1FWT | Genus

Total Genus 91

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	263
structure length	263
Chain Sequence	EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Lyase
molecule keywords	2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
publication title	Substrate and metal complexes of 3-deoxy-D-manno-octulosonate-8-phosphate synthase from Aquifex aeolicus at 1.9-A resolution. Implications for the condensation mechanism. pubmed doi rcsb
source organism	Aquifex aeolicus
total genus	91
structure length	263
sequence length	263
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2000-09-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1fwtA00

3CPRA 5EPDA 3W71A 3W1XA 3QFEA 5KZEA 1YPFA 3W1UA 1QPNA 3TSDA 5K9DA 2FLIA 5K3VA 4LVFA 4UFHA 4AWSA 4AF0A 1N55A 3QPYA 1KFEA 3AJXA 4MYAA 2VEMA 1G4EA 3W76A 3MMTA 1M5WA 2VXNA 4O57A 5DBUA 3VE7A 1JCNA 1VR6A 3W1AA 4K37A 4FNUA 2Y85A 1P5BA 3EWXA 3MYOA 3LV5A 4K38A 4HIBA 1KM4A 4JTUA 4QISA 3SIZA 4K6AA 2FJKA 3LV6A 3B0PA 3DKJA 3WFAA 4Z0JA 3TUUA 4UMCA 1SZEA 1OG0A 3PAJA 3SGZA 3PBUA 5DBTA 1IF2A 5LKYA 3S6DA 3TR2A 3W75A 5LNSA 1ALDA 2B4GA 2QJHA 2QR6A 3EWBX 4TMBA 3BG5A 2YFOA 3TROA 1XC4A 3KVMA 2WNQA 3NZ1A 3W7LA 2VFEA 2VENA 4O1CA 4LUIA 3PC0A 3FIGA 4AEOA 4LC6A 3SZ8A 2JBMA 1WDWA 4UNKA 1Q6QA 1JULA 1I8JA 4NT0A 3NOEA 1O94A 1KLZA 1XCFA 5AFDA 3NPVA 3BO9A 4DELA 3BGJA 3NL5A 3NQDA 3IIXA 3W1RA 5I3JA 1K8XA 1QPOA 3P82A 1RQBA 4K7VA 3LM7A 4GXMA 2VELA 5LNUA 4O1BA 2BXVA 1ZAHA 2WSYA 1H61A 4IPJA 4PL1A 4RJEA 5DLCA 3ANYA 3IIVA 5D2TA 4UFMA 2ZZ5A 3W7DA 3QEZA 1FWSA 2A4AA 4N4QA 3BG3A 1T96A 3MWAA 3MHUA 4Y96A 2TPSA 2WPBA 4YWIA 4FNPA 1LM1A 2Y7DA 2NUWA 1WOAA 1SW3A 1DOSA 3GDRA 4OV9A 1F74A 1XBYA 2YX0A 4NZJA 3FYPA 1OFOA 1AL7A 3G1DA 2WV8A 3CQ0A 3TW6A 3W7GA 1PV8A 2A7NA 1NF7A 3EWUA 3O63A 2IQTA 5CZ0A 3W86A 4ONVA 3HMJG 1OFAA 1B9BA 1NSJA 5CSSA 1EA0A 1U83A 3NVTA 5AC8A 3TSMA 1U5JA 4FNSA 5AHMA 2WSQA 4RZ5A 4FX7A 5HUPA 3B03A 3NPUA 1PS9A 3PB2A 1P4CA 3MHGA 3W07A 3PG9A 3IGXA 1QO2A 3P8IA 1HFBA 4AXKA 3TX9A 2AAMA 3CM4A 