1GG1A

Crystal structure analysis of dahp synthase in complex with mn2+ and 2-phosphoglycolate
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
343
structure length
339
Chain Sequence
DLRIKEIKELLPPVALLEKFPATENAANTVAHARKAIHKILKGNDDRLLVVIGPCSIHDPVAAKEYATRLLALREELKDELEIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHMDNSFQINDGLRIARKLLLDINDSGLPAAGEFLDMITPQYLADLMSWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGTIKVAIDAINAAGAPHCFLSVTKWGHSAIVNTSGNGDCHIILRGGKEPNYSAKHVAEVKEGLNKAGLPAQVMIDFSHANSSKQFKKQMDVCADVCQQIAGGEKAIIGVMVESHLVEGNQSLPLAYGKSITDACIGWEDTDALLRQLANAVKARR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Lyase
molecule keywords 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
publication title Structure of 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase from Escherichia coli: comparison of the Mn(2+)*2-phosphoglycolate and the Pb(2+)*2-phosphoenolpyruvate complexes and implications for catalysis.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 120
structure length 339
sequence length 343
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2000-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1gg1A00
1D3HA 1W5QA 2NLIA 1NF0A 3I7RA 4IXXA 2VFEA 4ADUA 5C2XA 3G0UA 4O17A 2EGZA 4JY9A 2Y63A 4CQAA 5K4XA 3G24A 1OFOA 5AFDA 1F74A 2DJXA 1ICSA 4KKXA 2DZXA 4RZ4A 3DXIA 4FIQA 1KLYA 2YXGA 3W7RA 4AWTA 1VS1A 5D04C 2G95A 2Q3RA 5AC7A 1SZGA 4ADSA 3HGJA 2A7RA 4H6KA 1LDCA 3ABSA 3TMQA 2VENA 4GUFA 5U4NA 4IUOA 1ZHAA 2CZ5A 4N6EA 2V8ZA 3W7KA 3OHIA 4LU0A 2NZLA 2X30A 3Q37A 4OT7A 1FUYA 2PE4A 3G1SA 3GZ3A 1PE1A 5CPMA 1O60A 3B05A 1Z42A 1TREA 4RCXA 5K9DA 1SQ7A 3IRDA 4ZZ9A 2TPSA 2Y89A 4NZJA 1J2WA 1V7YA 1W37A 3H53A 1VC4A 1GPWA 3G18A 3C4UA 2CLIA 3ATYA 3NQDA 2A4AA 2FPTA 3I7SA 3LRMA 5HR7A 3QF0A 3DKJA 4N9DA 2ZA1A 3EWYA 3TA6A 1FQ0A 4LVFA 1TYGA 2FPYA 1OYBA 3HPXA 3HG5A 3R5EA 3T55A 4XUGA 4FNQA 3F1QA 3C6CA 4MY8A 1F7BA 4UMBA 5KZMA 1RQHA 3EEGA 4DQWA 1ZENA 4UTTC 2ALDA 1KTBA 4DF0A 1QO5A 3FEMA 3P80A 4JY8A 1YXYA 1G6CA 4OGZA 3TC6A 4FX6M 2YPIA 3NQ6A 3BARA 4L4LA 5IBXA 1D3GA 3LDVA 3W1NA 2E6YA 2CZFA 4HPXA 5E93A 5BRBA 