The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYREIVEKLGLRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| publication title |
Structure of functionally activated small ribosomal subunit at 3.3 angstroms resolution.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
23
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-08-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4B3T O; 1N33 O; 1HR0 O; 4JI2 O; 2JRI A; 5H5N A; 4DV1 O; 3R66 A; 4DV3 O; 4X62 O; 1N34 O; 2HHH O; 4DV2 O; 4X65 O; 3OTO O; 1XNQ O; 1HNZ O; 4K0K O; 1KUQ A; 2N74 A; 4JI1 O; 2VQF O; 4LF6 O; 1FJG O; 4AQY O; 5BR8 O; 2DOS A; 1IBK O; 1N32 O; 4B3S O; 4LF9 O; 2Z0A A; 2UXD O; 4LFC O; 1R6T A; 2E5L O; 2UXB O; 1FKA O; 4LF7 O; 4JI5 O; 4KHP O; 4X66 O; 4JI8 O; 1XNR O; 5BY1 A; 4OX9 O; 4B3M O; 1XMO O; 4X64 O; 4DV0 O; 1XMQ O; 1AIL A; 4DR3 O; 2UUA O; 4LF8 O; 4YHH O; 4OPH A; 3SDL A; 1X59 A; 4NXN O; 1DK1 A; 2FKX A; 4NXM O; 1G1X B; 2VQE O; 2UXC O; 4YY3 O; 2ZM6 O; 5FLX N; 4DUY O; 1IBM O; 4JI6 O; 3J80 N; 2UU9 O; 4DV7 O; 4OPA A; 4JI3 O; 1N36 O; 2DJV A; 1F7Y A; 1IBL O; 4DV6 O; 4JI7 O; 2LW7 A; 5LMN O; 4B3R O; 4DR1 O; 4DR4 O; 4LFA O; 1A32 A; 4DUZ O; 2AGA A; 4GKJ O; 2F4V O; 1J5E O; 4DV4 O; 4DR5 O; 3M8A A; 4DR2 O; 4GKK O; 4LF4 O; 1AB3 A; 1XEQ A; 5BXZ A; 4JV5 O; 4JI0 O; 4DV5 O; 1FYJ A; 5IWA O; 5A2Q N; 4LFB O; 5IT9 N; 1I94 O; 3RT3 C; 4LF5 O; 1NS1 A; 2UUB O; 2UUC O; 4JI4 O; 4DR6 O; 4A5U B; 1D2D A; 4DR7 O; 3F5T A; 3T1H O; 3J7A U; 1YZB A; 3J81 N; 5LL6 Y; 3T1Y O; 3JAM N; 1HNX O; 1R1B A; 3O65 A; 4JYA O; 1HNW O; 2ZKO A; 5LMU O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ZR3 A; 1V55 B; 3HR0 A; 3N2G B; 3L74 H; 4BWA A; 2JS3 A; 2Q0A A; 4X1K A; 3ASO B; 4TUY B; 4Z1V A; 2L35 A; 3BFR A; 4FLV A; 3D36 C; 3TXS A; 1K97 A; 2X0L A; 3ZED A; 1R6K A; 2WA4 A; 1ZWI C; 5HFM A; 4PHZ A; 4JYB A; 4MTO A; 1Q7Y W; 1EFR G; 1PP9 H; 2OCC B; 4I50 B; 1V54 B; 4CS2 A; 1JX9 A; 2GDS A; 3OEH G; 5C8Y B; 3A0B Z; 2R70 A; 3OR6 C; 2EIJ C; 2HP8 