1GG0 | Genus

Total Genus 81

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	81
sequence length	284
structure length	275
Chain Sequence	MKQKVVSIGDINVANDLPFVLFGGMNVLESRDLAMRICEHYVTVTQKLGIPYVFKASFDKANRSSIHSYRGPGLEEGMKIFQELKQTFGVKIITDVHEPSQAQPVADVVDVIQLPAFLARQTDLVEAMAKTGAVINVKKPQFVSPGQMGNIVDKFKEGGNEKVILCDRGANFGYDNLVVDMLGFSIMKKVSGNSPVIFDVTHALQCRRRAQVAELARAGMAVGLAGLFIEAHPDPEHAKCDGPSALPLAKLEPFLKQMKAIDDLVKGFEELDTSK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE SYNTHASE
publication title	3-Deoxy-D-manno-octulosonate-8-phosphate synthase from Escherichia coli. Model of binding of phosphoenolpyruvate and D-arabinose-5-phosphate. pubmed doi rcsb
source organism	Escherichia coli
total genus	81
structure length	275
sequence length	284
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2000-08-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1gg0A00

1JCLA 1GYLA 3R89A 3W1XA 3N14A 1KFLA 3GAYA 2AGKA 1OABA 4NZFA 3QM3A 4FXSA 1ZFJA 2Y63A 3BG9A 4ALDA 2ZZ6A 1DORA 3LHVA 3PS7A 3CIWA 4UC5A 2J9YA 5FEWA 3P81A 4O50A 2X30A 4S2CA 1I2NA 4UTWC 3VFLA 3FJ6A 1AW1A 3UWQA 5CPMA 1H60A 3PUDA 1LM1A 1L6WA 3LRLA 1L6YA 3D0CA 1I2QA 3LI0A 1K02A 3MJYA 3C4UA 3LHZA 4IJBA 2Y7EA 7TIMA 3CIXA 3NYZA 3KXQA 5LHEA 1DQWA 1O94A 3S6DA 1SW7A 5KINA 3BW3A 3RK8A 4X22A 3I7QA 2EF9A 4BFAA 1VLIA 2NWRA 4ZQMA 5EL1A 1UUOA 4FHAA 3NZRA 1J4EA 3KAOA 4N9BA 3F4WA 2QDHA 3VNDA 4LU0A 4DF1A 1PV8A 4AAJA 3PWAA 2ZRWA 1W5MA 2QJGA 1YPIA 4Q4KA 1KBIA 5G2IA 3G1VA 3L21A 4BWLA 4X9SA 4R34A 5D05A 4AB4A 2I14A 1VR6A 3B4UA 3SIZA 4A29A 3FOKA 1XDMA 5AHEA 3G3MA 3P82A 5HUPA 3C2RA 1LBFA 2YFNA 1S5VA 2FPYA 2GOUA 3S1VA 2FTPA 5CGQA 4U28A 1TJRA 4RCXA 3S8HA 3NA8A 4YCOA 3EX3A 4WXYA 3TMLA 3G1AA 3ABQA 3C61A 4UTKA 4OU1A 4FX7A 4UFIA 4ZQCA 1W3NA 2ZA3A 4M6VA 5KTLA 1KTNA 1F76A 4FNSA 5LNVA 5FF2A 3A23A 1QOQA 3W74A 4JTSA 2ZZ2A 2VOMA 2YGYA 2ZZ4A 2RFGA 3KRSA 3UYCA 5GVJA 2A7NA 1ZENA 4DXVA 3GX9A 1TTQA 3HF3A 3PVFA 3U6WA 3W1NA 3W1TA 4QJ1A 3CM4A 5DLCA 1OX5A 2YCEA 4WOQA 3W3OA 2G97A 1K8YA 1XM3A 4RXGA 1AK5A 5A8GA 4RJEA 2B7NA 1I2RA 3IVSA 3HIJA 4DBDA 1KW1A 