3L5AA 3FJ6A 3HBLA 4RZ5A 4O52A 3PG8A 3HG2A 3BO9A 4DF1A 1QO2A 3CC1A 2CFFA 4IGHA 3S42A 5HQEA 1G4EA 1EUNA 2VEIA 2H8ZA 4DXVA 3LLDA 4NJGA 5F2IA 1H7PA 5HJLA 3C3NA 1R47A 2R94A 3NEVA 1KM2A 3VNDA 5LHFA 4LWWA 1GYNA 2X16A 1FWNA 4OBTA 4POCA 3RMJA 4HNNA 3FKRA 4OWGA 2X1SA 5E0KA 1WX0A 2QKFA 3GXNA 4EIVA 2BWGA 3UPWA 3W75A 1QPOA 1KTNA 5AC8A 1HFBA 3IIVA 3QM3A 1GEQA 4IMDA 1TPB1 3NR0A 3DENA 3W3OA 1X7FA 3I65A 5K3VA 3ANYA 2CLLA 3OVRA 4PCFA 4Z0SA 5A8GA 3CT7A 3FS2A 3KVLA 5LKYA 1OG0A 2QEZA 4O28A 3LBCA 4NT0A 3W84A 1LBFA 1Y0EA 5EYWA 3H54A 5DBUA 1G4SA 3T40A 2GVLA 1UASA 4HNUA 3LCXA 1HG3A 3CM4A 3UY7A 1QAPA 2Y6ZA 2EF9A 4O1DA 2F84A 4Y6GA 1XUUA 4EF8A 1GTEA 2E6DA 3MYOA 2J9XA 4E2DA 2I1OA 1B4EA 3QJAA 5KITA 3TQVA 2HMCA 3YPIA 2ZRVA 3SR7A 1AW2A 1OFAA 5CSSA 3LB0A 4O11A 1R46A 4WY0B 1KM4A 1F6PA 3BVJA 5HWNA 1PV8A 3BW2A 3TH6A 1R30A 3S5OA 1JUKA 2NXHA 4ADTA 3HMJG 4LC6A 4WY0A 2X1TA 1KFJA 4LS1A 1ME9A 4NUWA 4S1FA 2C3ZA 3GDMA 2E1DA 4JICA 2X1UA 2J6XA 4AWUA 3NGJA 3NAVA 3GXTA 5MHBA 1GVSA 4UTUA 3QZEA 5AYZA 4FB7A 3S5NA 2X1RA 3MI2A 3C61A 1XKYA 5D2YA 4K8HA 4AXKA 2V5LA 3RLVA 4NVTA 2HTMA 5CGQA 1HO4A 1H63A 5LZLA 1M7OA 3MMTA 5D02A 1EEPA 3P74A 5EPDA 4JTUA 1JCNA 4IMEA 2ZRZA 4DO4A 1IXPA 4QNEA 3GNNA 2B7QA 2VC6A 3NG3A 1P0NA 2RDTA 3Q94A 4LC8A 3GYEA 4NJJA 3PC0A 1TTJA 4YCOA 4IQLA 4UTJA 1H7RA 1UCWA 5U7SA 4N02A 4O0ZA 1OF6A 2NX1A 1YXCA 3OIXA 5IBXC 3ELFA 1O4UA 4CQ8A 2OT0A 1ME8A 1FCBA 2QCDB 4ICNA 2EKCA 5DY3A 1R2SA 2WPBA 1ME7A 5FESA 5HWMA 2VOMA 2ISSA 4QSHA 4M6VA 1TPC1 1UUMA 2PC4A 3GDKA 4KWVA 1XC4A 3OG3A 3T7VA 1OVDA 1KM5A 4YWIA 3KRSA 2PURA 5G4WA 2NXGA 1Q3NA 5LGXA 3DI0A 4D2JA 1FWTA 2VKZG 4PL2A 3SJ3A 2GQ8A 3UPBA 1GVOA 3W07A 5AN7A 2PRLA 3B0VC 1A5SA 4RXFA 5EL1A 1B4KA 1ZAIA 1VCVA 2YZRA 2QF7A 1W3TA 5J5RA 1U5JA 5BW6A 3LHWA 1PIIA 3A5VA 5KSWA 2FLIA 2ZBTA 3LRLA 4TMBA 3O6YX 1DQWA 1SZNA 2PRMA 3GXPA 4IX2A 3F03K 4C1KA 3W7HA 4BWLA 1GVRA 3N3MA 2BX7A 3KVKA 2CLHA 1KBIA 4O13A 3BGGA 3K30A 3UY8A 2DZWA 2ZDRA 2E6FA 2KZHA 3WJWA 1EUAA 3NQGA 1W31A 1FCVA 3C2FA 1WBHA 4Y90A 1TPH1 2QCCA 2FDSA 2FIQA 3TW7A 1LZOA 1NAL1 3MWAA 2QCFA 2ZTKA 2QCEA 4O57A 3QSTA 2YX0A 3A5FA 5CZ0A 4WOQA 2QDHA 4O50A 2OCZA 3BW3A 3N73A 