A; 3K06 A; 4DV3 B; 4OPA A; 4O4H A; 3UT5 A; 3UCS C; 3T1C A; 4WFF A; 3ZHU A; 1W0J G; 4W4L A; 1NH2 B; 1TUB A; 5BR8 B; 3TK1 A; 3H1J H; 3RVY A; 4WFB V; 4FLY A; 2UXB B; 4ZBM A; 3P3P A; 1XL6 A; 4JI8 B; 1VQN V; 1ZL8 B; 5J2T B; 2OWO A; 1R3L C; 4O2B B; 4LWS B; 2P90 A; 4H33 A; 4DV0 B; 5JCO C; 3GB7 C; 2PYJ A; 3CCR V; 2QM8 A; 4CH6 A; 4G28 B; 1ZLZ A; 3HKB A; 1K3E A; 2DYS C; 3ASN B; 3IJ4 A; 5KHJ A; 1DF4 A; 1IBM B; 2OTL V; 3JCZ A; 3AG4 B; 3AG1 B; 3CSX A; 3O65 A; 4JI7 B; 4W4K A; 2ZQM A; 3OMA B; 4B3R B; 2QKS A; 5JQG A; 1RFY A; 4HNA A; 4B3T O; 1OCC B; 1UJW B; 3ABK B; 2YIB D; 5DM6 V; 4DR2 B; 1BSM A; 3K58 A; 3DTU B; 1M90 W; 3OUS A; 4X1Y A; 4CBC A; 2ZT9 B; 1BHB A; 2Y69 B; 4UXN A; 1XUQ A; 3B77 A; 4IGG A; 1EM1 A; 3ABU A; 3FFQ A; 1KP3 A; 4LF7 O; 3Q4H A; 3L70 H; 2Q7G A; 1XMO O; 1XMQ O; 4DR3 O; 3KCY A; 1K7D A; 4DK1 A; 2X6C A; 3E89 A; 4MW3 A; 4OPH A; 4EFE A; 4BR6 A; 4J9Y B; 3E22 B; 4I55 A; 3OMI B; 1EN6 A; 1B3Q A; 3W7S A; 3K5M A; 2OYQ A; 2QWN B; 3VQW A; 1EBO A; 3D3I A; 1DLB A; 5JVD B; 2KSD A; 3IGA C; 3OTF A; 3A2F A; 4P2Z A; 2YXL A; 5EBW C; 5H9C A; 4UCR A; 4KP4 A; 5EIB D; 1BL8 A; 1K9M W; 5LA6 B; 5GW7 A; 4LR3 A; 3JAK B; 3SPH A; 3S3X A; 3FX7 A; 2KKW A; 1MMM A; 5EBM C; 4U3J B; 2JJ2 G; 4TV9 B; 1N0N A; 5BMV B; 4NXM B; 1ZAU A; 1XIL A; 3RYF B; 3SPC A; 4O4L B; 4ZOL B; 1DTO A; 3HB3 B; 3KKY A; 3SYC A; 2GSM B; 1N8R W; 1W0K G; 1VQL V; 5LXT A; 1FAF A; 1GH6 A; 3CCE V; 1EN4 A; 5FNV B; 3JAL B; 5E79 Z; 3FB6 C; 1CP9 A; 4DV4 B; 1Y4M A; 2W0X A; 4DV3 O; 1HDJ A; 3H1H H; 5JJJ B; 3AK3 A; 1KUQ A; 1S0V A; 3OUF A; 5E1A C; 4D7T A; 5CA0 A; 3WFV A; 5BR8 O; 2DOS A; 4PEL A; 4RUE A; 5CA1 A; 3LNN A; 5LHG A; 1P84 F; 2UXB O; 4NYK A; 1M1K W; 1GM9 A; 4G2K A; 2YS8 A; 1PNK A; 4UUJ C; 1BS3 A; 4XBF A; 4DRX B; 4JI8 O; 5D5P A; 3ZMS A; 4AIL C; 3SYQ A; 2A0L A; 1AR5 A; 5KX5 B; 3OR7 C; 4DV0 O; 3OT7 A; 3T4D A; 1AR1 B; 4PD4 F; 2MW2 B; 3A0H Z; 4DW1 A; 2IH3 C; 1IBM O; 4PA9 A; 5LP6 B; 1K4D C; 2DN9 A; 2IH1 C; 4UFZ A; 3VQV A; 3JD3 A; 4JYY