1EP3A

Crystal structure of lactococcus lactis dihydroorotate dehydrogenase b. data collected under cryogenic conditions.
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
311
structure length
311
Chain Sequence
MTENNRLSVKLPGLDLKNPIIPASGCFGFGEEYAKYYDLNKLGSIMVKATTLHPRFGNPTPRVAETASGMLNAIGLQNPGLEVIMTEKLPWLNENFPELPIIANVAGSEEADYVAVCAKIGDAANVKAIELNISCPNVKHGGQAFGTDPEVAAALVKACKAVSKVPLYVKLSPNVTDIVPIAKAVEAAGADGLTMINTLMGVRFDLKTRQPILANITGGLSGPAIKPVALKLIHQVAQDVDIPIIGMGGVANAQDVLEMYMAGASAVAVGTANFADPFVCPKIIDKLPELMDQYRIESLESLIQEVKEGKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE B (PYRD SUBUNIT)
publication title Structure of dihydroorotate dehydrogenase B: electron transfer between two flavin groups bridged by an iron-sulphur cluster.
pubmed doi rcsb
source organism Lactococcus lactis
total genus 99
structure length 311
sequence length 311
ec nomenclature ec 1.3.1.14: Dihydroorotate dehydrogenase (NAD(+)).
pdb deposition date 2000-03-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01180 DHO_dh Dihydroorotate dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ep3A00
2X1TA 2V8ZA 1MZHA 4UTHA 4UTMA 6TIMA 5LNVA 3QM3A 4TO8A 1AL7A 2FLIA 1GG0A 1QWGA 2HMCA 1H7NA 4EWND 3PY2A 4RV8A 3W83A 1X7FA 5K9DA 1TPVA 3FEMA 4UR8A 3UWWA 1TQXA 1K8XA 1WV2A 1EUNA 2WOQA 5G5IA 4E0CA 3CM4A 4FX8A 4DXVA 4UTIA 2WNQA 1TTQA 1W3NA 3QQ0A 4JN6A 2GQ8A 3C8FA 3M43A 1S5VA 3CWNA 3HG2A 3O05A 1FDJA 3PC0A 1FXPA 2X1SA 2ZBTA 4LS0A 1RD5A 2V0TA 2QCDB 4LRSA 2DP3A 1K03A 3W22A 2ATMA 4QSHA 2ZCGA 1G67A 3LCLA 2Y63A 4LVAA 4MZ1A 4TR9A 3W1AA 3DI0A 3TC6A 1Z48A 3W1TA 2E68A 3BLEA 1V7YA 3SECA 4O14A 5CPNA 1VYSX 4FHAA 3KVJA 5LHEA 3MJYA 1K7EA 4ZQCA 3NL3A 4UMCA 2J6XA 1Q6OA 3B4UA 4FX6M 2JBMA 3LX9A 5AC7A 2NV1A 3FKKA 4Q33A 1TREA 1OFBA 3CTLA 1NF7A 1KFBA 3L65A 3NQGA 2XN0A 3W73A 2FTPA 3C0JA 1V5XA 3HJZA 4JTFA 4DEFA 2O7SA 1DVJA 2E5BA 4E2DA 1UUOA 1VQTA 4YL2A 3NQFA 4ALDA 1JUEA 3NL6A 