4O50A 5K2ZA 3BV4A 4LS2A 3SR7A 3M16A 3ELFA 3NPXA 4GUHA 3W2UA 3CIWA 1EX5A 1WOBA 3EX3A 5BMXA 1X7FA 1QR7A 3LLFA 3TC6A 3TKFA 4RXFA 1SR9A 2E77A 1TPDA 3LBMA 3GDMA 1R2SA 1N7KA 3DFQA 4X2RA 4AHOA 2WJZA 5FF4A 2E09A 3QQ1A 4FIQA 5K7JA 3LHUA 4HSNA 1LZOA 2GVLA 3DFOA 1JQXA 2QCEA 4JY9A 3PBVA 3UXAA 3HJZA 1GWJA 2PRHA 4JX4A 3R89A 2OX1A 4E0CA 4E38A 1DKWA 2EAWA 4O14A 1GJPA 1EWDA 3I6RA 1FDZA 4N9BA 5HR7A 3QYQA 1D3HA 2ATSA 1D9EA 1EP2A 1TV7A 1AG1O 2C18A 4A21A 5G2HA 5GVJA 1IIGA 3S42A 4IQLA 5D38A 3W85A 1EWEA 2EPHA 2QJGA 3W84A 1TPH1 1W5MA 3NQ6A 5F2LA 4O52A 2VC6A 3C8FA 3TQKA 5D2VA 1Z48A 1TMHA 3C56A 3JS3A 5FEWA 4K36A 3WK3A 2O7SA 3NM3A 2QCNA 2X1RA 3ZWTA 5EKYA 2FB3A 4B5NA 3HPSA 3L9CA 1W1ZA 3EWYA 1ICQA 1QPQA 2QDHA 3CEUA 2Y7EA 3QMTA 5EBUA 1O5KA 3WJWA 4JXCA 3IGSA 3W1LA 1R2RA 5CSRA 3DI1A 5DELA 3G8EA 2H90A 3NL6A 1KW1A 4UFLA 4L4MA 3NZRA 2J88A 2DZWA 1WBJA 3WK0A 4LVDA 3PSVA 5BW6A 4MYXA 3PS7A 4EOUA 4FX6M 2P0OA 3CC1A 1M7OA 3QC3A 1KFLA 2ISSA 3PM6A 1L2UA 4O15A 1BKSA 3IEBA 3M0ZA 3Q94A 3SGUA 2ISWA 4A29A 2ZA1A 2XN0A 1OFRA 2CZEA 4JTHA 1AW1A 2CLOA 1SSGA 3Q2DA 3N3MA 1TIMA 3H55A 4GRSA 4JYDA 5FI8A 4RV8A 2ISVA 1OX4B 5AYXA 1KLYA 1YXYA 3CEPA 2GVJA 2H6RA 1VC4A 3V75A 1O60A 4PL2A 5AHIA 5LZLA 1A50A 3KRZA 1GTHA 5EMUA 3THAA 2QUUA 1FBAA 4M19A 2Y63A 3DBPA 4N2YA 1D3GA 4Z1BA 4BFAA 3C0JA 1H7PA 5BRBA 3LXCA 5CZTA 3RNDA 3W7QA 2ZRVA 4BF9A 3HG3A 1GTEA 5G2IA 4BWLA 3MHFA 3LCLA 3QSRA 2DZSA 3SW6A 5D05A 1A5AA 1O4UA 4JX6A 3LRMA 2BWGA 4WXYA 2OJPA 3RFAA 1K3UA 2QCFA 3W70A 1ML1A 4MZ8A 1R46A 2JK2A 3W7MA 3HB9A 3UPBA 2QUTA 4OT7A 3LXBA 4UMAA 1NAL1 1QFEA 5LGZA 2E1DA 3P74A 5DY3A 3W2LA 3S5NA 3W2NA 1XM3A 1PE1A 5D02A 1ZHAA 3UPWA 2X2GA 1W3TA 3NL3A 1PCWA 4N9EA 3LI0A 2J24A 3W7HA 3PF3A 4S2BA 3O16A 5FF3A 3HG4A 4O16A 1W8SA 4LVAA 2E6YA 1SPQA 2ZBTA 3NQ7A 1JRBA 3B04A 1W56A 1LRQA 4TU1A 4N9CA 1JRCA 3STCA 4M7SA 4PEKA 2CFFA 4R34A 5KTLA 1OK4A 1TJPA 4O4WA 4H6KA 4AHQA 3KRUA 4LV4A 1NEYA 3P80A 3G3DA 1FY6A 3TFCA 2DZXA 5CZSA 2QCHA 4UTLA 2NUXA 6ALDA 2I1OA 4FX8A 2VFDA 3O06A 2RDUA 1QWGA 4NJIA 1TREA 1Z44A 1C29A 4ZQMA 