1GOMA

Thermostable xylanase i from thermoascus aurantiacus- crystal form i
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
302
structure length
302
Chain Sequence
EAAQSVDQLIKARGKVYFGVATDQNRLTTGKNAAIIQADFGQVTPENSMKWDATEPSQGNFNFAGADYLVNWAQQNGKLIRGHTLVWHSQLPSWVSSITDKNTLTNVMKNHITTLMTRYKGKIRAWDVVNEAFNEDGSLRQTVFLNVIGEDYIPIAFQTARAADPNAKLYINDYNLDSASYPKTQAIVNRVKQWRAAGVPIDGIGSQTHLSAGQGAGVLQALPLLASAGTPEVAITELDVAGASPTDYVNVVNACLNVQSCVGITVWGVADPDSWRASTTPLLFDGNFNPKPAYNAIVQDLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-XYLANASE
publication title Substrate Specificity and Subsite Mobility in T. Aurantiacus Xylanase 10A
pubmed doi rcsb
total genus 127
structure length 302
sequence length 302
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2001-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1gomA00
4JL2A 4HZ8A 2J25A 1XYZA 2GJPA 1ZBVA 1NH6A 1EIBA 1JXJA 1U30A 3U7VA 1CEOA 1E0WA 3W82A 4Z2JA 3T2OA 4HA1A 4EKJA 1B1YA 1G01A 3OGRA 3SUVA 4XX6A 3VGHA 2QLYA 4YPJA 1DHKA 2X09A 2PBGA 2ZOXA 1EGZA 5GPRA 4Z2KA 4H8HA 1RD6A 5HBFA 1V02E 1CXEA 3AHYA 1GZJA 1MVYA 1TVPA 1CXLA 4IISA 1WO2A 3WFLA 1QI3A 3FN9A 2CIPA 3MKKA 3T0BA 2TAAA 4HU8A 3ZR5A 4W84A 4Q22A 1OGSA 4PMUA 5KZ6A 3IJ7A 5HPOA 4AISA 1KR0A 2CERA 2GVYA 1QVBA 2JEPA 3PZIA 2WVTA 2QMKA 3AHZA 1XC6A 2XSBA 2WHMA 1W3HA 2AAAA 1B9ZA 1DWJM 1V6UA 2GJXB 1ODZA 4AXNA 2GK1A 1B3YA 3TTQA 3MU7A 1BQCA 2IXVA 4PN2A 4YN5A 1NOFA 2X2YA 3WF1A 3WMCA 3AXIA 4IM4A 3K4DA 4BQ2A 1B0IA 3VKKA 5AC5A 5A6LA 4D6CA 5BXRA 4UQEA 3WY1A 1ZL1A 1Q6GA 3CLWA 5D9NA 4PRWA 1OM0A 2J7FA 3TP4A 8CGTA 2BY1A 4LYPA 3QHMA 2PWGA 4M8UA 5FL0A 4P8WA 5D8ZA 1VFFA 3UCQA 1HXJA 4AD2A 3EDJA 3GM8A 4TVCA 2VX5A 2VRKA 3OGSA 1PAMA 3O2LA 1B90A 4NRRA 3UG4A 3VMNA 4H7VA 2NT1A 4WK9A 4S3KA 3T09A 3VGGA 1H5VA 3L2LA 1QNQA 1M03A 4WKAA 4HOXA 4OZOA 1NWUA 2G8ZA 5EMYA 3SURA 1M04A 4UOZA 1CECA 4W7WA 1WZMA 3PTKA 