1EXP | Genus

Total Genus 125

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	125
sequence length	312
structure length	312
Chain Sequence	ATTLKEAADGAGRDFGFALDPNRLSEAQYKAIADSEFNLVVAENAMKWDATEPSQNSFSFGAGDRVASYAADTGKELYGHTLVWHSQLPDWAKNLNGSAFESAMVNHVTKVADHFEGKVASWDVVNEAFADGGGRRQDSAFQQKLGNGYIETAFRAARAADPTAKLCINDYNVEGINAKSNSLYDLVKDFKARGVPLDCVGFQSHLIVGQVPGDFRQNLQRFADLGVDVRITELDIRMRTPSDATKLATQAADYKKVVQACMQVTRCQGVTVWGITDKYSWVPDVFPGEGAALVWDASYAKKPAYAAVMEAF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	BETA-1,4-D-GLYCANASE CEX-CD
publication title	Crystallographic observation of a covalent catalytic intermediate in a beta-glycosidase. pubmed doi rcsb
source organism	Cellulomonas fimi
total genus	125
structure length	312
sequence length	312
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	1996-01-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1expA00

2XFRA 3VGFA 1HVQA 4AZGA 4FLOA 1NWTA 2V3FA 3FAWA 2WMGA 1K9EA 4JKLA 1JAEA 1WP6A 2CESA 4MNJA 5A2CA 1C8XA 3WQ6A 2J7BA 3ARUA 1F4HA 3WUGA 1GNXA 1UWTA 2VZUA 4AD3A 3GTNA 4UCFA 1LL7A 2G4FA 1KWKA 1ITCA 3WH5A 2VZOA 1V02A 4CU8A 2GJRA 2ESCA 3K4DA 1JFXA 1BSIA 2XSBA 2YDQA 4W88A 3W27A 4UFKA 5ABHA 3N9KA 1BYDA 3ARQA 4ZFMA 1ZB5A 4AZCB 2QPUA 3WDRA 2BXYA 2DSWA 1CDGA 1LWHA 3WQ8A 3ZJ7A 3AZTA 4PUEA 3VDHA 2XYLA 1XH0A 3LPFA 4AZCA 2ZUMA 1IZJA 3ARYA 3PZIA 2WW5A 1HNYA 4PTXA 5A6LA 3K8MA 2PWEA 2VCAA 3DYMA 1UD3A 3BSHA 3VIMA 5CSUA 4HP5A 4AD5A 1E70M 2FH6A 4HMCA 1V03A 3AMKA 3PZUA 1XV8A 3DC0A 4UFMA 1QW8A 1UKSA 2GJPA 2WHLA 3GYCA 1CZ1A 3LPPA 3WNNA 4B9ZA 2G3NA 4AD1A 4TVUA 4CCEA 4NSBA 3VDCA 4U5KA 1BYAA 3CZLA 3KWXA 3OLGA 1UD8A 5I23A 4CN6A 1GZJA 4GXPA 1DTUA 1JXKA 2WPGA 3ALGA 2EPOA 3AQUA 1W3KA 1QNPA 4WSJA 4JKKA 4JAWA 2V38A 3MO4A 3U57A 1GJUA 1QHZA 3L2MA 1DWIM 4NF7A 1EGZA 2O9PA 3D3AA 3T08A 2ZE0A 1QNSA 3BCDA 3FN9A 1FP8A 1SMDA 3ZJ6A 4ZEPA 2B31A 