The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
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sequence length |
56
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structure length |
56
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Chain Sequence |
QQWKVGDKCSAIWSEDGCIYPATIASIDFKRETCVVVYTGYGNREEQNLSDLLSPI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Translation
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| molecule keywords |
SURVIVAL MOTOR NEURON PROTEIN 1
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| publication title |
SMN tudor domain structure and its interaction with the Sm proteins.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
6
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| structure length |
56
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| sequence length |
56
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-11-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JTF A; 1WJS A; 2RJF A; 5C6S A; 3S3M A; 4II1 A; 4ZTF A; 3OYC A; 5D6Y A; 3H8Z A; 2RJC A; 5J26 A; 2RHZ A; 5IN1 A; 4E7K A; 3OS2 A; 1OI1 A; 3OYI A; 2DAQ A; 2RI2 A; 3PNW C; 4A4H A; 2R58 A; 3OYB A; 3QJ6 A; 4NS5 A; 2L89 A; 3ASK A; 3QII A; 2XK0 A; 3DB3 A; 1OZ2 A; 3M9Q A; 2E6N A; 4N4I A; 3Q1J A; 2P0K A; 3L2V A; 4IUR A; 2RI5 A; 3KUF A; 3CEY A; 2BKD N; 3FDR A; 4N4G A; 2JZ2 A; 4E7H A; 4BE1 A; 2EQJ A; 2K3Y A; 1G5V A; 2PQW A; 5KCO A; 4GY5 A; 5KH6 A; 4BE0 A; 2LTO A; 2YRV A; 3C4S A; 4IUV A; 4BDY A; 3OQ5 A; 3H6Z A; 5CIU A; 3LLR A; 4ZTJ A; 5FRO A; 2L8D A; 3OYA A; 2O4X B; 4A4E A; 3OYF A; 3PMT A; 3OS1 A; 3E9G A; 1KHC A; 4E7L A; 4N4H A; 4PLL A; 4QW2 A; 3OYL A; 4UC4 A; 3FLG A; 3MEW A; 2RHY A; 2R5M A; 2F5K A; 2RHU A; 3OB9 A; 4A4F A; 3LYI A; 5D6X A; 3DLM A; 3OYK A; 2QQS A; 4PLI A; 2LRQ A; 4Q5W A; 4C5E A; 1WGS A; 1N27 A; 2BIV A; 3NTH A; 3OYM A; 3OYE A; 2RI3 A; 2M16 A; 2CKK A; 3OYJ A; 3NTK A; 3FEO A; 2FHD A; 4FL6 A; 4X34 A; 2NLU A; 5KCH A; 4OVA A; 2O4X A; 2X4Y A; 3LGL A; 3MO8 A; 3OMC A; 2DIG A; 4L59 A; 5M9O A; 5J39 A; 4E7J A; 5KE2 A; 1SSF A; 2LCC