1GLFO

Crystal structures of escherichia coli glycerol kinase and the mutant a65t in an inactive tetramer: conformational changes and implications for allosteric regulation
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
EKKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSSTLVEVLAKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGGKGGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords PROTEIN (GLYCEROL KINASE)
publication title Glycerol kinase from Escherichia coli and an Ala65-->Thr mutant: the crystal structures reveal conformational changes with implications for allosteric regulation.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 168
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence X, Y, Z
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1glfO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1glfO01
3A5NC 1H1VA 4FWLA 5B8HA 3O08A 3FLCO 2NLXA 4Y0WA 4B1UB 4QS9A 5ADXH 1GLJO 4MLEA 4WQ4C 3WXLA 1QQOA 1GLDG 3MN9A 4YDUC 1WUAA 4BGBA 5JICA 1ATNA 5BPLA 2GTDA 2CGJA 4BR0A 1SZ2A 2QM1A 1U2VB 4IJNA 3S41A 3SLCA 4PL8A 3UKRB 2IVNA 2YJFA 1P8ZA 3QICA 4CD1A 1MWMA 4GY2B 2F9WA 1HKGA 3WXKA 1X3MA 4ISEA 3EO3A 3A5LC 3MN7A 5BRFA 2P9KB 3RSEB 2FSKA 2P9LA 3WXJA 3BP8A 2V7YA 3GDQA 4BVPA 2YJEA 1X9JA 1X3NA 1Y64A 3CJ7A 4KBOA 3LM9A 1NGEA 4JD2A 5AZIA 2Q97A 4CZEA 1Q18A 3GOIA 4CI6A 4BRGA 1T6CA 1IG8A 3LDLA 1BA1A 2F9TA 1RDWX 3I8BA 1YXQA 4FWRA 1GLAG 3VETA 4CZJA 4FPAA 4ISGA 1XUPO 5BREA 2OANA 2KHOA 4CJ7A 5BR9A 1DGKN 2ASOA 4EAHD 2VCPA 1C0GA 3CETA 3CQYA 2H3GX 5TKYA 1GLBG 3BF1A 3ZETA 3AY9A 2IIRA 4H5NA 4BR2A 2YI1A 1OKJA 2ZGYA 4BRIA 4RCHA 4H03B 3AAQA 3UKUA 2NRHA 4BRDA 2BTFA 2P9LB 3FFKB 5EVZA 2QWOA 3KHYA 4K25A 3H3OB 5BN8A 1E4GT 3WQTA 4BQLA 4MO4A 4JD2B 5AZIB 3JS6A 4B1ZA 3VEVA 4FOEA 3FGUA 3HI0A 3O6WA 3DWLA 5FPEA 2V51B 5FPNA 4O5FA 3GBTA 3G25A 4JN4A 3VGLA 2IVPA 4C23A 1HPMA 2CGLA 1BG3A 2E1ZA 5E26A 2FF3B 5AQJA 3A8YA 2Q31A 1QHAA 2Q0UA 3ID8A 3R6MA 3VOVA 1JCGA 1NGBA 3MCPA 1BA0A 1MA9B 1NM1A 4XH5A 3ZETB 2A41A 3HZ6A 4J8FA 1RFQA 1QQNA 3U4LA 1LCUA 3UKUB 1NGDA 3LDNA 1ATSA 3ZX2A 4WYBA 3SMSA 3M1FA 2GEMA 5AQQA 