1FA2A

Crystal structure of beta-amylase from sweet potato
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APIPGVMPIGNYVSLYVMLPLGVVNADNVFPDKEKVEDELKQVKAGGCDGVMVDVWWGIIEAKGPKQYDWSAYRELFQLVKKCGLKIQAIMSFHQCGGNVGDAVFIPIPQWILQIGDKNPDIFYTNRAGNRNQEYLSLGVDNQRLFQGRTALEMYRDFMESFRDNMADFLKAGDIVDIEVGCGAAGELRYPSYPETQGWVFPGIGEFQCYDKYMVADWKEAVKQAGNADWEMPGKGAGTYNDTPDKTEFFRPNGTYKTDMGKFFLTWYSNKLIIHGDQVLEEANKVFVGLRVNIAAKVSGIHWWYNHVSHAAELTAGFYNVAGRDGYRPIARMLARHHATLNFTCLEMRDSEQPAEAKSAPQELVQQVLSSGWKEYIDVAGENALPRYDATAYNQMLLKLRPNGVNLNGPPKLKMSGLTYLRLSDDLLQTDNFELFKKFVKKMHADLDPSPNAISPAVLERSNSAITIDELMEATKGSRPFPWYDVTDMPVDGSNPFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-AMYLASE
publication title Crystallization, molecular replacement solution, and refinement of tetrameric beta-amylase from sweet potato.
pubmed doi rcsb
total genus 167
structure length 498
sequence length 498
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2000-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1fa2A00
5A6LA 4PEEA 2D24A 1CGYA 1HVQA 2CXGA 1R85A 3AMLA 1UD6A 1C3FA 3G6MA 3AOFA 5CGTA 4D6JA 3L4UA 4MAVA 3IJ9A 1UWSA 5LYRA 3VGDA 4CU6A 3AI0A 2MANA 1FP8A 3W4RA 3TOPA 1NM9A 5DF0A 2X8RA 3K8MA 2UY5A 4GQRA 1QNRA 3HMCA 1HKIA 3RMEA 5I79A 3PZUA 1CBGA 2GSJA 3VMOA 1AMYA 5A6SA 1CDGA 3O9NA 4D6DA 2CKSA 4BQ4A 5E6ZA 4KGJA 5E6YA 4TVUA 4CN6A 5A2BA 1W2PA 1EO5A 4TX8A 1CTNA 3MV01 2UWFA 2WK2A 4CN1A 2JF7A 3W38A 2G3MA 3VIJA 1F4HA 2J7DA 4QLKA 3CUJA 3PZVA 4PMNA 3NSNA 3A4AA 1V3MA 2D3LA 4ATLA 4W7VA 4MB5A 2FGLA 2VJXA 4V2XA 5GPRA 1ZL1A 3WKZA 1W9PA 1XSIA 3HN3A 2A3HA 1WP6A 3CBWA 4RE4A 3IANA 2WM0A 4P7LA 4W8LA 3W25A 1MFVA 1H0GA 2EBNA 3VU2A 3MANA 5D9PA 3OG2A 3A4WA 2D0HA 2CBIA 1E6PA 1H3GA 3ARYA 3L4YA 1DWAM 1V6UA 3AIBA 4EAMA 3MUAA 2WVVA 5DO8A 1OSEA 1PAMA 5E0CA 2VR4A 1OGBA 3WNOA 4M56A 4MNKA 4KRUA 1W1YA 2VQUA 1LWJA 1XYFA 4UQAA 2J25A 3RM4A 1CLXA 4HP5A 1ISZA 4J3XA 1H11A 