1EQFA

Crystal structure of the double bromodomain module from human tafii250
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
267
structure length
267
Chain Sequence
GTTVHCDYLNRPHKSIHRRRTDPMVTLSSILESIINDMRDLPNTYPFHTPVNAKVVKDYYKIITRPMDLQTLRENVRKRLYPSREEFREHLELIVKNSATYNGPKHSLTQISQSMLDLCDEKLKEKEDKLARLEKAINPLLDDDDQVAFSFILDNIVTQKMMAVPDSWPFHHPVNKKFVPDYYKVIVNPMDLETIRKNISKHKYQSRESFLDDVNLILANSVKYNGPESQYTKTAQEIVNVCYQTLTEYDEHLTQLEKDICTAKEAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
molecule keywords RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR
publication title Structure and function of a human TAFII250 double bromodomain module.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 97
structure length 267
sequence length 267
ec nomenclature ec 2.3.1.48: Histone acetyltransferase.
pdb deposition date 2000-04-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 1eqfA01
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 1eqfA02
5CUEA 5FG4A 4A9EA 4MR6A 5ACYA 5HELA 2F6JA 5A7CA 4TT4A 4IR3A 5DKHA 5ETBA 5AD2A 3SVHA 4UIXA 4NR7A 3Q2FA 4Z93A 4QSSA 5I7YA 4FLPA 2DATA 3MUKA 2DVSA 4IOOA 5EK9A 3S91A 5FE0A 3SVFA 2KTBB 4QYDA 4Y03A 5CPEA 5C4QA 4RVRA 5CQ7A 4XYAA 3MULA 4NQMA 4LYIA 4HXRA 5EISA 5FH6A 3JVMA 5D3HA 4LRGA 1EQFA 4E96A 5KTWA 5C87A 4O76A 3UW9A 4PCIA 4MEQA 5F3AA 5EV9A 4N3WA 5E73A 3NXBA 5CS8A 4O75A 4QUUA 4XUBA 5CZGA 5C7NA 5FE9A 5AMEA 5L8TA 5A5PA 3LJWA 5IGMA 5LJ2A 4OUFA 5D25A 4LYWA 5CU8A 5IGLA 5CQ5A 5CP5A 3K2JA 4LZSA 4HXNA 4YYIA 4TU6A 4MENA 5LKUA 4NUDA 5EWVA 2I8NA 5A5NA 4KCXA 5DYAA 5IIDA 5I83A 5E7DA 3UVDA 5LJ1A 4YBTA 4NRAA 3SVGA 4UIUA 5E74A 4NR4A 5IGKA 4YBSA 5CQAA 3MB4A 5EI4A 4NQNA 3U5KA 4TS8A 2DVRA 3MB3A 3AADA 5DKCA 3U5JA 5DFDA 4J3IA 3ONIA 5FG5A 3HMEA 4C67A 3UVYA 4IR6A 5C85A 4F3IA 3O34A 2YELA 4HXPA 5CTLA 5DYUA 5L99A 5F36A 4UIVA 5G4RA 4NXJA 5CUGA 4O7AA 4UYEA 5F25A 4A9NA 5F1LA 5I1QA 