crystal structure of archaeal RNase HII: a homologue of human major RNase H
pubmed doi rcsb
source organism Methanocaldococcus jannaschii
total genus 79
structure length 222
sequence length 225
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2000-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1ekeA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ekeA01
4CEQA 3V9UA 5FRNA 1KCFA 2VWKA 4OLBA 3JSMA 4KRFA 2KQ2A 3TAGA 2Z1GA 3QEWA 1QQCA 2DY4A 4G1QA 4B9UA 4FM2A 4N56A 1RBSA 1S1VA 3MXJA 2G8UA 2P5GA 3S3OA 4O55A 1W9HA 5HROA 3LWMA 4FJLA 1T7PA 4BDPA 2IS3A 2W42A 4DU1A 4DSEA 1SKRA 3OYBA 4IBNA 3SUQA 3NF9A 3HJFA 1JL2A 3QESA 3V81A 4J2DA 3HSTB 3TAFA 4B3OA 3AVJA 1TK8A 1A5XA 1WSFA 3VQ5A 3SUNA 4ID5A 2A1RA 2B4JA 5J1EA 1L3TA 1IO2A 4CF8A 3I8DA 4CEAA 2XY8A 4LSLA 3KKRA 3OS2A 2DFFA 1RDBA 4E7LA 4C8OA 2B5JA 4R5PA 4CJ5A 3O4QA 4DSLA 3EY1A 1QHTA 3AVHA 3K57A 3VQ9A 4FM0A 3DLBA 4Z4IA 4DS5A 1REVA 1A5WA 4CJ4A 1YT3A 4IG0A 4NYNA 4RW7A 2G8FA 3L3UA 3WNFA 3VA0A 5DMRA 1TAUA 5JS2A 4JRQA 1NKBA 3DLKA 1NJZA 5CYMA 1U47A 4PQUA 3NCIA 1NK9A 4Z4FA 3AO3A 2G8IA 4OVLA 3KLGA 4KHUA 4NYFA 3NF8A 2NUBA 4TSXA 2EHGA 1U49A 1U04A 3AA3A 3SPZA 1IKXA 1JLAA 4Z4HA 3T3FA 1NKEA 2HHUA 5DK5A 3S3NA 1FXXA 1HNIA 4FCYA 4CJTA 4CJ3A 3L2UA 3HVRA 3TABA 3KK2A 1YTUA 3HPHA 2HHVA 4CIGA 3DOKA 4FJ8A 2JLEA 2Z1HA 3QINA 1BIUA 1EXQA 3LPUA 4H4MA 5HP1A 3ZSWA 4DFMA 4CJSA 3KLFA 1S1TA 4FZYA 4DTSA 1LWFA 2YHAA 3VQQA 1ZBUA 3ZSOA 4CHYA 1TK5A 1BQMA 4CGHA 1XHZA 1Z25A 4OKKA 1QSLA 4KFBA 2HVIA 1Q9XA 4EZ9A 1TL3A 1LW2A 3NGZA 3OYJA 4ZTFA 2OZMA 3BDPA 1TKDA 4CJUA 4FJ9A 4N41A 3SZ2A 1C1AA 1KLNA 3EYZA 3AVIA 4KI4A 3CFPA 3QNOA 3KJVA 3SV3A 2ATQA 4C8NA 1RT7A 3H08A 1TK0A 4DTNA 1U4BA 1VSMA 3VQ8A 1RTDA 1NK4A 4W5OA 1S5JA 3A2FA 1KRPA 2KTQA 5FROA 3TANA 1KLMA 4CFCA 1HQEA 2YKMA 2Z1IA 1RNHA 3AA5X 3HO1A 2HHTA 1BGXT 3OYFA 3WNHA 3HP9A 1NJYA 4DU3A 3L2QA 2D0CA 4DF4A 1QSSA 4NCBA 4CCHA 3QEIA 4OGCA 4HUFA 4OJRA 4LD0A 