1FA2A 1BYBA 1VFOA 2UY5A 3SCUA 4NSBA 5FL1A 3TONA 4R27A 1HP5A 5IXEA 1VJSA 3U7BA 4FMVA 1JG9A 1OCQA 4TVDA 3BAIA 5JUVA 4L4PA 5CPQA 1XSIA 2C0HA 4D6FA 5M5DA 1VRXA 3AIEA 2VVNA 2ZE0A 4B9YA 4D6GA 4J3UA 4AC1X 3T08A 3BLPX 3BLKA 4UNIA 5CGTA 2BFGA 2UWFA 4OBRA 3AYSA 1BAGA 3II1A 2QPSA 4UQCA 3MSDA 4KGLA 3VM7A 1FP8A 5I24A 2EPLX 1BLIA 1X6LA 3F5KA 1KBKA 2XPKA 3OB8A 3NSMA 4Y7EA 3OIHA 1B31A 5BRQA 1XH2A 1VEOA 1V6XA 3ALGA 4GINA 1WP6A 2D1ZA 4PEEA 1UQZA 4UOJA 1NM9A 2WAGA 1JD9A 3BSGA 1JFHA 3IK2A 3TOPA 1JI1A 2WC7A 3HU7A 2W67A 3F5JA 1DWGM 4EE9A 4J3SA 4PMRA 1JDAA 1G9HA 1CXHA 4F66A 2Y8KA 4PMXA 1E4LA 3WN6A 2J78A 3W25A 2AOSA 1HJQA 3ZJKA 1Q6CA 2WBGA 1E6XM 4X0NA 1FFQA 1BHGA 4CU8A 1PBGA 1CYGA 1QPKA 1J18A 2BNJA 3DYPA 2D0HA 1JNDA 1VIWA 3L4YA 1BVZA 3MMUA 4AW7A 3GYCA 3CMJA 5EFDA 1TG7A 4W89A 4OOUA 1CGVA 3AIRA 3VIIA 1W9BM 1GJUA 5AY7A 4ACYA 3NSXA 3IANA 3WQWA 2YA2A 1QW8A 3OZPA 5A69A 2EO7A 1H4PA 2XG9A 4P7RA 5HDRA 2XJ7A 1JZ3A 2WMJA 1Q6FA 5E9AA 3AS2A 3WDQA 3BAWA 4GO9A 1V6YA 1N82A 1V0MA 5BWFA 2VC9A 3B9EA 1UYQA 5CQ1A 1TZ7A 2X0YA 4D6IA 3VNYA 3WDRA 1UHVA 1XYFA 2GK1B 1HVXA 3D5HA 1ZJAA 1H3GA 4UFJA 1WCGA 3NDYA 2CXGA 3OA5A 2VR5A 3N18A 1GVYA 1WB0A 1E6NA 1GONA 2WMIA 3VDBA 4KMQA 3PZ9A 4FLQA 1VEPA 3AHVA 3W28A 3W6MA 3AS3A 4J3VA 4MAVA 1E4MM 4PCSA 4D1JA 3NYDA 3AI0A 4PMQA 3W38A 3FAWA 3WD2A 4CCDA 2WMKA 1CPUA 2BXZA 2OYKA 2WSKA 2YDRA 3UESA 2J7DA 4MJ4A 4C7DA 5BXTA 1A47A 4FLOA 2WMGA 2DIEA 2FHBA 2XIBA 3WF2A 2VQUA 4HU0A 3IJ8A 1B2YA 3WNNA 1EDTA 4QP0A 5C71A 1G0CA 1PIFA 3VVGA 3NJ3A 1J9YA 2G3JA 3ZIZA 3VGBA 1G1YA 5LA2A 2DSZA 2MANA 4UOQA 1O7AA 4E8CA 1LJYA 1DEDA 5E0CA 4H04A 5JBDA 1L8NA 2O9PA 1GOMA 3ZSSA 4JKMA 2XVPA 5A2BA 7CGTA 2G3IA 4TX8A 3AXHA 4Z2GA 3W29A 4Q7NA 2FH8A 4FF5A 3SCQA 5CLTA 2B31A 2ZXQA 3VO0A 4DWSD 2WZHA 2CNCA 1HN1A 4HZ7A 1JZ6A 2EQDA 2XVGA 3QR3A 4P7OA 1EOMA 3SCWA 1EO7A 3VIPA 2WHKA 3LPPA 3RCNA 4D71A 2WM0A 1VJZA 1PZ2A 1ZBCA 