1FDYA

N-acetylneuraminate lyase in complex with hydroxypyruvate
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
NLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEGKGKIKLIAHVGCVTTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGVFRGLKTVLHYMDVVSVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
publication title Structure and mechanism of a sub-family of enzymes related to N-acetylneuraminate lyase.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 108
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 1996-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1fdyA00
3PB2A 1HO1A 2RDUA 4FIQA 5C6MA 4Z08A 5H2ZA 4ZQCA 4MY8A 4UTWA 3PB0A 4O0KA 3O06A 2NWSA 3NZ1A 3B05A 4X2RA 4ADUA 3P5YA 4IWWA 3NQ8A 3MBFA 3TR2A 1NEYA 2FPVA 3R5EA 2I14A 4AHQA 2WPBA 1VQTA 3W73A 3MO7A 1R46A 4IMFA 5AHLA 3W84A 1VGAA 5DXYA 2Y70A 1KM6A 4GWEA 1RPXA 3GXTA 3NQ7A 3MBDA 4Z1DA 2B7OA 3BG9A 3CHVA 5F4XA 3DGRA 3CB8A 2QCLA 2ZDRA 1G67A 1AMKA 5T26A 2YPIA 2C15A 2YGYA 1SO6A 1H7XA 3D0CA 4TIMA 4UFKA 5ABTA 2DJLA 2NZLA 1HTIA 1KFBA 3VKJA 4AVFA 2WSYA 5HNRA 3O05A 3TIMA 5G1TA 3IVUA 4RLIA 3QFEA 2AGKA 4O12A 5DCEA 3HGRA 5CPNA 2P0OA 4O13A 1P4CA 2E1DA 4JTTA 4IXXA 4CQ9A 5SWUA 3HIJA 3B04A 1S5TA 3PVFA 1H7NA 1XBZA 4N4PA 1Z42A 3TW6A 2J9YA 4MLJA 4CNNA 1Q45A 2ZA3A 2E6AA 2J24A 1RQEA 1ZAHA 4RXFA 4Z1BA 4ORIA 4K38A 1KFLA 3IRDA 3CIXA 3EWXA 2C0AA 4QJ1A 2VOMA 3STCA 3UWZA 3LDVA 2Z1BA 3OBKA 4K7YA 2C6QA 3LV5A 2WOQA 2ZTKA 2IQTA 3B4UA 2Y61A 3G22A 2E6YA 3WJYA 2YW4A 4FF7A 4Y96A 3LBCA 3Q37A 5AHMA 3S1VA 5KZEA 2ZRWA 1C8VA 4C1KA 5K7JA 3W7NA 3O15A 1F7BA 1NF0A 1H51A 1OFPA 2QAPA 3C61A 1V5XA 2QCCA 1ZJIA 4XWUA 1DHPA 1EPXA 1VYRA 4CNOA 4M6VA 1R2RA 5AC7A 1FCQA 4KKXA 1DVJA 1H7OA 2DP3A 4HN4A 5K4ZA 3B8DA 2ABAA 3S5YA 2VEKA 3THAA 1TQJA 2H8XA 2WNNA 3SGUA 1SW3A 3P74A 2QJIA 4G1KA 3LHZA 3KXQA 5KZMA 3M5YA 3LB0A 3NQFA 4IMGA 4ZMGA 4GNJA 4UXDA 3SY5A 5EBUA 4KFOA 4NNCA 3C8FA 3QPYA 2KZHA 4O0ZA 2H3DA 1K8YA 4GBUA 2ATSA 2X2GA 2Z6IA 4JTHA 4JTIA 3G18A 5F2MA 2HSAA 5MHBA 1X8FA 