1GOCA

Cooperative stabilization of escherichia coli ribonuclease hi by insertion of gly-80b and gly-77-> ala substitution
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
156
structure length
156
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQAITQGWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
molecule keywords RIBONUCLEASE H
publication title Cooperative stabilization of Escherichia coli ribonuclease HI by insertion of Gly-80b and Gly-77-->Ala substitution.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 156
sequence length 156
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1gocA00
2EHGA 1CLQA 1RTDA 2KFZA 4E3SA 3ALYA 3SQ2A 4FZXC 3SQ1A 1TGOA 3O3FA 3THVA 3OJSA 2G8FA 4B9NA 4FCYA 5J2MA 4DSKA 2WONA 3ZT3A 3SV4A 3NFAA 3TAMA 1NK9A 4DTRA 4LSNA 4C8NA 3OYCA 1U48A 3T19A 1C6VA 3LDSA 1CXUA 1LW0A 1WSGA 4RW4A 2VWKA 4AH9A 1WSIA 3RR8A 3MAQA 3ISNC 3QIPA 4FJHA 1QS4A 2Z1GA 4J2EA 3TAEA 1U04A 5K14A 1GOCA 3TAPA 1TVRA 2ZD1A 4O5BA 4LH5A 3PV8A 1VSEA 4O4GA 1RT2A 3VQQA 4CIGA 4YNQA 4E7IA 3TAFA 5HROA 3AO4A 4IDKA 3OYFA 4CJFA 4DTSA 1Q8IA 3S3MA 5KGWA 4NCBA 3V1RA 2XO7A 3P5JA 4KKOA 4K8ZA 4J2BA 4PWDA 3AO3A 3NBPA 2X78A 3SYZA 4CGHA 3WNHA 1YVUA 1U45A 1BL3A 1JLQA 1WAFA 4KPYA 4FXDA 3NF7A 1HNVA 1A5XA 4OKKA 1W9HA 1LWCA 4E1MA 4CCHA 3S9HA 5J2PA 4ZHRA 1NJWA 1KVAA 4H4MA 1VSKA 4NCGA 4B9TA 1WSJA 1VSMA 3DLGA 4CEQA 3ZT4A 1BCMA 4DTMA 1Q9XA 4H4OA 2OA8A 1S1WA 3LAKA 3VA3A 4DSJA 4OKEA 4F2SA 3ZSXA 3KIOA 4F4KA 1VSHA 4CHPA 2HHUA 3CM5A 3AVNA 4FJGA 3KLIA 2FBYA 3L3VA 2P1JA 1VSJA 2VG6A 1MU2A 5CYQA 1WAJA 3B6OA 4KTWA 3AVGA 3AV9A 4RW9A 3OVNA 1SKSA 2G8HA 4KHYA 4KAZA 3NF8A 1R0AA 4Z4IA 4RG8A 4DG1A 3KK3A 5CYMA 4LH4A 4BE2A 2HHTA 2Z1JA 3VQDA 1SKWA 1YT3A 4ID1A 4N56A 4H8KA 2A1SA 2YKNA 2BDPA 1NK4A 1FKPA 3C94A 4CJVA 2D0BA 4DQPA 2O4GA 4B3OA 1VK0A 4RW6A 1IKWA 5CZ1A 3PO5A 1NJXA 1BIUA 3V9XA 4IBNA 3TANA 1ZBHA 4CECA 1RDBA 1WNSA 5KRSA 3VQ6A 1KFSA 4LY7A 1HQEA 2X6NA 3OYAA 5JS2A 5HRPA 