3EDKA 4JFWA 4W86A 1UKSA 2VCAA 2CKSA 3F5LA 4GZIA 2BVTA 1JF6A 3QHNA 4U2YA 3WH8A 1KWGA 2VZTA 1U2YA 5BXPA 3BC9A 1QNOA 3AROA 1TFVA 3MMWA 1W9XA 3UR7A 3PZVA 3WUBA 4EK7A 4MAZA 2XVNA 1C8QA 1VFMA 4PMOA 4ZE5A 1JYNA 1KQYA 3ZO9A 1PZ3A 4D6HA 1J12A 1UR1A 1J0IA 3KZSA 3CHDA 3WNPA 2XWEA 3DECA 3UETA 1EQCA 3A4WA 3WH7A 2AMGA 4TX6A 5EBAA 1NWSA 1MWOA 1V0LA 2Z1KA 5FIPA 1QI0A 2WANA 1Z32X 1V3JA 2DSUA 4PCTA 1UD2A 5C8BB 4QDMA 1FP9A 3FHAA 5IHSA 3VIHA 1O6IA 1UH4A 4P8UA 4W87A 1UH2A 3I3DA 1ISZA 1KB3A 1H49A 2G3NA 3A47A 2FH6A 3GBDA 5ABGA 4W8BA 4CD7A 4XV0A 3K8LA 1W1TA 3WDJA 1KGUA 2VMFA 4FK9A 1GCYA 4PTVA 4N0RA 3QHOA 1KGWA 4NF7A 1UD3A 5CZKA 1EH9A 1UD4A 1GHRA 3L4VA 3N04A 1GQJA 4JFTA 5M3WA 2XFFA 2WSPA 1WDQA 1E43A 3VD7A 3W81A 2ZXDA 1W1YA 3ZM8A 1CTNA 4W5ZA 3IJ9A 4AZ7A 3RM8A 3AFBA 3PZMA 5M17A 4PMNA 1DTUA 4UFIA 1CWYA 5AYIA 1E1FA 4WJXA 3POCA 1GW1A 3W27A 4YHGA 1ISVA 3EDDA 2DPEA 1HKJA 3VU2A 1EHAA 1UZ1A 3GH4A 4ML4A 1NQ6A 1HVQA 1NOUA 1W9DM 2YDQA 1KXHA 2BVYA 1V0NA 2V3FA 5HXMA 2VO5A 1BG9A 1OBAA 3ARYA 2NW0A 2ZUNA 3K46A 1V3LA 4CD5A 3MV11 4OBSA 3GZAA 1K9DA 3WFZA 1GVIA 4GQQA 1NOWA 1WNOA 1LLOA 4MNKA 1VFUA 3W24A 2EPKX 3AS0A 4HTYA 1WDRA 1UKOA 2DEPA 1H0IA 1TA3B 1E70M 2G3MA 3PZTA 5D9MA 2VQTA 4C7FA 4JAWA 4AZCA 1CBGA 2WBKA 2CKRA 2Y8VA 3TTOA 1SMDA 2Y24A 5KEZA 3KL5A 3WNKA 1JFXA 2BHZA 3RM9A 1WDSA 1SR0A 4W8AA 1V6VA 2VTFA 2CPUA 4IUGA 3WQ4A 2VRQA 1PPIA 6CGTA 1GOWA 1UOKA 2FGLA 1J0JA 1CDGA 5EFFA 5A8PA 3CHEA 5A6KA 5DF0A 4MNLA 3A4AA 3VPLA 3T0DA 5A6MA 5A6SA 2J7CA 4A4AA 1JNEA 3FW6A 1SMAA 1HP4A 1CXIA 4F79A 3AZRA 3MANA 1I75A 3WIJA 4TTGA 4UR9A 1H2JA 4OJYA 3ALFA 1MQRA 3ZQ9A 1E4NA 4QLKA 1LL6A 3CO4A 2JEQA 3GDBA 3AIUA 4J3WA 5I77A 1QI4A 4B9ZA 1EDQA 3VTRA 3WBAA 2X8RA 3O6AA 1H09A 3WD0A 5ABEA 1UWUA 3WD4A 1UD5A 3OZOA 2VOTA 4CU6A 1L0PA 1KBBA 4LXFA 3WUEA 1FH7A 3PN8A 1XGZA 2DQXA 4AYSA 3CZKA 5CGMA 3BAYA 2CBJA 1MQQA 1MFUA 3AMGA 1IZJA 1UR9A 2YJQA 2OLHA 