3W87A 4QQ3A 2G96A 5I3IA 2Z6JA 5CPLA 1QO2A 1VGAA 4C1KA 2WPBA 3LXCA 1VZWA 1TIMA 4MUZA 1RV8A 3UWYA 1MEIA 3NM1A 3GXTA 1KFJA 1XI3A 1CW2A 2VFFA 4XBKA 1VYSX 3NQVA 3SY5A 1ICSA 4BR1A 2QUUA 3QJAA 4MZ8A 3FA5A 1GYNA 1HFBA 2EHHA 5D37A 4AHPA 1I2OA 2VEPA 5HNRA 1PHWA 2B0MA 1OX6A 1TB3A 4NZJA 1LOSA 1MXSA 1EP3A 2NUYA 1SPQA 3R12A 2X1RA 2Q3OA 2ZBTA 3IEBA 1VS1A 3SFKA 4N4QA 1FDYA 1GVSA 5U4NA 2X2GA 1S5WA 1JRBA 4WJEA 4FEZA 1O60A 3UD6A 1O4UA 3HG2A 3QQ1A 2J9ZA 5LZLA 1LRTA 2ZQ0A 2BX7A 3Q37A 4DEFA 4E2BA 3OIXA 1Z44A 3DBPA 2DZSA 1J2WA 2ZZ7A 3N3MA 5BMXA 1SUXA 2QCDB 1DKWA 1Z48A 1QNVA 3LHYA 4POCA 2NX3A 3A22A 1RQEA 3W7GA 4MZ1A 1ICQA 2OMAA 3CU2A 5F1VA 5IBXA 1OYCA 1W54A 3W23A 3F03K 2ZYFA 5F1UA 1GWJA 1TQXA 3CEPA 3KRZA 5LNUA 4QSHA 1KLYA 1XUUA 2ZTJA 1QOPA 3C6CA 4LVBA 4IXXA 3B05A 5LNSA 1X1ZA 4LVAA 3LCGA 4HPXA 1LOQA 3P8IA 2BZNA 3NG3A 3N19B 3W75A 3W7LA 4IGHA 1FY6A 4HSOA 3STGA 1FWSA 3HOJA 3RF9A 4OBTA 2JBMA 2DJXA 5I3JA 3DAQA 5K4ZA 4LY8A 3TA6A 4LV4A 4JN6A 3MHFA 3TQ0A 2ZFAA 3LRMA 5AN7A 1A50A 2YZRA 1SU5A 4RR4A 1O5XA 1EP2A 4FO4A 2A6LA 4UFMA 5BOOA 1Z41A 2ZRXA 2TSYA 4M6PA 3ZFHA 4LC8A 4MY8A 1G7VA 2NUWA 4GUGA 2EGZA 5IBXC 4JTGA 3T7VA 5K9XA 3Q2DA 2CU0A 1EWDA 3DKJA 4O19A 4JTHA 2WKJA 3HGJA 3SGZA 3UZJA 4IOTA 5FF7A 5F2GA 3UPWA 1OFPA 1KTBA 5CSRA 2GQ9A 4K37A 5CZTA 3M5YA 3WK2A 5J5DA 3BLFA 1T96A 4IMCA 1Z42A 1UASA 3NZ1A 5C5YA 3O1NA 1G4PA 5H2ZA 1G6CA 4IWWA 4XQ6A 4PFMA 4FF7A 1MEHA 3DU0A 3M7WA 3MBFA 1SO3A 1W5QA 4O53A 5FI8A 4HN4A 5AC8A 2DZWA 2O7SA 2QCHA 1PL9A 2Y70A 4O57A 4R53A 3L68A 1YXDA 3N73A 3QSRA 4JR5A 3NQ7A 4EIVA 4FX6M 1G7UA 3NNTA 4C1LA 3LM7A 1XKYA 1FWRA 2XN1A 5TBOA 3IRDA 4OV9A 3PF3A 3GNDA 5G2HA 4UFKA 4U4MA 4AH7A 2JKEA 5EMUA 1VQTA 5I3FA 5EBUA 4A3UA 4WZHA 4OT7A 4PH6A 1DOSA 3EWBX 1BKSA 1L6SA 4LVDA 3QQ0A 3G18A 3W2NA 4IMFA 1KM1A 4Q33A 2VFHA 3RMJA 1DVJA 4YWIA 3BG5A 4IX2A 2LLEA 3W7JA 5CKSA 4MJMA 4JTEA 3S5OA 3UXDA 1F05A 3QPZA 4CNPA 4FNQA 3LHUA 3P80A 4JTFA 4LS0A 1K3UA 5D2XA 1DL3A 3B0UX 4JEQA 1IXQA 1WOAA 1I8JA 4XTIA 1TRIA 5KZDA 3HG3A 4LWWA 3FYPA 3NL6A 3VKJA 4MVAA 4QISA 1YDOA 3TIMA 3LCLA 3CWNA 3IGXA 5C55A 3C52A 1H1YA 1TPUA 5D09A 