2HHXA 4FJ7A 1J9AA 3LANA 5J2QA 1B9DA 1BQNA 2E6LA 3CG7A 4DTRA 3RR8A 1TKZA 4Y1DA 2P1JA 1FK9A 3RR7A 2BGGA 3HT3A 1WNSA 1EP4A 4AHSA 1JXBA 3ZSRA 4Q5VA 3PX6A 5FRMA 1WAFA 3WNEA 1JLCA 3SJJA 4M45A 1T05A 1LAVA 4H8KA 1BL3A 3HM9A 4BWMA 1D8YA 2OZSA 3RMAA 2OYQA 4FJMA 2BANA 5CYQA 5CZ2A 4CFBA 1QS4A 4KHQA 3O3GA 1W0HA 4OKEA 3O3FA 4CJRA 3AA4A 4FJNA 4KREA 1BCOA 2I5JA 1IG9A 1CXQA 4C8LA 4FK4A 1HJRA 4RW8A 4LH5A 3QIOA 2Q3SA 1RBRA 3RRGA 1C1CA 1BHLA 3RRHA 3MEDA 3PUFA 4DQRA 4CESA 3RWUA 1R0AA 2X6SA 1EKEA 2HNYA 4Y1CA 3LDSA 4QOZB 2HHSA 5HBMA 3OYHA 1Y97A 3QO9A 4KV8A 3KTQA 5J2MA 1T03A 3RMCA 4NCGA 2ZQBA 4W5QA 3ULDA 1NOZA 1S6QA 2FC0A 4RG8A 2XO7A 1JLFA 1NJXA 4DWIA 4DSIA 3HL8A 1RDAA 4E7IA 4DTJA 2HMIA 4B9NA 1NK5A 1A5VA 3DRSA 1ZYQA 4CEDA 3I0RA 3KLIA 3QETA 3ZT1A 4CJEA 1K6YA 1N5YA 3MAQA 4J2AA 1GOAA 2RN2A 3ZT0A 4IFYA 3LP2A 1TV6A 2HNZA 1UA0A 4AHUA 5E41A 1XC9A 1BI4A 2BE2A 4B9LA 4B08A 4FJHA 2KZZA 4IKFA 3OYKA 2F8SA 3SUOA 1KVAA 4FYDA 1ZBLA 4KHSA 4OPKA 4JS5A 3ZSQA 3DYAA 3G0ZA 4DQQA 4BE2A 2BDPA 4BACA 3ZSXA 1JLEA 3DMJA 4J2BA 3ASMA 4K8XA 3SQ1A 1RBVA 3AVKA 5HRPA 2Y1JA 3RMDA 4BE0A 4CGGA 1RTJA 3SYZA 2AJQA 4GVMA 3RMBA 3TR8A 4CK2A 4CEEA 2P5OA 2FBVA 1WLJA 4PUOA 3QIPA 5EU7A 3AVFA 1KFDA 4CF9A 3KK3A 4BDZA 4DS4A 1J53A 4ZTJA 1IKWA 2GBZA 1U45A 4KTQA 4KTWA 1U48A 3PX0A 3V9XA 4EZ6A 1RTHA 3V9WA 2GV9A 3LP3A 3L2WA 4CHPA 3V1RA 4F4KA 1JL1A 1ASUA 5KTQA 3SI6A 1T8EA 4FK0A 1X9MA 1HYSA 1Q8IA 1TKXA 3OYGA 4DFKA 1SKSA 1L3UA 1VK0A 1VSIA 3M8SA 5KRSA 4KAZA 1TAQA 1VRTA 4C8MA 2Y1IA 4CGIA 4CEFA 4B9MA 3OS0A 4ELUA 3KLHA 1HNVA 4Z4GA 2EX3A 3OY9A 1ZBHA 1TGOA 4PWDA 2Z1JA 3HPGA 3T1AA 1IKYA 4N47A 3VQPA 5C25A 4Q0BA 1QSYA 3AV9A 4CIEA 4DSFA 4I9LA 2F8TA 3DLEA 2RKIA 4FW2A 1RCHA 2YNGA 3VQEA 1WSEA 3HXMA 4PY5A 3LZIA 3AVMA 2ZE2A 2D0AA 1VSFA 1JXEA 1VSLA 4I7FA 1RT3A 4FJGA 2VG5A 3AVGA 4FM1A 4FJ5A 1G15A 1X1PA 3NF7A 3S9HA 4JLHA 4ZHRA 2KZMA 3ZT4A 4CIFA 1ITGA 5D3GA 3OYEA 1ZBFA 1S9EA 2IGIA 3K5NA 4JS4A 4DTMA 