1H5VA 2XM2A 5FOOA 4DM2A 2VVNA 5BRQA 2XWEA 4AEEA 3QOKA 4JKMA 2YKKA 1F4AA 1HJVA 1XV8A 5CG0A 4J3UA 1G5AA 4M81A 4W88A 3VIPA 3AHTA 2VX6A 5TD4A 1XH0A 5I3DA 3ZJKA 1IV8A 5E9AA 1UUQA 5D9OA 3ARSA 1WDSA 1OBAA 4ATWA 1GPFA 1SR0A 2BVYA 3WF2A 1Q6FA 4Z2HA 1OT1A 1ZS2A 1H0IA 3SIMA 1KR0A 2ZX6A 3GM8A 3L4ZA 3CZJA 2GFTA 1QHZA 1OGGA 3I3DA 4PMVA 1I1WA 2ZX8A 1KGWA 1V0NA 3AS0A 3N11A 1CLVA 4PRWA 5FIPA 4L4OA 5EMYA 3MV11 1LF1A 1GORA 1XSKA 5BXSA 3E1F1 2JE8A 2YL8A 3DYMA 4J3WA 4TOQA 1UZ4A 3FY1A 2J62A 4UR9A 5A8QA 2VZTA 2TAAA 3ARWA 1MW0A 4QFUA 1C93A 2DT2A 2QMKA 3BCDA 3MUIA 3T0AA 4MDPA 2GK1B 4JL2A 3N18A 3VILA 1W9XA 2DT0A 3KWXA 1E6NA 2D23A 4AZ6A 4D1JA 1VFMA 4TVDA 1EDGA 4QP0A 2VVSA 5D9MA 1QW9A 3WH8A 3BAIA 3D3AA 1OB0A 1VJSA 1V02A 4DWSC 4D6CA 3TA9A 4DUWA 4C7DA 4OOUA 5IHRA 3MUY1 5CGMA 4JHZA 2YA1A 5M17A 3NSMA 4CVWA 1OD8A 5IHSA 2XUCA 1MW3A 3RM9A 1E9LA 1GQIA 1I75A 4AD0A 3CLWA 3UEQA 4UFIA 3WH9A 1W91A 3ZR5A 4HMCA 4W8BA 2J8GA 1J0JA 4Y7EA 3ZM8A 1NWRA 2BY2A 3J7HA 2WHLA 2CEQA 2V38A 1WNOA 1ZB5A 2XWDA 1CGVA 5LA1A 2Y4SA 4ZEPA 5GNYA 1QOXA 3U5YA 4F66A 3QHNA 3VMPA 1WCGA 1E4NA 1UKOA 1FA2A 1E4MM 4KMQA 3T2QA 3SUVA 2J7BA 3CIVA 2V3EA 3ALGA 1VFFA 3A4XA 3AZSA 3ARUA 1JDCA 1CXLA 5A95A 3AMDA 3GDBA 4R27A 1VIWA 5A6AA 4NSBA 1OIFA 4AZ7A 1SYTA 2O92A 2WMGA 4J3TA 1IZKA 3NJ3A 2Y8KA 1M04A 3ARRA 3IK2A 2VX7A 2EJ1A 3K46A 4PTXA 3EMZA 1W9UA 3F4VA 1UR0A 3ZSSA 1QW8A 3O6AA 1HP4A 5ABHA 2C7FA 5AYBA 4GIAA 1JZ6A 3LPPA 4PMZA 3VO0A 1Q6CA 1KXHA 2GJPA 1X6NA 2X0HA 5HDRA 4LYRA 4HTYA 1AQHA 1MW2A 1EXPA 1QVBA 1PX8A 2BV9A 2FH6A 2F2HA 3VIMA 3WH7A 2QLYA 1Q6DA 3VDBA 1JXJA 3CTTA 2XSAA 1JZ7A 2OYKA 3T0DA 1XD0A 3AS1A 3LMYA 1WDRA 3DYOA 3TP4A 3M7SA 1XH2A 1NP2A 4WK9A 5I78A 5JUVA 1CXIA 2WCAA 3A3HA 2YDRA 5I24A 3OA5A 2D0FA 4NF7A 2WAGA 3DHPA 1GONA 1PX4A 2VC9A 2FHFA 3BAYA 1CZ1A 3VGHA 1ZBVA 1Q4NX 3GYCA 1LWHA 4CKQA 2ZE0A 2ZUTA 2WBGA 4J28A 3K8KA 5GQBA 4UFKA 3FHAA 3W37A 4PSRA 1UZ1A 2WC4A 2J7HA 2YLAA 2UY4A 