A; 1HNZ B; 2LW7 A; 4JI7 O; 2YIB A; 3CD6 V; 1DGS A; 4B3R O; 4LF6 B; 2RCV A; 2KG7 B; 2FTK A; 1OCR B; 1BQ0 A; 4UVC A; 2ADQ B; 1BE3 H; 5LOV A; 4U7N A; 3H1L H; 3JD4 A; 5H2F Z; 4FJC C; 4DR2 O; 2ADP A; 2ZE6 A; 1AB3 A; 2ZD9 A; 3CRM A; 4QIW F; 2LGW A; 3FB7 C; 4LH6 A; 2PZS A; 4O2A A; 5GON B; 5IJ9 A; 3SPJ A; 1RSO A; 1Y74 B; 4XDL A; 1XOU A; 4BW5 A; 2L6L A; 4KFM A; 4LF5 O; 1NS1 A; 2ZE8 A; 3B09 A; 3W7X A; 1TAE A; 1NR7 A; 2P67 A; 2BOC C; 5IYD O; 2HG5 C; 4F6E A; 4DV7 B; 2Q0O C; 1PL4 A; 2OT5 A; 1Y66 A; 4WCE V; 2LFS A; 1O9H A; 3RN4 A; 1VF6 A; 1SA0 A; 4DUZ B; 2WLI A; 4I0X A; 5IY5 B; 2RMK B; 3FYE B; 2QKC A; 4GKK B; 1M57 B; 2XT9 A; 3L73 H; 4H44 B; 2A9H A; 5IJ0 B; 4NR1 A; 5J2U A; 1M56 B; 1QR9 A; 3G6E V; 2BSK B; 1SKV A; 1OV9 A; 1K73 W; 1JOY A; 5LGU A; 4ZKI A; 3ZRX A; 1R3I C; 3N2G A; 4MT8 A; 4E2L A; 4X89 A; 4I9Q A; 4TUY A; 5KUK A; 2QWQ B; 1JJO A; 4NXM O; 3JCU Z; 1GN2 A; 1AJN A; 3CJH B; 1QBZ A; 2KB1 A; 4MVZ A; 3TXQ A; 4K0K B; 3RYI B; 4P9O A; 1RPO A; 4JI1 B; 3ZMV A; 1FJG B; 5B1A C; 1AI7 A; 2O57 A; 2ZXW C; 4DYL A; 1YDX A; 1VF6 C; 3MDS A; 1NJI W; 4I9W A; 1W2B U; 2VWK A; 4MTX A; 4IL6 Z; 2ZE7 A; 4DV4 O; 4I50 A; 4GZR B; 4BIU A; 3JAW B; 2EIK C; 4O4J B; 3ETE A; 5C8Y A; 1WNS A; 2ZNI A; 1I0H A; 1CXZ B; 2XAH A; 1WN7 A; 5EIB C; 1YCI A; 4UCS A; 3C90 A; 2W6J G; 5EYP B; 4BW9 A; 3DGE A; 1Q82 W; 2Y0I A; 4UB8 Z; 4NTW A; 4DO2 A; 1QLE B; 4IIJ A; 1IXB A; 3AEI A; 4JTC B; 4ZHQ B; 2EJR A; 2ODM A; 3K59 A; 1FXV A; 3VQX A; 1Z5W A; 1ZL8 A; 5J2T A; 4DR4 B; 3CCS V; 2ZIM A; 4LWS A; 1Y67 A; 2BCC H; 3B40 A; 1XRE A; 1L0L H; 2F4V B; 2E3C A; 1NR1 A; 1PPJ H; 1HNZ O; 5EK0 A; 2N74 A; 3CMA V; 3GWO A; 4JI0 B; 4LF6 O; 4DXW A; 3IFX A; 3D3Q A; 3L72 H; 4FM0 A; 3RW0 A; 4QE7 A; 1JA8 A; 5CN0 A; 2X6B A; 3K79 A; 1HP8 A; 1N0J A; 1QLN A; 5B3S B; 3DSQ A; 4RQE A; 2RJZ A; 4TV8 B; 1BQZ A; 1AIL A; 4JYA B; 4ZI7 B; 1HNW B; 1YSC A; 2QA4 V; 2K9P A; 3L75 H; 1HR0 B; 4JI2 B; 1G1X B; 5B1B B; 1H2M A; 1AJQ A; 5F2V O; 2JGU A; 4DV7 O; 3EFF K; 4CH5 