1H1ZA 3EXSA 4JTEA 3TAKA 3KHJA 4MPQA 3VFLA 3W7MA 2OCZA 4ZQRA 5K9DA 3W71A 3SECA 1KM5A 4LV9A 1LOLA 3QSRA 3TH6A 1IXOA 3W7RA 3G1HA 4O8RA 2Y7DA 3O8AA 1RR2A 1TRIA 1MEWA 3P80A 4RXGA 2ABBA 1AL7A 3KOFA 3W1NA 4RCXA 3QM3A 4PCFA 3TROA 4N02A 4S1FA 1A5SA 3PC0A 3W2UA 3P62A 4M5PA 3W3OA 4CCEA 2X30A 1ADOA 4JTKA 2YSWA 3GNDA 4K39A 1GPWA 2ZZ7A 1BWLA 3GIYA 1TPB1 2OT1A 3A5VA 3PWAA 1F6KA 4UNKA 2DZVA 1W5PA 1LRTA 1LRQA 2VEPA 3ANYA 3H53A 1I2QA 1W3IA 1LP6A 3W76A 4A2RA 3MP5A 3RU6A 1GEQA 2CZ5A 1TTJA 1W3NA 3NDOA 5HULA 3W1TA 4MYXA 4JYEA 3V1PA 3C2OA 3JR2A 1ICQA 3N9RA 1WV2A 2OX1A 3MWAA 1H61A 2GQ9A 3WJZA 1P5BA 5E93A 3GR8A 1MO0A 1DOSA 3TSBA 3GB6A 2Y88A 1VLIA 3LTSA 4NJHA 3MHFA 3STGA 3LXBA 2W0UA 4TU1A 5EL1A 1MXSA 4WD0A 4HPXA 3W23A 2VEIA 5DCBA 3P8JA 4GJ1A 3S1XA 1KFJA 4QSHA 1W56A 2C1HA 3NQ6A 4ZZ9A 3UNDA 3A21A 2GVJA 4RV8A 3QEZA 2V2HA 3W72A 4LWWA 1TQXA 3M6YA 4FNQA 3NYZA 3I68A 2XN0A 3TFXA 1EP3A 2WNQA 5DLCA 4UNLA 2X1RA 2YW3A 1WDWA 5AC6A 1XDLA 1SW0A 5CGQA 1QR7A 4UFHA 2C3ZA 3TQVA 2CU0A 3WK3A 5C55A 4Q32A 5CZSA 3YPIA 5FI8A 3C52A 4E38A 3BLFA 2VC6A 3B03A 5G2HA 2JKPA 1TJRA 4UFMA 5BOOA 2FDSA 2ZRVA 3W7GA 3P81A 1YDOA 2A7NA 1FWSA 3N9SA 2CW6A 5DY2A 1KM3A 2Y7GA 1R2SA 4UTIA 1SUXA 5DBUA 3TAOA 3W7EA 2JKEA 2ZRXA 4BI5A 1I2RA 4FXSA 2BZNA 1KV5A 1LOSA 1FXQA 2YCEA 1QDSA 2NUYA 4PODA 3IVTA 4NNAA 3TCEA 2YYTA 5LGXA 3OVRA 3NQGA 3SZ8A 1XUZA 2CFFA 4FNPA 4XQ6A 2CLOA 2ZA2A 4A21A 4X22A 4I9AA 1GVSA 5DY3A 3EEGA 2F84A 1QCWA 3STEA 3MJYA 3BO9A 2V5LA 4A3UA 3GDMA 4LUIA 1LBMA 1T8XA 3NL5A 1XCFA 4P61A 1GWJA 2DZUA 3HG5A 5EY5A 1TV8A 3NPUA 3N2XA 1OYAA 1QWGA 4E0CA 1N7KA 3B0PA 3GLCA 1TTIA 5HQEA 2YFOA 5F1VA 4Y9AA 1BKSA 3E96A 3S8HA 2DZSA 4LVBA 4UMCA 3N14A 1OFEA 3GAKA 3DKJA 1UBSA 1A5BA 1LLWA 3GNNA 2I9EA 4HNTA 1FQ0A 3GKFA 5CKSA 2FIQA 3TQ0A 3VNDA 3L21A 5G1YA 3GDTA 1AG1O 4MOZA 4XZ9A 4O1BA 2EPHA 1JCXA 3W07A 1F6PA 1WOBA 3W7KA 1EB3A 4MVAA 4I7VA 4JS3A 3P84A 1TPH1 3OHIA 4IX2A 2J9XA 4TMBA 3IV3A 1YTEA 3U6WA 5K4XA 3W1QA 2A1YA 4CCDA 1V7YA 3I7RA 1UASA 3EWUA 1C29A 4LU0A 3QC3A 4C1LA 5FEXA 1K03A 