4QB3A 5BT3A 2L84A 3UV4A 4YBMA 5DFBA 5EVAA 4QSVA 2YW5A 5AD3A 5FH7A 2YQDA 3FKMX 5H85A 4NRCA 5J0DA 4Z6HA 5I89A 5ENGA 4HXKA 5D3PA 4YATA 5I40A 4O7EA 4KV4A 3U5MA 5EWWA 5CRMA 4BJXA 4ZW1A 4HXMA 5D26A 4Q0OA 5D3JA 1JSPB 2E3KA 4BW1A 4QYLA 2N9GA 5E9VA 5CRZA 4LC2A 4QEVA 5CQ4A 5JI8A 5D7XA 4IR4A 4QR5A 5DLXA 4IOQA 5CUBA 4YAXA 3U5NA 4HXOA 5DYXA 5CQ6A 5HCLA 5I86A 3UV2A 5IG6A 2YEKA 5ENIA 3JVLA 5FDZA 5H1VA 5II2A 2F6NA 5D3SA 2H60A 3U5OA 4N4FA 4YYNA 4MEOA 4YH3A 1X0JA 5FH8A 5FE3A 3O36A 5F61A 2R0VA 4YH4A 3UVWA 5CUCA 5FE8A 5LJ0A 3LQHA 5E3GA 1F68A 5E9YA 5CQ8A 5LVQA 4MR3A 4A9LA 5BT5A 2RFJA 5E0RA 2E7OA 2WP2A 3U5LA 4HBVA 5HEMA 4TYLA 4CFLA 4HBXA 5H1UA 3P1CA 5HFQA 5ENHA 5E9KA 5KU3A 4ALHA 5DYCA 2LSPB 5KTXA 5DY7A 5H1TA 4QNSA 4TTEA 4UYGA 4C66A 5FE6A 5D3NA 4GPJA 5A83A 4YYMA 4BW2A 5EP7A 5A81A 2R10A 4YABA 4O77A 5FFVA 4ZQLA 5DW2A 5E9MA 4CURA 5LKTA 5CFWA 5EWDA 4YYJA 4CL9A 4QC1A 5ETDA 5IBNA 5C8GA 1WUGA 4MR4A 4N4GA 4Z6IA 5ENJA 2GRCA 3DWYA 4TZ2A 4MEPA 3S92A 2OUOA 4NR9A 5A5RA 4LZ2A 4HBWA 3MXFA 4YY6A 2YYNA 4O74A 4CUPA 5HJCA 3O35A 4ALGA 5F2PA 4LYSA 4N4HA 5EM3A 2NXBA 5A82A 3Q2EA 4ZC9A 2YDWA 4QR4A 4J0SA 5F63A 5HM0A 5HRWA 4QR3A 2OO1A 2D82A 3JVJA 4YYDA 4OGJA 2R0SA 3MQMA 5FB0A 4J0RA 5LUUA 4CUUA 4NRBA 2OSSA 4Z1SA 5FG6A 5DBMA 4TQNA 5L98A 2E7NA 5CQ3A 2DVVA 4QSTA 2RI7A 3QZVA 5COIA 4A9OA 2I7KA 2R0YA 5TCMA 3UVXA 4CUQA 5CUDA 5EA1A 5FE5A 4J1PA 4QSWA 5LKXA 2RNWA 4X2IA 5BT4A 4QZSA 4QEUA 4O7BA 1ZS5A 4QUTA 4Q0NA 4A9IA 1E6IA 4PCEA 5D24A 4AKNA 4WIVA 4KV1A 4HXSA 5HRXA 5I88A 4OGIA 5A85A 5D3RA 3P5OA 5EU1A 5DW1A 4IORA 4BW3A 5E3DA 4PTBA 5G4SA 5KTUA 5FBXA 5FE4A 5I80A 4YK0A 3LQIA 4BW4A 5DX4A 4QSXA 4WHWA 4XY9A 5CQTA 4YC9A 5E9LA 4CFKA 4Z1QA 4YYGA 4PKLA 5TB6A 2FSAA 4QSRA 3QZSA 4A9FA 1JM4B 4A9MA 4UIZA 5D3LA 5EICA 5EGUA 4NR6A 4QY4A 4TT2A 3O37A 5EQ1A 3RCWA 4QSPA 5DLZA 5F5ZA 2L5EA 4QSQA 4UYFA 5FE2A 2RO1A 2MJVB 5FB1A 5AMFA 5IGNA 4XUAA 3JVKA 4YY4A 5A5OA 2RNYA 3G0JA 