3MYPA 1JRBA 3DKLA 3O06A 1LTDA 2VELA 3F1QA 2ZZ1A 3L5LA 4HSOA 4JDBA 4O1DA 4NZFA 1PHWA 3OIXA 5EKYA 3MUXA 1M5WA 3GVGA 2BZNA 1R46A 3G24A 3KXQA 1AW5A 1AL8A 2A21A 1BWKA 2W79A 3E12A 1RQHA 3TIMA 3EKZA 1OK6A 4N2YA 1VLWA 2C6QA 4CNPA 5KINA 2J9XA 3OVQA 1TV5A 5HJLA 1C9DA 1T96A 4PFMA 4WY0A 5T26A 3W7OA 1RPXA 4UMBA 3MW7A 1ZY9A 4ZQOA 3N3MA 2V2HA 4K7VA 3MP3A 1R2SA 3PUEA 1KA9F 2CZ5A 1FCBA 5AHLA 2FPTA 3G0UA 3FIGA 3DFTA 3PB2A 4PH6A 5C54A 1VHNA 4LVGA 5K9CA 1F05A 1IXPA 2VFGA 2EAWA 2FFCA 2QUUA 4AEOA 2NUYA 2BSLA 2B7QA 1YXYA 2A2IA 2VEIA 4UR7A 4GBUA 1H7WA 4Y8FA 1LM1A 3N2XA 4MJZA 4QISA 1OX4B 3VNDA 3UY8A 4N9BA 3B8DA 3B04A 3W9ZA 1L9WA 3G0XA 4ICNA 1SW7A 4NXSA 2WNZA 3LBMA 4NT0A 2IQTA 3PAJA 4OU1A 5G2WA 4XTDA 4WOQA 4OV9A 2J9YA 3T55A 3JS3A 3UPBA 3L66A 3NAVA 4QQ3A 3LHVA 3PB0A 4YWIA 3NEVA 1DQWA 3UPWA 4XWUA 2ZZ6A 3HGJA 1WA3A 1QPQA 2DZPA 1W3TA 7TIMA 4JTSA 3DHDA 4HT3A 1OFEA 4JXCA 3W3OA 3A5VA 4FX7A 1PHQA 4IGHA 3HIJA 1W5NA 3QW4B 5AOUA 5G2IA 2YFNA 1SPQA 1CI1A 4NJIA 4N6FA 2Y88A 3W7CA 2VXNA 1JCJA 3PULA 3LV6A 3HG4A 4BI5A 3GK0A 4IJBA 4JY8A 1EWEA 5DBTA 3G22A 3QSTA 2H6RA 2Y70A 4NX5A 1TTPA 4B5NA 1MEHA 2FDSA 2V5BA 1W5QA 4JDYA 5LNSA 3W6YA 2I1OA 3KVMA 1IIHA 3M1ZA 3RLVA 1W31A 3CLMA 3MP4A 4OWGA 3A5FA 3LXCA 5A8GA 1LBLA 4AVFA 1B9BA 1ME7A 3T44A 4NNCA 1OX6A 5AC8A 1ALDA 3GIYA 1IIGA 1F73A 1GVFA 2ZYFA 3W1NA 1VZWA 3DAQA 4BI6A 3SW6A 4JICA 3LCWA 4MYAA 1QFEA 5G4EA 1KM1A 1DKWA 4K8HA 5D03A 3W1LA 3EWUA 2VEMA 5I3FA 2CWNA 1BKSA 3HPZA 4GC4A 2CLIA 4IMCA 3WJSA 1LRNA 3EWWA 4O50A 3IV3A 2Y85A 1DL3A 4JTLA 3LXAA 1KBJA 2CLHA 2G97A 2NUXA 3ZWSA 1VHCA 2Y6ZA 4IQLA 3TJXA 2YSWA 2RDTA 3INPA 3BGGA 3HG3A 4EIVA 3GDMA 4FB7A 3I7SA 3NG3A 5TBOA 4WXYA 2A85A 4PA8A 3ATZA 2E6FA 2J9ZA 2QCLA 4XKYB 3NR0A 4IMFA 2VENA 3NPWA 5BW6A 1GTEA 3CEPA 1TRDA 4CQAA 2HSAA 1L2UA 1VR6A 1GOXA 4IXXA 4AHPA 2QUVA 1NF0A 4E38A 1TV8A 2EPHA 5FF7A 5HR7A 5FEWA 5KZEA 4DBDA 3A9IA 3W2NA 3STCA 3P7YA 1J2WA 3CU2A 4N4QA 3R5EA 4QM1A 1QCWA 4LUJA 3S0CA 