1FDZA

N-acetylneuraminate lyase in complex with pyruvate via borohydride reduction
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
NLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEGKGKIKLIAHVGCVTTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGVFRGLKTVLHYMDVVSVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
publication title Structure and mechanism of a sub-family of enzymes related to N-acetylneuraminate lyase.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 110
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 1996-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1fdzA00
3EKZA 1R2RA 4Y6GA 3W7NA 1JQVA 1LOSA 4FHAA 1E51A 1FCBA 3P81A 1VR6A 4P2VA 4LRSA 3T55A 1BTMA 3O63A 1K03A 3MHFA 5DELA 3STGA 4Y90A 3W7QA 2NX1A 3O07A 5FESA 4PL1A 5K9DA 1BWLA 3TA6A 2ZZ5A 3N2MA 4GBUA 3LHWA 2HTMA 4NJHA 4FEZA 3GXNA 3LRKA 4UTUA 4IJBA 3LV6A 5CSRA 1F6PA 1O5XA 3TDFA 2RDUA 1G4SA 1KFKA 5DBUA 4UFLA 4OWGA 1T8XA 1K8ZA 1TJRA 4DBDA 5EPDA 2G96A 4XBKA 3HB9A 1OFEA 3PVFA 3CM4A 1TIMA 4RZ4A 1GVOA 1ME8A 4O19A 2DZSA 4JTHA 3M41A 2G5WA 2P0OA 3RK8A 3W7MA 2EGZA 1XFBA 3PC0A 5ABTA 5EYWA 5CZSA 2GUUA 2TSYA 3PB0A 3W1UA 4IMEA 3HPSA 1B9BA 4FO4A 3KFTA 1Q6QA 3N34A 4H6KA 3BK0A 5D09A 3TW7A 3LCGA 1O60A 2CU0A 3H54A 3KAOA 2C6QA 3HMJG 2Q3RA 4GWEA 4UFJA 3E02A 1P4CA 3QEZA 3IEBA 1VQTA 1UUOA 3E49A 3HJZA 4O12A 3JR2A 4RLIA 3R8RA 3B0UX 2A6NA 4EVZA 3E0IA 2VFHA 4OV4A 1DHPA 2EAWA 3EWBX 3M7WA 1WV2A 3PF3A 3W1TA 3HF3A 3W1QA 4JTJA 2FPVA 2RDTA 2OCZA 4M7TA 3IVTA 3STEA 2QCDA 1QAPA 1YDVA 3M1ZA 4FIQA 4LTSA 4M19A 3G0SA 1R46A 3EX2A 2FIQA 1EA0A 4DEFA 4ALDA 4OHQA 3M43A 1W3TA 4FX7A 3LRMA 2J88A 1W5NA 1F73A 1N8FA 3AO0A 3R5EA 2PCQA 1HL2A 2ZRUA 4X9SA 1TO3A 1FUYA 1QWGA 5AB3A 4M6QA 3LCWA 3P7YA 3NQEA 3R2GA 1S3HA 3GYEA 2QUTA 4RKAA 4JS3A 1RV8A 5U4NA 3S42A 3CB8A 3VKJA 1H7PA 2W6RA 4PFMA 3PUEA 3VNDA 3QZEA 5EKYA 3WK2A 2TRSA 3E96A 3VFLA 1WAUA 1L2UA 1H7OA 4MIMA 1TB3A 3WJZA 4YCPA 4UFMA 1I2RA 4KFPA 2NV2A 3B4UA 1FX6A 3Q94A 4UFHA 1K8XA 3W70A 5AC8A 1G4PA 