3D7CA 5I7XA 5JWMA 5L96A 5FFYA 3I3JA 5I29A 5CY9A 4WHUA 2DKWA 3O33A 4UITA 5KHMA 2D9EA 2RS9B 5C89A 3P1DA 4NUEA 2DVQA 5HQ6A 5F60A 5HENA 5HLSA 5EPRA 4NYVA 4N4IA 3LXJA 4LZRA 4DONA 5ENFA 3GG3A 3AQAA 4O78A 3QZTA 3TLPA 5HQ5A 4BHWA 3HMFA 5FFWA 5D0CA 5K29A 4UYDA 5FE7A 4O70A 4XY8A 5ENCA 4QC3A 4LR6A 4O7FA 3ZYUA 3UV5A 3IU6A 4HBYA 4UYHA 5EPSA 5II1A 5KO4A 4CLBA 4NS5A 4QEWA 2DWWA 5FE1A 3G0LA 4O72A 4PS5A 4YADA 4NR5A 4UIYA 5L97A 5CGPA 4O71A 4IR5A 4MR5A 5CUAA 5EPBA 5LKZA 5L8UA 4TZ8A 4QSUA 4NUCA 4YYHA 3IU5A 3DAIA 5A5QA 4LDFA 4NR8A 2WP1A 5DFCA 2L85A 5ENEA 5D3TA 4YYKA 5A5SA 5F62A 4UYFB 4HXLA 4A9KA 5E9IA 5DKDA 4NYWA 4QBMA 3P1FA 5ENBA 4PY6A 1WUMA 4UIWA 5F1HA 5LVRA 4CUSA 4CUTA 3LQJA 5HFRA 4O7CA 3U5PA 5EWHA 4A9HA 5HQ7A 3HMHA 1N72A 4A9JA 4NYXA 4TU4A 2YEMA 2RNXA 2G4AA 3P1EA 5HRVA 5EWCA 4TT6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CUEA 5FG4A 4A9EA 4MR6A 5ACYA 5HELA 2F6JA 5A7CA 4TT4A 4IR3A 5DKHA 5ETBA 5AD2A 3SVHA 4UIXA 4NR7A 3Q2FA 4Z93A 4QSSA 5I7YA 4FLPA 2DATA 3MUKA 2DVSA 4IOOA 5EK9A 3S91A 5FE0A 3SVFA 2KTBB 4QYDA 4Y03A 5CPEA 5C4QA 4RVRA 5CQ7A 4XYAA 3MULA 4NQMA 4LYIA 4HXRA 5EISA 5FH6A 3JVMA 5D3HA 4LRGA 1EQFA 4E96A 5KTWA 5C87A 4O76A 3UW9A 4PCIA 4MEQA 5F3AA 5EV9A 4N3WA 5E73A 3NXBA 5CS8A 4O75A 4QUUA 4XUBA 5CZGA 5C7NA 5FE9A 5AMEA 5L8TA 5A5PA 3LJWA 5IGMA 5LJ2A 4OUFA 5D25A 4LYWA 5CU8A 5IGLA 5CQ5A 5CP5A 3K2JA 4LZSA 4HXNA 4YYIA 4TU6A 4MENA 5LKUA 4NUDA 3VKGA 5EWVA 2I8NA 5A5NA 4KCXA 5DYAA 5IIDA 5I83A 5E7DA 3UVDA 5LJ1A 4YBTA 4NRAA 3SVGA 4UIUA 5E74A 4NR4A 5IGKA 4YBSA 5CQAA 3MB4A 5EI4A 4NQNA 3U5KA 4TS8A 2DVRA 3MB3A 3AADA 5DKCA 3U5JA 5DFDA 4J3IA 3ONIA 5FG5A 3HMEA 4C67A 3UVYA 4IR6A 5C85A 4AKGA 4F3IA 3O34A 2YELA 4HXPA 5CTLA 5DYUA 5L99A 5F36A 4UIVA 5G4RA 4NXJA 5CUGA 4O7AA 4UYEA 5F25A 4A9NA 5F1LA 5I1QA 4QB3A 5BT3A 2L84A 3UV4A 4YBMA 5DFBA 5EVAA 4QSVA 2YW5A 5AD3A 5FH7A 2YQDA 3FKMX 5H85A 4NRCA 5J0DA 4Z6HA 5I89A 5ENGA 4HXKA 5D3PA 