2P1FA 4LT9A 3WK3A 4LWWA 2Q8LA 3VCRA 3E9AA 3EB2A 1W5PA 2ZFAA 4O12A 3RLUA 1WOAA 1JCMP 4HHPA 1EUAA 1NFBA 3LV5A 4QAIA 3BW4A 2OT0A 2ZQ0A 4UTTC 2F7FA 3A21A 5G2HA 1P4CA 4JTJA 1R2RA 3AJXA 2ISVA 1LOSA 3R89A 3DFOA 4Z1BA 5AB3A 4FNUA 1DBTA 4CCCA 1K7FA 5L9FA 1VS1A 4GUIA 3W71A 4K39A 1EEPA 1YTEA 4HNNA 3BK0A 1OG0A 1OYCA 1W5MA 3FYOA 1LLWA 4XBSA 2QDHA 1B4EA 2C1HA 1QPOA 2JKEA 4RZ4A 1PVNA 3MYOA 2VEPA 4KWWA 4MLJA 3S5ZA 2ZTJA 3GXPA 1W56A 4XQ6A 5I3IA 1JJKA 1EWDA 5K4ZA 1XL9A 1A53A 2CZEA 4HSNA 2WSYA 4C1KA 4R53A 4IXHA 4HN4A 4I9AA 1LDCA 4HPXA 1FBAA 1EP3A 4Q32A 1XFBA 3MBFA 1H61A 3YPIA 3W7NA 4FNTA 2YW3A 3M7WA 4NJJA 3GLCA 3CHVA 4KFPA 4EF9A 3NXFA 2X30A 4AHOA 4M7TA 5D2VA 5CGQA 1ZAHA 3G1AA 2Y89A 3EXTA 1RR2A 1W1ZA 1R30A 2W6RA 1GT8A 4H3DA 1SFLA 1LZOA 2OT1A 1XM3A 2YFOA 4RJEA 3S9YA 5F2LA 3S6DA 3FOKA 3N2MA 3N73A 2VEKA 1VCFA 1H7OA 1N7KA 4M7SA 3UY7A 3BO9A 3P81A 3LHYA 1L6SA 1ADOA 3IIZA 4GE8A 4JX6A 1K02A 2EHHA 5SWUA 1SR9A 4D2JA 3EKLA 4IPIA 3CC1A 4JTTA 2J88A 3GZ3A 2RDWA 3N14A 2CLFA 3NZRA 1IGSA 1R2TA 3E96A 3LERA 3NPUA 5D2YA 5KITA 1B4KA 1YXDA 3QH2A 1GVQA 1AK5A 4UTKA 1VYPX 4DF2A 1XBZA 5HNRA 3DBPA 3LDVA 4P2VA 4WY0B 4IUOA 2TYSA 1KM5A 3F4NA 1XBVA 3P5ZA 3NVTA 1H51A 4KWVA 5D05A 2X2GA 4DBEA 2C13A 4HNTA 3P5YA 4YMZA 3LXBA 4UFHA 5DLCA 1M6JA 1OFPA 1W5OA 5AYZA 4XBKA 3EWZA 4O11A 3A22A 3TA6A 2H8XA 3G1YA 1PIIA 5AYYA 2B7OA 4O18A 2DZXA 4C1LA 4UFJA 1XXXA 3OVPA 4O54A 3W7DA 4O0ZA 3BW2A 1A5CA 1TO3A 3F4WA 1SU5A 4JTEA 4Z1DA 3TSBA 1JRCA 1Q6LA 1LCOA 2EKCA 1OX5A 3LRMA 2A6NA 4K8EA 3BPWA 5DN1A 3SJ3A 3N19B 3DI1A 4YXGA 5BMXA 3TCEA 4LTSA 2BTMA 2PRLA 1XBYA 4ZMGA 3BGJA 1GYLA 3TV8A 5F4SA 3DFQA 1L6YA 1G7VA 4MPQA 4OBTA 2R94A 3MHFA 4HPJA 3QZEA 5F1VA 5BOOA 2Y7GA 4M6PA 3NM3A 5GVJA 4CLMA 4LU0A 5CPMA 2B7PA 3P67A 1FDZA 4L4LA 1XUUA 4K6AA 4O57A 4K36A 4H6KA 1JCXA 2X1RA 2PE4A 3I65A 4HIBA 1SO3A 1F7BA 4QNEA 3QW3A 4UTTA 4L4MA 3CQ0A 4OE7A 4J9JA 1PL9A 2NLIA 2EGZA 4GWEA 1KM6A 3HMJG 2WKJA 4HNVA 5LNRA 1TMHA 