The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
65
|
structure length |
65
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Chain Sequence |
KMEVFQEYYGIPPPPGAFGPFLRLNPGDIVELTKAEAEHNWWEGRNTATNEVGWFPCNRVHPYVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| molecule keywords |
VAV PROTO-ONCOGENE
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| publication title |
Novel recognition mode between Vav and Grb2 SH3 domains.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Mus musculus
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| total genus |
9
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| structure length |
65
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| sequence length |
65
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-08-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1W1F A; 2FPE A; 2GNC A; 2FRY A; 2DVJ A; 2AKL A; 3M0U A; 3ULR B; 1RUW A; 2J05 A; 4OMQ A; 1K1Z A; 4J9F A; 1JQQ A; 2FPD A; 2A37 A; 2FG0 A; 1PWT A; 1VYV A; 3I9Q A; 2H8H A; 4LE9 A; 1GCQ A; 3VS1 A; 4J9I A; 1W70 A; 2VKN A; 4HCK A; 4D8K A; 2L2P A; 1ZUY A; 2EYY A; 2EPD A; 2KRN A; 1UJ0 A; 3PVL A; 2YUP A; 2CDT A; 2LQN A; 1SEM A; 2VVK A; 3EG1 A; 1UE9 A; 2F2V A; 2ED0 A; 1PHT A; 2BZY A; 2OJ2 A; 2JMC A; 1GFC A; 3EGU A; 1AD5 A; 1PNJ A; 2DL7 A; 2YDL A; 5IHK A; 2CUB A; 2F2X A; 1SRL A; 3VRY A; 2KNB B; 2J06 A; 1YWO A; 1H3H A; 2DRK A; 1B07 A; 4AFU C; 2X3W D; 2RQV A; 2RN8 A; 1UDL A; 4HVV A; 1CKB A; 2KRM A; 2RQU A; 4LNP A; 1YNZ A; 1M3C A; 2BZ8 A; 2C0O A; 2DBM A; 1M30 A; 1GFD A; 5IXF A; 2SEM A; 2X3X D; 3RBB B; 1J3T A; 1JXM A; 1SRM A; 1AVZ C; 2O9V A; 3VS4 A; 1A0N B; 3JV3 A; 2A28 A; 1ARK A; 4AFQ C; 2FPF A; 1ZBJ A; 2DL3 A; 1YP5 A; 3RNJ A; 4LN2 A; 2ECZ A; 5ECA A; 2JT4 A; 1U06 A; 3H0I A; 4Z88 A; 1GL5 A; 1QKX A; 1UGV A; 2ROT A; 1UJY A; 2RQT A; 2VWF A; 3H0F A; 4GBQ A; 4CC4 B; 2JW4 