4YATA 5I40A 4O7EA 4KV4A 3U5MA 5EWWA 5CRMA 4BJXA 1ZKRA 4ZW1A 4HXMA 5D26A 4Q0OA 5D3JA 1JSPB 2E3KA 4BW1A 4QYLA 2N9GA 5E9VA 5CRZA 4LC2A 4QEVA 5CQ4A 5JI8A 5D7XA 4IR4A 4QR5A 5DLXA 4IOQA 5CUBA 4YAXA 3U5NA 4HXOA 5DYXA 5CQ6A 5HCLA 5I86A 3UV2A 5IG6A 2YEKA 5ENIA 3JVLA 5FDZA 5H1VA 5II2A 2F6NA 5D3SA 2H60A 3U5OA 4N4FA 4YYNA 4MEOA 4YH3A 1X0JA 5FH8A 5FE3A 3O36A 5F61A 2R0VA 4YH4A 3UVWA 5CUCA 5FE8A 5LJ0A 3LQHA 5E3GA 1F68A 5E9YA 5CQ8A 5LVQA 4MR3A 4A9LA 5BT5A 2RFJA 5E0RA 2E7OA 2WP2A 3U5LA 4HBVA 5HEMA 4TYLA 4CFLA 4HBXA 5H1UA 3P1CA 5HFQA 5ENHA 5E9KA 5KU3A 3D1DA 4ALHA 5DYCA 2LSPB 5KTXA 5DY7A 5H1TA 4QNSA 4TTEA 4UYGA 4C66A 5FE6A 5D3NA 4GPJA 5A83A 4YYMA 4BW2A 5EP7A 5A81A 2R10A 4YABA 4O77A 5FFVA 4ZQLA 5DW2A 5E9MA 4CURA 5LKTA 5CFWA 5EWDA 4YYJA 4CL9A 4AKHA 4QC1A 5ETDA 5IBNA 5C8GA 1WUGA 4MR4A 4N4GA 4Z6IA 5ENJA 2GRCA 3DWYA 4TZ2A 4MEPA 3S92A 2OUOA 4NR9A 5A5RA 4LZ2A 4HBWA 3MXFA 4YY6A 2YYNA 4O74A 4CUPA 5HJCA 3O35A 4ALGA 5F2PA 3D1BA 4LYSA 4N4HA 2NXBA 5EM3A 5A82A 3Q2EA 4ZC9A 2YDWA 1PUOA 4QR4A 4J0SA 5F63A 5HM0A 5HRWA 4QR3A 2OO1A 2D82A 3JVJA 4YYDA 4OGJA 2R0SA 3MQMA 5FB0A 4J0RA 5LUUA 4CUUA 4NRBA 3VKHA 2OSSA 4Z1SA 5FG6A 5DBMA 4TQNA 5L98A 2E7NA 5CQ3A 2DVVA 4QSTA 2RI7A 3QZVA 5COIA 4A9OA 2I7KA 2R0YA 5TCMA 3UVXA 4CUQA 5CUDA 5EA1A 5FE5A 4J1PA 4QSWA 5LKXA 2RNWA 4X2IA 5BT4A 4QZSA 4QEUA 4O7BA 1ZS5A 4QUTA 4Q0NA 4A9IA 1E6IA 4PCEA 5D24A 4AKNA 4WIVA 4KV1A 4HXSA 5HRXA 5I88A 4OGIA 5A85A 5D3RA 3P5OA 5EU1A 5DW1A 4IORA 4BW3A 5E3DA 4PTBA 5G4SA 5KTUA 5FBXA 5FE4A 5I80A 4YK0A 3LQIA 4BW4A 5DX4A 4QSXA 4WHWA 4XY9A 5CQTA 4YC9A 5E9LA 4CFKA 4Z1QA 4YYGA 4PKLA 5TB6A 2FSAA 4QSRA 3QZSA 4A9FA 1JM4B 4A9MA 4UIZA 5D3LA 5EICA 5EGUA 4NR6A 4QY4A 4TT2A 3O37A 5EQ1A 3RCWA 2EJNA 4QSPA 5DLZA 5F5ZA 2L5EA 4QSQA 4UYFA 5FE2A 2RO1A 2MJVB 5FB1A 5AMFA 5IGNA 4XUAA 3JVKA 4YY4A 5A5OA 2RNYA 3G0JA 3D7CA 5I7XA 5JWMA 5L96A 5FFYA 3I3JA 5I29A 5CY9A 3ERRA 4WHUA 2DKWA 3O33A 4UITA 5KHMA 