1G9CA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 4)
Total Genus 405
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
405
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
total genus 405
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9cA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9cA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9cA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9cA01
1ZL6A 4AN7B 1S0JA 4BQ1A 4ZFYB 2EXJA 4HEVA 2DVAA 3A07A 1ZKWA 3WDYA 4I6IA 5D63A 2YUGA 3ZSJA 3BAUA 5GM0A 5IT6A 1FN0A 5JLVA 6I1BA 2DUOA 2E4MC 2BQPA 4BMEA 2VH9A 4ZJXA 4LBMA 2EXHA 3FGMA 1KITA 3NBNA 1RIRA 1PZ7A 1XTGA 4WVVA 1YTOA 5F8SA 3H6QA 1ULDA 1LGCA 1SACA 5EWSA 1YO8A 3WHUA 1QF3A 3N0KA 1IRPA 5GAQA 2ES3A 1BARA 3SISA 3QJ0A 3M3QA 3O44A 3O4DA 21BIA 3B9CA 3R4SA 2A75A 1HWOB 1YI7A 3CA4A 1HWPB 3R4UA 3AKHA 4TYSA 1OKQA 1KRIA 1BLAA 4DPNA 1SCRA 3SH4A 1FGAA 1DGLA 4YW1A 3FJCA 1MS4A 1XHBA 3B01A 3K3QB 1Q8QA 4EJ5A 1QQLA 3QLQA 3QIXA 2OVUA 2GMEA 2KM2A 3M3OA 2UWBA 4JKQA 4LO0C 4J2KA 5CNAA 1UX6A 4EL4A 5G00A 4IZEA 1G82A 3AJ6A 1MZ6A 3BAGA 1DQ1A 3NV2A 4FOYA 3M3CA 1QU0A 4KBBA 3HSMA 4M3CA 1F31A 2DURA 1PUUB 4XBLA 5GLUA 1N1YA 2Q3NB 3VSFA 2P37A 2D7IA 2D43A 3AJZA 1SLCA 3NWKA 4YW5A 2MC2A 3NV1A 3BA7A 2YV8A 4ZLBB 2AUYA 4IYBA 2Q5TA 3LCPA 1G8WA 3N36A 4X37A 1W6MA 2H0BA 2MLLB 1BASA 1JYIA 2W2DB 1N3QA 2ZGSA 3V0BA 4CRQA 2DRZA 1DIWA 1S0BA 2G7PA 4OWKA 3WMUA 3FBYA 3WDUA 4LBOA 5T50A 1FV3A 1YBIA 3WG2A 5F9TA 3H6RA 4L8QA 1LECA 3ZSMA 1MR5A 3V0AB 4I7IA 3M1HA 1C1FA 5HCFA 3IM7A 1H9WA 3CA3A 2OW4A 4XZPA 1YF8B 4Y26A 4FPEA 3DSEA 2Z48A 2FMDA 1N1SA 3AXEA 4HANA 2ZHKA 1PZ8A 1F82A 4LBJA 3P53A 1MS8A 3BODA 2AREA 4PQ9A 4FOVA 1TIEA 5KXDA 1V6WA 5DG2A 1RITA 4Y20B 1IS3A 1BQPA 3B3QE 1MD6A 4LBKA 1BZWA 1V6UA 4I96A 3UJOA 3FUQA 4ZFWB 2WT1A 4L4IA 1W3AA 4G9NA 2F8XC 5DUYA 4KUFA 1SLIA 2IWTB 1XTFA 5GLVA 4Y22A 5DUWA 1Q03A 2A6ZA 1W3FA 1UN1A 4LBQB 4YGCA 4YZ5A 3QIZA 1LEDA 5BQMB 4YFZA 2NZ9A 4PCRA 