4CZHA 2YHYA 1C0FA 4CBUA 3FE1A 1KAZA 3QMLA 2IVOA 5F1XA 2QXLA 1NGHA 4FSVA 5AQTA 3VGMA 1QZ5A 4CD3A 3KVGA 1XC3A 2Q36A 4HWIA 4BC5A 1GLCG 3MN6A 4BG8A 4CZLA 4BRAA 2QWLA 3VENA 2QWRA 2V7ZA 5BRHA 1BO5O 3D2EA 4QS7A 4IJAA 3J8AA 3AARA 2QW9A 4A2AA 2FSNA 4ISFA 5E84A 3H6EA 5JLFA 4H0YB 5AQUA 2P9UA 2Q2RA 1IJJA 3L6QA 5LJWA 3FZLA 4K42A 1KAYA 2DPNA 3U9ZA 3FZFA 2HF4A 3CJAA 4PKHA 4K41A 5LY3A 4MLHA 3IMXA 4H5RA 5AQFA 5ELZA 2A42A 4RTFD 3BEXA 4CBXA 3D7EO 2VYPA 2NZTA 2VWBA 4JAXA 4JHDA 3QBWA 4BRCA 1V4TA 4AM7A 3CIPA 1WOQA 1NGFA 1MWKA 3CJ9A 5I9EB 3O1WA 4BQZA 3HM8A 4BRLA 3DAWA 3WQUA 4H0TB 4BRNA 3MK6A 2QWNA 1ZXOA 1Z6RA 3LM2A 2J4RA 4B1XB 2E88A 2HF3A 3D2EB 2PBDA 3O4WA 4XH4A 1YVNA 4WQ5C 1SAZA 3SJHA 2P9UB 5BPMA 2FXUA 1QZ6A 1NGJA 1ESVA 3VEXA 4BRMA 2GELA 4JNEA 3MN5A 4PKIA 3ENOA 3EL2A 5F0XA 5LJVA 4DQ8A 3DJCA 1T44A 2CGKA 4FWSA 5JLHA 3GE1A 1TUYA 4AM6A 5AZJA 1ATRA 3VERA 1MDUB 4QS8A 3ULEA 4JHDB 5AQLA 2E1YA 1JCFA 3L4IA 3WUHA 1BOTO 3H1VX 3VEZA 4BR7A 2E2NA 4FWPA 4H0OA 3JXUA 4NO7A 4EFHA 4M63C 4H0XB 5AQHA 2ZWHA 4DB3A 4A2BA 3DXMA 1CZAN 5AQPA 2HMPA 1NGCA 2ASPA 5AQRA 5AQSA 2E8AA 4FWNA 5AQXA 1TYQA 2A6AA 4F9OA 1EQYA 1SQKA 5KPTA 5KPZA 5EY4A 5AZJB 1HJOA 4WQ4A 2I7PA 4H5VA 4DCHA 5CE3A 3F9MA 4A61A 4BR4A 3ULEB 3L0QA 3VESA 2I7NA 3VF6A 1JCEA 1DEJA 2ASMA 3MMVA 4BGAA 3ZX3A 3MDQA 2AA4A 2WUSA 3EN9A 1K8KA 3CQXA 3TPQA 5KQDA 3M3ZA 3BUZB 3DXMB 3H1QA 4BR5A 1NLVA 2A5XA 3WEEA 5JMVA 4BVOA 4CZFA 1KAXA 3HSCA 4FPBA 4PL7A 4CBWA 5AQOA 1BWFO 1HLUA 4I6MA 3EKUA 1NGIA 1TYQB 5ADXA 4FWQA 4CZIA 3EKSA 3A5OC 3GL1A 4BC2A 4H5TA 1J6ZA 3O80A 5AQGA 5AFUA 4EHTA 3P4IA 3IDHA 4M7YA 3CJ1A 5BN9A 3LDPA 2ITMA 1BDGA 1G99A 3VEWA 3FZMA 2Q1NA 4IWVA 3WXIA 2QWQA 3A0IX 4HTLA 5EOYA 5FPMA 1QQMA 4BC3A 4CZMA 2D1KA 3O1BA 2Q0RA 1XQSC 1LOTB 2P9PA 3C7NA 1K8KB 3LDOA 2FSJA 4BRHA 4B1VA 4H0VB 1GLFO 4RWTA 4XH1A 4CZGA 3KZBA 3WEEB 3ZEUA 4MO5A 5AFUH 3BF3A 3QBXA 5AQIA 5AQVA 4I6MB 5BRDA 3CJCA 3DXKA 4H0PA 4IXCA 2HOEA 1T6DA 2P9NA 3R9PA 4BRKA 3W3DA 3H46O 3I33A 1ZBSA 4FWOA 2YHXA 3VGKA 1RGIA 2D0PA 5AQNA 3CJBA 4BRPA 1NBWA 5KQ8A 1NMDA 2P9SA 3B8AX 1KXPA 1HUXA 2W40A 3VEOA 3ATVA 2P9PB 3HTVA 3C7NB 2EWSA 3WT0A 4B1YB 5AQKA 