4W5TA 1Q9YA 4DSKA 2OPRA 4E89A 3PY8A 3HK2A 3HP6A 4I2QA 4AHTA 4BDYA 4M3WA 2R7YA 4RW9A 3I0SA 3L8BA 2VG7A 2KFNA 3VQ7A 1B9FA 2XRIA 1RT1A 3NH2A 4Z4EA 5KRTA 4LH4A 3ZSVA 1ZBIA 4B9TA 2O4GA 4H4OA 2YKNA 1RBTA 5C24A 1RDDA 5CZ1A 4DMNA 5KGWA 1DTQA 3MXIA 2QKBA 4ID1A 3K5MA 1HYVA 3IAYA 1VRUA 3SV4A 1S1XA 4Z4CA 4YNQA 1X9SA 3U3YA 4E1NA 3VQ4A 4XIUA 3ZT3A 3ISNC 3ALYA 3ZT2A 4FZZA 1YTAA 3V6DA 1BIZA 1O1WA 3VA3A 4F3OA 3LAKA 4ICLA 4HTUA 3NBPA 4CJPA 4HUGA 4FLTA 3SQ2A 3DLHA 4CHOA 4C8KA 4KHWA 3OYDA 4KKOA 3IG1A 4CFAA 3OYCA 3QNNA 1SL0A 1NK6A 1LWEA 1WSIA 4HUEA 2QXFA 4FVMA 2IAJA 1F21A 2JGUA 1HYZA 3G10A 1QTMA 1JLGA 3T19A 1FKPA 2IDOA 4F8RA 3OJSA 3SCXA 3ITHA 4AH9A 1EETA 4KB0A 2E4LA 1S9GA 3FFIA 3AVLA 3ZSZA 1TL1A 3TAQA 3RTVA 3OYMA 1NKCA 3NGYA 4M3TA 1KTQA 3PV8A 3K2PA 4PA1A 4HHTA 1RTIA 2KFZA 3TARA 2ITGA 1NK7A 3D45A 4CEOA 4FLYA 3TAPA 1NK0A 4B8CA 3M8RA 2PY5A 4Z0UA 1UOCA 3THVA 4KO0A 1RBUA 3SQ4A 1EX4A 4FLZA 1JLQA 1RT4A 1XI1A 3AVAA 4MFBA 1SL1A 1RT6A 3KIOA 1DLOA 3AVBA 3C95A 4RW6A 3KLEA 1C1BA 4CERA 2X78A 2YV0X 4UQGA 4BE1A 3L2RA 1LAWA 4J2EA 4E7KA 1WSGA 1VSEA 1IKVA 1QE1A 3DI6A 2PZSA 5I42A 3HPOA 1RILA 2RPIA 3AO2A 4AHRA 4CHNA 4CGDA 4CHQA 4I9QA 2P51A 4DG1A 2XY6A 5J2NA 1HRHA 4KI6A 3KD5E 1GOCA 5K14A 1SL2A 3V4IA 3AO4A 1D9FA 1C0UA 1S1WA 4FW1A 4FZXC 4FXDA 4DQSA 3AO1A 4E7JA 1C6VA 3CFRA 2G8WA 1BCMA 3VQBA 3TWHA 4ELTA 3M8QA 1I3AA 4LSNA 2PYJA 3MEEA 4LY7A 1LW0A 3L3VA 5HLFA 3KKSA 2RF2A 3AVCA 1CZ9A 4M3RA 1B92A 3KK1A 4CJVA 3DRRA 1WN7A 3VQDA 3IRXA 4M3XA 1HMVA 4IDKA 3NE6A 4O5BA 4DQPA 2G8KA 3HVTA 4M3UA 3F73A 2GUIA 4QAGA 5CY4A 3C6TA 3V1QA 3LP1A 4CGFA 4CJWA 1SV5A 3VN5A 1NK8A 1L3SA 1YVUA 5HRRA 3TAEA 1VSKA 1N6QA 4KTZA 4IFVA 4CE9A 4CF1A 1S6PA 4DTUA 4DQIA 3LP0A 4O4GA 3V1OA 2D5RA 2FBXA 2DFEA 1RT5A 3B6OA 4OGEA 2XY5A 3QEVA 2HHQA 4FJJA 4W5NA 3TI0A 1CLQA 3OYNA 3QEXA 1CXUA 4O44A 1KFSA 2YNFA 4DFPA 3DLRA 2XHBA 1BI4B 1KVCA 3LAMA 3CQ8A 1DTTA 3OJUA 4HVJA 4FLWA 3K5OA 1JKHA 4E0DA 3LPTA 