4UTMA 5AHLA 1TRIA 3UWVA 3W7IA 4AHOA 3O6CA 3R12A 2VEPA 2VFIA 3OA3A 1DL3A 3NO5A 3LHTA 3L68A 4LRSA 4HNVA 4A2SA 4I7VA 1LRNA 1Q6QA 2V81A 4UFMA 3W86A 3E9AA 3CU2A 5DCEA 4YCPA 2DZSA 3TJLA 4ZQPA 1H62A 1JVNA 3GK0A 3NQAA 3FIGA 4H4IA 3L9CA 2TYSA 4GUHA 5HULA 3GDRA 1LRQA 4XTDA 1T99A 4G1KA 1FCQA 5D33A 3JRKA 2PRHA 2XN0A 3HGOA 1QDSA 3IV3A 4IWWA 3NVTA 1W3IA 1L6WA 1EP3A 4DO6A 1TPUA 3C2RA 4X2RA 3P8IA 2A6LA 3W7MA 1TTIA 2CZEA 1N7KA 3W7EA 4QISA 3BG5A 3E96A 2V30A 5CZJA 1QPRA 2WKJA 4AF0A 2J24A 5G2IA 5AHMA 1R2RA 2FB3A 5CZTA 3HPSA 5CPOA 3NQ8A 3A23A 3W88A 2WNQA 1WYIA 4JYDA 5K7JA 4JGDA 3EXTA 2WSYA 2QUTA 3LM7A 3W7CA 1F76A 1SR9A 2AAMA 2OZ0A 2Y7FA 4XZ9A 3GX9A 4K6AA 4NJIA 2E6AA 2AQWA 3NQVA 1SW0A 5I3JA 1T96A 2TMDA 3IIXA 1TO3A 3A22A 3L5MA 1JRCA 4Y96A 5FF3A 1F73A 5HR6A 4WOZA 2QJHA 5F2GA 1VLIA 4TR9A 3G1YA 1OHLA 1X1OA 4FF7A 1FY6A 3B06A 1FWWA 3O8AA 5D2XA 4NJKA 3A9IA 1ZCOA 2Q8LA 1DKWA 1LCOA 3PB0A 2G96A 2I9EA 1YADA 1GWJA 3I7QA 4A21A 3CB8A 1A53A 3M5ZA 3NM3A 5FF0A 5LNUA 3TJXA 3MP5A 4LV9A 4O12A 1A50A 4KFNA 1WA3A 4BWLC 1XL9A 4NJHA 3HJZA 1H61A 3GKAA 4JIPA 4FNPA 3GR7A 2QCMA 1S5VA 4PL1A 5G2WA 5AHFA 4UMAA 3IVUA 3P61A 4TX9A 3LTSA 3STFA 3TUUA 1JQXA 3DFNA 3PSVA 5BNKA 3DFPA 4O53A 3W2UA 2DJLA 3STCA 4OQVA 1FXQA 4BF9A 1ADOA 2QAFA 2JKEA 3TK7A 3P5ZA 4JTTA 1UB3A 4O4WA 2GVJA 3M16A 3UWZA 1Z44A 3TQ0A 3BLEA 4HSNA 1L9WA 1E51A 2YSWA 5D05A 5FEZA 5I3FA 1GTHA 2H3BA 3SSJA 4AH7A 3HB9A 3W7OA 2OT1A 2A5HA 1UJPA 1N55A 4PODA 5CPLA 1BKSA 5HUPA 2RKXA 1QOPA 4U28A 2H8XA 2RDUA 3G0XA 4MJZA 1W5PA 3DGRA 1KW1A 5DCBA 4FNRA 3DFTA 3BW4A 4EWND 4PH6A 4DEFA 3C2EA 3NOEA 2C1HA 4NNAA 3B03A 3VKJA 3W1PA 3DKLA 2V82A 3PS7A 2A21A 5KINA 4XTIA 1ZFJA 1SSDA 1B9BA 4OE7A 4BI5A 3HG4A 4L4MA 3U2OA 3UQNA 3BG3A 4AHPA 4LW7A 4DPQA 3F4WA 1XCFA 1PCWA 4IMFA 3W1MA 4GNJA 4HKPA 1WQ5A 4CNNA 3QQ1A 1GVQA 3NL2A 3W6YA 3VE9A 3LCIA 4H3DA 5F4WA 2CLEA 3UNDA 1OX4B 1TSIA 3FA5A 3IEBA 4HIBA 1MEIA 5I3KA 3UWYA 1FDZA 3H55A 1VZWA 3EWUA 4LS0A 3TX9A 1I4NA 3N9RA 2XN1A 1G69A 4Q33A 4X3ZA 1XI3A 4NXKA 4AVFA 4JYEA 1UBSA 3W7GA 2ZZ7A 2Z1BA 3HGRA 3L21A 5L9FA 3FYOA 1EB3A 3W1RA 3MBFA 2QCGA 1G67A 2JBMA 4FIRA 3LI1A 4IX0A 1YPFA 2W6RA 3FLUA 4QNWA 3LTYA 