2AP1A 1NGAA 2E20A 1V4SA 4XEIA 4B1WB 4CZKA 2W41A 4EIAA 1R59O 3ZEUB 4FOIA 4IO8A 3C0BA 2BUPA 3AAPA 5AR0A 4Z94A 1HX1A 3O8MA 4FO0A 3U8XA 3DXKB 3CI5A 3QDKA 4BROA 1U6ZA 3O5BA 4NB4A 3VPZA 2P9NB 2P9IA 4L3QA 3VF2A 2CH5A 3VF4A 1HKCA 3EZWA 4BC4A 2PAVA 2YCHA 3A5MC 2YHWA 3H3NO 1NWKA 4M7XA 3FZKA 3CHWA 2E2PA 3FR0A 5FPDA 2ZGZA 1D4XA 4FWKA 3VEYA 3TU5A 2QWPA 3IUCA 5AQYA 5AQZA 1GLLO 1BU6O 5BPNA 3CERA 1NGGA 2D4WA 1DKGD 3D2FA 4BR9A 2FLOA 2V52B 3ATUA 4YDUA 2P9SB 5KPRA 4BRFA 3OHRA 5EXWA 3ZX0A 1YAGA 5F2RA 5AQMA 3SMPA 1BUPA 1GLEG 2GUPA 2GWJA 1Z05A 3ENHA 3UB5A 1S22A 4FL9A 5EX5A 1E4FT 4EHUA 5AQWA 3GG4A 2D0OA 2GWKA 1HKBA 4PKGA 4BRQA 4H5WA 4BREA 2ZF5O 4E1JA 2QWMA 2P9IB 3FZHA 3LDQA 3QFPA 4BG9A 1TUUA 1U2VA 2A3ZA 4LC9B 1S3XA 3IFRA 3W0LA 3UKRA 3H45C 3R8EA 2FF6A 2E2OA 3QB0A 3U9DA 2UYTA 3QFUA 4WQ5A 3M6GA 4IZ9A 4GNIA 3HBTA 4A62A 2P9KA 3D2FB 3RSEA 3UE5A 2CH6A 1YUWA 2A40A 1ZC6A 4FWMA 2E2QA 3SK3A 4O8KA 4K43A 4B9QA 3LL3A 4DHYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KHQA 1I94K 3PUFA 4FWLA 2R7YA 3FLCO 5GINA 2KQ2A 5ADXH 2Z1JA 4WQ4C 2ZJQL 3D0PA 1QQOA 1GLDG 4YDUC 4N41A 5GIOA 2VG5A 1C6VA 3TABA 1QVGM 5C2DA 3LWMA 1GOAA 2CGJA 2Q3SA 4RW4A 2YKNA 2HVIA 1N33K 3SLCA 3V1QA 4GVEA 3NMUA 3E1YA 1RBSA 1TAUA 4NCAA 4CF0A 1MWMA 1IBKK 3ZSWA 2G8VA 3AVKA 3E9LA 3A5LC 4EZ6A 1Q8IA 2FSKA 4JRPA 3WXJA 3GDQA 1JLGA 4CGFA 5J2NA 3CJ7A 1X9JA 3VQ9A 3LM9A 2Q97A 4CI6A 3HJFA 1T6CA 1VRUA 3LDSA 4CF8A 3CCVN 3LDLA 1KRPA 4U67L 1EP4A 2UUCK 1HYZA 4LSLA 1NNEA 4ISGA 3LP2A 1XUPO 3ZCMA 2OANA 1UWBA 2ATQA 4CJ4A 1DGKN 1C0GA 2JGUA 5TKYA 3OVNA 4GW6A 1BISA 3DYAA 4BRIA 3PO4A 4HCCA 4H03B 3AVGA 3ULDA 2X6NA 1XI1A 4PUOA 3TTDA 3CYMA 4FLUA 4E89A 1YF5L 2A1RA 4K25A 1VHXA 3O4NA 4CF9A 4M3WA 2UUAK 4OO1J 4MO4A 4HTUA 3IG1A 1NMNA 4CJLA 2HB5A 3AA4A 5FPNA 2GV9A 3TAMA 4CJTA 4ID5A 2FF3B 5HRRA 4CE9A 4KV8A 5AQJA 1ZYQA 3R6MA 4DV4K 3G10A 3TWHA 3P5JA 4BDPA 3CCMN 1SKWA 3HYFA 4DR7K 3SV3A 3VQEA 4NYFA 4G1QA 3LDNA 1ATSA 4WYBA 4NCGA 4CZHA 3PSFA 2HHQA 1KAZA 1L3SA 2IVOA 3QINA 3RWUA 4N76A 5F1XA 4FSVA 2IC3A 3KVGA 1VSEA 1XC3A 2P5GA 4BC5A 3AGKA 4BRAA 4KB1A 1X1PA 4IG0A 3VENA 4DTSA 2NRTA 1YVUA 2GUIA 3SZ2A 