3MEGA 3NAEA 3QLHA 2A1SA 2VWJA 1L5UA 4F2RA 3IS9A 3S3MA 1WAJA 5SWMA 3NH0A 2QKKA 2WOMA 2HVHA 2E6MA 2OA8A 4DTPA 3P83D 1GOBA 1KSPA 3U6FA 4OPJA 3PX4A 4L8RB 4N76A 2F96A 3SNNA 4B9VA 3UIQA 2HHWA 3CM6A 1VSDA 2WONA 3ZSYA 3OYIA 4FJXA 3DLGA 1XWLA 4CK1A 4DTXA 4DFJA 2FBTA 1NOYA 2DFHA 3B6PA 4CK3A 1IH7A 2LSNA 1SUQA 3VQCA 1WSHA 3PO4A 5JS1A 4CJFA 3AVNA 3DRPA 3NFAA 2FBYA 3NF6A 4WE1A 4M41A 3CFOA 3OYLA 2OPPA 3NHGA 3ZCMA 1UAXA 1X9WA 1SKWA 1HPZA 1FKOA 3CM5A 3CYMA 1VSHA 3VQAA 4W5RA 3K59A 1JLBA 1RT2A 4CHZA 4JRPA 4B9SA 2G8VA 2YNIA 4DU4A 1UWBA 1WSJA 4CJKA 2OPSA 3QERA 2G8HA 4FJIA 4YFUA 3K58A 3AO5A 3V9ZA 4KHNA 3P5JA 4CEZA 5KI6A 4B8AB 4E3SA 1J54A 3AA2A 3TAMA 1L3VA 1Z26A 2VG6A 1LV5A 1TVRA 2D0BA 4HCCA 3LWLA 3C94A 4DF8A 4OKJA 3D0PA 4CFDA 3HYFA 4F3TA 3LZJA 1VSJA 1C0TA 2YHBA 5HRNA 2DTUA 2ETJA 4DLEA 4E1MA 5I3UA 4K8ZA 2HNDA 3F9KA 3K5LA 3O4NA 3SPYA 3KD1E 2HW3A 2ZD1A 4CEBA 4M3YA 3M8PA 3MECA 4KPYA 4CECA 4NCAA 4KB1A 4DSJA 4OLAA 4QCLA 3VQ6A 1ASWA 5KGXA 1ASVA 3C6UA 4IG3A 4E19A 5T7BA 4I2PA 2KW4A 1J5OA 3LALA 4FLXA 3OYAA 4GW6A 4ELVA 2IOCA 4EP4A 4FJKA 4AHCA 4RW4A 4F2SA 1D5AA 3SQ0A 3JYTA 1XHXA 2XY7A 3PO5A 5J2PA 1D9DA 4CJLA 4FK2A 4M3ZA 3NH1A 2PYLA 4FLVA 4KHYA 1BISA 4GMJB 4AILC 4DLGA 3V9SA 3E01A 4CF0A 5HRSA 2QK9A 1S1UA 3NGIA 3MXMA 4CF2A 3P1GA 4O0JA 3EZ5A 1LWCA 1TKTA 2X6NA 4BWJA 3BGRA 4CGJA 1MU2A 4M42A 3OS1A 4MQ3A 3QEPA 4AHVA 4E7HA 1HQUA 1RDCA 2B6AA 2HB5A 4EP5A 3U3GA 1I39A 2IC3A 3O3HA 3L2VA 2YNHA 3WNGA 5FDLA 1NJWA 1KVBA 5SZTA 2O4IA 2OPQA 3SUPA 4N5SA 3NDKA 3DM2A 5C42A 4HCBA 1CZBA 2X74A 4O0IA 4CJQA 4FLUA 1UA1A 3DOLA 3OVNA 4DTOA 1C0MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BI3A 4C23A 2EFQA 1P4AA 3WG9A 3R8EA 3BZKA 3OV8A 3S41A 4DR4K 4DSEA 2ZNZA 5L3FA 3PIOL 4WFNL 3MZHA 3CCEN 2P7CB 2E2QA 3VQ5A 4AIHA 1MJ9A 3DP7A 4RB1A 4XK4A 4Z4IA 4DV2K 4UHTA 2QWOA 1XTAA 3GZ5A 1OH6A 1R71A 4AIJA 1Q86O 3KLGA 1HA8A 2J5OA 1G3SA 1WI9A 3S3NA 1RIOH 4I2OA 3TABA 3KK2A 1WJEA 