A; 3L42 A; 2GFU A; 3EAE A; 2HQE A; 4B9X A; 4IUU A; 2B8A A; 3P8D A; 2EQM A; 2R5A A; 4QQD A; 2HQX A; 3LH0 A; 3OY9 A; 3DB4 A; 2DIQ A; 3OYN A; 4BE2 A; 2X4X A; 1H3Z A; 4BDZ A; 2L3R A; 3PFS A; 2EQU A; 3ZEH A; 5KE3 A; 5FRN A; 1RI0 A; 2LDM A; 3MEU A; 3OYD A; 4PL6 A; 3QKJ A; 4IKF A; 1OZ3 A; 3OYG A; 3LGF A; 2LVM A; 3SD4 A; 1WJQ A; 4QQ6 A; 4IUP A; 3S3O A; 2BUD A; 2MWO A; 5C0M A; 2EFI A; 2XDP A; 3MEV A; 3MEA A; 3FC3 A; 4LD6 A; 3L2U A; 3MP8 A; 2M0O A; 2RJD A; 2GFA A; 4IUQ A; 4Z02 A; 2VYT A; 4BAC A; 4RG2 A; 4C5G A; 2X35 A; 1MHN A; 4HCZ A; 2WAC A; 2GF7 A; 4E7I A; 3ME9 A; 3MP6 A; 4FU6 A; 2MWP A; 2EKO A; 2X4W A; 3PMI A; 3NTI A; 4QVZ A; 2M1H A; 3QBY A; 5FRM A; 2D9T A; 2R57 A; 4IUT A; 3MP1 A; 3E9F A; 1WJR A; 3OYH A; 1XNI A; 2RHI A; 2EQK A; 3MET A; 2RJE A; 2K3X A; 5IAY A; 3OS0 A; 3L2R A; 2G3R A; 3BDL A; 2RO0 A; 3LX7 A; 4A4G A; 5D6W A; 4C5H A; 3F70 A; 4CRI A; 3OMG A; 3S6W A; 2QQR A; 2RHX A; 4QQG A; 3L2W A; 3O8V A; 4EDU A; 3GOX A; 4B9W A; 4C5I A; 3L2Q A; 1OYX A; 2IG0 A; 4BD3 A; 3UT1 A; 3UWN A; 2E5Q A; 3S3N A; 3P8H A; 3OA6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DL4 A; 3M53 A; 1ABO A; 1VQM T; 1AVZ C; 1OI1 A; 1VQ5 A; 3CXC S; 3QII A; 1X27 A; 2CSI A; 3HRU A; 5IH2 A; 4QVC A; 2MPX C; 2CS7 A; 3CEY A; 2DIL A; 2YXY A; 5KH6 A; 4PFP A; 1WDX A; 3H6Z A; 2HSE B; 2ZAE A; 1GBR A; 4E7L A; 1ZSZ C; 4A4F A; 2C0I A; 3C12 A; 2DNU A; 3EHQ A; 4LDU A; 3OYE A; 1FWZ A; 4XAX B; 3FEO A; 3PIP A; 4Z8A A; 4HVV A; 1M9S A; 2COY A; 3JCM b; 3SWN C; 2NUP B; 4B9X A; 3CD6 T; 1FYN A; 1ARK A; 2JS2 A; 3A8L B; 5CK9 A; 1VQP A; 2J6F A; 4P5N A; 5EG2 A; 1N6A A; 2EW3 A; 3QKJ A; 3I56 Q; 1Q95 G; 1LNX A; 5GJW B; 2PUK B; 2LVM A; 1K9A A; 3CCV Q; 4DBF A; 5A0D A; 2WSC E; 2J06 A; 1AT1 B; 2XG8 D; 5AT1 B; 1YCS B; 3KFV A; 2X35 A; 2LQ8 A; 3DLL A; 2GF7 A; 3ME9 A; 3EG9 A; 4FT4 A; 1VQN T; 1UGR B; 2KY9 A; 3OS5 A; 4BY6 B; 4F04 B; 5GAN j; 4M7A A; 5I2S A; 3PE0 A; 3QYH B; 3E9F A; 3VS0 A; 1AOJ A; 3OYH A; 3O5Z A; 3V8L A; 1N9S A; 2E4H A; 2DXT A; 3EH1 A; 2LC4 A; 3I35 A; 2DKG A; 2E3I A; 1KFZ A; 4ELZ C; 1Q81 U; 1V76 A; 2BTT A; 2DRM A; 3QJY A; 2RHZ A; 