5GQBA 4MPKA 4AZ5A 4D72A 4HA1A 1CGTA 2GK1B 4WSKA 4PMRA 3WEOA 5A8OA 3PZ9A 1TUXA 6A3HA 1S46A 1WO2A 2Y8KA 1V0NA 2GK1A 4B9YA 3G6LA 4P8XA 4R27A 4PMXA 3VKKA 1OD0A 4P7RA 1E4LA 2VX6A 3AIEA 1UKOA 3MV01 3MANA 3G6MA 1G1YA 3TTYA 2VNCA 1ZBWA 4Z2HA 1OINA 3CUIA 3B9EA 3VOCA 3BCFA 1M01A 4IM4A 1WDRA 3VIJA 4M29A 2AOSA 2FHCA 2D23A 1VFOA 3AXXA 1UWUA 2J62A 1Q6CA 3MV11 2VCCA 5A95A 1E9LA 4U3CA 1NOFA 3F5KA 1JYXA 5IHSA 1JNDA 4M1RA 4F8XA 2VOTA 1N82A 1OT2A 3VIFA 3ZR6A 8CGTA 2DDXA 4UQ9A 2XFYA 5HOSA 2VR4A 2W92A 3APGA 3CMGA 3WD2A 3N04A 1ZU8A 1M7XA 5GNYA 2FHBA 1B1YA 3L4UA 2VT0A 3CUGA 3T0DA 2ZX7A 3BAKA 1U30A 1E6RA 2ZX9A 4CN1A 3VM7A 2J47A 1XGZA 4E8DA 4JCLA 4ZENA 2DSVA 2V3GA 4GI6A 1OBAA 1WB0A 1MW2A 2EPNA 2WSPA 3WMSA 1BGAA 1V3HA 3WF0A 1WNOA 2WMIB 1B9ZA 1EH9A 2PF0A 4E4PA 1G94A 4L4OA 1WKYA 4YHGA 5LYRA 4W89A 1UKQA 3BAWA 2YJQA 3PN8A 4AWEA 2DT1A 2WM0A 1H0GA 1MFUA 3WF2A 3VNYA 3VNZA 3BSGA 1TG7A 2WMIA 2ZUUA 3THCA 2WKGA 4AZHA 2DQXA 3ZM8A 2J8FA 2WWCA 1GONA 1V3MA 1ZBCA 1OT1A 3VGDA 7A3HA 3AFBA 4D6CA 1OD8A 1LLOA 3WUBA 2VX5A 4GQQA 3AIWA 3ZOAA 3UCQA 1XH2A 1U33A 3VINA 4MDOA 3BLPX 8A3HA 1GQIA 1C91A 3VGBA 4MB1A 1CENA 1W2PA 2F2HA 1JL8A 3O9NA 5CLTA 1EO7A 1JGIA 4J3UA 4CD8A 1OB0A 1QNQA 5A1AA 1UH2A 4XV0A 1U2YA 3ECQA 3L4WA 5HDRA 1E6NA 3VIIA 3AMGA 2J4GA 1VEOA 2BS9A 2W91A 6CGTA 4M82A 1UKTA 3ARTA 3EDDA 2WVUA 3RMEA 4JFTA 4BS0A 1US2A 5C71A 3FXYA 1SMAA 1GUVA 2VCBA 3MSDA 1XCWA 3T2OA 3BAXA 1Y7VA 2BV9A 2YA2A 4HMDA 3GZAA 1J18A 1HJUA 3A4XA 5CLWA 2D24A 3SCPA 2HVMA 4C7GA 4CN4A 1J0HA 1CGWA 1B31A 4W93A 1JYVA 2D3NA 3QOKA 5BRPA 2ZWZA 4XX6A 2WZIA 3B9AA 1W2VA 1ZBKA 2VRKA 5TD4A 4XZBA 1DWGM 3HU7A 2OYLA 3VIGA 1V6YA 5A8MA 1C8YA 3VDAA 2X8RA 3SCTA 4CGTA 4ACZA 5JIPA 1WAWA 3MMWA 4OUEA 4H41A 5A94A 4TVCA 1PBGA 3NJ3A 4AZ7A 2XSAA 1SYTA 1FHDA 1E73M 3N18A 1LJYA 2OLHA 5M17A 1XC6A 2DT3A 3CLWA 3JUGA 1QI3A 5AC5A 1SFSA 3TA9A 4W5UA 4QCEA 4U2ZA 3A6OA 4P7OA 