1GOXA

Refined structure of spinach glycolate oxidase at 2 angstroms resolution
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
359
structure length
350
Chain Sequence
MEITNVNEYEAIAKQKLPKMVYDYYASGAEDQWTLAENRNAFSRILFRPRILIDVTNIDMTTTILGFKISMPIMIAPTAMQKMAHPEGEYATARAASAAGTIMTLSSWATSSVEEVASTGPGIRFFQLYVYKDRNVVAQLVRRAERAGFKAIALTVDTPRLGRREADIKNRFVLPPFLTLKNFEGIDLGLSSYVAGQIDRSLSWKDVAWLQTITSLPILVKGVITAEDARLAVQHGAAGIIVSNHGARQLDYVPATIMALEEVVKAAQGRIPVFLDGGVRRGTDVFKALALGAAGVFIGRPVVFSLAAEGEAGVKKVLQMMRDEFELTMALSGCRSLKEISRSHIAADWD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase (oxygen(a))
molecule keywords (S)-2-HYDROXY-ACID OXIDASE, PEROXISOMAL
publication title Refined structure of spinach glycolate oxidase at 2 A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Spinacia oleracea
total genus 122
structure length 350
sequence length 359
ec nomenclature ec 1.1.3.15: (S)-2-hydroxy-acid oxidase.
pdb deposition date 1989-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1goxA00
3EWBX 1H61A 3EX6A 3MO7A 2W79A 3ABSA 3TMLA 2QDGA 1V5XA 4N4PA 4WUIA 4A21A 5AHFA 4IPIA 4QNWA 2QCCA 2A2IA 3B03A 4MY9A 5FI8A 5HULA 2TPSA 4PL1A 3O63A 5BMWA 4DF0A 3QQ1A 1F6KA 1PV8A 3MP4A 4PC8A 2ALDA 4WD0A 3P8IA 4QNEA 3T4CA 3OVRA 2Z0IA 4OV4A 1VYSX 4O14A 1L6WA 1H7PA 2GJNA 3FYPA 3PVFA 4DPPA 3MI2A 2ZTJA 2J9XA 3MBDA 1OF6A 3KHJA 5D37A 1ZY9A 3NM3A 5LHFA 1TQXA 4WXYA 1SO6A 3L21A 1Y0EA 1MEWA 3KVJA 3W1RA 4JR5A 4MJMA 3O07A 2V0TA 5C5YA 3QW4B 2ZBTA 4DPQA 1LP6A 3NQDA 3TW6A 3PM6A 1VH7A 1KV5A 1QNVA 3WJWA 2GVGA 4HSOA 4NJIA 3LHZA 4K36A 1OHLA 4AWUA 1S5WA 1K7EA 2DU2A 1KW1A 3EWXA 4LW7A 3G1YA 3L2IA 1Q6LA 1FWRA 4N6FA 3MHFA 1K8ZA 1XDMA 1SW7A 4P61A 3TXZA 3NL6A 2NXIA 1OFAA 2CW6A 3TQVA 2V5LA 4RV8A 5HWNA 4O15A 7TIMA 3C2OA 2GQ8A 2WOQA 2ZTKA 2VEMA 4XKYB 4RXGA 4JX5A 4NUWA 5CKSA 2E68A 3WK2A 2I14A 3KRUA 4Z0JA 3DFTA 4MLJA 4O4WA 3TK7A 4UTMA 3IVUA 5DCBA 1GPWA 5F1UA 4UIOA 1JUKA 4KWVA 1FWTA 4M5PA 3O05A 4IPJA 1LBMA 2OJPA 3W86A 3HPSA 3MYPA 2IQTA 5L6UA 5F2GA 1CW2A 5CZJA 4GJ1A 3W2JA 5EYWA 4UMBA 3STEA 1Q45A 3EKLA 4PH6A 1QOQA 1TQJA 3FLUA 2ZZ3A 3IIOA 1M5WA 2Z6JA 