1GWJA 1A50A 1B57A 3RF9A 2Y62A 1W8SA 1DORA 1GPWA 5KMYA 4UFIA 2QAFA 2BX7A 2GQAA 1WBJA 3CC1A 1LBLA 2QR6A 3TJLA 5AHNA 3M5YA 4JR5A 1D3GA 3CWNA 1SSDA 4O18A 4HIBA 3HQ1A 1OG0A 1SW0A 5G4EA 3PSWA 1G7VA 1NAL1 1KTNA 3ABQA 5EMUA 2Y85A 4G1KA 2Y61A 3BW3A 2NZLA 4PCFA 5D33A 4RK8A 5I3GA 2ZRWA 4S1FA 2ZA1A 4O1DA 5LHFA 4JY9A 4KKXA 1W54A 2YPIA 4O11A 2J9XA 2Z2UA 1OYCA 2DZWA 3M5XA 3M0ZA 4WOZA 4JIPA 5L6UA 2CLKA 5CZJA 1QO2A 3W1RA 1L6WA 3GDTA 1LLWA 2DZTA 4TR9A 3S8HA 1F5ZA 3STCA 4JTIA 1N7KA 3CPRA 1W3IA 1WA3A 4GXMA 3LGEA 1ZJIA 3DFNA 3TMQA 1JCMP 1AL8A 2RKXA 4AXKA 1LP6A 3NL2A 1TPB1 3CWOX 3KVKA 4MY8A 5BMWA 1DOSA 4TMCA 5G2WA 1GVQA 4DXVA 3KVLA 2ZTKA 5F4WA 1OK4A 3C0JA 3EWZA 5K3VA 5BMXA 4ZL1A 4TIMA 2O7SA 4IMDA 2NLIA 3JS3A 3ABRA 3W84A 1KM5A 3TFCA 2ZA2A 5DCDA 1FDZA 1ZHAA 3TSDA 3W1PA 2A7NA 1RQHA 1R30A 3DKLA 3B04A 4HKPA 4QISA 4ZZ9A 1R2TA 2GVGA 4LVFA 1K7EA 4KWWA 4NT0A 1WX0A 3QMRA 3VCRA 4TMBA 1KM3A 1F7BA 5D2TA 2FTPA 4LW7A 1IXNA 2QJGA 2YFNA 3G1HA 4O13A 4WXYA 3INPA 2OT0A 5GVJA 5BW6A 3SSJA 4NJJA 4IQLA 1QOPA 3G22A 5FF7A 1XBZA 2ZQ0A 5EBUA 2Z1BA 3S5YA 3S9YA 4IWWA 3QMSA 3NPWA 1EWEA 3W7GA 1LRNA 3NO5A 3W72A 5HWMA 5T26A 4ZQRA 4ORIA 3NQ8A 3W2KA 3TAKA 3L65A 3BO9A 2VFGA 2O7QA 2DP3A 2X30A 3U8GA 2VKZG 1H1ZA 3EB2A 4OV9A 2PE4A 1DV7A 5A5WA 5G5IA 1UUMA 4QITA 4S2CA 5CPLA 3P60A 3A5FA 3MP5A 4MVAA 3W2MA 4FNTA 3W22A 2WSYA 1OK6A 1L9WA 1GVSA 4FNRA 3MW7A 3YPIA 5AHEA 4AHQA 3L68A 4NX0A 4JN6A 1VYPX 2EKCA 5G2HA 1ADOA 2DU2A 4R33A 2VOMA 4LUIA 3UY8A 3SI9A 1TPWA 1RVGA 5CGQA 4UR8A 1TV7A 2YDAA 1GJPA 3MUXA 4ADSA 1G69A 4BFAA 2H6RA 1KV5A 3DI1A 3P82A 3NM3A 2I14A 1ZAJA 1ONRA 4NNBA 3O8AA 1SZNA 5F2LA 4OBTA 3ZWSA 4Y8FA 2CWNA 2YXGA 2VC6A 1KA9F 1LOQA 3TSBA 3TFXA 4NVTA 1IXQA 3WK0A 1JRCA 4K8HA 5CZTA 3CT7A 1A5CA 4Y96A 1TREA 3OVQA 4RCXA 3Q2DA 1JCLA 1R2SA 3EX1A 1ZENA 4QSHA 3N14A 2ZA3A 1EX5A 4K39A 4LOCA 4EF8A 4GUFA 4CNOA 3OBKA 2WNZA 1ICQA 5IBXA 5L9FA 2VFEA 2B7PA 3MI6A 3GDMA 4HPJA 2BSLA 1KM2A 4PA8A 3M16A 4M6PA 1B4EA 3P8IA 1KTBA 4JTFA 4AHPA 1GQNA 1ZAHA 5AC7A 3PG8A 2J9YA 4C1LA 4EIVA 4DF0A 