1S5TA 4RK8A 1OFOA 2CLLA 5BRBA 4BR1A 1SSGA 4N4PA 5FF4A 3TR2A 4LRTA 3W72A 2FB2A 1J5TA 2GVJA 5EYWA 1OHLA 3M16A 3R13A 3SFKA 3L0NA 3LI0A 2Y7EA 5EMUA 3A24A 5EL1A 4IMDA 5I3GA 1OFAA 1VGAA 3OA3A 4DELA 3TMQA 4AXKA 1JCLA 3IVSA 2YDAA 3C2OA 3TQKA 3UZJA 3TW6A 3B0VC 2QR6A 3HB9A 2ISSA 2VC6A 4LC8A 1W8SA 3U2OA 2PCQA 4M19A 2OJPA 5D38A 1TIMA 1O5XA 3NOEA 4Z0SA 3IIVA 5KTLA 1T99A 2YR1A 1UUMA 1GG1A 3QMSA 5LNWA 3TFXA 4UTLA 1KM2A 1R47A 3W7GA 4S2BA 4NVTA 1VLIA 1B3OA 3BW3A 1DHPA 5ABTA 3UXAA 3PSWA 3EEGA 4K7YA 1KFCA 1S3HA 3DENA 3RU6A 1FWTA 4JTGA 1DV7A 2A1YA 3OG3A 2AQWA 2DZUA 4DO6A 4UMAA 4CNNA 5G4WA 3S5OA 2FB3A 4JYDA 5H91A 3LLDA 4NX0A 4TMCA 4NJGA 1ZJIA 5KMYA 5L6UA 3W1XA 3EX4A 3B03A 3L9CA 3FYPA 4FNPA 1FQ0A 3KRSA 4UTJA 1KW1A 3EX2A 4BK9A 2VFHA 1EP2A 3QYQA 2VKZG 3PWAA 1D9EA 3GNNA 1RVGA 1YDOA 3QSRA 4KFNA 5TIMA 4DO4A 4QNWA 2A6LA 2VOMA 3C3NA 2FJKA 3L0GA 3M9YA 3B0UX 1XCFA 5D33A 5HWJA 2QJGA 4Z0JA 1F6PA 3W7QA 3P80A 1FXQA 3S1VA 4AWSA 5DXXA 1SZFA 1IF2A 1KV5A 3PG9A 4UFKA 3OVRA 3MI2A 4ONVA 4OT7A 3PG8A 1EA0A 3TDFA 1BTMA 2HS8A 3DFNA 3PS7A 1H62A 2WPBA 1YADA 2VFIA 3B06A 4H4IA 4X22A 3TAOA 1OYBA 1UBSA 2C18A 4XUGA 2DZVA 1SO5A 3PF3A 3BVJA 3I6RA 2JKPA 1TPB1 4NNAA 1TSIA 2DJXA 2PURA 3EX3A 3G0SA 1KFEA 3LCGA 3H53A 4FXRA 4QIUA 2B7NA 5TQLA 1ML1A 1TPFA 3W7IA 2X16A 5BMWA 2RDUA 4N9DA 2QCMA 3UXDA 5LKYA 4YCPA 1FDYA 4OHQA 4M6VA 3M6YA 1LOLA 2YCEA 3PBWA 3W7EA 1XDMA 3LTPA 3NQ7A 2DU2A 4O53A 5AC6A 3NPVA 3G1SA 5F4XA 3U6WA 1Q3NA 1WQ5A 2HS6A 2NXIA 3RFAA 2V81A 4ZQMA 2P0OA 1EB3A 1KBIA 2I14A 4MOZA 2CLOA 3EX6A 5I3KA 2V2CA 1WDWA 2GJNA 4NZJA 1SQ7A 3WK2A 3NQCA 1ME9A 4LS1A 4O52A 3BV4A 5D2XA 5E93A 2J27A 3WJWA 3O6CA 3C61A 5J5RA 3QFEA 2QKFA 1KLYA 4ZQPA 3LHZA 3W7HA 2FQIA 1P0KA 1O4UA 4Q4KA 5FEPA 2YZRA 3G1DA 5HWMA 3Q2DA 1NSJA 2QCDA 1ZENA 3NZ1A 3TXVA 2XFWA 1OABA 2Z0IA 3EXRA 1Q6QA 3IVUA 4IWWA 3S42A 1DOSA 1QNVA 1OK4A 3E0IA 4K38A 1O5KA 4TMBA 1C29A 3KAOA 1Z41A 3NQVA 2QCEA 4W9TA 4UFMA 3P84A 2CLMA 3B05A 