1XD1A 1DHKA 5D9MA 1FFRA 1OGSA 3NUKA 1W91A 1UZ1A 3LPGA 2CBVA 1CEOA 1V3JA 2NT0A 4H7VA 3EDJA 1WDQA 3WMBA 2XIBA 2EJ1A 4BF7A 5DMYA 2DT0A 3ZJKA 2XWDA 4PTVA 4J27A 1E5NA 4D6JA 1YHTA 3RM8A 3AS1A 2NW0A 2DEPA 3AHVA 4RE4A 4PMNA 5A8NA 3PZGA 1XRVA 1J0JA 1E4NA 1HL9A 1QI5A 3EDFA 4TTGA 3BMVA 3SCVA 3AIQA 4GZEA 1V6UA 3BGAA 3GXFA 4W86A 2VQUA 4BQ4A 4Q7NA 3BC9A 4W7UA 5DO8A 3WQ5A 3CH9A 2XVLA 4GIAA 3ALFA 2X05A 4U2YA 4HMEA 5A6SA 3W6LA 4H8VA 1R86A 2XM1A 1J9YA 2G3JA 1QI0A 1HP4A 2O9OA 4MAVA 2WBKA 4H8HA 1VRXA 4BA0A 2J25A 3WSUA 2DT2A 4GO9A 5FOOA 4OBRA 1B30A 1W32A 2EO7A 2CEQA 2OYMA 4LGXA 2ZOXA 5GPRA 2BY1A 2BY2A 4S3JA 2VJXA 1JIBA 4PEEA 4ZE4A 3IAPA 5AYIA 3IJ8A 1CTNA 5GNXA 1YQ2A 3ARWA 2J77A 2YLAA 3O6AA 4A3HA 4AW7A 3AICA 4LQ1A 4M80A 1EDGA 3AHZA 1GW1A 2PB1A 4ATLA 3WKZA 4UZUA 2NSXA 3GH5A 3NCOA 5E0FA 3GBDA 1HJXA 4TXEA 4E8CA 4KMQA 1W1PA 4Q22A 3TOPA 3MUY1 4UFHA 1CWYA 3L4ZA 2O9TA 2CPUA 3PZQA 1E1EA 1UWSA 1TR1A 1BFNA 5FCZA 2GSJA 1EO5A 3QHNA 4JKMA 3CIVA 1EOMA 2V5DA 1JYNA 1BYBA 4TVDA 5CPQA 2F8QA 5LA2A 1HJSA 4CCDA 1ISXA 1TFVA 1CBGA 3SCWA 4WK9A 3CUHA 3RCNA 1E3XA 1WPCA 4QLJA 1J0IA 1ISYA 1VB9A 2EEXA 3GDBA 1LWJA 1GOIA 1B3ZA 1JFHA 1VEPA 1QI4A 2WKLA 3W81A 1AQ0A 2YDRA 2CCRA 2YOCA 1CIUA 1OCQA 3DYOA 3WH9A 3N13A 4H04A 3NIYA 9CGTA 5I5RA 4CCCA 5A6MA 3AZRA 3PTMA 4AMCA 3AISA 1M53A 1E43A 3CZGA 3VVGA 3RM4A 2WVSA 4PMVA 3L2LA 2ZX8A 3WBEA 4Z2KA 2VI0A 2XVPA 1DP0A 2W63A 4W84A 2J7EA 3ZT6A 5KEZA 1UR4A 2D3LA 1PPIA 4N0RA 1SR0A 1R85A 2XVGA 3VGGA 2J8GA 4YPJA 4UQAA 1W9DM 4DM1A 2WMFA 2AAAA 4MB5A 2VMFA 4FLQA 3CHDA 4TTUA 1QVBA 4PCTA 1QBBA 3W24A 3SURA 4GQRA 1NP0A 2X0HA 3CTTA 4JZ5A 5EBAA 3ARZA 5HPOA 2W4XA 1KXTA 1KWGA 2DPEA 1KQYA 4GKLA 4TUFA 4GZJA 3OGSA 2DH3A 3FW6A 4M8UA 5EB8A 3MMUA 4AEEA 3WQVA 1MFVA 2WK2A 4QFUA 3WQWA 3DHPA 1W9XA 3WN6A 3BLKA 3WH8A 1UR0A 2DH2A 2DSKA 5FD0A 1JNEA 1GOQA 4V28A 3WQ4A 3NSNA 3F4VA 3WF4A 1XSJA 3SEPA 1KGUA 4UNIA 2EXOA 