The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
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| publication title |
Functional insights from the structure of the 30S ribosomal subunit and its interactions with antibiotics
pubmed doi rcsb |
| total genus |
29
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-08-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5LMN K; 3OTO K; 1HNX K; 4JI3 K; 4DV5 K; 4AQY K; 4DV2 K; 4YHH K; 1HNZ K; 2ZM6 K; 1IBL K; 1XMQ K; 4NXN K; 5AJ3 K; 4V19 S; 5A2Q O; 4DV0 K; 4OX9 K; 4B3R K; 4K0K K; 4LFB K; 5LMU K; 4DV7 K; 1XNR K; 3T1H K; 4B3S K; 4JI2 K; 4DR4 K; 2VQE K; 4LF5 K; 1FJG K; 4YY3 K; 5BR8 K; 2UXC K; 2UU9 K; 4DV3 K; 2UXB K; 2VQF K; 2HHH K; 4JI6 K; 4NXM K; 2UUB K; 4DV1 K; 4LFC K; 4B3T K; 1N34 K; 1IBM K; 4GKJ K; 4JI4 K; 1XMO K; 2UXD K; 4LF7 K; 4LF8 K; 4DR7 K; 4LFA K; 4LF4 K; 4DR3 K; 1HR0 K; 4JYA K; 3J7A P; 1IBK K; 3J7Y P; 3T1Y K; 4JI8 K; 4JI0 K; 2UUA K; 4JI5 K; 1N32 K; 4JI1 K; 4CW7 B; 4LF6 K; 1J5E K; 1HNW K; 4JV5 K; 4X62 K; 1XNQ K; 4DR6 K; 3J80 O; 1I94 K; 4DUY K; 1N36 K; 4KHP K; 5IT9 O; 4DV4 K; 1N33 K; 4DUZ K; 3JAM O; 4DR1 K; 4X66 K; 4LF9 K; 3J81 O; 4X64 K; 2F4V K; 4JI7 K; 4GKK K; 5FLX O; 5LL6 Z; 4CVN E; 5IWA K; 4DR5 K; 4DV6 K; 4DR2 K; 2UUC K; 4X65 K; 4B3M K; 2E5L K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3OTO K; 3MN5 A; 1XC9 A; 2GWJ A; 1O13 A; 5KGW A; 3OHR A; 1EWR A; 3RMD A; 4ISF A; 4ELV A; 2ZM6 K; 4O55 A; 4FJ9 A; 4V19 S; 1NGF A; 4FCY A; 1QQM A; 1TKD A; 4KHU A; 2ZGZ A; 4YDU C; 4K0K K; 1IV0 A; 3AO2 A; 1ZXO A; 5LMU K; 4IO9 L; 3HM8 A; 3I33 A; 4JI2 K; 3CC4 N; 1JLG A; 1WSI A; 4QOZ B; 2Q31 A; 2OZM A; 1Y64 A; 4QS8 A; 5GAE P; 3U4L A; 3QEX A; 5C42 A; 2UXB K; 3U3G A; 3RVC A; 1U47 A; 3HBT A; 5AQG A; 2E8A A; 4GY2 B; 4LSN A; 4B8A B; 4BR2 A; 2KQ2 A; 3U9Z A; 2EX3 A; 2G8K A; 4YOW A; 4IEE A; 2DTU A; 3A0I X; 4CHZ A; 4PUO A; 1VHX A; 1OVY A; 4H0V B; 3SBT A; 4CFC A; 1Q9X A; 1HQE A; 3QEP A; 2NRZ A; 1ZYQ A; 4CZE A; 2F9W