A; 1E6H A; 5EC7 A; 2LJ3 A; 4JZ3 A; 2DIL A; 3M0R A; 1Z9Q A; 4Z8A A; 1MUZ A; 2KT8 A; 2DBK A; 4OMO A; 4HVW A; 2LJ0 A; 2K2M A; 4OMM A; 4CC2 A; 2EBP A; 3C0C A; 1WI7 A; 4LUE A; 1ABO A; 1AEY A; 1X2Q A; 2KYB A; 1GCP A; 2DYB A; 1U3O A; 3U23 A; 1T0H A; 2LMJ A; 2CUD A; 2FO0 A; 1OPL A; 2KRS A; 3LH5 A; 1GBQ A; 1XOV A; 2K9G A; 1T0J A; 4RTW A; 3SHW A; 3R6N A; 2DJQ A; 2YUN A; 1IO6 A; 2CRE A; 2HEQ A; 2BZX A; 4AG1 C; 2D0N A; 1UUE A; 2DRM A; 2K7A A; 2HSP A; 1UG1 A; 1X6G A; 3I5R A; 2DM1 A; 2V1Q A; 1YN8 A; 1WFW A; 4Y92 A; 2EYZ A; 1GCQ C; 2JS2 A; 4F17 A; 2FEI A; 1PRL C; 2KRO A; 2ROL A; 3H0H A; 1G2B A; 1FMK A; 1TUC A; 3M0P A; 1X43 A; 3QWY A; 1I0C A; 1X2K A; 1NYF A; 1NEG A; 3TSW A; 3ZL7 C; 5IXB A; 2KBT A; 4LUD A; 1UHC A; 3REA B; 2SRC A; 1WIE A; 1K0S A; 2GTJ A; 2YUO A; 4GLM A; 1S1N A; 4QT7 A; 4RTT A; 2A36 A; 2CSQ A; 1NEB A; 3FJ5 A; 3THK A; 2KE9 A; 3VRZ A; 3NGP A; 1AWO A; 1WXU A; 1V1C A; 1I07 A; 1OPK A; 4RTZ A; 2BTT A; 2DMO A; 4RTV A; 2NWM A; 5GJV B; 4JZ4 A; 4IIM A; 3NHN A; 2G6F X; 4CC3 A; 1AWX A; 1NG2 A; 1W6X A; 1SHF A; 2PZ1 A; 3REB B; 3EHR A; 3VS2 A; 2RF0 A; 2JM9 A; 2YSQ A; 2OAW A; 2ABL A; 1BK2 A; 1WYX A; 4JJB A; 1H8K A; 2AK5 A; 1X27 A; 4RTU A; 3EG2 A; 3VS0 A; 1JU5 C; 2AKK A; 2KXD A; 1K9A A; 2CSI A; 1X69 A; 4FSS A; 1T3S A; 2EGC A; 2L3P A; 1UEC A; 2K79 A; 3IQL A; 1PKT A; 4OMP A; 2B86 A; 2A08 A; 2FRW A; 2JTE A; 3VS7 A; 2LX7 A; 2EW3 A; 1ABQ A; 4K11 A; 5I22 A; 2D8J A; 1E7O A; 2F2W A; 1ZUU A; 2LP5 A; 4R0K A; 1WDX A; 1KFZ A; 2KYM A; 4OMN A; 3UF4 A; 3EHQ A; 2HDA A; 1QCF A; 1GRI A; 1AWW A; 2DF6 A; 2RQR A; 2DE0 X; 1KJW A; 2JMA A; 1M3B A; 2J6F A; 4HXJ A; 1NLP C; 2RQW A; 1WX6 A; 3EG0 A; 4DEX A; 3CQT A; 1K4U S; 1SSH A; 1ZUK A; 1QWF A; 4J9B A; 1SPK A; 1ZLM A; 1Y57 A; 2EKH A; 3M0S A; 2MCN A; 4M4Z A; 2GQI A; 1U5S A; 1OOT A; 1UTI A; 3VS3 A; 1H92 A; 1VA7 A; 1UHF A; 1MV0 B; 2DNU A; 2L3S A; 1AOJ A; 2RNA A; 1BU1 A; 1BB9 