3POCA 1GJUA 1JXKA 1V6WA 4QAWA 1LG2A 4D6EA 1UR9A 2D22A 4U2YA 4GI9A 3EMCA 4EE9A 1VBRA 1GOKA 2DSZA 1UQZA 2BY0A 2YDSA 2O9RA 4AD2A 2ZX5A 1IZJA 1MWOA 3SURA 3AROA 2WWDA 3N13A 3M6DA 3OGSA 1MQQA 2OWXA 2WMFA 3CHEA 1G0CA 1TG7A 3UG4A 2V3DA 4WKAA 5C70A 1E6XM 1CECA 2G41A 1UWTA 3WBAA 1UOKA 3B9DA 1BSIA 3AS2A 2Z1SA 3T2PA 1EDQA 4CGTA 2CIPA 1C7SA 1UD4A 4DWSB 2ZX7A 3CUHA 1LQ0A 2VNCA 3W81A 3ZT5A 4BS0A 4AD1A 1BG4A 3GH7A 1RP9A 1A3HA 2D1ZA 3VIKA 1W3KA 2DT3A 1JYVA 2VRJA 1B1YA 1DWGM 4CU7A 1FH8A 1H41A 1FP9A 1U33A 2WMIB 2BNJA 4JL1A 3ZT7A 4GZJA 1UWQA 1WO2A 3PHAA 3APGA 1KCLA 3F5JA 1B0IA 3VNYA 2XIIA 5A6JA 1SMAA 1G94A 1JZ2A 1J10A 1NP0A 1V3HA 1KR1A 2E8YA 2VO5A 2O9OA 3CZGA 4ZXLA 1E40A 1WZAA 1UH4A 2WSKA 3UERA 3GBDA 2O9TA 1ISXA 1UKPA 2F8QA 2VTFA 4UOZA 4TUFA 1E70M 2EPKX 1A47A 4XZWA 1V0KA 3WDQA 1PIFA 1HNYA 1HKKA 3I3EA 2VL4A 2WCSA 3PZNA 1M7XA 1IT0A 3PTKA 2BVDA 1UR4A 1QPKA 4D6HA 3TTSA 5D8WA 1Q6EA 2GUYA 4J27A 3SCWA 2Y5EA 3VGFA 4W7UA 4D1IA 3ALFA 3ZOAA 2YDQA 1DTUA 1VEMA 2WSPA 3FHQA 3RILA 2GDVA 2VZOA 1ODUA 1E15A 1HKJA 3ARTA 2G4FA 5IXEA 3IJ8A 5CPSA 4IISA 4EANA 1TZ7A 1U30A 4B9YA 1CGXA 4BZYA 2XYLA 1JDAA 3W6MA 3WQ8A 1ISWA 2FGZA 3BSGA 2ZXDA 4W84A 1FH7A 4C7GA 2DDXA 3GXIA 4TVCA 3D5HA 1UR8A 2G3NA 5D9NA 2ZUSA 2X05A 1J0KA 1ZBWA 3AHVA 1DWHM 3W82A 2G3JA 4TTUA 2OYMA 4XB3A 3M46A 3WUGA 5F7UA 4FMVA 1P6WA 3WQVA 4KGLA 3POHA 1WZKA 4AZCB 2CBUA 5EFDA 1XD1A 2WKGA 1LJYA 4W7WA 1Q6GA 2WMKA 4JAWA 4ACYA 1N82A 2YL9A 4U33A 3DHUA 4UFLA 3WSUA 3GNRA 1V3IA 3MMDA 1RH9A 2F61A 3VM5A 4MADA 3ARQA 1GW1A 3N17A 2VQTA 4UFHA 4AD5A 4H8UA 1GQKA 3GNOA 4PUDA 1TCMA 2CBJA 4BQ5A 2WW5A 1VB9A 5AC5A 4V27A 2BY1A 2WZIA 5GNXA 5CQ1A 4V28A 5KEZA 3SEPA 5EBAA 1KWGA 1YHTA 2VCAA 3WMBA 4YHEA 2BHZA 5JBFA 1PZ2A 2QV4A 3U7BA 1GOQA 4HZ6A 3CUIA 3T2OA 4ACZA 1QI5A 1AVAA 4YHGA 2JALA 1W2VA 4UZUA 2RGLA 3PZTA 2JIWA 3W26A 4X0NA 2CETA 4FLSA 4CCCA 4FLOA 1MVYA 4XV0A 4U3AA 1XYZA 3N9KA 4AD3A 4W93A 4OBSA 1JG9A 2XG9A 