4E0CA 4FNQA 4K38A 2TMDA 1DQXA 3UZ5A 4EWND 2B4GA 4CNPA 1MEIA 2A1YA 3M9YA 1SZGA 1FWSA 3W7OA 4WQ6A 3UYCA 1K8YA 1GVRA 3WJWA 4A21A 1GTHA 3G1DA 1SR9A 2P1FA 4JX5A 3S6DA 1Y0EA 1R47A 4O57A 1YPIA 1FCVA 3W87A 4Z1DA 3NYZA 3EXSA 5CPMA 4O52A 1U83A 4LS0A 1FWWA 1JULA 4XZ9A 3NNTA 3SFKA 3C2RA 1A5AA 4ZQPA 3E12A 3GAKA 4WD0A 1BWKA 1SO6A 3GDRA 4JNMA 4IOTA 5G1YA 2E5DA 1X1ZA 1OFOA 2QKFA 2ZTJA 4JICA 2Z6JA 4IXHA 3TX9A 1VYSX 5DBTA 3HG3A 1OFBA 4N02A 1D9EA 3Q58A 1OYBA 1O4UA 2X1TA 4MKNA 4Z0JA 4IX2A 5F2GA 1EP3A 3KVMA 4UR7A 3V75A 1EP2A 1JUEA 3OEXA 4JTLA 4JXCA 2ALDA 3LHUA 2E6YA 1FDYA 2QJHA 4AVFA 2C3ZA 3SGZA 1DKWA 3QW4B 3KRSA 1UBSA 3I68A 3EX6A 4FX6M 3W75A 1EB3A 2ZBTA 3ANYA 3R12A 4CCCA 1J2WA 2E6FA 3QSTA 2ZFAA 3LXAA 5D05A 2GJNA 2RFGA 3EWUA 4DELA 1QMLA 3OA3A 1UASA 1QPOA 1OVDA 2WNQA 3LBCA 4TU1A 3G1SA 4MY1A 1GG0A 2I9EA 1FQ0A 3N19B 3T44A 1ZAIA 3BV4A 4UNKA 4JDBA 2FJKA 4HSNA 4O1BA 5HUOA 2LLEA 2QCCA 3M5VA 3UWUA 5G1TA 1EEPA 3ELFA 4D2JA 4GE8A 5H91A 5FEXA 3G1AA 3TIMA 4O54A 3H55A 2FFCA 1XBXA 3TW6A 1TSIA 2OX1A 2ZZ7A 3GB6A 1LYXA 4TX9A 2ISSA 3O6CA 3MP4A 4Z1AA 4JD4A 3QC3A 2FPTA 1KLYA 2J24A 5K9CA 1VLWA 4UXDA 1D3HA 1O5KA 3O06A 2XFWA 1F05A 5CSSA 3N2XA 4ZVJA 3S5NA 5IBXC 4UTLA 1TPVA 3W7RA 4BI7A 1S5WA 1OF6A 4ADTA 1J4EA 4DQWA 3PULA 3HGJA 4IUOA 2PC4A 4LVDA 2H8XA 4HPXA 4ZQOA 2VEKA 3IIXA 3B0PA 1JCXA 2GQ8A 4LS2A 4O10A 4A2SA 1AW2A 1O95A 1G4TA 2E09A 3NQCA 3NZRA 3HGRA 3G0XA 5G4WA 1YTKA 3LI1A 2FB3A 1YDNA 3L66A 4HN4A 4WY0F 4NNAA 4NXSA 4N9CA 4Q32A 5LZLA 1FWRA 3GDLA 3LLFA 2YR1A 4RXFA 4YWIA 2E6AA 1MZHA 3NQMA 1FCQA 4GC4A 4MYAA 2V5LA 3LTSA 2VEMA 2RH9A 3NL3A 2QAPA 5LNVA 2GVLA 4DPPA 2FB2A 1B4KA 3P80A 3C61A 3HOJA 1OFAA 4MLJA 2QUUA 5D2XA 4WOQA 3KX6A 3RLUA 3EWXA 3ATYA 3NR0A 2ISWA 1VGAA 4CCEA 4AWTA 4E38A 5KTLA 2A2IA 4NUWA 3S1VA 3NDOA 1KFCA 5TBOA 1H5YA 3DFPA 3TNOA 2R91A 5HWJA 3CIXA 3DI0A 2C19A 3TQVA 2AQWA 4BF9A 1SO3A 2C1HA 2Q8ZA 1FCUA 3PWAA 3A24A 3B0VC 2DORA 3DFQA 4EF9A 1KFEA 3F4NA 4KWVA 3L21A 1QPRA 3ABSA 4RJEA 3S5OA 3SR7A 1QO5A 3NQGA 2DJXA 4AEOA 5D02A 3THQA 1HUVA 4AB4A 