A; 1EX4 A; 1UOC A; 3EL2 A; 4LSL A; 1Z6R A; 4FZX C; 1NWK A; 3O1W A; 2GV9 A; 5ELZ A; 3HRG A; 4CGG A; 3M8S A; 3EZ5 A; 3SV3 A; 4FJ8 A; 4KI6 A; 2HB5 A; 1D9F A; 4DSF A; 1ASV A; 2ETJ A; 5BR9 A; 3H3N O; 2G8V A; 3C7N A; 4CK3 A; 2QWQ A; 1IH7 A; 1VQM N; 1RDD A; 3O8M A; 3J80 O; 3KK2 A; 4PKI A; 4DHY A; 2YKM A; 3L2Q A; 1NGD A; 3NH1 A; 3SQ2 A; 1WSE A; 3M1F A; 3C6T A; 5IT9 O; 4JHD A; 4ZHR A; 1WAJ A; 4OJR A; 4BRL A; 1LAV A; 3VGL A; 3ZX0 A; 1T05 A; 5JS1 A; 3VQC A; 4CJ5 A; 3DXM B; 4A62 A; 3DWL A; 3HSC A; 5FDL A; 4Y1C A; 3CF5 L; 3KTQ A; 1BWF O; 1XWL A; 4JS4 A; 3EY1 A; 2YKN A; 3OYB A; 1QQC A; 3CG7 A; 4DR5 K; 4DV6 K; 4FWK A; 1S6Q A; 4H03 B; 4BRK A; 4IZ9 A; 2YNH A; 4PWD A; 3CJ7 A; 3AVI A; 3M6G A; 4KRE A; 4JD2 B; 3ALY A; 1QS4 A; 5AJ3 K; 3O9T A; 1HKG A; 3VQD A; 3SI6 A; 2P9N A; 1VQL N; 1WLJ A; 1YUW A; 4OX9 K; 2ZF5 O; 4OLA A; 3H6E A; 2E6M A; 4E1M A; 1EP4 A; 4HUG A; 3CFR A; 4FWP A; 4M41 A; 4BG8 A; 3C65 A; 2W6L A; 4CJL A; 3NHG A; 4DQR A; 1HNV A; 2IVP A; 1TUY A; 2BTF A; 2I7P A; 2CGJ A; 4FLY A; 3CJA A; 2NRW A; 3LAM A; 4J2B A; 4CGH A; 4HHT A; 1JLA A; 1ZBS A; 3RMB A; 4CGD A; 2V52 B; 3PX6 A; 1OH7 A; 3AV9 A; 3ZT0 A; 2NZT A; 1VK0 A; 4KAZ A; 3EN9 A; 3DLG A; 4FYD A; 3DJC A; 1JXB A; 3VA0 A; 2E88 A; 4LF8 K; 1NNE A; 2LSN A; 3MAQ A; 1T8E A; 1B92 A; 4M3W A; 3L3U A; 3ZET A; 1BIU A; 1CLQ A; 1X9W A; 4JI0 K; 3K59 A; 4BC3 A; 1BCM A; 1MWM A; 1IG8 A; 2Q2R A; 4CGF A; 5M1P A; 4FVU A; 3N4Q A; 1RTD A; 3DLB A; 4NCB A; 3CJ1 A; 4CEZ A; 2A41 A; 3LAK A; 5AZI B; 2OPS A; 3VQA A; 5AQU A; 2GUP A; 5EY4 A; 4F2S A; 4A59 A; 4CBX A; 2GUI A; 2FF3 B; 3THX B; 3MDQ A; 3HP6 A; 2O8C B; 1NM1 A; 2OTJ N; 3LL3 A; 4FLX A; 1XQS C; 1S1X A; 1TV6 A; 2CH6 A; 1JL2 A; 5EVZ A; 4FM0 A; 2RF2 A; 3AA3 A; 3ZSY A; 4BQL A; 4M7X A; 3WUH A; 3BZK A; 3SCX A; 4LD0 A; 4FJX A; 3CHW A; 5SWM A; 4B3R K; 2YJE A; 5J2P A; 3R9P A; 1SKR A; 1T44 A; 4NLC A; 1ZBI A; 2YNG A; 2Z1G A; 1GLJ O; 1QZ5 A; 4CHN A; 3AO4 A; 1NKE A; 4B8C A; 5HL7 L; 4KHS A; 3A5N C; 4Z4F A; 2D0C