A; 4PA4 A; 4E4E A; 3L71 H; 4DV2 B; 2P06 A; 5AG2 A; 2ETN A; 2AW9 A; 1VQ8 V; 3H1K H; 4MVQ A; 4UVA A; 1YTF B; 2GV9 A; 4DUZ O; 2R72 A; 3FB5 C; 3M7M X; 4MVS A; 2JJ1 G; 3SJQ C; 1SC5 B; 1URF A; 4X66 B; 4GKK O; 4TQF A; 4FZ1 A; 3RYH B; 4OX9 B; 4B3M B; 3ASN C; 5DEC A; 4GX5 A; 1NI8 A; 5IE9 A; 4MTF A; 3AG4 C; 1L1F A; 2HJD A; 4GX1 A; 5KMG B; 5JVD A; 2RQ6 A; 1IX9 A; 1G8M A; 3JAT B; 2DWE C; 2K1E A; 4JI6 B; 1OCC C; 1JPX A; 1QR8 A; 3J7A U; 3RYC B; 3N2K B; 1EN5 A; 3A0R A; 5LMN B; 5LA6 A; 4FLU A; 4AI8 A; 3JAK A; 3ZIA G; 1KC8 W; 2Y69 C; 4FFB B; 4YJ3 B; 4U3J A; 3WG7 B; 4TQD A; 4TV9 A; 5BMV A; 1VEW A; 3QG5 A; 4K0K O; 1VF5 B; 3DC6 A; 4JI1 O; 1FJG O; 2E76 B; 3UQ8 A; 1KKD A; 1Q6U A; 4ASU G; 1OJH A; 1KQS U; 4D6T H; 2YDE A; 3AG2 C; 2NLJ C; 2A06 H; 3QO5 A; 2MK3 A; 3CC7 V; 1FKA O; 1XNQ B; 4WFH A; 4DR7 B; 5FNV A; 3JAL A; 3T1H B; 5EZY A; 2WA3 A; 2EZP A; 1AP5 A; 1KD1 W; 1XI1 A; 3CPW U; 1X59 A; 3TCU A; 3OW2 U; 4EB6 B; 2IBZ H; 1I08 A; 2P4V A; 5LYJ B; 3EVK A; 2DJV A; 4GT1 A; 3QNE A; 3T4Z A; 4DRX A; 4DR4 O; 3HKE B; 3CME V; 1IBK B; 5C93 A; 2YI9 A; 5KX5 A; 2YXY A; 2E5L B; 3ZN1 A; 2F4V O; 5K1X A; 3P30 A; 2JGD B; 3MD0 A; 4JGS A; 5ITZ A; 1WB7 A; 4JI0 O; 1P4R A; 5CBF A; 1H2N A; 2EIM B; 1S76 D; 3ZN0 A; 4PA7 A; 4PV1 B; 3UM7 A; 2DQ3 A; 5IYB O; 2KG7 A; 2LP7 A; 2PI5 A; 3K03 A; 3L9D A; 5B5E Z; 2PI4 A; 1AJP A; 1QVG U; 4ZIB A; 4JYA O; 1HNW O; 4I4T B; 4BIO A; 3K04 A; 1HR0 O; 4JI2 O; 2F95 B; 3E2E A; 3W7W A; 1Y74 A; 2LJ2 A; 3U11 A; 1M93 A; 2DQ0 A; 3SGI A; 5JH7 A; 4DV2 O; 1JFF B; 1GMG A; 4X20 B; 2VWJ A; 1RM1 B; 1H8H G; 4R7C A; 3H1I H; 1NKD A; 4NKG B; 2UUC B; 4JI4 B; 3ZHS A; 4X66 O; 1XL4 A; 1VQM V; 2OIE A; 1AVM A; 2B9Z A; 3ABM C; 4YXW G; 4L8J A; 4OX9 O; 4B3M O; 1OHH G; 2F23 A; 1GN3 A; 3CX5 F; 2LFR A; 4LP8 A; 3K5N A; 5D5Q A; 1YTF D; 2Q73 A; 3H9V A; 4IYH A; 1GN6 A; 5IJ0 A; 4JAV A; 2FKX A; 3BAA A; 1HWY A; 1U97 A; 2AHY A; 3K3W A; 4JI6 O; 4CC6 A; 2NR5 A; 2QM4 A; 1FXK B; 2BSK A; 3TET A; 3CRC A; 2WLK A; 3LDD A; 5LMN O; 