4O53A 3MI6A 4JYDA 4O11A 4Z0JA 4NU7A 4HKPA 4ICNA 4N2YA 4MZYA 4X9SA 4FHAA 2QCDA 2QCGA 3SR7A 2WV8A 2VFIA 2QUVA 3T44A 4A2SA 3W75A 4N9EA 5K2ZA 4IMCA 5HUOA 3PAJA 4PH6A 4UTHA 2GVLA 2JBMA 1O5KA 1KM1A 1SPQA 2B7QA 3HPXA 1S5WA 1W3TA 2QKFA 5HJLA 3ATZA 3DI1A 3N73A 2WQPA 4LS1A 1ICSA 2ZCGA 2VXNA 3UWYA 3KAOA 3V75A 3BVJA 1SO3A 2W79A 2JKAA 4DELA 1MSSA 4WX2A 4AWUA 5HWJA 3EWYA 1I2OA 4GXMA 4NJKA 3LCHA 3WK0A 3B0UX 1TJPA 1UUMA 1LDCA 4MFDA 3W2MA 3AO0A 4GUIA 3NL2A 4JTUA 1X1OA 1XXXA 3LHWA 4ORMA 3L0GA 2QCFA 1XC4A 1G6CA 4UTTC 4JDYA 4Y90A 4UCGA 1LTDA 3FKKA 1FDYA 2DJXA 1VYPX 3I6RA 1B57A 1OVDA 3OVPA 3BG5A 1SO4A 2C19A 3FEMA 4DO6A 2GPTA 5AB3A 3TC6A 4MFEA 5E0KA 1JQVA 2P1FA 3FFSA 3U2OA 2QDGA 4CNPA 3DFNA 2OT0A 3O1NA 3TJLA 2YX0A 3LGEA 2V2CA 3TSMA 3NO5A 3WFAA 4O54A 5TQLA 6TIMA 3C3NA 1YPIA 3EKZA 2ZZ1A 1KTNA 5D32A 1G7VA 3EWBX 5LZLA 4XKYB 3C4UA 3LLDA 4CLMA 5GVJA 1TV7A 3LBMA 2GQAA 5DCDA 3LHTA 5F4WA 3HQ1A 3O07A 1JRBA 1K02A 4I7WA 4LC6A 3TA6A 3GDRA 3JRKA 1X7FA 3FIGA 1AL8A 5K9XA 4IGHA 1JQXA 4JX5A 3FJ6A 1TREA 4CQAA 4O19A 3S5OA 1PCWA 4L4MA 1VCFA 3PUEA 2HS8A 1U83A 5CZ0A 4RZ6A 2BXVA 1VPXA 3LRKA 4WY0F 3P61A 2FPTA 2J6XA 4WY0A 4MUZA 4QIUA 5F4SA 5G2WA 3EXRA 5FEZA 1EX5A 4IPJA 1XUUA 3CWNA 1GG1A 5EKYA 3Q58A 3ABQA 4RKAA 1FCBA 4AF0B 4BI6A 4M19A 4UC5A 1KBIA 4PL1A 3GK0A 4DQWA 6ALDA 4FNRA 4HPJA 2R14A 4LRTA 3PUDA 2DZWA 3GXPA 4MZ1A 3M44A 2YXGA 5H91A 5D09A 1ME8A 1ZALA 4B5NA 1O4UA 2GJLA 4H3DA 1XBXA 3SI9A 5D2YA 1PS9A 3UPWA 3PULA 5F1UA 2FTPA 4MKNA 4WXZA 7TIMA 2C16A 2CZDA 1YPFA 1GVRA 3C0JA 3DHDA 2VFDA 3UWVA 3F03K 3UXAA 3R12A 3OIXA 1QPOA 2RHGA 4DBDA 2B7PA 5EMUA 4AH7A 4A22A 2EHHA 5EYWA 4LVFA 2ZZ6A 5C2XA 4GC4A 1WBJA 2YFNA 3BG3A 3TFCA 3TV8A 2Q3OA 1OFDA 3CIWA 1I45A 4LTSA 3BW3A 1KLYA 4IXHA 3P8IA 3NQEA 2DU2A 4Z1CA 3IIPA 3M43A 2VFHA 1OFQA 3ZWTA 4MZ8A 2DZPA 1VZWA 3NPWA 2WNZA 3C6CA 3RMJA 4NXSA 2B0MA 3C2FA 1BTMA 4OQVA 2G97A 5CZTA 2Y6ZA 1KM0A 4ZVJA 4JX6A 4LV4A 3NPVA 1JCLA 3RK8A 5U4NA 5DBTA 5KZDA 4JIPA 1ONRA 3TC7A 1OK4A 1ZNNA 4AEOA 4XBSA 3KVLA 3ZR4A 1ICPA 1FX6A 