A; 1SHG A; 4RUG A; 2LNH B; 5FWC A; 1KIK A; 1TUD A; 1YCS B; 3UA7 A; 2QDL A; 2ENM A; 2D1X A; 1ZSG A; 2CH4 W; 4ZNX A; 5IH2 A; 1HJD A; 3H41 A; 4AFZ C; 2E5K A; 3I5S A; 2W10 A; 3UAT A; 2GGR A; 2O31 A; 3GBQ A; 2YT6 A; 2GTO A; 2EGE A; 4DEY A; 4E6R A; 2J6K A; 2KGT A; 2RMO A; 4HVU A; 2CT4 A; 2P4R A; 1WXB A; 4J9H A; 1QLY A; 1X6B A; 2V1R A; 1ZX6 A; 2O9S A; 2AZV A; 5HCK A; 1JXO A; 4CC7 A; 2EQI A; 2MIO A; 1FYN A; 2W0Z A; 1LCK A; 1PKS A; 2KXC A; 1WXT A; 1RI9 A; 2JM8 A; 3PVQ A; 5IHI A; 1RLQ C; 1JEG A; 2DL5 A; 2DLP A; 1B3Q A; 1AZG B; 2YUQ A; 4IIO A; 2K3B A; 1YWP A; 1G83 A; 2ESW A; 2HBW A; 3A98 A; 1M8M A; 2EYW A; 2LCS A; 1N5Z A; 2ED1 A; 1QKW A; 1JO8 A; 4WCI A; 2EGA A; 4X1V A; 1AZE A; 2EYX A; 2HCK A; 2DL8 A; 3PE0 A; 1BBZ A; 2PTK A; 3UA6 A; 1RLP C; 2O2O A; 2LZ6 B; 4F16 A; 2C0I A; 4OML A; 4A63 B; 1PRM C; 1K0X A; 2L0A A; 2PNI A; 2I0N A; 1OV3 A; 4JJC A; 5GJW B; 2J7I A; 1T3L A; 2OI3 A; 2O88 A; 3NPF A; 2KR3 A; 1VYT A; 1NM7 A; 2GBQ A; 2EVR A; 2M51 A; 1Y0M A; 2RPN A; 1HD3 A; 4JPB W; 4JJD A; 2KT1 A; 5I11 A; 1EFN A; 4ORZ A; 4J9C A; 4RTY A; 4AFS C; 2DX1 A; 2XMF A; 5FWB A; 2JS0 A; 1QWE A; 1WLP B; 2MOX A; 1M27 C; 3KFV A; 2D8H A; 2LJ1 A; 5L23 A; 4J9E A; 1Z9Z A; 1CKA A; 4J9D A; 1MV3 A; 2JXB A; 2L3Q A; 5IHN A; 4AG2 C; 4Z89 A; 3TVT A; 3VS6 A; 3VS5 A; 3EG3 A; 2CT3 A; 2K6D A; 3M0Q A; 1E6G A; 1AWJ A; 2KEA A; 2NUZ A; 3SEM A; 1KSW A; 4KRT A; 2C0T A; 2AZS A; 3I35 A; 1WA7 A; 4F14 A; 1K76 A; 1CSK A; 3O5Z A; 3M0T A; 3QWX X; 1UFF A; 1VYU A; 1NLO C; 4ESR A; 1TG0 A; 2DL4 A; 1M3A A; 3NMZ C; 2M0Y A; 1OEB A; 4EIK A; 3TSZ A; 1I1J A; 1NYG A; 2J6O A; 2LQW A; 4RTX A; 4D8D A; 1HSQ A; 5FW9 A; 2IIM A; 4J9G A; 2CH4 A; 2DA9 A; 1GBR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1TOV A; 1W1F A; 2NYS A; 4A4G A; 2J05 A; 4PJO C; 1M4Z A; 3G1J A; 3EFR A; 2XG8 D; 2RI2 A; 1VYV A; 3I9Q A; 3PT9 A; 1WQW A; 4FW2 A; 3X25 B; 3JCM f; 2LVM A; 