A; 3SUN A; 1FK9 A; 5KQD A; 3R6M A; 2P9S B; 1J9A A; 3KHY A; 1UWB A; 4O4G A; 1KVA A; 3RMA A; 1EO1 A; 4CZH A; 1L5U A; 3SK3 A; 4FJI A; 2P5G A; 3R3L A; 3LP1 A; 4BE2 A; 2KFZ A; 1NGH A; 4K8X A; 3LPU A; 2P51 A; 4E0D A; 4F3O A; 1Q18 A; 1C0F A; 1KFD A; 4W5O A; 3DXM A; 5AQX A; 3RTV A; 1YJW N; 3VGM A; 4LFA K; 1CZA N; 4YOY A; 3IG1 A; 4DTO A; 5E41 A; 3MEG A; 4CEO A; 3AVM A; 1KQS M; 3LPT A; 1ZBL A; 1BA1 A; 1DLO A; 3CJB A; 4O5F A; 4O8U A; 3J7Y P; 3VN5 A; 4CW7 B; 1TKX A; 4JD2 A; 5I42 A; 3E1Y A; 4CBW A; 1TL1 A; 3V1R A; 3ZSO A; 3VEO A; 3FZL A; 1QHT A; 3PSF A; 4OPH A; 3OYC A; 4CD3 A; 4XH4 A; 3W3D A; 1TYQ A; 4DFJ A; 3CC7 N; 1U48 A; 4CK1 A; 2E2O A; 3SAF A; 4Z0U A; 1U04 A; 4E89 A; 3F5T A; 3OS1 A; 1B9F A; 3OYH A; 3ZEU B; 4WYB A; 1RBU A; 2YI1 A; 1VQ5 N; 3LWM A; 3EYZ A; 4AF1 A; 4BRA A; 5KGX A; 1YXQ A; 3VOV A; 4MQ3 A; 3OBW A; 1N8R O; 3FLC O; 1WBB A; 1KSP A; 3O4Q A; 5GIN A; 4CEE A; 2JLE A; 3H08 A; 3J8A A; 3ID6 A; 2YCH A; 2YNI A; 2ZJR L; 3NGY A; 4Z4G A; 4HTU A; 2HHU A; 4BGB A; 3TTD A; 3QNN A; 1IG9 A; 4ZTJ A; 2VWB A; 1ILY A; 3M3Z A; 3L2V A; 4FSV A; 1ATR A; 2IAJ A; 3C0B A; 4L8R B; 1ATN A; 4OPK A; 3OYJ A; 4AH9 A; 4M3X A; 1VSJ A; 3K57 A; 4CD1 A; 4HCB A; 5E26 A; 1NGG A; 3ENO A; 3GBT A; 4ISG A; 3LAN A; 4DTR A; 3QEV A; 2FSJ A; 2B4J A; 5AZI A; 3LZJ A; 1HRH A; 5DK5 A; 3NF7 A; 4GV6 A; 2HW3 A; 1GLB G; 4I2Q A; 5D3G A; 2FC0 A; 2YJF A; 3A5L C; 4KHN A; 5F0X A; 4AHT A; 3THX A; 1SZ2 A; 1U6Z A; 4BAC A; 4FJ5 A; 2OCE A; 4DF4 A; 1WOQ A; 3KKS A; 3DRS A; 4MLE A; 4JI5 K; 1N32 K; 1HJR A; 5FRO A; 4Z4H A; 4DU4 A; 1HPM A; 2OPR A; 4JRP A; 4JV5 K; 4CK2 A; 3VEZ A; 2A6A A; 4H0O A; 1WNS A; 3K9K A; 4ID5 A; 1K8A O; 4O44 A; 2HOE A; 2HBJ A; 3VPZ A; 1Q86 O; 1NK5 A; 3BP8 A; 1EQY A; 3KLF A; 1N33 K; 4DUZ K; 2I5J A; 4BVP A; 4JKE A; 1HUX A; 4DG1 A; 2O8E B; 5AQR A; 4IDK A; 4X66 K; 5CR4 A; 2P9S A; 2FBY A; 3L6Q A; 4CZJ A; 5BRH A; 3WNH A; 5J2M A; 5FRM A; 3E9P A; 4B1V A; 3M5R A; 2P9I B; 5I9E B; 5M1Q A; 1KVB A; 1EKE A; 5LMN K; 4FJK