4G1KA 1W5PA 4CCDA 4OHQA 2J9YA 3C61A 2GQAA 3W2MA 4NJJA 3LHZA 5IM51 4YL2A 1GVOA 3LLDA 3EX2A 3MYPA 3ABQA 2FFCA 2TRSA 1AW5A 1G69A 3NDOA 1OYCA 3DFSA 2YDAA 4IMGA 1WA3A 1H60A 1OFEA 5I3FA 3N2XA 5F4WA 3BARA 2Y70A 1AL8A 3KX6A 4Q33A 3QPZA 4MY1A 3ABOA 3G0SA 3M1ZA 4OV4A 5ABTA 4MZ1A 1T8XA 3PBWA 2Z0IA 3OBKA 4RZ6A 1YTEA 5D2YA 1THFD 1W54A 1XBVA 3NEVA 3LRKA 2ZZ3A 2DZPA 3G1XA 2ABAA 1XKYA 3W22A 1KFKA 5AYYA 4AF0B 2FPTA 1KFCA 1Q6RA 2ZCGA 4TO8A 4EF9A 1CI1A 4GFSA 4UXDA 4UR8A 5FEXA 4JY8A 2XFWA 3U2OA 1JCMP 1KM3A 4IMCA 4TR9A 1S5TA 4ZQCA 2G95A 3LOTA 1IIHA 3LTPA 2QKFA 3C3NA 4HPJA 4UFKA 2G5WA 3ABSA 2FPVA 1UB3A 3QJAA 2WO5A 3CWOX 5AOUA 3LXAA 3BW4A 1OX6A 3LDVA 1JCYA 4DF2A 1WXJA 3A22A 4GUIA 3B0UX 3O07A 3W1QA 1BEUA 4Y8FA 3CWNA 4RKAA 1RZMA 2QCDA 1FUYA 3W2KA 3NQVA 3GNDA 5E1QA 4JIQA 2H3BA 3UXDA 1SZNA 3T7VA 2UV8G 1Y0EA 1KFJA 1RVGA 6TIMA 2B7QA 1R30A 4NJGA 2YCEA 4LS1A 1HTIA 2ZZ2A 5G4WA 2V5LA 2ZRZA 4FO4A 4P2VA 3HG2A 3HF3A 1TTJA 1GEQA 3YPIA 4A2RA 1ZENA 4WY0A 4CNPA 1EB3A 3NL2A 2C15A 1YXCA 3C2EA 5EA9A 1KV8A 3TXZA 4HNTA 1XFBA 1OHLA 3NNTA 4WZHA 4O17A 1PIIA 3W7OA 3RF9A 1ZALA 2CLFA 1QOQA 1TRDA 5KITA 5MHBA 3EXSA 4YCOA 2V82A 3JRKA 2YPIA 2R91A 3VNDA 4QIUA 2J27A 3G1YA 3INPA 4HNNA 4LU0A 4N4PA 2J9ZA 1G4SA 2FTPA 3LHWA 2PURA 4IMFA 4IWWA 3TAOA 1VLWA 5KZMA 2CZDA 1K7FA 2R94A 3M5ZA 4M7TA 1K8YA 1SZFA 1H7OA 3O6DA 2GQ9A 2GVGA 1DVJA 3B06A 1T0OA 1Q45A 1XUZA 5I3KA 5F4XA 1O5XA 2ZTJA 4PTNA 4NXKA 4O18A 1YPIA 2Y7GA 3PBYA 3O15A 1QMLA 4I9AA 2XN1A 1HL2A 1TQJA 3BW2A 4DXVA 4QSHA 5AN7A 1OVDA 3TU9A 3M47A 1DL3A 1UASA 4KWVA 5FF2A 3HQ1A 1LOLA 3IRDA 3GR7A 1AMKA 1JJKA 1MSSA 3B8DA 3O1NA 1BTMA 5FF7A 1GYNA 3STFA 3NQ8A 1R2TA 3MP4A 3S8HA 3DI0A 3GVGA 4QNWA 5H2ZA 3W7CA 1JUEA 3KXQA 3LRLA 3NQMA 3VKJA 3PUDA 1H7NA 1O95A 2V2HA 1KTCA 3UWYA 3BK0A 5G1YA 2PCQA 1L6WA 3ZR4A 1DJQA 3LCXA 3N9SA 5LNVA 2E6AA 1ONRA 4UMBA 3MI3A 2GUUA 3W88A 1OFBA 4K7YA 5G2WA 5HJLA 1W3NA 3G1AA 3P7YA 1H51A 2AQWA 3I7SA 4YLWA 1UUOA 4GJ1A 1FCQA 2JGYA 4I7WA 2QUVA 1XBXA 3BLEA 2PRMA 1JUKA 3G8RA 1OFQA 2GJLA 2GQ8A 4NX5A 4WJEA 4CNNA 1HO4A 