3EKZA 4IXHA 4UTKA 4E0CA 3SY5A 2ZRYA 4M6QA 3E02A 3VE7A 3TFCA 2NV1A 3IVSA 3C52A 1KFCA 1LBLA 1MEWA 2A2IA 3FOKA 3M5XA 1Q6RA 3W73A 1Z48A 4K7YA 2JGQA 1YPIA 1LLZA 2CLKA 3MBDA 3NL3A 1OYAA 4YLWA 2ZTJA 3S1XA 1DJQA 3W1QA 2YDAA 1YDVA 1I45A 4OU1A 4B5NA 3S8HA 4O10A 2NXIA 4DBEA 3S1UA 2V2CA 1M7PA 1S5TA 3INPA 5H91A 4FNUA 1FDJA 3EX2A 2BXVA 5AHNA 4MYXA 4ORIA 3N9SA 5FF4A 1H1ZA 3LTPA 3NDOA 5EKYA 1J5TA 3P67A 3MHGA 3LCLA 2Y88A 3O1NA 3DU0A 2QCLA 4WUIA 2E5DA 5C55A 1JJKA 4A22A 5AHIA 3W7NA 3WJSA 2Y7GA 4O8RA 4GC4A 3NQFA 4C1LA 3EX3A 3UZJA 4UNKA 1W8SA 3LERA 5G1YA 2WQPA 2B7PA 3C0JA 3PBWA 3G1VA 2J9ZA 2Q3OA 4GJ1A 1X6UA 4JIQA 5LGZA 4XKYB 4UFJA 2OX1A 2NWRA 4UFKA 4I7WA 3V75A 4ONVA 2ZZ2A 4LUIA 3G8RA 3FFSA 1Q45A 5K4ZA 4IMCA 2NX3A 4OV4A 4JS3A 4MFEA 5AB3A 2ZZ5A 2YW3A 1HUVA 1NSJA 2GJLA 3NZRA 4JYFA 5K2ZA 3NZ1A 4O18A 3PVFA 4IMGA 3SGUA 1ICPA 3PBUA 5HNRA 4JTJA 5C5YA 3OEXA 1K8XA 2J27A 3TIMA 1XBXA 2WSRA 3LBMA 5T26A 1AG1O 1BEUA 2BLEA 4KFOA 1SPQA 5G4EA 3S5YA 3SECA 5L6UA 1WOAA 5FI8A 1NF7A 3GDTA 1SZEA 4QITA 4K36A 3C2OA 1O95A 1H50A 1TPVA 2V9DA 2CZDA 1KV8A 5E1QA 5FEXA 2ZZ3A 3CPRA 1T8XA 4M5PA 2ATSA 4AMAA 5G2HA 3L2IA 3W9ZA 4LV4A 2H90A 2DZTA 3LHZA 3TNOA 3S6DA 1NFBA 5D2WA 1W3NA 2JKAA 4PFMA 4MIMA 1O5XA 1CW2A 1IXNA 2A85A 1NEYA 2ZZ1A 2C18A 1PVNA 3CEPA 3NYZA 5K9CA 2QR6A 1VQTA 2QUUA 1IGSA 4O1CA 3LI0A 2GQ9A 4LS2A 4UR8A 3O63A 3QEZA 2QCDA 4MLJA 1B3OA 1LLWA 3CWOX 3B04A 3O07A 2DU2A 3TAOA 3N2XA 1H60A 3USBA 4ORMA 5F4SA 3TKFA 3M44A 3G1XA 2DORA 3WJZA 3KAOA 2WNZA 2CLFA 3M0ZA 3TQKA 4FHAA 2RH9A 1C9DA 2YFOA 3GDLA 1OX5A 4TIMA 1ZAHA 3P8JA 1UUOA 5FEPA 5D03A 1MEHA 1ZJIA 3W2KA 4RZ6A 1OF8A 2R91A 5D37A 3NPXA 3STGA 3O06A 4R34A 2GQAA 3NPUA 2RDWA 4CNOA 1WAUA 4K39A 4WY0F 4JR5A 1XBVA 3TSDA 4ZQRA 4MFDA 2Y7EA 4HT3A 3O6DA 1JUEA 2UV8G 1Q6OA 1Q6LA 4NZFA 4UFHA 2TRSA 4RKAA 2YFNA 2GUUA 2EPHA 2P10A 3LRKA 5KMYA 1FX6A 1OK4A 3BG9A 1LRTA 5LNSA 4W9TA 1RVGA 1KM1A 5F4XA 1JRBA 3KVJA 1K3UA 1IF2A 4CQ9A 4A3UA 4N6FA 1RV8A 4JTIA 3TDFA 4DF2A 5AOUA 4QIUA 1F6KA 1SFLA 3L5LA 3RFAA 4A2RA 2Y85A 3KHJA 3IVTA 2NUXA 3ZWTA 1WDWA 1AL7A 3B8DA 1HTIA 1DOSA 3N34A 1D9EA 5CKSA 1PS9A 3HO8A 4FX7A 3QH2A 1VJIA 1B57A 