2Z49A 1FMZA 5I1BA 5SV8A 1JY0A 2GNTA 1FQ9A 1UKGA 1MZ5A 2UURA 3FJJA 1NLSA 4YW2A 1A3KA 1JXNA 3O0WA 2ZMLA 4J23B 3O4BA 5IUQA 1P63A 1ISXA 1HQWA 3A21A 1WW4A 1WCSA 2C5DA 4FVVA 2A6YA 4YW3A 4X38A 4I4VA 3AP9A 1MVEA 2XHLA 3DGTA 3Q7WA 4LO3A 4Q91A 2GNBA 1Y7BA 1SLTA 2ETFA 1Q04A 3WUCA 1ULGA 2VW1A 1IILA 3ZXGA 3SLIA 1FMMS 4USPA 2A5ZA 1WW6A 3WMVA 2ZGKA 3DEBA 3FJFA 4DS0A 1RY7A 1ENQA 1V00A 3FJ8A 5CBLA 4YLZA 3AH1A 2A70A 1LOAA 3IM5A 2D3PA 1MS9A 1JTCA 2ARBA 3BWIA 3DDBA 2KKIA 1IKQA 5KXEA 5E88A 1W6NB 3P6JA 3AJ5A 1AF9A 2GMPA 3BRDA 1EVTA 1JN2P 5EHAA 3C88A 5JOZA 4TZDA 3FJHA 3WINC 2DUPA 1BFGA 1V6IA 1HDKA 4U36A 4AWDA 4XTPA 2ZGMA 3B9UA 3VT2A 3IM6A 1ZL5A 1VALA 1VCLA 3M2MA 3V64A 4YM2A 4ASMB 3ZX7A 5CB7A 4ITCA 4M01A 3AKIA 1JW6A 3FLPA 2VLCA 1DQOA 1GGPB 2ERMA 3BAQA 4OEEA 3N7KA 3TAYA 2K8RA 3N7LA 2YXSA 3MW4A 2ZBJA 2DS0A 1VAMA 3OJ2A 2D6MA 4Q8KA 4H04A 2D23A 1AVAC 4YZ4A 2R1BA 4I4XA 2OUHA 1V6MA 1LULA 3BAVA 1E1HA 2PHRA 4GWNA 3JU9A 5H9SA 2HW9A 3N35A 1T3AA 4LO3C 4DEPA 1J0SA 3AH2A 2DV9A 5FZZA 2AGSA 2QYIB 3FJBA 1IS6A 3TB0A 1TWMA 3CA5A 1AX0A 3AZYA 4QC4A 3WDXA 4QALA 4OWJA 1MS1A 1V6KA 3UD7A 3NV3A 5IK4A 4FPCA 4Q1PA 2W2DA 1SBFA 3KQRA 3O5WB 1M16A 2GNDA 4LBQD 4FGFA 2DVBA 1MS0A 2D44A 2PHUA 2VSEA 1LU1A 3GNEA 1PWAA 1KJLA 3V0AA 2EAKA 3ZYPA 4R9AA 3BA5A 2YROA 1BJQA 3CRGA 8I1BA 2JJ6A 1C57A 1Q1UA 2P34A 3T2TA 2D6PA 3BIWE 1MS5A 4SLIA 1TOOA 1LHUA 3KM5A 4G9MA 1F5FA 5H9PA 2EALA 2PHTA 1GZWB 1OQ1A 4XMAA 4II0A 2QN0A 2J3PA 3WUDA 2ISEA 1FWUA 4LBNA 4Y20A 3WV6A 2ENRA 1CJPA 2C9AA 4R6UB 3CA1A 3P6IA 1IOBA 4DRRA 2VXTI 4X39A 3S8JA 4Y1VA 2I1BA 5T5LA 1S0GA 4I0YA 4FQZA 1AVBA 3WCSA 2NP0A 3O49A 4BLIA 2KI4A 4Q2FA 3WA1A 2GALA 2CWMA 5HCAA 3USUB 1RZOB 2ESUA 1JHNA 3ZXKA 3F1RA 3WG3A 2Y9GA 1DFCA 1G9BA 3NBEA 4LBQA 5FREA 1HCDA 5BQMA 3F62B 1JT3A 4XFTA 3MEPA 4BMBA 1N1TA 1BA7A 2YY1A 1YVGA 3FFZA 4Q9GA 4XDQA 3B00A 1FNYA 2UWAA 1UMZA 5T55A 4Y1YA 2QN4A 4HA2A 4LO7B 2A7AA 3ZUSA 3M3EA 3PVNA 2A3XA 2DU1A 2DVDA 4WBCA 4OW4A 4YOLA 3UJ4A 