2NT0A 1PPIA 2Y24A 3VGGA 3ZSTA 5FCZA 4AWEA 2EPMX 3KL5A 2XVPA 4GI8A 1MFUA 3BMWA 3VVGA 1E72M 3TTQA 1UKTA 4F9JA 2VURA 4X9YA 4N0RA 4U2ZA 3QOMA 5D8ZA 3S6TA 1US3A 4X0VA 2WC3A 4WIWA 4M29A 3RCNA 4ZFMA 2GJXB 1CGTA 2WYSA 2ZUUA 1B3YA 2PWDA 1W32A 4KH2A 2A3EA 2VX5A 1V3KA 1C8QA 2FHBA 1BYCA 1Z32X 5ABFA 3WUEA 1S46A 3VDAA 4NZCA 3TTOA 1E0XA 3FNDA 2X1IA 4B9ZA 4AZGA 1KBKA 2WZHA 2J47A 2AAAA 3UCQA 3VIFA 2ZUNA 1M03A 1B3ZA 2DEPA 3ZO9A 2GJRA 4GINA 4OBRA 2PB1A 1DHKA 4GKLA 1KGUA 3GXDA 4LX4A 2XFFA 2X0YA 2DSWA 4RL3A 5D4YA 2W61A 4Q7NA 2RGMA 1KWKA 1VENA 1KFWA 3ZR6A 2WXDM 1SFSA 1X1NA 2CITA 4NRRA 1FFRA 1H1NA 8A3HA 3WQWA 7CGTA 2PI6A 1K9EA 1GJWA 4BCEA 1V6YA 3FXYA 1K6AA 3AYSA 2VZSA 4HPHA 2WVSA 3GXMA 2XSBA 4JFUA 4PCSA 3SCOA 3OZOA 3SCPA 1UA3A 4HOWA 3BLPX 5BYWA 1JF6A 2C8NA 5M3WA 1UD3A 1W1VA 4WKHA 5I6SA 3VMNA 1KXQA 1JZ4A 1BHGA 2XFRA 3SCQA 1WAWA 3L4VA 3N15A 3GH5A 4M80A 3AIVA 3W6LA 2OSYA 3B8SA 1GOWA 3SCRA 4Q22A 1BF2A 1W9BM 4QCFA 4YPJA 1BAGA 3EYPA 2W4XA 1JAEA 1MXGA 4GO8A 2DH3A 2CKRA 1KGXA 1GCYA 3NIYA 1UH3A 3OGRA 3TONA 4E4PA 4EK7A 3PTMA 1I1XA 4FLRA 3MUZ1 1OT2A 4XX6A 3CZEA 1VEOA 1RPKA 4P7OA 4MB3A 4OZOA 3SCSA 1TUXA 1UWRA 3OB8A 3WF0A 2Y2WA 1W1TA 2WKLA 1FH9A 2IXVA 2YL5A 3EMQA 5HPCA 4J3SA 3WMSA 3VD3A 4GPNA 1UD2A 3AHXA 1CGUA 3EDEA 2VMFA 4UTFA 4J3VA 1BTCA 4AIUA 4HPGA 3BXWA 3PBGA 1UKQA 4M1RA 3EDFA 4KWUA 4LYPA 1V3JA 3AMGA 4TTGA 4BF7A 4WF7A 2WCGA 2VX4A 3AYRA 2WHMA 5FKYA 4MNMA 3VD9A 3W29A 1EIBA 4A3YA 4P7QA 3WUBA 2W92A 1B90A 5BXRA 3L2MA 3HJEA 4RE3A 4D72A 5A8NA 4IPLA 2XTKA 3AXIA 2OWCA 1JZ8A 3W0KA 1TA3B 3F5KA 4RE2A 3AIRA 2ESCA 2IXUA 2NT1A 2CHNA 4MJ4A 3WD4A 1VAHA 4U5IA 2BY3A 3G6LA 3QHMA 4URIA 3AHYA 2YJQA 1RP8A 1JNDA 1ECEA 1XGZA 4PN2A 4W86A 1V0MA 4LQ1A 1NH6A 3U57A 2VUYA 5C71A 1BPLB 2AMGA 3KZSA 1B3XA 3RO8A 1XHGA 1JFXA 3EDJA 4AMCA 5DT5A 4CD5A 1V03A 2GK1A 5A3HA 3AXHA 2WNWA 3WELA 3ZIZA 2WHKA 3ECQA 4AZHA 3CMJA 4PMQA 2Q8XA 3AISA 4OKDA 1G01A 8CGTA 5E70A 1C8YA 1BFNA 