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 3R8R A;  1TMH A;  3G0S A;  1ALD A;  3HF3 A;  4N4Q A;  3W1A A;  3WJX A;  4QAI A;  2P1F A;  2ABB A;  2E5B A;  4DO5 A;  3VCR A;  5HUO A;  2NWS A;  3HIJ A;  3QFE A;  3MHU A;  2QCH A;  4JTF A;  2B7N A;  2BZN A;  4HSO A;  2E5C A;  2V5B A;  1SUX A;  1JCX A;  1SW3 A;  3ZWS A;  5H2Z A;  1O94 A;  1FCU A;  3B4U A;  3A21 A;  3IIO A;  3QQ0 A;  3WJY A;  3JR2 A;  1JQV A;  2QDG A;  1DHP A;  5AYY A;  3CEU A;  3G1F A;  4QQ3 A;  3HG3 A;  3RF9 A;  4UTH A;  5G1T A;  4Q32 A;  1FWS A;  4JEQ A;  3G1H A;  4ZQO A;  1EWD A;  3DFQ A;  1KV5 A;  3UXA A;  3MP3 A;  1LOL A;  2C14 A;  3R2G A;  1P4C A;  2ZZ6 A;  1XUZ A;  1ZAJ A;  3L0G A;  3NL6 A;  1DV7 A;  5DXY A;  2VEM A;  5D38 A;  4JX5 A;  2VXN A;  1C29 A;  2C15 A;  3LGE A;  2OMA A;  1EWE A;  4GE8 A;  4P61 A;  4A29 A;  4AWS A;  4PTN A;  1TCD A;  1TIM A;  3M9Y A;  4JX6 A;  3SZ8 A;  1JCL A;  4O1B A;  3LXB A;  2VEL A;  5AC6 A;  5EMU A;  4CLM A;  3BK0 A;  3E49 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2NLI A;  3F2D A;  3I7R A;  2D22 A;  4IIH A;  3K1G A;  2VFE A;  1E0U A;  5C2X A;  3G0U A;  2EGZ A;  2Y63 A;  5LYR A;  4JQ3 A;  1F74 A;  2DZX A;  3EB4 A;  4RZ4 A;  1RCQ A;  3DXI A;  3UA4 A;  3BV7 A;  3EOL A;  3KBN A;  3WLK X;  1VS1 A;  5JBE A;  3PN8 A;  3LM3 A;  3BAK A;  3IJ8 A;  4GUF A;  5U4N A;  4IUO A;  2QGY A;  2DT2 A;  1V6W A;  4I90 A;  4MJ2 A;  2UBP C;  4KGJ A;  4RNH A;  2NZL A;  4LYK A;  2X30 A;  3Q37 A;  4OT7 A;  3V0T A;  2PE4 A;  3AYS A;  1FHD A;  3G1S A;  4NRS A;  2FMN A;  1V8E A;  1TV2 A;  3AIS A;  2GGJ A;  4RCX A;  4JKK A;  1SQ7 A;  1V0L A;  1QXL A;  1W37 A;  1VD6 A;  4DUV A;  1VC4 A;  4MSS A;  3C4U A;  3ATY A;  3NQD A;  3AIW A;  3URQ A;  3QF0 A;  4N9D A;  3ITT A;  4LVF A;  2FPY A;  1OYB A;  3UFY A;  3HG5 A;  4FNQ A;  3F1Q A;  4U2Z A;  1DJW A;  4IIG A;  1F7B A;  4QAW A;  2J66 A;  3EEG A;  3WD2 A;  3SUV A;  3ITX A;  2QYG A;  4C6E A;  2ALD A;  4GIR A;  3IAQ A;  1QO5 A;  2E0P A;  2PD5 A;  3P80 A;  3SRF A;  4KWO A;  2NVD A;  1DJY A;  3PZU A;  3LGD A;  3TTE A;  5IBX A;  4L4L A;  2JEP A; 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