1DBTA 3W9ZA 4KFNA 3S5ZA 3KVJA 4POCA 3NQFA 5HMSA 3HIJA 2YCEA 3L0GA 5IM51 1OX6A 3MYPA 4A29A 3NQ7A 3PUOA 3TCEA 4DPQA 4EOUA 5EA9A 1VH7A 3DFTA 1JCYA 4UMCA 1Z42A 3S0CA 3KRZA 5EL1A 2A85A 1PV8A 3WJSA 1OF8A 4GNJA 4N9BA 3C4UA 2DZPA 3BG9A 2V9DA 3ZWTA 1H7XA 2ABBA 2CLMA 1HO4A 2QEZA 1P0KA 3CU2A 1SFLA 1TPH1 3FJ6A 3N9SA 4RV8A 2R94A 4QNWA 4UMBA 3DZ1A 1JUKA 2EF9A 1GOXA 2CW6A 4N6FA 5AHIA 1AW1A 3LTYA 4WJEA 3NVTA 2Z0IA 4I7UA 2NUXA 3L5MA 2WKJA 5LGXA 4TO8A 3MYOA 1XC4A 3JRKA 1JQXA 4R7JA 3LV5A 2JKAA 3FYOA 3P67A 3UXDA 5FF0A 3WK3A 1Z44A 5LNSA 4FNSA 3DENA 1UB3A 4JGDA 1H62A 4WY0B 2X1SA 1KFBA 1QNVA 3DXIA 4QNEA 3IIOA 4BWLA 1XDMA 5AYZA 3FS2A 4BR1A 4LC8A 2B7NA 5CPNA 4X2RA 2BWGA 4M7SA 2QCFA 1QPNA 3M5ZA 3P84A 4IMFA 1OFRA 5DY3A 1Q6OA 1C9DA 3BLFA 5K2ZA 2VELA 2CLFA 2WNNA 3EX3A 3W73A 2DZUA 2NWSA 3W85A 1F2JA 1W1ZA 3B8DA 1W5OA 4GUJA 3W7KA 1GT8A 4AWSA 4AWUA 3M47A 4JTSA 3VI2A 3K30A 4JEQA 4LS1A 4O15A 3QRHA 4QQ3A 1XBVA 3QH2A 1ML1A 1YXYA 3PSVA 1SSGA 3W7JA 1G4EA 3WFAA 5HR7A 4FB7A 2QJIA 4CQ9A 1RR2A 3EEGA 5DLCA 5AOUA 1L6SA 3B05A 3N3MA 1I2QA 3NL6A 4LUJA 1H63A 3WJXA 3H53A 4MJZA 3STFA 4O1AA 1LRQA 2Q3OA 1PHWA 1K7XA 5BNKA 3VE9A 3O16A 3BGGA 4YMZA 1W5QA 2A5HA 2GJLA 4LNYA 4MFDA 3O6YX 4UTIA 3W83A 1TPUA 1KM0A 4JTEA 1YXCA 1DVJA 3UNDA 3NA8A 4JY8A 4PL2A 2X2GA 3T4CA 1RZMA 1G7UA 3QW3A 4MLRA 3FIGA 3LCXA 5F1VA 4DBEA 4MOZA 2ZZ6A 3C2VA 4K7YA 1WOBA 4HHPA 3QQ1A 2X1RA 5D2WA 3W1LA 2VXNA 5DN1A 4O17A 3MI2A 3DBPA 4DO5A 1S5TA 2J27A 5I3JA 3UQNA 3BLIA 1AL7A 3W1NA 2E5CA 3SJ3A 1IXOA 4Z1CA 4MZYA 3NAVA 1WBHA 5LNUA 5HWNA 4LY8A 4O16A 4JTGA 3G3MA 2UV8G 4GUHA 1PS9A 2DZVA 4B5NA 1RPXA 3GX9A 3R89A 3WK1A 2X1UA 2GQ9A 1H1YA 2CLLA 1VLIA 2V30A 4MY9A 1H60A 2ZZ2A 3MBDA 4O14A 1QFEA 1PIIA 5E93A 2V2CA 1FBAA 3G0UA 5F1UA 1ZCOA 3HG4A 4N4QA 1WOAA 3W7HA 1THFD 1SU5A 3IIZA 3F4WA 4ICNA 1KM6A 5BRBA 3O15A 3ZFHA 1JR1A 3MMTA 3RLVA 4UC5A 5LNWA 2WQPA 4UTTA 5H2ZA 3IIVA 4PTNA 2NX3A 2R14A 1KM1A 3RNDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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