1GHSA 4IM4A 5A6BA 1WPCA 2A3AA 1OCQA 2W91A 2UY2A 5ABEA 4IPNB 1NOUA 5CZKA 4LXFA 4P7RA 1JI1A 4H8VA 4JCMA 2EPNA 1HJWA 1JYXA 1QNSA 1QHOA 4MDOA 1W3JA 1EQPA 2W67A 3AMCA 2V5DA 5A6MA 4Z2LA 1EGZA 4M82A 4E8CA 3VIHA 2VCBA 1G9HA 2QMJA 4JFTA 5I0DA 1MXDA 3WY1A 1EOMA 3SCTA 2ZOXA 1ITXA 1OINA 4MTVA 1VFOA 3TTYA 4M8UA 2VZUA 4UQDA 5ABGA 2W5FA 4AISA 5I2UA 3PZGA 4AD4A 3WNLA 1JZ5A 2WB5A 1PZ3A 2D20A 1E6SM 3CPUA 2AOSA 2D2OA 3SCNA 4A4AA 1JI2A 2FHCA 3BC9A 3EBVA 3MMUA 4GQQA 3WDIA 4ZE5A 2XGIA 4OOZA 2J7EA 1WDPA 4AZ5A 3W53A 2VRKA 4DUXA 4JKLA 5EFFA 3BAWA 5A8PA 1LLOA 3WH5A 4ZXOA 5BWFA 4C7FA 3FAWA 2CNCA 1VFUA 1WKYA 2DSUA 3FW6A 1GOMA 4UFMA 1M53A 3VIOA 1J0IA 2OSXA 3DC0A 2DH2A 1CGWA 4OIFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5A6L A;  4PEE A;  2D24 A;  1CGY A;  1HVQ A;  2CXG A;  1R85 A;  3AML A;  1UD6 A;  1C3F A;  3G6M A;  3AOF A;  5CGT A;  4D6J A;  3L4U A;  4MAV A;  3IJ9 A;  1UWS A;  5LYR A;  3VGD A;  4CU6 A;  3AI0 A;  2MAN A;  1FP8 A;  3W4R A;  3TOP A;  1NM9 A;  5DF0 A;  2X8R A;  3K8M A;  2UY5 A;  4GQR A;  1QNR A;  3HMC A;  1HKI A;  3RME A;  5I79 A;  3PZU A;  1CBG A;  2GSJ A;  3VMO A;  1AMY A;  5A6S A;  1CDG A;  3O9N A;  4D6D A;  2CKS A;  4BQ4 A;  5E6Z A;  4KGJ A;  5E6Y A;  4TVU A;  4CN6 A;  5A2B A;  1W2P A;  1EO5 A;  4TX8 A;  1CTN A;  3MV0 1;  2UWF A;  2WK2 A;  4CN1 A;  2JF7 A;  3W38 A;  2G3M A;  3VIJ A;  1F4H A;  2J7D A;  4QLK A;  3CUJ A;  3PZV A;  4PMN A;  3NSN A;  3A4A A;  1V3M A;  2D3L A;  4ATL A;  4W7V A;  4MB5 A;  2FGL A;  2VJX A;  4V2X A;  5GPR A;  1ZL1 A;  3WKZ A;  1W9P A;  1XSI A;  3HN3 A;  2A3H A;  1WP6 A;  3CBW A;  4RE4 A;  3IAN A;  2WM0 A;  4P7L A;  4W8L A;  3W25 A;  1MFV A;  1H0G A;  2EBN A;  3VU2 A;  3MAN A;  5D9P A;  3OG2 A;  3A4W A;  2D0H A;  2CBI A;  1E6P A;  1H3G A;  3ARY A;  3L4Y A;  1DWA M; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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