1PM3 A; 2PVG B; 5HCK A; 3EHR A; 2HL5 C; 3VYH B; 2AIR B; 1WZO A; 1BI1 A; 1DJ7 B; 2FRW A; 2DM1 A; 1K0X A; 4A63 B; 2DRK A; 2EAY A; 4JLG A; 3HSB A; 4RMO A; 1VQ9 Q; 2NYS A; 4BE1 A; 2PQW A; 4FYX B; 4BE0 A; 1YJN Q; 2YRV A; 3EG1 A; 1Y07 A; 3PVQ A; 1NYG A; 5KYW B; 3LLR A; 1VQM A; 1WQW A; 1K8A C; 2DZ9 A; 1ZA1 B; 3VUZ A; 4XTY A; 2LNV A; 4DA4 A; 3NTH A; 1QP2 A; 1UHC A; 5DY9 A; 1MV3 A; 4M7D A; 3LGL A; 3VRZ A; 4E7J A; 4C8Q G; 2KYB A; 2LQK A; 4BY6 C; 3LH0 A; 1M8V A; 2A0F B; 1BCO A; 3HTR A; 2J05 A; 1YN8 A; 2XMF A; 1HSQ A; 2COW A; 2EYX A; 2FVU A; 1KQS S; 2CYZ B; 5LJ5 f; 3V7C A; 3CD6 A; 3GBQ A; 2FL7 A; 3G7Z A; 2KMT A; 4FSX A; 1QKW A; 4OGC A; 2DER A; 2DE0 X; 2FZK B; 2DFU A; 4JS4 A; 1S1N A; 1X75 C; 2E10 A; 1VQ4 A; 3BFM A; 3M0Q A; 1WJR A; 4D8D A; 2PVD B; 4CRI A; 1Q82 C; 1M3A A; 3HFO A; 2YWW A; 2CRE A; 3O8V A; 1UUE A; 1FXX A; 4RG8 A; 4C8Q B; 1GFC A; 3GNF B; 1OUL A; 1VQ9 T; 1K4U S; 1C1A A; 3OYC A; 4C8Q D; 3JB9 J; 4J9B A; 5LJ3 g; 3VYG A; 4EMK A; 1RUW A; 4C8Q F; 4XTX A; 2R58 A; 4NS5 A; 4NL3 A; 5CAI A; 2DK3 A; 5IXB A; 1ZLM A; 4AFQ C; 1VIE A; 3CC7 Q; 1K1Z A; 2RK2 A; 2DYI A; 2AK5 A; 3A8G B; 2LMJ A; 4F7U E; 4BDY A; 2DD5 A; 3IQL A; 4PK4 A; 3E9G A; 2ENM A; 1JJ2 A; 1GCQ A; 2MMP A; 2RHY A; 2R5M A; 2RHU A; 2P4R A; 3QUI A; 2ZPG B; 4OMN A; 1VYV A; 2ZPH B; 4X34 A; 1LCK A; 2O4X A; 2QAS A; 4JDS A; 1K8A R; 1W6X A; 1H8K A; 4M7D B; 1K76 A; 2KRM A; 2DA9 A; 1QKX A; 1MGQ A; 5GAN 6; 2JT4 A; 1R0B G; 1PCX A; 2KR3 A; 3UA7 A; 4M7D F; 2KT8 A; 2OAU A; 2DIQ A; 1PRM C; 1OV3 A; 2ABL A; 1SRL A; 3LGF A; 1M5Q 1; 3I56 A; 5GAN d; 1IGU A; 1NE8 A; 4KBM B; 3CCV A; 1AZE A; 1WHG A; 2H3E B; 8ATC B; 2GFA A; 4C8Q C; 4C5G A; 2HAX A; 2CP3 A; 2KBT A; 4Y92 A; 2CUD A; 1IO6 A; 1JBM A; 3EGX A; 2E1H A; 3ZFJ A; 2BZ8 A; 3I5S A; 5FRM A; 4J7I A; 3I5R A; 4AFS C; 4PJO G; 2P4T A; 5FWB A; 5GAN 4; 3FJP A; 1AHJ B; 1FX7 A; 3H0H A; 1BIB A; 1U3O A; 1VQ8 T; 1VQ7 Q; 2EGE A; 1YHQ Q; 2QQR A; 1NPP A; 2LP5 A; 3OYY A; 3VUB A; 2KE9 A; 2LQN A; 1M1K U; 5GAO l; 5I11 A; 2L3P A; 4E47 A; 3CC7 T; 2DTI A; 1YJ9 T; 1IRE B; 1LPL A; 2V26 A; 4Z89 A; 5I22 A; 2EYZ A; 2GCX A; 3V7S