2ZKZA 2CFOA 2F5VA 3LPUA 4OU0A 3RQ4A 4DTSA 3F8FA 5LMNK 4CCOA 5HLIA 1TK5A 5CPRB 1KAZA 4JI3K 1GLLO 1VQ4N 2LY1A 3KZYA 1QQNA 3FR0A 1FTTA 4BH9A 4OIPF 1ZBSA 3DU5A 5DCMA 2QM1A 4FJ7A 3HOVJ 3J7YP 3IWZA 1K7AA 5K1YA 1HNZK 3L6QA 3RMAA 2QCOA 4BNCA 2KDZA 3QYBA 4ISEA 2FOKA 4KREA 4RAFA 1S29A 3LAJA 1DDNA 3SBGA 1N78A 1BHLA 1BWFO 2NVQJ 2A5XA 2PQ8A 5FO5A 3CC4N 1IG7A 4DTJA 4O5FA 2EFOA 3V8JA 5D6FA 3LP2A 1UA0A 4IKFA 1T8IA 2Y31A 2X4HA 3NQOA 1CQTA 3F8MA 1ENHA 1VAZA 2W41A 3H46O 2R7DA 4BXXJ 2P5OA 2IP2A 4RM2A 4KTWA 2HOEA 1RTHA 2F2EA 3WXJA 5LEKA 1K78A 2Y1IA 3RDIA 1BA5A 5F6FA 1O3RA 1JCEA 4Z4GA 1S7OA 2FNPA 5C25A 1IDZA 5D5VB 3RJPA 4X65K 1X3WB 3VGMA 4G7HF 5M1NA 1OCOH 4DJAA 3O8MA 1U2WA 3W6VA 4PJLA 2VG5A 1YYVA 4DR2K 4ZHRA 3M1CA 5D3GA 3HK2A 3I0SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BI3 A;  4C23 A;  2EFQ A;  1P4A A;  3WG9 A;  3R8E A;  3BZK A;  3OV8 A;  3S41 A;  4DR4 K;  4DSE A;  2ZNZ A;  5L3F A;  3PIO L;  4WFN L;  3MZH A;  3CCE N;  2P7C B;  2E2Q A;  3VQ5 A;  4AIH A;  1MJ9 A;  3DP7 A;  4RB1 A;  4XK4 A;  4Z4I A;  4DV2 K;  4UHT A;  2QWO A;  1XTA A;  3GZ5 A;  1OH6 A;  1R71 A;  4AIJ A;  1Q86 O;  3KLG A;  1HA8 A;  2J5O A;  1G3S A;  1WI9 A;  3S3N A;  1RIO H;  4I2O A;  3TAB A;  3KK2 A;  1WJE A;  2ZKZ A;  2CFO A;  2F5V A;  3LPU A;  4OU0 A;  3RQ4 A;  4DTS A;  3F8F A;  5LMN K;  4CCO A;  5HLI A;  1TK5 A;  5CPR B;  1KAZ A;  4JI3 K;  1GLL O;  1VQ4 N;  2LY1 A;  3KZY A;  1QQN A;  3FR0 A;  1FTT A;  4BH9 A;  4OIP F;  1ZBS A;  3DU5 A;  5DCM A;  2QM1 A;  4FJ7 A;  3HOV J;  3J7Y P;  3IWZ A;  1K7A A;  5K1Y A;  1HNZ K;  3L6Q A;  3RMA A;  2QCO A;  4BNC A;  2KDZ A;  3QYB A;  4ISE A;  2FOK A;  4KRE A;  4RAF A;  1S29 A;  3LAJ A;  1DDN A;  3SBG A;  1N78 A;  1BHL A;  1BWF O;  2NVQ J;  2A5X A;  2PQ8 A;  5FO5 A;  3CC4 N;  1IG7 A;  4DTJ A;  4O5F A;  2EFO A;  3V8J A;  5D6F A;  3LP2 A;  1UA0 A;  4IKF A; 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