1XDLA 5K9CA 5I3GA 2CLIA 3NPXA 5D02A 3S5NA 2DZSA 2VFDA 4HNTA 5CPOA 2UV8G 2H6RA 1B9BA 5CPLA 3B4UA 3LERA 2FDSA 5C6MA 3QFEA 3I7RA 1LBFA 5D04C 1OYBA 1PHWA 3BG3A 4BI5A 1OX4B 4XWUA 4WJEA 2A1YA 4RZ5A 3G1HA 4LVGA 1B57A 4MYXA 2QDHA 5LNVA 1L6YA 1ZALA 1ADOA 3NQMA 1L2UA 1TJPA 2QJHA 4O1DA 1TREA 4LVFA 4FNRA 5I3FA 1WV2A 2V9DA 1P0NA 3WFAA 2WNNA 3ANYA 3TDFA 1L9WA 1JQVA 2NV2A 3N9RA 4GXMA 4O19A 2YFOA 2C1HA 4C1KA 3PY2A 3W7RA 3TUUA 3KFTA 3NPWA 1F74A 3E02A 2X1TA 4X2RA 1I2PA 3UYCA 4QQ3A 4FNUA 3PC0A 4LRTA 2ZA2A 3DGRA 1P0KA 2QCHA 2WSQA 1JCXA 3TROA 3WJSA 1ML1A 1WOAA 3CT7A 1VZWA 2YCEA 3W07A 3IGSA 4UTWA 2C16A 4O54A 4RCXA 3LV6A 4FNTA 3O1NA 1DJNA 1YPFA 4WQ6A 4UR8A 3OBKA 5KZDA 2ISWA 2QR6A 2ZRYA 3U2OA 4JTGA 5KZMA 2YYTA 1G4TA 1B4KA 2VEIA 4NJGA 3HG2A 1QAPA 2YPIA 2ZZ1A 1KFCA 4LNYA 3F4NA 1I2NA 3L66A 2R8WA 3L65A 2X2GA 2WPBA 3S1WA 3KOFA 3TSDA 3G1SA 4JTEA 3KVLA 2WNZA 3PF3A 2NV1A 2FPVA 5G2WA 2ISSA 3LI0A 5AYYA 5I3JA 4E2DA 5D2TA 2OCZA 3O6CA 4QITA 3CQ0A 4C1LA 2HSAA 3ZWSA 1VLWA 2ZZ4A 3O15A 3HGOA 4ADTA 3C2RA 3QYQA 1YXYA 4GC4A 4N6EA 4JGDA 2QF7A 1KLYA 4XQ6A 2P10A 1Q6OA 2FPTA 2VEPA 2P1FA 3IGUA 3DAQA 4JICA 3TQ0A 4RJEA 1IIHA 1R2SA 1WYIA 3NZ1A 2WNQA 1VGAA 4FX8A 4HN4A 4YLWA 4JX6A 1EIXA 3TA6A 4U28A 4GUHA 4OQVA 4FIQA 3MI3A 4S1FA 2ZZ5A 4IMGA 3B05A 1F76A 4FO4A 3W72A 1MO0A 2YFNA 3A24A 3FEMA 4S2BA 2Q3OA 3GB6A 5AHIA 4LVBA 3IV3A 3G1DA 5GVJA 4H3DA 1TPWA 4MFEA 3NVTA 4GUFA 3E9AA 5FEZA 3LHWA 5C54A 1KFKA 5EY5A 5KMYA 4O13A 4NU7A 3SGZA 4AF0B 3G1XA 2R14A 2X30A 3UPBA 2CLFA 5CZTA 2X1UA 4E0CA 3O6DA 4IXHA 2DP3A 3N9SA 1OABA 3HPXA 3RMJA 1W0MA 2VEKA 1E51A 4AB4A 1QPRA 1NAL1 1DQXA 4H4IA 1KM3A 4IQLA 1J4EA 2FB3A 1LOSA 4DXVA 3FS2A 2CZ5A 1GTEA 3EXTA 3ATZA 1NSJA 1SQ7A 2X16A 1K7XA 2FPYA 3LCWA 4WY0B 1IXQA 3EX4A 2WQPA 4JTFA 3TR2A 1BKSA 3LHUA 3CPRA 3W2LA 2H8XA 1YXCA 4WOZA 1SUXA 2EKCA 3GDTA 3LLDA 4NZJA 3TW7A 4JNMA 1CI1A 2FB2A 1Z42A 2C13A 2V5BA 3PBVA 1FY6A 4EF9A 2AGKA 3DU0A 5D09A 2BLEA 2C3ZA 2B7NA 2B7PA 4BFAA 3DI1A 5EMUA 1ZAHA 1KA9F 3Q37A 3LBCA 2YW4A 5HNRA 4FNPA 1F2JA 1IXOA 5F2IA 5LNWA 2B7QA 1H7XA 1VCVA 1OK4A 1DORA 4UMAA 1RZMA 3VE7A 5HINA 2H90A 4IX0A 5FF0A 4RX0A 3UY7A 