1T05A 2XHBA 5J1EA 1UOCA 3AVLA 1ZBLA 4C8KA 4RW8A 1RBSA 3P83D 1BISA 1BI4B 1CXQA 2ZE2A 3KLGA 4FJLA 3EZ5A 3SUPA 3AVCA 3KLFA 1KRPA 2G8KA 4K8XA 3L3UA 1Q9YA 1KLNA 4CF8A 4M45A 3U6FA 4FVMA 4FJNA 1TV6A 4KV8A 4DF4A 1X9SA 3DI6A 3IRXA 3OS2A 1G15A 4UQGA 2QKKA 1O1WA 3SQ0A 3LPTA 2VWJA 1KCFA 4CF1A 1TK5A 1LWEA 3I0RA 2B6AA 1U49A 4HHTA 2HNZA 5J2NA 3V9ZA 2QKBA 3AO5A 3PX6A 2DFFA 3QO9A 4E7HA 1A5WA 3MXIA 4KFBA 1S9GA 1W0HA 4DSLA 4Z4GA 5KGXA 3HPGA 4Q0BA 4DFKA 5FRNA 4OGCA 1X9MA 2IAJA 1C1AA 4C8LA 4HUEA 1JLAA 2JGUA 1IO2A 4CFCA 1RT4A 3BDPA 3TAQA 4FJ9A 1JL1A 2P51A 3IG1A 5CY4A 3ZSWA 4FM1A 4DTOA 1LAWA 2KTQA 1JL2A 1NOZA 3M8QA 3M8SA 4CJKA 3AVIA 4DLGA 4LD0A 3S3NA 1VSIA 1SV5A 4G1QA 3TR8A 2QK9A 3DLBA 2GUIA 3RRHA 1ASVA 1BQNA 1C0TA 4ELUA 4ELTA 1S1UA 2ITGA 2IGIA 1KTQA 1RT5A 3ZT2A 3LP1A 3HPOA 2NUBA 3KJVA 3V1QA 3O3GA 1UWBA 4E0DA 1BI4A 4FJ5A 3MXJA 4NYFA 4B8AB 4DFJA 4KO0A 3SJJA 3PO4A 3G10A 4B9SA 2XY5A 2Q3SA 3L2QA 3SCXA 2PZSA 3PX4A 1BIZA 4E7JA 4B9MA 4JS4A 1T8EA 4AHRA 4M3WA 1VSDA 3BGRA 4KREA 3HJFA 3WNFA 1DLOA 3RMBA 3U3GA 1IG9A 4FLYA 2KFNA 3SUOA 5C42A 2EX3A 3TARA 4DQQA 4FZYA 4DS5A 1RDCA 3AA5X 1JXBA 3RMAA 3ZCMA 4GW6A 4AHUA 4DU1A 3KK1A 3MEDA 4W5OA 3KTQA 3RWUA 4F2RA 3HP9A 4CIEA 4AHVA 4CF9A 1L3SA 3HK2A 4CEFA 3KKSA 1WSEA 3LZIA 1NK0A 5DMRA 4CFBA 4W5NA 2A1RA 4LSLA 4WE1A 3L2UA 1S6QA 5FROA 3AVMA 4GVMA 3SZ2A 2OPSA 3MEEA 1S1TA 3VQ5A 1S5JA 3HP6A 3RMDA 4CEAA 1JLEA 1QSLA 5HRRA 4HTUA 4PQUA 4DTPA 2JLEA 3L2VA 4IG3A 4M42A 3DRPA 1X1PA 1RBVA 1KFDA 1TK8A 1L3UA 4DWIA 1CZBA 2FBTA 3C95A 3K5OA 4Z4EA 1XC9A 1SKRA 4GMJB 2IS3A 1RTJA 4CHQA 4IG0A 3L8BA 4J2AA 4JLHA 3IS9A 4CJPA 3OYHA 3KD5E 1C0UA 3M8PA 1QE1A 1HJRA 5C24A 4DF8A 3OYNA 4IFYA 3D0PA 3I8DA 1VSFA 3V81A 1UA0A 3QEVA 3HPHA 5C25A 3WNEA 2VG5A 5EU7A 1JKHA 1J9AA 4CE9A 4Z4HA 2PY5A 4W5TA 2KZMA 3LWMA 4KB1A 3CFOA 2KQ2A 4MFBA 1RNHA 4W5QA 3DM2A 3V9WA 1QTMA 4CK2A 3PY8A 3UIQA 2WOMA 4CIFA 2OZSA 1L5UA 2BGGA 4FYDA 4FK2A 3MXMA 4ELVA 1D9DA 2G8UA 4TSXA 4CESA 1YTUA 4M3ZA 