3M58 A; 4LDW A; 1UJ0 A; 3PVL A; 3SWN A; 4C92 B; 3UWN A; 1RAF B; 2LQN A; 2WAC A; 2LC4 A; 3WVD B; 3M9Q A; 1YIJ Q; 3VJP A; 1YIJ T; 4BE1 A; 2F2V A; 2X4W A; 1RAH B; 2BZY A; 5AYF A; 1X01 A; 3UT1 A; 2YDL A; 3QHS A; 1N27 A; 1SRL A; 3VRY A; 3CCQ A; 2L8D A; 2DJZ A; 1IHW A; 2NUT A; 2YLC A; 5CKF A; 2X3W D; 2WSC E; 3C4S A; 3QJ6 A; 1VQ6 Q; 3C95 A; 1VQ6 T; 4LNP A; 1M9S A; 1M3C A; 2DBM A; 1GFD A; 4PNO A; 2MWO A; 2QI2 A; 2SEM A; 2X3X D; 3MKD A; 2PQW A; 3E19 A; 1AVZ C; 2O9V A; 4BE2 A; 1YI2 T; 3CBO A; 4AFQ C; 2DL3 A; 1YP5 A; 3RNJ A; 4YTL A; 3VYG A; 4C5E A; 5KYX A; 1U06 A; 5EG2 A; 3H0I A; 1VQ9 A; 3TCJ A; 3QYG B; 4M7D F; 1UGV A; 2MAM A; 5FRM A; 1E6H A; 1VQ5 Q; 2NUT B; 2DIL A; 2KVQ G; 1Z9Q A; 1VQ5 T; 5GAN d; 1NPP A; 2VAS A; 2DBK A; 3S3O A; 4HVW A; 1N8R C; 2I2L A; 4LUE A; 1U3O A; 1T0H A; 2DIQ A; 5GAN 3; 4C5I A; 3MEU A; 3SHW A; 1FXX A; 1W2B P; 2DJQ A; 4QVZ A; 2YUN A; 2DIG A; 2CP5 A; 4AG1 C; 3M54 A; 4J5Y A; 5GAO l; 1TU0 B; 5KYX B; 3V7C A; 4L6V 5; 3OS2 A; 1X6G A; 2CP0 A; 2V1Q A; 1WFW A; 4XQ3 A; 2FEI A; 2JJ9 A; 2BUD A; 2KRO A; 2ROL A; 3H0H A; 3MET A; 5GAM g; 1D3B A; 1X43 A; 3JCM d; 3S6W A; 1M2O A; 2QAZ A; 1M1K U; 2COZ A; 1NYF A; 5LJ5 f; 5HK0 A; 1OX8 A; 2LT1 A; 4DBR A; 2RK2 A; 3JCM V; 2SRC A; 2P84 A; 4MMK A; 1QVF P; 1UGQ B; 1S1N A; 5IAY A; 2A36 A; 2CSQ A; 3FJ5 A; 2KE9 A; 3INZ A; 3NGP A; 4KUD K; 3CC2 Q; 1WXU A; 3CC2 T; 4RTZ A; 2QA4 Q; 1JB0 E; 2QA4 T; 2NWM A; 4JZ4 A; 1PM3 A; 2QQS A; 3L42 A; 2RHY A; 2EJG A; 3QZ5 B; 1NG2 A; 3EHR A; 4XU0 A; 2X4X A; 1D3B B; 2JM9 A; 2OAW A; 2ABL A; 4JJB A; 1WYX A; 3HPW A; 1RL2 A; 2R5A A; 4RTU A; 2X9H A; 4ELY C; 3EG2 A; 1JU5 C; 2QG9 B; 3OW2 P; 2KXD A; 1X6O A; 3DKM A; 4JJN K; 4MDW A; 1X69 A; 4PLL A; 2V8J A; 4FSS A; 1VQ8 A; 4OVA A; 1Q81 C; 4FYW B; 3J80 E; 1KC8 U; 3QII A; 2B86 A; 1IGQ A; 3G71 A; 4KGX B; 4M78 C; 3VS7 A; 2LX7 A; 1Q86 C; 3QXE B; 2D8J A; 5KYY A; 1WDX A; 1VQM A; 4RCC A; 