1SSGA 3Q94A 4IGHA 3GDLA 1TPC1 2YX0A 2BX7A 1JCNA 2E5DA 3PBUA 4M6QA 2DZWA 3QH2A 3TC6A 5K9DA 1TTPA 1UCWA 3NQCA 3UWZA 1Z48A 2ZRWA 2PC4A 2Q3RA 3BVJA 2V82A 3HGJA 1XKYA 4MZ8A 4CQ8A 3GXPA 1W8SA 2V2DA 4CCDA 3W22A 3N14A 4DF1A 3R13A 4M7TA 5SWUA 5J5RA 1ALDA 1JCLA 1W3IA 5AHMA 1UASA 1D3HA 2EF9A 2ABBA 4Z1CA 1ME9A 1SU5A 1WAUA 3KRSA 2RKXA 1G67A 1GT8A 3LM7A 3L5LA 3EWUA 2Y70A 3UXAA 3GIYA 5K3VA 5FEPA 4JS3A 4R53A 3OA3A 3TC7A 2QCLA 1JUEA 1D3GA 1FWNA 4MVAA 3RFAA 3FIGA 3JS3A 1JRBA 3BW3A 1MSSA 1OVDA 1KTBA 3W76A 3QZEA 3ZR4A 5DBTA 4ZQOA 5DLCA 2OX1A 4UMCA 1YLVA 4CQAA 1I4NA 3W1TA 3HGRA 2RHGA 4I9AA 2J88A 4DF2A 2Y63A 2I9EA 3LBMA 4Z1DA 1PL9A 2PRMA 5K4ZA 3CLMA 3INPA 3N2MA 3G1VA 1RVGA 4M6PA 3OVPA 5IBXA 3VKJA 1NVMA 3MI6A 5G5IA 1TPVA 2PCQA 2GVJA 3S1VA 1OFDA 3CHVA 2VC6A 1AW1A 3ABRA 3EWZA 1OFEA 1LOQA 3QPYA 2BWGA 1KM2A 2QCNA 3I68A 3P67A 1RPXA 4JTSA 1W31A 2CWNA 3QM3A 1TV8A 3A21A 3CEUA 2BZNA 3LXCA 3IIZA 5DY2A 4K7YA 3M5XA 4JEQA 3IVSA 5FESA 3EX1A 1YTDA 2E77A 4A2RA 2E5CA 4LT9A 6TIMA 4PA8A 3W70A 3QPZA 3DFNA 5FF4A 4JY9A 1HO1A 1KV8A 2A5HA 3IIPA 3PAJA 5DCDA 2W0UA 4JDBA 1H5YA 5FF3A 3RK8A 1G7VA 5BMXA 4CNPA 3IIXA 1U5JA 3C8FA 3FFSA 2ZRVA 3NQ8A 5DXXA 3E96A 2ATSA 4YCPA 1B3OA 4LS2A 4MKNA 3N34A 1QDSA 1Q6RA 5A5WA 1FXQA 5BOOA 3HPZA 3NYZA 1LM1A 4UTJA 4A22A 2VOMA 3P80A 2C14A 3QMRA 4QIUA 5D2YA 2NUWA 3SI9A 3W74A 4O17A 2PRLA 5K9XA 5BW6A 4UTHA 1ICPA 4HT3A 1JVNA 3NA8A 4RZ4A 4DQWA 3LX9A 4MY8A 1I2OA 1W5MA 1DBTA 1GWJA 4NNBA 3W23A 4CCCA 1HTIA 2OZ0A 4I7WA 1LYXA 5TQLA 4PODA 4UFHA 4UC5A 1TPEA 1OFBA 3G1FA 2H3BA 2V2HA 4EVZA 1G4SA 1HO4A 2A85A 5ABTA 4QM1A 1EP2A 1WX0A 5DY3A 5F4XA 4B5NA 1GTHA 1XUZA 5LZLA 2QAPA 3UWUA 4O57A 4R7JA 1FUYA 2AQWA 4UTUA 3PBYA 3RNDA 3UD6A 4DO6A 1UBSA 5HQEA 1LOLA 1X6UA 2J9ZA 4QAIA 2A7RA 3M43A 1W3TA 2JKEA 1ZCOA 1GG1A 4UTLA 1MZHA 3GDRA 2Q8LA 3EEGA 2VFFA 4IWWA 2JKAA 4WXZA 3DENA 3LTYA 3W87A 4X9SA 1ICQA 3F4WA 1AL8A 2Z2UA 1IXNA 3W7JA 1P5BA 3HGSA 4YWIA 2CU0A 1GYNA 4M6VA 2F84A 3NQFA 3W71A 3M47A 4P2VA 2QJGA 3IIVA 1GEQA 1G6CA 4DBEA 5G2HA 3TV8A 2C0AA 2NXGA 4MYAA 1AL7A 1HG3A 1J5TA 3W6YA 2A21A 1W5PA 4N9CA 4IX2A 3OIXA 4RK8A 3QC3A 1H51A 3GX9A 4TU1A 