3D5OA 1W6QB 5F8YA 1CPMA 3OJBA 1J1TA 4P0JA 1SFYA 4FPFA 5BQUC 1BXHA 1MACA 5BOWA 1SZ6B 2YZ4A 4PF5A 7I1BA 4AGVA 1N3PA 2AENA 4GP3A 5GLZA 4P9XA 2EXKA 5JOXA 4R9CA 2F2FA 3CU1B 5BXSA 1AXKA 3RG0A 4XBNA 1WBAA 1QDCA 5GLWA 4D8HA 3V65A 3BAHA 4I4UA 2LIEA 1A8DA 2ERFA 2UU8A 4I2SA 1WW7A 3ZPYA 4KEKA 2GZBA 4YM0A 2WSUA 3H6SE 4YGEA 1S0EA 4PBPA 4GP0A 1HLCA 4I37A 1LEMA 2R16A 2WKKA 5DUVA 3PUBA 4H55A 3AH4A 2ISHA 1W6NA 2A3YA 3W59A 3IMNA 4IHZA 4YG6A 4U2AA 1LOCA 5D62A 2UUSA 4LO1A 1Q8PA 1SCSA 2WT0A 4P0LA 2JKBA 1IRAX 3ILAA 1ZKXA 4FP2A 1WLWA 3FLTA 4J2XA 1W0PA 1N3OA 2A8AA 3HALA 1NXD1 1CVNA 1S0DA 2WBCA 2P39A 4JQ0A 1YXWA 4QO3A 1YIFA 1LGNA 2KI6B 2GDFA 2ZQOA 4FQ4A 5GZDA 3WLUA 1ZM1A 3O0XA 2G7KA 4FP3A 4XFUA 4FOWA 2ZGRA 4Y1ZA 1DJSB 1Z4SA 1HKNA 1FWVA 3ILFA 1AX2A 1WW5A 4P6AA 1WD3A 2JD4A 1TTUA 4YM3A 2ILPA 3O4CA 3LSEA 1LTEA 1LJ7A 3PMEA 3WO2A 3VSZA 1AZDA 1IJTA 3BRFA 3W9TA 1S0FA 3I29B 2R1DA 1OFSA 1ISYA 1C4RA 2FFUA 3ZYRA 1GZCA 2F2FC 1ISZA 1FX5A 4C1WA 4I4RA 1CONA 3QIYA 2UWCA 5B2HA 4DQAA 2CY6A 1GSLA 1LENA 4R9BA 2ZGUA 2PHFA 2B7YA 4XJUA 2D6KA 3POKA 3FJDA 4WZFA 4I3NA 3FLRA 1UZYA 1JT4A 1I1BA 1DQ5A 4XMIA 3A22A 2X2TA 1AVXB 3VKNA 4OWLA 4P0KA 1Q8OA 1G9AA 3JUUA 3VKFC 4Q9PA 2YMZA 4FPYA 1F9KA 2AAIB 3WG4A 3VWCA 4EFQA 2VW2A 1V6NA 2DYCA 4LO1C 1VIWB 3GALA 5GZGA 1JYCA 2W39A 2P3KA 1AVWB 2FFVA 1GZWA 1IT0A 1V6OA 2D6LX 4ZOTA 3ZXFA 3WO3A 1QGLA 3L2YA 3LSDA 3RRDA 1G9FA 4G1RA 5GZFA 2WRYA 3APBA 1PC8B 3A4UA 3N3HA 2TEPA 4WV8A 4EFPA 4QKRA 2Y9XE 3ZUQA 2NTDA 2Z42A 4H9WA 3USUA 4GA9A 5DUXA 5GJ6A 3RMYA 4ENDA 3VUOA 5LK5A 4I4SA 3O3QA 4BOWA 1ZA4A 4XE9A 3I4IA 5FRAA 1VLNA 2FDBM 2P23A 3QW7A 2ZAAA 4PC4A 4J2YA 3AP6A 2EIGA 1ILR1 3FJAA 2WLQA 4EFRA 3AZWA 2A6VA 4LO2A 1GKBA 4Q8LA 2JECA 3IN9A 2I2SA 4GKXA 1ZN3A 2E53A 5BXRA 1EYLA 2AFGA 1IS5A 2DREA 1FNZA 3UJQA 1W3GA 5BXPA 1WBFA 1W6QA 5EYXA 1W6OB 3QR5A 1K5VA 2IMCA 1BLDA 2D7RA 2Y9FA 3RTIB 3AKGA 4UW5A 1ONAA 2GMMA 2D3RA 1QXMA 3D7WB 3VKMA 3I2XA 4HJJA 4C1XA 5EYYA 1GNHA 5HCBA 4M3CE 5JVVA 