3TI0A 4DS4A 2FBVA 2YV0X 2G8VA 2LSNA 4O44A 1S1XA 2XY7A 3ZT1A 1JXEA 4HUFA 2OPQA 4OKJA 2RKIA 4OVLA 3QEWA 1ZBFA 3LP0A 3VQPA 4FLVA 1X9WA 2PYLA 1D8YA 4KHSA 4CHNA 2DTUA 2RF2A 1U4BA 2HW3A 3QINA 3AVFA 3S3OA 1RT3A 4CJUA 4I9QA 4B9UA 4BE1A 2HVIA 4RW7A 1KSPA 1XWLA 2BANA 4OLAA 3SI6A 1B92A 1JLBA 2Z1IA 1TKTA 2HHWA 2XRIA 3ZT0A 4B08A 5HRSA 3KLEA 3KKRA 4E89A 3EYZA 5JS1A 3NE6A 3F9KA 4BDZA 4CF2A 3LP3A 3DLHA 3OS1A 5DK5A 3RTVA 1TKDA 1IKXA 4EP5A 3O3HA 4FW2A 2HHSA 4CJEA 2HB5A 3T1AA 5FDLA 3LPUA 4N41A 1HQUA 3NGYA 4M3XA 3HM9A 4O0IA 4BE0A 4FJ8A 3EY1A 3AA4A 4CGGA 2DFEA 3AO2A 4DFPA 3OYMA 1TAUA 4B8CA 3KD1E 1GOAA 1IKYA 1DTQA 1LW2A 4FJJA 3QLHA 1NJYA 3AVAA 3WNGA 4M3RA 3M8RA 2DY4A 3NGIA 1IKVA 4DQSA 2F8TA 3LANA 3ZSYA 1T7PA 3DRRA 5HP1A 3NH2A 5D3GA 2HHXA 5E41A 3LAMA 3VQCA 3V4IA 4FLTA 4FJMA 3VQ8A 4FK0A 2Y1JA 3I0SA 2I5JA 4NYNA 4OLBA 3QIOA 1HYZA 2P5GA 1J54A 3CM6A 2YNHA 3DLRA 3L2WA 1UAXA 3OYGA 3CG7A 3A2FA 1N6QA 4BWJA 1F21A 2X74A 4ZTFA 1WSFA 2RN2A 4Q5VA 3V1OA 3B6PA 4E19A 3LWLA 3DLEA 3HVRA 4I7FA 4Z4CA 1RT6A 1VSLA 4FLZA 4FJIA 3NCIA 5T7BA 2PYJA 3LP2A 2D5RA 1ZBIA 1TL3A 5HBMA 3OYBA 1C0MA 2B4JA 3K59A 4KB0A 4R5PA 3KLHA 2KZZA 4CJLA 4W5RA 1EX4A 1I39A 3NH0A 4FLXA 1NJZA 4Z4FA 1QHTA 4BDYA 4I9LA 4CK1A 3SUNA 1L3TA 3NAEA 2YNGA 4HCBA 4QAGA 4DTNA 1EKEA 1ASWA 3VQ7A 2OPRA 2AJQA 4YFUA 3C6TA 3TAGA 2GV9A 2VG7A 1RBUA 2HHVA 1FK9A 4FM2A 3FFIA 5SZTA 2OZMA 1FKOA 5KTQA 4FLWA 3G0ZA 4KI4A 3OYDA 4KHNA 4E7LA 3OJUA 2Y1IA 1BQMA 4QCLA 3E01A 1HPZA 2HVHA 4PY5A 3SQ4A 1ITGA 3K5MA 3CQ8A 1ZBUA 2FC0A 5SWMA 1SL1A 1EP4A 1RTIA 2ZQBA 3ZSQA 4CJSA 4JS5A 1WN7A 3QEXA 3U3YA 5HRNA 4I2PA 2IC3A 3LZJA 1NK6A 4CGFA 1S9EA 4KTQA 1NKCA 2GBZA 3DRSA 4M3TA 3K58A 4L8RB 2FBXA 1Z26A 3HT3A 3NDKA 4AHTA 4CFDA 4DTUA 4M41A 3MECA 4DLEA 1Z25A 3VA0A 4CF0A 2E6LA 1J5OA 4DU3A 1QSSA 3RR7A 1EETA 3IAYA 1WLJA 2DFHA 3O4QA 3QNOA 4KI6A 1S6PA 3TABA 4CJ5A 4E1NA 3F73A 3ULDA 4KHQA 1K6YA 3P1GA 5CZ2A 1RBTA 3VQ4A 3RMCA 2F8SA 1T03A 3VQAA 4CHYA 4DFMA 3HYFA 3OY9A 4CFAA 