1ZJAA 4JFSA 3K4AA 5EFDA 1VF8A 4PMYA 3SCSA 3VD9A 3AHTA 5JIWA 3WDPP 1PX4A 3NDYA 1V02E 3QOMA 4H8UA 3GXIA 3VD5A 1E6PA 4D6HA 5HPCA 1A47A 3WEMA 3K1DA 3N11A 2XM2A 1M04A 3UERA 3J7HA 5A6JA 2E9MA 1J0KA 7CGTA 3AZSA 3GNRA 4FF5A 2VZTA 3EMCA 1XD0A 3T09A 3W25A 5A2BA 1C3FA 5JBFA 3OGRA 4A4AA 1UQZA 3AXIA 3F5JA 4LYQA 4AISA 4AD4A 4EANA 4HOXA 1X6NA 2YA0A 4AXNA 4UQEA 2OSWA 2WMHA 3ZMRA 1JDDA 3N17A 1VFMA 4W8AA 4S3KA 1JZ8A 1W3JA 4D6DA 1CXIA 3AS0A 4CU7A 3VGEA 1W9BM 1WDPA 3EMZA 3BAIA 1WCGA 3WDIA 4KRTA 4JFWA 3GH7A 5BCAA 4JFVA 3WL1A 2FGLA 4XUYA 3SUWA 5E0CA 2QV4A 2YL6A 4WKHA 1QPKA 2CKSA 1QHPA 5D9NA 4UFIA 2VURA 2UY4A 5IHRA 1LG1A 1CXHA 4PBGA 3RJYA 4ZE5A 3AIBA 1UD2A 4J3WA 3I3BA 1OIFA 1VEMA 1PX8A 1EQCA 5IXEA 3RJXA 3PZVA 4HTYA 4JCMA 2A3BA 3WY1A 2CNCA 2UY2A 1WZMA 3CHFA 5FIPA 1Q6DA 1AQMA 2XIIA 5CGMA 1VAHA 4CKQA 3CMJA 2VZSA 2X0YA 4M24A 1KGWA 3B9DA 3EDEA 4JL1A 4NRRA 5I3DA 4MADA 5KZ6A 1CECA 3W0KA 1EA9C 1GOKA 2QHAA 2VUYA 3CO4A 4DWSC 5JBDA 4WF7A 1B3YA 1XCXA 1QOXA 2CXGA 4UTFA 5BYWA 1TZ7A 3CPUA 7TAAA 4PMUA 1MW0A 3KZSA 3K46A 3VD7A 5E9AA 3WELA 4PN2A 4E2OA 3PZMA 5CPTA 1V3LA 1J11A 2ZUNA 3CHEA 5ABEA 4GI8A 1QW9A 5A3HA 3OZPA 5CJ5A 4IPNB 2G8ZA 2WNWA 1MWOA 2DSZA 3ARSA 2A3EA 4P7QA 4QLKA 1E0VA 2UY5A 4N42A 2WCSA 1CNVA 2BFGA 1RP8A 3PTQA 3ZJ8A 1HX0A 2J7DA 3WD4A 1TMQA 1E55A 4HPGA 1HP5A 1ZJBA 1ITXA 4B3KA 3ZSSA 5EMYA 3WUEA 5BXSA 1JDAA 2E4TA 4UQDA 2DIEA 2WB5A 1PX3A 5DT7A 1JXJA 4GPNA 2PC8A 2HISA 2XFFA 3OA5A 4JL2A 4DUXA 2VX4A 3WD0A 3VIOA 5M03A 5D9OA 1I1XA 5M3WA 3AMLA 3MKKA 2C0HA 2E9BA 3VMNA 1BYCA 1XYFA 3EYPA 2C7FA 4EE9A 3OB8A 2BXZA 1WDSA 3CGTA 2VL4A 2QLYA 4CUCA 1EHNA 1GQLA 3WF3A 2QF8A 1CLVA 4HA4A 3RDKA 4DUWA 1HKMA 4F66A 3VILA 1GOOA 5IFPA 3T0AA 1WZAA 2EPLX 4UOQA 2UWFA 5F7UA 1X6LA 3CHCA 1MXDA 3RM9A 1CYGA 3AS2A 1HJWA 3VM5A 2WHKA 1KGXA 1PAMA 1UR1A 3MUIA 1R7AA 1E15A 2QMJA 2WMJA 4FMVA 3VIKA 4FLRA 2WBGA 1DWJM 2C8NA 2WXDM 4UFJA 