A; 5GAN 2; 1Q82 R; 3CBO A; 2MCN A; 5J3B A; 1SPK A; 2F2W A; 3CCR Q; 1WHJ A; 1UEC A; 2OTL Q; 2XD0 A; 2M02 A; 3JSC A; 1KG1 A; 5CKD A; 1VQ9 A; 4ZGJ B; 4EIK A; 1V1C A; 1EFN A; 3HFN A; 1VQO Q; 1YJN A; 5LL6 S; 2ROL A; 3OSS C; 3OS1 A; 4N4H A; 4HCK A; 2OTJ A; 2DXB A; 4C92 A; 2DMO A; 1MMN A; 4J6X A; 2DXU A; 1D09 B; 4GBQ A; 1BYM A; 2M16 A; 3V8J A; 1ABQ A; 1M3C A; 1C6V X; 3MPU B; 5GJV B; 1NEB A; 2LCS A; 1SHF A; 4ZN1 A; 4LUD A; 1PWT A; 3EAE A; 2MI6 A; 3CCM Q; 2HL3 A; 1RLQ C; 1U1S A; 3VS5 A; 3TQ7 P; 2CZ7 B; 3CQT A; 3VS2 A; 3OYN A; 1PC0 A; 1I07 A; 3L1A A; 4PL6 A; 1UEB A; 3OW2 P; 3HRT A; 3I55 T; 3SD4 A; 2MF2 A; 1NJI C; 4XK8 E; 2Y4Y A; 3QYG B; 2XDP A; 2LNH B; 1CKB A; 2RJD A; 5IHN A; 2YRC A; 1YJW Q; 1ZSZ A; 2DX1 A; 2CSQ A; 3R6O A; 3CC2 T; 4HVW A; 2EKH A; 2EWN A; 1YHQ T; 1TOV A; 1OPL A; 2KDS A; 4Y28 E; 3QBY A; 4KGV B; 1TS9 A; 2R57 A; 3RDV A; 1B3Q A; 3EGX B; 4OMP A; 4M75 E; 3RMS A; 1XNI A; 1XOV A; 2O88 A; 4CC7 A; 1ZSG A; 4RCC A; 3SWN A; 2PNI A; 1S72 A; 1PHT A; 3CCR T; 2QGG A; 2OTL T; 3CBM A; 3WVE B; 2JTF A; 2AZS A; 3MKD A; 2QXF A; 4ZTF A; 1NZ9 A; 2GGR A; 4F7U G; 1PD0 A; 2HEQ A; 2VXE A; 1QCF A; 3L2V A; 2JN0 A; 5FLX E; 4RTU A; 2D8H A; 2MOX A; 3PVL A; 4GY5 A; 1P92 A; 1OEB A; 3CC4 T; 2LCL A; 1N9R A; 3CC7 A; 1JO8 A; 3H0I A; 2FG0 A; 3BDU A; 4ZTJ A; 3BE3 A; 3CCS T; 3RER A; 4DQ2 A; 1D1A A; 5A0L A; 2F2X A; 1IXD A; 3OYK A; 2FPF A; 4FW1 A; 2PTK A; 2QQS A; 3CCM T; 1G8X A; 2H3J A; 2MAM A; 4FM4 B; 5GAN 3; 2XDD A; 4DEX A; 3VS1 A; 2EJ9 A; 4FL6 A; 5KCH A; 3RR6 A; 2RK1 A; 1GRI A; 4KGX B; 2JMC A; 3I9Q A; 2QQ9 A; 3QWY A; 3OY9 A; 1LOJ A; 1KQS P; 2F69 A; 4F7U B; 4ZGD B; 3OYG A; 2D8J A; 3HRS A; 3M55 A; 2NUP A; 4F7U F; 1G83 A; 2ED1 A; 4PJL A; 3A5Z B; 3EH2 A; 4R56 A; 4DBR A; 1WPY A; 5HK3 A; 1W2B S; 4JZ3 A; 1TUD A; 1YP5 A; 2KNB B; 3JCM d; 3NTI A; 2EBP A; 1PKT A; 2BZY A; 1NJI R; 3EG2 A; 2PZ1 A; 3TSZ A; 2RD1 A; 4XU0 A; 3AT1 B; 3L2Z A; 1HD3 A; 5KYX B; 1VQ7 A; 3CPF A; 4OML A; 2QA4 Q; 3CME A; 2M9U A; 5GAN f; 1YHQ A; 1JJ2 P; 4JJD A; 2IG0 A; 4BD3 A; 3P8H A; 4RTX A; 3JB9 H; 2ZZD A; 5J26 A; 3OS2 A; 3OYI A; 4HA8 A; 2L89 A; 