3M5XA 4OQVA 1QO2A 2E09A 6ALDA 5FF3A 3PBYA 2NV2A 1DJQA 3MMTA 2P10A 4M6QA 1OFRA 1LROA 4ZQNA 5K3VA 3LCIA 3W85A 1HO4A 1RZMA 3G3MA 3W2MA 3W7LA 3ELFA 4RX0A 1H7PA 1XI3A 1I2NA 8TIMA 1DQXA 4JGDA 4JNMA 4UNKA 4YCOA 3SSJA 5CPOA 3HF3A 3P82A 1K8ZA 3UQNA 1HTIA 4LVDA 4O1CA 3TW7A 1VJIA 2QCFA 2WV8A 3ABSA 2GPTA 2R8WA 3V1PA 2FPYA 3IIOA 3S1WA 2ZZ5A 2B0MA 3SGUA 4Z08A 1OVDA 3ZFHA 1KTBA 3LBCA 3P74A 2Z6JA 4O4VA 1ZCOA 3W1UA 1H5YA 2ALDA 4LV9A 3PBUA 3I7RA 3W1PA 3L21A 2CU0A 4RLIA 3GR7A 1G6CA 2AAMA 2A5HA 1A50A 2Y7FA 4WQ6A 3CIXA 3G18A 2ZTKA 5K9XA 4O28A 1BEUA 1G69A 2BX7A 2H90A 2I9EA 2TSYA 3TFCA 3U8GA 3SGZA 4R33A 3QJAA 2UV8G 2ABAA 2FPVA 1IXOA 2DORA 1LRTA 3VE9A 3CT7A 5AHEA 2CZFA 4HNUA 4O15A 4Y90A 4U28A 1XC4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2X1T A;  1MZH A;  4UTH A;  4MTV A;  4UTM A;  4ICC X;  1P7T A;  2FLI A;  4IZG A;  5FL0 A;  2HMC A;  1V51 A;  2VX4 A;  2FGB A;  4ZCW A;  3WN6 A;  2FH6 A;  1TPV A;  3FEM A;  3TTO A;  4LAU A;  3DEQ A;  2YLL A;  3SRD A;  4KT2 A;  1WV2 A;  2DSW A;  5G5I A;  4FX8 A;  1AH4 A;  2V38 A;  1I1X A;  2GQ8 A;  1J6O A;  3M43 A;  3CWN A;  3OG2 A;  2DSV A;  5CC5 A;  2VX6 A;  3XIS A;  3WQF A;  3IAP A;  3DCP A;  4LS0 A;  3L4T A;  1A5M C;  5C7H A;  3WNN A;  3W22 A;  2ZC8 A;  1XLF A;  4QSH A;  2ZCG A;  1G67 A;  3LCL A;  2Y63 A;  4MZ1 A;  4LVA A;  3TC6 A;  1Z48 A;  2VR2 A;  1CEN A;  1UH2 A;  1OIM A;  2J7H A;  4O14 A;  5CPN A;  5G4H C;  3KVJ A;  1K7E A;  1F61 A;  1K1D A;  1VRX A;  1LQ2 A;  1QNP A;  2WLY A;  4MSS A;  4GHR A;  3B4U A;  4FX6 M;  1BPL B;  2JBM A;  3CHF A;  1C8X A;  3UXL A;  3ZLH A;  3CTL A;  4H9V A;  3VD5 A;  3ABX A;  2HQA A;  3NQG A;  3WEO A;  1WB0 A;  2FTP A;  1ADS A;  1Q7Z A;  4QG9 A;  4G2D A;  4DJD A;  1DQU A;  3BCJ A;  2E5B A;  4GVF A;  4ALD A;  5BRQ A;  1JUE A;  3NL6 A;  1TWZ A;  1JRB A;  1UD6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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