4MB4A 4ACZB 3I3DA 1TCMA 1C8QA 4Z2JA 3WDHA 5I78A 1ISVA 1G01A 5C8BB 4UQBA 1TA3B 2PBGA 1J0YA 1G5AA 1B3VA 2WCGA 2OWCA 1TA3A 5E6YA 1AQHA 3EMQA 5DF0A 2D0GA 5JUVA 1OGBA 1RPKA 3WUFA 4KH2A 1C7SA 2AMGA 2XVNA 5A8PA 3DECA 2ZXAA 1XSIA 5DFAA 1QNRA 2XJ7A 1BG9A 2FDMA 3ZT5A 2Y2WA 4LYPA 2F61A 3M07A 3ZIZA 5EFFA 2W5FA 2Z1SA 1OIMA 2JEPA 1FP9A 4Z2GA 3AIVA 4WJXA 4W8BA 2BVDA 3VTRA 2YL9A 4IUGA 1NWUA 3VIHA 3PBGA 5HNNA 4V27A 5IFTA 5CSYA 3T2QA 3WNMA 1BAGA 1W9UA 2VO5A 1DWHM 4HZ7A 4X0VA 5HBFA 1E0WA 3D5HA 2CERA 4OIFA 5E70A 3N1AA 5M5DA 3OBAA 2WHJA 1KR0A 3MUZ1 3O2LA 4DWSB 3SCNA 4MDPA 4PSPA 2DSUA 3IAQA 4AIUA 2QPSA 3ARVA 2VVSA 1ZS2A 2XVKA 2CHOA 4B3LA 3W29A 2X1IA 3LMYA 4DWSA 4J3SA 4P7NA 4CD4A 2BHUA 2PWFA 1D7FA 2VZVA 1UR2A 4J3VA 2WZEA 4WKFA 1KBBA 1E1FA 1OGGA 2BHZA 5DT5A 5I24A 2WYSA 1EOKA 3WF1A 3ZR5A 1R7OA 5A6BA 4H2CA 2YL8A 1NARA 3UG5A 1E5JA 2V3EA 2O92A 1FH9A 3WDQA 3ARRA 1MQQA 1EDTA 5BRQA 2TAAA 4D71A 1E56A 1PZ2A 4W7VA 3W26A 1E6ZA 1VBUA 1FH8A 1B2YA 1D2KA 2YA1A 3QGVA 5C70A 3A4WA 1WE5A 2E8YA 2PWGA 5D9PA 4MB3A 1JZ3A 3CUJA 2WVVB 2Y4SA 4V2XA 1HL8A 1E3ZA 1MQRA 2WVVA 4DUVA 1FOBA 2GJXA 1GPFA 2ZXDA 3RPMA 1KQZA 1EDQA 1VJZA 3K8KA 2VVNA 1UQYA 4R5EA 1NQ6A 1ODZA 1UYQA 2WC3A 2ZWYA 3CBWA 2RGLA 2CETA 4PMQA 4HOWA 1W9VA 1BGGA 1BVNP 4OOUA 1ISZA 3WL0A 2WLYA 3GM8A 1MYRA 4PUDA 3K8LA 3MSGA 4BQ3A 2X2YA 3BMWA 2OYKA 3WMCA 1B3XA 3AHYA 1NWRA 3HJEA 1J0ZA 5A2AA 3W37A 3VMOA 3AYRA 1X1NA 1Z32X 3VGHA 1JDCA 4BCEA 5AC4A 5ABGA 3UG3A 3AROA 2GDVA 1VFFA 4QAWA 4ATWA 2OWWA 1QNOA 2G3MA 3TTQA 1LG2A 3KL5A 4PMZA 2UY3A 1CXKA 1CGVA 2D1ZA 1GCYA 1H41A 2XHYA 3RO8A 4MJ4A 4B16A 5I77A 1VENA 4X0NA 3WNKA 1CPUA 4GI9A 4X9YA 1NOWA 4C7FA 5AY7A 1FA2A 1CXEA 5D8WA 1LL4A 3W4RA 1H0IA 3HN3A 3ZT7A 3OLIA 1JYWA 4LXFA 1W1TA 4CVUA 3RILA 1UD5A 1LL6A 1UZ4A 3BAJA 1ZBVA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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