3UF4 A; 4XTU A; 3EHQ A; 2HDA A; 3OYN A; 1QCF A; 3FLG A; 4OMF B; 1EX4 A; 4II1 A; 2RQR A; 3HFO A; 2LDM A; 4D6W A; 2J6F A; 1NLP C; 5GAO r; 1VQP Q; 1VQP T; 2AHJ B; 2DD5 A; 2PU9 B; 1K8A C; 1K73 C; 2CP7 A; 4JRI A; 3M0S A; 4XTW A; 1FMV A; 1MND A; 3TU4 K; 3R6O A; 2XDD A; 3URG A; 3LGF A; 1PD1 A; 2L3S A; 3BDU A; 4C92 E; 5KYY B; 4LXC A; 4BI3 A; 1IXD A; 1YJN Q; 5FWC A; 3L2R A; 1I8F A; 5LJ5 d; 1YJN T; 1Q7Y C; 2ENM A; 3CCV A; 2XKO C; 5IH2 A; 5I2S A; 1HJD A; 1HYO A; 2E5K A; 1BIA A; 5KH6 A; 3UAT A; 2FZG B; 3CBP A; 2GGR A; 5IN1 A; 1VQ4 A; 4C8Q E; 4DA4 A; 4DEY A; 2ZPH B; 9ATC B; 5D7U A; 1YJW Q; 3OA6 A; 3CMA Q; 1YJW T; 3A8L B; 3CMA T; 1OX9 A; 1QLY A; 2V1R A; 5GAN 2; 3OMG A; 3PFS A; 5LJ5 h; 1KG1 A; 2EQI A; 3EG9 A; 2KK4 A; 6AT1 B; 1RI9 A; 1NJI R; 1PSF A; 3OMC A; 4QVC A; 1ZHI A; 2DL5 A; 2EQK A; 3M59 A; 5GMK m; 1KHC A; 1B3Q A; 1AZG B; 2YUQ A; 4IIO A; 1YWP A; 4Y28 E; 1W2B A; 2GF7 A; 2HBW A; 3LH0 A; 2KY9 A; 2EYW A; 5HKC A; 5CR2 A; 2KDS A; 2F1L A; 4WCI A; 2EGA A; 3EAE A; 2DZC A; 3L2V A; 1MMA A; 3HSB A; 2HKN A; 3PE0 A; 3OQ5 A; 1RLP C; 5KYU A; 3PMT A; 4A63 B; 2L0A A; 2DER A; 1O9S A; 1Q95 G; 2KR3 A; 5GAN 7; 2K3X A; 3PIP A; 5LJ3 d; 2RPN A; 3A5Z B; 1G8X A; 4AFS C; 4B9X A; 1B7T A; 2XMF A; 2VC8 A; 2JS0 A; 5I21 A; 2EJ9 A; 2JZ2 A; 4KUI A; 4LDV A; 3KFV A; 4J83 A; 5FU6 B; 4J6X A; 4J9E A; 1WGS A; 2LCL A; 3CCL A; 3MO8 A; 1BI0 A; 3M55 A; 5KYU B; 3TQ7 P; 4M7A F; 4KUL A; 4RG2 A; 2CT3 A; 1IHV A; 2FL7 A; 2RI5 A; 3M0Q A; 5LJ3 h; 5CO7 A; 1R8O B; 2ZGW A; 1E6G A; 5IT9 E; 1WZO A; 3A8O B; 3SEM A; 2CYZ B; 2IPO B; 1VQN A; 4MDX A; 1Q7Y R; 1C6V X; 1M1F A; 3I35 A; 2ATC B; 3M57 A; 3OW2 A; 1CSK A; 1R77 A; 3H6Z A; 3CPW P; 3NTI A; 3QWX X; 4JUV A; 1PC0 A; 1VYU A; 2XDP A; 2RI3 A; 1QVG P; 4X9D A; 1ZSZ C; 4BAC A; 2M0Y A; 4EIK A; 3G4S A; 4XU1 A; 1Y07 A; 4M77 F; 1NYG A; 3OYC A; 2LQW A; 4O6J A; 4ANJ A; 3M4G A; 2QEX A; 4J9G A; 2CH4 A; 5LJ5 