A; 2Q97 A; 2BH1 A; 2D0P A; 1KVC A; 4DV2 K; 3AVC A; 1RT2 A; 3DM2 A; 5AQV A; 4RW9 A; 3KJV A; 3RRG A; 4QAG A; 2IVN A; 3T19 A; 4DQQ A; 4PHT X; 3C6H A; 3O9U A; 4RTF D; 4CZL A; 1BIS A; 4U67 L; 4BR0 A; 3KVG A; 3G6E N; 1OH5 A; 3P4I A; 5C10 A; 4KH5 A; 2PY5 A; 1LCU A; 2Z1J A; 3V9S A; 2O8B B; 2P9L B; 1GLL O; 3CFP A; 3RSE B; 2VG6 A; 3UKU B; 1BOT O; 1TAQ A; 4DTN A; 1RGI A; 2HHH K; 1J6Z A; 4K42 A; 1QZ6 A; 4I9L A; 3E66 A; 3L4Q A; 4I2P A; 4LFC K; 5GAD P; 2YV0 X; 4KKO A; 4OPA A; 2P9U B; 1NK6 A; 4CF0 A; 3C94 A; 4WQ5 C; 4JI4 K; 3B8A X; 2G8W A; 4E7K A; 3A8Y A; 2AP1 A; 3CCS N; 4K8Z A; 3KWG A; 2HBL A; 4O0J A; 4M3R A; 3ZEU A; 3ZT2 A; 3V9X A; 1YT3 A; 5AQN A; 3TTC A; 1VQP N; 1RBV A; 2QWL A; 3EO3 A; 3U6F A; 4DTJ A; 3I8B A; 1L3S A; 1T3V A; 1JLE A; 1NK0 A; 5AQM A; 1VQO N; 4KO0 A; 3MCP A; 2Q0U A; 3LM9 A; 2NRV A; 3R8E A; 1HNW K; 2HND A; 2GEL A; 3VES A; 4CIG A; 2DFE A; 2O4G A; 5JMV A; 4CIF A; 1BI4 B; 1VQ7 N; 2PYL A; 5C2F A; 5J2Q A; 1GOC A; 2D4W A; 1EET A; 5FPD A; 4KHP K; 2EWS A; 1LWC A; 2E4L A; 1NMD A; 1XHX A; 4YOR A; 4HUE A; 1W9H A; 2FXU A; 4B9V A; 5HRS A; 5BPM A; 3ZSQ A; 5JVG L; 1G99 A; 2G8H A; 1NMN A; 3Q7C A; 4GW6 A; 2FSN A; 2OAN A; 1HYS A; 1SL2 A; 2FBV A; 1YVU A; 4B9S A; 1HNX K; 4DV5 K; 1R0A A; 2BGG A; 5F2R A; 3WXJ A; 3I0R A; 4R5P A; 3HVT A; 4IBN A; 2NRT A; 5HRR A; 2QWP A; 3LP0 A; 3O80 A; 5BPN A; 4CJQ A; 3PX4 A; 2QK9 A; 1BQN A; 3TI0 A; 1LW0 A; 3VA3 A; 3K9J A; 4Y0W A; 5CHI A; 4A61 A; 4O8K A; 4ELU A; 1FJG K; 4E1J A; 4UQG A; 4JN4 A; 4H5N A; 3VQ9 A; 1JCE A; 3G0Z A; 5DM6 L; 3VQE A; 3OBY A; 2B5J A; 5KPZ A; 4IJA A; 1IKY A; 4EP5 A; 2H3G X; 4FM2 A; 4FWL A; 4DLG A; 3L8B A; 5DMR A; 3OYD A; 3HVR A; 1XMO K; 2KHO A; 1IKV A; 2O8E A; 3NFA A; 4DR7 K; 4GV9 A; 3KK1 A; 1SUQ A; 4GMJ B; 1VQ4 N; 3K2P A; 2NRR A; 4LF4 K; 4FOI A; 1HR0 K; 2VCP A; 3NGI A; 2P9I A; 2IVO A; 3KLE A; 3P1G A; 3T1Y K; 1XUP O; 4XIU A; 3PUF A; 2WOM A; 3ZSV A; 5HLF A; 4IFY A; 1ZBU A; 1MA9 B; 4H0P A; 4AHR A; 3SYZ A; 4DFK A; 3D45 A; 