1PE1A 1M7PA 2I1OA 3IVTA 3O8AA 4TIMA 3HOJA 4ZMGA 1QPQA 1N55A 3M5YA 3P8JA 1FX6A 1G69A 3LLFA 3MW7A 3PULA 2P0OA 1F6PA 1XBVA 5HWMA 5BRBA 1YADA 2YGYA 1KTNA 4IXXA 2A4AA 2RFGA 1SFJA 5AOUA 3QEZA 4MJZA 3TAKA 5T26A 3ATYA 1MXSA 2V81A 3NNTA 4ADSA 4O52A 3TQKA 1QWGA 5F2LA 3MHUA 5H2ZA 4OT7A 1EB3A 3GKFA 2ZQ0A 5I3IA 4EIVA 1KM4A 4HSNA 3W7LA 4X22A 3GXTA 5FF2A 3Q2DA 2X1RA 1X7FA 2GPTA 3BO9A 3UZJA 2WSRA 5J5DA 4XUGA 3BV4A 1TCDA 3BLEA 4Y9AA 5AYZA 3U8GA 2EAWA 3MJYA 3NL5A 2YYUA 4KFOA 3NZRA 2ZYFA 1W37A 5KZEA 4XBKA 4YXGA 1TJRA 1T8XA 3M16A 1LLZA 5EL1A 1FDJA 4O0KA 4QISA 1VQTA 5G4WA 1SO4A 1JQXA 3R2GA 1GZGA 3MYOA 4HPXA 1TV5A 4EF8A 3DZ1A 2CLEA 3LTPA 3NL3A 3ABQA 4IOTA 1LTDA 2ZA3A 1Q6QA 1TYGA 5U4NA 3P5ZA 2Z6IA 3TNOA 4O4VA 4IUOA 4NNAA 1AW2A 2E09A 4WZHA 3ABOA 4LY8A 3S5ZA 3C61A 4E38A 3QMTA 5AFDA 3HG4A 1KM5A 1GQNA 3UXDA 4HNUA 3TMQA 1OG0A 5D2WA 1OX6A 4UR7A 4A2SA 3UPWA 2ZA1A 5G4EA 4FIRA 1X1ZA 4Y96A 2ABAA 4POCA 4NXKA 3DFQA 2FIQA 5D03A 4FEZA 3G8RA 2YXGA 3DXIA 4YCOA 1UB3A 2QCFA 5AHEA 4GUJA 3PUOA 3W84A 2QAFA 1FQ0A 4NNCA 4OU1A 5K7JA 3O06A 1TV7A 1XCFA 2A7PA 4D2JA 8TIMA 4UFIA 2Y89A 3TE9A 3KVKA 1LLWA 3TXVA 3PWAA 5CZ0A 4ZL1A 2RDTA 3P82A 3GAKA 4X3ZA 4CQ9A 5LSMA 3FJLA 3L5AA 3SY5A 3P84A 3U6WA 3C6CA 1J2WA 3RU6A 4DEFA 2CLHA 3SECA 3EWWA 1EP3A 2ZZ7A 1I2QA 1C29A 2F7FA 4A3UA 3A5VA 1W54A 5IM51 3CM4A 3TJLA 3RF9A 3EX3A 1K8YA 3SJ3A 2J27A 3FYOA 1KM6A 1LCOA 3QSRA 5D32A 3UZ5A 4ADUA 1GG0A 4KWWA 3GVGA 5LNSA 2DZVA 2WV8A 5KSWA 3M7WA 3TU9A 2R91A 4ML9A 1GVQA 3CIXA 2GOUA 2NXHA 1OYAA 1XXXA 5AHNA 4XZ9A 3ZS4A 3L5MA 4WX2A 2NUXA 2V2CA 3OHIA 3THQA 1U83A 2O7SA 3NAVA 4CCEA 5AC6A 4JIQA 5BNKA 3W7MA 3NQAA 2OMAA 1IGSA 1JRCA 2CLMA 3PUDA 2RDWA 1G7UA 4NX5A 5H91A 5L9FA 2E6FA 4AHQA 5CPNA 4JTJA 2WKJA 3UNDA 1FBAA 1HL2A 1O95A 4RKAA 1GVFA 5LNRA 4ZVJA 3PG8A 4UUIA 3LCFA 1JR1A 3GDKA 2A6NA 5E1QA 1SR9A 4LC6A 1FWWA 2FQIA 4LV4A 3N2XA 5F4WA 1QFEA 2A7NA 3VCRA 1SO5A 5LGZA 3RLUA 3SR7A 2RDUA 3G24A 4K8EA 1OK6A 4JYFA 4S2CA 4O10A 3M44A 3N3MA 3HB9A 1B4EA 2E6AA 1NEYA 4GE8A 3T78A 4FNQA 1V7YA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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