4FLUA 1VRUA 1HRHA 1JLCA 1RILA 3QERA 4DSIA 4CGIA 3AVJA 4FJXA 2YHBA 1HMVA 4XIUA 4CERA 4F3OA 4BACA 4C8MA 4N47A 4I2QA 1LV5A 3PUFA 3ZSRA 1SL0A 2OPPA 3SPYA 2ATQA 4CJ3A 3JYTA 1IH7A 3QEIA 4CEBA 1RT1A 4FZZA 1D5AA 1VRTA 5FRMA 4CHOA 1ASUA 3OYEA 1ZYQA 4KHUA 1B9FA 2W42A 4QOZB 2BE2A 4DTXA 3AVKA 1LWFA 4O55A 4CEEA 4CGDA 4JRQA 2F96A 1RDDA 4FJ7A 4N5SA 4CJQA 1XI1A 4IKFA 4AHCA 4CEDA 2G8IA 2IOCA 5KI6A 3CFPA 2HNDA 3L2RA 2ETJA 4N76A 4PUOA 4M3UA 4F3TA 3QESA 4F8RA 3HO1A 3OYLA 1B9DA 2E6MA 3DMJA 3ZSOA 4CJRA 4HVJA 3SNNA 5KRTA 5HLFA 3HL8A 3AA2A 4ICLA 4DQRA 3VQEA 3SV3A 4DSEA 2HHQA 4Y1CA 1GOBA 1JLGA 4CGJA 4MQ3A 1RBRA 2YKMA 3AO1A 1XHXA 1TL1A 4CJ4A 1KVCA 3OYJA 1YTAA 5I42A 3LALA 3K2PA 4E7KA 3NF9A 3NGZA 4KRFA 1QQCA 3VQBA 4OPJA 1NOYA 1Y97A 4DMNA 1KLMA 3NF6A 4FM0A 2HMIA 1TKZA 1CZ9A 1FXXA 1LAVA 2YNFA 3ZSZA 4HUGA 3QNNA 1C1CA 1JLFA 3V6DA 3RRGA 1SUQA 3D45A 4FK4A 3AA3A 1RDAA 3QETA 4AHSA 3K5NA 3H08A 3ZSVA 1I3AA 2E4LA 4CJWA 4DSFA 3HXMA 1SL2A 4JRPA 1TAQA 2OYQA 3ITHA 4EZ6A 3VN5A 3OS0A 2XY6A 1XHZA 1RCHA 2D0AA 1N5YA 2KW4A 4AILC 1BHLA 2X6SA 4CHZA 4OGEA 3OYKA 1NK7A 4B9VA 1EXQA 4DQIA 1HYVA 3C6UA 1D9FA 4C8OA 3V9SA 1NKBA 1TKXA 4CK3A 2YHAA 4HCCA 1U47A 1KVBA 3VQ9A 4KHWA 3HVTA 1C1BA 4EP4A 3QEPA 1QSYA 3DYAA 3NHGA 3HSTB 3TWHA 4B9LA 3K5LA 2B5JA 1HYSA 5I3UA 3K57A 3PX0A 4J2DA 2IDOA 4ID5A 3AVHA 3CFRA 2G8WA 3T3FA 3SUQA 1TK0A 3DOLA 3O4NA 1L3VA 4CJTA 3CYMA 4Z0UA 4FJKA 2O4IA 4CEZA 4DTJA 3JSMA 1RTHA 5J2QA 4CEOA 1HNIA 4EZ9A 1NK8A 4NCAA 4IFVA 2P5OA 4BWMA 1UA1A 4FW1A 1RT7A 1DTTA 4KTZA 4M3YA 2HNYA 1NK5A 2RPIA 1NKEA 3OYIA 2QXFA 4Y1DA 4DU4A 4BDPA 3MEGA 3SPZA 3KK2A 3DOKA 4OJRA 2XY8A 3AVBA 4PA1A 2R7YA 2Z1HA 2YNIA 1S1VA 1A5VA 1BGXT 3DLKA 4OPKA 1WSHA 3NH1A 4O0JA 2D0CA 3ASMA 1BCOA 1REVA 4ZTJA 3V9UA 1J53A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQTA 2G8FA 1VQ4N 4PHTX 4FCYA 4DSKA 2WONA 3KZBA 1NK9A 4DTRA 3OYCA 3O9SA 1C6VA 4B3SK 3RR8A 2J4RA 4EFHA 4FJHA 2Z1GA 2UUAK 1GOCA 2ZD1A 3PV8A 1VSEA 3TAFA 4CIGA 