5B66 Z; 2QSA A; 4TT3 G; 1A32 A; 2EX3 A; 2H8P C; 4LFC B; 1XHX A; 1GO3 F; 2EIN B; 1KYO F; 2IJK A; 4KHP B; 2EIL C; 1IXM A; 2NN4 A; 1IZ3 A; 1IVS A; 1THZ A; 1AI5 A; 3CJH A; 1H2K A; 1KMI Z; 1GRJ A; 3EHB B; 3RYI A; 1VQ9 V; 3B2E E; 1GAX A; 2GUZ A; 4JTD B; 4YY3 B; 1BHA A; 1B04 A; 4DR7 O; 1CEZ A; 2AHZ A; 2QE7 G; 3T1H O; 4WF9 V; 1BGY H; 3E35 A; 2DYR B; 5LL6 Y; 4QE9 A; 1US6 A; 3JAW A; 3JAM N; 4O4J A; 1E79 G; 1VIB A; 3BAB A; 3FB8 C; 4LFA B; 5HFL A; 4I7Z B; 2FB5 A; 5L3C A; 5IYZ B; 1ROP A; 1SQG A; 4EKW A; 4LF4 B; 3AK2 A; 4J10 A; 1AI6 A; 3JAS B; 4ZHQ A; 3RGB A; 1L8D A; 1IBK O; 2E5L O; 4H13 B; 3CRA A; 1UFI A; 2YXH A; 2X6A A; 2YUA A; 1NU1 H; 1XDC A; 1GM7 A; 3T1Y B; 4K8X A; 1GN4 A; 4K8Z A; 1Q81 W; 2CK3 G; 1QHT A; 5CBH A; 1NTK H; 3LUT B; 4MSW C; 4QGP A; 1Q43 A; 2JDI G; 2DMX A; 4DV1 B; 4NTY A; 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3APO A; 2B1I A; 1GK9 A; 2VQF B; 4LFA O; 1OCO B; 5LHI A; 4UV8 A; 4PDR A; 5FPO A; 4UCT A; 2WSS G; 2EZO A; 1S77 D; 2OTJ V; 4QJF B; 1MOF A; 4RQF A; 2V1D A; 1KKC A; 4EFB A; 4EB6 A; 2QWP B; 4LF4 O; 4WFG A; 2OCH A; 1GTO A; 1XNR B; 4D7S A; 4PA3 A; 2QJ1 A; 2IM9 A; 3FD9 A; 2ZIO A; 5L3E A; 3UO2 A; 5A2Q N; 1QCE A; 3A8T A; 3LSU A; 2R9R B; 1NTM H; 3RT3 C; 3CC2 V; 3ETD A; 1JJ2 U; 2P6J A; 2R9I A; 3HKE A; 3X2Q B; 1D2D A; 5IDJ A; 2XAG A; 1MA1 A; 4UCU A; 1FXH A; 3T1Y O; 2WAM A; 3SR2 C; 2JGD A; 4B7E A; 3IC7 A; 2CE4 A; 2Q7H A; 4FZ0 A; 5JWP A; 1ENV A; 4LC1 A; 2GTA A; 1OCZ B; 1VQO V; 4GKJ B; 2QM7 A; 3TGU H; 1G6U A; 5B1N A; 4DV1 O; 2Q67 A; 2HHH O; 2Q4P A; 3K5O A; 1AR4 A; 1ZTE A; 4QPJ A; 4DK0 A; 2WLN A; 3TJT A; 1V55 C; 4QNH B; 1VQ5 V; 1NBM G; 4DV5 B; 4AQY O; 3JYC A; 3HKC B; 4B3S O; 4ICG A; 2UXD O; 2VS0 A; 1Q6H A; 3CCQ V; 3KZI Z; 4MVM A; 2IJJ A; 4O2B A; 4I4T A; 3ASO C; 5BY1 A; 4Z1M G; 4K35 A; 2RN9 A; 4X64 O; 2CH7 B; 1JFF A; 1SQF A; 2FML A; 4X20 A; 1ZX3 A; 2JS5 A; 1N33 B; 4F6R B; 1CPY A; 2ZDI A; 2CUG A; 3J80 N; 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