2D9EA 2RS9B 5C89A 3P1DA 4NUEA 2DVQA 5HQ6A 5F60A 5HENA 5HLSA 5EPRA 4AI6A 4NYVA 4N4IA 3LXJA 4LZRA 4DONA 5ENFA 3GG3A 3AQAA 4O78A 3QZTA 3TLPA 5HQ5A 4BHWA 3HMFA 5FFWA 5D0CA 5K29A 4UYDA 5FE7A 4O70A 4XY8A 5ENCA 4QC3A 4LR6A 4O7FA 3ZYUA 3UV5A 4AKIA 3IU6A 4HBYA 4UYHA 5EPSA 5II1A 5KO4A 4CLBA 4NS5A 4QEWA 2DWWA 5FE1A 3G0LA 4O72A 4PS5A 4YADA 4NR5A 4UIYA 5L97A 5CGPA 4O71A 4IR5A 4MR5A 5CUAA 5EPBA 5LKZA 5L8UA 4TZ8A 4QSUA 4NUCA 4YYHA 3IU5A 3DAIA 5A5QA 4LDFA 4NR8A 2WP1A 5DFCA 2L85A 5ENEA 5D3TA 4YYKA 5A5SA 5F62A 4UYFB 4HXLA 4A9KA 5E9IA 5DKDA 4NYWA 4QBMA 3P1FA 5ENBA 4PY6A 1WUMA 4UIWA 5F1HA 5LVRA 4CUSA 4CUTA 3LQJA 5HFRA 4O7CA 3U5PA 5EWHA 4A9HA 5HQ7A 3HMHA 1N72A 4A9JA 4NYXA 4TU4A 2YEMA 2RNXA 2G4AA 3P1EA 5HRVA 5EWCA 4TT6A
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5CUE A;  5FG4 A;  4A9E A;  4MR6 A;  5ACY A;  5HEL A;  2F6J A;  5A7C A;  4TT4 A;  4IR3 A;  5DKH A;  5ETB A;  5AD2 A;  3SVH A;  4UIX A;  4NR7 A;  3Q2F A;  4Z93 A;  4QSS A;  5I7Y A;  4FLP A;  2DAT A;  3MUK A;  2DVS A;  4IOO A;  5EK9 A;  3S91 A;  5FE0 A;  3SVF A;  2KTB B;  4QYD A;  4Y03 A;  5CPE A;  5C4Q A;  4RVR A;  5CQ7 A;  4XYA A;  3MUL A;  4NQM A;  4LYI A;  4HXR A;  5EIS A;  5FH6 A;  3JVM A;  5D3H A;  4LRG A;  1EQF A;  4E96 A;  5KTW A;  5C87 A;  4O76 A;  3UW9 A;  4PCI A;  4MEQ A;  5F3A A;  5EV9 A;  4N3W A;  5E73 A;  3NXB A;  5CS8 A;  4O75 A;  4QUU A;  4XUB A;  5CZG A;  5C7N A;  5FE9 A;  5AME A;  5L8T A;  5A5P A;  3LJW A;  5IGM A;  5LJ2 A;  4OUF A;  5D25 A;  4LYW A;  5CU8 A;  5IGL A;  5CQ5 A;  5CP5 A;  3K2J A;  4LZS A;  4HXN A;  4YYI A;  4TU6 A;  4MEN A;  5LKU A;  4NUD A;  5EWV A;  2I8N A;  5A5N A;  4KCX A;  5DYA A;  5IID A;  5I83 A;  5E7D A;  3UVD A;  5LJ1 A;  4YBT A;  4NRA A;  3SVG A;  4UIU A;  5E74 A;  4NR4 A;  5IGK A;  4YBS A;  5CQA A;  3MB4 A;  5EI4 A;  4NQN A;  3U5K A;  4TS8 A;  2DVR A; 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