5BRHA 3ZSXA 4WFAL 5M1OA 1U48A 1N34K 4UY8O 3THWB 5E84A 4O5BA 4H0YB 5AQUA 1Q82O 3VA0A 1IKWA 1KAYA 4Z4IA 4K41A 3OYGA 1IO2A 2ZM6K 2O8DB 2NZTA 1NJYA 3RMBA 3QBWA 4BRCA 4AM7A 3VQ8A 1SUQA 2NRXA 4KFBA 4BRLA 1BQNA 4CJUA 3SAFA 4H0TB 4LSNA 3MK6A 1HR0K 3LM2A 2J4RA 2O8EB 4B1XB 3C94A 4CEAA 4CF1A 2HF3A 1QTMA 2E4LA 4KAZA 4BE1A 4XH4A 2P9UB 5BPMA 4QOZB 1JXBA 1NGJA 1ESVA 3VEXA 4PKIA 4JI4K 4CJVA 4C1NK 5F0XA 4Y1CA 3CCJN 5JLHA 3OYEA 2XY7A 5AZJA 1ATRA 2YHAA 3SQ1A 3AVHA 3OJUA 3K5MA 3D6RA 1R0AA 3VA3A 3ULEA 4JEPA 4JHDB 4E1MA 5HRPA 2WFBA 4BR7A 5DK5A 4E7HA 2Y1IA 4ILJA 1TKDA 4YORA 3CF5L 2XHBA 4NO7A 4CJEA 4EFHA 4Q5VA 1K73O 3ZT1A 1QHTA 3MXMA 1CZAN 4CJKA 4BDZA 2ASPA 3M8QA 2DFFA 3MECA 4LF5K 1K6YA 4F9OA 1RTIA 1EQYA 2O8BA 1CXUA 4I2PA 4H5VA 1RT1A 3F9MA 3K5OA 4BR4A 3L0QA 2I5JA 1HQUA 1S72N 5GAGP 5GAEP 3CC4N 4TSXA 1A5WA 3VQ6A 1NU0A 3EN9A 3CQXA 3TPQA 2G8IA 3H1QA 1VQLN 2A5XA 3NGYA 3CMEN 3PY8A 5KGWA 4BVOA 4DR2K 4IDKA 3RTVA 4FVUA 1SL1A 4PL7A 4W5OA 4CBWA 1T7PA 5AQOA 4CVNE 3PX0A 4NCBA 3DOLA 5ADXA 4IBNA 4FWQA 4C8NA 4KRFA 5AFUA 4UQGA 4I9LA 4CGIA 1L5UA 5BN9A 4B9MA 1BDGA 2Q1NA 5C0YA 4JI1K 4HTLA 2OPRA 1YJ9N 3AVLA 3KLGA 3RR7A 4O44A 4BC3A 4CZMA 4WF9L 5HROA 2Q0RA 3T7ZA 4IFEA 3Q7CA 4JYAK 4DS4A 3DLHA 2ZJRL 4MO5A 2F7TA 3NGZA 1OVYA 4OLBA 3HRGA 4I6MB 3EE8A 5HLFA 5FRNA 3DXKA 4H0PA 1T6DA 3O9TA 3TARA 3H46O 3M8SA 4FJIA 3I33A 2JLEA 4YHHK 3L4QA 4OPAA 4KI4A 3SUPA 1TAQA 2YHXA 4YOVA 5TKWA 3CJBA 5HBMA 2P9SA 1KTQA 4RW8A 3ZSOA 2W40A 3HPHA 2P9PB 3AVMA 1JKHA 4CEDA 2AP1A 4M3TA 5FDLA 1U47A 3CFPA 1XWLA 2QXFA 4N47A 4BE0A 1CXQA 2W41A 1TL3A 4JI5K 3VQBA 4CF2A 2PY5A 5AR0A 4BY9C 5C42A 3O8MA 4FO0A 4FW1A 4WCEL 3KTQA 1YJNN 3NVMA 4NB4A 2CH5A 3VF4A 3CG7A 1HMVA 2PAVA 3A5MC 2HHVA 3FZKA 3CHWA 5DMRA 2ZGZA 1D4XA 4ELTA 4RG8A 5AQZA 4AILC 3TANA 4PHTX 3CERA 4BR9A 2EHGA 3OHRA 4OPKA 4DKWA 4JK8A 1YAGA 5F2RA 5CZ2A 4FLZA 4KHWA 1YJWN 3SMPA 1T03A 1RDDA 3L2QA 3L2VA 4CJ5A 4E3SA 3V4IA 2GWJA 4BACA 1Z05A 3TSUA 3ENHA 2G8UA 5J2PA 4X66K 1JXEA 1E4FT 1N8RO 1U04A 4NLCA 2XO7A 4NXMK 2GWKA 4GV3A 4AHTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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