e; 3FB9 A; 3V7R A; 4AT1 B; 7AT1 B; 2XIC A; 2L5Q A; 3L2Z A; 3I56 A; 3CXC P; 3KUF A; 1K1Z A; 3BW1 A; 1JJ2 S; 4J9F A; 4KT0 E; 2FPD A; 1I5O B; 1VQO A; 1Q82 R; 2YLB A; 2DAQ A; 3O8V A; 2H8H A; 4ZN1 A; 3MPU B; 2E1H A; 4J9I A; 1W70 A; 2VKN A; 1TUG B; 2EQM A; 4M75 C; 3S3M A; 5A0G A; 5GMK j; 4C0D C; 1K9M U; 2CDT A; 4FSX A; 2EAY A; 3CME A; 3EG1 A; 4LD6 A; 2ED0 A; 1PHT A; 4N0A C; 2OJ2 A; 4ATO A; 2JMC A; 1GFC A; 5CKE A; 1I5L A; 2DL7 A; 1HK9 A; 3QZ9 B; 3LLR A; 2RK1 A; 3GPL A; 4FYY B; 2F2X A; 5IHK A; 4FYV B; 2J06 A; 4KGV B; 3SB2 A; 1YWO A; 2DRK A; 1B07 A; 4NS5 A; 2FZK B; 2K2V A; 1C0M A; 2K3Y A; 2RN8 A; 4KBM B; 4HVV A; 4F7U A; 1CKB A; 3S3N A; 2HQH A; 3OBW A; 2KRM A; 2RQU A; 1HXD A; 2DFU A; 2BZ8 A; 1YJ9 A; 1UGP B; 2RHX A; 3RBB B; 4DOV A; 2E6N A; 3CCM Q; 1SRM A; 3CCM T; 4FIB A; 3VS4 A; 1A0N B; 3JV3 A; 1ARK A; 5LJ3 e; 5GAN 6; 4KGZ B; 4C5G A; 2JT4 A; 4P5N A; 3EFO A; 4C92 D; 4EMG A; 2RH2 A; 1UJY A; 2RQT A; 3GIB A; 4CC4 B; 2JW4 A; 2BKD N; 4JZ3 A; 2YXY A; 3M0R A; 4Z8A A; 3G6E A; 2BE9 B; 2KT8 A; 4C8Q G; 4M7D E; 4OB0 B; 4M77 G; 2LJ0 A; 2K2M A; 3CCS A; 5FLX E; 1FX7 A; 2EBP A; 1YHQ Q; 4GY5 A; 3JB9 G; 1YHQ T; 1NE8 A; 2CUD A; 1OPL A; 3GNG A; 1GBQ A; 3G7Z A; 1KQS P; 4MZP A; 1T0J A; 3KBG A; 2CRE A; 2HEQ A; 2JN0 A; 2D0N A; 4C92 A; 2NUP A; 2HSP A; 3EFO B; 1YN8 A; 2HSE B; 3EH2 A; 1RAC B; 2VYT A; 2ZPE B; 3X28 B; 3CCJ Q; 3OYJ A; 3EH1 A; 3CCJ T; 2YHT A; 1PG5 B; 4C8Q A; 3M0P A; 4PJO G; 3SWN C; 3QWY A; 2QYZ A; 1X2K A; 4PL6 A; 3I55 Q; 1NEG A; 3I55 T; 4LUD A; 4FT4 A; 1O75 A; 2GTJ A; 3DLL A; 2YUO A; 4GLM A; 4XU3 A; 3VKI A; 1M90 U; 4OP0 A; 1NEB A; 4IUQ A; 3THK A; 2E4H A; 1I07 A; 2NUP B; 2AT1 B; 2E3H A; 4IUT A; 3VU3 C; 2DMO A; 5GJV B; 4IIM A; 1M1K R; 4MZT A; 2G6F X; 2RHI A; 1KQ1 A; 4OB1 B; 1QVG A; 4CC3 A; 1AWX A; 2PVG B; 3REB B; 3GP8 A; 4PJM A; 2OAU A; 4C8Q B; 1QVP A; 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