4IFV A; 3CIP A; 3CCL N; 2FF6 A; 3KLG A; 4J8F A; 4KHQ A; 3CD6 N; 3JYT A; 3MXI A; 1SS6 A; 4IO8 A; 2XY6 A; 4CED A; 4DQI A; 4H4M A; 4PKG A; 4K41 A; 4E7J A; 4DQP A; 3UIQ A; 1NBW A; 3RMC A; 5AZJ B; 2O8B A; 4FLV A; 2PBD A; 1EXQ A; 2P9L A; 3U3Y A; 3BF1 A; 1LWE A; 3RSE A; 3KK7 A; 3UKU A; 3HM9 A; 5HRN A; 3DLL L; 2O8D B; 1RDA A; 1GLD G; 1TGO A; 1A5V A; 1TAU A; 4IEI A; 2VGM A; 1C0M A; 3WEE B; 1WB9 A; 4EHU A; 3AA4 A; 3K58 A; 1WSH A; 2YNF A; 3VQ5 A; 4EFH A; 1T03 A; 2VG5 A; 2P9U A; 3CET A; 3VF4 A; 1VSH A; 3CYM A; 3VF2 A; 1JLC A; 2F9T A; 2YHY A; 3TWH A; 1XMQ K; 4AIL C; 1FXX A; 1YJN N; 4NXN K; 1CZ9 A; 2Y1I A; 3AVB A; 2A1S A; 3VQ6 A; 4DQS A; 2ITM A; 3OW2 M; 3V9U A; 4FOE A; 3LWL A; 3UB5 A; 4TSX A; 3NDK A; 3AAP A; 3I55 N; 4QS9 A; 3QO9 A; 4PQU A; 4KHW A; 4AHC A; 2Q36 A; 3ULD A; 3OVN A; 4FLT A; 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1BIZ A; 2ITG A; 3JS6 A; 3P39 A; 3NH2 A; 4DWI A; 3O9S A; 3OS0 A; 3HI0 A; 1JCF A; 2FBT A; 4EP4 A; 2W42 A; 3GL1 A; 1NOZ A; 4XEI A; 1VSM A; 4YFU A; 2EHG A; 3I0S A; 4BE0 A; 2ASP A; 4DR4 K; 3OS2 A; 1S1T A; 5AQJ A; 2X74 A; 3L2W A; 3MN9 A; 4DCH A; 3E9L A; 3GDQ A; 4JI6 K; 4JS5 A; 4I9Q A; 3IRX A; 3RR8 A; 4H0T B; 4KRF A; 3DRR A; 3LDP A; 1VSD A; 1IJJ A; 3THW B; 1WSF A; 4DSL A; 4DSI A; 3T7Z A; 3GG4 A; 5CZ2 A; 1YHQ N; 5AZJ A; 3NAE A; 5EX5 A; 5LJV A; 4N41 A; 3VEY A; 2A3Z A; 2O8D A; 4MLH A; 4AM7 A; 3M8R A; 3ENH A; 3S3N A; 1YIJ N; 4W5Q A; 4FZZ A; 3WEE A; 2X6N A; 4DFM A; 3U8X A; 4B1Z A; 3QML A; 2JGU A; 4BG9 A; 1SL0 A; 1RTI A; 3E01 A; 4C23 A; 3MWP A; 2ZJP L; 1NK9 A; 4N47 A; 2BDP A; 3O6W A; 3EE9 A; 4DTM A; 1S22 A; 1SV5 A; 4M63 C; 2WUS A; 5AQW A; 1N36 K; 2HBM A; 3CQY A; 3CC2 N; 4BDZ A; 4FPA A; 5C24 A; 4DSK A; 3VGK A; 1JKH A; 4NYN A; 1VSK A; 4CVN E; 3ZSX A; 5IWA K; 3F9M A; 2QKK A; 3TAR A; 1NGI A; 4Q5V A; 3VET A; 4J2D A; 2E1Z A; 2HHV A; 1SKW A; 1KRP A; 3HO1 A; 3ZT3 A; 3G25 A; 5KTQ A; 3TTF A; 3QET A; 4FLZ A; 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