3W58A 1IHKA 1D0HA 2LALA 2DTWA 4NOTA 3WHTA 4OEFA 4RL7A 1MVQA 3AX4A 1KDKA 4Y1XA 1AVUA 4P14A 3DUIA 3AFKA 1URXA 1QNYA 1SLBA 1ULFA 1BFBA 3NJ5A 1HQLA 3ZXEA 2E7TA 3BOKA 1RINA 3N7JA 2R0HA 3ENRA 3WZ1A 2NMOA 3A0KA 3ILRA 4P9YA 5F90A 1NZKA 1A78A 1QNWA 2RG9B 3NBDA 2D20A 3O0VA 3AYAA 1LOFA 2D1ZA 3PG0A 2GN3A 1JLYA 3Q9OA 1CESA 4JRAA 2WT2A 2CL2A 4M3CF 5JMCA 1W6PB 2FPQA 2CTVA 1LCLA 4YGDA 3BADA 1UAIA 1DQ2A 4XJWA 1XZZA 2Q9XA 3K1XA 1JOJA 2BEBA 1GANA 2RSTA 3AYEA 3CAHA 2P2KA 3CNAA 3WVJA 5IK5A 2E4MA 4I4YA 1LODA 4I1BA 3OPZA 5GLTA 1UZZA 1IKPA 5AVAA 1KNMA 3JUTA 3WDVA 3AYDA 3PVOA 3HR9A 4WVWA 4D0TA 3SNMA 4YG0A 1DQ4A 1HCEA 4LO7C 1FV2A 4MYEA 1KJRA 1PZ9A 4LO8B 2GN7A 2D6OX 4DFSA 2IHOA 3MPPG 3BTAA 1H9PA 1DLLA 4XJ8A 1GV9A 5KXBA 1I3HA 1LHWA 3ZXLA 1G9CA 1JUIA 5EXOA 4KS6A 3NBCA 3Q7YA 1JLXA 1CE7B 4OEGA 1AJKA 4QD2B 2D7FA 3OGGA 1Q8SA 4EB2B 2R0FA 4ATFA 1ULCA 4JKXB 1RG8A 5JOYA 1DQ6A 2PELA 2CWSA 1ULEA 4ISQA 4DENA 5FNWA 4BM8A 3QW8A 3D3XA 5CAZA 4K21A 3FUOA 3BOOA 3BRGC 2D3SA 1EPWA 1KQRA 3AP7A 4KC3A 4YGBA 3WO4A 4LO0A 4KEJA 4XHBA 3OY8B 4A7ZA 5T5PA 5BXTA 3UD8A 3RQ0A 3I2AA 3ILNA 2ZGPA 1FATA 2IMBA 2FGFA 1DZQA 5KXCA 3JRRA 1YYNA 1T4QA 4ZFUB 4JCKA 3MALA 4A7YA 3HOMA 4XFSA 4XBQA 3AXDA 3T1MA 5H9QA 4AYUA 2ZACA 4Q27A 4DRVA 1WBLA 3UD9A 1DZDA 2FHRA 5T54A 4XJAA 4X3AA 1R1ZA 1Q8VA 3D4KA 4GAIA 1SLAA 3PJQA 4JP0A 4IZXA 2L5XA 1QQKA 2A71A 1AFCA 2D6NA 1DQ0A 4Q1RA 3WDTA 1T9FA 1G9DA 1Z78A 3O12A 1Z2VA 2ZZJA 3UL2A 4IY8A 4AGRA 1PUMB 4XJZA 1CN1A 1SLLA 2KLLA 5DZEA 2DVFA 3RTJB 3BONA 3CA0A 2ZHLA 4EEEB 4ATEA 1ONKB 3ZXJA 3SH3A 4F83A 1XYFA 4BLJA 2ZA9A 4IY9A 4Q26A 4QBCA 3LLPA 2MIBA 1B09A 3O4AA 2DWRA 4XXPA 4K20A 3ASIA 3UDAA 2W08A 1O4YA 3OBRA 1OQLB 3RSJA 4YW4A 9ILBA 4FOQA 1QKQA 4UW6A 3FJKA 3VT1A 2DRYA 4FPKA 3FIIA 1S0LA 5GZEA 1SR4A 2ISGA 1AX1A 2HWMA 2DTYA 2G7NA 2SBAA 2XB6C 2JE7A 3WCRA 3OJMA 4F34A 3O5SA 1LHOA 5IK7A 1ISVA 4CJMA 4ZXKA 3AZVA 4JAWA 5HPZA 3OYWB 4KEIA 4HR6C 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