1LLZA 4O53A 3V1PA 1ME8A 2CLEA 3P67A 4GWEA 4CLMA 3PUEA 4MY8A 1VYSX 3I7RA 1AW2A 5TBOA 1XDMA 4JIPA 2EHHA 4CCEA 4DO6A 1OFPA 2Q8ZA 2B7PA 1CW2A 4MJZA 4BR1A 1S5WA 1RV8A 3EWWA 1YLVA 5DCDA 4HHPA 1VYPX 3EXRA 4JTIA 4NNCA 1JCLA 2VFGA 1DQXA 1LBFA 4W9TA 4RCXA 4Z1DA 4JTEA 1SZGA 3P84A 2A6LA 2CU0A 5AHFA 3M7WA 2RDWA 4BWLC 5DXXA 1VCGA 1LYXA 2V0TA 2YSWA 2PE4A 3G1HA 4O10A 3NQFA 1PHQA 2FIQA 1P1XA 3KFTA 3CLMA 3W83A 4DBEA 4FNRA 5HWJA 2Z6JA 4UNLA 2CW6A 1OYAA 3L68A 2TMDA 1VCVA 2DZVA 4A2SA 3DXIA 3W87A 3U6WA 1B4EA 1G4TA 1WX0A 4IXXA 4RK8A 3STEA 2NWSA 3FOKA 1DV7A 4GE8A 5E93A 3F4NA 1TPEA 5LGXA 3VI2A 1PCKA 1SQ7A 3TMQA 5K9CA 4JR5A 1QO5A 2WSRA 2GJNA 1ME7A 4WUIA 5AHEA 3NQCA 2CLMA 1EIXA 2YYUA 4S2CA 3F1QA 4MPQA 3OIXA 1EP3A 4ZQOA 3C2OA 2GPTA 2A7RA 3Q58A 2BX7A 1G67A 1TTQA 2ZRXA 5G5IA 2A85A 1C8VA 4AAJA 2JKEA 3M5VA 1ZAIA 3BGGA 4LRTA 2KZHA 3OA3A 4P61A 5EY5A 5I3HA 3PG8A 3IV3A 4N02A 4O1DA 3G1SA 4JTJA 3W6YA 4MZYA 4C1KA 3CIXA 1A5SA 3WJZA 3T55A 2NUYA 3DHDA 1JCJA 3N14A 3W23A 2C13A 4GC4A 1OX5A 3CTLA 4WQ6A 2C6QA 3G22A 1I2RA 3KVKA 3HOJA 1GVSA 1OK6A 1X1ZA 2ZFAA 4ZQNA 3CB8A 3QMRA 4S1FA 3GYEA 1H7WA 4NXSA 4BK9A 3UQNA 1OABA 1YTKA 4IX2A 4IMEA 3M9YA 3KHJA 3TQ0A 1FCBA 1LRNA 1DHPA 2QEZA 4KFPA 2J9XA 2X1SA 1WYIA 1LCOA 1KV5A 1PL9A 1TB3A 2YZRA 3DENA 4EIVA 4ADUA 1GZGA 3L65A 4O0ZA 3NQEA 4LV9A 4WOQA 4X3ZA 4WX2A 1LOSA 3L21A 1JVNA 4GUJA 3B05A 2OCZA 3G1VA 4JN6A 5LSMA 1EEPA 4O28A 3NQAA 1OYBA 3R2GA 4NVTA 3N34A 2V81A 3D0CA 1N8FA 3TC7A 1BWKA 1SU5A 4LY8A 2C16A 3DU0A 3I7QA 3QZEA 5AC6A 3HGRA 4D2JA 3W73A 3I65A 1H5YA 4FXSA 5CGQA 5D32A 3LCIA 4CQ9A 2DJLA 1C9DA 3W7JA 1KBIA 3B4UA 3DFTA 1FWNA 3FJLA 3W7EA 1LOQA 2NWRA 1YADA 2E68A 1LTDA 4OGZA 2E5CA 4IXHA 1GVRA 3QM3A 4M6VA 4ZL1A 3GAYA 2NV1A 4N6FA 2FPYA 4LT9A 3B0VC 1UJPA 3VE9A 2Y7FA 3G0UA 1KTNA 3TDFA 3WJXA 4WY0F 2DJXA 1FWWA 1ADOA 4AVFA 3USBA 1TPB1 3W7IA 3C2RA 1JQVA 2RH9A 4OQVA 1VCFA 4U4MA 1TPWA 5BOOA 3MJYA 1Q3NA 1FCUA 5F2GA 1DBTA 1FWTA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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