3M46A 3ARSA 3CUIA 2DIJA 3BCFA 1BGAA 3RM4A 3WQVA 1GHSA 1LQ0A 1BGGA 1IZKA 4NI3A 4HPHA 1B3VA 3N12A 3U5YA 1OT1A 2D22A 4DWSC 1CZ1A 1W2VA 2VJXA 1G94A 1AQHA 1HJUA 4H8UA 3AMLA 3N9KA 4MDOA 1VB9A 5CLWA 2O9OA 4D6JA 1XSJA 1MFVA 3MUAA 3EYPA 3GXIA 1H11A 3SUTA 1UA7A 4M1RA 3DYOA 2ESCA 1OWQA 4U3AA 1CIUA 3PTMA 1E0VA 4TXEA 4CD6A 2ZUSA 4J27A 4PYSA 3OG2A 5I6SA 1J0YA 2ZUWA 2BXYA 4GQRA 1CNVA 3ZT7A 4CD8A 5GNYA 4PMDA 3GNRA 3VDCA 1E71M 2OSXA 2VR4A 3AZSA 1CLVA 3WH6A 5GQBA 2C7FA 1E5JA 2J7HA 3WDPP 3CZGA 3WQ6A 3CBWA 5BYWA 3GBEA 4EANA 2YL6A 1E6SM 1XV8A 2E8YA 1UQYA 2WHJA 1OINA 3VX1A 1OSEA 2GDUA 3RDKA 2J79A 2CETA 1M01A 3THCA 2GDVA 3WL0A 5I0DA 4MB5A 2DT2A 1B3XA 3WMSA 2QPUA 4CVUA 3ZJ8A 1V3KA 5E6YA 1GOOA 1FHDA 1OB0A 3RILA 4LPCA 2W61A 1TE1A 1GQKA 4OUEA 1CGXA 4KWUA 3JUGA 1S46A 3OBAA 5HNNA 3W4RA 3VDAA 3LMYA 1JF5A 2DSWA 4TTUA 4UFLA 4AZCB 1BYDA 1GOQA 3ARTA 2V3GA 4AD4A 3ZSTA 4E4PA 4WKFA 4GIAA 4CCCA 3AICA 1DWAM 3DC0A 2W63A 4DUWA 3B9AA 5LYRA 4UFHA 3HJEA 4JL1A 3T2PA 3K8KA 3SIMA 1UD6A 1RH9A 4DWSA 2QMJA 1K9FA 1C8XA 2JIWA 3WELA 3M6DA 5GNZA 3NSNA 1HF6A 3SCNA 5CJ5A 2CBVA 4M82A 3CUFA 3VNZA 2DT1A 1HJSA 1B3ZA 1HJVA 3WSUA 5AC4A 1E40A 2QF8A 3VOCA 2E0PA 3EDFA 3VMPA 5DMYA 3WQ8A 1LWHA 2BY3A 1AQ0A 1KQZA 1DWIM 2ZWYA 4AZHA 2JFEX 2VCCA 3PZOA 2Q8XA 4DUXA 1ZS2A 2YKKA 2X05A 1EOKA 1UWRA 2J7EA 2XUCA 1BYAA 2PWFA 1MW1A 2XVLA 2FGZA 1BG4A 2PWDA 4AD3A 3EMZA 1TVNA 1ZJBA 3WF4A 4AY1A 1JGIA 2A3CA 4W93A 3W37A 1H1NA 2XM2A 3FNDA 4UQDA 1LL4A 4KRTA 1D2KA 2XSAA 2WCGA 5A2AA 2YBUA 3VINA 3SEPA 1ZU8A 5A1AA 2W5FA 3POHA 5BCAA 1JZ7A 5CG0A 5M03A 2C8NA 1OIMA 1LL7A 2ZX9A 4AD1A 4CCEA 4XB3A 3KL0A 5DFAA 1DWFM 1GOKA 4H41A 3GTNA 2YL8A 1E6QM 2YA0A 1XD1A 4WSJA 1WE5A 4MB3A 5CXPA 4J3TA 4AD0A 2VX6A 1XH1A 3BXWA 2WK2A 3VIGA 3L2MA 2GJRA 2XIIA 3RJXA 5DT7A 5FOOA 4XZWA 4L4OA 1MQPA 2DSVA 1EA9C 1UH3A 4AZIA 1ISXA 3VD4A 3GH5A 5E0FA 4W85A 3WNMA 2E40A 3MUY1 4GXPA 1MXGA 