3DFNA 2E77A 4KFOA 3JS3A 1A5CA 1C8VA 1B57A 1LDCA 5L6UA 3QRHA 3W70A 4ORMA 1M7OA 5AC7A 1M5WA 3TV8A 2A7PA 4WD0A 3LERA 3FJLA 3M44A 1YDNA 4QNWA 3THAA 4CCDA 3GK0A 1UB3A 3A21A 3LV6A 1AMKA 1DQXA 2B4GA 2NUXA 3TW7A 1RZMA 4XBSA 3NL3A 2Y61A 3DZ1A 5KITA 5LNRA 3E49A 3EX1A 1X6UA 1PVNA 4GE8A 1F7BA 5C2XA 4AVFA 3W2LA 3GR8A 3M43A 2RDUA 3K30A 4DO5A 4ZZ9A 1FXPA 1DHPA 1YXCA 3W1QA 1M6JA 2A6NA 4AHOA 4M6QA 1NSJA 1H61A 3SZ8A 1GTHA 4LS1A 3B8DA 5AYZA 4ONVA 3WK3A 1SSDA 3W86A 4Y9AA 4UTTC 1KLZA 3U8GA 2BLEA 4QM1A 1LYXA 5D30A 1F73A 2Y7DA 3QC3A 1TREA 3QSTA 5SWUA 4GNJA 2ISVA 1VHCA 3Q58A 4P61A 2CZDA 4JTJA 3G1XA 3TH6A 4XUGA 3L5AA 3EWUA 3SGUA 1TJPA 1JULA 4AHQA 4Y90A 5HWNA 3L67A 1H5YA 3BW4A 5D38A 1B4EA 1KFKA 3S0CA 3NL2A 2QR6A 2RH9A 1TTIA 1ZAJA 2GVJA 1V5XA 2Y7FA 3TUUA 1GEQA 1A5SA 1I2PA 1TPFA 4E0CA 2FPVA 3PSVA 4UR8A 4LUJA 2PURA 1KV5A 1SZNA 2WNQA 4OWGA 3LBCA 2VC6A 3V1PA 3THQA 4LUIA 4A2RA 3W88A 1EEPA 4MKNA 1O95A 3BO9A 3FKRA 3T4CA 5F2LA 1JJKA 4NJJA 4JGDA 1FWWA 3TFXA 2E6AA 4I7WA 2DZUA 5G2WA 1ONRA 4MZYA 3DFPA 2A4AA 3ZWSA 4KKXA 1VYPX 4LW7A 4YL2A 4EOUA 2QCDA 2YX0A 4UTLA 1ZCOA 2O7QA 2B7OA 3G0SA 3M5XA 1S5TA 3W7PA 2A1YA 3B06A 3CC1A 3ATYA 2WQPA 4JX5A 5CZSA 3NQGA 3GB6A 4UTIA 2QAFA 4CCEA 4K39A 1ADOA 3RLUA 4N6EA 5HINA 4O12A 3BV4A 5DXYA 5K9DA 1GJPA 1ZAHA 3G0XA 2NV2A 2HS6A 1FBAA 4JTIA 4MY1A 2X1UA 1R2RA 1FDZA 1OFBA 1TSIA 3W7MA 2NX1A 1TPDA 4FB7A 3NO5A 3QMRA 3YPIA 3LXAA 3LLDA 2P0OA 5EA9A 1PHQA 3NPXA 1YPFA 3EX4A 2ZRVA 2AAMA 3TSDA 3TXVA 1G4SA 4LVGA 3IVTA 3L0GA 3O15A 2Z1BA 3E0IA 3MW7A 5HULA 3P7YA 2BWGA 2HS8A 1M7PA 4FXRA 1DJNA 4LTSA 1ME9A 1PCKA 1XFBA 5G1TA 4PCFA 3ANYA 1IXNA 1RVGA 2OZ0A 1A5BA 3VE9A 4DELA 1TPC1 3WJWA 2ZTKA 1XL9A 2QEZA 1WV2A 3CHVA 4ZQNA 1WAUA 3L0NA 3L0KA 4IPIA 4N6FA 4QNEA 4W9TA 4QAIA 3DFOA 1F2JA 4WQ6A 2VFDA 3MO7A 2NXIA 4BI5A 2ZRYA 4FIQA 1YLVA 4HHPA 2QF7A 3GDRA 1OFDA 4ZL1A 1ZJIA 3G1HA 3MWAA 1W5OA 3MYOA 4HNTA 1LBLA 2C3ZA 2NXHA 1SO6A 3TC7A 1KV8A 3S1WA 5AHFA 5K9CA 3W2UA 1W0MA 4NVTA 1QDSA 1FX6A 4K7VA 4JX4A 1YDVA 3CLMA 3ZR4A 5BRBA 3Q94A 1GPWA 4MLRA 5KMYA 3FFSA 3IVUA 1NF0A 3TCEA 3NQ6A 2QCNA 1P1XA 3PG9A 3HMJG 