4YNQA 4E7IA 4H5VA 3FZFA 4IDKA 3OYFA 3UB5A 3UE5A 3P5JA 4K8ZA 4JYAK 4O5FA 3MK6A 3G71N 4A2BA 2X78A 3ENHA 4MDAA 3SYZA 3D2FA 4FXDA 4BR9A 3LDQA 1LWCA 1NGAA 3I33A 4E1MA 3S9HA 5GIOA 5J2PA 1K8KB 2O8CA 4H4MA 1QQOA 1VSMA 3DLGA 4BRQA 1KD1O 4DTMA 1Q9XA 1N34K 3LAKA 2QI2A 3KIOA 3FZHA 2FBYA 1VSJA 1HJOA 3FE1A 3CPWM 3AV9A 1KAXA 4JAXA 1N33K 4RG8A 1GLAG 1GLLO 4LH4A 2NLXA 3VQDA 2BDPA 4H8KA 2A1SA 5GIPA 1NK4A 3PIOL 1O13A 4CJVA 2D0BA 4B3OA 3OBYA 3RSEA 1IKWA 1M90O 1RDBA 1YVNA 2E1YA 2YI1A 1KFSA 4LF8K 5HRPA 3DXKB 1ZBLA 3AVLA 1RBSA 1CXQA 4FJLA 1KRPA 2G8KA 4K8XA 4CF8A 5DM6L 5JVGL 3ATVA 3VEWA 3CMAN 4CZEA 3D7EO 3DI6A 3E66A 3IRXA 1JJ2M 2O8BB 4UQGA 1TK5A 4IOCL 2B6AA 3EE9A 4HHTA 1R59O 3V9ZA 2UYTA 4PKGA 4JHDA 1KC8O 3MXIA 5KQDA 1A5WA 5BN8A 4Z4GA 3HPGA 4DFKA 1C1AA 2ASMA 4LFAK 1RT4A 1K9MO 5CY4A 3IG1A 4FM1A 4JK8A 5BPNA 1V4TA 1NOZA 4K43A 3AVIA 3U9DA 4CJKA 1VSIA 4XH4A 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 4CBU A;  4N5S A;  1XI1 A;  3TSP A;  3ULE A;  2G8I A;  3OTO K;  1X9J A;  3L2R A;  4F8R A;  3DMJ A;  4CJR A;  3ID8 A;  4HVJ A;  4Z94 A;  4FWL A;  4Y1C A;  4MQ3 A;  5GAH P;  2NRH A;  3LAL A;  3R1X A;  4YOU A;  4E7K A;  3NGZ A;  1Q82 O;  5KPZ A;  3C7N B;  2P9I A;  4DUZ K;  1NOY A;  4DMN A;  1KLM A;  3NF6 A;  2HMI A;  1CZ9 A;  1FXX A;  3RRG A;  1G99 A;  3AA3 A;  3QET A;  2E88 A;  4EZ6 A;  3VN5 A;  2D0A A;  1N8R O;  5LL6 Z;  1BHL A;  4CHZ A;  3OYK A;  4DQI A;  3O6W A;  1EXQ A;  5KPR A;  1D9F A;  4C8O A;  4BR4 A;  4KHW A;  1KVB A;  4M63 C;  3A5M C;  3K5L A;  2B5J A;  5BRH A;  3K57 A;  2IDO A;  3CFR A;  3AVH A;  1OH8 A;  5C10 A;  3CCQ N;  1TK0 A;  3O4N A;  1L3V A;  3CYM A;  3T1H K;  3JSM A;  3FZM A;  1NK8 A;  2V52 B;  2VCP A;  1UA1 A;  4KTZ A;  1GLJ O;  1QVG M;  5IWA K;  4Y1D A;  3DOK A;  2XY8 A;  4PA1 A;  2YNI A;  1BGX T;  3DLK A;  3NH1 A;  2UUC K;  1WSH A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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