4BQ5A 1KCKA 4BA0A 3VD3A 4GZJA 1CLXA 4OIFA 3AZTA 3NIYA 1C7TA 1JZ4A 1V3HA 3VGFA 2YDSA 1R7AA 1AMYA 3U5UA 1W3KA 3PBGA 3VUPA 4TVUA 5CPSA 4ZFMA 3S2CA 2WKLA 1ZB5A 1HKMA 2UY3A 4RE2A 4OOZA 1ZBWA 3FAXA 1W9VA 3MMDA 3W53A 1ITCA 1JIBA 1U33A 1V3MA 4KRUA 1QI2A 3AHXA 4PTXA 3I3EA 1UWQA 3UG5A 4S3JA 3BMVA 3KWXA 2EXOA 4KH2A 4X9YA 2ZX6A 1R87A 7A3HA 1MXDA 4E2OA 5D8WA 1PIGA 5E09A 1UWIA 2V3EA 5CSYA 1V0KA 2D23A 1J01A 2D2OA 2E9MA 2JIEA 2IXUA 1W1VA 2WXDM 3KL3A 4MADA 1P6WA 5ABFA 4ATDA 4H2CA 1V6WA 4IPLA 1W1PA 4GKLA 2OWXA 4QCFA 5A8QA 2XVKA 4QLJA 3AOFA 2O9TA 3GXMA 5ABHA 4HA3A 2WLZA 1B30A 1ECEA 3I3BA 4DWSB 4W88A 3CHCA 2VUYA 4MTVA 3ECQA 1UWTA 2VX7A 1WZAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JL2 A;  4HZ8 A;  2J25 A;  1XYZ A;  2GJP A;  1ZBV A;  1NH6 A;  1EIB A;  1JXJ A;  1U30 A;  3U7V A;  1CEO A;  1E0W A;  3W82 A;  4Z2J A;  3T2O A;  4HA1 A;  4EKJ A;  1B1Y A;  1G01 A;  3OGR A;  3SUV A;  4XX6 A;  3VGH A;  2QLY A;  4YPJ A;  1DHK A;  2X09 A;  2PBG A;  2ZOX A;  1EGZ A;  5GPR A;  4Z2K A;  4H8H A;  1RD6 A;  5HBF A;  1V02 E;  1CXE A;  3AHY A;  1GZJ A;  1MVY A;  1TVP A;  1CXL A;  4IIS A;  1WO2 A;  3WFL A;  1QI3 A;  3FN9 A;  2CIP A;  3MKK A;  3T0B A;  2TAA A;  4HU8 A;  3ZR5 A;  4W84 A;  4Q22 A;  1OGS A;  4PMU A;  5KZ6 A;  3IJ7 A;  5HPO A;  4AIS A;  1KR0 A;  2CER A;  2GVY A;  1QVB A;  2JEP A;  3PZI A;  2WVT A;  2QMK A;  3AHZ A;  1XC6 A;  2XSB A;  2WHM A;  1W3H A;  2AAA A;  1B9Z A;  1DWJ M;  1V6U A;  2GJX B;  1ODZ A;  4AXN A;  2GK1 A;  1B3Y A;  3TTQ A;  3MU7 A;  1BQC A;  2IXV A;  4PN2 A;  4YN5 A;  1NOF A;  2X2Y A;  3WF1 A;  3WMC A;  3AXI A;  4IM4 A;  3K4D A;  4BQ2 A;  1B0I A;  3VKK A;  5AC5 A;  5A6L A;  4D6C A;  5BXR A;  4UQE A;  3WY1 A;  1ZL1 A;  1Q6G A;  3CLW A;  5D9N A;  4PRW A;  1OM0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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