1IF2A 4UNLA 4YMZA 2NXGA 4O1BA 1ZHAA 1G4EA 3KVLA 3M5VA 1TPWA 2D73A 4N2YA 4O13A 4BWLC 1RQBA 4O17A 5KZMA 4R7JA 2ATMA 1QFEA 3DFTA 1ZALA 1XC4A 1KM3A 3C56A 2VFIA 3SI9A 1OX4A 1QO5A 1SW3A 3BLEA 4O4VA 3GZ3A 2B7QA 3GKFA 2Y62A 5HQEA 4JS3A 3PBWA 2ZZ3A 4GUHA 3G22A 4YXGA 3QW3A 1GVRA 4O14A 2PRLA 1VYRA 4Y8FA 5AHIA 1PIIA 1P0NA 3ELFA 2QCEA 3LXBA 3LGEA 5DY3A 4GRSA 5E0KA 1EPXA 1TV8A 1AW5A 2HTMA 1T8XA 4O0KA 1TCDA 4DPPA 3NQ8A 2TMDA 2ABBA 1OHLA 5KSWA 1GVOA 3L5MA 3ABRA 3W72A 1CX9A 2A5HA 3W7HA 3NQAA 3CEUA 4J9JA 1DBTA 3BW2A 3GDLA 3LCWA 3NPUA 4K8EA 2BTMA 3W7KA 4NNBA 2ZCGA 3O63A 3P67A 4UCGA 3V75A 3WJXA 2DORA 3PR2A 4NXSA 5G4EA 3LBMA 3MI3A 1R47A 3O6DA 3I65A 3DFQA 3UWUA 3NQDA 1F74A 1VPXA 1OYAA 4JIPA 4N9CA 1R46A 2J27A 3CPRA 1Q6QA 2WOQA 5CPNA 4OE7A 4LS2A 1XBVA 3EWZA 3L9CA 3W1AA 3PUEA 2C19A 1QPRA 2W6RA 1TYGA 3DENA 4K38A 2V2CA 2E09A 3S1UA 1AL8A 3CQ0A 1TV5A 4UR7A 4NNCA 4PTNA 1B9BA 2ALDA 4O15A 1KM2A 3IIVA 4XKYA 2A7RA 2GPTA 5DCEA 2FQIA 2C0AA 1B3OA 3UPBA 5FEXA 1PCWA 1KA9F 3P84A 6TIMA 4ML9A 3GVGA 5T26A 2V30A 2IQTA 4WX2A 3QFEA 1UUMA 5G4WA 1H50A 3RNDA 3W2KA 4N9DA 1FCQA 3GDMA 3HGOA 3MP5A 3MI2A 4NX0A 1HO4A 4TU1A 4IMEA 2R91A 3ATZA 1LTDA 4Z08A 2PC4A 4G1KA 3O6CA 3G1DA 3W71A 1NAL1 2F7FA 4AEOA 4ORIA 4CQAA 3W7IA 5DBTA 2BSLA 2J9XA 3N9SA 2NWSA 4O0ZA 2UV8G 4GUIA 5CSSA 2V5BA 3BGJA 4ZQPA 5MHBA 5LKYA 2C1HA 3W7OA 5D2TA 4AWUA 1ALDA 5DXXA 3PUOA 3KVMA 1LBMA 4LV9A 3WFAA 3MP4A 5AB3A 2C18A 3BGGA 3B04A 4Z1CA 1XXXA 4Q32A 3S9YA 1LRQA 3LV5A 4MOZA 2V81A 2DP3A 1Q3NA 3G8RA 5BMWA 4UFLA 4NT0A 1A53A 3W76A 4RV8A 4TMCA 3EXSA 2DZTA 3INPA 1H51A 5AYXA 4I9AA 1X1OA 2WSQA 1TMHA 4MIMA 5FEPA 3PB2A 2Y89A 5KZEA 5A5WA 2VENA 2ATSA 2A0NA 3MYPA 1OFAA 5LGZA 4A22A 1ME7A 2OT0A 3N2MA 3B0VC 4IMGA 2PE4A 4Z1BA 4ZMGA 1QR7A 3BPWA 2C14A 5LGXA 4AWTA 3IGSA 3EWXA 4A2SA 1YTKA 3DFSA 4LRSA 4MFEA 3IV3A 1UBSA 4WOZA 1K7EA 1MEWA 3M0ZA 1XCFA 1OX4B 3N2XA 4HNVA 1WOBA 3UNDA 4O16A 1BEUA 3QZEA 3FKKA 3TSBA 4DF2A 5K3VA 2GQ8A 1FUYA 2W79A 4OV4A 3T44A 2QJIA 3E02A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1GG0A

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