2K4Y A; 2KRN A; 4RCB A; 1QQJ A; 3CCR A; 3X24 B; 2E70 A; 2OTL A; 1G5V A; 5DLQ E; 3JAM E; 2V8J A; 2CP6 A; 1KC8 R; 1ZX6 A; 3JCM Q; 3UF4 A; 4J7F A; 1VQO A; 4XTV A; 3KBG A; 5KYU B; 4RUG A; 1Q7Y C; 1I4K 1; 4E6R A; 3A8H B; 4JJN K; 5D6X A; 4M78 E; 1KQ1 A; 2QAZ A; 1WGS A; 1IZ6 A; 1V29 B; 4HCC A; 2VUB A; 5KYW A; 5LJ3 d; 3CCL A; 4NOY A; 1UGP B; 5KE2 A; 4XU1 A; 3NPF A; 3L42 A; 2GFU A; 2EJF A; 1XJW B; 4CC3 A; 2P84 A; 5GAM h; 2YUQ A; 1AD5 A; 1W1F A; 2JOY A; 3H9N A; 4CC2 A; 3CCM A; 1WXB A; 4E7Z A; 5LJ3 h; 1XQH A; 4BI4 A; 4OGE A; 1VQ6 T; 2YHT A; 4DBH A; 5LJ3 e; 1VQL T; 3BW1 A; 3CCJ Q; 3MEA A; 4JRK A; 3L2U A; 1WIE A; 1RAE B; 2JJ9 A; 4J9I A; 3TCJ A; 4LDW A; 4M75 G; 2CGH A; 2QTX A; 1YJW A; 3CXC A; 2EKO A; 2QA4 T; 1PNJ A; 1YBY A; 4R0K A; 1KSW A; 2K6D A; 2DTO A; 1K8A U; 3H41 A; 3HP9 A; 1BB9 A; 1NEG A; 1M90 R; 4WTO B; 3ER0 A; 2D6F A; 1G3W A; 5GAO m; 1F1B B; 1TUC A; 4KUI A; 5GMK i; 3INZ A; 2NUT B; 3S6W A; 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3ASK A; 5DM7 R; 3KXT A; 2AKK A; 3QPH A; 1K9M R; 1UE9 A; 2HMA A; 4M78 G; 1AWX A; 1KD1 R; 1IRX A; 3G1J A; 2YT6 A; 1Q86 R; 1JXM A; 3OQ5 A; 4MDX A; 2JXB A; 1VQN A; 1I0C A; 5GAM g; 1KHI A; 4PLL A; 2F5K A; 4AT1 B; 1O9S A; 3DLM A; 1TTH B; 1JJ2 S; 1VQ8 Q; 2KYM A; 2O9V A; 3M5A A; 3EGD B; 4X9D A; 2NLU A; 3VS4 A; 5KYY B; 4J9H A; 1QWF A; 2A37 A; 1YJ9 Q; 2DBK A; 1AWO A; 4J9C A; 1PD1 A; 3P8D A; 2JW4 A; 2Z0W A; 2ED0 A; 2EQM A; 2HCK A; 1ZBJ A; 4KH0 B; 1KQ2 A; 1YI2 T; 5CKE A; 2X4X A; 3E19 A; 3OYD A; 1OZ3 A; 1UFF A; 1W2B P; 2VKN A; 4WCI A; 4J9D A; 2QEX T; 2KRO A; 2E5K A; 3CCJ A; 2VAS A; 3HKS A; 1R0C B; 4M78 B; 3VU3 C; 1T3L A; 4KRT A; 5LJ3 f; 1UGQ B; 1X01 A; 3JCM V; 3X28 B; 2WAC A; 4M78 D; 5GMK h; 2LJ1 A; 3EFO B; 4M78 F; 3QXE B; 1QVF P; 5GMK e; 4ZN3 A; 5I2M A; 1EZZ B; 3EFS A; 2DL8 A; 3OS0 A; 1SKU B; 1VQK Q; 2K57 A; 4C5H A; 3RIR A; 2YUO A; 3G71 Q; 3CPW A; 3HPW A; 2E5Q A; 4K11 A; 2J6O A; 4B6M A; 3DKM A; 3H8Z A; 4M77 G; 4BB7 A; 3I55 Q; 9ATC B; 1M2V B; 1R8O B; 3PNW C; 4C0G A; 2XK0 A; 4AG2 C; 4KGZ B; 2EVR A; 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