5D30A 2WSRA 3DENA 4UTMA 5HR6A 3NZRA 4MYAA 4JY9A 4TX9A 3QMSA 3WJXA 4L4LA 4O17A 4YXGA 3THQA 1LLZA 3HGJA 1E51A 4DEFA 1IXNA 3TW7A 3HJZA 4QQ3A 4PTNA 3GVGA 4NQ1A 3DFQA 4LVDA 3UWQA 1OX4B 3M16A 3O16A 1VLWA 3UD6A 2PRMA 1J4EA 3A9IA 3BGGA 3G0UA 4DXVA 2GUUA 3MP3A 4HSOA 1FDJA 1O5XA 4YCPA 2CLIA 4QISA 3OVQA 2E68A 2V81A 4IX0A 5G4EA 3GX9A 3P7YA 4IJBA 3TXVA 2ISWA 4ADSA 1G4PA 5D2TA 3HGSA 1W1ZA 1OX4A 5FESA 1G69A 1JCNA 4BWLC 5LNSA 2ZYFA 1LBFA 4AMAA 2PE4A 3EWZA 2GQ8A 4JXCA 1Q6QA 2R8WA 3LCWA 1TPC1 4HNUA 3AJXA 5AC8A 1NSJA 1OG0A 1TPVA 3S1WA 1FXPA 3IIZA 1X1ZA 4WZHA 4JN6A 4O1CA 3O6CA 3L9CA 1H7RA 2HS6A 1D3GA 1QNVA 1VHCA 3PG9A 2Z6JA 1QO2A 4LVGA 1XDMA 4JIQA 4KWWA 5I3IA 1H7WA 1HG3A 5AN7A 3L0KA 1PV8A 3LTPA 2ISVA 2OJPA 2A6LA 1F05A 1OX6A 3L5MA 4WOQA 3VI2A 4UTUA 2C18A 1YDNA 4JTFA 5AYZA 4Z0SA 4OV4A 1H62A 2XFWA 2JGQA 1QPNA 1DBTA 3WK1A 3TDFA 3G1VA 4QITA 3G1SA 3QYQA 4U28A 1I2PA 1DKWA 1Z48A 3L5AA 1S3HA 2C14A 1WOAA 5KSWA 3BPWA 5AYYA 1XKYA 3W88A 3W86A 1O94A 1A53A 3L5LA 3UPBA 4PFMA 1DQWA 1O60A 2AAMA 2CZFA 3W1XA 2GJNA 1WX0A 1H60A 3HBLA 1ALDA 2RDTA 1I2NA 1VYSX 3DHFA 4WUIA 2BLEA 3W1RA 3P60A 5HWMA 4FX6M 1YYAA 1LROA 3QH2A 2W6RA 2VENA 3NQVA 3SSJA 3TMQA 4UMBA 3LI0A 1TTPA 1W5OA 1XBVA 3CLMA 2V82A 2O7QA 1H5YA 3Q94A 3TSDA 1XI3A 3LRMA 3TKFA 2PRHA 3CC1A 3TK7A 3NQAA 3W6YA 2H3BA 5DELA 2QUUA 5TIMA 4FXRA 3L2IA 4Q33A 4BF9A 2J88A 5LHEA 4UR8A 1X6UA 1P0NA 2A2IA 3F1QA 3RFAA 3S42A 3LCGA 1L6SA 4EWND 4KFNA 2BWGA 4M6QA 3MYPA 1GVOA 2ALDA 2XN2A 5HWNA 5HMSA 2OMAA 1HO4A 3DH7A 4JTJA 1XFBA 4S2BA 1HL2A 1T96A 4OV9A 1YADA 3R89A 1H63A 1PL9A 4DF1A 1K3UA 4E2DA 4GUFA 1Z44A 5CPMA 2NX3A 3PR2A 2QJGA 2EAWA 2H6RA 1OK6A 3UZ5A 3NG3A 3KFTA 3MYOA 4BR1A 4DPQA 4O10A 2NUWA 3K30A 1QOQA 5AFDA 1ZAJA 1YTKA 3PBUA 4AHPA 5F2GA 2FQIA 4M7TA 2NX1A 3QQ0A 4GRSA 1JCYA 1GJPA 3G3DA 1P0KA 2BX7A 4IPIA 3LCXA 1R2TA 5BW6A 5AHFA 3M9YA 1TMHA 2Q3RA 3W2NA 3R13A 4PL2A 1JJKA 1KV8A 3FYPA 4N9CA 4WJEA 3W1PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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